Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5607
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5607, 465 aa
1>>>pF1KB5607 465 - 465 aa - 465 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6758+/-0.000902; mu= 16.2634+/- 0.054
mean_var=84.9563+/-16.548, 0's: 0 Z-trim(108.4): 69 B-trim: 404 in 1/51
Lambda= 0.139148
statistics sampled from 10140 (10212) to 10140 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.686), E-opt: 0.2 (0.314), width: 16
Scan time: 2.570
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS14471.1 SRPX2 gene_id:27286|Hs108|chrX ( 465) 3280 668.4 4.3e-192
CCDS14245.1 SRPX gene_id:8406|Hs108|chrX ( 464) 1542 319.5 4.6e-87
CCDS55400.1 SRPX gene_id:8406|Hs108|chrX ( 444) 1523 315.7 6.2e-86
CCDS55402.1 SRPX gene_id:8406|Hs108|chrX ( 379) 1269 264.7 1.2e-70
CCDS55401.1 SRPX gene_id:8406|Hs108|chrX ( 405) 1209 252.6 5.5e-67
>>CCDS14471.1 SRPX2 gene_id:27286|Hs108|chrX (465 aa)
initn: 3280 init1: 3280 opt: 3280 Z-score: 3562.1 bits: 668.4 E(32554): 4.3e-192
Smith-Waterman score: 3280; 100.0% identity (100.0% similar) in 465 aa overlap (1-465:1-465)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MASQLTQRGALFLLFFLTPAVTPTWYAGSGYYPDESYNEVYAEEVPQAPALDYRVPRWCY
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CCDS14 MASQLTQRGALFLLFFLTPAVTPTWYAGSGYYPDESYNEVYAEEVPQAPALDYRVPRWCY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 TLNIQDGEATCYSPKGGNYHSSLGTRCELSCDRGFRLIGRRSVQCLPSRRWSGTAYCRQM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 TLNIQDGEATCYSPKGGNYHSSLGTRCELSCDRGFRLIGRRSVQCLPSRRWSGTAYCRQM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 RCHALPFITSGTYTCTNGVLLDSRCDYSCSSGYHLEGDRSRICMEDGRWSGGEPVCVDID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 RCHALPFITSGTYTCTNGVLLDSRCDYSCSSGYHLEGDRSRICMEDGRWSGGEPVCVDID
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 PPKIRCPHSREKMAEPEKLTARVYWDPPLVKDSADGTITRVTLRGPEPGSHFPEGEHVIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 PPKIRCPHSREKMAEPEKLTARVYWDPPLVKDSADGTITRVTLRGPEPGSHFPEGEHVIR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 YTAYDRAYNRASCKFIVKVQVRRCPTLKPPQHGYLTCTSAGDNYGATCEYHCDGGYDRQG
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CCDS14 YTAYDRAYNRASCKFIVKVQVRRCPTLKPPQHGYLTCTSAGDNYGATCEYHCDGGYDRQG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 TPSRVCQSSRQWSGSPPICAPMKINVNVNSAAGLLDQFYEKQRLLIISAPDPSNRYYKMQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 TPSRVCQSSRQWSGSPPICAPMKINVNVNSAAGLLDQFYEKQRLLIISAPDPSNRYYKMQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 ISMLQQSTCGLDLRHVTIIELVGQPPQEVGRIREQQLSANIIEELRQFQRLTRSYFNMVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 ISMLQQSTCGLDLRHVTIIELVGQPPQEVGRIREQQLSANIIEELRQFQRLTRSYFNMVL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460
pF1KB5 IDKQGIDRDRYMEPVTPEEIFTFIDDYLLSNQELTQRREQRDICE
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CCDS14 IDKQGIDRDRYMEPVTPEEIFTFIDDYLLSNQELTQRREQRDICE
430 440 450 460
>>CCDS14245.1 SRPX gene_id:8406|Hs108|chrX (464 aa)
initn: 1780 init1: 1521 opt: 1542 Z-score: 1676.6 bits: 319.5 E(32554): 4.6e-87
Smith-Waterman score: 1542; 45.9% identity (73.1% similar) in 453 aa overlap (13-464:17-462)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MASQLTQRGALFLLFFLTPAVTPTW-YAGSGYYPDESYNEVYAEEVPQAPALDYRV
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CCDS14 MGSPAHRPALLLLLPPLLLLLLLRVPPSRSFPGSGDSPLEDDEVGYSH--PR-----YKD
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 PRWCYTLNIQDGEATCYSPKGGNYHSSLGTRCELSCDRGFRLIGRRSVQCLPSRRWSGTA
:: .... :.. : .:.:: :...:::::.. :..:..: : . : ..::: .
CCDS14 TPWCSPIKVKYGDVYCRAPQGGYYKTALGTRCDIRCQKGYELHGSSLLICQSNKRWSDKV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 YCRQMRCHALPFITSGTYTCTNGVLLDSRCDYSCSSGYHLEGDRSRICMEDGRWSGGEPV
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CCDS14 ICKQKRCPTLAMPANGGFKCVDGAYFNSRCEYYCSPGYTLKGERTVTCMDNKAWSGRPAS
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 CVDIDPPKIRCPHSREKMAEPEKLTARVYWDPPLVKDSADGTITRVTLRGPEPGSHFPEG
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CCDS14 CVDMEPPRIKCPSVKERIAEPNKLTVRVSWETPEGRDTADGILTDVILKGLPPGSNFPEG
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 EHVIRYTAYDRAYNRASCKFIVKVQVRRCPTLKPPQHGYLTCTSAGDNYGATCEYHCDGG
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CCDS14 DHKIQYTVYDRAENKGTCKFRVKVRVKRCGKLNAPENGYMKCSSDGDNYGATCEFSCIGG
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 YDRQGTPSRVCQSSRQWSGSPPICAPMKINVNVNSAAGLLDQFYEKQRLLIISAPDPSNR
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CCDS14 YELQGSPARVCQSNLAWSGTEPTCAAMNVNVGVRTAAALLDQFYEKRRLLIVSTPTARNL
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 YYKMQISMLQQSTCGLDLRHVTIIELVGQPPQEVGRIREQQLSANIIEELRQFQRLTRSY
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CCDS14 LYRLQLGMLQQAQCGLDLRHITVVELVGVFPTLIGRIGAKIMPPALALQLRLLLRIPLYS
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460
pF1KB5 FNMVLIDKQGIDRDRYMEPVTPEEIFTFIDDYLLSNQELTQRREQRDICE
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CCDS14 FSMVLVDKHGMDKERYVSLVMPVALFNLIDTFPLRKEEMVLQAEMSQTCNT
420 430 440 450 460
>>CCDS55400.1 SRPX gene_id:8406|Hs108|chrX (444 aa)
initn: 1795 init1: 1521 opt: 1523 Z-score: 1656.2 bits: 315.7 E(32554): 6.2e-86
Smith-Waterman score: 1523; 47.1% identity (74.8% similar) in 420 aa overlap (45-464:25-442)
20 30 40 50 60 70
pF1KB5 FFLTPAVTPTWYAGSGYYPDESYNEVYAEEVPQAPALDYRVPRWCYTLNIQDGEATCYSP
:: :. .. :: .... :.. : .:
CCDS55 MGSPAHRPALLLLLPPLLLLLLLRVP--PSRSFPDTPWCSPIKVKYGDVYCRAP
10 20 30 40 50
80 90 100 110 120 130
pF1KB5 KGGNYHSSLGTRCELSCDRGFRLIGRRSVQCLPSRRWSGTAYCRQMRCHALPFITSGTYT
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CCDS55 QGGYYKTALGTRCDIRCQKGYELHGSSLLICQSNKRWSDKVICKQKRCPTLAMPANGGFK
60 70 80 90 100 110
140 150 160 170 180 190
pF1KB5 CTNGVLLDSRCDYSCSSGYHLEGDRSRICMEDGRWSGGEPVCVDIDPPKIRCPHSREKMA
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CCDS55 CVDGAYFNSRCEYYCSPGYTLKGERTVTCMDNKAWSGRPASCVDMEPPRIKCPSVKERIA
120 130 140 150 160 170
200 210 220 230 240 250
pF1KB5 EPEKLTARVYWDPPLVKDSADGTITRVTLRGPEPGSHFPEGEHVIRYTAYDRAYNRASCK
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CCDS55 EPNKLTVRVSWETPEGRDTADGILTDVILKGLPPGSNFPEGDHKIQYTVYDRAENKGTCK
180 190 200 210 220 230
260 270 280 290 300 310
pF1KB5 FIVKVQVRRCPTLKPPQHGYLTCTSAGDNYGATCEYHCDGGYDRQGTPSRVCQSSRQWSG
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CCDS55 FRVKVRVKRCGKLNAPENGYMKCSSDGDNYGATCEFSCIGGYELQGSPARVCQSNLAWSG
240 250 260 270 280 290
320 330 340 350 360 370
pF1KB5 SPPICAPMKINVNVNSAAGLLDQFYEKQRLLIISAPDPSNRYYKMQISMLQQSTCGLDLR
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CCDS55 TEPTCAAMNVNVGVRTAAALLDQFYEKRRLLIVSTPTARNLLYRLQLGMLQQAQCGLDLR
300 310 320 330 340 350
380 390 400 410 420 430
pF1KB5 HVTIIELVGQPPQEVGRIREQQLSANIIEELRQFQRLTRSYFNMVLIDKQGIDRDRYMEP
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CCDS55 HITVVELVGVFPTLIGRIGAKIMPPALALQLRLLLRIPLYSFSMVLVDKHGMDKERYVSL
360 370 380 390 400 410
440 450 460
pF1KB5 VTPEEIFTFIDDYLLSNQELTQRREQRDICE
: : .:..:: . : ..:.. . :. . :
CCDS55 VMPVALFNLIDTFPLRKEEMVLQAEMSQTCNT
420 430 440
>>CCDS55402.1 SRPX gene_id:8406|Hs108|chrX (379 aa)
initn: 1248 init1: 1248 opt: 1269 Z-score: 1381.6 bits: 264.7 E(32554): 1.2e-70
Smith-Waterman score: 1269; 47.7% identity (74.3% similar) in 354 aa overlap (13-365:17-363)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MASQLTQRGALFLLFFLTPAVTPTW-YAGSGYYPDESYNEVYAEEVPQAPALDYRV
::..: : :. . ::: : :. . :.. :. :.
CCDS55 MGSPAHRPALLLLLPPLLLLLLLRVPPSRSFPGSGDSPLEDDEVGYSH--PR-----YKD
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 PRWCYTLNIQDGEATCYSPKGGNYHSSLGTRCELSCDRGFRLIGRRSVQCLPSRRWSGTA
:: .... :.. : .:.:: :...:::::.. :..:..: : . : ..::: .
CCDS55 TPWCSPIKVKYGDVYCRAPQGGYYKTALGTRCDIRCQKGYELHGSSLLICQSNKRWSDKV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 YCRQMRCHALPFITSGTYTCTNGVLLDSRCDYSCSSGYHLEGDRSRICMEDGRWSGGEPV
:.: :: .: . ..: . :..:. ..:::.: :: :: :.:.:. ::.. :::
CCDS55 ICKQKRCPTLAMPANGGFKCVDGAYFNSRCEYYCSPGYTLKGERTVTCMDNKAWSGRPAS
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 CVDIDPPKIRCPHSREKMAEPEKLTARVYWDPPLVKDSADGTITRVTLRGPEPGSHFPEG
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CCDS55 CVDMEPPRIKCPSVKERIAEPNKLTVRVSWETPEGRDTADGILTDVILKGLPPGSNFPEG
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 EHVIRYTAYDRAYNRASCKFIVKVQVRRCPTLKPPQHGYLTCTSAGDNYGATCEYHCDGG
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CCDS55 DHKIQYTVYDRAENKGTCKFRVKVRVKRCGKLNAPENGYMKCSSDGDNYGATCEFSCIGG
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 YDRQGTPSRVCQSSRQWSGSPPICAPMKINVNVNSAAGLLDQFYEKQRLLIISAPDPSNR
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CCDS55 YELQGSPARVCQSNLAWSGTEPTCAAMNVNVGVRTAAALLDQFYEKRRLLIVSTPTARNL
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 YYKMQISMLQQSTCGLDLRHVTIIELVGQPPQEVGRIREQQLSANIIEELRQFQRLTRSY
:..:..:::
CCDS55 LYRLQLGMLQAVAANPTLLLQYGASG
360 370
>>CCDS55401.1 SRPX gene_id:8406|Hs108|chrX (405 aa)
initn: 1425 init1: 1093 opt: 1209 Z-score: 1316.1 bits: 252.6 E(32554): 5.5e-67
Smith-Waterman score: 1221; 47.8% identity (72.2% similar) in 360 aa overlap (105-464:57-403)
80 90 100 110 120 130
pF1KB5 KGGNYHSSLGTRCELSCDRGFRLIGRRSVQCLPSRRWSGTAYCRQMRCHALPFITSGTYT
: : . : .::: : .: :
CCDS55 PSRSFPGSGDSPLEDDEVGYSHPRYKDTPWCSPIKVKYGDVYCRA------P---QGGYY
30 40 50 60 70
140 150 160 170 180 190
pF1KB5 CTNGVLLDSRCDYSCSSGYHLEGDRSRICMEDGRWSGGEPVCVDIDPPKIRCPHSREKMA
: : .::: :..::.:.:. ::. . ::: . .: ..::.:.:: .:..:
CCDS55 KTA---LGTRCDIRCQKGYELHGSSLLICQSNKRWSD-KVICKHMEPPRIKCPSVKERIA
80 90 100 110 120 130
200 210 220 230 240 250
pF1KB5 EPEKLTARVYWDPPLVKDSADGTITRVTLRGPEPGSHFPEGEHVIRYTAYDRAYNRASCK
::.:::.:: :. : .:.::: .: : :.: :::.::::.: :.::.:::: :...::
CCDS55 EPNKLTVRVSWETPEGRDTADGILTDVILKGLPPGSNFPEGDHKIQYTVYDRAENKGTCK
140 150 160 170 180 190
260 270 280 290 300 310
pF1KB5 FIVKVQVRRCPTLKPPQHGYLTCTSAGDNYGATCEYHCDGGYDRQGTPSRVCQSSRQWSG
: :::.:.:: :. :..::. :.: :::::::::. : :::. ::.:.:::::. :::
CCDS55 FRVKVRVKRCGKLNAPENGYMKCSSDGDNYGATCEFSCIGGYELQGSPARVCQSNLAWSG
200 210 220 230 240 250
320 330 340 350 360 370
pF1KB5 SPPICAPMKINVNVNSAAGLLDQFYEKQRLLIISAPDPSNRYYKMQISMLQQSTCGLDLR
. : :: :..::.: .::.::::::::.::::.:.: : :..:..::::. ::::::
CCDS55 TEPTCAAMNVNVGVRTAAALLDQFYEKRRLLIVSTPTARNLLYRLQLGMLQQAQCGLDLR
260 270 280 290 300 310
380 390 400 410 420 430
pF1KB5 HVTIIELVGQPPQEVGRIREQQLSANIIEELRQFQRLTRSYFNMVLIDKQGIDRDRYMEP
:.:..:::: : .::: . . . .:: . :. :.:::.::.:.:..::.
CCDS55 HITVVELVGVFPTLIGRIGAKIMPPALALQLRLLLRIPLYSFSMVLVDKHGMDKERYVSL
320 330 340 350 360 370
440 450 460
pF1KB5 VTPEEIFTFIDDYLLSNQELTQRREQRDICE
: : .:..:: . : ..:.. . :. . :
CCDS55 VMPVALFNLIDTFPLRKEEMVLQAEMSQTCNT
380 390 400
465 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 13:07:50 2016 done: Sat Nov 5 13:07:50 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]