Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6108
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6108, 617 aa
1>>>pF1KB6108 617 - 617 aa - 617 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.6267+/-0.00102; mu= -4.8237+/- 0.061
mean_var=253.0430+/-51.282, 0's: 0 Z-trim(112.3): 37 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.080626
statistics sampled from 13071 (13098) to 13071 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.736), E-opt: 0.2 (0.402), width: 16
Scan time: 3.290
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS31727.1 DCP1B gene_id:196513|Hs108|chr12 ( 617) 4096 489.7 4.6e-138
CCDS81651.1 DCP1B gene_id:196513|Hs108|chr12 ( 153) 695 93.9 1.7e-19
CCDS46847.2 DCP1A gene_id:55802|Hs108|chr3 ( 582) 701 94.8 3.3e-19
CCDS74946.1 DCP1A gene_id:55802|Hs108|chr3 ( 544) 699 94.6 3.7e-19
>>CCDS31727.1 DCP1B gene_id:196513|Hs108|chr12 (617 aa)
initn: 4096 init1: 4096 opt: 4096 Z-score: 2592.1 bits: 489.7 E(32554): 4.6e-138
Smith-Waterman score: 4096; 100.0% identity (100.0% similar) in 617 aa overlap (1-617:1-617)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAAVAAGGLVGKGRDISLAALQRHDPYINRIVDVASQVALYTFGHRANEWEKTDVEGTLF
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CCDS31 MAAVAAGGLVGKGRDISLAALQRHDPYINRIVDVASQVALYTFGHRANEWEKTDVEGTLF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 VYTRSASPKHGFTIMNRLSMENRTEPITKDLDFQLQDPFLLYRNARLSIYGIWFYDKEEC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 VYTRSASPKHGFTIMNRLSMENRTEPITKDLDFQLQDPFLLYRNARLSIYGIWFYDKEEC
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 QRIAELMKNLTQYEQLKAHQGTGAGISPVILNSGEGKEVDILRMLIKAKDEYTKCKTCSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 QRIAELMKNLTQYEQLKAHQGTGAGISPVILNSGEGKEVDILRMLIKAKDEYTKCKTCSE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 PKKITSSSAIYDNPNLIKPIPVKPSENQQQRIPQPNQTLDPEPQHLSLTALFGKQDKATC
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CCDS31 PKKITSSSAIYDNPNLIKPIPVKPSENQQQRIPQPNQTLDPEPQHLSLTALFGKQDKATC
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 QETVEPPQTLHQQQQQQQQQQEKLPIRQGVVRSLSYEEPRRHSPPIEKQLCPAIQKLMVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 QETVEPPQTLHQQQQQQQQQQEKLPIRQGVVRSLSYEEPRRHSPPIEKQLCPAIQKLMVR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 SADLHPLSELPENRPCENGSTHSAGEFFTGPVQPGSPHNIGTSRGVQNASRTQNLFEKLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 SADLHPLSELPENRPCENGSTHSAGEFFTGPVQPGSPHNIGTSRGVQNASRTQNLFEKLQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 STPGAANKCDPSTPAPASSAALNRSRAPTSVTPVAPGKGLAQPPQAYFNGSLPPQTVGHQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 STPGAANKCDPSTPAPASSAALNRSRAPTSVTPVAPGKGLAQPPQAYFNGSLPPQTVGHQ
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 AHGREQSTLPRQTLPISGSQTGSSGVISPQELLKKLQIVQQEQQLHASNRPALAAKFPVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 AHGREQSTLPRQTLPISGSQTGSSGVISPQELLKKLQIVQQEQQLHASNRPALAAKFPVL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 AQSSGTGKPLESWINKTPNTEQQTPLFQVISPQRIPATAAPSLLMSPMVFAQPTSVPPKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 AQSSGTGKPLESWINKTPNTEQQTPLFQVISPQRIPATAAPSLLMSPMVFAQPTSVPPKE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 RESGLLPVGGQEPPAAATSLLLPIQSPEPSVITSSPLTKLQLQEALLYLIQNDDNFLNII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 RESGLLPVGGQEPPAAATSLLLPIQSPEPSVITSSPLTKLQLQEALLYLIQNDDNFLNII
550 560 570 580 590 600
610
pF1KB6 YEAYLFSMTQAAMKKTM
:::::::::::::::::
CCDS31 YEAYLFSMTQAAMKKTM
610
>>CCDS81651.1 DCP1B gene_id:196513|Hs108|chr12 (153 aa)
initn: 695 init1: 695 opt: 695 Z-score: 463.4 bits: 93.9 E(32554): 1.7e-19
Smith-Waterman score: 695; 100.0% identity (100.0% similar) in 106 aa overlap (1-106:1-106)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAAVAAGGLVGKGRDISLAALQRHDPYINRIVDVASQVALYTFGHRANEWEKTDVEGTLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 MAAVAAGGLVGKGRDISLAALQRHDPYINRIVDVASQVALYTFGHRANEWEKTDVEGTLF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 VYTRSASPKHGFTIMNRLSMENRTEPITKDLDFQLQDPFLLYRNARLSIYGIWFYDKEEC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 VYTRSASPKHGFTIMNRLSMENRTEPITKDLDFQLQDPFLLYRNARCESFLLQWVVLLLK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 QRIAELMKNLTQYEQLKAHQGTGAGISPVILNSGEGKEVDILRMLIKAKDEYTKCKTCSE
CCDS81 FGQVFKIVQCLPLCLHLVSVAMGGVSILTNVNV
130 140 150
>>CCDS46847.2 DCP1A gene_id:55802|Hs108|chr3 (582 aa)
initn: 831 init1: 594 opt: 701 Z-score: 458.3 bits: 94.8 E(32554): 3.3e-19
Smith-Waterman score: 817; 33.3% identity (59.0% similar) in 630 aa overlap (13-610:8-575)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAAVAAGGLVGKGRDISLAALQRHDPYINRIVDVASQVALYTFGHRANEWEKTDVEGTLF
:...:::::..:::::. :.:...::::::: .::.:::::.:::::
CCDS46 MEALSRAGQEMSLAALKQHDPYITSIADLTGQVALYTFCPKANQWEKTDIEGTLF
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 VYTRSASPKHGFTIMNRLSMENRTEPITKDLDFQLQDPFLLYRNARLSIYGIWFYDKEEC
:: ::::: :::::.:::.:.: .::..:::.:::..:::::::: ::::.::::::..:
CCDS46 VYRRSASPYHGFTIVNRLNMHNLVEPVNKDLEFQLHEPFLLYRNASLSIYSIWFYDKNDC
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KB6 QRIAELMKNLTQYEQLKAHQGTGAGISPVILNS-GEGKEVDILRMLIKAKDEYTKCK---
.:::.:: .... : ...:.. :: :. .. . .:::.:: .::::: . .
CCDS46 HRIAKLMADVVEEETRRSQQAARDKQSPSQANGCSDHRPIDILEMLSRAKDEYERNQMGD
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 -TCSEPKKITSSSAIYDNPNLIKPIPVKPSENQQQRIPQPNQTLDPEPQHLSLTALFGKQ
. : : :.. .: . . . :: .:.. :. .. ::.. ::: .
CCDS46 SNISSPGLQPSTQ--LSNLGSTETLEEMPSGSQDKSAPSGHK-------HLTVEELFGTS
180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 DKATCQETVEPPQTLHQQQQQQQQQQEKLPIRQGVVRSLSYEEPRRHSP-PIEKQL--CP
: : .. .. ...:.:: : . : .:: : :.: :: :
CCDS46 LPK------EQPAVVGLDS----EEMERLP---G---DASQKEPNSFLPFPFE-QLGGAP
230 240 250 260
300 310 320 330 340
pF1KB6 AIQKLMVRSADLH--------PLSELPENRPCENGSTHSAGEFFTGPV-QPGSPHNIGTS
. : : :: : :. : . : . . . .:: .: : . :.
CCDS46 QSETLGVPSAAHHSVQPEITTPVLITPASITQSNEKHAPTYTIPLSPVLSPTLPAEAPTA
270 280 290 300 310 320
350 360 370 380 390
pF1KB6 RGVQNASRTQNLFEKLQSTPGAANKCDP--STPAPA-SSAAL--NRS--RAPTSVTPVAP
. . :...... ...:: . .: . :.: : :.: :.: ::: .:: .:
CCDS46 QVPPSLPRNSTMMQAVKTTP---RQRSPLLNQPVPELSHASLIANQSPFRAPLNVTNTA-
330 340 350 360 370 380
400 410 420 430 440 450
pF1KB6 GKGLAQPPQAYFNG-SLPPQTVGHQAHGREQSTLPRQTLPISGSQTGSSGVISPQELLKK
: . : .. : :: : . : : : . .: . ..: .. :
CCDS46 --GTSLPSVDLLQKLRLTPQ------HDQIQ-TQPLGKGAMVASFSPAAGQLATPE----
390 400 410 420 430
460 470 480 490 500 510
pF1KB6 LQIVQQEQQLHASNRPALAAKFPVLAQSSGTGKPLESWI-NKTPNTEQQTPLFQVISP-Q
.... .. :. : : .:.. .. . ::.: :. :.. : ... :
CCDS46 -SFIEPPSKT-AAARVAASASLSNMVLA-----PLQSMQQNQDPEVFVQPKVLSSAIPVA
440 450 460 470 480
520 530 540 550 560
pF1KB6 RIP-----ATAAPSLLMSPMVFAQPTSVPPKERESGLLPVGGQEPPAAATSLLLPIQSPE
: .::. :.:..: :: : .. : : : ... : .. : .. .
CCDS46 GAPLVTATTTAVSSVLLAPSVFQQTVT-----RSSDLERKASSPSP---LTIGTPESQRK
490 500 510 520 530
570 580 590 600 610
pF1KB6 PSVITSSPLTKLQLQEALLYLIQNDDNFLNIIYEAYLFSMTQAAMKKTM
::.: :.: :::..:..::.::..::. ..:.:: .:.
CCDS46 PSII----LSKSQLQDTLIHLIKNDSSFLSTLHEVYLQVLTKNKDNHNL
540 550 560 570 580
>>CCDS74946.1 DCP1A gene_id:55802|Hs108|chr3 (544 aa)
initn: 831 init1: 594 opt: 699 Z-score: 457.5 bits: 94.6 E(32554): 3.7e-19
Smith-Waterman score: 814; 31.5% identity (58.6% similar) in 616 aa overlap (13-610:8-537)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAAVAAGGLVGKGRDISLAALQRHDPYINRIVDVASQVALYTFGHRANEWEKTDVEGTLF
:...:::::..:::::. :.:...::::::: .::.:::::.:::::
CCDS74 MEALSRAGQEMSLAALKQHDPYITSIADLTGQVALYTFCPKANQWEKTDIEGTLF
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 VYTRSASPKHGFTIMNRLSMENRTEPITKDLDFQLQDPFLLYRNARLSIYGIWFYDKEEC
:: ::::: :::::.:::.:.: .::..:::.:::..:::::::: ::::.::::::..:
CCDS74 VYRRSASPYHGFTIVNRLNMHNLVEPVNKDLEFQLHEPFLLYRNASLSIYSIWFYDKNDC
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KB6 QRIAELMKNLTQYEQLKAHQGTGAGISPVILNS-GEGKEVDILRMLIKAKDEYTKCKTCS
.:::.:: .... : ...:.. :: :. .. . .:::.:: .::::: . .
CCDS74 HRIAKLMADVVEEETRRSQQAARDKQSPSQANGCSDHRPIDILEMLSRAKDEYERSAPSG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KB6 EP----KKITSSSAIYDNPNLI----KPIPVKPSENQQQR----IPQPNQTLDPEPQHLS
. ... ..: ..: .. . . :.. .:.. .: : . : :: .
CCDS74 HKHLTVEELFGTSLPKEQPAVVGLDSEEMERLPGDASQKEPNSFLPFPFEQLGGAPQSET
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB6 L----TALFGKQDKATCQETVEPPQTLHQQQQQQQQQQEKLPIRQGVVRSLSYEEPRRHS
: .: . : . : . : . :..... .:. . .: : : .
CCDS74 LGVPSAAHHSVQPEITTPVLITPASI--TQSNEKHAPTYTIPLSPVLSPTLPAEAPTAQV
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB6 PPIEKQLCPAIQKLMVRSADLHPLSELPENRPCENGSTHSAGEFFTGPVQPGSPHNIGTS
:: . .: . . . :: :.: . : :.. .: . .: :. ..
CCDS74 PPSLPRNSTMMQAVKTTPRQRSPL----LNQPVPELS-HASLIANQSPFR--APLNVTNT
300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KB6 RGVQNASRTQNLFEKLQSTPGAANKCDPSTPAPASSAALNRSRAPTSVTPVAPGKGLAQP
:.. : .:..::. :: . : : ...:. :. .:. :
CCDS74 AGTSLPSV--DLLQKLRLTP----QHDQIQTQPLGKGAM--------VASFSPAAGQLAT
350 360 370 380 390
410 420 430 440 450 460
pF1KB6 PQAYFNGSLPPQTVGHQAHGREQSTLPRQTLPISGSQTGSSGVISPQELLKKLQIVQQEQ
:..... ::. . : .: ...: . :. :..: :: .::.:
CCDS74 PESFIE---PPS---KTAAAR-----------VAASASLSNMVLAP------LQSMQQNQ
400 410 420
470 480 490 500 510 520
pF1KB6 QLHASNRP-ALAAKFPVLAQSSGTGKPLESWINKTPNTEQQTPLFQVISPQRIPATAAPS
. .. .: .:.. .:: .: :: .. : .::. :
CCDS74 DPEVFVQPKVLSSAIPV------AGAPL---VTAT-------------------TTAVSS
430 440 450 460
530 540 550 560 570 580
pF1KB6 LLMSPMVFAQPTSVPPKERESGLLPVGGQEPPAAATSLLLPIQSPEPSVITSSPLTKLQL
.:..: :: : .. : : : ... : .. : .. .::.: :.: ::
CCDS74 VLLAPSVFQQTVT-----RSSDLERKASSPSP---LTIGTPESQRKPSII----LSKSQL
470 480 490 500
590 600 610
pF1KB6 QEALLYLIQNDDNFLNIIYEAYLFSMTQAAMKKTM
:..:..::.::..::. ..:.:: .:.
CCDS74 QDTLIHLIKNDSSFLSTLHEVYLQVLTKNKDNHNL
510 520 530 540
617 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 21:46:30 2016 done: Fri Nov 4 21:46:31 2016
Total Scan time: 3.290 Total Display time: 0.040
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]