Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6212
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6212, 698 aa
1>>>pF1KB6212 698 - 698 aa - 698 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.6246+/-0.000975; mu= 9.6065+/- 0.058
mean_var=140.3474+/-28.674, 0's: 0 Z-trim(109.6): 28 B-trim: 629 in 1/50
Lambda= 0.108261
statistics sampled from 10988 (11012) to 10988 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.684), E-opt: 0.2 (0.338), width: 16
Scan time: 3.960
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12158.1 RFX2 gene_id:5990|Hs108|chr19 ( 698) 4661 740.0 2.8e-213
CCDS12157.1 RFX2 gene_id:5990|Hs108|chr19 ( 723) 3540 564.9 1.5e-160
CCDS6449.1 RFX3 gene_id:5991|Hs108|chr9 ( 749) 2555 411.1 3.1e-114
CCDS6450.1 RFX3 gene_id:5991|Hs108|chr9 ( 707) 2479 399.2 1.1e-110
CCDS12301.1 RFX1 gene_id:5989|Hs108|chr19 ( 979) 2297 370.8 5.2e-102
CCDS75809.1 RFX3 gene_id:5991|Hs108|chr9 ( 413) 1082 180.9 3.4e-45
CCDS9108.1 RFX4 gene_id:5992|Hs108|chr12 ( 641) 574 101.6 3.7e-21
CCDS9106.1 RFX4 gene_id:5992|Hs108|chr12 ( 735) 374 70.4 1.1e-11
CCDS55880.1 RFX4 gene_id:5992|Hs108|chr12 ( 744) 374 70.4 1.1e-11
>>CCDS12158.1 RFX2 gene_id:5990|Hs108|chr19 (698 aa)
initn: 4661 init1: 4661 opt: 4661 Z-score: 3942.6 bits: 740.0 E(32554): 2.8e-213
Smith-Waterman score: 4661; 99.9% identity (100.0% similar) in 698 aa overlap (1-698:1-698)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MQNSEGGADSPASVALRPSAAAPPVPASPQRVLVQAASSNPKGAQMQPISLPRVQQVPQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MQNSEGGADSPASVALRPSAAAPPVPASPQRVLVQAASSNPKGAQMQPISLPRVQQVPQQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 VQPVQHVYPAQVQYVEGGDAVYTNGTIRTAYTYNPEPQMYAPSSTASYFEAPGGAQVTVA
:::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 VQPVQHVYPAQVQYVEGGDAVYTNGAIRTAYTYNPEPQMYAPSSTASYFEAPGGAQVTVA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 ASSPPAVPSHSMVGITMDVGGSPIVSSAGAYLIHGGMDSTRHSLAHTSRSSPATLQWLLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 ASSPPAVPSHSMVGITMDVGGSPIVSSAGAYLIHGGMDSTRHSLAHTSRSSPATLQWLLD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 NYETAEGVSLPRSSLYNHYLRHCQEHKLDPVNAASFGKLIRSVFMGLRTRRLGTRGNSKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 NYETAEGVSLPRSSLYNHYLRHCQEHKLDPVNAASFGKLIRSVFMGLRTRRLGTRGNSKY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 HYYGIRLKPDSPLNRLQEDTQYMAMRQQPMHQKPRYRPAQKTDSLGDSGSHSGLHSTPEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 HYYGIRLKPDSPLNRLQEDTQYMAMRQQPMHQKPRYRPAQKTDSLGDSGSHSGLHSTPEQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 TMAVQSQHHQQYIDVSHVFPEFPAPDLGSFLLQDGVTLHDVKALQLVYRRHCEATVDVVM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 TMAVQSQHHQQYIDVSHVFPEFPAPDLGSFLLQDGVTLHDVKALQLVYRRHCEATVDVVM
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 NLQFHYIEKLWLSFWNSKASSSDGPTSLPASDEDPEGAVLPKDKLISLCQCDPILRWMRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 NLQFHYIEKLWLSFWNSKASSSDGPTSLPASDEDPEGAVLPKDKLISLCQCDPILRWMRS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 CDHILYQALVEILIPDVLRPVPSTLTQAIRNFAKSLEGWLTNAMSDFPQQVIQTKVGVVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 CDHILYQALVEILIPDVLRPVPSTLTQAIRNFAKSLEGWLTNAMSDFPQQVIQTKVGVVS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 AFAQTLRRYTSLNHLAQAARAVLQNTSQINQMLSDLNRVDFANVQEQASWVCQCEESVVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 AFAQTLRRYTSLNHLAQAARAVLQNTSQINQMLSDLNRVDFANVQEQASWVCQCEESVVQ
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 RLEQDFKLTLQQQSSLDQWASWLDSVVTQVLKQHAGSPSFPKAARQFLLKWSFYSSMVIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 RLEQDFKLTLQQQSSLDQWASWLDSVVTQVLKQHAGSPSFPKAARQFLLKWSFYSSMVIR
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB6 DLTLRSAASFGSFHLIRLLYDEYMFYLVEHRVAEATGETPIAVMGEFNDLASLSLTLLDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 DLTLRSAASFGSFHLIRLLYDEYMFYLVEHRVAEATGETPIAVMGEFNDLASLSLTLLDK
610 620 630 640 650 660
670 680 690
pF1KB6 DDMGDEQRGSEAGPDARSLGEPLVKRERSDPNHSLQGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 DDMGDEQRGSEAGPDARSLGEPLVKRERSDPNHSLQGI
670 680 690
>>CCDS12157.1 RFX2 gene_id:5990|Hs108|chr19 (723 aa)
initn: 3518 init1: 3518 opt: 3540 Z-score: 2996.1 bits: 564.9 E(32554): 1.5e-160
Smith-Waterman score: 4601; 96.4% identity (96.5% similar) in 723 aa overlap (1-698:1-723)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MQNSEGGADSPASVALRPSAAAPPVPASPQRVLVQAASSNPKGAQMQPISLPRVQQVPQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MQNSEGGADSPASVALRPSAAAPPVPASPQRVLVQAASSNPKGAQMQPISLPRVQQVPQQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 VQPVQHVYPAQVQYVEGGDAVYTNGTIRTAYTYNPEPQMYAPSSTASYFEAPGGAQVTVA
:::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 VQPVQHVYPAQVQYVEGGDAVYTNGAIRTAYTYNPEPQMYAPSSTASYFEAPGGAQVTVA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KB6 ASSPPAVPSHSMVGITMDVGGSPIVSSAGAYLIHGGMDSTRHSLAHTSRSSPATL-----
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 ASSPPAVPSHSMVGITMDVGGSPIVSSAGAYLIHGGMDSTRHSLAHTSRSSPATLEMAIE
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210
pF1KB6 --------------------QWLLDNYETAEGVSLPRSSLYNHYLRHCQEHKLDPVNAAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 NLQKSEGITSHKSGLLNSHLQWLLDNYETAEGVSLPRSSLYNHYLRHCQEHKLDPVNAAS
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KB6 FGKLIRSVFMGLRTRRLGTRGNSKYHYYGIRLKPDSPLNRLQEDTQYMAMRQQPMHQKPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 FGKLIRSVFMGLRTRRLGTRGNSKYHYYGIRLKPDSPLNRLQEDTQYMAMRQQPMHQKPR
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KB6 YRPAQKTDSLGDSGSHSGLHSTPEQTMAVQSQHHQQYIDVSHVFPEFPAPDLGSFLLQDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 YRPAQKTDSLGDSGSHSGLHSTPEQTMAVQSQHHQQYIDVSHVFPEFPAPDLGSFLLQDG
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KB6 VTLHDVKALQLVYRRHCEATVDVVMNLQFHYIEKLWLSFWNSKASSSDGPTSLPASDEDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 VTLHDVKALQLVYRRHCEATVDVVMNLQFHYIEKLWLSFWNSKASSSDGPTSLPASDEDP
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KB6 EGAVLPKDKLISLCQCDPILRWMRSCDHILYQALVEILIPDVLRPVPSTLTQAIRNFAKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 EGAVLPKDKLISLCQCDPILRWMRSCDHILYQALVEILIPDVLRPVPSTLTQAIRNFAKS
430 440 450 460 470 480
460 470 480 490 500 510
pF1KB6 LEGWLTNAMSDFPQQVIQTKVGVVSAFAQTLRRYTSLNHLAQAARAVLQNTSQINQMLSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LEGWLTNAMSDFPQQVIQTKVGVVSAFAQTLRRYTSLNHLAQAARAVLQNTSQINQMLSD
490 500 510 520 530 540
520 530 540 550 560 570
pF1KB6 LNRVDFANVQEQASWVCQCEESVVQRLEQDFKLTLQQQSSLDQWASWLDSVVTQVLKQHA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LNRVDFANVQEQASWVCQCEESVVQRLEQDFKLTLQQQSSLDQWASWLDSVVTQVLKQHA
550 560 570 580 590 600
580 590 600 610 620 630
pF1KB6 GSPSFPKAARQFLLKWSFYSSMVIRDLTLRSAASFGSFHLIRLLYDEYMFYLVEHRVAEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GSPSFPKAARQFLLKWSFYSSMVIRDLTLRSAASFGSFHLIRLLYDEYMFYLVEHRVAEA
610 620 630 640 650 660
640 650 660 670 680 690
pF1KB6 TGETPIAVMGEFNDLASLSLTLLDKDDMGDEQRGSEAGPDARSLGEPLVKRERSDPNHSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 TGETPIAVMGEFNDLASLSLTLLDKDDMGDEQRGSEAGPDARSLGEPLVKRERSDPNHSL
670 680 690 700 710 720
pF1KB6 QGI
:::
CCDS12 QGI
>>CCDS6449.1 RFX3 gene_id:5991|Hs108|chr9 (749 aa)
initn: 2618 init1: 1464 opt: 2555 Z-score: 2164.4 bits: 411.1 E(32554): 3.1e-114
Smith-Waterman score: 2863; 64.4% identity (81.8% similar) in 724 aa overlap (1-690:1-698)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MQNSEGGADSPASVALRPSAAAPPVPASPQRVLVQAASSNPKGAQMQPISLPRVQQVPQQ
::.:: :.:. ..:.:. :.:. : : .:. :. : .:.: :::: :
CCDS64 MQTSETGSDTGSTVTLQTSVASQA--AVPTQVVQQV----P--VQQQ------VQQV-QT
10 20 30 40
70 80 90 100 110
pF1KB6 VQPVQHVYPAQVQYVEGGDAVYTNGTIRTA-YTYNPEPQMYAPSSTASYFEAPGG-AQVT
:: ::::::::::::::.:.:::::.:::. : :. : :::. .. ..::.. :. ::::
CCDS64 VQQVQHVYPAQVQYVEGSDTVYTNGAIRTTTYPYT-ETQMYSQNTGGNYFDTQGSSAQVT
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 VAASSPPAVPSHSMVG---ITMDV-GGSPIVSSAGAYLIHGGMDSTRHSLAHTSRSSPAT
...:: ::::: : : : ::. : ::.:.::: ..:... ::..::.:.::::
CCDS64 TVVSS------HSMVGTGGIQMGVTGGQLISSSGGTYLIGNSMENSGHSVTHTTRASPAT
110 120 130 140 150
180 190 200
pF1KB6 -------------------------LQWLLDNYETAEGVSLPRSSLYNHYLRHCQEHKLD
:::::::::::::::::::.:::::::::::::::
CCDS64 IEMAIETLQKSDGLSTHRSSLLNSHLQWLLDNYETAEGVSLPRSTLYNHYLRHCQEHKLD
160 170 180 190 200 210
210 220 230 240 250 260
pF1KB6 PVNAASFGKLIRSVFMGLRTRRLGTRGNSKYHYYGIRLKPDSPLNRLQEDTQYMAMRQQP
:::::::::::::.:::::::::::::::::::::::.:::::::::::: :::::::::
CCDS64 PVNAASFGKLIRSIFMGLRTRRLGTRGNSKYHYYGIRVKPDSPLNRLQEDMQYMAMRQQP
220 230 240 250 260 270
270 280 290 300 310 320
pF1KB6 MHQKPRYRPAQKTDSLGDSGSHSGLHS--TPEQTMAVQSQHHQQYIDVSHVFPEFPAPDL
:.:: ::.: ::.:...:. . :: .. . :::. .:::::::..:.:...::: ..
CCDS64 MQQKQRYKPMQKVDGVADGFTGSGQQTGTSVEQTVIAQSQHHQQFLDASRALPEFGEVEI
280 290 300 310 320 330
330 340 350 360 370 380
pF1KB6 GSFLLQDGVTLHDVKALQLVYRRHCEATVDVVMNLQFHYIEKLWLSFWN-SKASSSDGPT
.: : ::.:..:.:.:: .::.:::: .:::.:::: ::::: .:: : .. .:: :
CCDS64 SS--LPDGTTFEDIKSLQSLYREHCEAILDVVVNLQFSLIEKLWQTFWRYSPSTPTDGTT
340 350 360 370 380 390
390 400 410 420 430 440
pF1KB6 SLPASDEDPEGAVLPKDKLISLCQCDPILRWMRSCDHILYQALVEILIPDVLRPVPSTLT
.:. . . ::: :::.::. . ::.:: .::: .:::::::::::::::.::.::
CCDS64 ITESSNLSEIESRLPKAKLITLCKHESILKWMCNCDHGMYQALVEILIPDVLRPIPSALT
400 410 420 430 440 450
450 460 470 480 490 500
pF1KB6 QAIRNFAKSLEGWLTNAMSDFPQQVIQTKVGVVSAFAQTLRRYTSLNHLAQAARAVLQNT
::::::::::::::.:::...::..:::::..::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 QAIRNFAKSLEGWLSNAMNNIPQRMIQTKVAAVSAFAQTLRRYTSLNHLAQAARAVLQNT
460 470 480 490 500 510
510 520 530 540 550 560
pF1KB6 SQINQMLSDLNRVDFANVQEQASWVCQCEESVVQRLEQDFKLTLQQQSSLDQWASWLDSV
::::::::::::::::::::::::::::....::::: :::.::::::.:.:::.:::.:
CCDS64 SQINQMLSDLNRVDFANVQEQASWVCQCDDNMVQRLETDFKMTLQQQSTLEQWAAWLDNV
520 530 540 550 560 570
570 580 590 600 610 620
pF1KB6 VTQVLKQHAGSPSFPKAARQFLLKWSFYSSMVIRDLTLRSAASFGSFHLIRLLYDEYMFY
. :.:: . : :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 MMQALKPYEGRPSFPKAARQFLLKWSFYSSMVIRDLTLRSAASFGSFHLIRLLYDEYMFY
580 590 600 610 620 630
630 640 650 660 670 680
pF1KB6 LVEHRVAEATGETPIAVMGEFNDLASLSLTLLDKDDMGDEQRGSEAGPDARSLGEPLVKR
:::::::.:::::::::::::.:: ..: ::::. :.: . :: . . .:: .::
CCDS64 LVEHRVAQATGETPIAVMGEFGDLNAVSPGNLDKDE-GSEVE-SEMDEELDDSSEPQAKR
640 650 660 670 680 690
690
pF1KB6 ERSDPNHSLQGI
:...
CCDS64 EKTELSQAFPVGCMQPVLETGVQPSLLNPIHSEHIVTSTQTIRQCSATGNTYTAV
700 710 720 730 740
>>CCDS6450.1 RFX3 gene_id:5991|Hs108|chr9 (707 aa)
initn: 1902 init1: 1426 opt: 2479 Z-score: 2100.7 bits: 399.2 E(32554): 1.1e-110
Smith-Waterman score: 2787; 66.0% identity (82.6% similar) in 680 aa overlap (1-646:1-656)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MQNSEGGADSPASVALRPSAAAPPVPASPQRVLVQAASSNPKGAQMQPISLPRVQQVPQQ
::.:: :.:. ..:.:. :.:. : : .:. :. : .:.: :::: :
CCDS64 MQTSETGSDTGSTVTLQTSVASQ--AAVPTQVVQQV----P--VQQQ------VQQV-QT
10 20 30 40
70 80 90 100 110
pF1KB6 VQPVQHVYPAQVQYVEGGDAVYTNGTIRTA-YTYNPEPQMYAPSSTASYFEAPGG-AQVT
:: ::::::::::::::.:.:::::.:::. : :. : :::. .. ..::.. :. ::::
CCDS64 VQQVQHVYPAQVQYVEGSDTVYTNGAIRTTTYPYT-ETQMYSQNTGGNYFDTQGSSAQVT
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 VAASSPPAVPSHSMVG---ITMDV-GGSPIVSSAGAYLIHGGMDSTRHSLAHTSRSSPAT
...:: ::::: : : : ::. : ::.:.::: ..:... ::..::.:.::::
CCDS64 TVVSS------HSMVGTGGIQMGVTGGQLISSSGGTYLIGNSMENSGHSVTHTTRASPAT
110 120 130 140 150
180 190 200
pF1KB6 -------------------------LQWLLDNYETAEGVSLPRSSLYNHYLRHCQEHKLD
:::::::::::::::::::.:::::::::::::::
CCDS64 IEMAIETLQKSDGLSTHRSSLLNSHLQWLLDNYETAEGVSLPRSTLYNHYLRHCQEHKLD
160 170 180 190 200 210
210 220 230 240 250 260
pF1KB6 PVNAASFGKLIRSVFMGLRTRRLGTRGNSKYHYYGIRLKPDSPLNRLQEDTQYMAMRQQP
:::::::::::::.:::::::::::::::::::::::.:::::::::::: :::::::::
CCDS64 PVNAASFGKLIRSIFMGLRTRRLGTRGNSKYHYYGIRVKPDSPLNRLQEDMQYMAMRQQP
220 230 240 250 260 270
270 280 290 300 310 320
pF1KB6 MHQKPRYRPAQKTDSLGDSGSHSGLHS--TPEQTMAVQSQHHQQYIDVSHVFPEFPAPDL
:.:: ::.: ::.:...:. . :: .. . :::. .:::::::..:.:...::: ..
CCDS64 MQQKQRYKPMQKVDGVADGFTGSGQQTGTSVEQTVIAQSQHHQQFLDASRALPEFGEVEI
280 290 300 310 320 330
330 340 350 360 370 380
pF1KB6 GSFLLQDGVTLHDVKALQLVYRRHCEATVDVVMNLQFHYIEKLWLSFWN-SKASSSDGPT
.: : ::.:..:.:.:: .::.:::: .:::.:::: ::::: .:: : .. .:: :
CCDS64 SS--LPDGTTFEDIKSLQSLYREHCEAILDVVVNLQFSLIEKLWQTFWRYSPSTPTDGTT
340 350 360 370 380 390
390 400 410 420 430 440
pF1KB6 SLPASDEDPEGAVLPKDKLISLCQCDPILRWMRSCDHILYQALVEILIPDVLRPVPSTLT
.:. . . ::: :::.::. . ::.:: .::: .:::::::::::::::.::.::
CCDS64 ITESSNLSEIESRLPKAKLITLCKHESILKWMCNCDHGMYQALVEILIPDVLRPIPSALT
400 410 420 430 440 450
450 460 470 480 490 500
pF1KB6 QAIRNFAKSLEGWLTNAMSDFPQQVIQTKVGVVSAFAQTLRRYTSLNHLAQAARAVLQNT
::::::::::::::.:::...::..:::::..::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 QAIRNFAKSLEGWLSNAMNNIPQRMIQTKVAAVSAFAQTLRRYTSLNHLAQAARAVLQNT
460 470 480 490 500 510
510 520 530 540 550 560
pF1KB6 SQINQMLSDLNRVDFANVQEQASWVCQCEESVVQRLEQDFKLTLQQQSSLDQWASWLDSV
::::::::::::::::::::::::::::....::::: :::.::::::.:.:::.:::.:
CCDS64 SQINQMLSDLNRVDFANVQEQASWVCQCDDNMVQRLETDFKMTLQQQSTLEQWAAWLDNV
520 530 540 550 560 570
570 580 590 600 610 620
pF1KB6 VTQVLKQHAGSPSFPKAARQFLLKWSFYSSMVIRDLTLRSAASFGSFHLIRLLYDEYMFY
. :.:: . : :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 MMQALKPYEGRPSFPKAARQFLLKWSFYSSMVIRDLTLRSAASFGSFHLIRLLYDEYMFY
580 590 600 610 620 630
630 640 650 660 670 680
pF1KB6 LVEHRVAEATGETPIAVMGEFNDLASLSLTLLDKDDMGDEQRGSEAGPDARSLGEPLVKR
:::::::.::::::::::::
CCDS64 LVEHRVAQATGETPIAVMGEVREAERAVTHWVIKNKPELHFSLNTLLIKTMVPNQVSLRA
640 650 660 670 680 690
>>CCDS12301.1 RFX1 gene_id:5989|Hs108|chr19 (979 aa)
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10 20 30 40 50
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::.. .: .:::. . :: . .::... .
CCDS12 VQANSSSSKTAGAPTGTVPQQLQVHGVQQSVPVTQERSVVQATPQAPKPGPVQPLTVQGL
220 230 240 250 260 270
60 70 80 90 100
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: .: :.:: :: ::: .:::::::::: :: ..::.. :.: :: .:. ....
CCDS12 QPVHVAQEVQQLQQVPVPHVYSSQVQYVEGGDASYTASAIRSSTYSY-PETPLYTQTAST
280 290 300 310 320
110 120 130 140
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::.:: : : ::.. :.: .. : :: : :.:: .:.:
CCDS12 SYYEAAGTATQVSTPATSQAVASSGSM---PMYVSGSQVVASSTSTGAGASNSSGGGGSG
330 340 350 360 370 380
150 160 170 180
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::.:.:.:: . :. .: .::.:.::::.:::::::
CCDS12 GGGGGGGGGGGGGSGSTGGGGSGAGTYVIQGGYMLGSASQSYSHTTRASPATVQWLLDNY
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190 200 210 220 230 240
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:::::::::::.:: ::: ::::.::.:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 ETAEGVSLPRSTLYCHYLLHCQEQKLEPVNAASFGKLIRSVFMGLRTRRLGTRGNSKYHY
450 460 470 480 490 500
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 YGIRLKPDSPLNRLQEDTQYMAMRQQPMHQKPRYRPAQKTDSLGDSGSHSGLHSTPEQTM
::.:.: .::: ::.:: :.:::: ::. :: : .: :: ... .. . . :: . .
CCDS12 YGLRIKASSPLLRLMEDQQHMAMRGQPFSQKQRLKPIQKMEGMTNGVAVGQQPSTGLSDI
510 520 530 540 550 560
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 AVQSQHHQQYIDVSHVFPEFPAPDLGSFLLQDGVTLHDVKALQLVYRRHCEATVDVVMNL
..: :..::..:.:. .:.: :: . .: .:: :.::.:..::.:::: :::..::
CCDS12 SAQVQQYQQFLDASRSLPDFTELDLQGKVLPEGVGPGDIKAFQVLYREHCEAIVDVMVNL
570 580 590 600 610 620
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 QFHYIEKLWLSFWNSKASS-SDGPTSLPASDEDPEGAVLPKDKLISLCQCDPILRWMRSC
:: .: :: .:: . :. :..: : . .: ::: :. : . .:.:.: . :
CCDS12 QFTLVETLWKTFWRYNLSQPSEAP---PLAVHDEAEKRLPKAILVLLSKFEPVLQWTKHC
630 640 650 660 670 680
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 DHILYQALVEILIPDVLRPVPSTLTQAIRNFAKSLEGWLTNAMSDFPQQVIQTKVGVVSA
:..:::.::::::::::::.::.:::::::::::::.:::.:: ..:......::....:
CCDS12 DNVLYQGLVEILIPDVLRPIPSALTQAIRNFAKSLESWLTHAMVNIPEEMLRVKVAAAGA
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490 500 510 520 530 540
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:::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::.::. ::::
CCDS12 FAQTLRRYTSLNHLAQAARAVLQNTAQINQMLSDLNRVDFANVQEQASWVCRCEDRVVQR
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550 560 570 580 590 600
pF1KB6 LEQDFKLTLQQQSSLDQWASWLDSVVTQVLKQHAGSPSFPKAARQFLLKWSFYSSMVIRD
::::::.:::::.::.:::.:::.::.:::: . :: .:::::. :::::::::::::::
CCDS12 LEQDFKVTLQQQNSLEQWAAWLDGVVSQVLKPYQGSAGFPKAAKLFLLKWSFYSSMVIRD
810 820 830 840 850 860
610 620 630 640 650
pF1KB6 LTLRSAASFGSFHLIRLLYDEYMFYLVEHRVAEATGETPIAVMGEFNDLASLSLTLLD--
:::::::::::::::::::::::.::.:::::.: ::::::::::: .::. ::. ::
CCDS12 LTLRSAASFGSFHLIRLLYDEYMYYLIEHRVAQAKGETPIAVMGEFANLAT-SLNPLDPD
870 880 890 900 910 920
660 670 680 690
pF1KB6 KDDMGDEQRGSE----------AGPDARSLG----EPLVKRERSDPNHSLQGI
::. .:.. :: :: .. .:: :: .: :.:
CCDS12 KDEEEEEEEESEDELPQDISLAAGGESPALGPETLEPPAKLARTDARGLFVQALPSS
930 940 950 960 970
>>CCDS75809.1 RFX3 gene_id:5991|Hs108|chr9 (413 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MQNSEGGADSPASVALRPSAAAPPVPASPQRVLVQAASSNPKGAQMQPISLPRVQQVPQQ
::.:: :.:. ..:.:. :.:. : : .:. :. :.. .:::: :
CCDS75 MQTSETGSDTGSTVTLQTSVASQA--AVPTQVVQQV-----------PVQ-QQVQQV-QT
10 20 30 40
70 80 90 100 110
pF1KB6 VQPVQHVYPAQVQYVEGGDAVYTNGTIRTA-YTYNPEPQMYAPSSTASYFEAPGG-AQVT
:: ::::::::::::::.:.:::::.:::. : :. : :::. .. ..::.. :. ::::
CCDS75 VQQVQHVYPAQVQYVEGSDTVYTNGAIRTTTYPYT-ETQMYSQNTGGNYFDTQGSSAQVT
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 VAASSPPAVPSHSMVG---ITMDV-GGSPIVSSAGAYLIHGGMDSTRHSLAHTSRSSPAT
...: :::::: : : : ::. : ::.:.::: ..:... ::..::.:.::::
CCDS75 TVVS------SHSMVGTGGIQMGVTGGQLISSSGGTYLIGNSMENSGHSVTHTTRASPAT
110 120 130 140 150
180 190 200
pF1KB6 -------------------------LQWLLDNYETAEGVSLPRSSLYNHYLRHCQEHKLD
:::::::::::::::::::.:::::::::::::::
CCDS75 IEMAIETLQKSDGLSTHRSSLLNSHLQWLLDNYETAEGVSLPRSTLYNHYLRHCQEHKLD
160 170 180 190 200 210
210 220 230 240 250 260
pF1KB6 PVNAASFGKLIRSVFMGLRTRRLGTRGNSKYHYYGIRLKPDSPLNRLQEDTQYMAMRQQP
:::::::::::::.:::::::::::::::::::::::.:::::::::::: :::::::::
CCDS75 PVNAASFGKLIRSIFMGLRTRRLGTRGNSKYHYYGIRVKPDSPLNRLQEDMQYMAMRQQP
220 230 240 250 260 270
270 280 290 300 310 320
pF1KB6 MHQKPRYRPAQKTDSLGDSGSHSGLHS--TPEQTMAVQSQHHQQYIDVSHVFPEFPAPDL
:.:: ::.: ::.:...:. . :: .. . :::. .:::::::..:.:...::: ..
CCDS75 MQQKQRYKPMQKVDGVADGFTGSGQQTGTSVEQTVIAQSQHHQQFLDASRALPEFGEVEI
280 290 300 310 320 330
330 340 350 360 370 380
pF1KB6 GSFLLQDGVTLHDVKALQLVYRRHCEATVDVVMNLQFHYIEKLWLSFWN-SKASSSDGPT
.: : ::.:..:.:.:: .::.:::: .:::.:::: ::::: .:: : .. .:: :
CCDS75 SS--LPDGTTFEDIKSLQSLYREHCEAILDVVVNLQFSLIEKLWQTFWRYSPSTPTDGTT
340 350 360 370 380 390
390 400 410 420 430 440
pF1KB6 SLPASDEDPEGAVLPKDKLISLCQCDPILRWMRSCDHILYQALVEILIPDVLRPVPSTLT
. .:
CCDS75 ITESRSESTSFPIHFHG
400 410
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:.:.. ::.. ::.: . :...
CCDS91 MNWAAFGGSEFFIPEGIQIDSRCPLSR--NITEWYH
10 20 30
270 280 290 300 310 320
pF1KB6 MRQQPMHQKPRYRPAQKTDSLGDSGSHSGLHSTPEQTMAVQSQHHQQYIDVSHVFPEFPA
. .... .: .. . . . :..: . . .::.: . . . .. ..:::
CCDS91 YYGIAVKESSQYYDVMYSKKGAAWVSETGKKEVSKQTVAYSPRSK-----LGTLLPEF--
40 50 60 70 80
330 340 350 360 370 380
pF1KB6 PDLGSFLLQDGVTLHDVKALQLVYRRHCEATVDVVMNLQFHYIEKLWLSFWNSKASSSDG
:.. .. : .. . :... ..:: ::. .:.:. .: .... : ::..
CCDS91 PNVKDLNLPASLPEEKVSTFIMMYRTHCQRILDTVIRANFDEVQSFLLHFWQGMP-----
90 100 110 120 130 140
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: :: :: .. .... :: :::.:. .:.: ::. .:..
CCDS91 PHMLP---------VLGSSTVVNIVGV---------CDSILYKAISGVLMPTVLQALPDS
150 160 170 180
450 460 470 480 490 500
pF1KB6 LTQAIRNFAKSLEGWLTNAMSDFPQQVIQTKVGVVSAFAQTLRRYTSLNHLAQAARAVLQ
:::.::.:::.:. :: :. :.:... . : . :.: ::: :::::: ::.:.:..
CCDS91 LTQVIRKFAKQLDEWLKVALHDLPENLRNIKFELSRRFSQILRRQTSLNHLCQASRTVIH
190 200 210 220 230 240
510 520 530 540 550 560
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... ::: : ::. .. .:. .. . ..... .: :.: :..:: ....
CCDS91 SADITFQMLEDWRNVDLNSITKQTLYTMEDSRDEHRKLITQLYQEFDHLLEEQSPIESYI
250 260 270 280 290 300
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:::..: . . . :.. :. :.:.:::: :: ... ::::.::.:: ::::::::.:
CCDS91 EWLDTMVDRCVVKVAAKRQGSLKKVAQQFLLMWSCFGTRVIRDMTLHSAPSFGSFHLIHL
310 320 330 340 350 360
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pF1KB6 LYDEYMFYLVEH-RVAEATGETPIAVMGEFNDLASLSLTLLDKDDMGDEQRGSEAGPDAR
..:.:..::.: . : ..: :. ::
CCDS91 MFDDYVLYLLESLHCQERANELMRAMKGEGSTAEVREEIILTEAAAPTPSPVPSFSPAKS
370 380 390 400 410 420
>>CCDS9106.1 RFX4 gene_id:5992|Hs108|chr12 (735 aa)
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130 140 150 160 170 180
pF1KB6 PSHSMVGITMDVGGSPIVSSAGAYLIHGGMDSTRHSLAHTSRSSPATLQWLLDNYETAEG
...: : : :.::::::: .::: :::
CCDS91 IERCLNESENKRYSSHTSLGNVSNDENEEKENNRASKPH---STPATLQWLEENYEIAEG
20 30 40 50 60 70
190 200 210 220 230 240
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: .:::.:: ::: :... .:::::::::.::. : : ::::::::.:::::::: .
CCDS91 VCIPRSALYMHYLDFCEKNDTQPVNAASFGKIIRQQFPQLTTRRLGTRGQSKYHYYGIAV
80 90 100 110 120 130
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 KPDSPLNRLQEDTQYMAMRQQPMHQKPRYRPAQKTDSLGDSGSHSGLHSTPEQTMAVQSQ
: :..::. . :..: . : . :..: . . .::.: . .
CCDS91 K---------ESSQYYDV----MYSK---KGAAWV-------SETGKKEVSKQTVAYSPR
140 150 160 170
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 HHQQYIDVSHVFPEFPAPDLGSFLLQDGVTLHDVKALQLVYRRHCEATVDVVMNLQFHYI
. .. ..::: :.. .. : .. . :... ..:: ::. .:.:. .: .
CCDS91 SK-----LGTLLPEF--PNVKDLNLPASLPEEKVSTFIMMYRTHCQRILDTVIRANFDEV
180 190 200 210 220
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... : ::.. : :: :: .. .... :: :::.
CCDS91 QSFLLHFWQGMP-----PHMLP---------VLGSSTVVNIVGV---------CDSILYK
230 240 250 260
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 ALVEILIPDVLRPVPSTLTQAIRNFAKSLEGWLTNAMSDFPQQVIQTKVGVVSAFAQTLR
:. .:.: ::. .:..:::.::.:::.:. :: :. :.:... . : . :.: ::
CCDS91 AISGVLMPTVLQALPDSLTQVIRKFAKQLDEWLKVALHDLPENLRNIKFELSRRFSQILR
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: :::::: ::.:.:..... ::: : ::. .. .:. .. . ..... .:
CCDS91 RQTSLNHLCQASRTVIHSADITFQMLEDWRNVDLNSITKQTLYTMEDSRDEHRKLITQLY
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CCDS91 QEFDHLLEEQSPIESYIEWLDTMVDRCVVKVAAKRQGSLKKVAQQFLLMWSCFGTRVIRD
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pF1KB6 LTLRSAASFGSFHLIRLLYDEYMFYLVEH-RVAEATGETPIAVMGEFNDLASLSLTLLDK
.::.:: ::::::::.:..:.:..::.: . : ..: :. ::
CCDS91 MTLHSAPSFGSFHLIHLMFDDYVLYLLESLHCQERANELMRAMKGEGSTAEVREEIILTE
450 460 470 480 490 500
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pF1KB6 DDMGDEQRGSEAGPDARSLGEPLVKRERSDPNHSLQGI
CCDS91 AAAPTPSPVPSFSPAKSATSVEVPPPSSPVSNPSPEYTGLSTTGAMQSYTWSLTYTVTTA
510 520 530 540 550 560
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130 140 150 160 170 180
pF1KB6 PSHSMVGITMDVGGSPIVSSAGAYLIHGGMDSTRHSLAHTSRSSPATLQWLLDNYETAEG
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CCDS55 IERCLNESENKRYSSHTSLGNVSNDENEEKENNRASKPH---STPATLQWLEENYEIAEG
30 40 50 60 70 80
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 VSLPRSSLYNHYLRHCQEHKLDPVNAASFGKLIRSVFMGLRTRRLGTRGNSKYHYYGIRL
: .:::.:: ::: :... .:::::::::.::. : : ::::::::.:::::::: .
CCDS55 VCIPRSALYMHYLDFCEKNDTQPVNAASFGKIIRQQFPQLTTRRLGTRGQSKYHYYGIAV
90 100 110 120 130 140
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 KPDSPLNRLQEDTQYMAMRQQPMHQKPRYRPAQKTDSLGDSGSHSGLHSTPEQTMAVQSQ
: :..::. . :..: . : . :..: . . .::.: . .
CCDS55 K---------ESSQYYDV----MYSK---KGAAWV-------SETGKKEVSKQTVAYSPR
150 160 170 180
310 320 330 340 350 360
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. .. ..::: :.. .. : .. . :... ..:: ::. .:.:. .: .
CCDS55 SK-----LGTLLPEF--PNVKDLNLPASLPEEKVSTFIMMYRTHCQRILDTVIRANFDEV
190 200 210 220 230
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pF1KB6 EKLWLSFWNSKASSSDGPTSLPASDEDPEGAVLPKDKLISLCQCDPILRWMRSCDHILYQ
... : ::.. : :: :: .. .... :: :::.
CCDS55 QSFLLHFWQGMP-----PHMLP---------VLGSSTVVNIVGV---------CDSILYK
240 250 260 270
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:. .:.: ::. .:..:::.::.:::.:. :: :. :.:... . : . :.: ::
CCDS55 AISGVLMPTVLQALPDSLTQVIRKFAKQLDEWLKVALHDLPENLRNIKFELSRRFSQILR
280 290 300 310 320 330
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pF1KB6 RYTSLNHLAQAARAVLQNTSQINQMLSDLNRVDFANVQEQASWVCQ----CEESVVQRLE
: :::::: ::.:.:..... ::: : ::. .. .:. .. . ..... .:
CCDS55 RQTSLNHLCQASRTVIHSADITFQMLEDWRNVDLNSITKQTLYTMEDSRDEHRKLITQLY
340 350 360 370 380 390
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:.: :..:: .... :::..: . . . :.. :. :.:.:::: :: ... ::::
CCDS55 QEFDHLLEEQSPIESYIEWLDTMVDRCVVKVAAKRQGSLKKVAQQFLLMWSCFGTRVIRD
400 410 420 430 440 450
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pF1KB6 LTLRSAASFGSFHLIRLLYDEYMFYLVEH-RVAEATGETPIAVMGEFNDLASLSLTLLDK
.::.:: ::::::::.:..:.:..::.: . : ..: :. ::
CCDS55 MTLHSAPSFGSFHLIHLMFDDYVLYLLESLHCQERANELMRAMKGEGSTAEVREEIILTE
460 470 480 490 500 510
670 680 690
pF1KB6 DDMGDEQRGSEAGPDARSLGEPLVKRERSDPNHSLQGI
CCDS55 AAAPTPSPVPSFSPAKSATSVEVPPPSSPVSNPSPEYTGLSTTGAMQSYTWSLTYTVTTA
520 530 540 550 560 570
698 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 13:51:10 2016 done: Sat Nov 5 13:51:11 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]