Result of FASTA (omim) for
pF1KB6241
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6241, 751 aa
1>>>pF1KB6241 751 - 751 aa - 751 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2308+/-0.000704; mu= 18.9568+/- 0.044
mean_var=350.2078+/-70.947, 0's: 0 Z-trim(112.7): 2059 B-trim: 98 in 1/54
Lambda= 0.068535
statistics sampled from 19408 (21777) to 19408 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.574), E-opt: 0.2 (0.255), width: 16
Scan time: 10.110
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001159354 (OMIM: 604753) zinc finger protein 26 ( 864) 2168 230.4 2.4e-59
NP_003406 (OMIM: 604753) zinc finger protein 268 i ( 947) 2168 230.5 2.5e-59
NP_001159353 (OMIM: 604753) zinc finger protein 26 ( 947) 2168 230.5 2.5e-59
XP_006722943 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1092) 2022 216.2 5.8e-55
XP_011526568 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1092) 2022 216.2 5.8e-55
XP_016882725 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1118) 2022 216.2 5.9e-55
XP_011526567 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1150) 2022 216.2 6e-55
XP_016882724 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1150) 2022 216.2 6e-55
NP_001287880 (OMIM: 603971) zinc finger protein 91 (1159) 2022 216.2 6e-55
NP_003421 (OMIM: 603971) zinc finger protein 91 is (1191) 2022 216.3 6e-55
NP_009084 (OMIM: 603977) zinc finger protein 208 i (1280) 2010 215.1 1.4e-54
XP_016882750 (OMIM: 194555) PREDICTED: zinc finger ( 707) 1990 212.7 4.3e-54
NP_037530 (OMIM: 194555) zinc finger protein 224 [ ( 707) 1990 212.7 4.3e-54
NP_001308574 (OMIM: 194555) zinc finger protein 22 ( 707) 1990 212.7 4.3e-54
NP_001311074 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1980 211.7 8.5e-54
NP_001311070 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1980 211.7 8.5e-54
NP_001311072 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1980 211.7 8.5e-54
NP_001311081 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1980 211.7 8.5e-54
NP_001311068 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1980 211.7 8.5e-54
NP_001311078 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1980 211.7 8.5e-54
NP_001311086 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 743) 1980 211.7 8.8e-54
NP_001311085 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 745) 1980 211.7 8.8e-54
NP_700359 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 is ( 779) 1980 211.8 9e-54
NP_001311073 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 1980 211.8 9e-54
XP_016885306 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 779) 1980 211.8 9e-54
NP_001311069 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 1980 211.8 9e-54
NP_009061 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 is ( 779) 1980 211.8 9e-54
NP_001311076 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 1980 211.8 9e-54
NP_001311079 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 1980 211.8 9e-54
NP_001311077 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 781) 1980 211.8 9e-54
NP_001311071 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 781) 1980 211.8 9e-54
XP_016885305 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 789) 1980 211.8 9e-54
XP_006724618 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 789) 1980 211.8 9e-54
NP_001311082 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 789) 1980 211.8 9e-54
NP_001311080 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 789) 1980 211.8 9e-54
XP_016885303 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 1980 211.8 9.1e-54
NP_001311083 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 813) 1980 211.8 9.1e-54
XP_006724613 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 1980 211.8 9.1e-54
XP_016885302 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 1980 211.8 9.1e-54
XP_016885299 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 1980 211.8 9.1e-54
XP_016885301 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 1980 211.8 9.1e-54
XP_016885304 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 1980 211.8 9.1e-54
XP_016885300 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 1980 211.8 9.1e-54
NP_001311084 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 821) 1980 211.8 9.2e-54
NP_001309067 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1973 211.1 1.5e-53
NP_001309068 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1973 211.1 1.5e-53
NP_001309066 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1973 211.1 1.5e-53
XP_016882935 (OMIM: 600398) PREDICTED: zinc finger ( 818) 1973 211.1 1.5e-53
NP_001309059 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1973 211.1 1.5e-53
NP_001309061 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1973 211.1 1.5e-53
>>NP_001159354 (OMIM: 604753) zinc finger protein 268 is (864 aa)
initn: 10726 init1: 1923 opt: 2168 Z-score: 1186.5 bits: 230.4 E(85289): 2.4e-59
Smith-Waterman score: 2278; 42.0% identity (67.3% similar) in 783 aa overlap (24-749:10-789)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MGPQGARRQAFLAFGDVTVDFTQKEWRLLSPAQRALYREVTLENYSHLVSLGILHSKPEL
.::.::.:::. ::: : :::::.::::: :.::..
NP_001 MDVFVDFTWEEWQLLDPAQKCLYRSVMLENYSNLVSLGYQHTKPDI
10 20 30 40
70 80 90
pF1KB6 IRRLEQGE--------VP----------------WGEERRRRPGP------CAGIYAEHV
: .::::: :: : .: . . : :. . .
NP_001 IFKLEQGEELCMVQAQVPNQTCPNTVWKIDDLMDWHQENKDKLGSTAKSFECTTFGKLCL
50 60 70 80 90 100
100 110 120 130 140
pF1KB6 LRPKNLGLAHQRQ-----QQLQFSDQSFQSDTAEGQEKEKSTKPMAFSSPPLRHAVSSRR
: : :. . .. ..:.. : : :: :... . ... .: ...: . .
NP_001 LSTKYLSRQKPHKCGTHGKSLKYID--FTSDYARNNPNGFQVHGKSFFHSKHEQTVIGIK
110 120 130 140 150 160
150 160 170 180
pF1KB6 RNSVVEIESSQGQR-----------ENPTEIDKVLKGIENSRW-----------GAFKCA
.: .. ... :.: . :.. .. . . :
NP_001 YCESIESGKTVNKKSQLMCQQMYMGEKPFGCSCCEKAFSSKSYLLVHQQTHAEEKPYGCN
170 180 190 200 210 220
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 ERGQDFSRKMMVIIHKKAHSRQKLFTCRECHQGFRDESALLLHQNTHTGEKSYVCSVCGR
: :.::: : ..:.:.. :. .:: : ::.. : .: :..:: ::::. : : ::.
NP_001 ECGKDFSSKSYLIVHQRIHTGEKLHECSECRKTFSFHSQLVIHQRIHTGENPYECCECGK
230 240 250 260 270 280
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 GFSLKANLLRHQRTHSGEKPFLCKVCGRGYTSKSYLTVHERTHTGEKPYECQECGRRFND
:: : .:. ::.::::.::..:. ::... :: : .::: :::::::::.:: . ::
NP_001 VFSRKDQLVSHQKTHSGQKPYVCNECGKAFGLKSQLIIHERIHTGEKPYECNECQKAFNT
290 300 310 320 330 340
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 KSSYNKHLKAHSGEKPFVCKECGRGYTNKSYFVVHKRIHSGEKPYRCQECGRGFSNKSHL
::. : ..:.::::.::..::...: :: ..::. ::.: ::: : .::.::: ::.:
NP_001 KSNLMVHQRTHTGEKPYVCSDCGKAFTFKSQLIVHQGIHTGVKPYGCIQCGKGFSLKSQL
350 360 370 380 390 400
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 ITHQRTHSGEKPFACRQCKQSFSVKGSLLRHQRTHSGEKPFVCKDCERSFSQKSTLVYHQ
:.:::.:.: ::..: .: ..: :. :. : :::.::: :..: ..:: :: :. ::
NP_001 IVHQRSHTGMKPYVCNECGKAFRSKSYLIIHTRTHTGEKLHECNNCGKAFSFKSQLIIHQ
410 420 430 440 450 460
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 RTHSGEKPFVCRECGQGFIQKSTLVKHQITHSEEKPFVCKDCGRGFIQKSTFTLHQRTHS
: :.::.:. :.:::..: .: :..:: ::. :::. : :::..: :: . .:::::.
NP_001 RIHTGENPYECHECGKAFSRKYQLISHQRTHAGEKPYECTDCGKAFGLKSQLIIHQRTHT
470 480 490 500 510 520
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 EEKPYGCRECGRRFRDKSSYNKHLRAHLGEKRFFCRDCGRGFTLKPNLTIHQRTHSGEKP
:::. : :: . : ::. : :.: ::: . : .::..::.: .: .:. .:.: ::
NP_001 GEKPFECSECQKAFNTKSNLIVHQRTHTGEKPYSCNECGKAFTFKSQLIVHKGVHTGVKP
530 540 550 560 570 580
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 FMCKQCEKSFSLKANLLRHQWTHSGERPFNCKDCGRGFILKSTLLFHQKTHSGEKPFICS
. :.:: :.::::..:. :: .:.: .:..:..::..: :: :..:..::.:::: :
NP_001 YGCSQCAKTFSLKSQLIVHQRSHTGVKPYGCSECGKAFRSKSYLIIHMRTHTGEKPHECR
590 600 610 620 630 640
610 620 630 640 650 660
pF1KB6 ECGQGFIWKSNLVKHQLAHSGKQPFVCKECGRGFNWKGNLLTHQRTHSGEKPFVCNVCGQ
:::..: ..:.:. :: :.:..:. :.:::..:: : .:..:::::.::::. :. ::.
NP_001 ECGKSFSFNSQLIVHQRIHTGENPYECSECGKAFNRKDQLISHQRTHAGEKPYGCSECGK
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670 680 690 700 710 720
pF1KB6 GFSWKRSLTRHHWRIHSKEKPFVCQECKRGYTSKSDLTVHERIHTGERPYECQECGRKFS
.:: : : : : :: :::. :.:: ... :: : :::: :.: ::.:..: ..::
NP_001 AFSSKSYLIIHM-RTHSGEKPYECNECGKAFIWKSLLIVHERTHAGVNPYKCSQCEKSFS
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730 740 750
pF1KB6 NKSYYSKHLKRHLREKRFCTGSVGEASS
.: : . : ::: . . :.:
NP_001 GKLRLLVHQRMHTREKPYECSECGKAFIRNSQLIVHQRTHSGEKPYGCNECGKTFSQKSI
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>>NP_003406 (OMIM: 604753) zinc finger protein 268 isofo (947 aa)
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Smith-Waterman score: 2278; 42.0% identity (67.3% similar) in 783 aa overlap (24-749:93-872)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MGPQGARRQAFLAFGDVTVDFTQKEWRLLSPAQRALYREVTLENYSHLVSLGI
.::.::.:::. ::: : :::::.:::::
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pF1KB6 LHSKPELIRRLEQGE--------VP----------------WGEERRRRPGP------CA
:.::..: .::::: :: : .: . . : :.
NP_003 QHTKPDIIFKLEQGEELCMVQAQVPNQTCPNTVWKIDDLMDWHQENKDKLGSTAKSFECT
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pF1KB6 GIYAEHVLRPKNLGLAHQRQ-----QQLQFSDQSFQSDTAEGQEKEKSTKPMAFSSPPLR
. .: : :. . .. ..:.. : : :: :... . ... .: .
NP_003 TFGKLCLLSTKYLSRQKPHKCGTHGKSLKYID--FTSDYARNNPNGFQVHGKSFFHSKHE
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pF1KB6 HAVSSRRRNSVVEIESSQGQR-----------ENPTEIDKVLKGIENSRW----------
..: . . .: .. ... :.: . :.. .. .
NP_003 QTVIGIKYCESIESGKTVNKKSQLMCQQMYMGEKPFGCSCCEKAFSSKSYLLVHQQTHAE
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pF1KB6 -GAFKCAERGQDFSRKMMVIIHKKAHSRQKLFTCRECHQGFRDESALLLHQNTHTGEKSY
. : : :.::: : ..:.:.. :. .:: : ::.. : .: :..:: ::::. :
NP_003 EKPYGCNECGKDFSSKSYLIVHQRIHTGEKLHECSECRKTFSFHSQLVIHQRIHTGENPY
310 320 330 340 350 360
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 VCSVCGRGFSLKANLLRHQRTHSGEKPFLCKVCGRGYTSKSYLTVHERTHTGEKPYECQE
: ::. :: : .:. ::.::::.::..:. ::... :: : .::: :::::::::.:
NP_003 ECCECGKVFSRKDQLVSHQKTHSGQKPYVCNECGKAFGLKSQLIIHERIHTGEKPYECNE
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pF1KB6 CGRRFNDKSSYNKHLKAHSGEKPFVCKECGRGYTNKSYFVVHKRIHSGEKPYRCQECGRG
: . :: ::. : ..:.::::.::..::...: :: ..::. ::.: ::: : .::.:
NP_003 CQKAFNTKSNLMVHQRTHTGEKPYVCSDCGKAFTFKSQLIVHQGIHTGVKPYGCIQCGKG
430 440 450 460 470 480
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pF1KB6 FSNKSHLITHQRTHSGEKPFACRQCKQSFSVKGSLLRHQRTHSGEKPFVCKDCERSFSQK
:: ::.::.:::.:.: ::..: .: ..: :. :. : :::.::: :..: ..:: :
NP_003 FSLKSQLIVHQRSHTGMKPYVCNECGKAFRSKSYLIIHTRTHTGEKLHECNNCGKAFSFK
490 500 510 520 530 540
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pF1KB6 STLVYHQRTHSGEKPFVCRECGQGFIQKSTLVKHQITHSEEKPFVCKDCGRGFIQKSTFT
: :. ::: :.::.:. :.:::..: .: :..:: ::. :::. : :::..: :: .
NP_003 SQLIIHQRIHTGENPYECHECGKAFSRKYQLISHQRTHAGEKPYECTDCGKAFGLKSQLI
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pF1KB6 LHQRTHSEEKPYGCRECGRRFRDKSSYNKHLRAHLGEKRFFCRDCGRGFTLKPNLTIHQR
.:::::. :::. : :: . : ::. : :.: ::: . : .::..::.: .: .:.
NP_003 IHQRTHTGEKPFECSECQKAFNTKSNLIVHQRTHTGEKPYSCNECGKAFTFKSQLIVHKG
610 620 630 640 650 660
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pF1KB6 THSGEKPFMCKQCEKSFSLKANLLRHQWTHSGERPFNCKDCGRGFILKSTLLFHQKTHSG
.:.: ::. :.:: :.::::..:. :: .:.: .:..:..::..: :: :..:..::.:
NP_003 VHTGVKPYGCSQCAKTFSLKSQLIVHQRSHTGVKPYGCSECGKAFRSKSYLIIHMRTHTG
670 680 690 700 710 720
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pF1KB6 EKPFICSECGQGFIWKSNLVKHQLAHSGKQPFVCKECGRGFNWKGNLLTHQRTHSGEKPF
::: : :::..: ..:.:. :: :.:..:. :.:::..:: : .:..:::::.::::.
NP_003 EKPHECRECGKSFSFNSQLIVHQRIHTGENPYECSECGKAFNRKDQLISHQRTHAGEKPY
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pF1KB6 VCNVCGQGFSWKRSLTRHHWRIHSKEKPFVCQECKRGYTSKSDLTVHERIHTGERPYECQ
:. ::..:: : : : : :: :::. :.:: ... :: : :::: :.: ::.:.
NP_003 GCSECGKAFSSKSYLIIHM-RTHSGEKPYECNECGKAFIWKSLLIVHERTHAGVNPYKCS
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pF1KB6 ECGRKFSNKSYYSKHLKRHLREKRFCTGSVGEASS
.: ..::.: : . : ::: . . :.:
NP_003 QCEKSFSGKLRLLVHQRMHTREKPYECSECGKAFIRNSQLIVHQRTHSGEKPYGCNECGK
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NP_003 TFSQKSILSAHQRTHTGEKPCKCTECGKAFCWKSQLIMHQRTHVDDKH
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>>NP_001159353 (OMIM: 604753) zinc finger protein 268 is (947 aa)
initn: 10726 init1: 1923 opt: 2168 Z-score: 1186.2 bits: 230.5 E(85289): 2.5e-59
Smith-Waterman score: 2278; 42.0% identity (67.3% similar) in 783 aa overlap (24-749:93-872)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MGPQGARRQAFLAFGDVTVDFTQKEWRLLSPAQRALYREVTLENYSHLVSLGI
.::.::.:::. ::: : :::::.:::::
NP_001 EWLFISQEQPKITKSWGPLSFMDVFVDFTWEEWQLLDPAQKCLYRSVMLENYSNLVSLGY
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pF1KB6 LHSKPELIRRLEQGE--------VP----------------WGEERRRRPGP------CA
:.::..: .::::: :: : .: . . : :.
NP_001 QHTKPDIIFKLEQGEELCMVQAQVPNQTCPNTVWKIDDLMDWHQENKDKLGSTAKSFECT
130 140 150 160 170 180
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pF1KB6 GIYAEHVLRPKNLGLAHQRQ-----QQLQFSDQSFQSDTAEGQEKEKSTKPMAFSSPPLR
. .: : :. . .. ..:.. : : :: :... . ... .: .
NP_001 TFGKLCLLSTKYLSRQKPHKCGTHGKSLKYID--FTSDYARNNPNGFQVHGKSFFHSKHE
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