Result of FASTA (ccds) for
pF1KB4929
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4929, 198 aa
1>>>pF1KB4929 198 - 198 aa - 198 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0919+/-0.000966; mu= 14.4684+/- 0.059
mean_var=77.8412+/-16.379, 0's: 0 Z-trim(105.8): 115 B-trim: 351 in 1/49
Lambda= 0.145368
statistics sampled from 8501 (8640) to 8501 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.652), E-opt: 0.2 (0.265), width: 16
Scan time: 1.970
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4177.1 SAR1B gene_id:51128|Hs108|chr5 ( 198) 1312 284.5 2.9e-77
CCDS7298.1 SAR1A gene_id:56681|Hs108|chr10 ( 198) 1215 264.1 3.9e-71
CCDS9695.1 ARF6 gene_id:382|Hs108|chr14 ( 175) 320 76.4 1.1e-14
CCDS8088.1 ARL2 gene_id:402|Hs108|chr11 ( 184) 313 74.9 3.3e-14
CCDS1565.1 ARF1 gene_id:375|Hs108|chr1 ( 181) 311 74.5 4.3e-14
CCDS8774.1 ARF3 gene_id:377|Hs108|chr12 ( 181) 307 73.7 7.7e-14
CCDS3192.1 ARL14 gene_id:80117|Hs108|chr3 ( 192) 307 73.7 8.1e-14
CCDS9419.1 ARL11 gene_id:115761|Hs108|chr13 ( 196) 306 73.5 9.5e-14
CCDS43322.1 TRIM23 gene_id:373|Hs108|chr5 ( 569) 306 73.9 2.1e-13
CCDS34745.1 ARF5 gene_id:381|Hs108|chr7 ( 180) 298 71.8 2.9e-13
CCDS2928.1 ARL6 gene_id:84100|Hs108|chr3 ( 186) 298 71.8 2.9e-13
CCDS11463.1 ARL4D gene_id:379|Hs108|chr17 ( 201) 296 71.4 4.1e-13
CCDS3986.1 TRIM23 gene_id:373|Hs108|chr5 ( 546) 300 72.6 4.8e-13
CCDS2566.1 ARL8B gene_id:55207|Hs108|chr3 ( 186) 294 71.0 5.2e-13
CCDS3987.1 TRIM23 gene_id:373|Hs108|chr5 ( 574) 297 72.0 7.8e-13
CCDS2884.1 ARF4 gene_id:378|Hs108|chr3 ( 180) 284 68.8 2.2e-12
CCDS1421.1 ARL8A gene_id:127829|Hs108|chr1 ( 186) 283 68.7 2.6e-12
CCDS7538.1 ARL3 gene_id:403|Hs108|chr10 ( 182) 276 67.2 7e-12
CCDS2925.1 ARL13B gene_id:200894|Hs108|chr3 ( 428) 278 67.9 9.9e-12
CCDS44958.1 ARL1 gene_id:400|Hs108|chr12 ( 181) 266 65.1 3e-11
CCDS5359.1 ARL4A gene_id:10124|Hs108|chr7 ( 200) 261 64.1 6.7e-11
>>CCDS4177.1 SAR1B gene_id:51128|Hs108|chr5 (198 aa)
initn: 1312 init1: 1312 opt: 1312 Z-score: 1500.5 bits: 284.5 E(32554): 2.9e-77
Smith-Waterman score: 1312; 100.0% identity (100.0% similar) in 198 aa overlap (1-198:1-198)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MSFIFDWIYSGFSSVLQFLGLYKKTGKLVFLGLDNAGKTTLLHMLKDDRLGQHVPTLHPT
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CCDS41 MSFIFDWIYSGFSSVLQFLGLYKKTGKLVFLGLDNAGKTTLLHMLKDDRLGQHVPTLHPT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 SEELTIAGMTFTTFDLGGHVQARRVWKNYLPAINGIVFLVDCADHERLLESKEELDSLMT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 SEELTIAGMTFTTFDLGGHVQARRVWKNYLPAINGIVFLVDCADHERLLESKEELDSLMT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 DETIANVPILILGNKIDRPEAISEERLREMFGLYGQTTGKGSISLKELNARPLEVFMCSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 DETIANVPILILGNKIDRPEAISEERLREMFGLYGQTTGKGSISLKELNARPLEVFMCSV
130 140 150 160 170 180
190
pF1KB4 LKRQGYGEGFRWMAQYID
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CCDS41 LKRQGYGEGFRWMAQYID
190
>>CCDS7298.1 SAR1A gene_id:56681|Hs108|chr10 (198 aa)
initn: 1215 init1: 1215 opt: 1215 Z-score: 1390.5 bits: 264.1 E(32554): 3.9e-71
Smith-Waterman score: 1215; 89.9% identity (98.0% similar) in 198 aa overlap (1-198:1-198)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MSFIFDWIYSGFSSVLQFLGLYKKTGKLVFLGLDNAGKTTLLHMLKDDRLGQHVPTLHPT
:::::.:::.::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 MSFIFEWIYNGFSSVLQFLGLYKKSGKLVFLGLDNAGKTTLLHMLKDDRLGQHVPTLHPT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 SEELTIAGMTFTTFDLGGHVQARRVWKNYLPAINGIVFLVDCADHERLLESKEELDSLMT
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CCDS72 SEELTIAGMTFTTFDLGGHEQARRVWKNYLPAINGIVFLVDCADHSRLVESKVELNALMT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 DETIANVPILILGNKIDRPEAISEERLREMFGLYGQTTGKGSISLKELNARPLEVFMCSV
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CCDS72 DETISNVPILILGNKIDRTDAISEEKLREIFGLYGQTTGKGNVTLKELNARPMEVFMCSV
130 140 150 160 170 180
190
pF1KB4 LKRQGYGEGFRWMAQYID
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CCDS72 LKRQGYGEGFRWLSQYID
190
>>CCDS9695.1 ARF6 gene_id:382|Hs108|chr14 (175 aa)
initn: 318 init1: 318 opt: 320 Z-score: 376.8 bits: 76.4 E(32554): 1.1e-14
Smith-Waterman score: 320; 38.3% identity (74.4% similar) in 133 aa overlap (24-153:12-141)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MSFIFDWIYSGFSSVLQFLGLYKKTGKLVFLGLDNAGKTTLLHMLKDDRLGQHV---PTL
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CCDS96 MGKVLSKIFGNKEMRILMLGLDAAGKTTILYKLK---LGQSVTTIPTV
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 HPTSEELTIAGMTFTTFDLGGHVQARRVWKNYLPAINGIVFLVDCADHERLLESKEELDS
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CCDS96 GFNVETVTYKNVKFNVWDVGGQDKIRPLWRHYYTGTQGLIFVVDCADRDRIDEARQELHR
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 LMTDETIANVPILILGNKIDRPEAISEERLREMFGLYGQTTGKGSISLKELNARPLEVFM
...:. . .. :::..:: : :.:.. ....: .::
CCDS96 IINDREMRDAIILIFANKQDLPDAMKPHEIQEKLGLTRIRDRNWYVQPSCATSGDGLYEG
110 120 130 140 150 160
180 190
pF1KB4 CSVLKRQGYGEGFRWMAQYID
CCDS96 LTWLTSNYKS
170
>>CCDS8088.1 ARL2 gene_id:402|Hs108|chr11 (184 aa)
initn: 293 init1: 293 opt: 313 Z-score: 368.6 bits: 74.9 E(32554): 3.3e-14
Smith-Waterman score: 313; 34.3% identity (72.0% similar) in 143 aa overlap (11-153:2-144)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MSFIFDWIYSGFSSVLQFLGLYKKTGKLVFLGLDNAGKTTLLHMLKDDRLGQHVPTLHPT
:. ..:. . .. .:..::::::::::.:. .. . . ::: .
CCDS80 MGLLTILKKMKQKERELRLLMLGLDNAGKTTILKKFNGEDIDTISPTLGFN
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 SEELTIAGMTFTTFDLGGHVQARRVWKNYLPAINGIVFLVDCADHERLLESKEELDSLMT
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CCDS80 IKTLEHRGFKLNIWDVGGQKSLRSYWRNYFESTDGLIWVVDSADRQRMQDCQRELQSLLV
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 DETIANVPILILGNKIDRPEAISEERLREMFGLYGQTTGKGSISLKELNARPLEVFMCSV
.: .:.. .::..:: : : :.: . .::.. :
CCDS80 EERLAGATLLIFANKQDLPGALSSNAIREVLELDSIRSHHWCIQGCSAVTGENLLPGIDW
120 130 140 150 160 170
190
pF1KB4 LKRQGYGEGFRWMAQYID
CCDS80 LLDDISSRIFTAD
180
>>CCDS1565.1 ARF1 gene_id:375|Hs108|chr1 (181 aa)
initn: 301 init1: 301 opt: 311 Z-score: 366.4 bits: 74.5 E(32554): 4.3e-14
Smith-Waterman score: 312; 29.8% identity (66.3% similar) in 181 aa overlap (18-197:9-177)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MSFIFDWIYSGFSSVLQFLGLY-KKTGKLVFLGLDNAGKTTLLHMLKDDRLGQHVPTLHP
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CCDS15 MGNIFANLFKGLFGKKEMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGF
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 TSEELTIAGMTFTTFDLGGHVQARRVWKNYLPAINGIVFLVDCADHERLLESKEELDSLM
. : . ...::..:.::. . : .:..:. .:..:.:: :.::. :..::: ..
CCDS15 NVETVEYKNISFTVWDVGGQDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELMRML
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 TDETIANVPILILGNKIDRPEAISEERLREMFGLYGQTTGKGSISLKELNARPLEVFMCS
... . .. .:...:: : :.:.. .. . .::. ::.. : . :.
CCDS15 AEDELRDAVLLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLH---------SLRHRNWYIQAT--CA
120 130 140 150 160
180 190
pF1KB4 VLKRQGYGEGFRWMAQYID
. . .: ::. :... .
CCDS15 T-SGDGLYEGLDWLSNQLRNQK
170 180
>>CCDS8774.1 ARF3 gene_id:377|Hs108|chr12 (181 aa)
initn: 301 init1: 301 opt: 307 Z-score: 361.9 bits: 73.7 E(32554): 7.7e-14
Smith-Waterman score: 312; 29.6% identity (66.7% similar) in 186 aa overlap (12-197:5-177)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MSFIFDWIYSGFSSVLQFLGLYKKTGKLVFLGLDNAGKTTLLHMLKDDRLGQHVPTLHPT
:...:. : . :: .....::: :::::.:. :: .. .::. .
CCDS87 MGNIFGNLLKSL-IGKKEMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFN
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 SEELTIAGMTFTTFDLGGHVQARRVWKNYLPAINGIVFLVDCADHERLLESKEELDSLMT
: . ...::..:.::. . : .:..:. .:..:.:: :.::. :..::: ...
CCDS87 VETVEYKNISFTVWDVGGQDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELMRMLA
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 DETIANVPILILGNKIDRPEAISEERLREMFGLYGQTTGKGSISLKELNARPLEVFMCSV
.. . .. .:...:: : :.:.. .. . .::. ::.. : . :..
CCDS87 EDELRDAVLLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLH---------SLRHRNWYIQAT--CAT
120 130 140 150 160
190
pF1KB4 LKRQGYGEGFRWMAQYID
. .: ::. :.:. .
CCDS87 -SGDGLYEGLDWLANQLKNKK
170 180
>>CCDS3192.1 ARL14 gene_id:80117|Hs108|chr3 (192 aa)
initn: 322 init1: 230 opt: 307 Z-score: 361.6 bits: 73.7 E(32554): 8.1e-14
Smith-Waterman score: 327; 32.0% identity (65.7% similar) in 175 aa overlap (24-197:12-175)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MSFIFDWIYSGFSSVLQFLGLYKKTGKLVFLGLDNAGKTTLLHMLKDDRLGQHVPTLHPT
: .....::::.:::.:::. :: . .::. .
CCDS31 MGSLGSKNPQTKQAQVLLLGLDSAGKSTLLYKLKLAKDITTIPTIGFN
10 20 30 40
70 80 90 100 110
pF1KB4 SEELTIA-GMTFTTFDLGGHVQARRVWKNYLPAINGIVFLVDCADHERLLESKEELDSLM
: . . ....:..:.::. . : :: : .:.:..:: .:..:: ::..... ..
CCDS31 VEMIELERNLSLTVWDVGGQEKMRTVWGCYCENTDGLVYVVDSTDKQRLEESQRQFEHIL
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 TDETIANVPILILGNKIDRPEAISEERLREMFGLYGQTTGKGSISLKELNARPLEVFMCS
.: : :::...:.:: : : :.. : . .:: . : : .. ..: :
CCDS31 KNEHIKNVPVVLLANKQDMPGALTAEDITRMFKV------KKLCSDRNWYVQP-----CC
110 120 130 140 150
180 190
pF1KB4 VLKRQGYGEGFRWMAQYID
.: .: ..::: .. ..
CCDS31 ALTGEGLAQGFRKLTGFVKSHMKSRGDTLAFFKQN
160 170 180 190
>>CCDS9419.1 ARL11 gene_id:115761|Hs108|chr13 (196 aa)
initn: 278 init1: 178 opt: 306 Z-score: 360.3 bits: 73.5 E(32554): 9.5e-14
Smith-Waterman score: 309; 33.3% identity (65.5% similar) in 174 aa overlap (22-192:9-170)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MSFIFDWIYSGFSSVLQFLGLYKKTGKLVFLGLDNAGKTTLLHMLKDDRLGQHVPTLHPT
.: ...:..:::.:::::::. :: .: . .::. .
CCDS94 MGSVNSRGHKAEAQVVMMGLDSAGKTTLLYKLKGHQLVETLPTVGFN
10 20 30 40
70 80 90 100 110
pF1KB4 SEELTIAG-MTFTTFDLGGHVQARRVWKNYLPAINGIVFLVDCADHERLLESKEELDSLM
: : : ...: .:.::.. : ::.:: . . .:...: .:. :: :: :: ..
CCDS94 VEPLKAPGHVSLTLWDVGGQAPLRASWKDYLEGTDILVYVLDSTDEARLPESAAELTEVL
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 TDETIANVPILILGNKIDRPEAISEERLREMFGLYGQTTGKGSISLKELNARPLEVFMCS
.: ..:.::.:.:.:: . :.:. ..:. .::.... . :. ::
CCDS94 NDPNMAGVPFLVLANKQEAPDALPLLKIRN------------RLSLERFQDHCWELRGCS
110 120 130 140 150
180 190
pF1KB4 VLKRQGYGEGFR--WMAQYID
.: .: :... :
CCDS94 ALTGEGLPEALQSLWSLLKSRSCMCLQARAHGAERGDSKRS
160 170 180 190
>>CCDS43322.1 TRIM23 gene_id:373|Hs108|chr5 (569 aa)
initn: 258 init1: 258 opt: 306 Z-score: 354.2 bits: 73.9 E(32554): 2.1e-13
Smith-Waterman score: 306; 34.2% identity (69.1% similar) in 152 aa overlap (27-178:406-556)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MSFIFDWIYSGFSSVLQFLGLYKKTGKLVFLGLDNAGKTTLLHMLKDDRLGQHVPT
..: ::::.:::::.: ::.:.. : .::
CCDS43 EVADHIQLDASIPVTFTKDNRVHIGPKMEIRVVTLGLDGAGKTTILFKLKQDEFMQPIPT
380 390 400 410 420 430
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 LHPTSEELTIAGMTFTTFDLGGHVQARRVWKNYLPAINGIVFLVDCADHERLLESKEELD
. . : . .. :: .:.::. . : .::.: ...::.:: . ..:. :.. ::
CCDS43 IGFNVETVEYKNLKFTIWDVGGKHKLRPLWKHYYLNTQAVVFVVDSSHRDRISEAHSELA
440 450 460 470 480 490
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 SLMTDETIANVPILILGNKIDRPEAISEERLREMFGLYGQTTGKGSISLKELNARPLEVF
.:.:.. . .. .::..:: : :.: :.. :...:. :. : .. .:: . .
CCDS43 KLLTEKELRDALLLIFANKQDVAGALSVEEITELLSLHKLCCGR-SWYIQGCDARSVFQI
500 510 520 530 540 550
180 190
pF1KB4 MCSVLKRQGYGEGFRWMAQYID
.:
CCDS43 ICDQYTGKEVVTEKG
560
>>CCDS34745.1 ARF5 gene_id:381|Hs108|chr7 (180 aa)
initn: 298 init1: 298 opt: 298 Z-score: 351.7 bits: 71.8 E(32554): 2.9e-13
Smith-Waterman score: 301; 28.9% identity (63.0% similar) in 173 aa overlap (23-195:15-175)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MSFIFDWIYSGFSSVLQFLGLYKKTGKLVFLGLDNAGKTTLLHMLKDDRLGQHVPTLHPT
:: .....::: :::::.:. :: .. .::. .
CCDS34 MGLTVSALFSRIFGKKQMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFN
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 SEELTIAGMTFTTFDLGGHVQARRVWKNYLPAINGIVFLVDCADHERLLESKEELDSLMT
: . .. ::..:.::. . : .:..:. .:..:.:: :.::. :: .::....
CCDS34 VETVEYKNICFTVWDVGGQDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRERVQESADELQKMLQ
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 DETIANVPILILGNKIDRPEAISEERLREMFGLYGQTTGKGSISLKELNARPLEVFMCSV
.. . .. .:...:: : :.:. .: . .:: ..: .: : .
CCDS34 EDELRDAVLLVFANKQDMPNAMPVSELTDKLGL------------QHLRSRTWYVQATCA
120 130 140 150 160
190
pF1KB4 LKRQGYGEGFRWMAQYID
. : .:. :...
CCDS34 TQGTGLYDGLDWLSHELSKR
170 180
198 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]