Result of FASTA (omim) for
pF1KB6125
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6125, 586 aa
1>>>pF1KB6125 586 - 586 aa - 586 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.5542+/-0.00056; mu= -11.2317+/- 0.034
mean_var=463.6932+/-100.156, 0's: 0 Z-trim(116.7): 176 B-trim: 429 in 1/56
Lambda= 0.059561
statistics sampled from 27939 (28116) to 27939 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.654), E-opt: 0.2 (0.33), width: 16
Scan time: 9.190
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_005564 (OMIM: 150340,169500) lamin-B1 isoform 1 ( 586) 3673 331.1 6.4e-90
NP_001185486 (OMIM: 150340,169500) lamin-B1 isofor ( 376) 2373 219.2 2e-56
NP_001269555 (OMIM: 115200,150330,151660,159001,17 ( 614) 2020 189.1 3.8e-47
NP_733821 (OMIM: 115200,150330,151660,159001,17667 ( 664) 2020 189.1 4e-47
NP_001269554 (OMIM: 115200,150330,151660,159001,17 ( 572) 2016 188.7 4.5e-47
NP_005563 (OMIM: 115200,150330,151660,159001,17667 ( 572) 2016 188.7 4.5e-47
NP_733822 (OMIM: 115200,150330,151660,159001,17667 ( 634) 1960 183.9 1.4e-45
NP_116126 (OMIM: 150341,608709,616540) lamin-B2 [H ( 620) 1692 160.9 1.2e-38
NP_001269553 (OMIM: 115200,150330,151660,159001,17 ( 491) 1595 152.4 3.2e-36
XP_011507835 (OMIM: 115200,150330,151660,159001,17 ( 552) 1594 152.4 3.7e-36
NP_001244303 (OMIM: 115200,150330,151660,159001,17 ( 574) 1594 152.4 3.8e-36
XP_011507836 (OMIM: 115200,150330,151660,159001,17 ( 456) 867 89.8 2e-17
NP_001918 (OMIM: 125660,181400,601419,602067,60476 ( 470) 446 53.7 1.6e-06
NP_002046 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillary a ( 432) 437 52.9 2.6e-06
NP_001124491 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillar ( 431) 428 52.1 4.5e-06
NP_001229305 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillar ( 438) 428 52.1 4.5e-06
XP_016879940 (OMIM: 137780,203450) PREDICTED: glia ( 472) 428 52.1 4.8e-06
NP_006253 (OMIM: 105400,170710) peripherin [Homo s ( 470) 418 51.3 8.6e-06
XP_005269082 (OMIM: 105400,170710) PREDICTED: peri ( 471) 416 51.1 9.7e-06
NP_003371 (OMIM: 116300,193060) vimentin [Homo sap ( 466) 404 50.1 2e-05
XP_006717563 (OMIM: 116300,193060) PREDICTED: vime ( 466) 404 50.1 2e-05
NP_005373 (OMIM: 162250) neurofilament medium poly ( 916) 386 48.8 9.2e-05
NP_000414 (OMIM: 146800,600194) keratin, type II c ( 639) 379 48.1 0.00011
NP_116116 (OMIM: 605338) alpha-internexin [Homo sa ( 499) 370 47.2 0.00016
NP_705694 (OMIM: 148065,615785) keratin, type I cy ( 458) 369 47.1 0.00016
NP_001243222 (OMIM: 148060) keratin, type II cytos ( 483) 369 47.1 0.00016
NP_002264 (OMIM: 148060) keratin, type II cytoskel ( 483) 369 47.1 0.00016
NP_001243211 (OMIM: 148060) keratin, type II cytos ( 511) 369 47.1 0.00017
NP_006149 (OMIM: 162280,607684,607734) neurofilame ( 543) 368 47.0 0.00019
NP_000517 (OMIM: 125595,131760,131800,131900,14806 ( 472) 365 46.7 0.0002
NP_872313 (OMIM: 611161) keratin, type II cytoskel ( 452) 360 46.3 0.00026
NP_006762 (OMIM: 604542) keratin, type I cuticular ( 456) 359 46.2 0.00028
NP_006112 (OMIM: 113800,139350,144200,146590,60096 ( 644) 362 46.6 0.0003
NP_002269 (OMIM: 602760) keratin, type I cuticular ( 448) 355 45.8 0.00035
NP_003761 (OMIM: 604541) keratin, type I cuticular ( 449) 355 45.8 0.00036
NP_056932 (OMIM: 616671) keratin, type II cytoskel ( 638) 358 46.3 0.00038
NP_001074961 (OMIM: 611161) keratin, type II cytos ( 422) 353 45.6 0.00038
NP_778223 (OMIM: 194300,608248,613981,614929) kera ( 529) 349 45.4 0.00057
NP_002265 (OMIM: 148065,615785) keratin, type I cy ( 420) 345 45.0 0.00062
XP_011528502 (OMIM: 105400,162230,616924) PREDICTE ( 924) 354 46.1 0.00062
NP_066554 (OMIM: 105400,162230,616924) neurofilame (1020) 353 46.0 0.0007
NP_149022 (OMIM: 601078) keratin, type II cuticula ( 513) 345 45.0 0.00071
XP_016874238 (OMIM: 608245,615896) PREDICTED: kera ( 441) 340 44.5 0.00086
NP_258259 (OMIM: 608245,615896) keratin, type II c ( 523) 340 44.6 0.00096
NP_002263 (OMIM: 123940,193900) keratin, type II c ( 520) 336 44.3 0.0012
XP_005268733 (OMIM: 611161) PREDICTED: keratin, ty ( 487) 331 43.8 0.0016
NP_149034 (OMIM: 602766) keratin, type II cuticula ( 600) 333 44.1 0.0016
XP_011536637 (OMIM: 602766) PREDICTED: keratin, ty ( 600) 333 44.1 0.0016
NP_005548 (OMIM: 148067,167200,613000) keratin, ty ( 473) 329 43.6 0.0017
XP_011536627 (OMIM: 148059) PREDICTED: keratin, ty ( 445) 327 43.4 0.0019
>>NP_005564 (OMIM: 150340,169500) lamin-B1 isoform 1 [Ho (586 aa)
initn: 3673 init1: 3673 opt: 3673 Z-score: 1735.4 bits: 331.1 E(85289): 6.4e-90
Smith-Waterman score: 3673; 100.0% identity (100.0% similar) in 586 aa overlap (1-586:1-586)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MATATPVPPRMGSRAGGPTTPLSPTRLSRLQEKEELRELNDRLAVYIDKVRSLETENSAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 MATATPVPPRMGSRAGGPTTPLSPTRLSRLQEKEELRELNDRLAVYIDKVRSLETENSAL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 QLQVTEREEVRGRELTGLKALYETELADARRALDDTARERAKLQIELGKCKAEHDQLLLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 QLQVTEREEVRGRELTGLKALYETELADARRALDDTARERAKLQIELGKCKAEHDQLLLN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 YAKKESDLNGAQIKLREYEAALNSKDAALATALGDKKSLEGDLEDLKDQIAQLEASLAAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 YAKKESDLNGAQIKLREYEAALNSKDAALATALGDKKSLEGDLEDLKDQIAQLEASLAAA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 KKQLADETLLKVDLENRCQSLTEDLEFRKSMYEEEINETRRKHETRLVEVDSGRQIEYEY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 KKQLADETLLKVDLENRCQSLTEDLEFRKSMYEEEINETRRKHETRLVEVDSGRQIEYEY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 KLAQALHEMREQHDAQVRLYKEELEQTYHAKLENARLSSEMNTSTVNSAREELMESRMRI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 KLAQALHEMREQHDAQVRLYKEELEQTYHAKLENARLSSEMNTSTVNSAREELMESRMRI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 ESLSSQLSNLQKESRACLERIQELEDLLAKEKDNSRRMLTDKEREMAEIRDQMQQQLNDY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 ESLSSQLSNLQKESRACLERIQELEDLLAKEKDNSRRMLTDKEREMAEIRDQMQQQLNDY
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 EQLLDVKLALDMEISAYRKLLEGEEERLKLSPSPSSRVTVSRASSSRSVRTTRGKRKRVD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 EQLLDVKLALDMEISAYRKLLEGEEERLKLSPSPSSRVTVSRASSSRSVRTTRGKRKRVD
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 VEESEASSSVSISHSASATGNVCIEEIDVDGKFIRLKNTSEQDQPMGGWEMIRKIGDTSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 VEESEASSSVSISHSASATGNVCIEEIDVDGKFIRLKNTSEQDQPMGGWEMIRKIGDTSV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 SYKYTSRYVLKAGQTVTIWAANAGVTASPPTDLIWKNQNSWGTGEDVKVILKNSQGEEVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 SYKYTSRYVLKAGQTVTIWAANAGVTASPPTDLIWKNQNSWGTGEDVKVILKNSQGEEVA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580
pF1KB6 QRSTVFKTTIPEEEEEEEEAAGVVVEEELFHQQGTPRASNRSCAIM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 QRSTVFKTTIPEEEEEEEEAAGVVVEEELFHQQGTPRASNRSCAIM
550 560 570 580
>>NP_001185486 (OMIM: 150340,169500) lamin-B1 isoform 2 (376 aa)
initn: 2373 init1: 2373 opt: 2373 Z-score: 1134.1 bits: 219.2 E(85289): 2e-56
Smith-Waterman score: 2373; 100.0% identity (100.0% similar) in 376 aa overlap (211-586:1-376)
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 KKQLADETLLKVDLENRCQSLTEDLEFRKSMYEEEINETRRKHETRLVEVDSGRQIEYEY
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MYEEEINETRRKHETRLVEVDSGRQIEYEY
10 20 30
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 KLAQALHEMREQHDAQVRLYKEELEQTYHAKLENARLSSEMNTSTVNSAREELMESRMRI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KLAQALHEMREQHDAQVRLYKEELEQTYHAKLENARLSSEMNTSTVNSAREELMESRMRI
40 50 60 70 80 90
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 ESLSSQLSNLQKESRACLERIQELEDLLAKEKDNSRRMLTDKEREMAEIRDQMQQQLNDY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ESLSSQLSNLQKESRACLERIQELEDLLAKEKDNSRRMLTDKEREMAEIRDQMQQQLNDY
100 110 120 130 140 150
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 EQLLDVKLALDMEISAYRKLLEGEEERLKLSPSPSSRVTVSRASSSRSVRTTRGKRKRVD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EQLLDVKLALDMEISAYRKLLEGEEERLKLSPSPSSRVTVSRASSSRSVRTTRGKRKRVD
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pF1KB6 VEESEASSSVSISHSASATGNVCIEEIDVDGKFIRLKNTSEQDQPMGGWEMIRKIGDTSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VEESEASSSVSISHSASATGNVCIEEIDVDGKFIRLKNTSEQDQPMGGWEMIRKIGDTSV
220 230 240 250 260 270
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 SYKYTSRYVLKAGQTVTIWAANAGVTASPPTDLIWKNQNSWGTGEDVKVILKNSQGEEVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SYKYTSRYVLKAGQTVTIWAANAGVTASPPTDLIWKNQNSWGTGEDVKVILKNSQGEEVA
280 290 300 310 320 330
550 560 570 580
pF1KB6 QRSTVFKTTIPEEEEEEEEAAGVVVEEELFHQQGTPRASNRSCAIM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QRSTVFKTTIPEEEEEEEEAAGVVVEEELFHQQGTPRASNRSCAIM
340 350 360 370
>>NP_001269555 (OMIM: 115200,150330,151660,159001,176670 (614 aa)
initn: 2045 init1: 1813 opt: 2020 Z-score: 967.5 bits: 189.1 E(85289): 3.8e-47
Smith-Waterman score: 2020; 55.0% identity (82.9% similar) in 580 aa overlap (5-580:3-573)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MATATPVPPRMGSRAGGP--TTPLSPTRLSRLQEKEELRELNDRLAVYIDKVRSLETENS
:: : ..:.:. .:::::::..::::::.:.:::::::::::.::::::::.
NP_001 METP-SQRRATRSGAQASSTPLSPTRITRLQEKEDLQELNDRLAVYIDRVRSLETENA
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 ALQLQVTEREEVRGRELTGLKALYETELADARRALDDTARERAKLQIELGKCKAEHDQLL
.:.:..:: ::: .::..:.:: ::.::.:::..::..:.:::.::.::.: . : .:
NP_001 GLRLRITESEEVVSREVSGIKAAYEAELGDARKTLDSVAKERARLQLELSKVREEFKELK
60 70 80 90 100 110
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pF1KB6 LNYAKKESDLNGAQIKLREYEAALNSKDAALATALGDKKSLEGDLEDLKDQIAQLEASLA
.:::.:: .:: .:.. :: ::::.:::.:::..:..:::.:.::. :.:.:::.:.
NP_001 ARNTKKEGDLIAAQARLKDLEALLNSKEAALSTALSEKRTLEGELHDLRGQVAKLEAALG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 AAKKQLADETLLKVDLENRCQSLTEDLEFRKSMYEEEINETRRKHETRLVEVDSGRQIEY
::::: :: : .:: ::: :.. :.:.:.:..: ::. ::.:.:::::::.:.:.: :.
NP_001 EAKKQLQDEMLRRVDAENRLQTMKEELDFQKNIYSEELRETKRRHETRLVEIDNGKQREF
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 EYKLAQALHEMREQHDAQVRLYKEELEQTYHAKLENARLSSEMNTSTVNSAREELMESRM
: .::.::.:.: ::. ::. ::.:::.:: :::.::: :.: :.. :..:.:::..::.
NP_001 ESRLADALQELRAQHEDQVEQYKKELEKTYSAKLDNARQSAERNSNLVGAAHEELQQSRI
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 RIESLSSQLSNLQKESRACLERIQELEDLLAKEKDNSRRMLTDKEREMAEIRDQMQQQLN
::.:::.:::.:::. : ....::: ::.:.:.:::.:..:::::::.: .:::::.
NP_001 RIDSLSAQLSQLQKQLAAKEAKLRDLEDSLARERDTSRRLLAEKEREMAEMRARMQQQLD
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB6 DYEQLLDVKLALDMEISAYRKLLEGEEERLKLSPSPSSRVTVSRASSSRSVRTTRGK-RK
.:..:::.:::::::: :::::::::::::.:::::.:. . .:::: : :. :
NP_001 EYQELLDIKLALDMEIHAYRKLLEGEEERLRLSPSPTSQRSRGRASSHSSQTQGGGSVTK
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB6 RVDVEESEASSSVSISHSASATGNVCIEEIDVDGKFIRLKNTSEQDQPMGGWEMIRKIGD
. .: .:. :: .:. : ..: : .::.: .:::.::.: :..:: ::.:.. :. ::
NP_001 KRKLESTESRSS--FSQHARTSGRVAVEEVDEEGKFVRLRNKSNEDQSMGNWQIKRQNGD
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB6 TSV-SYKYTSRYVLKAGQTVTIWAANAGVTASPPTDLIWKNQNSWGTGEDVKVILKNSQG
. .:.. ...:::::.::::::.::.: ::::::.:: ::.:: :..... : :: :
NP_001 DPLLTYRFPPKFTLKAGQVVTIWAAGAGATHSPPTDLVWKAQNTWGCGNSLRTALINSTG
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580
pF1KB6 EEVAQRSTVFKTTIPEEEEEEEEAAGVVVEEELFHQQGTPRASNRSCAIM
::::.:. : ..:. :..:.:. : .. : :..:. .:.
NP_001 EEVAMRKLVRSVTVVEDDEDED---G---DDLLHHHHGSHCSSSGDPAEYNLRSRTVLCG
540 550 560 570 580
NP_001 TCGQPADKASASGSGAQSPQNCSIM
590 600 610
>>NP_733821 (OMIM: 115200,150330,151660,159001,176670,18 (664 aa)
initn: 2045 init1: 1813 opt: 2020 Z-score: 967.1 bits: 189.1 E(85289): 4e-47
Smith-Waterman score: 2020; 55.0% identity (82.9% similar) in 580 aa overlap (5-580:3-573)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MATATPVPPRMGSRAGGP--TTPLSPTRLSRLQEKEELRELNDRLAVYIDKVRSLETENS
:: : ..:.:. .:::::::..::::::.:.:::::::::::.::::::::.
NP_733 METP-SQRRATRSGAQASSTPLSPTRITRLQEKEDLQELNDRLAVYIDRVRSLETENA
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 ALQLQVTEREEVRGRELTGLKALYETELADARRALDDTARERAKLQIELGKCKAEHDQLL
.:.:..:: ::: .::..:.:: ::.::.:::..::..:.:::.::.::.: . : .:
NP_733 GLRLRITESEEVVSREVSGIKAAYEAELGDARKTLDSVAKERARLQLELSKVREEFKELK
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 LNYAKKESDLNGAQIKLREYEAALNSKDAALATALGDKKSLEGDLEDLKDQIAQLEASLA
.:::.:: .:: .:.. :: ::::.:::.:::..:..:::.:.::. :.:.:::.:.
NP_733 ARNTKKEGDLIAAQARLKDLEALLNSKEAALSTALSEKRTLEGELHDLRGQVAKLEAALG
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NP_001 MQPLLCLGNLED-ARERTGTLLAQHPAWGRTRAKPGSPL
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