Result of FASTA (omim) for
pF1KB6188
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6188, 703 aa
1>>>pF1KB6188 703 - 703 aa - 703 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.7790+/-0.000353; mu= 0.6290+/- 0.022
mean_var=262.9762+/-51.038, 0's: 0 Z-trim(123.2): 80 B-trim: 0 in 0/62
Lambda= 0.079089
statistics sampled from 42607 (42707) to 42607 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.793), E-opt: 0.2 (0.501), width: 16
Scan time: 15.900
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_004372 (OMIM: 600984) cyclic AMP-dependent tran ( 703) 4718 551.7 3.5e-156
NP_001129625 (OMIM: 600984) cyclic AMP-dependent t ( 700) 4677 547.0 9.1e-155
XP_006711287 (OMIM: 605537,616517) PREDICTED: cycl ( 669) 761 100.2 2.8e-20
NP_031374 (OMIM: 605537,616517) cyclic AMP-depende ( 670) 755 99.5 4.5e-20
XP_011507611 (OMIM: 605537,616517) PREDICTED: cycl ( 688) 749 98.8 7.4e-20
XP_011507612 (OMIM: 605537,616517) PREDICTED: cycl ( 595) 609 82.8 4.3e-15
XP_011507610 (OMIM: 605537,616517) PREDICTED: cycl ( 689) 609 82.8 4.8e-15
>>NP_004372 (OMIM: 600984) cyclic AMP-dependent transcri (703 aa)
initn: 4718 init1: 4718 opt: 4718 Z-score: 2924.8 bits: 551.7 E(85289): 3.5e-156
Smith-Waterman score: 4718; 100.0% identity (100.0% similar) in 703 aa overlap (1-703:1-703)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAELMLLSEIADPTRFFTDNLLSPEDWGLQNSTLYSGLDEVAEEQTQLFRCPEQDVPFDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 MAELMLLSEIADPTRFFTDNLLSPEDWGLQNSTLYSGLDEVAEEQTQLFRCPEQDVPFDG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 SSLDVGMDVSPSEPPWELLPIFPDLQVKSEPSSPCSSSSLSSESSRLSTEPSSEALGVGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SSLDVGMDVSPSEPPWELLPIFPDLQVKSEPSSPCSSSSLSSESSRLSTEPSSEALGVGE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 VLHVKTESLAPPLCLLGDDPTSSFETVQINVIPTSDDSSDVQTKIEPVSPCSSVNSEASL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 VLHVKTESLAPPLCLLGDDPTSSFETVQINVIPTSDDSSDVQTKIEPVSPCSSVNSEASL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 LSADSSSQAFIGEEVLEVKTESLSPSGCLLWDVPAPSLGAVQISMGPSLDGSSGKALPTR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 LSADSSSQAFIGEEVLEVKTESLSPSGCLLWDVPAPSLGAVQISMGPSLDGSSGKALPTR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 KPPLQPKPVVLTTVPMPSRAVPPSTTVLLQSLVQPPPVSPVVLIQGAIRVQPEGPAPSLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 KPPLQPKPVVLTTVPMPSRAVPPSTTVLLQSLVQPPPVSPVVLIQGAIRVQPEGPAPSLP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 RPERKSIVPAPMPGNSCPPEVDAKLLKRQQRMIKNRESACQSRRKKKEYLQGLEARLQAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 RPERKSIVPAPMPGNSCPPEVDAKLLKRQQRMIKNRESACQSRRKKKEYLQGLEARLQAV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 LADNQQLRRENAALRRRLEALLAENSELKLGSGNRKVVCIMVFLLFIAFNFGPVSISEPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 LADNQQLRRENAALRRRLEALLAENSELKLGSGNRKVVCIMVFLLFIAFNFGPVSISEPP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 SAPISPRMNKGEPQPRRHLLGFSEQEPVQGVEPLQGSSQGPKEPQPSPTDQPSFSNLTAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SAPISPRMNKGEPQPRRHLLGFSEQEPVQGVEPLQGSSQGPKEPQPSPTDQPSFSNLTAF
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 PGGAKELLLRDLDQLFLSSDCRHFNRTESLRLADELSGWVQRHQRGRRKIPQRAQERQKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 PGGAKELLLRDLDQLFLSSDCRHFNRTESLRLADELSGWVQRHQRGRRKIPQRAQERQKS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 QPRKKSPPVKAVPIQPPGPPERDSVGQLQLYRHPDRSQPAFLDAIDRREDTFYVVSFRRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 QPRKKSPPVKAVPIQPPGPPERDSVGQLQLYRHPDRSQPAFLDAIDRREDTFYVVSFRRD
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB6 HLLLPAISHNKTSRPKMSLVMPAMAPNETLSGRGAPGDYEEMMQIECEVMDTRVIHIKTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 HLLLPAISHNKTSRPKMSLVMPAMAPNETLSGRGAPGDYEEMMQIECEVMDTRVIHIKTS
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700
pF1KB6 TVPPSLRKQPSPTPGNATGGPLPVSAASQAHQASHQPLYLNHP
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 TVPPSLRKQPSPTPGNATGGPLPVSAASQAHQASHQPLYLNHP
670 680 690 700
>>NP_001129625 (OMIM: 600984) cyclic AMP-dependent trans (700 aa)
initn: 4679 init1: 4512 opt: 4677 Z-score: 2899.6 bits: 547.0 E(85289): 9.1e-155
Smith-Waterman score: 4677; 99.4% identity (99.6% similar) in 703 aa overlap (1-703:1-700)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAELMLLSEIADPTRFFTDNLLSPEDWGLQNSTLYSGLDEVAEEQTQLFRCPEQDVPFDG
::::::::::::::::::::::::::: .:::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MAELMLLSEIADPTRFFTDNLLSPEDW---DSTLYSGLDEVAEEQTQLFRCPEQDVPFDG
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 SSLDVGMDVSPSEPPWELLPIFPDLQVKSEPSSPCSSSSLSSESSRLSTEPSSEALGVGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SSLDVGMDVSPSEPPWELLPIFPDLQVKSEPSSPCSSSSLSSESSRLSTEPSSEALGVGE
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 VLHVKTESLAPPLCLLGDDPTSSFETVQINVIPTSDDSSDVQTKIEPVSPCSSVNSEASL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VLHVKTESLAPPLCLLGDDPTSSFETVQINVIPTSDDSSDVQTKIEPVSPCSSVNSEASL
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 LSADSSSQAFIGEEVLEVKTESLSPSGCLLWDVPAPSLGAVQISMGPSLDGSSGKALPTR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LSADSSSQAFIGEEVLEVKTESLSPSGCLLWDVPAPSLGAVQISMGPSLDGSSGKALPTR
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 KPPLQPKPVVLTTVPMPSRAVPPSTTVLLQSLVQPPPVSPVVLIQGAIRVQPEGPAPSLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KPPLQPKPVVLTTVPMPSRAVPPSTTVLLQSLVQPPPVSPVVLIQGAIRVQPEGPAPSLP
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 RPERKSIVPAPMPGNSCPPEVDAKLLKRQQRMIKNRESACQSRRKKKEYLQGLEARLQAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RPERKSIVPAPMPGNSCPPEVDAKLLKRQQRMIKNRESACQSRRKKKEYLQGLEARLQAV
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 LADNQQLRRENAALRRRLEALLAENSELKLGSGNRKVVCIMVFLLFIAFNFGPVSISEPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LADNQQLRRENAALRRRLEALLAENSELKLGSGNRKVVCIMVFLLFIAFNFGPVSISEPP
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 SAPISPRMNKGEPQPRRHLLGFSEQEPVQGVEPLQGSSQGPKEPQPSPTDQPSFSNLTAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SAPISPRMNKGEPQPRRHLLGFSEQEPVQGVEPLQGSSQGPKEPQPSPTDQPSFSNLTAF
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 PGGAKELLLRDLDQLFLSSDCRHFNRTESLRLADELSGWVQRHQRGRRKIPQRAQERQKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PGGAKELLLRDLDQLFLSSDCRHFNRTESLRLADELSGWVQRHQRGRRKIPQRAQERQKS
480 490 500 510 520 530
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 QPRKKSPPVKAVPIQPPGPPERDSVGQLQLYRHPDRSQPAFLDAIDRREDTFYVVSFRRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QPRKKSPPVKAVPIQPPGPPERDSVGQLQLYRHPDRSQPAFLDAIDRREDTFYVVSFRRD
540 550 560 570 580 590
610 620 630 640 650 660
pF1KB6 HLLLPAISHNKTSRPKMSLVMPAMAPNETLSGRGAPGDYEEMMQIECEVMDTRVIHIKTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HLLLPAISHNKTSRPKMSLVMPAMAPNETLSGRGAPGDYEEMMQIECEVMDTRVIHIKTS
600 610 620 630 640 650
670 680 690 700
pF1KB6 TVPPSLRKQPSPTPGNATGGPLPVSAASQAHQASHQPLYLNHP
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TVPPSLRKQPSPTPGNATGGPLPVSAASQAHQASHQPLYLNHP
660 670 680 690 700
>>XP_006711287 (OMIM: 605537,616517) PREDICTED: cyclic A (669 aa)
initn: 1009 init1: 392 opt: 761 Z-score: 485.0 bits: 100.2 E(85289): 2.8e-20
Smith-Waterman score: 1105; 35.0% identity (60.1% similar) in 701 aa overlap (25-697:25-665)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MAELMLLSEIADPTRFFTDNLLSPEDWGLQNSTLYSGLDEVAE-EQTQLFRCPEQ-DVPF
::: .:.:.. : .. .. :: : . :
XP_006 MGEPAGVAGTMESPFSPGLFHRLDEDW---DSALFAELGYFTDTDELQLEAANETYENNF
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 DGSSLDVGMDVSPSEPP-WEL---LPIFPDLQVKSEPSSPCSSSSLSSESSRLSTEPSSE
: .:: .:. : : :.. . :.... .: :: .::: : : : :.. :
XP_006 D--NLDFDLDLMPWESDIWDINNQICTVKDIKAEPQPLSP-ASSSYSVSSPR-SVDSYSS
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 ALGVGEVLHVKTESLAPPLCLLGDDPTSSFETVQINVIPTSDDSSDVQTKIEPVSPCSSV
. : : : ... : :: : :.. ..:. ... : ..: .::.
XP_006 TQHVPEELDLSSSSQMSPLSLYGEN-SNSLSSAE----PLKED--------KPVTG----
120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 NSEASLLSADSSSQAFIGEEVLEVKTE-SLSPSGCLLWDVPAPSLGAVQISMGPSLDGSS
... ... .. ..:... :..:. :: :. .: . .
XP_006 -------PRNKTENGLTPKKKIQVNSKPSIQPKPLLL-----PAAPKTQTNSSVPAKTII
160 170 180 190 200
240 250 260 270 280
pF1KB6 GKALPTRKPPLQPKPVVLTTVPMPSRA----VPPSTTVLLQSLVQPPPVSPVVLIQGAIR
...:: : . .:.. . : :... . :.: ::. : ..::. . :..
XP_006 IQTVPTLMPLAKQQPII-SLQPAPTKGQTVLLSQPTVVQLQAPGVLPSAQPVLAVAGGVT
210 220 230 240 250 260
290 300 310 320 330 340
pF1KB6 VQPEG-----PAPSLPRPE--RKSIVPAPMPGNSCPPEVDAKLLKRQQRMIKNRESACQS
:. :::: : . :.. . .. : .:.:::::::::::::::
XP_006 QLPNHVVNVVPAPSANSPVNGKLSVTKPVLQSTMRNVGSDIAVLRRQQRMIKNRESACQS
270 280 290 300 310 320
350 360 370 380 390 400
pF1KB6 RRKKKEYLQGLEARLQAVLADNQQLRRENAALRRRLEALLAENSELKLGSGNRKVVCIMV
:.:::::. ::::::.:.:..:.::..::..:.:.:. ...::..::. : .:.:::.:.
XP_006 RKKKKEYMLGLEARLKAALSENEQLKKENGTLKRQLDEVVSENQRLKVPSPKRRVVCVMI
330 340 350 360 370 380
410 420 430 440 450 460
pF1KB6 FLLFIAFNFGPVSISEPPSAPISPRMNKGEPQPRRHLLGFSEQEPVQGVEPLQGSSQGPK
: :: .:.::.:. : : ..: .. .. :::::::: .: : .:.:
XP_006 VLAFIILNYGPMSMLEQDSRRMNPSVSPANQ--RRHLLGFSAKEA-------QDTSDGII
390 400 410 420 430
470 480 490 500 510 520
pF1KB6 EPQPSPTDQPSFSNLTAFPGGAKELLLRDLDQLFLSSD-CRHF-NRTESLRLADELSGWV
. . :. : :: :. ..: . :.. :. . : :::::: :: :::
XP_006 QKNSYRYDH-SVSNDKAL------MVLTEEPLLYIPPPPCQPLINTTESLRLNHELRGWV
440 450 460 470 480
530 540 550 560 570
pF1KB6 QRHQRGRRKIPQRAQERQKSQ------PRKKSPPVKAVPIQPPGPPERDSVGQLQLYRHP
.::. : : . ....::.. . .. . :: :.: ..::.:
XP_006 HRHEVERTKSRRMTNNQQKTRILQGALEQGSNSQLMAVQYTETTSSIRNSGSELQVYYAS
490 500 510 520 530 540
580 590 600 610 620 630
pF1KB6 DRSQPAFLDAIDRREDTFYVVSFRRDHLLLPAISHNKTSRPKMSLVMPAMAPNET-LSGR
:: :..:: :: ::::::::::::::::: .::::.:::::.:.::. ::. ..:.
XP_006 PRSYQDFFEAIRRRGDTFYVVSFRRDHLLLPATTHNKTTRPKMSIVLPAININENVINGQ
550 560 570 580 590 600
640 650 660 670 680 690
pF1KB6 GAPGDYEEMMQIECEVMDTRVIHIKTSTVPPSLRKQPSPTPGNATGGPLPVSAASQA-HQ
::: ::::.:.:::::..:::.:.::: :: : .. :.: : ::..: :
XP_006 ----DYEVMMQIDCQVMDTRILHIKSSSVPPYLRDQQRNQTNTFFGSP-P--AATEATHV
610 620 630 640 650 660
700
pF1KB6 ASHQPLYLNHP
.: :
XP_006 VSTIPESLQ
>>NP_031374 (OMIM: 605537,616517) cyclic AMP-dependent t (670 aa)
initn: 1021 init1: 416 opt: 755 Z-score: 481.3 bits: 99.5 E(85289): 4.5e-20
Smith-Waterman score: 1099; 34.9% identity (60.3% similar) in 702 aa overlap (25-697:25-666)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MAELMLLSEIADPTRFFTDNLLSPEDWGLQNSTLYSGLDEVAE-EQTQLFRCPEQ-DVPF
::: .:.:.. : .. .. :: : . :
NP_031 MGEPAGVAGTMESPFSPGLFHRLDEDW---DSALFAELGYFTDTDELQLEAANETYENNF
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 DGSSLDVGMDVSPSEPP-WEL---LPIFPDLQVKSEPSSPCSSSSLSSESSRLSTEPSSE
: .:: .:. : : :.. . :.... .: :: .::: : : : :.. :
NP_031 D--NLDFDLDLMPWESDIWDINNQICTVKDIKAEPQPLSP-ASSSYSVSSPR-SVDSYSS
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 ALGVGEVLHVKTESLAPPLCLLGDDPTSSFETVQINVIPTSDDSSDVQTKIEPVSPCSSV
. : : : ... : :: : :.. ..:. ... : ..: .::.
NP_031 TQHVPEELDLSSSSQMSPLSLYGEN-SNSLSSAE----PLKED--------KPVTG----
120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 NSEASLLSADSSSQAFIGEEVLEVKTE-SLSPSGCLLWDVPAPSLGAVQISMGPSLDGSS
... ... .. ..:... :..:. :: :. .: . .
NP_031 -------PRNKTENGLTPKKKIQVNSKPSIQPKPLLL-----PAAPKTQTNSSVPAKTII
160 170 180 190 200
240 250 260 270 280
pF1KB6 GKALPTRKPPLQPKPVVLTTVPMPSRA----VPPSTTVLLQSLVQPPPVSPVVLIQGAIR
...:: : . .:.. . : :... . :.: ::. : ..::. . :..
NP_031 IQTVPTLMPLAKQQPII-SLQPAPTKGQTVLLSQPTVVQLQAPGVLPSAQPVLAVAGGVT
210 220 230 240 250 260
290 300 310 320 330 340
pF1KB6 VQPEG-----PAPSLPRPE--RKSIVPAPMPGNSCPPEVDAKLLKRQQRMIKNRESACQS
:. :::: : . :.. . .. : .:.:::::::::::::::
NP_031 QLPNHVVNVVPAPSANSPVNGKLSVTKPVLQSTMRNVGSDIAVLRRQQRMIKNRESACQS
270 280 290 300 310 320
350 360 370 380 390 400
pF1KB6 RRKKKEYLQGLEARLQAVLADNQQLRRENAALRRRLEALLAENSELKLGSGNRKVVCIMV
:.:::::. ::::::.:.:..:.::..::..:.:.:. ...::..::. : .:.:::.:.
NP_031 RKKKKEYMLGLEARLKAALSENEQLKKENGTLKRQLDEVVSENQRLKVPSPKRRVVCVMI
330 340 350 360 370 380
410 420 430 440 450 460
pF1KB6 FLLFIAFNFGPVSISEPPSAPISPRMNKGEPQPRRHLLGFSEQEPVQGVEPLQGSSQGPK
: :: .:.::.:. : : ..: .. .. :::::::: .: : .:.:
NP_031 VLAFIILNYGPMSMLEQDSRRMNPSVSPANQ--RRHLLGFSAKEA-------QDTSDGII
390 400 410 420 430
470 480 490 500 510 520
pF1KB6 EPQPSPTDQPSFSNLTAFPGGAKELLLRDLDQLFLSSD-CRHF-NRTESLRLADELSGWV
. . :. : :: :. ..: . :.. :. . : :::::: :: :::
NP_031 QKNSYRYDH-SVSNDKAL------MVLTEEPLLYIPPPPCQPLINTTESLRLNHELRGWV
440 450 460 470 480
530 540 550 560 570
pF1KB6 QRHQRGRRKIPQRAQERQKSQ------PRKKSPPVKAVPI-QPPGPPERDSVGQLQLYRH
.::. : : . ....::.. . .. . :: . . :.: ..::.:
NP_031 HRHEVERTKSRRMTNNQQKTRILQGALEQGSNSQLMAVQYTETTSSISRNSGSELQVYYA
490 500 510 520 530 540
580 590 600 610 620 630
pF1KB6 PDRSQPAFLDAIDRREDTFYVVSFRRDHLLLPAISHNKTSRPKMSLVMPAMAPNET-LSG
:: :..:: :: ::::::::::::::::: .::::.:::::.:.::. ::. ..:
NP_031 SPRSYQDFFEAIRRRGDTFYVVSFRRDHLLLPATTHNKTTRPKMSIVLPAININENVING
550 560 570 580 590 600
640 650 660 670 680 690
pF1KB6 RGAPGDYEEMMQIECEVMDTRVIHIKTSTVPPSLRKQPSPTPGNATGGPLPVSAASQA-H
. ::: ::::.:.:::::..:::.:.::: :: : .. :.: : ::..: :
NP_031 Q----DYEVMMQIDCQVMDTRILHIKSSSVPPYLRDQQRNQTNTFFGSP-P--AATEATH
610 620 630 640 650 660
700
pF1KB6 QASHQPLYLNHP
.: :
NP_031 VVSTIPESLQ
670
>>XP_011507611 (OMIM: 605537,616517) PREDICTED: cyclic A (688 aa)
initn: 1033 init1: 416 opt: 749 Z-score: 477.5 bits: 98.8 E(85289): 7.4e-20
Smith-Waterman score: 1104; 34.3% identity (60.2% similar) in 706 aa overlap (25-697:25-684)
10 20 30 40 50
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XP_011 TEATHVVSTIPESLQ
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703 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]