Result of FASTA (omim) for
pF1KB6206
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6206, 715 aa
1>>>pF1KB6206 715 - 715 aa - 715 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1543+/-0.000707; mu= 19.5549+/- 0.044
mean_var=327.4764+/-61.547, 0's: 0 Z-trim(112.7): 2074 B-trim: 102 in 2/54
Lambda= 0.070874
statistics sampled from 19310 (21658) to 19310 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.579), E-opt: 0.2 (0.254), width: 16
Scan time: 9.340
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_005259333 (OMIM: 613905) PREDICTED: zinc finger ( 792) 2114 231.9 7.6e-60
NP_079303 (OMIM: 613905) zinc finger protein 606 [ ( 792) 2114 231.9 7.6e-60
NP_008886 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33B i ( 778) 1971 217.2 1.9e-55
NP_001291962 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 785) 1971 217.2 1.9e-55
NP_008905 (OMIM: 194521) zinc finger protein 33A i ( 810) 1950 215.1 8.6e-55
XP_011517953 (OMIM: 194521) PREDICTED: zinc finger ( 810) 1950 215.1 8.6e-55
NP_001265099 (OMIM: 194521) zinc finger protein 33 ( 817) 1950 215.1 8.6e-55
XP_011517952 (OMIM: 194521) PREDICTED: zinc finger ( 811) 1948 214.9 9.9e-55
NP_008885 (OMIM: 194521) zinc finger protein 33A i ( 811) 1948 214.9 9.9e-55
NP_001311107 (OMIM: 194521) zinc finger protein 33 ( 818) 1948 214.9 1e-54
XP_016872106 (OMIM: 194521) PREDICTED: zinc finger ( 818) 1948 214.9 1e-54
NP_001265102 (OMIM: 194521) zinc finger protein 33 ( 829) 1948 214.9 1e-54
NP_001265106 (OMIM: 194521) zinc finger protein 33 ( 832) 1948 214.9 1e-54
NP_001159354 (OMIM: 604753) zinc finger protein 26 ( 864) 1936 213.7 2.4e-54
NP_003406 (OMIM: 604753) zinc finger protein 268 i ( 947) 1936 213.8 2.5e-54
NP_001159353 (OMIM: 604753) zinc finger protein 26 ( 947) 1936 213.8 2.5e-54
XP_016882934 (OMIM: 600398) PREDICTED: zinc finger ( 837) 1935 213.6 2.5e-54
NP_001309058 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1930 213.1 3.6e-54
NP_001096073 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1930 213.1 3.6e-54
NP_150630 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 1930 213.1 3.6e-54
XP_016882935 (OMIM: 600398) PREDICTED: zinc finger ( 818) 1930 213.1 3.6e-54
NP_001309065 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1930 213.1 3.6e-54
NP_001309064 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1930 213.1 3.6e-54
NP_001309062 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1930 213.1 3.6e-54
NP_001309063 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1930 213.1 3.6e-54
NP_001309061 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1930 213.1 3.6e-54
NP_942596 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 1930 213.1 3.6e-54
NP_001309059 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1930 213.1 3.6e-54
NP_001309060 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1930 213.1 3.6e-54
NP_001309057 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1930 213.1 3.6e-54
XP_016881869 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1923 212.0 4.8e-54
NP_001317411 (OMIM: 613904) zinc finger protein 56 ( 527) 1923 212.0 4.8e-54
XP_016881871 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1923 212.0 4.8e-54
XP_016881868 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1923 212.0 4.8e-54
XP_011543981 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 1920 212.3 8.1e-54
NP_149350 (OMIM: 616290) zinc finger protein 658 [ (1059) 1920 212.3 8.1e-54
XP_005272572 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 1920 212.3 8.1e-54
NP_001304845 (OMIM: 616290) zinc finger protein 65 (1059) 1920 212.3 8.1e-54
XP_016870103 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 1920 212.3 8.1e-54
XP_005259469 (OMIM: 604749) PREDICTED: zinc finger ( 734) 1906 210.5 1.9e-53
NP_004225 (OMIM: 604749) zinc finger protein 235 [ ( 738) 1893 209.2 4.7e-53
NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 616) 1885 208.3 7.6e-53
XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 621) 1885 208.3 7.7e-53
XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 628) 1885 208.3 7.7e-53
NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 658) 1885 208.3 7.9e-53
XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 658) 1885 208.3 7.9e-53
XP_006723425 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1885 208.3 7.9e-53
NP_003427 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 670) 1885 208.3 7.9e-53
XP_005259268 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1885 208.3 7.9e-53
XP_006723426 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1885 208.3 7.9e-53
>>XP_005259333 (OMIM: 613905) PREDICTED: zinc finger pro (792 aa)
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Smith-Waterman score: 2114; 46.4% identity (70.5% similar) in 716 aa overlap (11-714:59-762)
10 20 30 40
pF1KB6 MEARSMLVPPQASVCFEDVAMAFTQEEWEQLDLAQRTLYR
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pF1KB6 EVTLETWEHIVSLGLFLSKSDVISQLEQEEDLCRAEQEAPR----DWKATLEENRLNSEK
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pF1KB6 DRAREELSHHVEVYRSGPEEP--PSL-VLGKVQDQSNQLREHQENSLRFMVLTSERLFAQ
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pF1KB6 VHQRTHTGEKPYECNLCGKSFSQSSKLITHQRIHTGEKPYQCIECGKSFRWNSNLVIHQR
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pF1KB6 EKPYKCNQCNKAFARSSYLVMHQRTHTGEKPFECSQCGKAFSGSSNLLSHHRIHSGEKPY
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pF1KB6 ECSDCGKSFRQRSQLVVHRRTHTGEKP
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XP_005 KCNHCEKAFCKNSSLIIHQRMHSGEKRFICSECGKAFSGHSALLQHQRNHSEEKLN
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>>NP_079303 (OMIM: 613905) zinc finger protein 606 [Homo (792 aa)
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10 20 30 40
pF1KB6 MEARSMLVPPQASVCFEDVAMAFTQEEWEQLDLAQRTLYR
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pF1KB6 DRAREELSHHVEVYRSGPEEP--PSL-VLGKVQDQSNQLREHQENSLRFMVLTSERLFAQ
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NP_079 RSSEFC----GLGAEFSQNLNFVPSQRVSQIEHFYKPDTHAQSWRCDSAIMY-----ADK
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pF1KB6 KHCESHQCARAFCQSIYLSKLGNVETGKKNPYEYIVSGDSLNYGSSLCFHGRTFSVKKSD
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>>NP_008886 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33B isofo (778 aa)
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pF1KB6 MEARSMLVPPQASVCFEDVAMAFTQEEWEQLDLAQRTLYREVTLETWEHIVSLGLFLSKS
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NP_008 MNKVDQKFQGSVSFKDVTVGFTQEEWQHLDPSQRALYRDVMLENYSNLVSVGYCAHKP
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pF1KB6 DVISQLEQEEDLCRAEQEAPRDWKATLEENRLNSEKDRAREELSHHV-EVYRSGPEEPPS
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NP_008 -MLTKEQGNVIGIPFNMDVS----SFPSRKMFCQYDSRGMSFNTVSELVISKINYLGKKS
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pF1KB6 PTSTGFPKPNSQVK----------ELKQNSAFINHEKNGADGKHCES--HQCARAFCQSI
.. : ..: :. .: ..:..: . .. .. :. ..::
NP_008 DEFNACGKLLLNIKHDETHTREKNEVLKNRNTLSHRENTLQHEKIQTLDHNFEYSICQET
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NP_008 LLEKAVFNTRKRENAEENNCDYNEFGRTFCDSSSLLFHQIPPS-KDSHYEFSDCEKFLCV
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NP_001 MANATRRGSGVEQKSQESVSFKDVTVGFTQEEWQHLDPSQRALYRDVMLENYSNLVSVGY
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NP_001 E-----MLTKEQGDVIGIPFNVDVS----SFPSRKMFCQCDSCGMSFNTVSELVISKINY
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pF1KB6 LPTT---------LPTSTGFPKPNSQVK-ELKQNSAFINHEKNGADGKHCES--HQCARA
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NP_001 LGKKSDEFNACGKLLLNIKHDETHTQEKNEVLKNRNTLSHHEETLQHEKIQTLEHNFEYS
170 180 190 200 210 220
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pF1KB6 FCQSIYLSK-LGNV---ETGKKNPYEYIVSGDSLNYGSSLCFHGRTFSVKKSDDCKDYGN
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