Result of FASTA (omim) for
pF1KB6184
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6184, 700 aa
1>>>pF1KB6184 700 - 700 aa - 700 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.5011+/-0.000355; mu= 10.2196+/- 0.022
mean_var=143.7823+/-29.420, 0's: 0 Z-trim(118.4): 88 B-trim: 1462 in 1/57
Lambda= 0.106960
statistics sampled from 31113 (31219) to 31113 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.717), E-opt: 0.2 (0.366), width: 16
Scan time: 13.960
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_002457 (OMIM: 601415) myb-related protein B iso ( 700) 4709 738.7 1.8e-212
NP_001265539 (OMIM: 601415) myb-related protein B ( 676) 4271 671.1 3.9e-192
XP_011515837 (OMIM: 159405) PREDICTED: myb-related ( 697) 1018 169.1 5.1e-41
XP_016868946 (OMIM: 159405) PREDICTED: myb-related ( 710) 995 165.6 6.1e-40
NP_001155132 (OMIM: 189990) transcriptional activa ( 605) 984 163.8 1.7e-39
NP_001281211 (OMIM: 159405) myb-related protein A ( 691) 978 162.9 3.7e-39
NP_001138227 (OMIM: 159405) myb-related protein A ( 692) 975 162.5 5.1e-39
NP_001073885 (OMIM: 159405) myb-related protein A ( 752) 975 162.5 5.4e-39
XP_011515835 (OMIM: 159405) PREDICTED: myb-related ( 757) 975 162.5 5.5e-39
NP_001155129 (OMIM: 189990) transcriptional activa ( 555) 968 161.3 9e-39
NP_001155131 (OMIM: 189990) transcriptional activa ( 603) 968 161.4 9.6e-39
NP_001123644 (OMIM: 189990) transcriptional activa ( 637) 968 161.4 1e-38
NP_005366 (OMIM: 189990) transcriptional activator ( 640) 968 161.4 1e-38
NP_001155130 (OMIM: 189990) transcriptional activa ( 745) 968 161.4 1.1e-38
NP_001155128 (OMIM: 189990) transcriptional activa ( 758) 968 161.4 1.2e-38
NP_001123645 (OMIM: 189990) transcriptional activa ( 761) 968 161.4 1.2e-38
XP_016868948 (OMIM: 159405) PREDICTED: myb-related ( 597) 952 158.9 5.3e-38
XP_016868947 (OMIM: 159405) PREDICTED: myb-related ( 705) 952 158.9 6e-38
XP_016868945 (OMIM: 159405) PREDICTED: myb-related ( 765) 952 159.0 6.5e-38
XP_016868944 (OMIM: 159405) PREDICTED: myb-related ( 770) 952 159.0 6.5e-38
XP_006717304 (OMIM: 602777) PREDICTED: snRNA-activ (1469) 288 56.7 7.6e-07
XP_005266153 (OMIM: 602777) PREDICTED: snRNA-activ (1469) 288 56.7 7.6e-07
XP_006717305 (OMIM: 602777) PREDICTED: snRNA-activ (1469) 288 56.7 7.6e-07
NP_003077 (OMIM: 602777) snRNA-activating protein (1469) 288 56.7 7.6e-07
XP_016870547 (OMIM: 602777) PREDICTED: snRNA-activ (1441) 287 56.5 8.3e-07
NP_001244 (OMIM: 602868) cell division cycle 5-lik ( 802) 232 47.9 0.00019
>>NP_002457 (OMIM: 601415) myb-related protein B isoform (700 aa)
initn: 4709 init1: 4709 opt: 4709 Z-score: 3935.5 bits: 738.7 E(85289): 1.8e-212
Smith-Waterman score: 4709; 100.0% identity (100.0% similar) in 700 aa overlap (1-700:1-700)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MSRRTRCEDLDELHYQDTDSDVPEQRDSKCKVKWTHEEDEQLRALVRQFGQQDWKFLASH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MSRRTRCEDLDELHYQDTDSDVPEQRDSKCKVKWTHEEDEQLRALVRQFGQQDWKFLASH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 FPNRTDQQCQYRWLRVLNPDLVKGPWTKEEDQKVIELVKKYGTKQWTLIAKHLKGRLGKQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 FPNRTDQQCQYRWLRVLNPDLVKGPWTKEEDQKVIELVKKYGTKQWTLIAKHLKGRLGKQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 CRERWHNHLNPEVKKSCWTEEEDRIICEAHKVLGNRWAEIAKMLPGRTDNAVKNHWNSTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 CRERWHNHLNPEVKKSCWTEEEDRIICEAHKVLGNRWAEIAKMLPGRTDNAVKNHWNSTI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 KRKVDTGGFLSESKDCKPPVYLLLELEDKDGLQSAQPTEGQGSLLTNWPSVPPTIKEEEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 KRKVDTGGFLSESKDCKPPVYLLLELEDKDGLQSAQPTEGQGSLLTNWPSVPPTIKEEEN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 SEEELAAATTSKEQEPIGTDLDAVRTPEPLEEFPKREDQEGSPPETSLPYKWVVEAANLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SEEELAAATTSKEQEPIGTDLDAVRTPEPLEEFPKREDQEGSPPETSLPYKWVVEAANLL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 IPAVGSSLSEALDLIESDPDAWCDLSKFDLPEEPSAEDSINNSLVQLQASHQQQVLPPRQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 IPAVGSSLSEALDLIESDPDAWCDLSKFDLPEEPSAEDSINNSLVQLQASHQQQVLPPRQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 PSALVPSVTEYRLDGHTISDLSRSSRGELIPISPSTEVGGSGIGTPPSVLKRQRKRRVAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 PSALVPSVTEYRLDGHTISDLSRSSRGELIPISPSTEVGGSGIGTPPSVLKRQRKRRVAL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 SPVTENSTSLSFLDSCNSLTPKSTPVKTLPFSPSQFLNFWNKQDTLELESPSLTSTPVCS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SPVTENSTSLSFLDSCNSLTPKSTPVKTLPFSPSQFLNFWNKQDTLELESPSLTSTPVCS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 QKVVVTTPLHRDKTPLHQKHAAFVTPDQKYSMDNTPHTPTPFKNALEKYGPLKPLPQTPH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 QKVVVTTPLHRDKTPLHQKHAAFVTPDQKYSMDNTPHTPTPFKNALEKYGPLKPLPQTPH
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 LEEDLKEVLRSEAGIELIIEDDIRPEKQKRKPGLRRSPIKKVRKSLALDIVDEDVKLMMS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LEEDLKEVLRSEAGIELIIEDDIRPEKQKRKPGLRRSPIKKVRKSLALDIVDEDVKLMMS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB6 TLPKSLSLPTTAPSNSSSLTLSGIKEDNSLLNQGFLQAKPEKAAVAQKPRSHFTTPAPMS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 TLPKSLSLPTTAPSNSSSLTLSGIKEDNSLLNQGFLQAKPEKAAVAQKPRSHFTTPAPMS
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700
pF1KB6 SAWKTVACGGTRDQLFMQEKARQLLGRLKPSHTSRTLILS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SAWKTVACGGTRDQLFMQEKARQLLGRLKPSHTSRTLILS
670 680 690 700
>>NP_001265539 (OMIM: 601415) myb-related protein B isof (676 aa)
initn: 4271 init1: 4271 opt: 4271 Z-score: 3570.4 bits: 671.1 E(85289): 3.9e-192
Smith-Waterman score: 4479; 96.6% identity (96.6% similar) in 700 aa overlap (1-700:1-676)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MSRRTRCEDLDELHYQDTDSDVPEQRDSKCKVKWTHEEDEQLRALVRQFGQQDWKFLASH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MSRRTRCEDLDELHYQDTDSDVPEQRDSKCKVKWTHEE----------------------
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 FPNRTDQQCQYRWLRVLNPDLVKGPWTKEEDQKVIELVKKYGTKQWTLIAKHLKGRLGKQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 --NRTDQQCQYRWLRVLNPDLVKGPWTKEEDQKVIELVKKYGTKQWTLIAKHLKGRLGKQ
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 CRERWHNHLNPEVKKSCWTEEEDRIICEAHKVLGNRWAEIAKMLPGRTDNAVKNHWNSTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CRERWHNHLNPEVKKSCWTEEEDRIICEAHKVLGNRWAEIAKMLPGRTDNAVKNHWNSTI
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 KRKVDTGGFLSESKDCKPPVYLLLELEDKDGLQSAQPTEGQGSLLTNWPSVPPTIKEEEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KRKVDTGGFLSESKDCKPPVYLLLELEDKDGLQSAQPTEGQGSLLTNWPSVPPTIKEEEN
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 SEEELAAATTSKEQEPIGTDLDAVRTPEPLEEFPKREDQEGSPPETSLPYKWVVEAANLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SEEELAAATTSKEQEPIGTDLDAVRTPEPLEEFPKREDQEGSPPETSLPYKWVVEAANLL
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 IPAVGSSLSEALDLIESDPDAWCDLSKFDLPEEPSAEDSINNSLVQLQASHQQQVLPPRQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IPAVGSSLSEALDLIESDPDAWCDLSKFDLPEEPSAEDSINNSLVQLQASHQQQVLPPRQ
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 PSALVPSVTEYRLDGHTISDLSRSSRGELIPISPSTEVGGSGIGTPPSVLKRQRKRRVAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PSALVPSVTEYRLDGHTISDLSRSSRGELIPISPSTEVGGSGIGTPPSVLKRQRKRRVAL
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 SPVTENSTSLSFLDSCNSLTPKSTPVKTLPFSPSQFLNFWNKQDTLELESPSLTSTPVCS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SPVTENSTSLSFLDSCNSLTPKSTPVKTLPFSPSQFLNFWNKQDTLELESPSLTSTPVCS
400 410 420 430 440 450
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 QKVVVTTPLHRDKTPLHQKHAAFVTPDQKYSMDNTPHTPTPFKNALEKYGPLKPLPQTPH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QKVVVTTPLHRDKTPLHQKHAAFVTPDQKYSMDNTPHTPTPFKNALEKYGPLKPLPQTPH
460 470 480 490 500 510
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 LEEDLKEVLRSEAGIELIIEDDIRPEKQKRKPGLRRSPIKKVRKSLALDIVDEDVKLMMS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LEEDLKEVLRSEAGIELIIEDDIRPEKQKRKPGLRRSPIKKVRKSLALDIVDEDVKLMMS
520 530 540 550 560 570
610 620 630 640 650 660
pF1KB6 TLPKSLSLPTTAPSNSSSLTLSGIKEDNSLLNQGFLQAKPEKAAVAQKPRSHFTTPAPMS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TLPKSLSLPTTAPSNSSSLTLSGIKEDNSLLNQGFLQAKPEKAAVAQKPRSHFTTPAPMS
580 590 600 610 620 630
670 680 690 700
pF1KB6 SAWKTVACGGTRDQLFMQEKARQLLGRLKPSHTSRTLILS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SAWKTVACGGTRDQLFMQEKARQLLGRLKPSHTSRTLILS
640 650 660 670
>>XP_011515837 (OMIM: 159405) PREDICTED: myb-related pro (697 aa)
initn: 1558 init1: 902 opt: 1018 Z-score: 857.3 bits: 169.1 E(85289): 5.1e-41
Smith-Waterman score: 1512; 40.5% identity (63.2% similar) in 768 aa overlap (1-699:1-697)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MSRRTRCEDLDE-LHYQDTDSDVPEQRDSK---CKVKWTHEEDEQLRALVRQFGQQDWKF
:..:.: :: :. :.: : : .::.:. : .::::..::..:. ::.: : .:: .
XP_011 MAKRSRSEDEDDDLQYADHDYEVPQQKGLKKLWNRVKWTRDEDDKLKKLVEQHGTDDWTL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 LASHFPNRTDQQCQYRWLRVLNPDLVKGPWTKEEDQKVIELVKKYGTKQWTLIAKHLKGR
.:::. ::.: :::.:: .::::.:.::::::::::.:::::.::: :.:.:::::::::
XP_011 IASHLQNRSDFQCQHRWQKVLNPELIKGPWTKEEDQRVIELVQKYGPKRWSLIAKHLKGR
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 LGKQCRERWHNHLNPEVKKSCWTEEEDRIICEAHKVLGNRWAEIAKMLPGRTDNAVKNHW
.::::::::::::::::::: ::::::::: :::: ::::::::::.:::::::..::::
XP_011 IGKQCRERWHNHLNPEVKKSSWTEEEDRIIYEAHKRLGNRWAEIAKLLPGRTDNSIKNHW
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210
pF1KB6 NSTIKRKVDTGGFL--------SESKDCKPPVYLLLELEDKD---------GLQSAQPTE
:::..:::. :.: : :: . : . ... .. : : ..:
XP_011 NSTMRRKVEQEGYLQDGIKSERSSSKLQHKPCAAMDHMQTQNQFYIPVQIPGYQYVSP--
190 200 210 220 230
220 230 240 250
pF1KB6 GQGSLLTN-WPSVP----PTIKEEENSEE---ELAAATTSKEQE------PI--GT----
.:. . . :. : : :. ..:. :: : :.: : :.
XP_011 -EGNCIEHVQPTSAFIQQPFIDEDPDKEKKIKELEMLLMSAENEVRRKRIPSQPGSFSSW
240 250 260 270 280 290
260 270 280 290 300
pF1KB6 ------DLDAVRTPEPLEE-----FPKREDQEGSPPETSLPYKWVVEAANLLIPAVGS--
: . : . :.: . :.: : ..: : :... :: .. .. .
XP_011 SGSFLMDDNMSNTLNSLDEHTSEFYSMDENQPVSAQQNS-PTKFLAVEANAVLSSLQTIP
300 310 320 330 340 350
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 SLSEALDLIES-----DPDAWCDLSKFDLPEEPSAEDSINNSLVQL-QASHQQQVLPPRQ
..:.:.:::: :: :: :...::. . .: . :... :.: . .:.. .. .
XP_011 EFAETLELIESFNLLQDPVAWSDVTSFDISD--AAASPIKSTPVKLMRIQHNEGAMECQF
360 370 380 390 400 410
370 380 390 400 410
pF1KB6 PSALVPSVTEYRLDGHTISDLSRSSRGELIPI-SPSTEVGGSGIGTPPSVLKRQRKRRVA
.:: :.:. .. .. .: .:. ::. . ..:::..:...:: ::.
XP_011 NVSLV-------LEGK--KNTCNGGNSEAVPLTSPNI----AKFSTPPAILRKKRKMRVG
420 430 440 450 460
420 430 440 450 460 470
pF1KB6 LSPVTENSTSLSFLDSCNSLTPKSTPVKTLPFSPSQFLNFWNKQDTLELESPSLTSTPVC
:: .: . :. :. : .. : ::.::::::::::.: .. :..:.::.::::.:
XP_011 HSPGSELRDG-SLNDGGN-MALKHTPLKTLPFSPSQFFNTCPGNEQLNIENPSFTSTPIC
470 480 490 500 510
480 490 500 510 520 530
pF1KB6 SQKVVVTTPLHRDKTPLHQK-HAAFVTPDQKYS-MDNTPHTPTPFKNAL----EKYGPLK
.::...:::::.. :: :: ...: :: . : . .::.::::::::: .::::::
XP_011 GQKALITTPLHKETTPKDQKENVGFRTPTIRRSILGTTPRTPTPFKNALAAQEKKYGPLK
520 530 540 550 560 570
540 550 560 570 580 590
pF1KB6 PLPQT-PHLEEDLKEVLRSEAGIELIIEDDIRPEKQKRKPGLRRSPIKKVRKSLALDIVD
. : ::::..:::. :.: .:..... .: .. : : :::::::.:: .
XP_011 IVSQPLAFLEEDIREVLKEETGTDLFLKEEDEPAYKSCKQENTASG-KKVRKSLVLDNWE
580 590 600 610 620 630
600 610 620 630 640 650
pF1KB6 EDVKLMMSTLPKSLSLPTTAPSNSSSLTLSGIKEDNSLLNQGFLQAKPEKAAVAQKPRSH
.. :... :: :: : . :.. :
XP_011 KE------------------ESGTQLLT-----EDISDM-----QSNCE-----------
640 650
660 670 680 690 700
pF1KB6 FTTPAPMSSAWKTVACGGTRDQLFMQEKARQLLGRLKP-SHTSRTLILS
:.::. : :.:::.: :.::. :. : :::.:::
XP_011 ----------WETVVYGKTEDQLIMTEQARRYLSTYTATSSTSRALIL
660 670 680 690
>>XP_016868946 (OMIM: 159405) PREDICTED: myb-related pro (710 aa)
initn: 1558 init1: 902 opt: 995 Z-score: 838.0 bits: 165.6 E(85289): 6.1e-40
Smith-Waterman score: 1489; 40.5% identity (63.0% similar) in 760 aa overlap (8-699:23-710)
10 20 30 40
pF1KB6 MSRRTRCEDLDELHYQDTDSDVPEQRDSK---CKVKWTHEEDEQL
:: :.:.: : : .::.:. : .::::..::..:
XP_016 MRVQISDLMLPLLRGRFLASEDED-DDLQYADHDYEVPQQKGLKKLWNRVKWTRDEDDKL
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB6 RALVRQFGQQDWKFLASHFPNRTDQQCQYRWLRVLNPDLVKGPWTKEEDQKVIELVKKYG
. ::.: : .:: ..:::. ::.: :::.:: .::::.:.::::::::::.:::::.:::
XP_016 KKLVEQHGTDDWTLIASHLQNRSDFQCQHRWQKVLNPELIKGPWTKEEDQRVIELVQKYG
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 TKQWTLIAKHLKGRLGKQCRERWHNHLNPEVKKSCWTEEEDRIICEAHKVLGNRWAEIAK
:.:.:::::::::.::::::::::::::::::: ::::::::: :::: ::::::::::
XP_016 PKRWSLIAKHLKGRIGKQCRERWHNHLNPEVKKSSWTEEEDRIIYEAHKRLGNRWAEIAK
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210
pF1KB6 MLPGRTDNAVKNHWNSTIKRKVDTGGFL--------SESKDCKPPVYLLLELEDKD----
.:::::::..:::::::..:::. :.: : :: . : . ... ..
XP_016 LLPGRTDNSIKNHWNSTMRRKVEQEGYLQDGIKSERSSSKLQHKPCAAMDHMQTQNQFYI
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250
pF1KB6 -----GLQSAQPTEGQGSLLTN-WPSVP----PTIKEEENSEE---ELAAATTSKEQE--
: : ..: .:. . . :. : : :. ..:. :: : :.:
XP_016 PVQIPGYQYVSP---EGNCIEHVQPTSAFIQQPFIDEDPDKEKKIKELEMLLMSAENEVR
240 250 260 270 280 290
260 270 280 290
pF1KB6 ----PI--GT----------DLDAVRTPEPLEE-----FPKREDQEGSPPETSLPYKWVV
: :. : . : . :.: . :.: : ..: : :...
XP_016 RKRIPSQPGSFSSWSGSFLMDDNMSNTLNSLDEHTSEFYSMDENQPVSAQQNS-PTKFLA
300 310 320 330 340 350
300 310 320 330 340
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:: .. .. . ..:.:.:::: :: :: :...::. . .: . :... :.:
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. .:.. .. . .:: :.:. .. .. .: .:. ::. . ..:
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::..:...:: ::. :: .: . :. :. : .. : ::.::::::::::.: ..
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530 540 550 560 570
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::: .:::::: . : ::::..:::. :.: .:..... .: .. : :
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580 590 600 610 620 630
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640 650 660 670 680 690
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NP_001 IASHLQNRSDFQCQHRWQKVLNPELIKGPWTKEEDQRVIELVQKYGPKRWSLIAKHLKGR
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NP_001 IGKQCRERWHNHLNPEVKKSSWTEEEDRIIYEAHKRLGNRWAEIAKLLPGRTDNSIKNHW
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NP_001 SGSFLMDDNMSNTLNSLDEHTSEFYSMDENQPVSAQQNS-PTKFLAVEANAVLSSLQTIP
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]