Result of FASTA (omim) for
pF1KB5807
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5807, 472 aa
1>>>pF1KB5807 472 - 472 aa - 472 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.2798+/-0.000561; mu= 1.3161+/- 0.035
mean_var=364.2516+/-77.060, 0's: 0 Z-trim(117.0): 159 B-trim: 1080 in 2/54
Lambda= 0.067201
statistics sampled from 28466 (28642) to 28466 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.661), E-opt: 0.2 (0.336), width: 16
Scan time: 10.350
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_000517 (OMIM: 125595,131760,131800,131900,14806 ( 472) 3021 307.4 5.6e-83
NP_005548 (OMIM: 148067,167200,613000) keratin, ty ( 473) 2553 262.0 2.5e-69
NP_000413 (OMIM: 148069,167210,184500) keratin, ty ( 432) 1949 203.4 1e-51
NP_002266 (OMIM: 148030) keratin, type I cytoskele ( 456) 1866 195.4 2.8e-49
XP_011523086 (OMIM: 148030) PREDICTED: keratin, ty ( 463) 1813 190.3 9.9e-48
NP_705694 (OMIM: 148065,615785) keratin, type I cy ( 458) 1783 187.4 7.4e-47
XP_016880103 (OMIM: 148030) PREDICTED: keratin, ty ( 437) 1778 186.8 1e-46
NP_002265 (OMIM: 148065,615785) keratin, type I cy ( 420) 1756 184.7 4.3e-46
NP_000412 (OMIM: 113800,148080,607602,609165) kera ( 584) 1643 173.9 1e-42
XP_005257400 (OMIM: 113800,148080,607602,609165) P ( 624) 1639 173.6 1.4e-42
NP_002267 (OMIM: 148020) keratin, type I cytoskele ( 400) 1584 168.0 4.4e-41
NP_000214 (OMIM: 122100,601687) keratin, type I cy ( 494) 1551 164.9 4.6e-40
NP_000217 (OMIM: 144200,607606) keratin, type I cy ( 623) 1451 155.3 4.4e-37
NP_061889 (OMIM: 607742) keratin, type I cytoskele ( 525) 1438 154.0 9.4e-37
XP_016879788 (OMIM: 607742) PREDICTED: keratin, ty ( 494) 1415 151.7 4.2e-36
NP_853515 (OMIM: 616676) keratin, type I cytoskele ( 459) 1413 151.5 4.6e-36
NP_853513 (OMIM: 616677) keratin, type I cytoskele ( 464) 1384 148.7 3.3e-35
NP_853512 (OMIM: 616646,616760) keratin, type I cy ( 450) 1341 144.5 5.8e-34
XP_011522716 (OMIM: 616646,616760) PREDICTED: kera ( 448) 1337 144.1 7.5e-34
NP_003762 (OMIM: 604540) keratin, type I cuticular ( 467) 1337 144.1 7.7e-34
NP_002271 (OMIM: 602764) keratin, type I cuticular ( 455) 1308 141.3 5.4e-33
XP_011523096 (OMIM: 602764) PREDICTED: keratin, ty ( 455) 1308 141.3 5.4e-33
NP_061883 (OMIM: 608218) keratin, type I cytoskele ( 424) 1291 139.6 1.6e-32
NP_853517 (OMIM: 616675) keratin, type I cytoskele ( 468) 1289 139.5 2e-32
NP_002268 (OMIM: 601077) keratin, type I cuticular ( 416) 1238 134.5 5.6e-31
NP_004129 (OMIM: 602761) keratin, type I cuticular ( 404) 1230 133.7 9.4e-31
NP_002269 (OMIM: 602760) keratin, type I cuticular ( 448) 1227 133.4 1.2e-30
NP_002270 (OMIM: 602762) keratin, type I cuticular ( 404) 1222 132.9 1.6e-30
XP_006721802 (OMIM: 607742) PREDICTED: keratin, ty ( 427) 1205 131.3 5.2e-30
XP_011523095 (OMIM: 602763) PREDICTED: keratin, ty ( 412) 1201 130.9 6.7e-30
NP_066293 (OMIM: 602763) keratin, type I cuticular ( 436) 1201 130.9 6.9e-30
XP_011522762 (OMIM: 607742) PREDICTED: keratin, ty ( 422) 1195 130.3 1e-29
NP_954657 (OMIM: 148070) keratin, type I cytoskele ( 430) 1158 126.7 1.2e-28
NP_000215 (OMIM: 148070) keratin, type I cytoskele ( 430) 1158 126.7 1.2e-28
NP_872303 (OMIM: 616679) keratin, type I cytoskele ( 431) 1105 121.6 4.3e-27
XP_016879678 (OMIM: 616679) PREDICTED: keratin, ty ( 484) 1105 121.6 4.7e-27
NP_006762 (OMIM: 604542) keratin, type I cuticular ( 456) 1054 116.7 1.4e-25
NP_998821 (OMIM: 616678) keratin, type I cytoskele ( 491) 1053 116.6 1.6e-25
NP_003761 (OMIM: 604541) keratin, type I cuticular ( 449) 1034 114.7 5.3e-25
NP_056330 (OMIM: 606194) keratin, type I cytoskele ( 422) 1026 113.9 8.7e-25
XP_005257257 (OMIM: 606194) PREDICTED: keratin, ty ( 285) 748 86.8 8.8e-17
XP_011522897 (OMIM: 606194) PREDICTED: keratin, ty ( 285) 748 86.8 8.8e-17
NP_001269362 (OMIM: 606194) keratin, type I cytosk ( 285) 748 86.8 8.8e-17
NP_001124491 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillar ( 431) 692 81.5 4.9e-15
XP_016879940 (OMIM: 137780,203450) PREDICTED: glia ( 472) 692 81.6 5.2e-15
NP_002046 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillary a ( 432) 686 81.0 7.4e-15
NP_001229305 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillar ( 438) 685 80.9 7.9e-15
XP_011523088 (OMIM: 602761) PREDICTED: keratin, ty ( 245) 666 78.7 2e-14
NP_001918 (OMIM: 125660,181400,601419,602067,60476 ( 470) 672 79.7 2e-14
NP_004684 (OMIM: 609025,612318) keratin, type II c ( 551) 669 79.4 2.7e-14
>>NP_000517 (OMIM: 125595,131760,131800,131900,148066,16 (472 aa)
initn: 3021 init1: 3021 opt: 3021 Z-score: 1610.8 bits: 307.4 E(85289): 5.6e-83
Smith-Waterman score: 3021; 100.0% identity (100.0% similar) in 472 aa overlap (1-472:1-472)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MTTCSRQFTSSSSMKGSCGIGGGIGGGSSRISSVLAGGSCRAPSTYGGGLSVSSSRFSSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MTTCSRQFTSSSSMKGSCGIGGGIGGGSSRISSVLAGGSCRAPSTYGGGLSVSSSRFSSG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 GAYGLGGGYGGGFSSSSSSFGSGFGGGYGGGLGAGLGGGFGGGFAGGDGLLVGSEKVTMQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 GAYGLGGGYGGGFSSSSSSFGSGFGGGYGGGLGAGLGGGFGGGFAGGDGLLVGSEKVTMQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 NLNDRLASYLDKVRALEEANADLEVKIRDWYQRQRPAEIKDYSPYFKTIEDLRNKILTAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 NLNDRLASYLDKVRALEEANADLEVKIRDWYQRQRPAEIKDYSPYFKTIEDLRNKILTAT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 VDNANVLLQIDNARLAADDFRTKYETELNLRMSVEADINGLRRVLDELTLARADLEMQIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 VDNANVLLQIDNARLAADDFRTKYETELNLRMSVEADINGLRRVLDELTLARADLEMQIE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 SLKEELAYLKKNHEEEMNALRGQVGGDVNVEMDAAPGVDLSRILNEMRDQYEKMAEKNRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 SLKEELAYLKKNHEEEMNALRGQVGGDVNVEMDAAPGVDLSRILNEMRDQYEKMAEKNRK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 DAEEWFFTKTEELNREVATNSELVQSGKSEISELRRTMQNLEIELQSQLSMKASLENSLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 DAEEWFFTKTEELNREVATNSELVQSGKSEISELRRTMQNLEIELQSQLSMKASLENSLE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 ETKGRYCMQLAQIQEMIGSVEEQLAQLRCEMEQQNQEYKILLDVKTRLEQEIATYRRLLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 ETKGRYCMQLAQIQEMIGSVEEQLAQLRCEMEQQNQEYKILLDVKTRLEQEIATYRRLLE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KB5 GEDAHLSSSQFSSGSQSSRDVTSSSRQIRTKVMDVHDGKVVSTHEQVLRTKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 GEDAHLSSSQFSSGSQSSRDVTSSSRQIRTKVMDVHDGKVVSTHEQVLRTKN
430 440 450 460 470
>>NP_005548 (OMIM: 148067,167200,613000) keratin, type I (473 aa)
initn: 2065 init1: 2065 opt: 2553 Z-score: 1365.5 bits: 262.0 E(85289): 2.5e-69
Smith-Waterman score: 2553; 87.3% identity (95.2% similar) in 458 aa overlap (1-449:1-456)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MTTCSRQFTSSSSMKGSCGIGGGIGGGSSRISSVLAGGSCRAPSTYGGGLSVSSSRFSSG
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::
NP_005 MTTCSRQFTSSSSMKGSCGIGGGIGGGSSRISSVLAGGSCRAPSTYGGGLSVSS-RFSSG
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB5 GAYGLGGGYGGGFSSSSSSFGSGFGGGYGGGLGAGLGGG----FGGGFAGGDGLLVGSEK
:: ::::::::::::::: ::::::::::::::::.::: :::::::::::::::::
NP_005 GACGLGGGYGGGFSSSSS-FGSGFGGGYGGGLGAGFGGGLGAGFGGGFAGGDGLLVGSEK
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 VTMQNLNDRLASYLDKVRALEEANADLEVKIRDWYQRQRPAEIKDYSPYFKTIEDLRNKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::
NP_005 VTMQNLNDRLASYLDKVRALEEANADLEVKIRDWYQRQRPSEIKDYSPYFKTIEDLRNKI
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 LTATVDNANVLLQIDNARLAADDFRTKYETELNLRMSVEADINGLRRVLDELTLARADLE
..::..::. .:::::::::::::::::: :: ::..::::.::::::::::::::.:::
NP_005 IAATIENAQPILQIDNARLAADDFRTKYEHELALRQTVEADVNGLRRVLDELTLARTDLE
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 MQIESLKEELAYLKKNHEEEMNALRGQVGGDVNVEMDAAPGVDLSRILNEMRDQYEKMAE
::::.::::::::.::::::: :::::.::::::::::::::::::::::::::::.:::
NP_005 MQIEGLKEELAYLRKNHEEEMLALRGQTGGDVNVEMDAAPGVDLSRILNEMRDQYEQMAE
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 KNRKDAEEWFFTKTEELNREVATNSELVQSGKSEISELRRTMQNLEIELQSQLSMKASLE
:::.::: ::..::::::.:::.:::::::..::..::::..:.::::::::::::::::
NP_005 KNRRDAETWFLSKTEELNKEVASNSELVQSSRSEVTELRRVLQGLEIELQSQLSMKASLE
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 NSLEETKGRYCMQLAQIQEMIGSVEEQLAQLRCEMEQQNQEYKILLDVKTRLEQEIATYR
::::::::::::::.::: .::::::::::::::::::.:::.:::::::::::::::::
NP_005 NSLEETKGRYCMQLSQIQGLIGSVEEQLAQLRCEMEQQSQEYQILLDVKTRLEQEIATYR
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 RLLEGEDAHLSSSQFSSGSQSSRDV-----TSSSRQIRTKVMDVHDGKVVSTHEQVLRTK
::::::::::::.: :. : :::.: .::::: :
NP_005 RLLEGEDAHLSSQQASGQSYSSREVFTSSSSSSSRQTRPILKEQSSSSFSQGQSS
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 N
>>NP_000413 (OMIM: 148069,167210,184500) keratin, type I (432 aa)
initn: 2248 init1: 1867 opt: 1949 Z-score: 1049.5 bits: 203.4 E(85289): 1e-51
Smith-Waterman score: 2089; 74.5% identity (86.2% similar) in 470 aa overlap (1-470:1-430)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MTTCSRQFTSSSSMKGSCGIGGGIGGGSSRISSVLAGGSCRAPSTYGGGLSVSSSRFSSG
::: ::::::::.::: .:.:::::: : :: .:::...: :..:.
NP_000 MTTSIRQFTSSSSIKGS----SGLGGGSSRTS-------CR----LSGGLGAGSCRLGSA
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 GAYGLGGGYGGGFSSSSSSFGSGFGGGYGGGLGAGLGGGFGGGFAGGDGLLVGSEKVTMQ
: :::. ::. :: ::::: ::.:..:.: ::::.:.::.:::
NP_000 G--GLGSTLGGSSYSSCYSFGSG--------------GGYGSSFGGVDGLLAGGEKATMQ
50 60 70 80
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 NLNDRLASYLDKVRALEEANADLEVKIRDWYQRQRPAEIKDYSPYFKTIEDLRNKILTAT
::::::::::::::::::::..:::::::::::: :. .::: :..:::.:.:::::::
NP_000 NLNDRLASYLDKVRALEEANTELEVKIRDWYQRQAPGPARDYSQYYRTIEELQNKILTAT
90 100 110 120 130 140
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 VDNANVLLQIDNARLAADDFRTKYETELNLRMSVEADINGLRRVLDELTLARADLEMQIE
:::::.:::::::::::::::::.::: ::.::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 VDNANILLQIDNARLAADDFRTKFETEQALRLSVEADINGLRRVLDELTLARADLEMQIE
150 160 170 180 190 200
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 SLKEELAYLKKNHEEEMNALRGQVGGDVNVEMDAAPGVDLSRILNEMRDQYEKMAEKNRK
.:::::::::::::::::::::::::..::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 NLKEELAYLKKNHEEEMNALRGQVGGEINVEMDAAPGVDLSRILNEMRDQYEKMAEKNRK
210 220 230 240 250 260
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 DAEEWFFTKTEELNREVATNSELVQSGKSEISELRRTMQNLEIELQSQLSMKASLENSLE
:::.:::.::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::..:
NP_000 DAEDWFFSKTEELNREVATNSELVQSGKSEISELRRTMQALEIELQSQLSMKASLEGNLA
270 280 290 300 310 320
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 ETKGRYCMQLAQIQEMIGSVEEQLAQLRCEMEQQNQEYKILLDVKTRLEQEIATYRRLLE
::..:::.::.::: .::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 ETENRYCVQLSQIQGLIGSVEEQLAQLRCEMEQQNQEYKILLDVKTRLEQEIATYRRLLE
330 340 350 360 370 380
430 440 450 460 470
pF1KB5 GEDAHLSSSQFSSGSQSSRDVTSSSRQIRTKVMDVHDGKVVSTHEQVLRTKN
:::::: .:... . ::. ::.:: : .:.::::.:..::: .:
NP_000 GEDAHL--TQYKK-----EPVTT--RQVRTIVEEVQDGKVISSREQVHQTTR
390 400 410 420 430
>>NP_002266 (OMIM: 148030) keratin, type I cytoskeletal (456 aa)
initn: 1727 init1: 1335 opt: 1866 Z-score: 1005.8 bits: 195.4 E(85289): 2.8e-49
Smith-Waterman score: 1866; 65.9% identity (87.1% similar) in 449 aa overlap (25-466:14-454)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MTTCSRQFTSSSSMKGSCGIGGGIGGGSSRISSVLAGGSCRAPSTYGGG-----LSVSSS
::::.: .:.::::. . .. .:: .:.::.
NP_002 MTTTFLQTSSSTFGGGSTRGGSLLAGGGGFGGGSLSGGGGSRSISASSA
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 RFSSGGAYGLGGGYGGGFSSSSSSFGSGFGGGYGGGLGAGLGGGFGGGFAGGDG-LLVGS
:: :.:. :::::::. . ::.: :. .:::.:.:.::::::::.:::: :: :.
NP_002 RFVSSGS---GGGYGGGMRVCG--FGGGAGSVFGGGFGGGVGGGFGGGFGGGDGGLLSGN
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 EKVTMQNLNDRLASYLDKVRALEEANADLEVKIRDWYQRQRPAEIK-DYSPYFKTIEDLR
::.::::::::::::::::::::::::::::::.::::.: :. . ::: ::::::.::
NP_002 EKITMQNLNDRLASYLDKVRALEEANADLEVKIHDWYQKQTPTSPECDYSQYFKTIEELR
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 NKILTATVDNANVLLQIDNARLAADDFRTKYETELNLRMSVEADINGLRRVLDELTLARA
.::...:.::. :.:.:::::::::::: :::.:: ::..:::::::::::::::::::.
NP_002 DKIMATTIDNSRVILEIDNARLAADDFRLKYENELALRQGVEADINGLRRVLDELTLART
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 DLEMQIESLKEELAYLKKNHEEEMNALRGQVGGDVNVEMDAAPGVDLSRILNEMRDQYEK
:::::::.:.::::::::::::::. . .:..:.:::::::::::::.:.: :::.:::
NP_002 DLEMQIEGLNEELAYLKKNHEEEMKEFSSQLAGQVNVEMDAAPGVDLTRVLAEMREQYEA
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 MAEKNRKDAEEWFFTKTEELNREVATNSELVQSGKSEISELRRTMQNLEIELQSQLSMKA
::::::.:.: :::.::::::.:::.:.:..:..:.::..::::::.:::::::::::::
NP_002 MAEKNRRDVEAWFFSKTEELNKEVASNTEMIQTSKTEITDLRRTMQELEIELQSQLSMKA
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 SLENSLEETKGRYCMQLAQIQEMIGSVEEQLAQLRCEMEQQNQEYKILLDVKTRLEQEIA
.::::: ::. :: :: ::: .::..: ::..:::::: ::::::.:::.:::::::::
NP_002 GLENSLAETECRYATQLQQIQGLIGGLEAQLSELRCEMEAQNQEYKMLLDIKTRLEQEIA
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 TYRRLLEGEDAHLSSSQFSSGSQSSRDVTSSSRQIRTKVMDVHDGKVVSTHEQVLRTKN
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