Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6234
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6234, 677 aa
1>>>pF1KB6234 677 - 677 aa - 677 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8091+/-0.00108; mu= 11.4204+/- 0.063
mean_var=113.3012+/-24.973, 0's: 0 Z-trim(106.6): 115 B-trim: 454 in 2/47
Lambda= 0.120492
statistics sampled from 8912 (9052) to 8912 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.648), E-opt: 0.2 (0.278), width: 16
Scan time: 3.640
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS60044.1 WDTC1 gene_id:23038|Hs108|chr1 ( 677) 4639 818.2 0
CCDS296.1 WDTC1 gene_id:23038|Hs108|chr1 ( 676) 4621 815.1 0
CCDS1200.1 DCAF8 gene_id:50717|Hs108|chr1 ( 597) 428 86.2 1.5e-16
CCDS59162.1 DCAF8L2 gene_id:347442|Hs108|chrX ( 631) 400 81.3 4.7e-15
CCDS30933.1 DCAF6 gene_id:55827|Hs108|chr1 ( 860) 389 79.5 2.3e-14
CCDS1267.2 DCAF6 gene_id:55827|Hs108|chr1 ( 880) 389 79.5 2.3e-14
CCDS55657.1 DCAF6 gene_id:55827|Hs108|chr1 ( 951) 389 79.5 2.5e-14
CCDS35222.1 DCAF8L1 gene_id:139425|Hs108|chrX ( 600) 354 73.3 1.1e-12
>>CCDS60044.1 WDTC1 gene_id:23038|Hs108|chr1 (677 aa)
initn: 4639 init1: 4639 opt: 4639 Z-score: 4365.8 bits: 818.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4639; 100.0% identity (100.0% similar) in 677 aa overlap (1-677:1-677)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAKVNITRDLIRRQIKERGALSFERRYHVTDPFIRRLGLEAELQGHSGCVNCLEWNEKGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 MAKVNITRDLIRRQIKERGALSFERRYHVTDPFIRRLGLEAELQGHSGCVNCLEWNEKGD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 LLASGSDDQHTIVWDPLHHKKLLSMHTGHTANIFSVKFLPHAGDRILITGAADSKVHVHD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 LLASGSDDQHTIVWDPLHHKKLLSMHTGHTANIFSVKFLPHAGDRILITGAADSKVHVHD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 LTVKETIHMFGDHTNRVKRIATAPMWPNTFWSAAEDGLIRQYDLRENSKHSEVLIDLTEY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 LTVKETIHMFGDHTNRVKRIATAPMWPNTFWSAAEDGLIRQYDLRENSKHSEVLIDLTEY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 CGQLVEAKCLTVNPQDNNCLAVGASGPFVRLYDIRMIHNHRKSMKQSPSAGVHTFCDRQK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 CGQLVEAKCLTVNPQDNNCLAVGASGPFVRLYDIRMIHNHRKSMKQSPSAGVHTFCDRQK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 PLPDGAAQYYVAGHLPVKLPDYNNRLRVLVATYVTFSPNGTELLVNMGGEQVYLFDLTYK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 PLPDGAAQYYVAGHLPVKLPDYNNRLRVLVATYVTFSPNGTELLVNMGGEQVYLFDLTYK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 QRPYTFLLPRKCHSSGEVQNGKMSTNGVSNGVSNGLHLHSNGFRLPESRGHVSPQVELPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 QRPYTFLLPRKCHSSGEVQNGKMSTNGVSNGVSNGLHLHSNGFRLPESRGHVSPQVELPP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 YLERVKQQANEAFACQQWTQAIQLYSKAVQRAPHNAMLYGNRAAAYMKRKWDGDHYDALR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 YLERVKQQANEAFACQQWTQAIQLYSKAVQRAPHNAMLYGNRAAAYMKRKWDGDHYDALR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 DCLKAISLNPCHLKAHFRLARCLFELKYVAEALECLDDFKGKFPEQAHSSACDALGRDIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 DCLKAISLNPCHLKAHFRLARCLFELKYVAEALECLDDFKGKFPEQAHSSACDALGRDIT
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 AALFSKNDGEEKKGPGGGAPVRLRSTSRKDSISEDEMVLRERSYDYQFRYCGHCNTTTDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 AALFSKNDGEEKKGPGGGAPVRLRSTSRKDSISEDEMVLRERSYDYQFRYCGHCNTTTDI
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 KEANFFGSNAQYIVSGSDDGSFFIWEKETTNLVRVLQGDESIVNCLQPHPSYCFLATSGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 KEANFFGSNAQYIVSGSDDGSFFIWEKETTNLVRVLQGDESIVNCLQPHPSYCFLATSGI
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB6 DPVVRLWNPRPESEDLTGRVVEDMEGASQANQRRMNADPLEVMLLNMGYRITGLSSGGAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 DPVVRLWNPRPESEDLTGRVVEDMEGASQANQRRMNADPLEVMLLNMGYRITGLSSGGAG
610 620 630 640 650 660
670
pF1KB6 ASDDEDSSEGQVQCRPS
:::::::::::::::::
CCDS60 ASDDEDSSEGQVQCRPS
670
>>CCDS296.1 WDTC1 gene_id:23038|Hs108|chr1 (676 aa)
initn: 2469 init1: 2469 opt: 4621 Z-score: 4348.9 bits: 815.1 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4621; 99.9% identity (99.9% similar) in 677 aa overlap (1-677:1-676)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAKVNITRDLIRRQIKERGALSFERRYHVTDPFIRRLGLEAELQGHSGCVNCLEWNEKGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 MAKVNITRDLIRRQIKERGALSFERRYHVTDPFIRRLGLEAELQGHSGCVNCLEWNEKGD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 LLASGSDDQHTIVWDPLHHKKLLSMHTGHTANIFSVKFLPHAGDRILITGAADSKVHVHD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 LLASGSDDQHTIVWDPLHHKKLLSMHTGHTANIFSVKFLPHAGDRILITGAADSKVHVHD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 LTVKETIHMFGDHTNRVKRIATAPMWPNTFWSAAEDGLIRQYDLRENSKHSEVLIDLTEY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 LTVKETIHMFGDHTNRVKRIATAPMWPNTFWSAAEDGLIRQYDLRENSKHSEVLIDLTEY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 CGQLVEAKCLTVNPQDNNCLAVGASGPFVRLYDIRMIHNHRKSMKQSPSAGVHTFCDRQK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 CGQLVEAKCLTVNPQDNNCLAVGASGPFVRLYDIRMIHNHRKSMKQSPSAGVHTFCDRQK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 PLPDGAAQYYVAGHLPVKLPDYNNRLRVLVATYVTFSPNGTELLVNMGGEQVYLFDLTYK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 PLPDGAAQYYVAGHLPVKLPDYNNRLRVLVATYVTFSPNGTELLVNMGGEQVYLFDLTYK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 QRPYTFLLPRKCHSSGEVQNGKMSTNGVSNGVSNGLHLHSNGFRLPESRGHVSPQVELPP
:::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 QRPYTFLLPRKCHSSG-VQNGKMSTNGVSNGVSNGLHLHSNGFRLPESRGHVSPQVELPP
310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 YLERVKQQANEAFACQQWTQAIQLYSKAVQRAPHNAMLYGNRAAAYMKRKWDGDHYDALR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 YLERVKQQANEAFACQQWTQAIQLYSKAVQRAPHNAMLYGNRAAAYMKRKWDGDHYDALR
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 DCLKAISLNPCHLKAHFRLARCLFELKYVAEALECLDDFKGKFPEQAHSSACDALGRDIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 DCLKAISLNPCHLKAHFRLARCLFELKYVAEALECLDDFKGKFPEQAHSSACDALGRDIT
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 AALFSKNDGEEKKGPGGGAPVRLRSTSRKDSISEDEMVLRERSYDYQFRYCGHCNTTTDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 AALFSKNDGEEKKGPGGGAPVRLRSTSRKDSISEDEMVLRERSYDYQFRYCGHCNTTTDI
480 490 500 510 520 530
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 KEANFFGSNAQYIVSGSDDGSFFIWEKETTNLVRVLQGDESIVNCLQPHPSYCFLATSGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 KEANFFGSNAQYIVSGSDDGSFFIWEKETTNLVRVLQGDESIVNCLQPHPSYCFLATSGI
540 550 560 570 580 590
610 620 630 640 650 660
pF1KB6 DPVVRLWNPRPESEDLTGRVVEDMEGASQANQRRMNADPLEVMLLNMGYRITGLSSGGAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS29 DPVVRLWNPRPESEDLTGRVVEDMEGASQANQRRMNADPLEVMLLNMGYRITGLSSGGAG
600 610 620 630 640 650
670
pF1KB6 ASDDEDSSEGQVQCRPS
:::::::::::::::::
CCDS29 ASDDEDSSEGQVQCRPS
660 670
>>CCDS1200.1 DCAF8 gene_id:50717|Hs108|chr1 (597 aa)
initn: 673 init1: 242 opt: 428 Z-score: 410.5 bits: 86.2 E(32554): 1.5e-16
Smith-Waterman score: 449; 31.7% identity (63.8% similar) in 271 aa overlap (33-299:179-418)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 KVNITRDLIRRQIKERGALSFERRYHVTDPFIRRLGLEAELQGHSGCVNCLEWNEKGDLL
:..:. :. :.::.:::: :..:..: :
CCDS12 RPRWQALPALRERELGSSARFVYEACGARVFVQRFRLQHGLEGHTGCVNTLHFNQRGTWL
150 160 170 180 190 200
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 ASGSDDQHTIVWDPLHHKKLLSMHTGHTANIFSVKFLPHAGDRILITGAADSKVHVHDLT
:::::: ...::: .... .:....:: .:.:..::::..:: : : :..:.: .:.
CCDS12 ASGSDDLKVVVWDWVRRQPVLDFESGHKSNVFQAKFLPNSGDSTLAMCARDGQVRVAELS
210 220 230 240 250 260
130 140 150 160 170
pF1KB6 VKE---TIHMFGDHTNRVKRIATAPMWPNTFWSAAEDGLIRQYDLRENSKHSEVLIDLTE
. . . . ..: . ...: : : :: ::.::... :::.. :.... :.
CCDS12 ATQCCKNTKRVAQHKGASHKLALEPDSPCTFLSAGEDAVVFTIDLRQDRPASKLVV--TK
270 280 290 300 310 320
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 YCGQLVEAKCLTVNPQDNNCLAVGASGPFVRLYDIRMIHNHRKSMKQSPSAGV-HTFCDR
. : . ::: ... .:::. :::.:: : : ..... :: . ::
CCDS12 EKEKKVGLYTIYVNPANTHQFAVGGRDQFVRIYDQRKIDENENN-------GVLKKFC--
330 340 350 360 370
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 QKPLPDGAAQYYVAGHLPVKLPDYNNRLRVLVATYVTFSPNGTELLVNMGGEQVYLFDLT
: .: . ... . : ...: .:::::.... :..:::. .
CCDS12 -----------------PHHLVNSESKANI---TCLVYSHDGTELLASYNDEDIYLFNSS
380 390 400 410
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 YKQRPYTFLLPRKCHSSGEVQNGKMSTNGVSNGVSNGLHLHSNGFRLPESRGHVSPQVEL
.
CCDS12 HSDGAQYVKRYKGHRNNATVKGVNFYGPKSEFVVSGSDCGHIFLWEKSSCQIIQFMEGDK
420 430 440 450 460 470
>>CCDS59162.1 DCAF8L2 gene_id:347442|Hs108|chrX (631 aa)
initn: 561 init1: 210 opt: 400 Z-score: 383.8 bits: 81.3 E(32554): 4.7e-15
Smith-Waterman score: 416; 29.6% identity (61.3% similar) in 297 aa overlap (6-299:189-453)
10 20 30
pF1KB6 MAKVNITRDLIRRQIKERGALSFERRYHVTDPFIR
.. : .::. : . .: . :..
CCDS59 NHEQYSLEEDQALEEWVSSETSALPRPRWQVVTALHQRQLGSRPRFVYEACG--ARAFVQ
160 170 180 190 200 210
40 50 60 70 80 90
pF1KB6 RLGLEAELQGHSGCVNCLEWNEKGDLLASGSDDQHTIVWDPLHHKKLLSMHTGHTANIFS
:. :. .: : :::: ...:..: :::..:: ..:::: .... .:....::: :.:.
CCDS59 RFRLQYRLADHVGCVNTVHFNQRGTRLASSGDDLKVIVWDWVRQRPVLNFESGHTNNVFQ
220 230 240 250 260 270
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 VKFLPHAGDRILITGAADSKVHVHDL---TVKETIHMFGDHTNRVKRIATAPMWPNTFWS
.::::. :: : : :..:.: .: . .. . ..: . ....: : : : .
CCDS59 AKFLPNCGDSTLAMCARDGQVRVAELINASYFNNTKCVAQHRGPAHKLALEPDSPYKFLT
280 290 300 310 320 330
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 AAEDGLIRQYDLRENSKHSEVLIDLTEYCGQLVEAKCLTVNPQDNNCLAVGASGPFVRLY
..::... :::.. :.:.. :. . : .:::: .. .:::.. :::.:
CCDS59 SGEDAVVFTIDLRQDRPASKVVV--TRENDKKVGLYTITVNPANTYQFAVGGQDQFVRIY
340 350 360 370 380 390
220 230 240 250 260 270
pF1KB6 DIRMIHNHRKSMKQSPSAGVHTFCDRQKPLPDGAAQYYVAGHLPVKLPDYNNRLRVLVAT
: : : :... .:. . .. :: :. :. . . :
CCDS59 DQRKI-------------------DKKE--NNGVLKKFTPHHL-VNC-DFPTNI-----T
400 410 420
280 290 300 310 320 330
pF1KB6 YVTFSPNGTELLVNMGGEQVYLFDLTYKQRPYTFLLPRKCHSSGEVQNGKMSTNGVSNGV
:..: .:::::.... ...:::. ..
CCDS59 CVVYSHDGTELLASYNDDDIYLFNSSHSDGAQYSKRFKGHRNNTTVKGVNFYGPRSEFVV
430 440 450 460 470 480
>>CCDS30933.1 DCAF6 gene_id:55827|Hs108|chr1 (860 aa)
initn: 638 init1: 272 opt: 389 Z-score: 371.5 bits: 79.5 E(32554): 2.3e-14
Smith-Waterman score: 423; 30.7% identity (56.3% similar) in 293 aa overlap (9-296:13-281)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MAKVNITRDLIRRQIKERGALSFERRYHVTDPFIRRLGLEAELQGHSGCVNCLEWN
:. .:.. . .. :: ::.:: ::: :. :.:::: . ::
CCDS30 MSRGGSYPHLLWDVRKRSLGLEDPSRLRSRYLGRREFIQRLKLEATLNVHDGCVNTICWN
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 EKGDLLASGSDDQHTIVWDPLHHKKLLSMHTGHTANIFSVKFLPHAGDRILITGAADSKV
. :. . ::::: . .. .: .: : ....:: :::::.:::: ..:. ... ..:. .
CCDS30 DTGEYILSGSDDTKLVISNPYSRKVLTTIRSGHRANIFSAKFLPCTNDKQIVSCSGDGVI
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 HVHDLTVKETIH---MFGDHTNRVKRIATAPMWPNTFWSAAEDGLIRQYDLRENSKHS--
.. . .: : . . .: :.: : :: : .::: .: .: : ... .
CCDS30 FYTNVEQDAETNRQCQFTCHYGTTYEIMTVPNDPYTFLSCGEDGTVRWFDTRIKTSCTKE
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 EVLIDLTEYCGQLVEAKCLTVNPQDNNCLAVGASGPFVRLYDIRMIHNHRKSMKQSPSAG
. :. : . : ... : :::: : ::.:: ::. .. . ::
CCDS30 DCKDDILINCRR--AATSVAICPPIPYYLAVGCSDSSVRIYDRRMLGTR----ATGNYAG
190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 VHTFCDRQKPLPDGAAQYYVAGHLPVKLPDYNNRLRVLVATYVTFSPNGTELLVNMGGEQ
: : . .. .:: :. :: : . .: .: :.::.....
CCDS30 RGT---------TGMVARFIPSHLN------NKSCRV---TSLCYSEDGQEILVSYSSDY
240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 VYLFDLTYKQRPYTFLLPRKCHSSGEVQNGKMSTNGVSNGVSNGLHLHSNGFRLPESRGH
.::::
CCDS30 IYLFDPKDDTARELKTPSAEERREELRQPPVKRLRLRGDWSDTGPRARPESERERDGEQS
280 290 300 310 320 330
>>CCDS1267.2 DCAF6 gene_id:55827|Hs108|chr1 (880 aa)
initn: 579 init1: 272 opt: 389 Z-score: 371.3 bits: 79.5 E(32554): 2.3e-14
Smith-Waterman score: 423; 30.7% identity (56.3% similar) in 293 aa overlap (9-296:13-281)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MAKVNITRDLIRRQIKERGALSFERRYHVTDPFIRRLGLEAELQGHSGCVNCLEWN
:. .:.. . .. :: ::.:: ::: :. :.:::: . ::
CCDS12 MSRGGSYPHLLWDVRKRSLGLEDPSRLRSRYLGRREFIQRLKLEATLNVHDGCVNTICWN
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 EKGDLLASGSDDQHTIVWDPLHHKKLLSMHTGHTANIFSVKFLPHAGDRILITGAADSKV
. :. . ::::: . .. .: .: : ....:: :::::.:::: ..:. ... ..:. .
CCDS12 DTGEYILSGSDDTKLVISNPYSRKVLTTIRSGHRANIFSAKFLPCTNDKQIVSCSGDGVI
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 HVHDLTVKETIH---MFGDHTNRVKRIATAPMWPNTFWSAAEDGLIRQYDLRENSKHS--
.. . .: : . . .: :.: : :: : .::: .: .: : ... .
CCDS12 FYTNVEQDAETNRQCQFTCHYGTTYEIMTVPNDPYTFLSCGEDGTVRWFDTRIKTSCTKE
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 EVLIDLTEYCGQLVEAKCLTVNPQDNNCLAVGASGPFVRLYDIRMIHNHRKSMKQSPSAG
. :. : . : ... : :::: : ::.:: ::. .. . ::
CCDS12 DCKDDILINCRR--AATSVAICPPIPYYLAVGCSDSSVRIYDRRMLGTR----ATGNYAG
190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 VHTFCDRQKPLPDGAAQYYVAGHLPVKLPDYNNRLRVLVATYVTFSPNGTELLVNMGGEQ
: : . .. .:: :. :: : . .: .: :.::.....
CCDS12 RGT---------TGMVARFIPSHLN------NKSCRV---TSLCYSEDGQEILVSYSSDY
240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 VYLFDLTYKQRPYTFLLPRKCHSSGEVQNGKMSTNGVSNGVSNGLHLHSNGFRLPESRGH
.::::
CCDS12 IYLFDPKDDTARELKTPSAEERREELRQPPVKRLRLRGDWSDTGPRARPESERERDGEQS
280 290 300 310 320 330
>>CCDS55657.1 DCAF6 gene_id:55827|Hs108|chr1 (951 aa)
initn: 608 init1: 272 opt: 389 Z-score: 370.8 bits: 79.5 E(32554): 2.5e-14
Smith-Waterman score: 423; 30.7% identity (56.3% similar) in 293 aa overlap (9-296:13-281)
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