Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5977
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5977, 519 aa
1>>>pF1KB5977 519 - 519 aa - 519 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.0141+/-0.000925; mu= 6.1570+/- 0.056
mean_var=144.0192+/-28.663, 0's: 0 Z-trim(110.4): 29 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.106872
statistics sampled from 11553 (11578) to 11553 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.704), E-opt: 0.2 (0.356), width: 16
Scan time: 3.670
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS34217.1 SNX2 gene_id:6643|Hs108|chr5 ( 519) 3334 525.7 4.8e-149
CCDS64234.1 SNX2 gene_id:6643|Hs108|chr5 ( 402) 2576 408.8 5.8e-114
CCDS32266.1 SNX1 gene_id:6642|Hs108|chr15 ( 522) 1894 303.7 3.3e-82
CCDS58371.1 SNX1 gene_id:6642|Hs108|chr15 ( 557) 1799 289.1 9e-78
CCDS32268.1 SNX1 gene_id:6642|Hs108|chr15 ( 457) 1766 284.0 2.6e-76
>>CCDS34217.1 SNX2 gene_id:6643|Hs108|chr5 (519 aa)
initn: 3334 init1: 3334 opt: 3334 Z-score: 2789.3 bits: 525.7 E(32554): 4.8e-149
Smith-Waterman score: 3334; 100.0% identity (100.0% similar) in 519 aa overlap (1-519:1-519)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MAAEREPPPLGDGKPTDFEDLEDGEDLFTSTVSTLESSPSSPEPASLPAEDISANSNGPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MAAEREPPPLGDGKPTDFEDLEDGEDLFTSTVSTLESSPSSPEPASLPAEDISANSNGPK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 PTEVVLDDDREDLFAEATEEVSLDSPEREPILSSEPSPAVTPVTPTTLIAPRIESKSMSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 PTEVVLDDDREDLFAEATEEVSLDSPEREPILSSEPSPAVTPVTPTTLIAPRIESKSMSA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 PVIFDRSREEIEEEANGDIFDIEIGVSDPEKVGDGMNAYMAYRVTTKTSLSMFSKSEFSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 PVIFDRSREEIEEEANGDIFDIEIGVSDPEKVGDGMNAYMAYRVTTKTSLSMFSKSEFSV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 KRRFSDFLGLHSKLASKYLHVGYIVPPAPEKSIVGMTKVKVGKEDSSSTEFVEKRRAALE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 KRRFSDFLGLHSKLASKYLHVGYIVPPAPEKSIVGMTKVKVGKEDSSSTEFVEKRRAALE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 RYLQRTVKHPTLLQDPDLRQFLESSELPRAVNTQALSGAGILRMVNKAADAVNKMTIKMN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 RYLQRTVKHPTLLQDPDLRQFLESSELPRAVNTQALSGAGILRMVNKAADAVNKMTIKMN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 ESDAWFEEKQQQFENLDQQLRKLHVSVEALVCHRKELSANTAAFAKSAAMLGNSEDHTAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 ESDAWFEEKQQQFENLDQQLRKLHVSVEALVCHRKELSANTAAFAKSAAMLGNSEDHTAL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 SRALSQLAEVEEKIDQLHQEQAFADFYMFSELLSDYIRLIAAVKGVFDHRMKCWQKWEDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 SRALSQLAEVEEKIDQLHQEQAFADFYMFSELLSDYIRLIAAVKGVFDHRMKCWQKWEDA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 QITLLKKREAEAKMMVANKPDKIQQAKNEIREWEAKVQQGERDFEQISKTIRKEVGRFEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 QITLLKKREAEAKMMVANKPDKIQQAKNEIREWEAKVQQGERDFEQISKTIRKEVGRFEK
430 440 450 460 470 480
490 500 510
pF1KB5 ERVKDFKTVIIKYLESLVQTQQQLIKYWEAFLPEAKAIA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 ERVKDFKTVIIKYLESLVQTQQQLIKYWEAFLPEAKAIA
490 500 510
>>CCDS64234.1 SNX2 gene_id:6643|Hs108|chr5 (402 aa)
initn: 2576 init1: 2576 opt: 2576 Z-score: 2159.4 bits: 408.8 E(32554): 5.8e-114
Smith-Waterman score: 2576; 100.0% identity (100.0% similar) in 402 aa overlap (118-519:1-402)
90 100 110 120 130 140
pF1KB5 REPILSSEPSPAVTPVTPTTLIAPRIESKSMSAPVIFDRSREEIEEEANGDIFDIEIGVS
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 MSAPVIFDRSREEIEEEANGDIFDIEIGVS
10 20 30
150 160 170 180 190 200
pF1KB5 DPEKVGDGMNAYMAYRVTTKTSLSMFSKSEFSVKRRFSDFLGLHSKLASKYLHVGYIVPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 DPEKVGDGMNAYMAYRVTTKTSLSMFSKSEFSVKRRFSDFLGLHSKLASKYLHVGYIVPP
40 50 60 70 80 90
210 220 230 240 250 260
pF1KB5 APEKSIVGMTKVKVGKEDSSSTEFVEKRRAALERYLQRTVKHPTLLQDPDLRQFLESSEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 APEKSIVGMTKVKVGKEDSSSTEFVEKRRAALERYLQRTVKHPTLLQDPDLRQFLESSEL
100 110 120 130 140 150
270 280 290 300 310 320
pF1KB5 PRAVNTQALSGAGILRMVNKAADAVNKMTIKMNESDAWFEEKQQQFENLDQQLRKLHVSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 PRAVNTQALSGAGILRMVNKAADAVNKMTIKMNESDAWFEEKQQQFENLDQQLRKLHVSV
160 170 180 190 200 210
330 340 350 360 370 380
pF1KB5 EALVCHRKELSANTAAFAKSAAMLGNSEDHTALSRALSQLAEVEEKIDQLHQEQAFADFY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 EALVCHRKELSANTAAFAKSAAMLGNSEDHTALSRALSQLAEVEEKIDQLHQEQAFADFY
220 230 240 250 260 270
390 400 410 420 430 440
pF1KB5 MFSELLSDYIRLIAAVKGVFDHRMKCWQKWEDAQITLLKKREAEAKMMVANKPDKIQQAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 MFSELLSDYIRLIAAVKGVFDHRMKCWQKWEDAQITLLKKREAEAKMMVANKPDKIQQAK
280 290 300 310 320 330
450 460 470 480 490 500
pF1KB5 NEIREWEAKVQQGERDFEQISKTIRKEVGRFEKERVKDFKTVIIKYLESLVQTQQQLIKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 NEIREWEAKVQQGERDFEQISKTIRKEVGRFEKERVKDFKTVIIKYLESLVQTQQQLIKY
340 350 360 370 380 390
510
pF1KB5 WEAFLPEAKAIA
::::::::::::
CCDS64 WEAFLPEAKAIA
400
>>CCDS32266.1 SNX1 gene_id:6642|Hs108|chr15 (522 aa)
initn: 2007 init1: 1868 opt: 1894 Z-score: 1589.4 bits: 303.7 E(32554): 3.3e-82
Smith-Waterman score: 1971; 60.1% identity (79.6% similar) in 534 aa overlap (2-519:10-522)
10 20 30 40
pF1KB5 MAAEREPPPL-----------GDGKPTDFEDLEDGEDLFTSTVSTLESSPSS
:.:: :::. : ..: .. .:::.::. ... :. .:
CCDS32 MASGGGGCSASERLPPPFPGLEPESEGAAGGSEPEAGDSDTEGEDIFTG--AAVVSKHQS
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90
pF1KB5 PEPAS--LPAEDISANSNGPKPTEVVLDDDRE--DLFAEATEEVSLDSPEREPILSSEPS
:. .. :: .:: : . . ..:.: ::::.:: :.:::: . .
CCDS32 PKITTSLLPI------NNGSKENGIHEEQDQEPQDLFADATVELSLDSTQNNQ-------
60 70 80 90 100
100 110 120 130 140 150
pF1KB5 PAVTPVTPTTLIA-PRIESKSMSAPVIFDRSREEIEEEANGDIFDIEIGVSDPEKVGDGM
: :::. : :. . : : . . ::.::: . : ::. .:..::::.::::
CCDS32 ---KKVLAKTLISLPPQEATNSSKP---QPTYEELEEEEQEDQFDLTVGITDPEKIGDGM
110 120 130 140 150
160 170 180 190 200 210
pF1KB5 NAYMAYRVTTKTSLSMFSKSEFSVKRRFSDFLGLHSKLASKYLHVGYIVPPAPEKSIVGM
:::.::.:::.::: .: ...:.:::::::::::. ::. :. . :.:::: ::::..::
CCDS32 NAYVAYKVTTQTSLPLFRSKQFAVKRRFSDFLGLYEKLSEKHSQNGFIVPPPPEKSLIGM
160 170 180 190 200 210
220 230 240 250 260 270
pF1KB5 TKVKVGKEDSSSTEFVEKRRAALERYLQRTVKHPTLLQDPDLRQFLESSELPRAVNTQAL
::::::::::::.::.::::::::::::: :.:::.:::::.:.:::. ::::::.::.:
CCDS32 TKVKVGKEDSSSAEFLEKRRAALERYLQRIVNHPTMLQDPDVREFLEKEELPRAVGTQTL
220 230 240 250 260 270
280 290 300 310 320 330
pF1KB5 SGAGILRMVNKAADAVNKMTIKMNESDAWFEEKQQQFENLDQQLRKLHVSVEALVCHRKE
::::.:.: :::.:::.:::::::::: ::::: :. : .:.:::::. ::.:: ::::
CCDS32 SGAGLLKMFNKATDAVSKMTIKMNESDIWFEEKLQEVECEEQRLRKLHAVVETLVNHRKE
280 290 300 310 320 330
340 350 360 370 380 390
pF1KB5 LSANTAAFAKSAAMLGNSEDHTALSRALSQLAEVEEKIDQLHQEQAFADFYMFSELLSDY
:. ::: :::: ::::.:::.:::::::::::::::::.::::::: ::....::::::
CCDS32 LALNTAQFAKSLAMLGSSEDNTALSRALSQLAEVEEKIEQLHQEQANNDFFLLAELLSDY
340 350 360 370 380 390
400 410 420 430 440 450
pF1KB5 IRLIAAVKGVFDHRMKCWQKWEDAQITLLKKREAEAKMMVANKPDKIQQAKNEIREWEAK
:::.: :...::.::: ::.:.::: :: :::::::... ::::::.::::.:: :::..
CCDS32 IRLLAIVRAAFDQRMKTWQRWQDAQATLQKKREAEARLLWANKPDKLQQAKDEILEWESR
400 410 420 430 440 450
460 470 480 490 500 510
pF1KB5 VQQGERDFEQISKTIRKEVGRFEKERVKDFKTVIIKYLESLVQTQQQLIKYWEAFLPEAK
: : :::::.:: ..:::: :::::. ::::. .:::::.:. .:::: :::::::::::
CCDS32 VTQYERDFERISTVVRKEVIRFEKEKSKDFKNHVIKYLETLLYSQQQLAKYWEAFLPEAK
460 470 480 490 500 510
pF1KB5 AIA
::.
CCDS32 AIS
520
>>CCDS58371.1 SNX1 gene_id:6642|Hs108|chr15 (557 aa)
initn: 1888 init1: 1774 opt: 1799 Z-score: 1509.8 bits: 289.1 E(32554): 9e-78
Smith-Waterman score: 1876; 59.3% identity (79.7% similar) in 516 aa overlap (2-503:10-506)
10 20 30 40
pF1KB5 MAAEREPPPL-----------GDGKPTDFEDLEDGEDLFTSTVSTLESSPSS
:.:: :::. : ..: .. .:::.::. ... :. .:
CCDS58 MASGGGGCSASERLPPPFPGLEPESEGAAGGSEPEAGDSDTEGEDIFTG--AAVVSKHQS
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90
pF1KB5 PEPAS--LPAEDISANSNGPKPTEVVLDDDREDLFAEATEEVSLDSPEREPILSSEPSPA
:. .. :: .. : . :: . . :.. .::::.:: :.:::: . .
CCDS58 PKITTSLLPINNGSKE-NGIHEEQ---DQEPQDLFADATVELSLDSTQNNQ---------
60 70 80 90 100
100 110 120 130 140 150
pF1KB5 VTPVTPTTLIA-PRIESKSMSAPVIFDRSREEIEEEANGDIFDIEIGVSDPEKVGDGMNA
: :::. : :. . : : . . ::.::: . : ::. .:..::::.::::::
CCDS58 -KKVLAKTLISLPPQEATNSSKP---QPTYEELEEEEQEDQFDLTVGITDPEKIGDGMNA
110 120 130 140 150 160
160 170 180 190 200 210
pF1KB5 YMAYRVTTKTSLSMFSKSEFSVKRRFSDFLGLHSKLASKYLHVGYIVPPAPEKSIVGMTK
:.::.:::.::: .: ...:.:::::::::::. ::. :. . :.:::: ::::..::::
CCDS58 YVAYKVTTQTSLPLFRSKQFAVKRRFSDFLGLYEKLSEKHSQNGFIVPPPPEKSLIGMTK
170 180 190 200 210 220
220 230 240 250 260 270
pF1KB5 VKVGKEDSSSTEFVEKRRAALERYLQRTVKHPTLLQDPDLRQFLESSELPRAVNTQALSG
::::::::::.::.::::::::::::: :.:::.:::::.:.:::. ::::::.::.:::
CCDS58 VKVGKEDSSSAEFLEKRRAALERYLQRIVNHPTMLQDPDVREFLEKEELPRAVGTQTLSG
230 240 250 260 270 280
280 290 300 310 320 330
pF1KB5 AGILRMVNKAADAVNKMTIKMNESDAWFEEKQQQFENLDQQLRKLHVSVEALVCHRKELS
::.:.: :::.:::.:::::::::: ::::: :. : .:.:::::. ::.:: :::::.
CCDS58 AGLLKMFNKATDAVSKMTIKMNESDIWFEEKLQEVECEEQRLRKLHAVVETLVNHRKELA
290 300 310 320 330 340
340 350 360 370 380 390
pF1KB5 ANTAAFAKSAAMLGNSEDHTALSRALSQLAEVEEKIDQLHQEQAFADFYMFSELLSDYIR
::: :::: ::::.:::.:::::::::::::::::.::::::: ::....::::::::
CCDS58 LNTAQFAKSLAMLGSSEDNTALSRALSQLAEVEEKIEQLHQEQANNDFFLLAELLSDYIR
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430 440 450
pF1KB5 LIAAVKGVFDHRMKCWQKWEDAQITLLKKREAEAKMMVANKPDKIQQAKNEIREWEAKVQ
:.: :...::.::: ::.:.::: :: :::::::... ::::::.::::.:: :::..:
CCDS58 LLAIVRAAFDQRMKTWQRWQDAQATLQKKREAEARLLWANKPDKLQQAKDEILEWESRVT
410 420 430 440 450 460
460 470 480 490 500 510
pF1KB5 QGERDFEQISKTIRKEVGRFEKERVKDFKTVIIKYLESLVQTQQQLIKYWEAFLPEAKAI
: :::::.:: ..:::: :::::. ::::. .:::::.:. .:::
CCDS58 QYERDFERISTVVRKEVIRFEKEKSKDFKNHVIKYLETLLYSQQQAGEQLGIRSGILLTK
470 480 490 500 510 520
pF1KB5 A
CCDS58 KLPRYSKFFSTVHKFCAAASLWKWGFFLSAYLSYLF
530 540 550
>>CCDS32268.1 SNX1 gene_id:6642|Hs108|chr15 (457 aa)
initn: 1844 init1: 1766 opt: 1766 Z-score: 1483.6 bits: 284.0 E(32554): 2.6e-76
Smith-Waterman score: 1773; 60.2% identity (79.5% similar) in 487 aa overlap (33-519:9-457)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 AEREPPPLGDGKPTDFEDLEDGEDLFTSTVSTLESSPSSPEPASLPAEDISANSNGPKPT
:. : : : :. : . .:... :.
CCDS32 MASGGGGCSASERLPP-PFPGLEPESEGAAGGSEPEAG
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 EVVLDDDREDLFAEATEEVSLDSPEREPILSSEPSPAVTPVTPTTLIAPRIESKSMSAPV
. : . ::.:. :. ..:.. :: .: :.:. : :.. : .
CCDS32 DS--DTEGEDIFTGAA------------VVSKHQSPKIT----TSLL-P-INNGSKENGI
40 50 60 70
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 IFDRSREEIEEEANGDIFDIEIGVSDPEKVGDGMNAYMAYRVTTKTSLSMFSKSEFSVKR
.:: ..: . :.: .:::::::.::.:::.::: .: ...:.:::
CCDS32 -----HEEQDQEPQ-DLF-----------AGDGMNAYVAYKVTTQTSLPLFRSKQFAVKR
80 90 100 110 120
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 RFSDFLGLHSKLASKYLHVGYIVPPAPEKSIVGMTKVKVGKEDSSSTEFVEKRRAALERY
::::::::. ::. :. . :.:::: ::::..::::::::::::::.::.::::::::::
CCDS32 RFSDFLGLYEKLSEKHSQNGFIVPPPPEKSLIGMTKVKVGKEDSSSAEFLEKRRAALERY
130 140 150 160 170 180
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 LQRTVKHPTLLQDPDLRQFLESSELPRAVNTQALSGAGILRMVNKAADAVNKMTIKMNES
::: :.:::.:::::.:.:::. ::::::.::.:::::.:.: :::.:::.:::::::::
CCDS32 LQRIVNHPTMLQDPDVREFLEKEELPRAVGTQTLSGAGLLKMFNKATDAVSKMTIKMNES
190 200 210 220 230 240
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 DAWFEEKQQQFENLDQQLRKLHVSVEALVCHRKELSANTAAFAKSAAMLGNSEDHTALSR
: ::::: :. : .:.:::::. ::.:: :::::. ::: :::: ::::.:::.:::::
CCDS32 DIWFEEKLQEVECEEQRLRKLHAVVETLVNHRKELALNTAQFAKSLAMLGSSEDNTALSR
250 260 270 280 290 300
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 ALSQLAEVEEKIDQLHQEQAFADFYMFSELLSDYIRLIAAVKGVFDHRMKCWQKWEDAQI
::::::::::::.::::::: ::....:::::::::.: :...::.::: ::.:.:::
CCDS32 ALSQLAEVEEKIEQLHQEQANNDFFLLAELLSDYIRLLAIVRAAFDQRMKTWQRWQDAQA
310 320 330 340 350 360
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 TLLKKREAEAKMMVANKPDKIQQAKNEIREWEAKVQQGERDFEQISKTIRKEVGRFEKER
:: :::::::... ::::::.::::.:: :::..: : :::::.:: ..:::: :::::.
CCDS32 TLQKKREAEARLLWANKPDKLQQAKDEILEWESRVTQYERDFERISTVVRKEVIRFEKEK
370 380 390 400 410 420
490 500 510
pF1KB5 VKDFKTVIIKYLESLVQTQQQLIKYWEAFLPEAKAIA
::::. .:::::.:. .:::: :::::::::::::.
CCDS32 SKDFKNHVIKYLETLLYSQQQLAKYWEAFLPEAKAIS
430 440 450
519 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 21:41:56 2016 done: Fri Nov 4 21:41:57 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]