Result of FASTA (omim) for
pF1KB5616
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5616, 788 aa
1>>>pF1KB5616 788 - 788 aa - 788 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.9732+/-0.00058; mu= 13.3280+/- 0.036
mean_var=201.0301+/-40.151, 0's: 0 Z-trim(114.1): 296 B-trim: 91 in 2/49
Lambda= 0.090457
statistics sampled from 23427 (23788) to 23427 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.63), E-opt: 0.2 (0.279), width: 16
Scan time: 12.260
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_000203 (OMIM: 173470,187800,273800,608446) inte ( 788) 5529 735.7 1.9e-211
NP_002204 (OMIM: 147561) integrin beta-5 precursor ( 799) 3122 421.5 6.8e-117
NP_000879 (OMIM: 147558,616221) integrin beta-6 is ( 788) 2896 392.0 5.1e-108
NP_001269282 (OMIM: 147558,616221) integrin beta-6 ( 788) 2896 392.0 5.1e-108
XP_016861840 (OMIM: 147561) PREDICTED: integrin be ( 691) 2825 382.7 2.9e-105
XP_016861842 (OMIM: 147561) PREDICTED: integrin be ( 691) 2825 382.7 2.9e-105
XP_016861841 (OMIM: 147561) PREDICTED: integrin be ( 691) 2825 382.7 2.9e-105
NP_001269317 (OMIM: 147558,616221) integrin beta-6 ( 746) 2794 378.7 5e-104
NP_001269318 (OMIM: 147558,616221) integrin beta-6 ( 715) 2629 357.1 1.5e-97
NP_001269283 (OMIM: 147558,616221) integrin beta-6 ( 693) 2621 356.1 3e-97
NP_001269319 (OMIM: 147558,616221) integrin beta-6 ( 650) 2525 343.5 1.7e-93
NP_596867 (OMIM: 135630) integrin beta-1 isoform 1 ( 798) 2408 328.4 7.6e-89
NP_002202 (OMIM: 135630) integrin beta-1 isoform 1 ( 798) 2408 328.4 7.6e-89
NP_391988 (OMIM: 135630) integrin beta-1 isoform 1 ( 801) 2395 326.7 2.5e-88
XP_005268908 (OMIM: 147559) PREDICTED: integrin be ( 798) 2065 283.6 2.3e-75
NP_000880 (OMIM: 147559) integrin beta-7 precursor ( 798) 2065 283.6 2.3e-75
XP_005268909 (OMIM: 147559) PREDICTED: integrin be ( 798) 2065 283.6 2.3e-75
NP_001269284 (OMIM: 147558,616221) integrin beta-6 ( 681) 2020 277.6 1.2e-73
NP_000202 (OMIM: 116920,600065) integrin beta-2 is ( 769) 2018 277.5 1.6e-73
NP_001120963 (OMIM: 116920,600065) integrin beta-2 ( 769) 2018 277.5 1.6e-73
XP_006719439 (OMIM: 147559) PREDICTED: integrin be ( 782) 2017 277.3 1.7e-73
XP_006724064 (OMIM: 116920,600065) PREDICTED: inte ( 700) 1929 265.8 4.6e-70
NP_001290167 (OMIM: 116920,600065) integrin beta-2 ( 700) 1929 265.8 4.6e-70
XP_016883830 (OMIM: 116920,600065) PREDICTED: inte ( 700) 1929 265.8 4.6e-70
XP_016861844 (OMIM: 147561) PREDICTED: integrin be ( 661) 1643 228.4 7.6e-59
XP_005247493 (OMIM: 147561) PREDICTED: integrin be ( 769) 1643 228.5 8.4e-59
XP_016861843 (OMIM: 147561) PREDICTED: integrin be ( 683) 1637 227.7 1.3e-58
NP_001308052 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) i (1752) 1537 215.1 2.1e-54
NP_001005731 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) i (1752) 1537 215.1 2.1e-54
XP_006721933 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) P (1787) 1537 215.1 2.1e-54
NP_001005619 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) i (1805) 1537 215.1 2.1e-54
XP_011523053 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) P (1807) 1537 215.1 2.1e-54
NP_000204 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) inte (1822) 1537 215.1 2.1e-54
XP_006721931 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) P (1840) 1537 215.1 2.1e-54
XP_006721930 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) P (1857) 1537 215.1 2.1e-54
XP_005257368 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) P (1875) 1537 215.2 2.2e-54
XP_005257366 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) P (1875) 1537 215.2 2.2e-54
XP_006721929 (OMIM: 131800,147557,226650,226730) P (1910) 1537 215.2 2.2e-54
XP_006713693 (OMIM: 147561) PREDICTED: integrin be ( 754) 1467 205.5 6.8e-52
NP_002205 (OMIM: 604160) integrin beta-8 precursor ( 769) 1385 194.8 1.1e-48
XP_016867667 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 769) 1385 194.8 1.1e-48
XP_016867668 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 769) 1385 194.8 1.1e-48
XP_011513696 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 758) 1367 192.5 5.8e-48
XP_011513695 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 761) 1367 192.5 5.8e-48
XP_016867669 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 634) 1230 174.5 1.2e-42
XP_011513698 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 634) 1230 174.5 1.2e-42
XP_016867671 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 634) 1230 174.5 1.2e-42
XP_016867670 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 634) 1230 174.5 1.2e-42
XP_016867672 (OMIM: 604160) PREDICTED: integrin be ( 634) 1230 174.5 1.2e-42
NP_001258683 (OMIM: 604234) integrin beta-like pro ( 353) 510 80.2 1.7e-14
>>NP_000203 (OMIM: 173470,187800,273800,608446) integrin (788 aa)
initn: 5529 init1: 5529 opt: 5529 Z-score: 3917.3 bits: 735.7 E(85289): 1.9e-211
Smith-Waterman score: 5529; 100.0% identity (100.0% similar) in 788 aa overlap (1-788:1-788)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MRARPRPRPLWATVLALGALAGVGVGGPNICTTRGVSSCQQCLAVSPMCAWCSDEALPLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MRARPRPRPLWATVLALGALAGVGVGGPNICTTRGVSSCQQCLAVSPMCAWCSDEALPLG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 SPRCDLKENLLKDNCAPESIEFPVSEARVLEDRPLSDKGSGDSSQVTQVSPQRIALRLRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 SPRCDLKENLLKDNCAPESIEFPVSEARVLEDRPLSDKGSGDSSQVTQVSPQRIALRLRP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 DDSKNFSIQVRQVEDYPVDIYYLMDLSYSMKDDLWSIQNLGTKLATQMRKLTSNLRIGFG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 DDSKNFSIQVRQVEDYPVDIYYLMDLSYSMKDDLWSIQNLGTKLATQMRKLTSNLRIGFG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 AFVDKPVSPYMYISPPEALENPCYDMKTTCLPMFGYKHVLTLTDQVTRFNEEVKKQSVSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 AFVDKPVSPYMYISPPEALENPCYDMKTTCLPMFGYKHVLTLTDQVTRFNEEVKKQSVSR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 NRDAPEGGFDAIMQATVCDEKIGWRNDASHLLVFTTDAKTHIALDGRLAGIVQPNDGQCH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 NRDAPEGGFDAIMQATVCDEKIGWRNDASHLLVFTTDAKTHIALDGRLAGIVQPNDGQCH
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 VGSDNHYSASTTMDYPSLGLMTEKLSQKNINLIFAVTENVVNLYQNYSELIPGTTVGVLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 VGSDNHYSASTTMDYPSLGLMTEKLSQKNINLIFAVTENVVNLYQNYSELIPGTTVGVLS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 MDSSNVLQLIVDAYGKIRSKVELEVRDLPEELSLSFNATCLNNEVIPGLKSCMGLKIGDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MDSSNVLQLIVDAYGKIRSKVELEVRDLPEELSLSFNATCLNNEVIPGLKSCMGLKIGDT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 VSFSIEAKVRGCPQEKEKSFTIKPVGFKDSLIVQVTFDCDCACQAQAEPNSHRCNNGNGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 VSFSIEAKVRGCPQEKEKSFTIKPVGFKDSLIVQVTFDCDCACQAQAEPNSHRCNNGNGT
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 FECGVCRCGPGWLGSQCECSEEDYRPSQQDECSPREGQPVCSQRGECLCGQCVCHSSDFG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 FECGVCRCGPGWLGSQCECSEEDYRPSQQDECSPREGQPVCSQRGECLCGQCVCHSSDFG
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 KITGKYCECDDFSCVRYKGEMCSGHGQCSCGDCLCDSDWTGYYCNCTTRTDTCMSSNGLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 KITGKYCECDDFSCVRYKGEMCSGHGQCSCGDCLCDSDWTGYYCNCTTRTDTCMSSNGLL
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 CSGRGKCECGSCVCIQPGSYGDTCEKCPTCPDACTFKKECVECKKFDRGALHDENTCNRY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 CSGRGKCECGSCVCIQPGSYGDTCEKCPTCPDACTFKKECVECKKFDRGALHDENTCNRY
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB5 CRDEIESVKELKDTGKDAVNCTYKNEDDCVVRFQYYEDSSGKSILYVVEEPECPKGPDIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 CRDEIESVKELKDTGKDAVNCTYKNEDDCVVRFQYYEDSSGKSILYVVEEPECPKGPDIL
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB5 VVLLSVMGAILLIGLAALLIWKLLITIHDRKEFAKFEEERARAKWDTANNPLYKEATSTF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 VVLLSVMGAILLIGLAALLIWKLLITIHDRKEFAKFEEERARAKWDTANNPLYKEATSTF
730 740 750 760 770 780
pF1KB5 TNITYRGT
::::::::
NP_000 TNITYRGT
>>NP_002204 (OMIM: 147561) integrin beta-5 precursor [Ho (799 aa)
initn: 3007 init1: 2122 opt: 3122 Z-score: 2219.6 bits: 421.5 E(85289): 6.8e-117
Smith-Waterman score: 3122; 55.7% identity (78.9% similar) in 788 aa overlap (5-781:2-782)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MRARPR-PRPLWATVLALGALAGVGVGGPNICTTRGVSSCQQCLAVSPMCAWCSDEALPL
:: : ::.: .:.: :: ..: ::::. ...::..:: . : ::::: : .
NP_002 MPRAPAPLYACLLGLCALLPR-LAGLNICTSGSATSCEECLLIHPKCAWCSKE--DF
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 GSPR-----CDLKENLLKDNCAPESIEFPVSEARVLEDRPLSDKGSGDSS-QVTQVSPQR
:::: :::. ::.:..:. : :: :.: .::.. :::.::::... .: :..::.
NP_002 GSPRSITSRCDLRANLVKNGCGGE-IESPASSFHVLRSLPLSSKGSGSAGWDVIQMTPQE
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 IALRLRPDDSKNFSIQVRQVEDYPVDIYYLMDLSYSMKDDLWSIQNLGTKLATQMRKLTS
::. ::: :. .:..:::::::::::.::::::: :::::: .:..:::::: .::::::
NP_002 IAVNLRPGDKTTFQLQVRQVEDYPVDLYYLMDLSLSMKDDLDNIRSLGTKLAEEMRKLTS
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 NLRIGFGAFVDKPVSPYMYISPPEALENPC--YDMKTTCLPMFGYKHVLTLTDQVTRFNE
:.:.:::.:::: .::. : . :. ::: : . .:.: ::..:.: :::.: :::
NP_002 NFRLGFGSFVDKDISPFSY-TAPRYQTNPCIGYKLFPNCVPSFGFRHLLPLTDRVDSFNE
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 EVKKQSVSRNRDAPEGGFDAIMQATVCDEKIGWRNDASHLLVFTTDAKTHIALDGRLAGI
::.:: ::::::::::::::..::.:: ::::::.:: :::::::: ::::::.:.:.
NP_002 EVRKQRVSRNRDAPEGGFDAVLQAAVCKEKIGWRKDALHLLVFTTDDVPHIALDGKLGGL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 VQPNDGQCHVGSDNHYSASTTMDYPSLGLMTEKLSQKNINLIFAVTENVVNLYQNYSELI
:::.:::::.. :.:.::. ::::::.:. :::...:::::::::.: ::.:.. ::
NP_002 VQPHDGQCHLNEANEYTASNQMDYPSLALLGEKLAENNINLIFAVTKNHYMLYKNFTALI
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 PGTTVGVLSMDSSNVLQLIVDAYGKIRSKVELEVRDLPEELSLSFNATCLNNEVIPGLKS
::::: .:. ::.:..:::..::..::::::: : : ::.:.: :.::: .. :: ..
NP_002 PGTTVEILDGDSKNIIQLIINAYNSIRSKVELSVWDQPEDLNLFFTATCQDGVSYPGQRK
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 CMGLKIGDTVSFSIEAKVRGCPQEK-EKSFTIKPVGFKDSLIVQVTFDCDCACQAQAEPN
: :::::::.:: . ..:.::... :. :...::::.::: : ::..: :.:.. :::
NP_002 CEGLKIGDTASFEVSLEARSCPSRHTEHVFALRPVGFRDSLEVGVTYNCTCGCSVGLEPN
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB5 SHRCNNGNGTFECGVCRCGPGWLGSQCECSEEDYRPSQQDECSPREGQPVCSQRGECLCG
: ::: :.::. ::.:.:.::.::..:::.. . . :. : ::.:.:: ::.: :.
NP_002 SARCN-GSGTYVCGLCECSPGYLGTRCECQDGENQSVYQNLCREAEGKPLCSGRGDCSCN
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KB5 QCVCHSSDFGKITGKYCECDDFSCVRYKGEMCSGHGQCSCGDCLCDSDWTGYYCNCTTRT
:: : :.:::: : .::::.:::.: :: .:::::.: ::.: : . . : :::.:
NP_002 QCSCFESEFGKIYGPFCECDNFSCARNKGVLCSGHGECHCGECKCHAGYIGDNCNCSTDI
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KB5 DTCMSSNGLLCSGRGKCECGSCVCIQPGSYGDTCEKCPTCPDACTFKKECVECKKFDRGA
.:: . .: .:: ::.: ::.: : .::..:. :::::::::::. :..:::: . :
NP_002 STCRGRDGQICSERGHCLCGQCQCTEPGAFGEMCEKCPTCPDACSTKRDCVECLLLHSGK
600 610 620 630 640 650
660 670 680 690 700
pF1KB5 LHDENTCNRYCRDEIES-VKELKDTGKDAVNCTYKNEDDCVVRFQYYEDSSGKSILYVVE
:..::. ::::. . : . ..:: : ::. :::. : : : :::: : :..
NP_002 -PDNQTCHSLCRDEVITWVDTIVKDDQEAVLCFYKTAKDCVMMFTYVELPSGKSNLTVLR
660 670 680 690 700 710
710 720 730 740 750 760
pF1KB5 EPECPKGPDILVVLLSVMGAILLIGLAALLIWKLLITIHDRKEFAKFEEERARAKWDTAN
:::: . :. ...::.:.:.:::.::: : :::::.:::::.:::::. ::.::... :.
NP_002 EPECGNTPNAMTILLAVVGSILLVGLALLAIWKLLVTIHDRREFAKFQSERSRARYEMAS
720 730 740 750 760 770
770 780
pF1KB5 NPLYKEATSTFTNITYRGT
::::.. :: :
NP_002 NPLYRKPISTHTVDFTFNKFNKSYNGTVD
780 790
>>NP_000879 (OMIM: 147558,616221) integrin beta-6 isofor (788 aa)
initn: 2296 init1: 921 opt: 2896 Z-score: 2060.3 bits: 392.0 E(85289): 5.1e-108
Smith-Waterman score: 2896; 51.1% identity (78.6% similar) in 760 aa overlap (31-786:23-775)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MRARPRPRPLWATVLALGALAGVGVGGPNICTTRGVSSCQQCLAVSPMCAWCSDEAL--P
:. :. .:..:: ..:.::::..: . :
NP_000 MGIELLCLFFLFLGRNDHVQGGCALGGAETCEDCLLIGPQCAWCAQENFTHP
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 LG-SPRCDLKENLLKDNCAPESIEFPVSEARVLEDRPLSDKGSGDSSQVTQVSPQRIALR
: . ::: ::: .: . :: :::....:...::: . .::...:..:: . :.
NP_000 SGVGERCDTPANLLAKGCQLNFIENPVSQVEILKNKPLSVGRQKNSSDIVQIAPQSLILK
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 LRPDDSKNFSIQVRQVEDYPVDIYYLMDLSYSMKDDLWSIQNLGTKLATQMRKLTSNLRI
::: .......:::.::::::.::::::: :: ::: .:..::..:. .: :::::.:.
NP_000 LRPGGAQTLQVHVRQTEDYPVDLYYLMDLSASMDDDLNTIKELGSRLSKEMSKLTSNFRL
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]