Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5580
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5580, 615 aa
1>>>pF1KB5580 615 - 615 aa - 615 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4331+/-0.0011; mu= 13.6629+/- 0.066
mean_var=90.0814+/-17.883, 0's: 0 Z-trim(105.1): 124 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.135131
statistics sampled from 8092 (8219) to 8092 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.615), E-opt: 0.2 (0.252), width: 16
Scan time: 3.320
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2621.1 NR2C2 gene_id:7182|Hs108|chr3 ( 615) 3988 788.1 0
CCDS74905.1 NR2C2 gene_id:7182|Hs108|chr3 ( 596) 3724 736.6 2.1e-212
CCDS9051.1 NR2C1 gene_id:7181|Hs108|chr12 ( 603) 1470 297.2 4.1e-80
CCDS41821.1 NR2C1 gene_id:7181|Hs108|chr12 ( 467) 1060 217.2 3.8e-56
CCDS44953.1 NR2C1 gene_id:7181|Hs108|chr12 ( 483) 1060 217.2 3.9e-56
CCDS45359.1 NR2F2 gene_id:7026|Hs108|chr15 ( 261) 487 105.4 9.7e-23
CCDS45358.1 NR2F2 gene_id:7026|Hs108|chr15 ( 281) 487 105.4 1e-22
CCDS1248.1 RXRG gene_id:6258|Hs108|chr1 ( 463) 486 105.3 1.8e-22
CCDS72970.1 RXRG gene_id:6258|Hs108|chr1 ( 340) 462 100.6 3.6e-21
CCDS35172.1 RXRA gene_id:6256|Hs108|chr9 ( 462) 458 99.9 8e-21
CCDS12352.1 NR2F6 gene_id:2063|Hs108|chr19 ( 404) 457 99.6 8.2e-21
CCDS10375.1 NR2F2 gene_id:7026|Hs108|chr15 ( 414) 449 98.1 2.5e-20
CCDS4068.1 NR2F1 gene_id:7025|Hs108|chr5 ( 423) 441 96.5 7.4e-20
CCDS11366.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17 ( 462) 425 93.4 6.9e-19
CCDS4768.1 RXRB gene_id:6257|Hs108|chr6 ( 533) 425 93.5 7.8e-19
CCDS59007.1 RXRB gene_id:6257|Hs108|chr6 ( 537) 425 93.5 7.9e-19
CCDS13331.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20 ( 417) 414 91.3 2.8e-18
CCDS46605.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20 ( 464) 414 91.3 3.1e-18
CCDS13330.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20 ( 474) 414 91.3 3.1e-18
CCDS68131.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20 ( 395) 412 90.9 3.5e-18
CCDS46604.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20 ( 442) 412 90.9 3.9e-18
CCDS74728.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20 ( 449) 412 90.9 3.9e-18
CCDS42876.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20 ( 452) 412 90.9 3.9e-18
CCDS41790.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 443) 410 90.5 5.1e-18
CCDS2642.1 RARB gene_id:5915|Hs108|chr3 ( 448) 409 90.3 5.9e-18
CCDS42317.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17 ( 457) 409 90.3 6e-18
CCDS8850.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 454) 406 89.7 8.9e-18
CCDS6220.2 HNF4G gene_id:3174|Hs108|chr8 ( 445) 404 89.3 1.1e-17
CCDS58236.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12 ( 382) 400 88.5 1.7e-17
CCDS83303.1 HNF4G gene_id:3174|Hs108|chr8 ( 408) 395 87.6 3.6e-17
CCDS55875.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12 ( 482) 373 83.3 8.1e-16
CCDS1004.1 RORC gene_id:6097|Hs108|chr1 ( 518) 372 83.1 9.9e-16
CCDS11361.1 NR1D1 gene_id:9572|Hs108|chr17 ( 614) 372 83.2 1.1e-15
CCDS9078.1 NR1H4 gene_id:9971|Hs108|chr12 ( 472) 370 82.7 1.2e-15
CCDS30856.1 RORC gene_id:6097|Hs108|chr1 ( 497) 368 82.3 1.6e-15
CCDS5063.1 NR2E1 gene_id:7101|Hs108|chr6 ( 385) 365 81.7 2e-15
CCDS69165.1 NR2E1 gene_id:7101|Hs108|chr6 ( 422) 365 81.7 2.1e-15
CCDS73751.1 NR2E3 gene_id:10002|Hs108|chr15 ( 367) 360 80.7 3.7e-15
CCDS10177.1 RORA gene_id:6095|Hs108|chr15 ( 523) 362 81.2 3.8e-15
CCDS60383.1 NR5A2 gene_id:2494|Hs108|chr1 ( 469) 360 80.8 4.6e-15
CCDS1400.1 NR5A2 gene_id:2494|Hs108|chr1 ( 495) 360 80.8 4.8e-15
CCDS1401.1 NR5A2 gene_id:2494|Hs108|chr1 ( 541) 360 80.8 5.2e-15
CCDS42316.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17 ( 410) 356 80.0 7e-15
CCDS58546.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17 ( 451) 356 80.0 7.6e-15
CCDS11360.1 THRA gene_id:7067|Hs108|chr17 ( 490) 356 80.0 8.2e-15
CCDS6856.1 NR5A1 gene_id:2516|Hs108|chr9 ( 461) 355 79.8 8.9e-15
CCDS55340.1 NR6A1 gene_id:2649|Hs108|chr9 ( 475) 355 79.8 9.1e-15
CCDS65127.1 NR6A1 gene_id:2649|Hs108|chr9 ( 476) 355 79.8 9.1e-15
CCDS35137.1 NR6A1 gene_id:2649|Hs108|chr9 ( 480) 355 79.8 9.2e-15
CCDS8818.1 NR4A1 gene_id:3164|Hs108|chr12 ( 598) 356 80.0 9.7e-15
>>CCDS2621.1 NR2C2 gene_id:7182|Hs108|chr3 (615 aa)
initn: 3988 init1: 3988 opt: 3988 Z-score: 4204.6 bits: 788.1 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3988; 100.0% identity (100.0% similar) in 615 aa overlap (1-615:1-615)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MTSPSPRIQIISTDSAVASPQRIQGSEPASGPLSVFTSLNKEKIVTDQQTGQKIQIVTAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 MTSPSPRIQIISTDSAVASPQRIQGSEPASGPLSVFTSLNKEKIVTDQQTGQKIQIVTAV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 DASGSPKQQFILTSPDGAGTGKVILASPETSSAKQLIFTTSDNLVPGRIQIVTDSASVER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 DASGSPKQQFILTSPDGAGTGKVILASPETSSAKQLIFTTSDNLVPGRIQIVTDSASVER
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 LLGKTDVQRPQVVEYCVVCGDKASGRHYGAVSCEGCKGFFKRSVRKNLTYSCRSNQDCII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 LLGKTDVQRPQVVEYCVVCGDKASGRHYGAVSCEGCKGFFKRSVRKNLTYSCRSNQDCII
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 NKHHRNRCQFCRLKKCLEMGMKMESVQSERKPFDVQREKPSNCAASTEKIYIRKDLRSPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 NKHHRNRCQFCRLKKCLEMGMKMESVQSERKPFDVQREKPSNCAASTEKIYIRKDLRSPL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 IATPTFVADKDGARQTGLLDPGMLVNIQQPLIREDGTVLLATDSKAETSQGALGTLANVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 IATPTFVADKDGARQTGLLDPGMLVNIQQPLIREDGTVLLATDSKAETSQGALGTLANVV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 TSLANLSESLNNGDTSEIQPEDQSASEITRAFDTLAKALNTTDSSSSPSLADGIDTSGGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 TSLANLSESLNNGDTSEIQPEDQSASEITRAFDTLAKALNTTDSSSSPSLADGIDTSGGG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 SIHVISRDQSTPIIEVEGPLLSDTHVTFKLTMPSPMPEYLNVHYICESASRLLFLSMHWA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 SIHVISRDQSTPIIEVEGPLLSDTHVTFKLTMPSPMPEYLNVHYICESASRLLFLSMHWA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 RSIPAFQALGQDCNTSLVRACWNELFTLGLAQCAQVMSLSTILAAIVNHLQNSIQEDKLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 RSIPAFQALGQDCNTSLVRACWNELFTLGLAQCAQVMSLSTILAAIVNHLQNSIQEDKLS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 GDRIKQVMEHIWKLQEFCNSMAKLDIDGYEYAYLKAIVLFSPDHPGLTSTSQIEKFQEKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 GDRIKQVMEHIWKLQEFCNSMAKLDIDGYEYAYLKAIVLFSPDHPGLTSTSQIEKFQEKA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 QMELQDYVQKTYSEDTYRLARILVRLPALRLMSSNITEELFFTGLIGNVSIDSIIPYILK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS26 QMELQDYVQKTYSEDTYRLARILVRLPALRLMSSNITEELFFTGLIGNVSIDSIIPYILK
550 560 570 580 590 600
610
pF1KB5 METAEYNGQITGASL
:::::::::::::::
CCDS26 METAEYNGQITGASL
610
>>CCDS74905.1 NR2C2 gene_id:7182|Hs108|chr3 (596 aa)
initn: 3720 init1: 3720 opt: 3724 Z-score: 3926.7 bits: 736.6 E(32554): 2.1e-212
Smith-Waterman score: 3820; 96.9% identity (96.9% similar) in 615 aa overlap (1-615:1-596)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MTSPSPRIQIISTDSAVASPQRIQGSEPASGPLSVFTSLNKEKIVTDQQTGQKIQIVTAV
:::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::
CCDS74 MTSPSPRIQIISTDSAVASPQRIQ-------------------IVTDQQTGQKIQIVTAV
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 DASGSPKQQFILTSPDGAGTGKVILASPETSSAKQLIFTTSDNLVPGRIQIVTDSASVER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 DASGSPKQQFILTSPDGAGTGKVILASPETSSAKQLIFTTSDNLVPGRIQIVTDSASVER
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 LLGKTDVQRPQVVEYCVVCGDKASGRHYGAVSCEGCKGFFKRSVRKNLTYSCRSNQDCII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 LLGKTDVQRPQVVEYCVVCGDKASGRHYGAVSCEGCKGFFKRSVRKNLTYSCRSNQDCII
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 NKHHRNRCQFCRLKKCLEMGMKMESVQSERKPFDVQREKPSNCAASTEKIYIRKDLRSPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 NKHHRNRCQFCRLKKCLEMGMKMESVQSERKPFDVQREKPSNCAASTEKIYIRKDLRSPL
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 IATPTFVADKDGARQTGLLDPGMLVNIQQPLIREDGTVLLATDSKAETSQGALGTLANVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 IATPTFVADKDGARQTGLLDPGMLVNIQQPLIREDGTVLLATDSKAETSQGALGTLANVV
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 TSLANLSESLNNGDTSEIQPEDQSASEITRAFDTLAKALNTTDSSSSPSLADGIDTSGGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 TSLANLSESLNNGDTSEIQPEDQSASEITRAFDTLAKALNTTDSSSSPSLADGIDTSGGG
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 SIHVISRDQSTPIIEVEGPLLSDTHVTFKLTMPSPMPEYLNVHYICESASRLLFLSMHWA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 SIHVISRDQSTPIIEVEGPLLSDTHVTFKLTMPSPMPEYLNVHYICESASRLLFLSMHWA
350 360 370 380 390 400
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 RSIPAFQALGQDCNTSLVRACWNELFTLGLAQCAQVMSLSTILAAIVNHLQNSIQEDKLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 RSIPAFQALGQDCNTSLVRACWNELFTLGLAQCAQVMSLSTILAAIVNHLQNSIQEDKLS
410 420 430 440 450 460
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 GDRIKQVMEHIWKLQEFCNSMAKLDIDGYEYAYLKAIVLFSPDHPGLTSTSQIEKFQEKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 GDRIKQVMEHIWKLQEFCNSMAKLDIDGYEYAYLKAIVLFSPDHPGLTSTSQIEKFQEKA
470 480 490 500 510 520
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 QMELQDYVQKTYSEDTYRLARILVRLPALRLMSSNITEELFFTGLIGNVSIDSIIPYILK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 QMELQDYVQKTYSEDTYRLARILVRLPALRLMSSNITEELFFTGLIGNVSIDSIIPYILK
530 540 550 560 570 580
610
pF1KB5 METAEYNGQITGASL
:::::::::::::::
CCDS74 METAEYNGQITGASL
590
>>CCDS9051.1 NR2C1 gene_id:7181|Hs108|chr12 (603 aa)
initn: 2419 init1: 1238 opt: 1470 Z-score: 1551.8 bits: 297.2 E(32554): 4.1e-80
Smith-Waterman score: 2354; 63.3% identity (83.0% similar) in 594 aa overlap (43-615:18-603)
20 30 40 50 60 70
pF1KB5 TDSAVASPQRIQGSEPASGPLSVFTSLNKEKIVTDQQTGQKIQIVTAVDASGSPKQQFIL
.:::.::::::::::::.: . . :: :::
CCDS90 MATIEEIAHQIIEQQMGEIVTEQQTGQKIQIVTALDHNTQGKQ-FIL
10 20 30 40
80 90 100 110 120
pF1KB5 TSPDGAGTGKVILASPETSSAKQLIFTTSDNLVPGRIQIVTDSASVERLLGKTDV---QR
:. ::. .::::: ... .: ...:: : ... ..: . :...: :: :
CCDS90 TNHDGSTPSKVILARQDSTPGK-VFLTTPDAAGVNQLFFTTPDLSAQHLQLLTDNSPDQG
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 P-QVVEYCVVCGDKASGRHYGAVSCEGCKGFFKRSVRKNLTYSCRSNQDCIINKHHRNRC
: .: . ::::::::::::::::.:::::::::::.::::.::::...::::::::::::
CCDS90 PNKVFDLCVVCGDKASGRHYGAVTCEGCKGFFKRSIRKNLVYSCRGSKDCIINKHHRNRC
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 QFCRLKKCLEMGMKMESVQSERKPFDVQREKPSNCAASTEKIYIRKDLRSPLIATPTFVA
:.:::..:. .:::..::: ::::..:.::: :::::::::::::::::::: ::::::.
CCDS90 QYCRLQRCIAFGMKQDSVQCERKPIEVSREKSSNCAASTEKIYIRKDLRSPLTATPTFVT
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 DKDGARQTGLLDPGMLVNIQQPLIREDGTVLLATDSKAETSQGALGTLANVVTSLANLS-
:....:.::::: ::..::. .. ...::...: :::. :: :.::::::::::::.
CCDS90 DSESTRSTGLLDSGMFMNIHPSGVKTESAVLMTSD-KAESCQGDLSTLANVVTSLANLGK
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350
pF1KB5 --------------ESLNNGDTS--EIQPEDQSASEITRAFDTLAKALNTTDSSSSPSLA
:::.: ::: :.: : :. ....::::::::::: .:.. : .
CCDS90 TKDLSQNSNEMSMIESLSNDDTSLCEFQ-EMQTNGDVSRAFDTLAKALNPGESTACQSSV
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 DGIDTSGGGSIHVISRDQSTPIIEVEGPLLSDTHVTFKLTMPSPMPEYLNVHYICESASR
:.. ::.:.:. :.: : :::::::.::.:.:::::::::::::::: :::::
CCDS90 AGME----GSVHLITGDSSINYTEKEGPLLSDSHVAFRLTMPSPMPEYLNVHYIGESASR
350 360 370 380 390
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 LLFLSMHWARSIPAFQALGQDCNTSLVRACWNELFTLGLAQCAQVMSLSTILAAIVNHLQ
::::::::: :::.::::::. . :::.: :::::::::::: :::...::::..:: :.
CCDS90 LLFLSMHWALSIPSFQALGQENSISLVKAYWNELFTLGLAQCWQVMNVATILATFVNCLH
400 410 420 430 440 450
480 490 500 510 520 530
pF1KB5 NSIQEDKLSGDRIKQVMEHIWKLQEFCNSMAKLDIDGYEYAYLKAIVLFSPDHPGLTSTS
::.:.::.: .: : .::::.:::::::::.:: ::::::::::::::::::::.: .
CCDS90 NSLQQDKMSTERRKLLMEHIFKLQEFCNSMVKLCIDGYEYAYLKAIVLFSPDHPSLENME
460 470 480 490 500 510
540 550 560 570 580 590
pF1KB5 QIEKFQEKAQMELQDYVQKTYSEDTYRLARILVRLPALRLMSSNITEELFFTGLIGNVSI
::::::::: .:.:::. ::: .:::::.:.:.::::::::...::::::: :::::. :
CCDS90 QIEKFQEKAYVEFQDYITKTYPDDTYRLSRLLLRLPALRLMNATITEELFFKGLIGNIRI
520 530 540 550 560 570
600 610
pF1KB5 DSIIPYILKMETAEYNGQITGASL
::.::.::::: :.::.:: : :.
CCDS90 DSVIPHILKMEPADYNSQIIGHSI
580 590 600
>>CCDS41821.1 NR2C1 gene_id:7181|Hs108|chr12 (467 aa)
initn: 1746 init1: 794 opt: 1060 Z-score: 1121.5 bits: 217.2 E(32554): 3.8e-56
Smith-Waterman score: 1681; 60.4% identity (81.1% similar) in 455 aa overlap (43-476:18-464)
20 30 40 50 60 70
pF1KB5 TDSAVASPQRIQGSEPASGPLSVFTSLNKEKIVTDQQTGQKIQIVTAVDASGSPKQQFIL
.:::.::::::::::::.: . . :: :::
CCDS41 MATIEEIAHQIIEQQMGEIVTEQQTGQKIQIVTALDHNTQGKQ-FIL
10 20 30 40
80 90 100 110 120
pF1KB5 TSPDGAGTGKVILASPETSSAKQLIFTTSDNLVPGRIQIVTDSASVERLLGKTDV---QR
:. ::. .::::: ... .: ...:: : ... ..: . :...: :: :
CCDS41 TNHDGSTPSKVILARQDSTPGK-VFLTTPDAAGVNQLFFTTPDLSAQHLQLLTDNSPDQG
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 P-QVVEYCVVCGDKASGRHYGAVSCEGCKGFFKRSVRKNLTYSCRSNQDCIINKHHRNRC
: .: . ::::::::::::::::.:::::::::::.::::.::::...::::::::::::
CCDS41 PNKVFDLCVVCGDKASGRHYGAVTCEGCKGFFKRSIRKNLVYSCRGSKDCIINKHHRNRC
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 QFCRLKKCLEMGMKMESVQSERKPFDVQREKPSNCAASTEKIYIRKDLRSPLIATPTFVA
:.:::..:. .:::..::: ::::..:.::: :::::::::::::::::::: ::::::.
CCDS41 QYCRLQRCIAFGMKQDSVQCERKPIEVSREKSSNCAASTEKIYIRKDLRSPLTATPTFVT
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 DKDGARQTGLLDPGMLVNIQQPLIREDGTVLLATDSKAETSQGALGTLANVVTSLANLS-
:....:.::::: ::..::. .. ...::...: :::. :: :.::::::::::::.
CCDS41 DSESTRSTGLLDSGMFMNIHPSGVKTESAVLMTSD-KAESCQGDLSTLANVVTSLANLGK
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350
pF1KB5 --------------ESLNNGDTS--EIQPEDQSASEITRAFDTLAKALNTTDSSSSPSLA
:::.: ::: :.: : :. ....::::::::::: .:.. : .
CCDS41 TKDLSQNSNEMSMIESLSNDDTSLCEFQ-EMQTNGDVSRAFDTLAKALNPGESTACQSSV
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 DGIDTSGGGSIHVISRDQSTPIIEVEGPLLSDTHVTFKLTMPSPMPEYLNVHYICESASR
:.. ::.:.:. :.: : :::::::.::.:.:::::::::::::::: :::::
CCDS41 AGME----GSVHLITGDSSINYTEKEGPLLSDSHVAFRLTMPSPMPEYLNVHYIGESASR
350 360 370 380 390
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 LLFLSMHWARSIPAFQALGQDCNTSLVRACWNELFTLGLAQCAQVMSLSTILAAIVNHLQ
::::::::: :::.::::::. . :::.: :::::::::::: :::...::::..:: :.
CCDS41 LLFLSMHWALSIPSFQALGQENSISLVKAYWNELFTLGLAQCWQVMNVATILATFVNCLH
400 410 420 430 440 450
480 490 500 510 520 530
pF1KB5 NSIQEDKLSGDRIKQVMEHIWKLQEFCNSMAKLDIDGYEYAYLKAIVLFSPDHPGLTSTS
::.:.
CCDS41 NSLQQAEG
460
>>CCDS44953.1 NR2C1 gene_id:7181|Hs108|chr12 (483 aa)
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Smith-Waterman score: 1689; 60.5% identity (81.1% similar) in 456 aa overlap (43-477:18-465)
20 30 40 50 60 70
pF1KB5 TDSAVASPQRIQGSEPASGPLSVFTSLNKEKIVTDQQTGQKIQIVTAVDASGSPKQQFIL
.:::.::::::::::::.: . . :: :::
CCDS44 MATIEEIAHQIIEQQMGEIVTEQQTGQKIQIVTALDHNTQGKQ-FIL
10 20 30 40
80 90 100 110 120
pF1KB5 TSPDGAGTGKVILASPETSSAKQLIFTTSDNLVPGRIQIVTDSASVERLLGKTDV---QR
:. ::. .::::: ... .: ...:: : ... ..: . :...: :: :
CCDS44 TNHDGSTPSKVILARQDSTPGK-VFLTTPDAAGVNQLFFTTPDLSAQHLQLLTDNSPDQG
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 P-QVVEYCVVCGDKASGRHYGAVSCEGCKGFFKRSVRKNLTYSCRSNQDCIINKHHRNRC
: .: . ::::::::::::::::.:::::::::::.::::.::::...::::::::::::
CCDS44 PNKVFDLCVVCGDKASGRHYGAVTCEGCKGFFKRSIRKNLVYSCRGSKDCIINKHHRNRC
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 QFCRLKKCLEMGMKMESVQSERKPFDVQREKPSNCAASTEKIYIRKDLRSPLIATPTFVA
:.:::..:. .:::..::: ::::..:.::: :::::::::::::::::::: ::::::.
CCDS44 QYCRLQRCIAFGMKQDSVQCERKPIEVSREKSSNCAASTEKIYIRKDLRSPLTATPTFVT
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 DKDGARQTGLLDPGMLVNIQQPLIREDGTVLLATDSKAETSQGALGTLANVVTSLANLS-
:....:.::::: ::..::. .. ...::...: :::. :: :.::::::::::::.
CCDS44 DSESTRSTGLLDSGMFMNIHPSGVKTESAVLMTSD-KAESCQGDLSTLANVVTSLANLGK
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350
pF1KB5 --------------ESLNNGDTS--EIQPEDQSASEITRAFDTLAKALNTTDSSSSPSLA
:::.: ::: :.: : :. ....::::::::::: .:.. : .
CCDS44 TKDLSQNSNEMSMIESLSNDDTSLCEFQ-EMQTNGDVSRAFDTLAKALNPGESTACQSSV
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 DGIDTSGGGSIHVISRDQSTPIIEVEGPLLSDTHVTFKLTMPSPMPEYLNVHYICESASR
:.. ::.:.:. :.: : :::::::.::.:.:::::::::::::::: :::::
CCDS44 AGME----GSVHLITGDSSINYTEKEGPLLSDSHVAFRLTMPSPMPEYLNVHYIGESASR
350 360 370 380 390
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pF1KB5 LLFLSMHWARSIPAFQALGQDCNTSLVRACWNELFTLGLAQCAQVMSLSTILAAIVNHLQ
::::::::: :::.::::::. . :::.: :::::::::::: :::...::::..:: :.
CCDS44 LLFLSMHWALSIPSFQALGQENSISLVKAYWNELFTLGLAQCWQVMNVATILATFVNCLH
400 410 420 430 440 450
480 490 500 510 520 530
pF1KB5 NSIQEDKLSGDRIKQVMEHIWKLQEFCNSMAKLDIDGYEYAYLKAIVLFSPDHPGLTSTS
::.:.:
CCDS44 NSLQQDAKVIAALIHFTRRAITDL
460 470 480
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Smith-Waterman score: 487; 38.0% identity (74.0% similar) in 200 aa overlap (400-599:54-247)
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 STPIIEVEGPLLSDTHVTFKLTMPSPMPEYLNVHYICESASRLLFLSMHWARSIPAFQAL
.... ::: :.:.:: ...:::.:: : :
CCDS45 YLSGYISLLLRAEPYPTSRFGSQCMQPNNIMGIENICELAARMLFSAVEWARNIPFFPDL
30 40 50 60 70 80
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 GQDCNTSLVRACWNELFTLGLAQCAQVMSLSTILAAIVNHLQNSIQEDKLSGDRIKQVME
...:.: :.:::.:. :::.. . .. .::: ... . .:.::. :.
CCDS45 QITDQVALLRLTWSELFVLNAAQCSMPLHVAPLLAAA------GLHASPMSADRVVAFMD
90 100 110 120 130
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pF1KB5 HIWKLQEFCNSMAKLDIDGYEYAYLKAIVLFSPDHPGLTSTSQIEKFQEKAQMELQDYVQ
:: .:: ... : .:. ::. :::::::. : ::......:..:::.: :..::.
CCDS45 HIRIFQEQVEKLKALHVDSAEYSCLKAIVLFTSDACGLSDVAHVESLQEKSQCALEEYVR
140 150 160 170 180 190
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 KTYSEDTYRLARILVRLPALRLMSSNITEELFFTGLIGNVSIDSIIPYILKMETAEYNGQ
. : .. :....:.:::.:: .::.. :.:::. :.:.. :...: .:
CCDS45 SQYPNQPTRFGKLLLRLPSLRTVSSSVIEQLFFVRLVGKTPIETLIRDMLLSGSSFNWPY
200 210 220 230 240 250
610
pF1KB5 ITGASL
CCDS45 MAIQ
260
>>CCDS45358.1 NR2F2 gene_id:7026|Hs108|chr15 (281 aa)
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Smith-Waterman score: 487; 38.0% identity (74.0% similar) in 200 aa overlap (400-599:74-267)
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 STPIIEVEGPLLSDTHVTFKLTMPSPMPEYLNVHYICESASRLLFLSMHWARSIPAFQAL
.... ::: :.:.:: ...:::.:: : :
CCDS45 YLSGYISLLLRAEPYPTSRFGSQCMQPNNIMGIENICELAARMLFSAVEWARNIPFFPDL
50 60 70 80 90 100
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 GQDCNTSLVRACWNELFTLGLAQCAQVMSLSTILAAIVNHLQNSIQEDKLSGDRIKQVME
...:.: :.:::.:. :::.. . .. .::: ... . .:.::. :.
CCDS45 QITDQVALLRLTWSELFVLNAAQCSMPLHVAPLLAAA------GLHASPMSADRVVAFMD
110 120 130 140 150
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pF1KB5 HIWKLQEFCNSMAKLDIDGYEYAYLKAIVLFSPDHPGLTSTSQIEKFQEKAQMELQDYVQ
:: .:: ... : .:. ::. :::::::. : ::......:..:::.: :..::.
CCDS45 HIRIFQEQVEKLKALHVDSAEYSCLKAIVLFTSDACGLSDVAHVESLQEKSQCALEEYVR
160 170 180 190 200 210
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 KTYSEDTYRLARILVRLPALRLMSSNITEELFFTGLIGNVSIDSIIPYILKMETAEYNGQ
. : .. :....:.:::.:: .::.. :.:::. :.:.. :...: .:
CCDS45 SQYPNQPTRFGKLLLRLPSLRTVSSSVIEQLFFVRLVGKTPIETLIRDMLLSGSSFNWPY
220 230 240 250 260 270
610
pF1KB5 ITGASL
CCDS45 MAIQ
280
>>CCDS1248.1 RXRG gene_id:6258|Hs108|chr1 (463 aa)
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30 40 50 60 70 80
pF1KB5 PASGPLSVFTSLNKEKIVTDQQTGQKIQIVTAVDASGSPKQQFILTSPDGAGTGKVILAS
: ..: ::: . ..:: : .: ::.
CCDS12 AALSTGKPMDSHPSYTDTPVSAPRTLSAVGTPLNALGSPYR--VITSAMGPPSGA--LAA
40 50 60 70 80
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pF1KB5 PETSSAKQLIFTTSDNL-VPGRIQIVTDSASVERLLGKTDVQRPQ------VVEYCVVCG
: . .:. :..: : . .. : . : : ... :. : . :..::
CCDS12 P---PGINLVAPPSSQLNVVNSVSSSEDIKPLPGLPGIGNMNYPSTSPGSLVKHICAICG
90 100 110 120 130 140
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pF1KB5 DKASGRHYGAVSCEGCKGFFKRSVRKNLTYSCRSNQDCIINKHHRNRCQFCRLKKCLEMG
:..::.:::. :::::::::::..::.: :.::.:.::.:.:..:::::.:: .::: ::
CCDS12 DRSSGKHYGVYSCEGCKGFFKRTIRKDLIYTCRDNKDCLIDKRQRNRCQYCRYQKCLVMG
150 160 170 180 190 200
210 220 230 240 250 260
pF1KB5 MKMESVQSERKPFDVQREKPSNCAASTEKIYIRKDLRSPLIATPTFVADKDGARQTGLLD
:: :.:: ::. . :. ..::.: .. :. :
CCDS12 MKREAVQEERQRSRERAESEAECATSGHE-----DM--P---------------------
210 220 230
270 280 290 300 310 320
pF1KB5 PGMLVNIQQPLIREDGTVLLATDSKAETSQGALGTLANVVTSLANLSESLNNGDTSEIQP
... : : ::.. :.:. ::
CCDS12 ------VERILEAE-----LAVEPKTESY-----------------------GD------
240 250
330 340 350 360 370 380
pF1KB5 EDQSASEITRAFDTLAKALNTTDSSSSPSLADGIDTSGGGSIHVISRDQSTPIIEVEGPL
.: .:...:
CCDS12 ------------------MNMENSTNDP--------------------------------
260
390 400 410 420 430 440
pF1KB5 LSDTHVTFKLTMPSPMPEYLNVHYICESASRLLFLSMHWARSIPAFQALGQDCNTSLVRA
: ::..:.. :: ..::. :: :. : . .. :.::
CCDS12 ---------------------VTNICHAADKQLFTLVEWAKRIPHFSDLTLEDQVILLRA
270 280 290 300
450 460 470 480 490 500
pF1KB5 CWNELFTLGLAQCAQVMSLSTILAAIVNHLQNSIQEDKLSGDRIKQVMEHIWKLQEFCNS
::::. .... .: . :: : :.. : .. :. . .: : :. ..
CCDS12 GWNELLIASFSH-RSVSVQDGILLATGLHVHRSSAHSAGVGSIFDRV------LTELVSK
310 320 330 340 350
510 520 530 540 550 560
pF1KB5 MAKLDIDGYEYAYLKAIVLFSPDHPGLTSTSQIEKFQEKAQMELQDYVQKTYSEDTYRLA
: ...: : . :.:::::.:: ::.. :..: ..::. :. :... : :. :.:
CCDS12 MKDMQMDKSELGCLRAIVLFNPDAKGLSNPSEVETLREKVYATLEAYTKQKYPEQPGRFA
360 370 380 390 400 410
570 580 590 600 610
pF1KB5 RILVRLPALRLMSSNITEELFFTGLIGNVSIDSIIPYILKMETAEYNGQITGASL
..:.:::::: .. . :.::: :::.. ::... :: : :::
CCDS12 KLLLRLPALRSIGLKCLEHLFFFKLIGDTPIDTFL-----MEMLETPLQIT
420 430 440 450 460
>>CCDS72970.1 RXRG gene_id:6258|Hs108|chr1 (340 aa)
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110 120 130 140 150 160
pF1KB5 DNLVPGRIQIVTDSASVERLLGKTDVQRPQVVEYCVVCGDKASGRHYGAVSCEGCKGFFK
: . :..:::..::.:::. ::::::::::
CCDS72 MNYPSTSPGSLVKHICAICGDRSSGKHYGVYSCEGCKGFFK
10 20 30 40
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 RSVRKNLTYSCRSNQDCIINKHHRNRCQFCRLKKCLEMGMKMESVQSERKPFDVQREKPS
:..::.: :.::.:.::.:.:..:::::.:: .::: :::: :.:: ::. . :. .
CCDS72 RTIRKDLIYTCRDNKDCLIDKRQRNRCQYCRYQKCLVMGMKREAVQEERQRSRERAESEA
50 60 70 80 90 100
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 NCAASTEKIYIRKDLRSPLIATPTFVADKDGARQTGLLDPGMLVNIQQPLIREDGTVLLA
.::.: .. :. : ... : : ::
CCDS72 ECATSGHE-----DM--P---------------------------VERILEAE-----LA
110 120
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 TDSKAETSQGALGTLANVVTSLANLSESLNNGDTSEIQPEDQSASEITRAFDTLAKALNT
.. :.:. :: .:
CCDS72 VEPKTESY-----------------------GD------------------------MNM
130
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 TDSSSSPSLADGIDTSGGGSIHVISRDQSTPIIEVEGPLLSDTHVTFKLTMPSPMPEYLN
.:...:
CCDS72 ENSTNDP-----------------------------------------------------
140
410 420 430 440 450 460
pF1KB5 VHYICESASRLLFLSMHWARSIPAFQALGQDCNTSLVRACWNELFTLGLAQCAQVMSLST
: ::..:.. :: ..::. :: :. : . .. :.:: ::::. .... .: .
CCDS72 VTNICHAADKQLFTLVEWAKRIPHFSDLTLEDQVILLRAGWNELLIASFSH-RSVSVQDG
150 160 170 180 190 200
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pF1KB5 ILAAIVNHLQNSIQEDKLSGDRIKQVMEHIWKLQEFCNSMAKLDIDGYEYAYLKAIVLFS
:: : :.. : .. :. . .: : :. ..: ...: : . :.:::::.
CCDS72 ILLATGLHVHRSSAHSAGVGSIFDRV------LTELVSKMKDMQMDKSELGCLRAIVLFN
210 220 230 240 250
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pF1KB5 PDHPGLTSTSQIEKFQEKAQMELQDYVQKTYSEDTYRLARILVRLPALRLMSSNITEELF
:: ::.. :..: ..::. :. :... : :. :.:..:.:::::: .. . :.::
CCDS72 PDAKGLSNPSEVETLREKVYATLEAYTKQKYPEQPGRFAKLLLRLPALRSIGLKCLEHLF
260 270 280 290 300 310
590 600 610
pF1KB5 FTGLIGNVSIDSIIPYILKMETAEYNGQITGASL
: :::.. ::... :: : :::
CCDS72 FFKLIGDTPIDTFL-----MEMLETPLQIT
320 330 340
>>CCDS35172.1 RXRA gene_id:6256|Hs108|chr9 (462 aa)
initn: 764 init1: 435 opt: 458 Z-score: 487.3 bits: 99.9 E(32554): 8e-21
Smith-Waterman score: 587; 28.8% identity (51.8% similar) in 569 aa overlap (64-611:42-462)
40 50 60 70 80
pF1KB5 SVFTSLNKEKIVTDQQTGQKIQIVTAVDASGSPKQQF----ILTSP-DGAGTGKVILASP
::: : :.:: .: : ...::
CCDS35 STQVNSSLTSPTGRGSMAAPSLHPSLGPGIGSPGQLHSPISTLSSPINGMGPPFSVISSP
20 30 40 50 60 70
90 100 110 120 130
pF1KB5 ------ETSSAKQLIFTTSDNLVPGRIQIVTDSASVERLLGKTDVQR----PQ------V
. .. : :.:.. . . .. :..: ... :: . : . :. .
CCDS35 MGPHSMSVPTTPTLGFSTGSPQLSSPMNPVSSSEDIKPPLGLNGVLKVPAHPSGNMASFT
80 90 100 110 120 130
140 150 160 170 180 190
pF1KB5 VEYCVVCGDKASGRHYGAVSCEGCKGFFKRSVRKNLTYSCRSNQDCIINKHHRNRCQFCR
. :..:::..::.:::. :::::::::::.:::.:::.::.:.::.:.:..:::::.::
CCDS35 KHICAICGDRSSGKHYGVYSCEGCKGFFKRTVRKDLTYTCRDNKDCLIDKRQRNRCQYCR
140 150 160 170 180 190
200 210 220 230 240 250
pF1KB5 LKKCLEMGMKMESVQSERKPFDVQREKPSNCAASTEKIYIRKDLRSPLIATPTFVADKDG
.::: :::: :.:: :: :: : : .....: : :..:
CCDS35 YQKCLAMGMKREAVQEER-----QRGKDRN----------ENEVES------TSSANED-
200 210 220
260 270 280 290 300 310
pF1KB5 ARQTGLLDPGMLVNIQQPLIREDGTVLLATDSKAETSQGALGTLANVVTSLANLSESLNN
. ... : : ::.. :.:: : :
CCDS35 ------------MPVERILEAE-----LAVEPKTETYVEA------------------NM
230 240 250
320 330 340 350 360 370
pF1KB5 GDTSEIQPEDQSASEITRAFDTLAKALNTTDSSSSPSLADGIDTSGGGSIHVISRDQSTP
: ..: :::. :
CCDS35 G----LNP-------------------------SSPN---------------------DP
260
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pF1KB5 IIEVEGPLLSDTHVTFKLTMPSPMPEYLNVHYICESASRLLFLSMHWARSIPAFQALGQD
. . ::..:.. :: ..::. :: :. : :
CCDS35 VTN-----------------------------ICQAADKQLFTLVEWAKRIPHFSELPLD
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pF1KB5 CNTSLVRACWNELFTLGLAQCAQVMSLSTILAAIVNHLQNSIQEDKLSGDRIKQVMEHIW
.. :.:: ::::. .... . ... . .::. .. .:: . .: . .....
CCDS35 DQVILLRAGWNELLIASFSHRSIAVKDGILLATGLHVHRNSAHS---AG--VGAIFDRV-
300 310 320 330 340
500 510 520 530 540 550
pF1KB5 KLQEFCNSMAKLDIDGYEYAYLKAIVLFSPDHPGLTSTSQIEKFQEKAQMELQDYVQKTY
: :. ..: ...: : . :.:::::.:: ::.. ...: ..::. :. : .. :
CCDS35 -LTELVSKMRDMQMDKTELGCLRAIVLFNPDSKGLSNPAEVEALREKVYASLEAYCKHKY
350 360 370 380 390 400
560 570 580 590 600 610
pF1KB5 SEDTYRLARILVRLPALRLMSSNITEELFFTGLIGNVSIDSIIPYILKMETAEYNGQITG
:. :.:..:.:::::: .. . :.::: :::.. ::... :: : :.:
CCDS35 PEQPGRFAKLLLRLPALRSIGLKCLEHLFFFKLIGDTPIDTFL-----MEMLEAPHQMT
410 420 430 440 450 460
pF1KB5 ASL
615 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 17:39:20 2016 done: Thu Nov 3 17:39:21 2016
Total Scan time: 3.320 Total Display time: 0.090
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]