FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6142, 638 aa
1>>>pF1KB6142 638 - 638 aa - 638 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5181+/-0.000942; mu= 17.9005+/- 0.057
mean_var=63.7129+/-12.637, 0's: 0 Z-trim(104.0): 25 B-trim: 0 in 0/49
Lambda= 0.160679
statistics sampled from 7666 (7685) to 7666 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.599), E-opt: 0.2 (0.236), width: 16
Scan time: 2.850
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS13125.1 PCSK2 gene_id:5126|Hs108|chr20 ( 638) 4347 1016.8 0
CCDS56180.1 PCSK2 gene_id:5126|Hs108|chr20 ( 619) 4205 983.9 0
CCDS56179.1 PCSK2 gene_id:5126|Hs108|chr20 ( 603) 3703 867.5 0
CCDS4081.1 PCSK1 gene_id:5122|Hs108|chr5 ( 753) 1800 426.4 6.7e-119
CCDS54881.1 PCSK1 gene_id:5122|Hs108|chr5 ( 706) 1751 415.1 1.7e-115
CCDS73789.1 PCSK6 gene_id:5046|Hs108|chr15 ( 956) 1730 410.2 6.4e-114
CCDS73790.1 PCSK6 gene_id:5046|Hs108|chr15 ( 969) 1730 410.2 6.4e-114
CCDS73791.1 PCSK6 gene_id:5046|Hs108|chr15 ( 623) 1657 393.2 5.4e-109
CCDS73793.1 PCSK6 gene_id:5046|Hs108|chr15 ( 652) 1657 393.3 5.6e-109
CCDS73792.1 PCSK6 gene_id:5046|Hs108|chr15 ( 664) 1657 393.3 5.7e-109
CCDS10364.1 FURIN gene_id:5045|Hs108|chr15 ( 794) 1637 388.7 1.7e-107
CCDS6652.1 PCSK5 gene_id:5125|Hs108|chr9 ( 913) 1623 385.4 1.8e-106
CCDS55320.1 PCSK5 gene_id:5125|Hs108|chr9 (1860) 1623 385.5 3.4e-106
CCDS12069.2 PCSK4 gene_id:54760|Hs108|chr19 ( 755) 1590 377.7 3e-104
CCDS8382.1 PCSK7 gene_id:9159|Hs108|chr11 ( 785) 1307 312.2 1.8e-84
>>CCDS13125.1 PCSK2 gene_id:5126|Hs108|chr20 (638 aa)
initn: 4347 init1: 4347 opt: 4347 Z-score: 5440.2 bits: 1016.8 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4347; 100.0% identity (100.0% similar) in 638 aa overlap (1-638:1-638)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MKGGCVSQWKAAAGFLFCVMVFASAERPVFTNHFLVELHKGGEDKARQVAAEHGFGVRKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MKGGCVSQWKAAAGFLFCVMVFASAERPVFTNHFLVELHKGGEDKARQVAAEHGFGVRKL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 PFAEGLYHFYHNGLAKAKRRRSLHHKQQLERDPRVKMALQQEGFDRKKRGYRDINEIDIN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MNDPLFTKQWYLINTGQADGTPGLDLNVAEAWELGYTGKGVTIGIMDDGIDYLHPDLASN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 YNAEASYDFSSNDPYPYPRYTDDWFNSHGTRCAGEVSAAANNNICGVGVAYNSKVAGIRM
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LDQPFMTDIIEASSISHMPQLIDIYSASWGPTDNGKTVDGPRELTLQAMADGVNKGRGGK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 GSIYVWASGDGGSYDDCNCDGYASSMWTISINSAINDGRTALYDESCSSTLASTFSNGRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 GSIYVWASGDGGSYDDCNCDGYASSMWTISINSAINDGRTALYDESCSSTLASTFSNGRK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 RNPEAGVATTDLYGNCTLRHSGTSAAAPEAAGVFALALEANLGLTWRDMQHLTVLTSKRN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 RNPEAGVATTDLYGNCTLRHSGTSAAAPEAAGVFALALEANLGLTWRDMQHLTVLTSKRN
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 QLHDEVHQWRRNGVGLEFNHLFGYGVLDAGAMVKMAKDWKTVPERFHCVGGSVQDPEKIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 QLHDEVHQWRRNGVGLEFNHLFGYGVLDAGAMVKMAKDWKTVPERFHCVGGSVQDPEKIP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 STGKLVLTLTTDACEGKENFVRYLEHVQAVITVNATRRGDLNINMTSPMGTKSILLSRRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 STGKLVLTLTTDACEGKENFVRYLEHVQAVITVNATRRGDLNINMTSPMGTKSILLSRRP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 RDDDSKVGFDKWPFMTTHTWGEDARGTWTLELGFVGSAPQKGVLKEWTLMLHGTQSAPYI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 RDDDSKVGFDKWPFMTTHTWGEDARGTWTLELGFVGSAPQKGVLKEWTLMLHGTQSAPYI
550 560 570 580 590 600
610 620 630
pF1KB6 DQVVRDYQSKLAMSKKEELEEELDEAVERSLKSILNKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 DQVVRDYQSKLAMSKKEELEEELDEAVERSLKSILNKN
610 620 630
>>CCDS56180.1 PCSK2 gene_id:5126|Hs108|chr20 (619 aa)
initn: 4205 init1: 4205 opt: 4205 Z-score: 5262.5 bits: 983.9 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4205; 100.0% identity (100.0% similar) in 619 aa overlap (20-638:1-619)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MKGGCVSQWKAAAGFLFCVMVFASAERPVFTNHFLVELHKGGEDKARQVAAEHGFGVRKL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MVFASAERPVFTNHFLVELHKGGEDKARQVAAEHGFGVRKL
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 PFAEGLYHFYHNGLAKAKRRRSLHHKQQLERDPRVKMALQQEGFDRKKRGYRDINEIDIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 PFAEGLYHFYHNGLAKAKRRRSLHHKQQLERDPRVKMALQQEGFDRKKRGYRDINEIDIN
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 MNDPLFTKQWYLINTGQADGTPGLDLNVAEAWELGYTGKGVTIGIMDDGIDYLHPDLASN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MNDPLFTKQWYLINTGQADGTPGLDLNVAEAWELGYTGKGVTIGIMDDGIDYLHPDLASN
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 YNAEASYDFSSNDPYPYPRYTDDWFNSHGTRCAGEVSAAANNNICGVGVAYNSKVAGIRM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 YNAEASYDFSSNDPYPYPRYTDDWFNSHGTRCAGEVSAAANNNICGVGVAYNSKVAGIRM
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 LDQPFMTDIIEASSISHMPQLIDIYSASWGPTDNGKTVDGPRELTLQAMADGVNKGRGGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 LDQPFMTDIIEASSISHMPQLIDIYSASWGPTDNGKTVDGPRELTLQAMADGVNKGRGGK
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 GSIYVWASGDGGSYDDCNCDGYASSMWTISINSAINDGRTALYDESCSSTLASTFSNGRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 GSIYVWASGDGGSYDDCNCDGYASSMWTISINSAINDGRTALYDESCSSTLASTFSNGRK
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 RNPEAGVATTDLYGNCTLRHSGTSAAAPEAAGVFALALEANLGLTWRDMQHLTVLTSKRN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 RNPEAGVATTDLYGNCTLRHSGTSAAAPEAAGVFALALEANLGLTWRDMQHLTVLTSKRN
350 360 370 380 390 400
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 QLHDEVHQWRRNGVGLEFNHLFGYGVLDAGAMVKMAKDWKTVPERFHCVGGSVQDPEKIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 QLHDEVHQWRRNGVGLEFNHLFGYGVLDAGAMVKMAKDWKTVPERFHCVGGSVQDPEKIP
410 420 430 440 450 460
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 STGKLVLTLTTDACEGKENFVRYLEHVQAVITVNATRRGDLNINMTSPMGTKSILLSRRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 STGKLVLTLTTDACEGKENFVRYLEHVQAVITVNATRRGDLNINMTSPMGTKSILLSRRP
470 480 490 500 510 520
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 RDDDSKVGFDKWPFMTTHTWGEDARGTWTLELGFVGSAPQKGVLKEWTLMLHGTQSAPYI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 RDDDSKVGFDKWPFMTTHTWGEDARGTWTLELGFVGSAPQKGVLKEWTLMLHGTQSAPYI
530 540 550 560 570 580
610 620 630
pF1KB6 DQVVRDYQSKLAMSKKEELEEELDEAVERSLKSILNKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 DQVVRDYQSKLAMSKKEELEEELDEAVERSLKSILNKN
590 600 610
>>CCDS56179.1 PCSK2 gene_id:5126|Hs108|chr20 (603 aa)
initn: 3695 init1: 3695 opt: 3703 Z-score: 4633.7 bits: 867.5 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4020; 94.5% identity (94.5% similar) in 638 aa overlap (1-638:1-603)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MKGGCVSQWKAAAGFLFCVMVFASAERPVFTNHFLVELHKGGEDKARQVAAEHGFGVRKL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MKGGCVSQWKAAAGFLFCVMVFASAERPVFTNHFLVELHKGGEDKARQVAAEHGFGVRK-
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 PFAEGLYHFYHNGLAKAKRRRSLHHKQQLERDPRVKMALQQEGFDRKKRGYRDINEIDIN
::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 ----------------------------------VKMALQQEGFDRKKRGYRDINEIDIN
60 70 80
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 MNDPLFTKQWYLINTGQADGTPGLDLNVAEAWELGYTGKGVTIGIMDDGIDYLHPDLASN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MNDPLFTKQWYLINTGQADGTPGLDLNVAEAWELGYTGKGVTIGIMDDGIDYLHPDLASN
90 100 110 120 130 140
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 YNAEASYDFSSNDPYPYPRYTDDWFNSHGTRCAGEVSAAANNNICGVGVAYNSKVAGIRM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 YNAEASYDFSSNDPYPYPRYTDDWFNSHGTRCAGEVSAAANNNICGVGVAYNSKVAGIRM
150 160 170 180 190 200
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 LDQPFMTDIIEASSISHMPQLIDIYSASWGPTDNGKTVDGPRELTLQAMADGVNKGRGGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 LDQPFMTDIIEASSISHMPQLIDIYSASWGPTDNGKTVDGPRELTLQAMADGVNKGRGGK
210 220 230 240 250 260
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 GSIYVWASGDGGSYDDCNCDGYASSMWTISINSAINDGRTALYDESCSSTLASTFSNGRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 GSIYVWASGDGGSYDDCNCDGYASSMWTISINSAINDGRTALYDESCSSTLASTFSNGRK
270 280 290 300 310 320
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 RNPEAGVATTDLYGNCTLRHSGTSAAAPEAAGVFALALEANLGLTWRDMQHLTVLTSKRN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 RNPEAGVATTDLYGNCTLRHSGTSAAAPEAAGVFALALEANLGLTWRDMQHLTVLTSKRN
330 340 350 360 370 380
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 QLHDEVHQWRRNGVGLEFNHLFGYGVLDAGAMVKMAKDWKTVPERFHCVGGSVQDPEKIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 QLHDEVHQWRRNGVGLEFNHLFGYGVLDAGAMVKMAKDWKTVPERFHCVGGSVQDPEKIP
390 400 410 420 430 440
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pF1KB6 STGKLVLTLTTDACEGKENFVRYLEHVQAVITVNATRRGDLNINMTSPMGTKSILLSRRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 STGKLVLTLTTDACEGKENFVRYLEHVQAVITVNATRRGDLNINMTSPMGTKSILLSRRP
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550 560 570 580 590 600
pF1KB6 RDDDSKVGFDKWPFMTTHTWGEDARGTWTLELGFVGSAPQKGVLKEWTLMLHGTQSAPYI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 RDDDSKVGFDKWPFMTTHTWGEDARGTWTLELGFVGSAPQKGVLKEWTLMLHGTQSAPYI
510 520 530 540 550 560
610 620 630
pF1KB6 DQVVRDYQSKLAMSKKEELEEELDEAVERSLKSILNKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 DQVVRDYQSKLAMSKKEELEEELDEAVERSLKSILNKN
570 580 590 600
>>CCDS4081.1 PCSK1 gene_id:5122|Hs108|chr5 (753 aa)
initn: 785 init1: 709 opt: 1800 Z-score: 2248.1 bits: 426.4 E(32554): 6.7e-119
Smith-Waterman score: 1800; 45.8% identity (73.4% similar) in 624 aa overlap (17-629:19-630)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MKGGCVSQWKAAAGFLFCVMVFASAERPVFTNHFLVELHKGGEDKARQVAAEHGFGVR
.:.. :.:.: :.:.. .:. :: . : .: : :. .
CCDS40 MERRAWSLQCTAFVLFCAWCALNSAKAKRQ-FVNEWAAEI-PGGPEAASAIAEELGYDLL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 -KLPFAEGLYHFYHNGLAKAKRRRSLHHKQQLERDPRVKMALQQEGFDRKKRG-YRDINE
.. :. : : :.. . .:: ..: ..: : :: : :: .:.::. :: .
CCDS40 GQIGSLENHYLFKHKNHPRRSRRSAFHITKRLSDDDRVIWAEQQYEKERSKRSALRD-SA
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 IDINMNDPLFTKQWYLINTGQADGTPGLDLNVAEAWELGYTGKGVTIGIMDDGIDYLHPD
... .:::....:::: .: .. . : :::.: .:. : :::::.: ..:::... : :
CCDS40 LNL-FNDPMWNQQWYLQDTRMTAALPKLDLHVIPVWQKGITGKGVVITVLDDGLEWNHTD
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 LASNYNAEASYDFSSNDPYPYPRYTDDWFNSHGTRCAGEVSAAANNNICGVGVAYNSKVA
. .::. ::::::..:: :.::: :.::::::::.. :::. :::::::::::.
CCDS40 IYANYDPEASYDFNDNDHDPFPRYDPTNENKHGTRCAGEIAMQANNHKCGVGVAYNSKVG
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 GIRMLDQPFMTDIIEASSISHMPQLIDIYSASWGPTDNGKTVDGPRELTLQAMADGVNKG
:::::: ..:: ::::::. : .:::::::::.:.::::.:: .:. .:. ::..:
CCDS40 GIRMLDG-IVTDAIEASSIGFNPGHVDIYSASWGPNDDGKTVEGPGRLAQKAFEYGVKQG
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 RGGKGSIYVWASGDGGSY-DDCNCDGYASSMWTISINSAINDGRTALYDESCSSTLASTF
: :::::.:::::.:: :.:.::::..:..::::.:: ..: . : :.::::::...
CCDS40 RQGKGSIFVWASGNGGRQGDNCDCDGYTDSIYTISISSASQQGLSPWYAEKCSSTLATSY
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB6 SNGRKRNPEAGVATTDLYGNCTLRHSGTSAAAPEAAGVFALALEANLGLTWRDMQHLTVL
:.: . . ....::...:: :.::::.:: :::.:::::::: .:::::::::.:
CCDS40 SSGDYTDQR--ITSADLHNDCTETHTGTSASAPLAAGIFALALEANPNLTWRDMQHLVVW
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB6 TSKRNQLHDEVHQWRRNGVGLEFNHLFGYGVLDAGAMVKMA--KDWKTVPERFHCVGGSV
::. . : .. :..::.:: : ::.:.:.: :.: .: . :..:::. .:: :
CCDS40 TSEYDPLANN-PGWKKNGAGLMVNSRFGFGLLNAKALVDLADPRTWRSVPEKKECV---V
420 430 440 450 460
480 490 500 510 520
pF1KB6 QD----PEKIPSTGKLVLTLTTDACEGKENFVRYLEHVQAVITVNATRRGDLNINMTSPM
.: :. . ..:.... . : ::::.:: .. ::::: :.. .:::::....::
CCDS40 KDNDFEPRALKANGEVIIEIPTRACEGQENAIKSLEHVQFEATIEYSRRGDLHVTLTSAA
470 480 490 500 510 520
530 540 550 560 570 580
pF1KB6 GTKSILLSRRPRDDDSKVGFDKWPFMTTHTWGEDARGTWTLEL-GFVGSAPQKGVLKEWT
::...::..: :: : :: .: ::..:::::. :::::.. . : ..: . .:
CCDS40 GTSTVLLAERERDT-SPNGFKNWDFMSVHTWGENPIGTWTLRITDMSGRIQNEGRIVNWK
530 540 550 560 570 580
590 600 610 620 630
pF1KB6 LMLHGTQSAPYIDQVVRDYQS-KLAMSKKEELEEELDEAVERSLKSILNKN
:.::::.: : . : : : . ... .. .:. .: . :.
CCDS40 LILHGTSSQPEHMKQPRVYTSYNTVQNDRRGVEKMVDPGEEQPTQENPKENTLVSKSPSS
590 600 610 620 630 640
CCDS40 SSVGGRRDELEEGAPSQAMLRLLQSAFSKNSPPKQSPKKSPSAKLNIPYENFYEALEKLN
650 660 670 680 690 700
>>CCDS54881.1 PCSK1 gene_id:5122|Hs108|chr5 (706 aa)
initn: 785 init1: 709 opt: 1751 Z-score: 2187.2 bits: 415.1 E(32554): 1.7e-115
Smith-Waterman score: 1751; 47.4% identity (74.5% similar) in 576 aa overlap (64-629:18-583)
40 50 60 70 80 90
pF1KB6 FLVELHKGGEDKARQVAAEHGFGVRKLPFAEGLYHFYHNGLAKAKRRRSLHHKQQLERDP
:. : : :.. . .:: ..: ..: :
CCDS54 MGKGSISFLFFSQIGSLENHYLFKHKNHPRRSRRSAFHITKRLSDDD
10 20 30 40
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 RVKMALQQEGFDRKKRG-YRDINEIDINMNDPLFTKQWYLINTGQADGTPGLDLNVAEAW
:: : :: .:.::. :: . ... .:::....:::: .: .. . : :::.: .:
CCDS54 RVIWAEQQYEKERSKRSALRD-SALNL-FNDPMWNQQWYLQDTRMTAALPKLDLHVIPVW
50 60 70 80 90 100
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 ELGYTGKGVTIGIMDDGIDYLHPDLASNYNAEASYDFSSNDPYPYPRYTDDWFNSHGTRC
. : :::::.: ..:::... : :. .::. ::::::..:: :.::: :.:::::
CCDS54 QKGITGKGVVITVLDDGLEWNHTDIYANYDPEASYDFNDNDHDPFPRYDPTNENKHGTRC
110 120 130 140 150 160
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CCDS73 ASDKRPRSIPLVQVLRTTALTSACAEHSDQRVVYLEHVVVRTSISHPRRGDLQIYLVSPS
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