Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5911
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5911, 504 aa
1>>>pF1KB5911 504 - 504 aa - 504 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.1803+/-0.00081; mu= 10.9029+/- 0.049
mean_var=125.0470+/-24.823, 0's: 0 Z-trim(111.8): 15 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.114693
statistics sampled from 12694 (12706) to 12694 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.737), E-opt: 0.2 (0.39), width: 16
Scan time: 3.300
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7718.1 PNPLA2 gene_id:57104|Hs108|chr11 ( 504) 3398 573.2 2.3e-163
CCDS14054.1 PNPLA3 gene_id:80339|Hs108|chr22 ( 481) 973 171.9 1.4e-42
CCDS14053.1 PNPLA5 gene_id:150379|Hs108|chr22 ( 429) 927 164.3 2.5e-40
CCDS54997.1 PNPLA1 gene_id:285848|Hs108|chr6 ( 532) 774 139.0 1.2e-32
CCDS34438.1 PNPLA1 gene_id:285848|Hs108|chr6 ( 437) 592 108.9 1.2e-23
CCDS14129.1 PNPLA4 gene_id:8228|Hs108|chrX ( 253) 580 106.7 3.1e-23
CCDS54537.1 PNPLA5 gene_id:150379|Hs108|chr22 ( 315) 417 79.8 4.8e-15
CCDS55368.1 PNPLA4 gene_id:8228|Hs108|chrX ( 166) 391 75.4 5.6e-14
>>CCDS7718.1 PNPLA2 gene_id:57104|Hs108|chr11 (504 aa)
initn: 3398 init1: 3398 opt: 3398 Z-score: 3046.3 bits: 573.2 E(32554): 2.3e-163
Smith-Waterman score: 3398; 100.0% identity (100.0% similar) in 504 aa overlap (1-504:1-504)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MFPREKTWNISFAGCGFLGVYYVGVASCLREHAPFLVANATHIYGASAGALTATALVTGV
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CCDS77 MFPREKTWNISFAGCGFLGVYYVGVASCLREHAPFLVANATHIYGASAGALTATALVTGV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 CLGEAGAKFIEVSKEARKRFLGPLHPSFNLVKIIRSFLLKVLPADSHEHASGRLGISLTR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 CLGEAGAKFIEVSKEARKRFLGPLHPSFNLVKIIRSFLLKVLPADSHEHASGRLGISLTR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 VSDGENVIISHFNSKDELIQANVCSGFIPVYCGLIPPSLQGVRYVDGGISDNLPLYELKN
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CCDS77 VSDGENVIISHFNSKDELIQANVCSGFIPVYCGLIPPSLQGVRYVDGGISDNLPLYELKN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 TITVSPFSGESDICPQDSSTNIHELRVTNTSIQFNLRNLYRLSKALFPPEPLVLREMCKQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 TITVSPFSGESDICPQDSSTNIHELRVTNTSIQFNLRNLYRLSKALFPPEPLVLREMCKQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 GYRDGLRFLQRNGLLNRPNPLLALPPARPHGPEDKDQAVESAQAEDYSQLPGEDHILEHL
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CCDS77 GYRDGLRFLQRNGLLNRPNPLLALPPARPHGPEDKDQAVESAQAEDYSQLPGEDHILEHL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 PARLNEALLEACVEPTDLLTTLSNMLPVRLATAMMVPYTLPLESALSFTIRLLEWLPDVP
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CCDS77 PARLNEALLEACVEPTDLLTTLSNMLPVRLATAMMVPYTLPLESALSFTIRLLEWLPDVP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 EDIRWMKEQTGSICQYLVMRAKRKLGRHLPSRLPEQVELRRVQSLPSVPLSCAAYREALP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 EDIRWMKEQTGSICQYLVMRAKRKLGRHLPSRLPEQVELRRVQSLPSVPLSCAAYREALP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 GWMRNNLSLGDALAKWEECQRQLLLGLFCTNVAFPPEALRMRAPADPAPAPADPASPQHQ
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CCDS77 GWMRNNLSLGDALAKWEECQRQLLLGLFCTNVAFPPEALRMRAPADPAPAPADPASPQHQ
430 440 450 460 470 480
490 500
pF1KB5 LAGPAPLLSTPAPEARPVIGALGL
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CCDS77 LAGPAPLLSTPAPEARPVIGALGL
490 500
>>CCDS14054.1 PNPLA3 gene_id:80339|Hs108|chr22 (481 aa)
initn: 1172 init1: 957 opt: 973 Z-score: 878.0 bits: 171.9 E(32554): 1.4e-42
Smith-Waterman score: 1165; 42.8% identity (68.1% similar) in 458 aa overlap (1-429:1-456)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MFPREKTWNISFAGCGFLGVYYVGVASCLREHAPFLVANATHIYGASAGALTATALVTGV
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CCDS14 MYDAERGWSLSFAGCGFLGFYHVGATRCLSEHAPHLLRDARMLFGASAGALHCVGVLSGI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 CLGEAGAKFIEVSKEARKRFLGPLHPSFNLVKIIRSFLLKVLPADSHEHASGRLGISLTR
: .. . .. ..::.: .: .:::::: :..:. : : :::. :. ::..::::::
CCDS14 PLEQTLQVLSDLVRKARSRNIGIFHPSFNLSKFLRQGLCKCLPANVHQLISGKIGISLTR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 VSDGENVIISHFNSKDELIQANVCSGFIPVYCGLIPPSLQGVRYVDGGISDNLPLYELKN
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CCDS14 VSDGENVLVSDFRSKDEVVDALVCSCFIPFYSGLIPPSFRGVRYVDGGVSDNVPFIDAKT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 TITVSPFSGESDICPQDSSTNIHELRVTNTSIQFNLRNLYRLSKALFPPEPLVLREMCKQ
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CCDS14 TITVSPFYGEYDICPKVKSTNFLHVDITKLSLRLCTGNLYLLSRAFVPPDLKVLGEICLR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280
pF1KB5 GYRDGLRFLQRNGLLNRPNPLL-----ALPP--ARPH--------GPEDKDQAV--ESAQ
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CCDS14 GYLDAFRFLEEKGICNRPQPGLKSSSEGMDPEVAMPSWANMSLDSSPESAALAVRLEGDE
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 AEDY---SQLPGEDHILEHLPARLNEALLEACVEPTDLLTTLSNMLPVRLATAMMVPYTL
:. : :: .. ::. : :: :: : . .. . :.::.:. . .:.: ::
CCDS14 LLDHLRLSILPWDESILDTLSPRLATALSEEMKDKGGYMSKICNLLPIRIMSYVMLPCTL
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390
pF1KB5 PLESALSFTIRLLEWLPDVPEDIRWMKEQTGSICQYLVM------RAKRKLGRHLPSRLP
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CCDS14 PVESAIAIVQRLVTWLPDMPDDVLWLQWVTSQVFTRVLMCLLPASRSQMPVSSQQAS--P
370 380 390 400 410
400 410 420 430 440 450
pF1KB5 EQVELRRVQSLPSVPLSCAAYR--EALP-GWMRNNLSLGDALAKWEECQRQLLLGLFCTN
: : : .: : :: : . .:..:..
CCDS14 CTPEQDWPCWTPCSPKGCPAETKAEATPRSILRSSLNFFLGNKVPAGAEGLSTFPSFSLE
420 430 440 450 460 470
460 470 480 490 500
pF1KB5 VAFPPEALRMRAPADPAPAPADPASPQHQLAGPAPLLSTPAPEARPVIGALGL
CCDS14 KSL
480
>>CCDS14053.1 PNPLA5 gene_id:150379|Hs108|chr22 (429 aa)
initn: 914 init1: 787 opt: 927 Z-score: 837.6 bits: 164.3 E(32554): 2.5e-40
Smith-Waterman score: 928; 38.5% identity (64.8% similar) in 429 aa overlap (5-419:7-423)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MFPREKTWNISFAGCGFLGVYYVGVASCLREHAPFLVANATHIYGASAGALTATALVT
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CCDS14 MGFLEEEGRWNLSFSGAGYLGAHHVGATECLRQRAPRLLQGARRIYGSSSGALNAVSIVC
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 GVCLGEAGAKFIEVSKEARKRFLGPLHPSFNLVKIIRSFLLKVLPADSHEHASGRLGISL
: . .... . . .. :. :::.. .. ... : .:: :.: :: ::::::
CCDS14 GKSVDFCCSHLLGMVGQLERLSLSILHPAYAPIEHVKQQLQDALPPDAHVLASQRLGISL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 TRVSDGENVIISHFNSKDELIQANVCSGFIPVYCGLIPPSLQGVRYVDGGISDNLPLYEL
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CCDS14 TRWPDGRNFLVTDFATCDELIQALVCTLYFPFYCGLIPPEFRGERYIDGALSNNLPFADC
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 KNTITVSPFSGESDICPQDSSTNIHELRVTNTSIQFNLRNLYRLSKALFPPEPLVLREMC
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CCDS14 PSTITVSPFHGTVDICPQSTSPNLHELNVFNFSFQISTENFFLGLICLIPPSLEVVADNC
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 KQGYRDGLRFLQRNGLLNRPNPLLAL----PPARPHGPEDK--DQAVESAQAEDYSQLPG
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CCDS14 RQGYLDALRFLERRGLTKEPV-LWTLVSKEPPAPADGNWDAGCDQRWKGGLSLNW-KVP-
250 260 270 280 290
300 310 320 330 340
pF1KB5 EDHI-------LEHLPARLNEALLEACVEPTDLLTTLSNMLPVRLATAMMVPYTLPLESA
:. .:.: .:. :: .::.. . . . . : .. : ...: :::.:
CCDS14 --HVQVKDVPNFEQLSPELEAALKKACTRDPSRWARFWHSGPGQVLTYLLLPCTLPFEYI
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 LSFTIRLLEWLPDVPEDIRWMKEQTGSICQYLVMRAKRKL-GRHLPSRLPEQVELRRVQS
. ::. :::::: :. ::. .. . :.: .: : : : : ...
CCDS14 YFRSRRLVVWLPDVPADLWWMQGLLRNMALEVFSRTKAQLLG---PISPPAT---RVLET
360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KB5 LPSVPLSCAAYREALPGWMRNNLSLGDALAKWEECQRQLLLGLFCTNVAFPPEALRMRAP
: : . : .:: :
CCDS14 SPLQP-QIAPHREELGPTHQA
410 420
>>CCDS54997.1 PNPLA1 gene_id:285848|Hs108|chr6 (532 aa)
initn: 794 init1: 769 opt: 774 Z-score: 699.4 bits: 139.0 E(32554): 1.2e-32
Smith-Waterman score: 774; 44.2% identity (77.7% similar) in 260 aa overlap (9-265:15-273)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MFPREKTWNISFAGCGFLGVYYVGVASCLREHAPFLVANATHIYGASAGALTAT
.:::.: :::. : .:... ::. :: .. .: .. :.::::. :.
CCDS54 MEEQVFKGDPDTPHSISFSGSGFLSFYQAGAVDALRDLAPRMLETAHRFAGTSAGAVIAA
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 ALVTGVCLGEAGAKFIEVS-KEARKRFLGPLHPSFNLVKIIRSFLLKVLPADSHEHASGR
. :. . : . ..:. :..: ::::: :: ..:...:.:: .::: ::.. ..:.
CCDS54 LAICGIEMDEY-LRVLNVGVAEVKKSFLGPLSPSCKMVQMMRQFLYRVLPEDSYKVTTGK
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 LGISLTRVSDGENVIISHFNSKDELIQANVCSGFIPVYCGLIPPSLQGVRYVDGGISDNL
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CCDS54 LHVSLTRLTDGENVVVSEFTSKEELIEALYCSCFVPVYCGLIPPTYRGVRYIDGGFTGMQ
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 PLYELKNTITVSPFSGESDICPQDSSTNIHELRVTNTSIQFNLRNLYRLSKALFPPEPLV
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CCDS54 PCAFWTDAITISTFSGQQDICPRDCPAIFHDFRMFNCSFQFSLENIARMTHALFPPDLVI
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 LREMCKQGYRDGLRFLQR-NGL-LNRPNPLLALPPARPHGPEDKDQAVESAQAEDYSQLP
:... .::.:.. .:.: :.. :: . . .:
CCDS54 LHDYYYRGYEDAVLYLRRLNAVYLNSSSKRVIFPRVEVYCQIELALGNECPERSQPSLRA
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 GEDHILEHLPARLNEALLEACVEPTDLLTTLSNMLPVRLATAMMVPYTLPLESALSFTIR
CCDS54 RQASLEGATQPHKEWVPKGDGRGSHGPPVSQPVQTLEFTCESPVSAPVSPLEQPPAQPLA
300 310 320 330 340 350
>>CCDS34438.1 PNPLA1 gene_id:285848|Hs108|chr6 (437 aa)
initn: 632 init1: 590 opt: 592 Z-score: 537.9 bits: 108.9 E(32554): 1.2e-23
Smith-Waterman score: 592; 46.6% identity (80.9% similar) in 178 aa overlap (90-265:1-178)
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 VCLGEAGAKFIEVSKEARKRFLGPLHPSFNLVKIIRSFLLKVLPADSHEHASGRLGISLT
.:...:.:: .::: ::.. ..:.: .:::
CCDS34 MVQMMRQFLYRVLPEDSYKVTTGKLHVSLT
10 20 30
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 RVSDGENVIISHFNSKDELIQANVCSGFIPVYCGLIPPSLQGVRYVDGGISDNLPLYELK
:..:::::..:.:.::.:::.: :: :.:::::::::. .::::.:::.. :
CCDS34 RLTDGENVVVSEFTSKEELIEALYCSCFVPVYCGLIPPTYRGVRYIDGGFTGMQPCAFWT
40 50 60 70 80 90
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 NTITVSPFSGESDICPQDSSTNIHELRVTNTSIQFNLRNLYRLSKALFPPEPLVLREMCK
..::.: :::..::::.: . .:..:. : :.::.:.:. :...:::::. ..:...
CCDS34 DAITISTFSGQQDICPRDCPAIFHDFRMFNCSFQFSLENIARMTHALFPPDLVILHDYYY
100 110 120 130 140 150
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 QGYRDGLRFLQR-NGL-LNRPNPLLALPPARPHGPEDKDQAVESAQAEDYSQLPGEDHIL
.::.:.. .:.: :.. :: . . .:
CCDS34 RGYEDAVLYLRRLNAVYLNSSSKRVIFPRVEVYCQIELALGNECPERSQPSLRARQASLE
160 170 180 190 200 210
>>CCDS14129.1 PNPLA4 gene_id:8228|Hs108|chrX (253 aa)
initn: 554 init1: 389 opt: 580 Z-score: 530.7 bits: 106.7 E(32554): 3.1e-23
Smith-Waterman score: 580; 36.8% identity (71.3% similar) in 247 aa overlap (6-251:2-248)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MFPREKTWNISFAGCGFLGVYYVGVASCLREHAPFLVANATHIYGASAGALTATALVTGV
: :.:::.:::::.:..:.:: : .:. :: .. . :::::.:.:..:.:.
CCDS14 MKHINLSFAACGFLGIYHLGAASALCRHGKKLVKDVKAFAGASAGSLVASVLLTAP
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB5 CLGEAGAKFI-EVSKEARKRFLGPLHPSFNLVKIIRSFLLKVLPADSHEHASGRLGISLT
: .: . ..: :.. .: . :..... .:: . ..:: ..:: :..:: .:.:
CCDS14 EKIEECNQFTYKFAEEIRRQSFGAVTPGYDFMARLRSGMESILPPSAHELAQNRLHVSIT
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 RVSDGENVIISHFNSKDELIQANVCSGFIPVYCGLIPPSLQGVRYVDGGISDNLPLYELK
.. :: ..: :.:...::.. . :.:.:.: :: .: ..::::... ::. .
CCDS14 NAKTRENHLVSTFSSREDLIKVLLASSFVPIYAGLKLVEYKGQKWVDGGLTNALPILPVG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 NTITVSPFSGESDICPQDSSTNIHELRVTNTSIQFNLRNLYRLSKALFPPEPLVLREMCK
:.:.:::::. :: :::.. . ... .:...: :: ::..::::: .. . .
CCDS14 RTVTISPFSGRLDISPQDKGQLDLYVNIAKQDIMLSLANLVRLNQALFPPSKRKMESLYQ
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 QGYRDGLRFLQRNGLLNRPNPLLALPPARPHGPEDKDQAVESAQAEDYSQLPGEDHILEH
:. : ..:: .
CCDS14 CGFDDTVKFLLKENWFE
240 250
>>CCDS54537.1 PNPLA5 gene_id:150379|Hs108|chr22 (315 aa)
initn: 577 init1: 264 opt: 417 Z-score: 383.6 bits: 79.8 E(32554): 4.8e-15
Smith-Waterman score: 418; 33.9% identity (55.9% similar) in 286 aa overlap (156-419:36-309)
130 140 150 160 170
pF1KB5 NVIISHFNSKDELIQANVCSGFIPVYCGLIPPSLQGVRYVDGGISDNLPLYEL-------
: :::.: . :. : : .
CCDS54 EEGRWNLSFSGAGYLGAHHVGATECLRQRAPRLLQGARRIYGSSSGALNAVSIVCGKSVD
10 20 30 40 50 60
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 -KNTITVSPFSGESDICPQDSSTNIHELRVTNTSIQFNLRNLYRLSKALFPPEPLVLREM
.::::::: : :::::..: :.::: : : :.:.. .:.. :.:: :. .
CCDS54 CPSTITVSPFHGTVDICPQSTSPNLHELNVFNFSFQISTENFFLGLICLIPPSLEVVADN
70 80 90 100 110 120
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 CKQGYRDGLRFLQRNGLLNRPNPLLAL----PPARPHGPEDK--DQAVESAQAEDYSQLP
:.::: :.::::.: :: ..: : .: ::: : : :: ... . .. ..:
CCDS54 CRQGYLDALRFLERRGLTKEPV-LWTLVSKEPPAPADGNWDAGCDQRWKGGLSLNW-KVP
130 140 150 160 170 180
300 310 320 330 340
pF1KB5 GEDHI-------LEHLPARLNEALLEACVEPTDLLTTLSNMLPVRLATAMMVPYTLPLES
:. .:.: .:. :: .::.. . . . . : .. : ...: :::.:
CCDS54 ---HVQVKDVPNFEQLSPELEAALKKACTRDPSRWARFWHSGPGQVLTYLLLPCTLPFEY
190 200 210 220 230 240
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 ALSFTIRLLEWLPDVPEDIRWMKEQTGSICQYLVMRAKRKL-GRHLPSRLPEQVELRRVQ
. ::. :::::: :. ::. .. . :.: .: : : : : ..
CCDS54 IYFRSRRLVVWLPDVPADLWWMQGLLRNMALEVFSRTKAQLLG---PISPPA---TRVLE
250 260 270 280 290
410 420 430 440 450 460
pF1KB5 SLPSVPLSCAAYREALPGWMRNNLSLGDALAKWEECQRQLLLGLFCTNVAFPPEALRMRA
. : : . : .:: :
CCDS54 TSPLQP-QIAPHREELGPTHQA
300 310
>>CCDS55368.1 PNPLA4 gene_id:8228|Hs108|chrX (166 aa)
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70 80 90 100 110 120
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10 20 30
130 140 150 160 170 180
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190 200 210 220 230 240
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.:::::. :: :::.. . ... .:...: :: ::..::::: .. . . :.
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: ..:: .
CCDS55 DTVKFLLKENWFE
160
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Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]