Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6125
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6125, 586 aa
1>>>pF1KB6125 586 - 586 aa - 586 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.6383+/-0.00128; mu= -0.5598+/- 0.076
mean_var=327.8352+/-69.042, 0's: 0 Z-trim(108.9): 149 B-trim: 88 in 1/53
Lambda= 0.070835
statistics sampled from 10394 (10524) to 10394 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.652), E-opt: 0.2 (0.323), width: 16
Scan time: 3.460
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4140.1 LMNB1 gene_id:4001|Hs108|chr5 ( 586) 3673 390.0 4.5e-108
CCDS72941.1 LMNA gene_id:4000|Hs108|chr1 ( 614) 2020 221.1 3.3e-57
CCDS1129.1 LMNA gene_id:4000|Hs108|chr1 ( 664) 2020 221.1 3.5e-57
CCDS1131.1 LMNA gene_id:4000|Hs108|chr1 ( 572) 2016 220.6 4.2e-57
CCDS12090.2 LMNB2 gene_id:84823|Hs108|chr19 ( 620) 1692 187.6 4.1e-47
CCDS72942.1 LMNA gene_id:4000|Hs108|chr1 ( 491) 1595 177.5 3.3e-44
CCDS58038.1 LMNA gene_id:4000|Hs108|chr1 ( 574) 1594 177.5 4e-44
>>CCDS4140.1 LMNB1 gene_id:4001|Hs108|chr5 (586 aa)
initn: 3673 init1: 3673 opt: 3673 Z-score: 2053.8 bits: 390.0 E(32554): 4.5e-108
Smith-Waterman score: 3673; 100.0% identity (100.0% similar) in 586 aa overlap (1-586:1-586)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MATATPVPPRMGSRAGGPTTPLSPTRLSRLQEKEELRELNDRLAVYIDKVRSLETENSAL
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CCDS41 MATATPVPPRMGSRAGGPTTPLSPTRLSRLQEKEELRELNDRLAVYIDKVRSLETENSAL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 QLQVTEREEVRGRELTGLKALYETELADARRALDDTARERAKLQIELGKCKAEHDQLLLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 QLQVTEREEVRGRELTGLKALYETELADARRALDDTARERAKLQIELGKCKAEHDQLLLN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 YAKKESDLNGAQIKLREYEAALNSKDAALATALGDKKSLEGDLEDLKDQIAQLEASLAAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 YAKKESDLNGAQIKLREYEAALNSKDAALATALGDKKSLEGDLEDLKDQIAQLEASLAAA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 KKQLADETLLKVDLENRCQSLTEDLEFRKSMYEEEINETRRKHETRLVEVDSGRQIEYEY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 KKQLADETLLKVDLENRCQSLTEDLEFRKSMYEEEINETRRKHETRLVEVDSGRQIEYEY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 KLAQALHEMREQHDAQVRLYKEELEQTYHAKLENARLSSEMNTSTVNSAREELMESRMRI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 KLAQALHEMREQHDAQVRLYKEELEQTYHAKLENARLSSEMNTSTVNSAREELMESRMRI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 ESLSSQLSNLQKESRACLERIQELEDLLAKEKDNSRRMLTDKEREMAEIRDQMQQQLNDY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 ESLSSQLSNLQKESRACLERIQELEDLLAKEKDNSRRMLTDKEREMAEIRDQMQQQLNDY
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 EQLLDVKLALDMEISAYRKLLEGEEERLKLSPSPSSRVTVSRASSSRSVRTTRGKRKRVD
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CCDS41 EQLLDVKLALDMEISAYRKLLEGEEERLKLSPSPSSRVTVSRASSSRSVRTTRGKRKRVD
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 VEESEASSSVSISHSASATGNVCIEEIDVDGKFIRLKNTSEQDQPMGGWEMIRKIGDTSV
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CCDS41 VEESEASSSVSISHSASATGNVCIEEIDVDGKFIRLKNTSEQDQPMGGWEMIRKIGDTSV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 SYKYTSRYVLKAGQTVTIWAANAGVTASPPTDLIWKNQNSWGTGEDVKVILKNSQGEEVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 SYKYTSRYVLKAGQTVTIWAANAGVTASPPTDLIWKNQNSWGTGEDVKVILKNSQGEEVA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580
pF1KB6 QRSTVFKTTIPEEEEEEEEAAGVVVEEELFHQQGTPRASNRSCAIM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 QRSTVFKTTIPEEEEEEEEAAGVVVEEELFHQQGTPRASNRSCAIM
550 560 570 580
>>CCDS72941.1 LMNA gene_id:4000|Hs108|chr1 (614 aa)
initn: 2045 init1: 1813 opt: 2020 Z-score: 1140.6 bits: 221.1 E(32554): 3.3e-57
Smith-Waterman score: 2020; 55.0% identity (82.9% similar) in 580 aa overlap (5-580:3-573)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MATATPVPPRMGSRAGGP--TTPLSPTRLSRLQEKEELRELNDRLAVYIDKVRSLETENS
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CCDS72 METP-SQRRATRSGAQASSTPLSPTRITRLQEKEDLQELNDRLAVYIDRVRSLETENA
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 ALQLQVTEREEVRGRELTGLKALYETELADARRALDDTARERAKLQIELGKCKAEHDQLL
.:.:..:: ::: .::..:.:: ::.::.:::..::..:.:::.::.::.: . : .:
CCDS72 GLRLRITESEEVVSREVSGIKAAYEAELGDARKTLDSVAKERARLQLELSKVREEFKELK
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 LNYAKKESDLNGAQIKLREYEAALNSKDAALATALGDKKSLEGDLEDLKDQIAQLEASLA
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CCDS72 ARNTKKEGDLIAAQARLKDLEALLNSKEAALSTALSEKRTLEGELHDLRGQVAKLEAALG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 AAKKQLADETLLKVDLENRCQSLTEDLEFRKSMYEEEINETRRKHETRLVEVDSGRQIEY
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CCDS72 EAKKQLQDEMLRRVDAENRLQTMKEELDFQKNIYSEELRETKRRHETRLVEIDNGKQREF
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 EYKLAQALHEMREQHDAQVRLYKEELEQTYHAKLENARLSSEMNTSTVNSAREELMESRM
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CCDS72 ESRLADALQELRAQHEDQVEQYKKELEKTYSAKLDNARQSAERNSNLVGAAHEELQQSRI
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 RIESLSSQLSNLQKESRACLERIQELEDLLAKEKDNSRRMLTDKEREMAEIRDQMQQQLN
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CCDS72 RIDSLSAQLSQLQKQLAAKEAKLRDLEDSLARERDTSRRLLAEKEREMAEMRARMQQQLD
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB6 DYEQLLDVKLALDMEISAYRKLLEGEEERLKLSPSPSSRVTVSRASSSRSVRTTRGK-RK
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CCDS72 EYQELLDIKLALDMEIHAYRKLLEGEEERLRLSPSPTSQRSRGRASSHSSQTQGGGSVTK
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB6 RVDVEESEASSSVSISHSASATGNVCIEEIDVDGKFIRLKNTSEQDQPMGGWEMIRKIGD
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CCDS72 KRKLESTESRSS--FSQHARTSGRVAVEEVDEEGKFVRLRNKSNEDQSMGNWQIKRQNGD
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB6 TSV-SYKYTSRYVLKAGQTVTIWAANAGVTASPPTDLIWKNQNSWGTGEDVKVILKNSQG
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CCDS72 DPLLTYRFPPKFTLKAGQVVTIWAAGAGATHSPPTDLVWKAQNTWGCGNSLRTALINSTG
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580
pF1KB6 EEVAQRSTVFKTTIPEEEEEEEEAAGVVVEEELFHQQGTPRASNRSCAIM
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CCDS72 EEVAMRKLVRSVTVVEDDEDED---G---DDLLHHHHGSHCSSSGDPAEYNLRSRTVLCG
540 550 560 570 580
CCDS72 TCGQPADKASASGSGAQSPQNCSIM
590 600 610
>>CCDS1129.1 LMNA gene_id:4000|Hs108|chr1 (664 aa)
initn: 2045 init1: 1813 opt: 2020 Z-score: 1140.2 bits: 221.1 E(32554): 3.5e-57
Smith-Waterman score: 2020; 55.0% identity (82.9% similar) in 580 aa overlap (5-580:3-573)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MATATPVPPRMGSRAGGP--TTPLSPTRLSRLQEKEELRELNDRLAVYIDKVRSLETENS
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CCDS11 METP-SQRRATRSGAQASSTPLSPTRITRLQEKEDLQELNDRLAVYIDRVRSLETENA
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 ALQLQVTEREEVRGRELTGLKALYETELADARRALDDTARERAKLQIELGKCKAEHDQLL
.:.:..:: ::: .::..:.:: ::.::.:::..::..:.:::.::.::.: . : .:
CCDS11 GLRLRITESEEVVSREVSGIKAAYEAELGDARKTLDSVAKERARLQLELSKVREEFKELK
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 LNYAKKESDLNGAQIKLREYEAALNSKDAALATALGDKKSLEGDLEDLKDQIAQLEASLA
.:::.:: .:: .:.. :: ::::.:::.:::..:..:::.:.::. :.:.:::.:.
CCDS11 ARNTKKEGDLIAAQARLKDLEALLNSKEAALSTALSEKRTLEGELHDLRGQVAKLEAALG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 AAKKQLADETLLKVDLENRCQSLTEDLEFRKSMYEEEINETRRKHETRLVEVDSGRQIEY
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CCDS11 EAKKQLQDEMLRRVDAENRLQTMKEELDFQKNIYSEELRETKRRHETRLVEIDNGKQREF
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 EYKLAQALHEMREQHDAQVRLYKEELEQTYHAKLENARLSSEMNTSTVNSAREELMESRM
: .::.::.:.: ::. ::. ::.:::.:: :::.::: :.: :.. :..:.:::..::.
CCDS11 ESRLADALQELRAQHEDQVEQYKKELEKTYSAKLDNARQSAERNSNLVGAAHEELQQSRI
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 RIESLSSQLSNLQKESRACLERIQELEDLLAKEKDNSRRMLTDKEREMAEIRDQMQQQLN
::.:::.:::.:::. : ....::: ::.:.:.:::.:..:::::::.: .:::::.
CCDS11 RIDSLSAQLSQLQKQLAAKEAKLRDLEDSLARERDTSRRLLAEKEREMAEMRARMQQQLD
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB6 DYEQLLDVKLALDMEISAYRKLLEGEEERLKLSPSPSSRVTVSRASSSRSVRTTRGK-RK
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CCDS11 EYQELLDIKLALDMEIHAYRKLLEGEEERLRLSPSPTSQRSRGRASSHSSQTQGGGSVTK
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB6 RVDVEESEASSSVSISHSASATGNVCIEEIDVDGKFIRLKNTSEQDQPMGGWEMIRKIGD
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CCDS11 KRKLESTESRSS--FSQHARTSGRVAVEEVDEEGKFVRLRNKSNEDQSMGNWQIKRQNGD
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB6 TSV-SYKYTSRYVLKAGQTVTIWAANAGVTASPPTDLIWKNQNSWGTGEDVKVILKNSQG
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CCDS11 DPLLTYRFPPKFTLKAGQVVTIWAAGAGATHSPPTDLVWKAQNTWGCGNSLRTALINSTG
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580
pF1KB6 EEVAQRSTVFKTTIPEEEEEEEEAAGVVVEEELFHQQGTPRASNRSCAIM
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CCDS11 EEVAMRKLVRSVTVVEDDEDED---G---DDLLHHHHGSHCSSSGDPAEYNLRSRTVLCG
540 550 560 570 580
CCDS11 TCGQPADKASASGSGAQVGGPISSGSSASSVTVTRSYRSVGGSGGGSFGDNLVTRSYLLG
590 600 610 620 630 640
>>CCDS1131.1 LMNA gene_id:4000|Hs108|chr1 (572 aa)
initn: 2045 init1: 1813 opt: 2016 Z-score: 1138.7 bits: 220.6 E(32554): 4.2e-57
Smith-Waterman score: 2016; 56.3% identity (84.1% similar) in 558 aa overlap (5-558:3-557)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MATATPVPPRMGSRAGGP--TTPLSPTRLSRLQEKEELRELNDRLAVYIDKVRSLETENS
:: : ..:.:. .:::::::..::::::.:.:::::::::::.::::::::.
CCDS11 METP-SQRRATRSGAQASSTPLSPTRITRLQEKEDLQELNDRLAVYIDRVRSLETENA
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 ALQLQVTEREEVRGRELTGLKALYETELADARRALDDTARERAKLQIELGKCKAEHDQLL
.:.:..:: ::: .::..:.:: ::.::.:::..::..:.:::.::.::.: . : .:
CCDS11 GLRLRITESEEVVSREVSGIKAAYEAELGDARKTLDSVAKERARLQLELSKVREEFKELK
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 LNYAKKESDLNGAQIKLREYEAALNSKDAALATALGDKKSLEGDLEDLKDQIAQLEASLA
.:::.:: .:: .:.. :: ::::.:::.:::..:..:::.:.::. :.:.:::.:.
CCDS11 ARNTKKEGDLIAAQARLKDLEALLNSKEAALSTALSEKRTLEGELHDLRGQVAKLEAALG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 AAKKQLADETLLKVDLENRCQSLTEDLEFRKSMYEEEINETRRKHETRLVEVDSGRQIEY
::::: :: : .:: ::: :.. :.:.:.:..: ::. ::.:.:::::::.:.:.: :.
CCDS11 EAKKQLQDEMLRRVDAENRLQTMKEELDFQKNIYSEELRETKRRHETRLVEIDNGKQREF
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 EYKLAQALHEMREQHDAQVRLYKEELEQTYHAKLENARLSSEMNTSTVNSAREELMESRM
: .::.::.:.: ::. ::. ::.:::.:: :::.::: :.: :.. :..:.:::..::.
CCDS11 ESRLADALQELRAQHEDQVEQYKKELEKTYSAKLDNARQSAERNSNLVGAAHEELQQSRI
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 RIESLSSQLSNLQKESRACLERIQELEDLLAKEKDNSRRMLTDKEREMAEIRDQMQQQLN
::.:::.:::.:::. : ....::: ::.:.:.:::.:..:::::::.: .:::::.
CCDS11 RIDSLSAQLSQLQKQLAAKEAKLRDLEDSLARERDTSRRLLAEKEREMAEMRARMQQQLD
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB6 DYEQLLDVKLALDMEISAYRKLLEGEEERLKLSPSPSSRVTVSRASSSRSVRTTRGK-RK
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CCDS11 EYQELLDIKLALDMEIHAYRKLLEGEEERLRLSPSPTSQRSRGRASSHSSQTQGGGSVTK
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB6 RVDVEESEASSSVSISHSASATGNVCIEEIDVDGKFIRLKNTSEQDQPMGGWEMIRKIGD
. .: .:. :: .:. : ..: : .::.: .:::.::.: :..:: ::.:.. :. ::
CCDS11 KRKLESTESRSS--FSQHARTSGRVAVEEVDEEGKFVRLRNKSNEDQSMGNWQIKRQNGD
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB6 TSV-SYKYTSRYVLKAGQTVTIWAANAGVTASPPTDLIWKNQNSWGTGEDVKVILKNSQG
. .:.. ...:::::.::::::.::.: ::::::.:: ::.:: :..... : :: :
CCDS11 DPLLTYRFPPKFTLKAGQVVTIWAAGAGATHSPPTDLVWKAQNTWGCGNSLRTALINSTG
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580
pF1KB6 EEVAQRSTVFKTTIPEEEEEEEEAAGVVVEEELFHQQGTPRASNRSCAIM
::::.:. : ..:. :..:.:.
CCDS11 EEVAMRKLVRSVTVVEDDEDEDGDDLLHHHHVSGSRR
540 550 560 570
>>CCDS12090.2 LMNB2 gene_id:84823|Hs108|chr19 (620 aa)
initn: 2242 init1: 1643 opt: 1692 Z-score: 959.4 bits: 187.6 E(32554): 4.1e-47
Smith-Waterman score: 2223; 58.4% identity (83.6% similar) in 604 aa overlap (4-586:22-620)
10 20 30 40
pF1KB6 MATATPVPPRMGSRAGGPTTPLSPTRLSRLQEKEELRELNDR
:::.: .:::::.:::::::::::::::::::::::
CCDS12 MSPPSPGRRREQRRPRAAATMATPLP----GRAGGPATPLSPTRLSRLQEKEELRELNDR
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB6 LAVYIDKVRSLETENSALQLQVTEREEVRGRELTGLKALYETELADARRALDDTARERAK
:: :::.::.:: ::. : :...:.::: ::..:.:::::.:::::::.::.::::::.
CCDS12 LAHYIDRVRALELENDRLLLKISEKEEVTTREVSGIKALYESELADARRVLDETARERAR
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 LQIELGKCKAEHDQLLLNYAKKESDLNGAQIKLREYEAALNSKDAALATALGDKKSLEGD
::::.:: .:: :.. . :.:..:. :: .... :. .. ... ::.::.::..::.:
CCDS12 LQIEIGKLRAELDEVNKSAKKREGELTVAQGRVKDLESLFHRSEVELAAALSDKRGLESD
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 LEDLKDQIAQLEASLAAAKKQLADETLLKVDLENRCQSLTEDLEFRKSMYEEEINETRRK
. .:. :.:. : . :.::::: :::..:::::::::: :.:.::::..:::. ::::.
CCDS12 VAELRAQLAKAEDGHAVAKKQLEKETLMRVDLENRCQSLQEELDFRKSVFEEEVRETRRR
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB6 HETRLVEVDSGRQIEYEYKLAQALHEMREQHDAQVRLYKEELEQTYHAKLENARLSSEMN
:: :::::::.:: ::..:.::::.:.: ::: :::::: ::::::.:::..:.:::..:
CCDS12 HERRLVEVDSSRQQEYDFKMAQALEELRSQHDEQVRLYKLELEQTYQAKLDSAKLSSDQN
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB6 TSTVNSAREELMESRMRIESLSSQLSNLQKESRACLERIQELEDLLAKEKDNSRRMLTDK
.....::::: :.:::.:::: :::.:::.. : .::.:::. .: :.:. :.:: :
CCDS12 DKAASAAREELKEARMRLESLSYQLSGLQKQASAAEDRIRELEEAMAGERDKFRKMLDAK
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350 360 370 380 390 400
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