Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6134
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6134, 631 aa
1>>>pF1KB6134 631 - 631 aa - 631 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.5557+/-0.00137; mu= -10.8923+/- 0.081
mean_var=627.4996+/-131.338, 0's: 0 Z-trim(112.9): 67 B-trim: 104 in 1/52
Lambda= 0.051200
statistics sampled from 13603 (13637) to 13603 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.738), E-opt: 0.2 (0.419), width: 16
Scan time: 3.870
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4802.1 DEF6 gene_id:50619|Hs108|chr6 ( 631) 4166 323.2 6.4e-88
CCDS31426.1 SWAP70 gene_id:23075|Hs108|chr11 ( 585) 1712 141.9 2.3e-33
CCDS73257.1 SWAP70 gene_id:23075|Hs108|chr11 ( 527) 1086 95.6 1.8e-19
>>CCDS4802.1 DEF6 gene_id:50619|Hs108|chr6 (631 aa)
initn: 4166 init1: 4166 opt: 4166 Z-score: 1691.9 bits: 323.2 E(32554): 6.4e-88
Smith-Waterman score: 4166; 99.8% identity (100.0% similar) in 631 aa overlap (1-631:1-631)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MALRKELLKSIWYAFTALDVEKSGKVSKSQLKVLSHNLYTVLHIPHDPVALEEHFRDDDD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 MALRKELLKSIWYAFTALDVEKSGKVSKSQLKVLSHNLYTVLHIPHDPVALEEHFRDDDD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 GPVSSQGYMPYLNKYILDKVEEGAFVKEHFDELCWTLTAKKNYRADSNGNSMLSNQDAFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 GPVSSQGYMPYLNKYILDKVEEGAFVKEHFDELCWTLTAKKNYRADSNGNSMLSNQDAFR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 LWCLFNFLSEDKYPLIMVPDEVEYLLKKVLSSMSLEVSLGELEELLAQEAQVAQTTGGLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 LWCLFNFLSEDKYPLIMVPDEVEYLLKKVLSSMSLEVSLGELEELLAQEAQVAQTTGGLS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 VWQFLELFNSGRCLRGVGRDTLSMAIHEVYQELIQDVLKQGYLWKRGHLRRNWAERWFQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 VWQFLELFNSGRCLRGVGRDTLSMAIHEVYQELIQDVLKQGYLWKRGHLRRNWAERWFQL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 QPSCLCYFGSEECKEKRGIIPLDAHCCVEVLPDRDGKRCMFCVKTATRTYEMSASDTRQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::
CCDS48 QPSCLCYFGSEECKEKRGIIPLDAHCCVEVLPDRDGKRCMFCVKTANRTYEMSASDTRQR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 QEWTAAIQMAIRLQAEGKTSLHKDLKQKRREQREQRERRRAAKEEELLRLQQLQEEKERK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 QEWTAAIQMAIRLQAEGKTSLHKDLKQKRREQREQRERRRAAKEEELLRLQQLQEEKERK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 LQELELLQEAQRQAERLLQEEEERRRSQHRELQQALEGQLREAEQARASMQAEMELKEEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 LQELELLQEAQRQAERLLQEEEERRRSQHRELQQALEGQLREAEQARASMQAEMELKEEE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 AARQRQRIKELEEMQQRLQEALQLEVKARRDEESVRIAQTRLLEEEEEKLKQLMQLKEEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 AARQRQRIKELEEMQQRLQEALQLEVKARRDEESVRIAQTRLLEEEEEKLKQLMQLKEEQ
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 ERYIERAQQEKEELQQEMAQQSRSLQQAQQQLEEVRQNRQRADEDVEAAQRKLRQASTNV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 ERYIERAQQEKEELQQEMAQQSRSLQQAQQQLEEVRQNRQRADEDVEAAQRKLRQASTNV
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 KHWNVQMNRLMHPIEPGDKRPVTSSSFSGFQPPLLAHRDSSLKRLTRWGSQGNRTPSPNS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 KHWNVQMNRLMHPIEPGDKRPVTSSSFSGFQPPLLAHRDSSLKRLTRWGSQGNRTPSPNS
550 560 570 580 590 600
610 620 630
pF1KB6 NEQQKSLNGGDEAPAPASTPQEDKLDPAPEN
:::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 NEQQKSLNGGDEAPAPASTPQEDKLDPAPEN
610 620 630
>>CCDS31426.1 SWAP70 gene_id:23075|Hs108|chr11 (585 aa)
initn: 1740 init1: 647 opt: 1712 Z-score: 712.6 bits: 141.9 E(32554): 2.3e-33
Smith-Waterman score: 1712; 45.6% identity (76.2% similar) in 588 aa overlap (2-583:3-579)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MALRKELLKSIWYAFTALDVEKSGKVSKSQLKVLSHNLYTVLHIPHDPVALEEHFRDDD
.:..::::.::.:::::: ..:::::::::::::::: :::..:::::::::::::::
CCDS31 MGSLKEELLKAIWHAFTALDQDHSGKVSKSQLKVLSHNLCTVLKVPHDPVALEEHFRDDD
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 DGPVSSQGYMPYLNKYILDKVEEGAFVKEHFDELCWTLTAKKNYRADSNGNSMLSNQDAF
.::::.::::::::..::.::... : : .:...:::: .::: ... .....:::
CCDS31 EGPVSNQGYMPYLNRFILEKVQDN-FDKIEFNRMCWTLCVKKNL---TKNPLLITEEDAF
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 RLWCLFNFLSEDKYPLIMVPDEVEYLLKKVLSSMSLEVSLGELEELLAQEAQVAQTTGGL
..: .::::::::::::.: .:.::::::. .:. . . :.. . . .. .::
CCDS31 KIWVIFNFLSEDKYPLIIVSEEIEYLLKKLTEAMG---GGWQQEQFEHYKINFDDSKNGL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 SVWQFLELFNSGRCLRGVGRDTLSMAIHEVYQELIQDVLKQGYLWKRGHLRRNWAERWFQ
:.:...::...:. .:. :.:.::::.::..::: :::::::. :.:: :.::.::::
CCDS31 SAWELIELIGNGQFSKGMDRQTVSMAINEVFNELILDVLKQGYMMKKGHRRKNWTERWFV
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 LQPSCLCYFGSEECKEKRGIIPLDAHCCVEVLPDRDGKRCMFCVKTATRTYEMSASDTRQ
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CCDS31 LKPNIISYYVSEDLKDKKGDILLDENCCVESLPDKDGKKCLFLVKCFDKTFEISASDKKK
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 RQEWTAAIQMAIRLQAEGKTSLHKDLKQKRREQREQRERRRAAKEEELLR-LQQLQEEKE
.::: ::. .:.: :. ::. .:.:.: : ... :..::: : ...:: .:
CCDS31 KQEWIQAIHSTIHLLKLGSPPPHKEARQRRKELR----KKQLAEQEELERQMKELQAANE
300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB6 RKLQELELLQEAQRQAERLLQEEEERRRSQHRELQQALEGQLREAEQARASMQAEMELKE
: :::: ... ..: :::..: . . ::: . .:.. . : .:. .. :
CCDS31 SKQQELEAVRKKLEEAASRAAEEEKKRLQTQVELQARFSTELEREKLIRQQMEEQVAQKS
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KB6 EEAARQRQRIKELEEMQQRLQEALQLEVKARRDEESVRIAQTRLLEEEEEKLKQLMQLKE
: . ::..:::.: .:::::. : .::.:::.:: :.:::::: : .: . .
CCDS31 SELEQYLQRVRELEDMYLKLQEALEDERQARQDEETVRKLQARLLEEESSKRAELEKWHL
410 420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KB6 EQERYIERAQQEKEELQQEMAQQSRSLQQAQQQLEEVRQNRQRADEDVEAAQRKLRQAST
::.. :. .. ::.::... . . ..::.:..:::... .:..: :. : ...::..:..
CCDS31 EQQQAIQTTEAEKQELENQRVLKEQALQEAMEQLEQLELERKQALEQYEEVKKKLEMATN
470 480 490 500 510 520
540 550 560 570 580 590
pF1KB6 NVKHWNVQMNR---LMHPIEPGDKRP--VTSSSFSGFQPPLLAHRDSSLKRLTRWGSQGN
..: :. .. . :.. ::::.: : .:. . ..: : .:... :
CCDS31 KTKSWKDKVAHHEGLIRLIEPGSKNPHLITNWGPAAFTEAELEEREKNWKEKKTTE
530 540 550 560 570 580
600 610 620 630
pF1KB6 RTPSPNSNEQQKSLNGGDEAPAPASTPQEDKLDPAPEN
>>CCDS73257.1 SWAP70 gene_id:23075|Hs108|chr11 (527 aa)
initn: 1615 init1: 647 opt: 1086 Z-score: 463.3 bits: 95.6 E(32554): 1.8e-19
Smith-Waterman score: 1380; 40.6% identity (67.7% similar) in 588 aa overlap (2-583:3-521)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MALRKELLKSIWYAFTALDVEKSGKVSKSQLKVLSHNLYTVLHIPHDPVALEEHFRDDD
.:..::::.::.:::::: ..:::::::::::::::: :::..:::::::::::::::
CCDS73 MGSLKEELLKAIWHAFTALDQDHSGKVSKSQLKVLSHNLCTVLKVPHDPVALEEHFRDDD
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 DGPVSSQGYMPYLNKYILDKVEEGAFVKEHFDELCWTLTAKKNYRADSNGNSMLSNQDAF
.::::.::::::::..::.:.:
CCDS73 EGPVSNQGYMPYLNRFILEKIE--------------------------------------
70 80
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 RLWCLFNFLSEDKYPLIMVPDEVEYLLKKVLSSMSLEVSLGELEELLAQEAQVAQTTGGL
:::::. .:. . . :.. . . .. .::
CCDS73 ------------------------YLLKKLTEAMG---GGWQQEQFEHYKINFDDSKNGL
90 100 110
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 SVWQFLELFNSGRCLRGVGRDTLSMAIHEVYQELIQDVLKQGYLWKRGHLRRNWAERWFQ
:.:...::...:. .:. :.:.::::.::..::: :::::::. :.:: :.::.::::
CCDS73 SAWELIELIGNGQFSKGMDRQTVSMAINEVFNELILDVLKQGYMMKKGHRRKNWTERWFV
120 130 140 150 160 170
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 LQPSCLCYFGSEECKEKRGIIPLDAHCCVEVLPDRDGKRCMFCVKTATRTYEMSASDTRQ
:.:. . :. ::. :.:.: : :: .:::: :::.:::.:.: :: .:.:.:::: ..
CCDS73 LKPNIISYYVSEDLKDKKGDILLDENCCVESLPDKDGKKCLFLVKCFDKTFEISASDKKK
180 190 200 210 220 230
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 RQEWTAAIQMAIRLQAEGKTSLHKDLKQKRREQREQRERRRAAKEEELLR-LQQLQEEKE
.::: ::. .:.: :. ::. .:.:.: : ... :..::: : ...:: .:
CCDS73 KQEWIQAIHSTIHLLKLGSPPPHKEARQRRKELR----KKQLAEQEELERQMKELQAANE
240 250 260 270 280 290
360 370 380 390 400 410
pF1KB6 RKLQELELLQEAQRQAERLLQEEEERRRSQHRELQQALEGQLREAEQARASMQAEMELKE
: :::: ... ..: :::..: . . ::: . .:.. . : .:. .. :
CCDS73 SKQQELEAVRKKLEEAASRAAEEEKKRLQTQVELQARFSTELEREKLIRQQMEEQVAQKS
300 310 320 330 340 350
420 430 440 450 460 470
pF1KB6 EEAARQRQRIKELEEMQQRLQEALQLEVKARRDEESVRIAQTRLLEEEEEKLKQLMQLKE
: . ::..:::.: .:::::. : .::.:::.:: :.:::::: : .: . .
CCDS73 SELEQYLQRVRELEDMYLKLQEALEDERQARQDEETVRKLQARLLEEESSKRAELEKWHL
360 370 380 390 400 410
480 490 500 510 520 530
pF1KB6 EQERYIERAQQEKEELQQEMAQQSRSLQQAQQQLEEVRQNRQRADEDVEAAQRKLRQAST
::.. :. .. ::.::... . . ..::.:..:::... .:..: :. : ...::..:..
CCDS73 EQQQAIQTTEAEKQELENQRVLKEQALQEAMEQLEQLELERKQALEQYEEVKKKLEMATN
420 430 440 450 460 470
540 550 560 570 580 590
pF1KB6 NVKHWNVQMNR---LMHPIEPGDKRP--VTSSSFSGFQPPLLAHRDSSLKRLTRWGSQGN
..: :. .. . :.. ::::.: : .:. . ..: : .:... :
CCDS73 KTKSWKDKVAHHEGLIRLIEPGSKNPHLITNWGPAAFTEAELEEREKNWKEKKTTE
480 490 500 510 520
600 610 620 630
pF1KB6 RTPSPNSNEQQKSLNGGDEAPAPASTPQEDKLDPAPEN
631 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 11:00:46 2016 done: Sat Nov 5 11:00:47 2016
Total Scan time: 3.870 Total Display time: 0.030
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]