Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5633
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5633, 522 aa
1>>>pF1KB5633 522 - 522 aa - 522 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.0654+/-0.00122; mu= 6.0638+/- 0.072
mean_var=213.0769+/-47.458, 0's: 0 Z-trim(107.6): 86 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.087863
statistics sampled from 9635 (9690) to 9635 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.657), E-opt: 0.2 (0.298), width: 16
Scan time: 3.080
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7901.1 TRAF6 gene_id:7189|Hs108|chr11 ( 522) 3654 476.6 2.9e-134
CCDS11243.1 TRAF4 gene_id:9618|Hs108|chr17 ( 470) 641 94.7 2.5e-19
CCDS55946.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14 ( 485) 625 92.7 1.1e-18
CCDS9975.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14 ( 568) 504 77.4 4.9e-14
CCDS1497.1 TRAF5 gene_id:7188|Hs108|chr1 ( 557) 498 76.6 8.1e-14
>>CCDS7901.1 TRAF6 gene_id:7189|Hs108|chr11 (522 aa)
initn: 3654 init1: 3654 opt: 3654 Z-score: 2523.9 bits: 476.6 E(32554): 2.9e-134
Smith-Waterman score: 3654; 100.0% identity (100.0% similar) in 522 aa overlap (1-522:1-522)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MSLLNCENSCGSSQSESDCCVAMASSCSAVTKDDSVGGTASTGNLSSSFMEEIQGYDVEF
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CCDS79 MSLLNCENSCGSSQSESDCCVAMASSCSAVTKDDSVGGTASTGNLSSSFMEEIQGYDVEF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 DPPLESKYECPICLMALREAVQTPCGHRFCKACIIKSIRDAGHKCPVDNEILLENQLFPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 DPPLESKYECPICLMALREAVQTPCGHRFCKACIIKSIRDAGHKCPVDNEILLENQLFPD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 NFAKREILSLMVKCPNEGCLHKMELRHLEDHQAHCEFALMDCPQCQRPFQKFHINIHILK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 NFAKREILSLMVKCPNEGCLHKMELRHLEDHQAHCEFALMDCPQCQRPFQKFHINIHILK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 DCPRRQVSCDNCAASMAFEDKEIHDQNCPLANVICEYCNTILIREQMPNHYDLDCPTAPI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 DCPRRQVSCDNCAASMAFEDKEIHDQNCPLANVICEYCNTILIREQMPNHYDLDCPTAPI
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 PCTFSTFGCHEKMQRNHLARHLQENTQSHMRMLAQAVHSLSVIPDSGYISEVRNFQETIH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 PCTFSTFGCHEKMQRNHLARHLQENTQSHMRMLAQAVHSLSVIPDSGYISEVRNFQETIH
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 QLEGRLVRQDHQIRELTAKMETQSMYVSELKRTIRTLEDKVAEIEAQQCNGIYIWKIGNF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 QLEGRLVRQDHQIRELTAKMETQSMYVSELKRTIRTLEDKVAEIEAQQCNGIYIWKIGNF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 GMHLKCQEEEKPVVIHSPGFYTGKPGYKLCMRLHLQLPTAQRCANYISLFVHTMQGEYDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 GMHLKCQEEEKPVVIHSPGFYTGKPGYKLCMRLHLQLPTAQRCANYISLFVHTMQGEYDS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 HLPWPFQGTIRLTILDQSEAPVRQNHEEIMDAKPELLAFQRPTIPRNPKGFGYVTFMHLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 HLPWPFQGTIRLTILDQSEAPVRQNHEEIMDAKPELLAFQRPTIPRNPKGFGYVTFMHLE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520
pF1KB5 ALRQRTFIKDDTLLVRCEVSTRFDMGSLRREGFQPRSTDAGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 ALRQRTFIKDDTLLVRCEVSTRFDMGSLRREGFQPRSTDAGV
490 500 510 520
>>CCDS11243.1 TRAF4 gene_id:9618|Hs108|chr17 (470 aa)
initn: 749 init1: 143 opt: 641 Z-score: 460.4 bits: 94.7 E(32554): 2.5e-19
Smith-Waterman score: 746; 26.7% identity (57.8% similar) in 469 aa overlap (53-499:1-462)
30 40 50 60 70 80
pF1KB5 MASSCSAVTKDDSVGGTASTGNLSSSFMEEIQGYDVEFDPPLESKYECPICLMALREAVQ
. :.: .: . . ::.: .:: ::
CCDS11 MPGFDYKFLEKPKRRLLCPLCGKPMREPVQ
10 20 30
90 100 110 120 130
pF1KB5 -TPCGHRFCKACIIKSIRDAGHKCPVDNEILLENQLFPDNFAKREILSLMVKC--PNEGC
. :::::: .:. . . .. ::: :. : ...:: . ..:.: ..: .:::
CCDS11 VSTCGHRFCDTCLQEFLSEGVFKCPEDQLPLDYAKIYPDPELEVQVLGLPIRCIHSEEGC
40 50 60 70 80 90
140 150 160 170 180 190
pF1KB5 LHKMELRHLEDHQAHCEFALMDCP-QCQRPFQKFHINIHILKDCPRRQVSCDNCAASMAF
. ::::. : : : .. :: .: ... . :. .:::.:...:. :. ...
CCDS11 RWSGPLRHLQGHLNTCSFNVIPCPNRCPMKLSRRDLPAHLQHDCPKRRLKCEFCGCDFSG
100 110 120 130 140 150
200 210 220 230 240 250
pF1KB5 EDKEIHDQNCPLANVICEY-CNTILIREQMPNHYDLDCPTAPIPCTFSTFGCHEKMQRNH
: : :. :: .: :: :.. ..:. . .: .:: :::. : ... .
CCDS11 EAYESHEGMCPQESVYCENKCGARMMRRLLAQHATSECPKRTQPCTY----CTKEFVFDT
160 170 180 190 200
260 270 280 290 300
pF1KB5 LARHLQENTQSHMRMLAQ-AVHSLSVIPDSGYISEVRN-------FQET--IHQLEGRLV
. : . . . : .: ... :.... : :... :. .:.
CCDS11 IQSHQYQCPRLPVACPNQCGVGTVAREDLPGHLKDSCNTALVLCPFKDSGCKHRCP-KLA
210 220 230 240 250 260
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 RQDHQIRELTAKMETQSMYVSELKRTIRTLEDKVAEIEAQQCNGIYIWKIGNFGMHLKCQ
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CCDS11 MARHVEESVKPHLAMMCALVSRQRQELQELRRELEELSVGS-DGVLIWKIGSYGRRLQEA
270 280 290 300 310 320
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 EEEKPVVIHSPGFYTGKPGYKLCMRLHLQLPTAQRCANYISLFVHTMQGEYDSHLPWPFQ
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CCDS11 KAKPNLECFSPAFYTHKYGYKLQVSAFLN-GNGSGEGTHLSLYIRVLPGAFDNLLEWPFA
330 340 350 360 370 380
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 GTIRLTILDQSEAPVR--QNHEEIMDAKPELLAFQRP-----TIPRNPKGFGYVTFMHLE
. ...::::. . :. : . :. ::.: .. .. :::: :. .
CCDS11 RRVTFSLLDQSDPGLAKPQHVTETFHPDPNWKNFQKPGTWRGSLDESSLGFGYPKFISHQ
390 400 410 420 430 440
490 500 510 520
pF1KB5 ALRQRTFIKDDTLLVRCEVSTRFDMGSLRREGFQPRSTDAGV
.:.:....::....: :
CCDS11 DIRKRNYVRDDAVFIRAAVELPRKILS
450 460 470
>>CCDS55946.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14 (485 aa)
initn: 506 init1: 242 opt: 625 Z-score: 449.3 bits: 92.7 E(32554): 1.1e-18
Smith-Waterman score: 645; 28.7% identity (58.7% similar) in 470 aa overlap (49-501:32-479)
20 30 40 50 60 70
pF1KB5 CCVAMASSCSAVTKDDSVGGTASTGNLSSSFMEEIQGYDVEFDPPLESKYECPICLMALR
:. : :: .: .:.::.: : ..:
CCDS55 ESSKKMDSPGALQTNPPLKLHTDRSAGTPVFVPEQGGYKEKFVKTVEDKYKCEKCHLVLC
10 20 30 40 50 60
80 90 100 110 120 130
pF1KB5 EAVQTPCGHRFCKACIIKSIRDAGHKCPVDNEILLENQLFPDNFAKREILSLMVKCPNE-
:: ::::::..:. . ... :: . .: ......: :: :::::.:.. : ::
CCDS55 SPKQTECGHRFCESCMAALLSSSSPKCTACQESIVKDKVFKDNCCKREILALQIYCRNES
70 80 90 100 110 120
140 150 160 170 180 190
pF1KB5 -GCLHKMELRHLEDH-QAHCEFALMDC--PQCQRPFQKFHINIHILKDCPRRQVSCDNCA
:: ... : :: : . :.: . : :.:.. . . :. : : :...:..:
CCDS55 RGCAEQLMLGHLLVHLKNDCHFEELPCVRPDCKEKVLRKDLRDHVEKACKYREATCSHCK
130 140 150 160 170 180
200 210 220 230 240 250
pF1KB5 ASMAFEDKEIHDQNCPLANVICEYCNTILIREQMPNHYDLDCPTAPIPCTFSTFGCHEK-
... . : : : : : ..: ... :. :.: ..:
CCDS55 SQVPM----IALQVSLLQNESVEKNKSI---QSLHNQI----------CSFEIEIERQKE
190 200 210 220
260 270 280 290 300
pF1KB5 MQRNHLAR--HLQENTQSH---MRMLAQAVHSLSVIPD--SGYISEVRNFQETIHQLEGR
: ::. .. :::. .:. .. : . .. . . ... : :...:. . .::.
CCDS55 MLRNNESKILHLQRVIDSQAEKLKELDKEIRPFRQNWEEADSMKSSVESLQNRVTELES-
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 LVRQDHQIRELTAKMETQ-SMYVSELK-RTIRT--LEDKVAEIEAQQCNGIYIWKIGNFG
. .. :. . :. .:.: : . . :. . :: .. . .:. . ::. :::: ..
CCDS55 VDKSAGQVARNTGLLESQLSRHDQMLSVHDIRLADMDLRFQVLETASYNGVLIWKIRDYK
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 MHLKCQEEEKPVVIHSPGFYTGKPGYKLCMRLHLQLPTAQRCANYISLFVHTMQGEYDSH
. . : . ..: :::: :::.: :..:. . ....::: :.::::.
CCDS55 RRKQEAVMGKTLSLYSQPFYTGYFGYKMCARVYLNGDGMGK-GTHLSLFFVIMRGEYDAL
350 360 370 380 390 400
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 LPWPFQGTIRLTILDQSEAPVRQNHEEIMDAKPELLAFQRPTIPRNPKGFGYVTFMHLEA
:::::. . : ..::. . :.. . . :. .:..:: : . : .:. .
CCDS55 LPWPFKQKVTLMLMDQGSS--RRHLGDAFKPDPNSSSFKKPTGEMNIAS-GCPVFVAQTV
410 420 430 440 450
490 500 510 520
pF1KB5 LRQRTFIKDDTLLVRCEVSTRFDMGSLRREGFQPRSTDAGV
:.. :.:::::.... :.:
CCDS55 LENGTYIKDDTIFIKVIVDTSDLPDP
460 470 480
>>CCDS9975.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14 (568 aa)
initn: 506 init1: 242 opt: 504 Z-score: 365.5 bits: 77.4 E(32554): 4.9e-14
Smith-Waterman score: 638; 26.3% identity (54.2% similar) in 498 aa overlap (49-463:32-525)
20 30 40 50 60 70
pF1KB5 CCVAMASSCSAVTKDDSVGGTASTGNLSSSFMEEIQGYDVEFDPPLESKYECPICLMALR
:. : :: .: .:.::.: : ..:
CCDS99 ESSKKMDSPGALQTNPPLKLHTDRSAGTPVFVPEQGGYKEKFVKTVEDKYKCEKCHLVLC
10 20 30 40 50 60
80 90 100 110 120 130
pF1KB5 EAVQTPCGHRFCKACIIKSIRDAGHKCPVDNEILLENQLFPDNFAKREILSLMVKCPNE-
:: ::::::..:. . ... :: . .: ......: :: :::::.:.. : ::
CCDS99 SPKQTECGHRFCESCMAALLSSSSPKCTACQESIVKDKVFKDNCCKREILALQIYCRNES
70 80 90 100 110 120
140 150 160 170 180 190
pF1KB5 -GCLHKMELRHLEDH-QAHCEFALMDC--PQCQRPFQKFHINIHILKDCPRRQVSCDNCA
:: ... : :: : . :.: . : :.:.. . . :. : : :...:..:
CCDS99 RGCAEQLMLGHLLVHLKNDCHFEELPCVRPDCKEKVLRKDLRDHVEKACKYREATCSHCK
130 140 150 160 170 180
200 210 220 230 240 250
pF1KB5 ASMAFEDKEIH-DQNCPLANVICEY-CNT-ILIREQMPNHYDLDCPTAPIPCTFSTFGCH
... . . : : .:: . : : . :.. :.: .. : . .: .:: :.:. .::
CCDS99 SQVPMIALQKHEDTDCPCVVVSCPHKCSVQTLLRSELSAHLS-ECVNAPSTCSFKRYGCV
190 200 210 220 230 240
260 270 280 290 300
pF1KB5 EKMQRNHLARHLQENTQSHMRMLAQAVHSL----SVIPDSGYISE--VRNFQETIHQLEG
. ... : .. .:. .: . .:: :.. . . .. ...... : ..:
CCDS99 FQGTNQQIKAHEASSAVQHVNLLKEWSNSLEKKVSLLQNESVEKNKSIQSLHNQICSFEI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340
pF1KB5 RLVRQDHQIRELTAKM-------ETQSMYVSELKRTIR-----------------TLEDK
.. :: ...:. .:. ..:. ..:: . :: .:...
CCDS99 EIERQKEMLRNNESKILHLQRVIDSQAEKLKELDKEIRPFRQNWEEADSMKSSVESLQNR
310 320 330 340 350 360
350
pF1KB5 VAEIE-----AQQC----------------------------------------NGIYIW
:.:.: : : ::. ::
CCDS99 VTELESVDKSAGQVARNTGLLESQLSRHDQMLSVHDIRLADMDLRFQVLETASYNGVLIW
370 380 390 400 410 420
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 KIGNFGMHLKCQEEEKPVVIHSPGFYTGKPGYKLCMRLHLQLPTAQRCANYISLFVHTMQ
:: .. . . : . ..: :::: :::.: :..:. . ....::: :.
CCDS99 KIRDYKRRKQEAVMGKTLSLYSQPFYTGYFGYKMCARVYLNGDGMGK-GTHLSLFFVIMR
430 440 450 460 470
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 GEYDSHLPWPFQGTIRLTILDQSEAPVRQNHEEIMDAKPELLAFQRPTIPRNPKGFGYVT
::::. :::::. . : ..::. . :.. . . :. .:..::
CCDS99 GEYDALLPWPFKQKVTLMLMDQGSS--RRHLGDAFKPDPNSSSFKKPTGEMNIASGCPVF
480 490 500 510 520 530
480 490 500 510 520
pF1KB5 FMHLEALRQRTFIKDDTLLVRCEVSTRFDMGSLRREGFQPRSTDAGV
CCDS99 VAQTVLENGTYIKDDTIFIKVIVDTSDLPDP
540 550 560
>>CCDS1497.1 TRAF5 gene_id:7188|Hs108|chr1 (557 aa)
initn: 527 init1: 131 opt: 498 Z-score: 361.5 bits: 76.6 E(32554): 8.1e-14
Smith-Waterman score: 636; 28.6% identity (53.1% similar) in 503 aa overlap (41-462:18-511)
20 30 40 50 60
pF1KB5 GSSQSESDCCVAMASSCSAVTKDDSVGGTASTGN-LSSSFMEEIQGYDVEFDPPLESKYE
..:: .: .: : . .: :: .:.
CCDS14 MAYSEEHKGMPCGFIRQNSGNSISLDFEPSI---EYQFVERLEERYK
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 CPICLMALREAVQTPCGHRFCKACIIKSIRDAGHK--CPVDNEILLENQLFPDNFAKREI
: .: .:.. :: ::::::. ::. :.:. . ::::.:.. ...: :: :::.
CCDS14 CAFCHSVLHNPHQTGCGHRFCQHCIL-SLRELNTVPICPVDKEVIKSQEVFKDNCCKREV
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 LSLMVKCPNE-GCLHKMELRHLEDHQAHCEFALMDCP--QCQRPFQKFHINIHILKDCPR
:.:.: : : :: :. : . .:: .: : ..: .:..: . .. :. .:
CCDS14 LNLYVYCSNAPGCNAKVILGRYQDHLQQCLFQPVQCSNEKCREPVLRKDLKEHLSASCQF
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 RQVSCDNCAASMAFEDKEIHDQN-CPLANVIC-EYCNTILIREQMPNHYDLDCPTAPIPC
:. .: : ... . . :..: :: :.: . : :... .. .: . :: : :
CCDS14 RKEKCLYCKKDVVVINLQNHEENLCPEYPVFCPNNCAKIILKTEVDEHLAV-CPEAEQDC
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290
pF1KB5 TFSTFGCHEKMQRNHLARHLQENTQSHMRM-LAQAVHSLSVIPD-----SGYISEVRNFQ
:. .:: .: .: .: . . :::. : . :. : : :.....
CCDS14 PFKHYGCAVTDKRRNLQQHEHSALREHMRLVLEKNVQLEEQISDLHKSLEQKESKIQQLA
230 240 250 260 270 280
300 310 320
pF1KB5 ETIHQLE----------GR--------------------LVRQDHQIRELTAKMETQ---
:::..:: :. : : ::. ... .....
CCDS14 ETIKKLEKEFKQFAQLFGKNGSFLPNIQVFASHIDKSAWLEAQVHQLLQMVNQQQNKFDL
290 300 310 320 330 340
330 340
pF1KB5 ---SMYVSELKRTIRTLED---KVAEIE--------------AQ-------------QC-
:. .:. : ::. ..: .: :: :
CCDS14 RPLMEAVDTVKQKITLLENNDQRLAVLEEETNKHDTHINIHKAQLSKNEERFKLLEGTCY
350 360 370 380 390 400
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 NGIYIWKIGNFGMHLKCQEEEKPVVIHSPGFYTGKPGYKLCMRLHLQLPTAQRCANYISL
:: :::. .. :. . . . : : : .:::.. ::.:: : .:. . : ....::
CCDS14 NGKLIWKVTDYKMKKREAVDGHTVSIFSQSFYTSRCGYRLCARAYLNGDGSGR-GSHLSL
410 420 430 440 450 460
410 420 430 440 450 460
pF1KB5 FVHTMQGEYDSHLPWPFQGTIRLTILDQSEAPVRQNHEEIMDAKPELLAFQRPTIPRNPK
. .:.::.:: : :::. . : .:::: ..: : . :. .:.::
CCDS14 YFVVMRGEFDSLLQWPFRQRVTLMLLDQSG---KKNIMETFKPDPNSSSFKRPDGEMNIA
470 480 490 500 510
470 480 490 500 510 520
pF1KB5 GFGYVTFMHLEALRQRTFIKDDTLLVRCEVSTRFDMGSLRREGFQPRSTDAGV
CCDS14 SGCPRFVAHSVLENAKNAYIKDDTLFLKVAVDLTDLEDL
520 530 540 550
522 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 17:46:50 2016 done: Thu Nov 3 17:46:51 2016
Total Scan time: 3.080 Total Display time: 0.040
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]