FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6162, 647 aa
1>>>pF1KB6162 647 - 647 aa - 647 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7583+/-0.000719; mu= 18.5959+/- 0.044
mean_var=105.3777+/-21.003, 0's: 0 Z-trim(112.1): 98 B-trim: 77 in 1/50
Lambda= 0.124940
statistics sampled from 12754 (12886) to 12754 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.736), E-opt: 0.2 (0.396), width: 16
Scan time: 3.540
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS14314.1 KCND1 gene_id:3750|Hs108|chrX ( 647) 4323 790.0 0
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CCDS844.1 KCND3 gene_id:3752|Hs108|chr1 ( 636) 2759 508.1 1.5e-143
CCDS843.1 KCND3 gene_id:3752|Hs108|chr1 ( 655) 2487 459.1 8.9e-129
CCDS13418.1 KCNB1 gene_id:3745|Hs108|chr20 ( 858) 933 179.1 2.3e-44
CCDS6209.1 KCNB2 gene_id:9312|Hs108|chr8 ( 911) 902 173.5 1.1e-42
CCDS828.2 KCNA3 gene_id:3738|Hs108|chr1 ( 575) 846 163.2 8.9e-40
CCDS1676.1 KCNF1 gene_id:3754|Hs108|chr2 ( 494) 755 146.8 6.9e-35
CCDS826.1 KCNA10 gene_id:3744|Hs108|chr1 ( 511) 676 132.5 1.4e-30
CCDS6314.1 KCNV1 gene_id:27012|Hs108|chr8 ( 500) 672 131.8 2.2e-30
CCDS12755.1 KCNA7 gene_id:3743|Hs108|chr19 ( 456) 653 128.3 2.2e-29
CCDS8535.1 KCNA1 gene_id:3736|Hs108|chr12 ( 495) 648 127.5 4.4e-29
CCDS1692.1 KCNS3 gene_id:3790|Hs108|chr2 ( 491) 564 112.3 1.6e-24
CCDS6279.1 KCNS2 gene_id:3788|Hs108|chr8 ( 477) 545 108.9 1.7e-23
CCDS827.1 KCNA2 gene_id:3737|Hs108|chr1 ( 499) 533 106.7 7.7e-23
CCDS41629.1 KCNA4 gene_id:3739|Hs108|chr11 ( 653) 512 103.1 1.3e-21
CCDS8536.1 KCNA5 gene_id:3741|Hs108|chr12 ( 613) 510 102.7 1.6e-21
CCDS8534.1 KCNA6 gene_id:3742|Hs108|chr12 ( 529) 506 101.9 2.4e-21
CCDS13342.1 KCNS1 gene_id:3787|Hs108|chr20 ( 526) 495 99.9 9.3e-21
CCDS12019.1 KCNG2 gene_id:26251|Hs108|chr18 ( 466) 472 95.7 1.5e-19
CCDS42674.1 KCNG3 gene_id:170850|Hs108|chr2 ( 425) 470 95.3 1.8e-19
CCDS55625.1 KCNA2 gene_id:3737|Hs108|chr1 ( 356) 399 82.5 1.1e-15
CCDS1809.1 KCNG3 gene_id:170850|Hs108|chr2 ( 436) 398 82.4 1.5e-15
CCDS13436.1 KCNG1 gene_id:3755|Hs108|chr20 ( 513) 385 80.1 8.5e-15
CCDS10945.1 KCNG4 gene_id:93107|Hs108|chr16 ( 519) 382 79.5 1.2e-14
CCDS6447.1 KCNV2 gene_id:169522|Hs108|chr9 ( 545) 376 78.5 2.7e-14
CCDS58255.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12 ( 583) 317 67.9 4.5e-11
>>CCDS14314.1 KCND1 gene_id:3750|Hs108|chrX (647 aa)
initn: 4323 init1: 4323 opt: 4323 Z-score: 4214.1 bits: 790.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4323; 100.0% identity (100.0% similar) in 647 aa overlap (1-647:1-647)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAAGLATWLPFARAAAVGWLPLAQQPLPPAPGVKASRGDEVLVVNVSGRRFETWKNTLDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MAAGLATWLPFARAAAVGWLPLAQQPLPPAPGVKASRGDEVLVVNVSGRRFETWKNTLDR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 YPDTLLGSSEKEFFYDADSGEYFFDRDPDMFRHVLNFYRTGRLHCPRQECIQAFDEELAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 YPDTLLGSSEKEFFYDADSGEYFFDRDPDMFRHVLNFYRTGRLHCPRQECIQAFDEELAF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 YGLVPELVGDCCLEEYRDRKKENAERLAEDEEAEQAGDGPALPAGSSLRQRLWRAFENPH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 YGLVPELVGDCCLEEYRDRKKENAERLAEDEEAEQAGDGPALPAGSSLRQRLWRAFENPH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 TSTAALVFYYVTGFFIAVSVIANVVETIPCRGSARRSSREQPCGERFPQAFFCMDTACVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 TSTAALVFYYVTGFFIAVSVIANVVETIPCRGSARRSSREQPCGERFPQAFFCMDTACVL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 IFTGEYLLRLFAAPSRCRFLRSVMSLIDVVAILPYYIGLLVPKNDDVSGAFVTLRVFRVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 IFTGEYLLRLFAAPSRCRFLRSVMSLIDVVAILPYYIGLLVPKNDDVSGAFVTLRVFRVF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 RIFKFSRHSQGLRILGYTLKSCASELGFLLFSLTMAIIIFATVMFYAEKGTNKTNFTSIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 RIFKFSRHSQGLRILGYTLKSCASELGFLLFSLTMAIIIFATVMFYAEKGTNKTNFTSIP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 AAFWYTIVTMTTLGYGDMVPSTIAGKIFGSICSLSGVLVIALPVPVIVSNFSRIYHQNQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 AAFWYTIVTMTTLGYGDMVPSTIAGKIFGSICSLSGVLVIALPVPVIVSNFSRIYHQNQR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 ADKRRAQQKVRLARIRLAKSGTTNAFLQYKQNGGLEDSGSGEEQALCVRNRSAFEQQHHH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 ADKRRAQQKVRLARIRLAKSGTTNAFLQYKQNGGLEDSGSGEEQALCVRNRSAFEQQHHH
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 LLHCLEKTTCHEFTDELTFSEALGAVSPGGRTSRSTSVSSQPVGPGSLLSSCCPRRAKRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LLHCLEKTTCHEFTDELTFSEALGAVSPGGRTSRSTSVSSQPVGPGSLLSSCCPRRAKRR
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 AIRLANSTASVSRGSMQELDMLAGLRRSHAPQSRSSLNAKPHDSLDLNCDSRDFVAAIIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 AIRLANSTASVSRGSMQELDMLAGLRRSHAPQSRSSLNAKPHDSLDLNCDSRDFVAAIIS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640
pF1KB6 IPTPPANTPDESQPSSPGGGGRAGSTLRNSSLGTPCLFPETVKISSL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 IPTPPANTPDESQPSSPGGGGRAGSTLRNSSLGTPCLFPETVKISSL
610 620 630 640
>>CCDS5776.1 KCND2 gene_id:3751|Hs108|chr7 (630 aa)
initn: 2012 init1: 1344 opt: 2797 Z-score: 2727.7 bits: 514.9 E(32554): 1.3e-145
Smith-Waterman score: 2797; 67.3% identity (85.9% similar) in 640 aa overlap (1-632:1-630)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MAAGLATWLPFARAAAVGWLPLAQQPLPPAPGVKASRGDEVLVV-NVSGRRFETWKNTLD
::::.:.:::::::::.::.:.:. :.: : . .: ...:.: :::: ::.::..::.
CCDS57 MAAGVAAWLPFARAAAIGWMPVASGPMPAPPRQERKRTQDALIVLNVSGTRFQTWQDTLE
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 RYPDTLLGSSEKEFFYDADSGEYFFDRDPDMFRHVLNFYRTGRLHCPRQECIQAFDEELA
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CCDS57 RYPDTLLGSSERDFFYHPETQQYFFDRDPDIFRHILNFYRTGKLHYPRHECISAYDEELA
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 FYGLVPELVGDCCLEEYRDRKKENAERLAEDEEAEQAGDGPALPAGSSLRQRLWRAFENP
:.::.::..:::: :::.::..:::::: .: ... ::.. :::. .. :::.:::::::
CCDS57 FFGLIPEIIGDCCYEEYKDRRRENAERLQDDADTDTAGES-ALPTMTA-RQRVWRAFENP
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 HTSTAALVFYYVTGFFIAVSVIANVVETIPCRGSARRSSREQPCGERFPQAFFCMDTACV
:::: :::::::::::::::::::::::.:: ::. .: :::::. ::::.:::::
CCDS57 HTSTMALVFYYVTGFFIAVSVIANVVETVPC-GSSPGHIKELPCGERYAVAFFCLDTACV
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 LIFTGEYLLRLFAAPSRCRFLRSVMSLIDVVAILPYYIGLLVPKNDDVSGAFVTLRVFRV
.::: :::::: ::::: ::.:::::.:::::::::::::.. :.::::::::::::::
CCDS57 MIFTVEYLLRLAAAPSRYRFVRSVMSIIDVVAILPYYIGLVMTDNEDVSGAFVTLRVFRV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 FRIFKFSRHSQGLRILGYTLKSCASELGFLLFSLTMAIIIFATVMFYAEKGTNKTNFTSI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.. ..::::
CCDS57 FRIFKFSRHSQGLRILGYTLKSCASELGFLLFSLTMAIIIFATVMFYAEKGSSASKFTSI
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB6 PAAFWYTIVTMTTLGYGDMVPSTIAGKIFGSICSLSGVLVIALPVPVIVSNFSRIYHQNQ
:::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 PAAFWYTIVTMTTLGYGDMVPKTIAGKIFGSICSLSGVLVIALPVPVIVSNFSRIYHQNQ
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB6 RADKRRAQQKVRLARIRLAKSGTTNAFLQYKQNGGLEDS--GSGEEQALCVRNRSAFEQQ
::::::::.:.:::::: ::::..::..: :.:: : .. .: .:::. .. :.:: :
CCDS57 RADKRRAQKKARLARIRAAKSGSANAYMQSKRNGLLSNQLQSSEDEQAFVSKSGSSFETQ
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB6 HHHLLHCLEKTTCHEFTDELTFSEALGAVSPGGR-TSRSTSVSSQPVGPGSLLSSCCPRR
:::::::::::: :::.:: .: :. :. .: .:.: :.::: .. :.:: ::
CCDS57 HHHLLHCLEKTTNHEFVDEQVFEESCMEVATVNRPSSHSPSLSSQQ----GVTSTCCSRR
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KB6 AKRRAIRLANSTASVS-RGSMQELDMLA--GLRRSHAPQSRSSLNAKPHDSLDLNCDSRD
:. ..:. :...: : .::.:::. . ..:. .:::::::: .. . :::..
CCDS57 HKK-TFRIPNANVSGSHQGSIQELSTIQIRCVERTPLSNSRSSLNAKMEECVKLNCEQPY
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640
pF1KB6 FVAAIISIPTPPANTPD-ESQPSSPGGGGRAGSTLRNSSLGTPCLFPETVKISSL
..:::::::::..::. ...: :: .: :. .: :.:
CCDS57 VTTAIISIPTPPVTTPEGDDRPESPEYSG--GNIVRVSAL
600 610 620 630
>>CCDS844.1 KCND3 gene_id:3752|Hs108|chr1 (636 aa)
initn: 2575 init1: 1347 opt: 2759 Z-score: 2690.6 bits: 508.1 E(32554): 1.5e-143
Smith-Waterman score: 2759; 65.8% identity (83.7% similar) in 658 aa overlap (1-647:1-636)
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pF1KB6 MAAGLATWLPFARAAAVGWLPLAQQPLPPAPGVKASRGDEVLVVNVSGRRFETWKNTLDR
::::.:.:::::::::.::.:.:. :.: ::. : .: ::..:.:::::::.::..::.:
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10 20 30 40 50 60
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pF1KB6 YPDTLLGSSEKEFFYDADSGEYFFDRDPDMFRHVLNFYRTGRLHCPRQECIQAFDEELAF
::::::::.:::::.. :. ::::::::..:: ::::::::.:: :: :::.:.:.::::
CCDS84 YPDTLLGSTEKEFFFNEDTKEYFFDRDPEVFRCVLNFYRTGKLHYPRYECISAYDDELAF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 YGLVPELVGDCCLEEYRDRKKENAERLAEDEEAEQAGDGPALPAGSSLRQRLWRAFENPH
::..::..:::: :::.:::.:::::: .:...:. . ..:. :.:: .::::::::
CCDS84 YGILPEIIGDCCYEEYKDRKRENAERLMDDNDSENNQE--SMPS-LSFRQTMWRAFENPH
130 140 150 160 170
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pF1KB6 TSTAALVFYYVTGFFIAVSVIANVVETIPCRGSARRSSREQPCGERFPQAFFCMDTACVL
::: :::::::::::::::::.:::::.:: :.. .:.: :::::. ::::.:::::.
CCDS84 TSTLALVFYYVTGFFIAVSVITNVVETVPC-GTVP-GSKELPCGERYSVAFFCLDTACVM
180 190 200 210 220 230
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pF1KB6 IFTGEYLLRLFAAPSRCRFLRSVMSLIDVVAILPYYIGLLVPKNDDVSGAFVTLRVFRVF
::: :::::::::::: ::.:::::.::::::.::::::.. .:.:::::::::::::::
CCDS84 IFTVEYLLRLFAAPSRYRFIRSVMSIIDVVAIMPYYIGLVMTNNEDVSGAFVTLRVFRVF
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pF1KB6 RIFKFSRHSQGLRILGYTLKSCASELGFLLFSLTMAIIIFATVMFYAEKGTNKTNFTSIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.. ..:::::
CCDS84 RIFKFSRHSQGLRILGYTLKSCASELGFLLFSLTMAIIIFATVMFYAEKGSSASKFTSIP
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 AAFWYTIVTMTTLGYGDMVPSTIAGKIFGSICSLSGVLVIALPVPVIVSNFSRIYHQNQR
:.::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 ASFWYTIVTMTTLGYGDMVPKTIAGKIFGSICSLSGVLVIALPVPVIVSNFSRIYHQNQR
360 370 380 390 400 410
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pF1KB6 ADKRRAQQKVRLARIRLAKSGTTNAFLQYKQNG----GLEDSGSGEEQALCVRNRSAFEQ
:::::::.:.::::::.::.:..::.:. :.:: .:: .:. ::. . .. : .:.
CCDS84 ADKRRAQKKARLARIRVAKTGSSNAYLHSKRNGLLNEALELTGTPEEEHMG-KTTSLIES
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB6 QHHHLLHCLEKTTCHEFTDELTFSEALGAVSPGGRTS-RSTSVSSQPVGPGSLLSSCCPR
::::::::::::: ::: :: : . : . : :: :.::.: .: ..:: :
CCDS84 QHHHLLHCLEKTTNHEFIDEQMFEQNCMESSMQNYPSTRSPSLSSHP----GLTTTCCSR
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KB6 RAKRRAIRLANSTASVSR-GSMQELDML--AGLRRSHAPQSRSSLNAKPHDSLDLNCDSR
:.:. . .: ::. ..: :::::. . : .. :::::: : :.: :: .
CCDS84 RSKKTT-HLPNSNLPATRLRSMQELSTIHIQGSEQPSLTTSRSSLNLKADDGLRPNCKTS
540 550 560 570 580
600 610 620 630 640
pF1KB6 DFVAAIISIPTPPANTPD-ESQP--SSPGGGGRAGSTLRNSSLGTPCLFPETVKISSL
....:::::::::: ::. ::.: .::: :... : . ..::.:.:
CCDS84 QITTAIISIPTPPALTPEGESRPPPASPGP---------NTNI--PSIASNVVKVSAL
590 600 610 620 630
>>CCDS843.1 KCND3 gene_id:3752|Hs108|chr1 (655 aa)
initn: 2673 init1: 1335 opt: 2487 Z-score: 2425.4 bits: 459.1 E(32554): 8.9e-129
Smith-Waterman score: 2711; 64.0% identity (81.4% similar) in 677 aa overlap (1-647:1-655)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAAGLATWLPFARAAAVGWLPLAQQPLPPAPGVKASRGDEVLVVNVSGRRFETWKNTLDR
::::.:.:::::::::.::.:.:. :.: ::. : .: ::..:.:::::::.::..::.:
CCDS84 MAAGVAAWLPFARAAAIGWMPVANCPMPLAPADKNKRQDELIVLNVSGRRFQTWRTTLER
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 YPDTLLGSSEKEFFYDADSGEYFFDRDPDMFRHVLNFYRTGRLHCPRQECIQAFDEELAF
::::::::.:::::.. :. ::::::::..:: ::::::::.:: :: :::.:.:.::::
CCDS84 YPDTLLGSTEKEFFFNEDTKEYFFDRDPEVFRCVLNFYRTGKLHYPRYECISAYDDELAF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 YGLVPELVGDCCLEEYRDRKKENAERLAEDEEAEQAGDGPALPAGSSLRQRLWRAFENPH
::..::..:::: :::.:::.:::::: .:...:. . ..:. :.:: .::::::::
CCDS84 YGILPEIIGDCCYEEYKDRKRENAERLMDDNDSENNQE--SMPS-LSFRQTMWRAFENPH
130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 TSTAALVFYYVTGFFIAVSVIANVVETIPCRGSARRSSREQPCGERFPQAFFCMDTACVL
::: :::::::::::::::::.:::::.:: :.. .:.: :::::. ::::.:::::.
CCDS84 TSTLALVFYYVTGFFIAVSVITNVVETVPC-GTVP-GSKELPCGERYSVAFFCLDTACVM
180 190 200 210 220 230
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pF1KB6 IFTGEYLLRLFAAPSRCRFLRSVMSLIDVVAILPYYIGLLVPKNDDVSGAFVTLRVFRVF
::: :::::::::::: ::.:::::.::::::.::::::.. .:.:::::::::::::::
CCDS84 IFTVEYLLRLFAAPSRYRFIRSVMSIIDVVAIMPYYIGLVMTNNEDVSGAFVTLRVFRVF
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pF1KB6 RIFKFSRHSQGLRILGYTLKSCASELGFLLFSLTMAIIIFATVMFYAEKGTNKTNFTSIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.. ..:::::
CCDS84 RIFKFSRHSQGLRILGYTLKSCASELGFLLFSLTMAIIIFATVMFYAEKGSSASKFTSIP
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 AAFWYTIVTMTTLGYGDMVPSTIAGKIFGSICSLSGVLVIALPVPVIVSNFSRIYHQNQR
:.::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 ASFWYTIVTMTTLGYGDMVPKTIAGKIFGSICSLSGVLVIALPVPVIVSNFSRIYHQNQR
360 370 380 390 400 410
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pF1KB6 ADKRRAQQKVRLARIRLAKSGTTNAFLQYKQNG----GLEDSGSGEEQALCVRNRSAFEQ
:::::::.:.::::::.::.:..::.:. :.:: .:: .:. ::. . .. : .:.
CCDS84 ADKRRAQKKARLARIRVAKTGSSNAYLHSKRNGLLNEALELTGTPEEEHMG-KTTSLIES
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510
pF1KB6 QHHHLLHCLEKTT-------------------CHEFTDELTFSEALGAVSPGGRTS-RST
::::::::::::: ::: :: : . : . : ::
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640
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CCDS84 NI--PSIASNVVKVSAL
650
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.::... ... : .:: : : . .. : . :... . :. .
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CCDS82 ADEISFYEL-----GSEAMDQFRED-----EGFIKDPET-------LLPTNDIHRQ-FWL
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CCDS82 LFEYPESSSAARAVAVVSVLVVVISITIFCLETLPEFREDRELKVVRDPNLNMSKTVLSQ
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CCDS82 TMFTDPFFMVESTCIVWFTFELVLRFVVCPSKTDFFRNIMNIIDIISIIPYFATLITELV
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CCDS82 GVLTIALPVPVIVSNFNYFYHRETENEEKQNIPGEIERILNSVGSRMGSTDSL--NKTNG
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:
CCDS82 GCSTEKSRK
510
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CCDS63 LLDSPLDSGSLTSLDSSVFCSEGEGEPLALGD-CFTVNVGGSRFVLSQQALSCFPHTRLG
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