Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6235
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6235, 749 aa
1>>>pF1KB6235 749 - 749 aa - 749 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3650+/-0.00104; mu= 15.5894+/- 0.063
mean_var=87.0584+/-17.129, 0's: 0 Z-trim(103.6): 28 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.137458
statistics sampled from 7449 (7466) to 7449 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.583), E-opt: 0.2 (0.229), width: 16
Scan time: 2.930
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS6449.1 RFX3 gene_id:5991|Hs108|chr9 ( 749) 4907 983.7 0
CCDS6450.1 RFX3 gene_id:5991|Hs108|chr9 ( 707) 4299 863.1 0
CCDS12157.1 RFX2 gene_id:5990|Hs108|chr19 ( 723) 3016 608.7 1e-173
CCDS75809.1 RFX3 gene_id:5991|Hs108|chr9 ( 413) 2609 527.9 1.2e-149
CCDS12158.1 RFX2 gene_id:5990|Hs108|chr19 ( 698) 2551 516.5 5.7e-146
CCDS12301.1 RFX1 gene_id:5989|Hs108|chr19 ( 979) 2440 494.5 3.2e-139
CCDS9108.1 RFX4 gene_id:5992|Hs108|chr12 ( 641) 548 119.3 2e-26
CCDS9106.1 RFX4 gene_id:5992|Hs108|chr12 ( 735) 347 79.4 2.2e-14
CCDS55880.1 RFX4 gene_id:5992|Hs108|chr12 ( 744) 347 79.4 2.2e-14
CCDS5113.1 RFX6 gene_id:222546|Hs108|chr6 ( 928) 319 73.9 1.3e-12
>>CCDS6449.1 RFX3 gene_id:5991|Hs108|chr9 (749 aa)
initn: 4907 init1: 4907 opt: 4907 Z-score: 5258.7 bits: 983.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4907; 100.0% identity (100.0% similar) in 749 aa overlap (1-749:1-749)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MQTSETGSDTGSTVTLQTSVASQAAVPTQVVQQVPVQQQVQQVQTVQQVQHVYPAQVQYV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 MQTSETGSDTGSTVTLQTSVASQAAVPTQVVQQVPVQQQVQQVQTVQQVQHVYPAQVQYV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 EGSDTVYTNGAIRTTTYPYTETQMYSQNTGGNYFDTQGSSAQVTTVVSSHSMVGTGGIQM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 EGSDTVYTNGAIRTTTYPYTETQMYSQNTGGNYFDTQGSSAQVTTVVSSHSMVGTGGIQM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 GVTGGQLISSSGGTYLIGNSMENSGHSVTHTTRASPATIEMAIETLQKSDGLSTHRSSLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 GVTGGQLISSSGGTYLIGNSMENSGHSVTHTTRASPATIEMAIETLQKSDGLSTHRSSLL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 NSHLQWLLDNYETAEGVSLPRSTLYNHYLRHCQEHKLDPVNAASFGKLIRSIFMGLRTRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 NSHLQWLLDNYETAEGVSLPRSTLYNHYLRHCQEHKLDPVNAASFGKLIRSIFMGLRTRR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 LGTRGNSKYHYYGIRVKPDSPLNRLQEDMQYMAMRQQPMQQKQRYKPMQKVDGVADGFTG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 SGQQTGTSVEQTVIAQSQHHQQFLDASRALPEFGEVEISSLPDGTTFEDIKSLQSLYREH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 SGQQTGTSVEQTVIAQSQHHQQFLDASRALPEFGEVEISSLPDGTTFEDIKSLQSLYREH
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 CEAILDVVVNLQFSLIEKLWQTFWRYSPSTPTDGTTITESSNLSEIESRLPKAKLITLCK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 CEAILDVVVNLQFSLIEKLWQTFWRYSPSTPTDGTTITESSNLSEIESRLPKAKLITLCK
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 HESILKWMCNCDHGMYQALVEILIPDVLRPIPSALTQAIRNFAKSLEGWLSNAMNNIPQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 HESILKWMCNCDHGMYQALVEILIPDVLRPIPSALTQAIRNFAKSLEGWLSNAMNNIPQR
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 MIQTKVAAVSAFAQTLRRYTSLNHLAQAARAVLQNTSQINQMLSDLNRVDFANVQEQASW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 MIQTKVAAVSAFAQTLRRYTSLNHLAQAARAVLQNTSQINQMLSDLNRVDFANVQEQASW
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 VCQCDDNMVQRLETDFKMTLQQQSTLEQWAAWLDNVMMQALKPYEGRPSFPKAARQFLLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 VCQCDDNMVQRLETDFKMTLQQQSTLEQWAAWLDNVMMQALKPYEGRPSFPKAARQFLLK
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB6 WSFYSSMVIRDLTLRSAASFGSFHLIRLLYDEYMFYLVEHRVAQATGETPIAVMGEFGDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 WSFYSSMVIRDLTLRSAASFGSFHLIRLLYDEYMFYLVEHRVAQATGETPIAVMGEFGDL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB6 NAVSPGNLDKDEGSEVESEMDEELDDSSEPQAKREKTELSQAFPVGCMQPVLETGVQPSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 NAVSPGNLDKDEGSEVESEMDEELDDSSEPQAKREKTELSQAFPVGCMQPVLETGVQPSL
670 680 690 700 710 720
730 740
pF1KB6 LNPIHSEHIVTSTQTIRQCSATGNTYTAV
:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 LNPIHSEHIVTSTQTIRQCSATGNTYTAV
730 740
>>CCDS6450.1 RFX3 gene_id:5991|Hs108|chr9 (707 aa)
initn: 4299 init1: 4299 opt: 4299 Z-score: 4607.5 bits: 863.1 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4299; 100.0% identity (100.0% similar) in 656 aa overlap (1-656:1-656)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MQTSETGSDTGSTVTLQTSVASQAAVPTQVVQQVPVQQQVQQVQTVQQVQHVYPAQVQYV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 MQTSETGSDTGSTVTLQTSVASQAAVPTQVVQQVPVQQQVQQVQTVQQVQHVYPAQVQYV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 EGSDTVYTNGAIRTTTYPYTETQMYSQNTGGNYFDTQGSSAQVTTVVSSHSMVGTGGIQM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 EGSDTVYTNGAIRTTTYPYTETQMYSQNTGGNYFDTQGSSAQVTTVVSSHSMVGTGGIQM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 GVTGGQLISSSGGTYLIGNSMENSGHSVTHTTRASPATIEMAIETLQKSDGLSTHRSSLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 GVTGGQLISSSGGTYLIGNSMENSGHSVTHTTRASPATIEMAIETLQKSDGLSTHRSSLL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 NSHLQWLLDNYETAEGVSLPRSTLYNHYLRHCQEHKLDPVNAASFGKLIRSIFMGLRTRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 NSHLQWLLDNYETAEGVSLPRSTLYNHYLRHCQEHKLDPVNAASFGKLIRSIFMGLRTRR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 LGTRGNSKYHYYGIRVKPDSPLNRLQEDMQYMAMRQQPMQQKQRYKPMQKVDGVADGFTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 LGTRGNSKYHYYGIRVKPDSPLNRLQEDMQYMAMRQQPMQQKQRYKPMQKVDGVADGFTG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 SGQQTGTSVEQTVIAQSQHHQQFLDASRALPEFGEVEISSLPDGTTFEDIKSLQSLYREH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 SGQQTGTSVEQTVIAQSQHHQQFLDASRALPEFGEVEISSLPDGTTFEDIKSLQSLYREH
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 CEAILDVVVNLQFSLIEKLWQTFWRYSPSTPTDGTTITESSNLSEIESRLPKAKLITLCK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 CEAILDVVVNLQFSLIEKLWQTFWRYSPSTPTDGTTITESSNLSEIESRLPKAKLITLCK
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 HESILKWMCNCDHGMYQALVEILIPDVLRPIPSALTQAIRNFAKSLEGWLSNAMNNIPQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 HESILKWMCNCDHGMYQALVEILIPDVLRPIPSALTQAIRNFAKSLEGWLSNAMNNIPQR
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 MIQTKVAAVSAFAQTLRRYTSLNHLAQAARAVLQNTSQINQMLSDLNRVDFANVQEQASW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 MIQTKVAAVSAFAQTLRRYTSLNHLAQAARAVLQNTSQINQMLSDLNRVDFANVQEQASW
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 VCQCDDNMVQRLETDFKMTLQQQSTLEQWAAWLDNVMMQALKPYEGRPSFPKAARQFLLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 VCQCDDNMVQRLETDFKMTLQQQSTLEQWAAWLDNVMMQALKPYEGRPSFPKAARQFLLK
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB6 WSFYSSMVIRDLTLRSAASFGSFHLIRLLYDEYMFYLVEHRVAQATGETPIAVMGEFGDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 WSFYSSMVIRDLTLRSAASFGSFHLIRLLYDEYMFYLVEHRVAQATGETPIAVMGEVREA
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB6 NAVSPGNLDKDEGSEVESEMDEELDDSSEPQAKREKTELSQAFPVGCMQPVLETGVQPSL
CCDS64 ERAVTHWVIKNKPELHFSLNTLLIKTMVPNQVSLRARRDCGVIARVP
670 680 690 700
>>CCDS12157.1 RFX2 gene_id:5990|Hs108|chr19 (723 aa)
initn: 2734 init1: 1472 opt: 3016 Z-score: 3232.3 bits: 608.7 E(32554): 1e-173
Smith-Waterman score: 3048; 66.9% identity (85.2% similar) in 724 aa overlap (1-698:1-715)
10 20 30 40
pF1KB6 MQTSETGSDTGSTVTLQTSVASQA--AVPTQVVQQV----P--VQQQ------VQQV-QT
::.:: :.:. ..:.:. :.:. : : .:. :. : .:.: :::: :
CCDS12 MQNSEGGADSPASVALRPSAAAPPVPASPQRVLVQAASSNPKGAQMQPISLPRVQQVPQQ
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB6 VQQVQHVYPAQVQYVEGSDTVYTNGAIRTTTYPYT-ETQMYSQNTGGNYFDTQGSSAQVT
:: ::::::::::::::.:.:::::::::. : :. : :::. .. ..::.. :. ::::
CCDS12 VQPVQHVYPAQVQYVEGGDAVYTNGAIRTA-YTYNPEPQMYAPSSTASYFEAPGG-AQVT
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150
pF1KB6 TVVSS------HSMVGTGGIQMGVTGGQLISSSGGTYLIGNSMENSGHSVTHTTRASPAT
...:: :::: :: : : ::. : ::.:.::: ..:... ::..::.:.::::
CCDS12 VAASSPPAVPSHSMV---GITMDV-GGSPIVSSAGAYLIHGGMDSTRHSLAHTSRSSPAT
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 IEMAIETLQKSDGLSTHRSSLLNSHLQWLLDNYETAEGVSLPRSTLYNHYLRHCQEHKLD
.:::::.::::.:...:.:.::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::
CCDS12 LEMAIENLQKSEGITSHKSGLLNSHLQWLLDNYETAEGVSLPRSSLYNHYLRHCQEHKLD
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KB6 PVNAASFGKLIRSIFMGLRTRRLGTRGNSKYHYYGIRVKPDSPLNRLQEDMQYMAMRQQP
:::::::::::::.:::::::::::::::::::::::.:::::::::::: :::::::::
CCDS12 PVNAASFGKLIRSVFMGLRTRRLGTRGNSKYHYYGIRLKPDSPLNRLQEDTQYMAMRQQP
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB6 MQQKQRYKPMQKVDGVADGFTGSGQQTGTSVEQTVIAQSQHHQQFLDASRALPEFGEVEI
:.:: ::.: ::.:...:. . :: .. . :::. .:::::::..:.:...::: ..
CCDS12 MHQKPRYRPAQKTDSLGDSGSHSGLHS--TPEQTMAVQSQHHQQYIDVSHVFPEFPAPDL
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KB6 SS--LPDGTTFEDIKSLQSLYREHCEAILDVVVNLQFSLIEKLWQTFWRYSPSTPTDGTT
.: : ::.:..:.:.:: .::.:::: .:::.:::: ::::: .:: : .. .:: :
CCDS12 GSFLLQDGVTLHDVKALQLVYRRHCEATVDVVMNLQFHYIEKLWLSFWN-SKASSSDGPT
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440 450
pF1KB6 ITESSNLSEIESRLPKAKLITLCKHESILKWMCNCDHGMYQALVEILIPDVLRPIPSALT
.:. . . ::: :::.::. . ::.:: .::: .:::::::::::::::.::.::
CCDS12 SLPASDEDPEGAVLPKDKLISLCQCDPILRWMRSCDHILYQALVEILIPDVLRPVPSTLT
420 430 440 450 460 470
460 470 480 490 500 510
pF1KB6 QAIRNFAKSLEGWLSNAMNNIPQRMIQTKVAAVSAFAQTLRRYTSLNHLAQAARAVLQNT
::::::::::::::.:::...::..:::::..::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 QAIRNFAKSLEGWLTNAMSDFPQQVIQTKVGVVSAFAQTLRRYTSLNHLAQAARAVLQNT
480 490 500 510 520 530
520 530 540 550 560 570
pF1KB6 SQINQMLSDLNRVDFANVQEQASWVCQCDDNMVQRLETDFKMTLQQQSTLEQWAAWLDNV
::::::::::::::::::::::::::::....::::: :::.::::::.:.:::.:::.:
CCDS12 SQINQMLSDLNRVDFANVQEQASWVCQCEESVVQRLEQDFKLTLQQQSSLDQWASWLDSV
540 550 560 570 580 590
580 590 600 610 620 630
pF1KB6 MMQALKPYEGRPSFPKAARQFLLKWSFYSSMVIRDLTLRSAASFGSFHLIRLLYDEYMFY
. :.:: . : :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 VTQVLKQHAGSPSFPKAARQFLLKWSFYSSMVIRDLTLRSAASFGSFHLIRLLYDEYMFY
600 610 620 630 640 650
640 650 660 670 680 690
pF1KB6 LVEHRVAQATGETPIAVMGEFGDLNAVSPGNLDKDE-GSEVE-SEMDEELDDSSEPQAKR
:::::::.:::::::::::::.:: ..: ::::. :.: . :: . . .:: .::
CCDS12 LVEHRVAEATGETPIAVMGEFNDLASLSLTLLDKDDMGDEQRGSEAGPDARSLGEPLVKR
660 670 680 690 700 710
700 710 720 730 740
pF1KB6 EKTELSQAFPVGCMQPVLETGVQPSLLNPIHSEHIVTSTQTIRQCSATGNTYTAV
:...
CCDS12 ERSDPNHSLQGI
720
>>CCDS75809.1 RFX3 gene_id:5991|Hs108|chr9 (413 aa)
initn: 2730 init1: 2609 opt: 2609 Z-score: 2799.9 bits: 527.9 E(32554): 1.2e-149
Smith-Waterman score: 2609; 99.3% identity (99.5% similar) in 404 aa overlap (1-404:1-404)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MQTSETGSDTGSTVTLQTSVASQAAVPTQVVQQVPVQQQVQQVQTVQQVQHVYPAQVQYV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 MQTSETGSDTGSTVTLQTSVASQAAVPTQVVQQVPVQQQVQQVQTVQQVQHVYPAQVQYV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 EGSDTVYTNGAIRTTTYPYTETQMYSQNTGGNYFDTQGSSAQVTTVVSSHSMVGTGGIQM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 EGSDTVYTNGAIRTTTYPYTETQMYSQNTGGNYFDTQGSSAQVTTVVSSHSMVGTGGIQM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 GVTGGQLISSSGGTYLIGNSMENSGHSVTHTTRASPATIEMAIETLQKSDGLSTHRSSLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 GVTGGQLISSSGGTYLIGNSMENSGHSVTHTTRASPATIEMAIETLQKSDGLSTHRSSLL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 NSHLQWLLDNYETAEGVSLPRSTLYNHYLRHCQEHKLDPVNAASFGKLIRSIFMGLRTRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 NSHLQWLLDNYETAEGVSLPRSTLYNHYLRHCQEHKLDPVNAASFGKLIRSIFMGLRTRR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 LGTRGNSKYHYYGIRVKPDSPLNRLQEDMQYMAMRQQPMQQKQRYKPMQKVDGVADGFTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 LGTRGNSKYHYYGIRVKPDSPLNRLQEDMQYMAMRQQPMQQKQRYKPMQKVDGVADGFTG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 SGQQTGTSVEQTVIAQSQHHQQFLDASRALPEFGEVEISSLPDGTTFEDIKSLQSLYREH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SGQQTGTSVEQTVIAQSQHHQQFLDASRALPEFGEVEISSLPDGTTFEDIKSLQSLYREH
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 CEAILDVVVNLQFSLIEKLWQTFWRYSPSTPTDGTTITESSNLSEIESRLPKAKLITLCK
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: . :
CCDS75 CEAILDVVVNLQFSLIEKLWQTFWRYSPSTPTDGTTITESRSESTSFPIHFHG
370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 HESILKWMCNCDHGMYQALVEILIPDVLRPIPSALTQAIRNFAKSLEGWLSNAMNNIPQR
>>CCDS12158.1 RFX2 gene_id:5990|Hs108|chr19 (698 aa)
initn: 2623 init1: 1464 opt: 2551 Z-score: 2734.1 bits: 516.5 E(32554): 5.7e-146
Smith-Waterman score: 2868; 64.5% identity (81.8% similar) in 724 aa overlap (1-698:1-690)
10 20 30 40
pF1KB6 MQTSETGSDTGSTVTLQTSVASQA--AVPTQVVQQV----P--VQQQ------VQQV-QT
::.:: :.:. ..:.:. :.:. : : .:. :. : .:.: :::: :
CCDS12 MQNSEGGADSPASVALRPSAAAPPVPASPQRVLVQAASSNPKGAQMQPISLPRVQQVPQQ
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB6 VQQVQHVYPAQVQYVEGSDTVYTNGAIRTTTYPYT-ETQMYSQNTGGNYFDTQGSSAQVT
:: ::::::::::::::.:.:::::::::. : :. : :::. .. ..::.. :. ::::
CCDS12 VQPVQHVYPAQVQYVEGGDAVYTNGAIRTA-YTYNPEPQMYAPSSTASYFEAPGG-AQVT
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150
pF1KB6 TVVSS------HSMVGTGGIQMGVTGGQLISSSGGTYLIGNSMENSGHSVTHTTRASPAT
...:: ::::: : : : ::. : ::.:.::: ..:... ::..::.:.::::
CCDS12 VAASSPPAVPSHSMVG---ITMDV-GGSPIVSSAGAYLIHGGMDSTRHSLAHTSRSSPAT
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 IEMAIETLQKSDGLSTHRSSLLNSHLQWLLDNYETAEGVSLPRSTLYNHYLRHCQEHKLD
:::::::::::::::::::.:::::::::::::::
CCDS12 -------------------------LQWLLDNYETAEGVSLPRSSLYNHYLRHCQEHKLD
180 190 200
220 230 240 250 260 270
pF1KB6 PVNAASFGKLIRSIFMGLRTRRLGTRGNSKYHYYGIRVKPDSPLNRLQEDMQYMAMRQQP
:::::::::::::.:::::::::::::::::::::::.:::::::::::: :::::::::
CCDS12 PVNAASFGKLIRSVFMGLRTRRLGTRGNSKYHYYGIRLKPDSPLNRLQEDTQYMAMRQQP
210 220 230 240 250 260
280 290 300 310 320 330
pF1KB6 MQQKQRYKPMQKVDGVADGFTGSGQQTGTSVEQTVIAQSQHHQQFLDASRALPEFGEVEI
:.:: ::.: ::.:...:. . :: .. . :::. .:::::::..:.:...::: ..
CCDS12 MHQKPRYRPAQKTDSLGDSGSHSGLHS--TPEQTMAVQSQHHQQYIDVSHVFPEFPAPDL
270 280 290 300 310 320
340 350 360 370 380 390
pF1KB6 SS--LPDGTTFEDIKSLQSLYREHCEAILDVVVNLQFSLIEKLWQTFWRYSPSTPTDGTT
.: : ::.:..:.:.:: .::.:::: .:::.:::: ::::: .:: : .. .:: :
CCDS12 GSFLLQDGVTLHDVKALQLVYRRHCEATVDVVMNLQFHYIEKLWLSFWN-SKASSSDGPT
330 340 350 360 370 380
400 410 420 430 440 450
pF1KB6 ITESSNLSEIESRLPKAKLITLCKHESILKWMCNCDHGMYQALVEILIPDVLRPIPSALT
.:. . . ::: :::.::. . ::.:: .::: .:::::::::::::::.::.::
CCDS12 SLPASDEDPEGAVLPKDKLISLCQCDPILRWMRSCDHILYQALVEILIPDVLRPVPSTLT
390 400 410 420 430 440
460 470 480 490 500 510
pF1KB6 QAIRNFAKSLEGWLSNAMNNIPQRMIQTKVAAVSAFAQTLRRYTSLNHLAQAARAVLQNT
::::::::::::::.:::...::..:::::..::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 QAIRNFAKSLEGWLTNAMSDFPQQVIQTKVGVVSAFAQTLRRYTSLNHLAQAARAVLQNT
450 460 470 480 490 500
520 530 540 550 560 570
pF1KB6 SQINQMLSDLNRVDFANVQEQASWVCQCDDNMVQRLETDFKMTLQQQSTLEQWAAWLDNV
::::::::::::::::::::::::::::....::::: :::.::::::.:.:::.:::.:
CCDS12 SQINQMLSDLNRVDFANVQEQASWVCQCEESVVQRLEQDFKLTLQQQSSLDQWASWLDSV
510 520 530 540 550 560
580 590 600 610 620 630
pF1KB6 MMQALKPYEGRPSFPKAARQFLLKWSFYSSMVIRDLTLRSAASFGSFHLIRLLYDEYMFY
. :.:: . : :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 VTQVLKQHAGSPSFPKAARQFLLKWSFYSSMVIRDLTLRSAASFGSFHLIRLLYDEYMFY
570 580 590 600 610 620
640 650 660 670 680 690
pF1KB6 LVEHRVAQATGETPIAVMGEFGDLNAVSPGNLDKDE-GSEVE-SEMDEELDDSSEPQAKR
:::::::.:::::::::::::.:: ..: ::::. :.: . :: . . .:: .::
CCDS12 LVEHRVAEATGETPIAVMGEFNDLASLSLTLLDKDDMGDEQRGSEAGPDARSLGEPLVKR
630 640 650 660 670 680
700 710 720 730 740
pF1KB6 EKTELSQAFPVGCMQPVLETGVQPSLLNPIHSEHIVTSTQTIRQCSATGNTYTAV
:...
CCDS12 ERSDPNHSLQGI
690
>>CCDS12301.1 RFX1 gene_id:5989|Hs108|chr19 (979 aa)
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10 20 30 40 50
pF1KB6 MQTSETGSDTGSTVTLQTSVASQAAVPTQVVQQVPVQQQVQQVQTVQQVQHVYPAQVQ
: .: : : :.:::.: : : ::: .:::
CCDS12 QQSVPVTQERSVVQATPQAPKPGPVQPLTVQGLQPVHVAQEVQQLQQVP-VPHVYSSQVQ
240 250 260 270 280 290
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 YVEGSDTVYTNGAIRTTTYPYTETQMYSQNTGGNYFDTQGSSAQVTTVVSSHSMVGTGGI
::::.:. :: .:::..:: : :: .:.:... .:... :...::.: ..:......:..
CCDS12 YVEGGDASYTASAIRSSTYSYPETPLYTQTASTSYYEAAGTATQVSTPATSQAVASSGSM
300 310 320 330 340 350
120 130 140 150 160
pF1KB6 QMGVTGGQLISSS------------------GGTYLIGNSMENSGHSVTHTTRASPATIE
: :.:.:...:: :: :.. .:: . . :. .:.
CCDS12 PMYVSGSQVVASSTSTGAGASNSSGGGGSGGGGGGGGGGGGGGSGSTGGGGSGAGTYVIQ
360 370 380 390 400 410
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 MAIETLQKSDGLSTHRSSLLNSHLQWLLDNYETAEGVSLPRSTLYNHYLRHCQEHKLDPV
. . :.. : : . . .::::::::::::::::::::: ::: ::::.::.::
CCDS12 GGYMLGSASQSYS-HTTRASPATVQWLLDNYETAEGVSLPRSTLYCHYLLHCQEQKLEPV
420 430 440 450 460 470
230 240 250 260 270 280
pF1KB6 NAASFGKLIRSIFMGLRTRRLGTRGNSKYHYYGIRVKPDSPLNRLQEDMQYMAMRQQPMQ
:::::::::::.:::::::::::::::::::::.:.: .::: ::.::.:.:::: ::..
CCDS12 NAASFGKLIRSVFMGLRTRRLGTRGNSKYHYYGLRIKASSPLLRLMEDQQHMAMRGQPFS
480 490 500 510 520 530
290 300 310 320 330 340
pF1KB6 QKQRYKPMQKVDGVADGFTGSGQQTGTSVEQTVIAQSQHHQQFLDASRALPEFGEVEISS
:::: ::.::..:...: .. ::: .:.. . . :: :..::::::::.::.: :.....
CCDS12 QKQRLKPIQKMEGMTNG-VAVGQQPSTGL-SDISAQVQQYQQFLDASRSLPDFTELDLQG
540 550 560 570 580 590
350 360 370 380 390
pF1KB6 --LPDGTTFEDIKSLQSLYREHCEAILDVVVNLQFSLIEKLWQTFWRYSPSTPTDGTTIT
::.:. :::..: :::::::::.::.:::::.:.: ::.:::::. : :... ..
CCDS12 KVLPEGVGPGDIKAFQVLYREHCEAIVDVMVNLQFTLVETLWKTFWRYNLSQPSEAPPLA
600 610 620 630 640 650
400 410 420 430 440 450
pF1KB6 ESSNLSEIESRLPKAKLITLCKHESILKWMCNCDHGMYQALVEILIPDVLRPIPSALTQA
. : :.::::: :. : : : .:.: .::. .::.::::::::::::::::::::
CCDS12 VHD---EAEKRLPKAILVLLSKFEPVLQWTKHCDNVLYQGLVEILIPDVLRPIPSALTQA
660 670 680 690 700 710
460 470 480 490 500 510
pF1KB6 IRNFAKSLEGWLSNAMNNIPQRMIQTKVAAVSAFAQTLRRYTSLNHLAQAARAVLQNTSQ
:::::::::.::..:: :::..:...::::..::::::::::::::::::::::::::.:
CCDS12 IRNFAKSLESWLTHAMVNIPEEMLRVKVAAAGAFAQTLRRYTSLNHLAQAARAVLQNTAQ
720 730 740 750 760 770
520 530 540 550 560 570
pF1KB6 INQMLSDLNRVDFANVQEQASWVCQCDDNMVQRLETDFKMTLQQQSTLEQWAAWLDNVMM
::::::::::::::::::::::::.:.: .::::: :::.:::::..:::::::::.:.
CCDS12 INQMLSDLNRVDFANVQEQASWVCRCEDRVVQRLEQDFKVTLQQQNSLEQWAAWLDGVVS
780 790 800 810 820 830
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pF1KB6 QALKPYEGRPSFPKAARQFLLKWSFYSSMVIRDLTLRSAASFGSFHLIRLLYDEYMFYLV
:.::::.: .:::::. ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::.
CCDS12 QVLKPYQGSAGFPKAAKLFLLKWSFYSSMVIRDLTLRSAASFGSFHLIRLLYDEYMYYLI
840 850 860 870 880 890
640 650 660 670 680 690
pF1KB6 EHRVAQATGETPIAVMGEFGDL-NAVSPGNLDKDEGSEVESEMDEELDDSSEPQAKREKT
::::::: :::::::::::..: ....: . :::: : : : ..::
CCDS12 EHRVAQAKGETPIAVMGEFANLATSLNPLDPDKDEEEEEEEESEDELPQDISLAAGGESP
900 910 920 930 940 950
700 710 720 730 740
pF1KB6 ELSQAFPVGCMQPVLETGVQPSLLNPIHSEHIVTSTQTIRQCSATGNTYTAV
CCDS12 ALGPETLEPPAKLARTDARGLFVQALPSS
960 970
>>CCDS9108.1 RFX4 gene_id:5992|Hs108|chr12 (641 aa)
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220 230 240 250 260 270
pF1KB6 HKLDPVNAASFGKLIRSIFMGLRTRRLGTRGNSKYHY-YGIRVKPDSPLNR-LQEDMQYM
:.:.. ::.. ::.: . : ..:.
CCDS91 MNWAAFGGSEFFIPEGIQIDSRCPLSRNITEWYHYY
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280 290 300 310 320 330
pF1KB6 AMRQQPMQQKQRYKPMQKVDGVADGFTGSGQQTGTSVEQTVIAQSQHHQQFLDASRALPE
.. . ...: : : . :.: . .:.. : . ..: : . . . :::
CCDS91 GIAVK--ESSQYYDVMYSKKGAA-WVSETGKKE---VSKQTVAYSPRSKL----GTLLPE
40 50 60 70 80
340 350 360 370 380 390
pF1KB6 FGEVEISSLPDGTTFEDIKSLQSLYREHCEAILDVVVNLQFSLIEKLWQTFWRYSPSTPT
: .:. .:: . : .... .:: ::. :::.:. .:. .... ::. : :
CCDS91 FPNVKDLNLPASLPEEKVSTFIMMYRTHCQRILDTVIRANFDEVQSFLLHFWQGMP--P-
90 100 110 120 130 140
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pF1KB6 DGTTITESSNLSEIESRLPKAKLITLCKHESILKWMCNCDHGMYQALVEILIPDVLRPIP
... . .... . :: .:.:. .:.: ::. .:
CCDS91 ---------------------HMLPVLGSSTVVNIVGVCDSILYKAISGVLMPTVLQALP
150 160 170 180
460 470 480 490 500 510
pF1KB6 SALTQAIRNFAKSLEGWLSNAMNNIPQRMIQTKVAAVSAFAQTLRRYTSLNHLAQAARAV
..:::.::.:::.:. ::. :....:. . . : :.: ::: :::::: ::.:.:
CCDS91 DSLTQVIRKFAKQLDEWLKVALHDLPENLRNIKFELSRRFSQILRRQTSLNHLCQASRTV
190 200 210 220 230 240
520 530 540 550 560
pF1KB6 LQNTSQINQMLSDLNRVDFANVQEQASWVCQC--DDN--MVQRLETDFKMTLQQQSTLEQ
..... ::: : ::. .. .:. .. . :.. .. .: .: :..:: .:.
CCDS91 IHSADITFQMLEDWRNVDLNSITKQTLYTMEDSRDEHRKLITQLYQEFDHLLEEQSPIES
250 260 270 280 290 300
570 580 590 600 610 620
pF1KB6 WAAWLDNVMMQALKPYEGR--PSFPKAARQFLLKWSFYSSMVIRDLTLRSAASFGSFHLI
. :::... . . .. :. :.:.:::: :: ... ::::.::.:: ::::::::
CCDS91 YIEWLDTMVDRCVVKVAAKRQGSLKKVAQQFLLMWSCFGTRVIRDMTLHSAPSFGSFHLI
310 320 330 340 350 360
630 640 650 660 670 680
pF1KB6 RLLYDEYMFYLVEHRVAQA-TGETPIAVMGEFGDLNAVSPGNLDKDEGSEVESEMDEELD
.:..:.:..::.: : ..: :. ::
CCDS91 HLMFDDYVLYLLESLHCQERANELMRAMKGEGSTAEVREEIILTEAAAPTPSPVPSFSPA
370 380 390 400 410 420
690 700 710 720 730 740
pF1KB6 DSSEPQAKREKTELSQAFPVGCMQPVLETGVQPSLLNPIHSEHIVTSTQTIRQCSATGNT
CCDS91 KSATSVEVPPPSSPVSNPSPEYTGLSTTGAMQSYTWSLTYTVTTAAGSPAENSQQLPCMR
430 440 450 460 470 480
>>CCDS9106.1 RFX4 gene_id:5992|Hs108|chr12 (735 aa)
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Smith-Waterman score: 918; 34.7% identity (61.1% similar) in 525 aa overlap (139-656:23-487)
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 SHSMVGTGGIQMGVTGGQLISSSGGTYLIGNSMENSGHSVTHTTRASPATIEMAIETLQK
: ::. .: .::. .. .. : : ..
CCDS91 MHCGLLEEPDMDSTESWIERCLNESENKRYS-SHTSLGNVSNDEN--EEKEN
10 20 30 40
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 SDGLSTHRSSLLNSHLQWLLDNYETAEGVSLPRSTLYNHYLRHCQEHKLDPVNAASFGKL
. . . : . . :::: .::: :::: .:::.:: ::: :... .:::::::::.
CCDS91 NRASKPHSTP---ATLQWLEENYEIAEGVCIPRSALYMHYLDFCEKNDTQPVNAASFGKI
50 60 70 80 90 100
230 240 250 260 270 280
pF1KB6 IRSIFMGLRTRRLGTRGNSKYHYYGIRVKPDSPLNRLQEDMQYMAMRQQPMQQKQRYKPM
::. : : ::::::::.:::::::: :: .: : : :
CCDS91 IRQQFPQLTTRRLGTRGQSKYHYYGIAVKESS----------------------QYYDVM
110 120 130 140
290 300 310 320 330 340
pF1KB6 QKVDGVADGFTGSGQQTGTSVEQTVIAQSQHHQQFLDASRALPEFGEVEISSLPDGTTFE
. :.: . .:.. : . ..: : . . . :::: .:. .:: . :
CCDS91 YSKKGAA-WVSETGKKE---VSKQTVAYSPRSKL----GTLLPEFPNVKDLNLPASLPEE
150 160 170 180 190
350 360 370 380 390 400
pF1KB6 DIKSLQSLYREHCEAILDVVVNLQFSLIEKLWQTFWRYSPSTPTDGTTITESSNLSEIES
.... .:: ::. :::.:. .:. .... ::. : :
CCDS91 KVSTFIMMYRTHCQRILDTVIRANFDEVQSFLLHFWQGMP--P-----------------
200 210 220 230
410 420 430 440 450 460
pF1KB6 RLPKAKLITLCKHESILKWMCNCDHGMYQALVEILIPDVLRPIPSALTQAIRNFAKSLEG
... . .... . :: .:.:. .:.: ::. .:..:::.::.:::.:.
CCDS91 -----HMLPVLGSSTVVNIVGVCDSILYKAISGVLMPTVLQALPDSLTQVIRKFAKQLDE
240 250 260 270 280 290
470 480 490 500 510 520
pF1KB6 WLSNAMNNIPQRMIQTKVAAVSAFAQTLRRYTSLNHLAQAARAVLQNTSQINQMLSDLNR
::. :....:. . . : :.: ::: :::::: ::.:.:..... ::: :
CCDS91 WLKVALHDLPENLRNIKFELSRRFSQILRRQTSLNHLCQASRTVIHSADITFQMLEDWRN
300 310 320 330 340 350
530 540 550 560 570 580
pF1KB6 VDFANVQEQASWVCQC--DDN--MVQRLETDFKMTLQQQSTLEQWAAWLDNVMMQALKPY
::. .. .:. .. . :.. .. .: .: :..:: .:.. :::... . .
CCDS91 VDLNSITKQTLYTMEDSRDEHRKLITQLYQEFDHLLEEQSPIESYIEWLDTMVDRCVVKV
360 370 380 390 400 410
590 600 610 620 630 640
pF1KB6 EGR--PSFPKAARQFLLKWSFYSSMVIRDLTLRSAASFGSFHLIRLLYDEYMFYLVEHRV
.. :. :.:.:::: :: ... ::::.::.:: ::::::::.:..:.:..::.:
CCDS91 AAKRQGSLKKVAQQFLLMWSCFGTRVIRDMTLHSAPSFGSFHLIHLMFDDYVLYLLESLH
420 430 440 450 460 470
650 660 670 680 690 700
pF1KB6 AQA-TGETPIAVMGEFGDLNAVSPGNLDKDEGSEVESEMDEELDDSSEPQAKREKTELSQ
: ..: :. ::
CCDS91 CQERANELMRAMKGEGSTAEVREEIILTEAAAPTPSPVPSFSPAKSATSVEVPPPSSPVS
480 490 500 510 520 530
>>CCDS55880.1 RFX4 gene_id:5992|Hs108|chr12 (744 aa)
initn: 987 init1: 344 opt: 347 Z-score: 371.6 bits: 79.4 E(32554): 2.2e-14
Smith-Waterman score: 918; 34.7% identity (61.1% similar) in 525 aa overlap (139-656:32-496)
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 SHSMVGTGGIQMGVTGGQLISSSGGTYLIGNSMENSGHSVTHTTRASPATIEMAIETLQK
: ::. .: .::. .. .. : : ..
CCDS55 IKRRAHPGAGGDRTRPRRRRSTESWIERCLNESENKRYS-SHTSLGNVSNDEN--EEKEN
10 20 30 40 50
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 SDGLSTHRSSLLNSHLQWLLDNYETAEGVSLPRSTLYNHYLRHCQEHKLDPVNAASFGKL
. . . : . . :::: .::: :::: .:::.:: ::: :... .:::::::::.
CCDS55 NRASKPHSTP---ATLQWLEENYEIAEGVCIPRSALYMHYLDFCEKNDTQPVNAASFGKI
60 70 80 90 100 110
230 240 250 260 270 280
pF1KB6 IRSIFMGLRTRRLGTRGNSKYHYYGIRVKPDSPLNRLQEDMQYMAMRQQPMQQKQRYKPM
::. : : ::::::::.:::::::: :: .: : : :
CCDS55 IRQQFPQLTTRRLGTRGQSKYHYYGIAVKESS----------------------QYYDVM
120 130 140 150
290 300 310 320 330 340
pF1KB6 QKVDGVADGFTGSGQQTGTSVEQTVIAQSQHHQQFLDASRALPEFGEVEISSLPDGTTFE
. :.: . .:.. : . ..: : . . . :::: .:. .:: . :
CCDS55 YSKKGAA-WVSETGKKE---VSKQTVAYSPRSKL----GTLLPEFPNVKDLNLPASLPEE
160 170 180 190 200
350 360 370 380 390 400
pF1KB6 DIKSLQSLYREHCEAILDVVVNLQFSLIEKLWQTFWRYSPSTPTDGTTITESSNLSEIES
.... .:: ::. :::.:. .:. .... ::. : :
CCDS55 KVSTFIMMYRTHCQRILDTVIRANFDEVQSFLLHFWQGMP--P-----------------
210 220 230 240
410 420 430 440 450 460
pF1KB6 RLPKAKLITLCKHESILKWMCNCDHGMYQALVEILIPDVLRPIPSALTQAIRNFAKSLEG
... . .... . :: .:.:. .:.: ::. .:..:::.::.:::.:.
CCDS55 -----HMLPVLGSSTVVNIVGVCDSILYKAISGVLMPTVLQALPDSLTQVIRKFAKQLDE
250 260 270 280 290 300
470 480 490 500 510 520
pF1KB6 WLSNAMNNIPQRMIQTKVAAVSAFAQTLRRYTSLNHLAQAARAVLQNTSQINQMLSDLNR
::. :....:. . . : :.: ::: :::::: ::.:.:..... ::: :
CCDS55 WLKVALHDLPENLRNIKFELSRRFSQILRRQTSLNHLCQASRTVIHSADITFQMLEDWRN
310 320 330 340 350 360
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pF1KB6 VDFANVQEQASWVCQC--DDN--MVQRLETDFKMTLQQQSTLEQWAAWLDNVMMQALKPY
::. .. .:. .. . :.. .. .: .: :..:: .:.. :::... . .
CCDS55 VDLNSITKQTLYTMEDSRDEHRKLITQLYQEFDHLLEEQSPIESYIEWLDTMVDRCVVKV
370 380 390 400 410 420
590 600 610 620 630 640
pF1KB6 EGR--PSFPKAARQFLLKWSFYSSMVIRDLTLRSAASFGSFHLIRLLYDEYMFYLVEHRV
.. :. :.:.:::: :: ... ::::.::.:: ::::::::.:..:.:..::.:
CCDS55 AAKRQGSLKKVAQQFLLMWSCFGTRVIRDMTLHSAPSFGSFHLIHLMFDDYVLYLLESLH
430 440 450 460 470 480
650 660 670 680 690 700
pF1KB6 AQA-TGETPIAVMGEFGDLNAVSPGNLDKDEGSEVESEMDEELDDSSEPQAKREKTELSQ
: ..: :. ::
CCDS55 CQERANELMRAMKGEGSTAEVREEIILTEAAAPTPSPVPSFSPAKSATSVEVPPPSSPVS
490 500 510 520 530 540
>>CCDS5113.1 RFX6 gene_id:222546|Hs108|chr6 (928 aa)
initn: 935 init1: 319 opt: 319 Z-score: 340.0 bits: 73.9 E(32554): 1.3e-12
Smith-Waterman score: 829; 30.1% identity (56.9% similar) in 594 aa overlap (184-743:125-663)
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 ASPATIEMAIETLQKSDGLSTHRSSLLNSHLQWLLDNYETAEGVSLPRSTLYNHYLRHCQ
:::: .:: . ::: ::: :: ::: :.
CCDS51 SKTKAADQYLSQKKTITQIVKDKKKQTQLTLQWLEENYIVCEGVCLPRCILYAHYLDFCR
100 110 120 130 140 150
220 230 240 250 260 270
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