Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5670
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5670, 925 aa
1>>>pF1KB5670 925 - 925 aa - 925 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2656+/-0.00114; mu= 16.3504+/- 0.068
mean_var=86.4085+/-16.713, 0's: 0 Z-trim(103.5): 49 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.137974
statistics sampled from 7434 (7456) to 7434 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.592), E-opt: 0.2 (0.229), width: 16
Scan time: 3.950
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS6526.1 DDX58 gene_id:23586|Hs108|chr9 ( 925) 6171 1239.3 0
CCDS11416.1 DHX58 gene_id:79132|Hs108|chr17 ( 678) 436 97.6 8.4e-20
CCDS81802.1 FANCM gene_id:57697|Hs108|chr14 ( 669) 363 83.1 2e-15
CCDS32070.1 FANCM gene_id:57697|Hs108|chr14 (2048) 363 83.3 5.2e-15
CCDS2217.1 IFIH1 gene_id:64135|Hs108|chr2 (1025) 313 73.2 2.8e-12
>>CCDS6526.1 DDX58 gene_id:23586|Hs108|chr9 (925 aa)
initn: 6171 init1: 6171 opt: 6171 Z-score: 6636.5 bits: 1239.3 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6171; 100.0% identity (100.0% similar) in 925 aa overlap (1-925:1-925)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MTTEQRRSLQAFQDYIRKTLDPTYILSYMAPWFREEEVQYIQAEKNNKGPMEAATLFLKF
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CCDS65 MTTEQRRSLQAFQDYIRKTLDPTYILSYMAPWFREEEVQYIQAEKNNKGPMEAATLFLKF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 LLELQEEGWFRGFLDALDHAGYSGLYEAIESWDFKKIEKLEEYRLLLKRLQPEFKTRIIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 LLELQEEGWFRGFLDALDHAGYSGLYEAIESWDFKKIEKLEEYRLLLKRLQPEFKTRIIP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 TDIISDLSECLINQECEEILQICSTKGMMAGAEKLVECLLRSDKENWPKTLKLALEKERN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 TDIISDLSECLINQECEEILQICSTKGMMAGAEKLVECLLRSDKENWPKTLKLALEKERN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 KFSELWIVEKGIKDVETEDLEDKMETSDIQIFYQEDPECQNLSENSCPPSEVSDTNLYSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 KFSELWIVEKGIKDVETEDLEDKMETSDIQIFYQEDPECQNLSENSCPPSEVSDTNLYSP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 FKPRNYQLELALPAMKGKNTIICAPTGCGKTFVSLLICEHHLKKFPQGQKGKVVFFANQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 FKPRNYQLELALPAMKGKNTIICAPTGCGKTFVSLLICEHHLKKFPQGQKGKVVFFANQI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 PVYEQQKSVFSKYFERHGYRVTGISGATAENVPVEQIVENNDIIILTPQILVNNLKKGTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 PVYEQQKSVFSKYFERHGYRVTGISGATAENVPVEQIVENNDIIILTPQILVNNLKKGTI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 PSLSIFTLMIFDECHNTSKQHPYNMIMFNYLDQKLGGSSGPLPQVIGLTASVGVGDAKNT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 PSLSIFTLMIFDECHNTSKQHPYNMIMFNYLDQKLGGSSGPLPQVIGLTASVGVGDAKNT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 DEALDYICKLCASLDASVIATVKHNLEELEQVVYKPQKFFRKVESRISDKFKYIIAQLMR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 DEALDYICKLCASLDASVIATVKHNLEELEQVVYKPQKFFRKVESRISDKFKYIIAQLMR
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 DTESLAKRICKDLENLSQIQNREFGTQKYEQWIVTVQKACMVFQMPDKDEESRICKALFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 DTESLAKRICKDLENLSQIQNREFGTQKYEQWIVTVQKACMVFQMPDKDEESRICKALFL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 YTSHLRKYNDALIISEHARMKDALDYLKDFFSNVRAAGFDEIEQDLTQRFEEKLQELESV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 YTSHLRKYNDALIISEHARMKDALDYLKDFFSNVRAAGFDEIEQDLTQRFEEKLQELESV
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 SRDPSNENPKLEDLCFILQEEYHLNPETITILFVKTRALVDALKNWIEGNPKLSFLKPGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 SRDPSNENPKLEDLCFILQEEYHLNPETITILFVKTRALVDALKNWIEGNPKLSFLKPGI
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB5 LTGRGKTNQNTGMTLPAQKCILDAFKASGDHNILIATSVADEGIDIAQCNLVILYEYVGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 LTGRGKTNQNTGMTLPAQKCILDAFKASGDHNILIATSVADEGIDIAQCNLVILYEYVGN
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB5 VIKMIQTRGRGRARGSKCFLLTSNAGVIEKEQINMYKEKMMNDSILRLQTWDEAVFREKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 VIKMIQTRGRGRARGSKCFLLTSNAGVIEKEQINMYKEKMMNDSILRLQTWDEAVFREKI
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB5 LHIQTHEKFIRDSQEKPKPVPDKENKKLLCRKCKALACYTADVRVIEECHYTVLGDAFKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 LHIQTHEKFIRDSQEKPKPVPDKENKKLLCRKCKALACYTADVRVIEECHYTVLGDAFKE
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB5 CFVSRPHPKPKQFSSFEKRAKIFCARQNCSHDWGIHVKYKTFEIPVIKIESFVVEDIATG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 CFVSRPHPKPKQFSSFEKRAKIFCARQNCSHDWGIHVKYKTFEIPVIKIESFVVEDIATG
850 860 870 880 890 900
910 920
pF1KB5 VQTLYSKWKDFHFEKIPFDPAEMSK
:::::::::::::::::::::::::
CCDS65 VQTLYSKWKDFHFEKIPFDPAEMSK
910 920
>>CCDS11416.1 DHX58 gene_id:79132|Hs108|chr17 (678 aa)
initn: 820 init1: 180 opt: 436 Z-score: 469.0 bits: 97.6 E(32554): 8.4e-20
Smith-Waterman score: 1072; 32.2% identity (61.9% similar) in 693 aa overlap (244-919:4-663)
220 230 240 250 260 270
pF1KB5 QEDPECQNLSENSCPPSEVSDTNLYSPFKPRNYQLELALPAMKGKNTIICAPTGCGKTFV
:.:: :. .::..::: :: ::: ::: .
CCDS11 MELRSYQWEVIMPALEGKNIIIWLPTGAGKTRA
10 20 30
280 290 300 310 320 330
pF1KB5 SLLICEHHLKKFPQGQKGKVVFFANQIPVYEQQKSVFSKYFERHGYRVTGISGATAENVP
. . ..::. .: .::: ..:.. . :. : .... . . :: .:: . .
CCDS11 AAYVAKRHLETV-DG--AKVVVLVNRVHLVTQHGEEFRRMLDGR-WTVTTLSGDMGPRAG
40 50 60 70 80
340 350 360 370 380 390
pF1KB5 VEQIVENNDIIILTPQILVNNLKKGTIPS---LSIFTLMIFDECHNTSKQHPYNMIMFNY
.... .:..: : ..: : . :..:.:.. ::::.: :. ::.:: .:
CCDS11 FGHLARCHDLLICTAELLQMALTSPEEEEHVELTVFSLIVVDECHHTHKDTVYNVIMSQY
90 100 110 120 130 140
400 410 420 430 440 450
pF1KB5 LDQKLGGSSGPLPQVIGLTASVGVGDAKNTDEALDYICKLCASLDASVIATVKHNLEELE
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CCDS11 LELKLQ-RAQPLPQVLGLTASPGTGGASKLDGAINHVLQLCANLDTWCIMSPQNCCPQLQ
150 160 170 180 190 200
460 470 480 490 500 510
pF1KB5 QVVYKPQKFFRKVESRISDKFKYIIAQLMRDTESLAKRICKDLENLSQIQNREFGTQKYE
. .: : . . : .: : .. .:: .: :: . .. .:.:::: ::
CCDS11 EHSQQPCKQYNLCHRRSQDPFGDLLKKLM-------DQIHDHLE-MPEL-SRKFGTQMYE
210 220 230 240 250
520 530 540 550 560 570
pF1KB5 QWIVTVQKACMVFQMPDKDEESRICKALFLYTSHLRKYNDALIISEHARMKDALDYLKDF
: .: ...: . . .:.:. :. :::.:::::.: . .: ::: :.::
CCDS11 QQVVKLSEAAALAGL----QEQRV------YALHLRRYNDALLIHDTVRAVDALAALQDF
260 270 280 290 300
580 590 600 610 620
pF1KB5 FS--NVRAAGFDEIEQDLTQRFEEKLQELESVSRDPSNENPKLEDLCFILQEEYHLNPET
. .: . . :. : :... .:: .. . :::::: : :::... .
CCDS11 YHREHVTKTQILCAERRLLALFDDRKNELAHLATH-GPENPKLEMLEKILQRQFSSSNSP
310 320 330 340 350 360
630 640 650 660 670 680
pF1KB5 ITILFVKTRALVDALKNWIEGNPKLSF--LKPGILTGRGKTNQNTGMTLPAQKCILDAFK
:.:..:: . .: :.. . :. .. .: : :...:.: :: :. ... :.
CCDS11 RGIIFTRTRQSAHSLLLWLQQQQGLQTVDIRAQLLIGAGNSSQSTHMTQRDQQEVIQKFQ
370 380 390 400 410 420
690 700 710 720 730 740
pF1KB5 ASGDHNILIATSVADEGIDIAQCNLVILYEYVGNVIKMIQTRGRGRARGS-KCFLLTSNA
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CCDS11 -DGTLNLLVATSVAEEGLDIPHCNVVVRYGLLTNEISMVQARGRARADQSVYAFVATEGS
430 440 450 460 470 480
750 760 770 780 790
pF1KB5 GVIEKEQINMYKEKMMNDSILRLQTWDEAVFREKILHIQ-------THEKFIRDSQEKPK
...: :: : .:.... .: :.: .. :: .: . . :..:..
CCDS11 RELKRELINEALETLMEQAVAAVQKMDQAEYQAKIRDLQQAALTKRAAQAAQRENQRQQF
490 500 510 520 530 540
800 810 820 830 840 850
pF1KB5 PVPDKENKKLLCRKCKALACYTADVRVIEECHYTVLGDAFKECF-VSR-PHPKPKQFSSF
:: :. .::: .: . . . .:.: .: :.. .. :.. . ::: : : :...
CCDS11 PV---EHVQLLCINCMVAVGHGSDLRKVEGTHHVNVNPNFSNYYNVSRDPVVINKVFKDW
550 560 570 580 590 600
860 870 880 890 900 910
pF1KB5 EKRAKIFCARQNCSHDWGIHVKYKTFEIPVIKIESFVVEDIATGVQTLYSKWKDFHFEKI
. . : : .::.. ::... ::. ..::.:..:...: .:. .::. :
CCDS11 KPGGVISC--RNCGEVWGLQMIYKSVKLPVLKVRSMLLETPQGRIQA--KKWSRVPFSVP
610 620 630 640 650 660
920
pF1KB5 PFDPAEMSK
::
CCDS11 DFDFLQHCAENLSDLSLD
670
>>CCDS81802.1 FANCM gene_id:57697|Hs108|chr14 (669 aa)
initn: 303 init1: 111 opt: 363 Z-score: 390.6 bits: 83.1 E(32554): 2e-15
Smith-Waterman score: 403; 23.1% identity (55.6% similar) in 649 aa overlap (201-808:47-637)
180 190 200 210 220
pF1KB5 LKLALEKERNKFSELWIVEKGIKDVETEDLEDKMETSD-IQIFYQEDPECQNLSENSCPP
: ..:..: . . . : : ::.
CCDS81 SRSSGTPGCSSGTERPQSPGSSKAPLPAAAEAQLESDDDVLLVAAYEAERQLCLENGGFC
20 30 40 50 60 70
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 SEVSDTNLYSPFKP-RNYQLELALPAMKGKNTIICAPTGCGKTFVSLLICEHHLKKFPQG
. .. .: : :.:::... :. ::..: ::: ::::.. .. . . ::.
CCDS81 TSAGALWIYPTNCPVRDYQLHISRAALFC-NTLVCLPTGLGKTFIAAVVMYNFYRWFPS-
80 90 100 110 120 130
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 QKGKVVFFANQIPVYEQQKSVFSKYF---ERHGYRVTGISGATAENVPVEQIVENNDIII
:::::.: :. :: . . . . : ..:: . :... ..: .. ...
CCDS81 --GKVVFMAPTKPLVTQQIEACYQVMGIPQSHMAEMTGSTQASTR----KEIWCSKRVLF
140 150 160 170 180
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 LTPQILVNNLKKGTIPSLSIFTLMIFDECHNTSKQHPYNMIMFNYLDQKLGGSSGPLPQV
::::..::.:..:. :. : :.: :: :.. .. : ... ..: .. . ..
CCDS81 LTPQVMVNDLSRGACPAAEIKCLVI-DEAHKALGNYAYCQVV-----RELVKYTNHF-RI
190 200 210 220 230 240
410 420 430 440 450 460
pF1KB5 IGLTASVGVGDAKNTDEALD--YICKL-CASLDASVIATVKHNLEELEQVVYKPQKFFRK
..:.:. : .: : ..... : .. : :. : : .:. ...:... : . .
CCDS81 LALSATPG-SDIKAVQQVITNLLIGQIELRSEDSPDILTYSHE-RKVEKLIV-P---LGE
250 260 270 280 290
470 480 490 500 510
pF1KB5 VESRISDKFKYIIAQLMRDTESLAKR---ICKDLENLSQIQ---NREFGTQKYEQWIVTV
. :. . :. .. : :: .: . .:. ::.. : :. .. :: .
CCDS81 ELAAIQKTYIQILESFAR---SLIQRNVLMRRDIPNLTKYQIILARDQFRKNPSPNIVGI
300 310 320 330 340 350
520 530 540 550 560
pF1KB5 QKA--------CMVFQMPDKDEESRICKALFLYTSHLRKYNDALIIS--EHARMKDAL--
:.. :. . . .. ..:... . . .. : : .: .: .
CCDS81 QQGIIEGEFAICISLYHGYELLQQMGMRSLYFFLCGIMDGTKGMTRSKNELGRNEDFMKL
360 370 380 390 400 410
570 580 590 600 610
pF1KB5 -DYLKDFFSNVR---AAGFDEIEQ-DLTQRF---EEKLQELESV------SRDPSNENPK
..:. .:. .: : :.. :.: : ...: . ::..:: : : . : . :
CCDS81 YNHLECMFARTRSTSANGISAIQQGDKNKKFVYSHPKLKKLEEVVIEHFKSWNAENTTEK
420 430 440 450 460 470
620 630 640 650 660 670
pF1KB5 LEDLCFILQEEYHLNPETITILFVKTRALVDALKNWIEGNPKLSFLKPGILTGRGKTNQN
.: :: ...: . : :. . . . . . .. ..:... ...
CCDS81 KRD-------------ETRVMIFSSFRDSVQEIAEMLSQHQPI--IRVMTFVGHASGKST
480 490 500 510
680 690 700 710 720 730
pF1KB5 TGMTLPAQKCILDAFKASGDHNILIATSVADEGIDIAQCNLVILYEYVGNVIKMIQTRGR
:.: : .. :. .: .: :..: :..::.::.. .:.: .. . :...: ::
CCDS81 KGFTQKEQLEVVKQFR-DGGYNTLVSTCVGEEGLDIGEVDLIICFDSQKSPIRLVQRMGR
520 530 540 550 560 570
740 750 760 770 780
pF1KB5 -GRARGSKCFLLTSNAGVIEKEQINMYKEKMMNDSILRLQTWDEAVFREKILHIQTHEKF
:: : .. .. :.. .:...:.: :. ..... :.....
CCDS81 TGRKRQGRIVIILSEG----------REERIYNQS----QSNKRSIYKA----ISSNRQV
580 590 600 610
790 800 810 820 830 840
pF1KB5 IRDSQEKPKPVPDKENKKLLCRKCKALACYTADVRVIEECHYTVLGDAFKECFVSRPHPK
.. :..:. ::: : ::
CCDS81 LHFYQRSPRMVPDGINPKLHKMFITHGVYEPEKPSRNLQRKSSIFSYRDGK
620 630 640 650 660
>>CCDS32070.1 FANCM gene_id:57697|Hs108|chr14 (2048 aa)
initn: 169 init1: 108 opt: 363 Z-score: 383.0 bits: 83.3 E(32554): 5.2e-15
Smith-Waterman score: 403; 23.1% identity (55.6% similar) in 649 aa overlap (201-808:47-637)
180 190 200 210 220
pF1KB5 LKLALEKERNKFSELWIVEKGIKDVETEDLEDKMETSD-IQIFYQEDPECQNLSENSCPP
: ..:..: . . . : : ::.
CCDS32 SRSSGTPGCSSGTERPQSPGSSKAPLPAAAEAQLESDDDVLLVAAYEAERQLCLENGGFC
20 30 40 50 60 70
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 SEVSDTNLYSPFKP-RNYQLELALPAMKGKNTIICAPTGCGKTFVSLLICEHHLKKFPQG
. .. .: : :.:::... :. ::..: ::: ::::.. .. . . ::.
CCDS32 TSAGALWIYPTNCPVRDYQLHISRAALFC-NTLVCLPTGLGKTFIAAVVMYNFYRWFPS-
80 90 100 110 120 130
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 QKGKVVFFANQIPVYEQQKSVFSKYF---ERHGYRVTGISGATAENVPVEQIVENNDIII
:::::.: :. :: . . . . : ..:: . :... ..: .. ...
CCDS32 --GKVVFMAPTKPLVTQQIEACYQVMGIPQSHMAEMTGSTQASTR----KEIWCSKRVLF
140 150 160 170 180
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 LTPQILVNNLKKGTIPSLSIFTLMIFDECHNTSKQHPYNMIMFNYLDQKLGGSSGPLPQV
::::..::.:..:. :. : :.: :: :.. .. : ... ..: .. . ..
CCDS32 LTPQVMVNDLSRGACPAAEIKCLVI-DEAHKALGNYAYCQVV-----RELVKYTNHF-RI
190 200 210 220 230 240
410 420 430 440 450 460
pF1KB5 IGLTASVGVGDAKNTDEALD--YICKL-CASLDASVIATVKHNLEELEQVVYKPQKFFRK
..:.:. : .: : ..... : .. : :. : : .:. ...:... : . .
CCDS32 LALSATPG-SDIKAVQQVITNLLIGQIELRSEDSPDILTYSHE-RKVEKLIV-P---LGE
250 260 270 280 290
470 480 490 500 510
pF1KB5 VESRISDKFKYIIAQLMRDTESLAKR---ICKDLENLSQIQ---NREFGTQKYEQWIVTV
. :. . :. .. : :: .: . .:. ::.. : :. .. :: .
CCDS32 ELAAIQKTYIQILESFAR---SLIQRNVLMRRDIPNLTKYQIILARDQFRKNPSPNIVGI
300 310 320 330 340 350
520 530 540 550 560
pF1KB5 QKA--------CMVFQMPDKDEESRICKALFLYTSHLRKYNDALIIS--EHARMKDAL--
:.. :. . . .. ..:... . . .. : : .: .: .
CCDS32 QQGIIEGEFAICISLYHGYELLQQMGMRSLYFFLCGIMDGTKGMTRSKNELGRNEDFMKL
360 370 380 390 400 410
570 580 590 600 610
pF1KB5 -DYLKDFFSNVR---AAGFDEIEQ-DLTQRF---EEKLQELESV------SRDPSNENPK
..:. .:. .: : :.. :.: : ...: . ::..:: : : . : . :
CCDS32 YNHLECMFARTRSTSANGISAIQQGDKNKKFVYSHPKLKKLEEVVIEHFKSWNAENTTEK
420 430 440 450 460 470
620 630 640 650 660 670
pF1KB5 LEDLCFILQEEYHLNPETITILFVKTRALVDALKNWIEGNPKLSFLKPGILTGRGKTNQN
.: :: ...: . : :. . . . . . .. ..:... ...
CCDS32 KRD-------------ETRVMIFSSFRDSVQEIAEMLSQHQPI--IRVMTFVGHASGKST
480 490 500 510
680 690 700 710 720 730
pF1KB5 TGMTLPAQKCILDAFKASGDHNILIATSVADEGIDIAQCNLVILYEYVGNVIKMIQTRGR
:.: : .. :. .: .: :..: :..::.::.. .:.: .. . :...: ::
CCDS32 KGFTQKEQLEVVKQFR-DGGYNTLVSTCVGEEGLDIGEVDLIICFDSQKSPIRLVQRMGR
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