Result of FASTA (ccds) for
pF1KB4822
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4822, 451 aa
1>>>pF1KB4822 451 - 451 aa - 451 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9161+/-0.000867; mu= 16.4904+/- 0.052
mean_var=115.7686+/-22.708, 0's: 0 Z-trim(110.8): 28 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.119201
statistics sampled from 11856 (11881) to 11856 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.735), E-opt: 0.2 (0.365), width: 16
Scan time: 3.210
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4469.1 IRF4 gene_id:3662|Hs108|chr6 ( 451) 3222 565.0 5.7e-161
CCDS1492.1 IRF6 gene_id:3664|Hs108|chr1 ( 467) 667 125.6 1.1e-28
CCDS10956.1 IRF8 gene_id:3394|Hs108|chr16 ( 426) 638 120.6 3.2e-27
CCDS9615.1 IRF9 gene_id:10379|Hs108|chr14 ( 393) 525 101.1 2.1e-21
CCDS5808.1 IRF5 gene_id:3663|Hs108|chr7 ( 498) 421 83.3 6.1e-16
CCDS3835.1 IRF2 gene_id:3660|Hs108|chr4 ( 349) 406 80.6 2.8e-15
CCDS4155.1 IRF1 gene_id:3659|Hs108|chr5 ( 325) 382 76.4 4.7e-14
CCDS56512.1 IRF5 gene_id:3663|Hs108|chr7 ( 412) 378 75.8 9e-14
CCDS43645.1 IRF5 gene_id:3663|Hs108|chr7 ( 514) 378 75.9 1.1e-13
CCDS55681.1 IRF6 gene_id:3664|Hs108|chr1 ( 372) 353 71.5 1.6e-12
CCDS56099.1 IRF3 gene_id:3661|Hs108|chr19 ( 300) 347 70.4 2.9e-12
CCDS12775.1 IRF3 gene_id:3661|Hs108|chr19 ( 427) 347 70.5 3.7e-12
CCDS59409.1 IRF3 gene_id:3661|Hs108|chr19 ( 452) 347 70.5 3.9e-12
>>CCDS4469.1 IRF4 gene_id:3662|Hs108|chr6 (451 aa)
initn: 3222 init1: 3222 opt: 3222 Z-score: 3003.5 bits: 565.0 E(32554): 5.7e-161
Smith-Waterman score: 3222; 100.0% identity (100.0% similar) in 451 aa overlap (1-451:1-451)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MNLEGGGRGGEFGMSAVSCGNGKLRQWLIDQIDSGKYPGLVWENEEKSIFRIPWKHAGKQ
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CCDS44 MNLEGGGRGGEFGMSAVSCGNGKLRQWLIDQIDSGKYPGLVWENEEKSIFRIPWKHAGKQ
10 20 30 40 50 60
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pF1KB4 DYNREEDAALFKAWALFKGKFREGIDKPDPPTWKTRLRCALNKSNDFEELVERSQLDISD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 DYNREEDAALFKAWALFKGKFREGIDKPDPPTWKTRLRCALNKSNDFEELVERSQLDISD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 PYKVYRIVPEGAKKGAKQLTLEDPQMSMSHPYTMTTPYPSLPAQQVHNYMMPPLDRSWRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 PYKVYRIVPEGAKKGAKQLTLEDPQMSMSHPYTMTTPYPSLPAQQVHNYMMPPLDRSWRD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 YVPDQPHPEIPYQCPMTFGPRGHHWQGPACENGCQVTGTFYACAPPESQAPGVPTEPSIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 YVPDQPHPEIPYQCPMTFGPRGHHWQGPACENGCQVTGTFYACAPPESQAPGVPTEPSIR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 SAEALAFSDCRLHICLYYREILVKELTTSSPEGCRISHGHTYDASNLDQVLFPYPEDNGQ
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CCDS44 SAEALAFSDCRLHICLYYREILVKELTTSSPEGCRISHGHTYDASNLDQVLFPYPEDNGQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 RKNIEKLLSHLERGVVLWMAPDGLYAKRLCQSRIYWDGPLALCNDRPNKLERDQTCKLFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 RKNIEKLLSHLERGVVLWMAPDGLYAKRLCQSRIYWDGPLALCNDRPNKLERDQTCKLFD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 TQQFLSELQAFAHHGRSLPRFQVTLCFGEEFPDPQRQRKLITAHVEPLLARQLYYFAQQN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 TQQFLSELQAFAHHGRSLPRFQVTLCFGEEFPDPQRQRKLITAHVEPLLARQLYYFAQQN
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KB4 SGHFLRGYDLPEHISNPEDYHRSIRHSSIQE
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CCDS44 SGHFLRGYDLPEHISNPEDYHRSIRHSSIQE
430 440 450
>>CCDS1492.1 IRF6 gene_id:3664|Hs108|chr1 (467 aa)
initn: 675 init1: 397 opt: 667 Z-score: 628.6 bits: 125.6 E(32554): 1.1e-28
Smith-Waterman score: 803; 33.9% identity (60.9% similar) in 445 aa overlap (23-438:9-427)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MNLEGGGRGGEFGMSAVSCGNGKLRQWLIDQIDSGKYPGLVWENEEKSIFRIPWKHAGKQ
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CCDS14 MALHPRRVRLKPWLVAQVDSGLYPGLIWLHRDSKRFQIPWKHATRH
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 DYNREEDAALFKAWALFKGKFREGIDKPDPPTWKTRLRCALNKSNDFEELVERSQLDISD
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CCDS14 SPQQEEENTIFKAWAVETGKYQEGVDDPDPAKWKAQLRCALNKSREFNLMYDGTKEVPMN
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 PYKVYRIVPEGAKKGAKQLTLEDPQMSMSHPYTMTTPYPSLPAQQVHNYMMPPLDRSWRD
: :.:.. . .:: :. .: . : : .. : .:. ..
CCDS14 PVKIYQVC-----------DIPQPQGSIINPGST----GSAPWDEKDN----DVDEEDEE
110 120 130 140
190 200 210 220 230
pF1KB4 YVPDQPHPEIPYQCPMTFGPRGHHWQGPA----CENG-CQVTGTFYACAPPESQAPGVPT
:: . ..: : . : . ..:: : : :. ... : : ..: .:
CCDS14 DELDQSQHHVPIQDTFPFLNINGSPMAPASVGNCSVGNCSPEAVWPKTEPLEMEVPQAPI
150 160 170 180 190 200
240 250 260 270 280
pF1KB4 EPSIRSAE----ALAFSDCRLHICLYYR-EILVKELTTSSPEGCRISHG---------HT
.: : : .: ..: : : . :: . . .:.:.:.:::. .: .
CCDS14 QPFYSSPELWISSLPMTD--LDIKFQYRGKEYGQTMTVSNPQGCRLFYGDLGPMPDQEEL
210 220 230 240 250 260
290 300 310 320 330
pF1KB4 YDASNLDQVLFPYPE---DNGQRKNIEKLLSHLERGVVLWMAPDGLYAKRLCQSRIYWDG
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CCDS14 FGPVSLEQVKFPGPEHITNEKQKLFTSKLLDVMDRGLILEVSGHAIYAIRLCQCKVYWSG
270 280 290 300 310 320
340 350 360 370 380 390
pF1KB4 PLALCNDRPNKLERDQTCKLFDTQQFLSELQAFAHHGRSL---PRFQVTLCFGEEFPDPQ
: : :: .::.. ::: . :::.: .::. .. : :.. ::::::.:: .
CCDS14 PCAPSLVAPNLIERQKKVKLFCLETFLSDL--IAHQKGQIEKQPPFEIYLCFGEEWPDGK
330 340 350 360 370 380
400 410 420 430 440 450
pF1KB4 R-QRKLITAHVEPLLARQLYYFAQQNSGHFLRGYD---LPEHISNPEDYHRSIRHSSIQE
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CCDS14 PLERKLILVQVIPVVARMIY---EMFSGDFTRSFDSGSVRLQISTPDIKDNIVAQLKQLY
390 400 410 420 430 440
CCDS14 RILQTQESWQPMQPTPSMQLPPALPPQ
450 460
>>CCDS10956.1 IRF8 gene_id:3394|Hs108|chr16 (426 aa)
initn: 1103 init1: 388 opt: 638 Z-score: 602.2 bits: 120.6 E(32554): 3.2e-27
Smith-Waterman score: 1040; 45.6% identity (63.7% similar) in 421 aa overlap (20-422:6-386)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MNLEGGGRGGEFGMSAVSCGNGKLRQWLIDQIDSGKYPGLVWENEEKSIFRIPWKHAGKQ
:. .::::::.::::. ::::.:::::::.:::::::::::
CCDS10 MCDRNGGRRLRQWLIEQIDSSMYPGLIWENEEKSMFRIPWKHAGKQ
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 DYNREEDAALFKAWALFKGKFREGIDKPDPPTWKTRLRCALNKSNDFEELVERSQLDISD
:::.: ::..:::::.:::::.:: :: .: ::::::::::::: ::::...:::::::.
CCDS10 DYNQEVDASIFKAWAVFKGKFKEG-DKAEPATWKTRLRCALNKSPDFEEVTDRSQLDISE
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170
pF1KB4 PYKVYRIVPEGAKK---GAKQLTLEDPQMSMSHPYTMTTPYPSLPAQQVHNYMMPPLDRS
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CCDS10 PYKVYRIVPEEEQKCKLGVATAGCVNEVTEMECGRSEIDELIKEPS--VDDYM-------
110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 WRDYVPDQPHPEIPYQCPMTFGPRGHHWQGPACENGCQVTGTFYACAPPESQAPGVP--T
.. .: : : : . : : .: : . ::: :
CCDS10 --GMIKRSPSP--PEACRSQLLP---DW---------------WAQQP----STGVPLVT
160 170 180 190
240 250 260 270 280
pF1KB4 EPSIRSAEALAFSDCRLHICLYYREILVKELTTSSPEGCRISHGHT-------YDASNLD
. .:. ::: .. : .:: :: . ::. :::::.: .. : .:.
CCDS10 GYTTYDAHHSAFS--QMVISFYYGGKLVGQATTTCPEGCRLSLSQPGLPGTKLYGPEGLE
200 210 220 230 240
290 300 310 320 330 340
pF1KB4 QVLFPYPED----NGQRKNIEKLLSHLERGVVLWMAPDGLYAKRLCQSRIYWDGPLALCN
: :: : : . ::. .::..::::::.: . .:...:::::.:.. .: ..:.
CCDS10 LVRFP-PADAIPSERQRQVTRKLFGHLERGVLLHSSRQGVFVKRLCQGRVFCSGNAVVCK
250 260 270 280 290 300
350 360 370 380 390 400
pF1KB4 DRPNKLERDQTCKLFDTQQFLSELQAFAHHGRSLPRFQVTLCFGEEFPD--PQRQRKLIT
::::::::.. ..:::.::. ::: : . :: .:.::::::::: : :. :::
CCDS10 GRPNKLERDEVVQVFDTSQFFRELQQFYNSQGRLPDGRVVLCFGEEFPDMAPLRS-KLIL
310 320 330 340 350 360
410 420 430 440 450
pF1KB4 AHVEPLLARQLYYFAQQNSGHFLRGYDLPEHISNPEDYHRSIRHSSIQE
...: : .::: : .. :
CCDS10 VQIEQLYVRQLAEEAGKSCGAGSVMQAPEEPPPDQVFRMFPDICASHQRSFFRENQQITV
370 380 390 400 410 420
>>CCDS9615.1 IRF9 gene_id:10379|Hs108|chr14 (393 aa)
initn: 741 init1: 328 opt: 525 Z-score: 497.6 bits: 101.1 E(32554): 2.1e-21
Smith-Waterman score: 738; 34.4% identity (61.3% similar) in 395 aa overlap (23-413:11-378)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MNLEGGGRGGEFGMSAVSCGNGKLRQWLIDQIDSGKYPGLVWENEEKSIFRIPWKHAGKQ
:::.:...:..::..::. :.. :..:::::::::::
CCDS96 MASGRARCTRKLRNWVVEQVESGQFPGVCWDDTAKTMFRIPWKHAGKQ
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 DYNREEDAALFKAWALFKGKFREGIDKPDPPTWKTRLRCALNKSNDFEELVERSQLDISD
:. ...:::.:::::.::::..:: : : .::::::::::::..:.:. ::...:...
CCDS96 DFREDQDAAFFKAWAIFKGKYKEG-DTGGPAVWKTRLRCALNKSSEFKEVPERGRMDVAE
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 PYKVYRIVPEGAKKGAKQLTLEDPQMSMSHPYTMTTPYPSLPAQQVHNYMMPPLDRSWRD
:::::...: : .: .: :. ..:... :. . . .:
CCDS96 PYKVYQLLPPGIVSG--------------QPGTQ-----KVPSKRQHSSVSSE-RKEEED
110 120 130 140
190 200 210 220 230
pF1KB4 YVPDQPHPEIPYQCPMTFGPRGHHWQGPACENGCQVTGTFYACAPPE-SQAPGVPTEPSI
. . : .. .: .: : .. ... . : : ... .: . .
CCDS96 AMQNCTLSPSVLQDSLNNEEEGA--SGGAVHSDIGSSSSSSSPEPQEVTDTTEAPFQGDQ
150 160 170 180 190 200
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pF1KB4 RSAEAL--AFSDCRLHICLYYREILVKELTTSSPEGCRISHGHTYDASNLDQVLFPYPED
:: : : : : . . : .: : ..: . ::. . . :...::::: :
CCDS96 RSLEFLLPPEPDYSLLLTFIYNGRVVGEAQVQSLD-CRLVAEPSGSESSMEQVLFPKP--
210 220 230 240 250 260
300 310 320 330 340 350
pF1KB4 NGQRKNIEKLLSHLERGVVLWMAPDGLYAKRLCQSRIYWDGPLALCNDRPNKLERDQTCK
: . ..:::.::::... : ::...::: : :..: : . :. : .. .
CCDS96 -GPLEPTQRLLSQLERGILVASNPRGLFVQRLCPIPISWNAPQAPPGPGPHLLPSNECVE
270 280 290 300 310 320
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pF1KB4 LFDTQQFLSELQAFAHHGRSLPRFQVTLCFGEE-FPDPQRQRKLITAHVEPLLARQLYYF
:: : : .: . . :.::::: : :: . . ..:::...: .:: :
CCDS96 LFRTAYFCRDLVRYFQGLGPPPKFQVTLNFWEESHGSSHTPQNLITVKMEQAFARYLLEQ
330 340 350 360 370 380
420 430 440 450
pF1KB4 AQQNSGHFLRGYDLPEHISNPEDYHRSIRHSSIQE
CCDS96 TPEQQAAILSLV
390
>>CCDS5808.1 IRF5 gene_id:3663|Hs108|chr7 (498 aa)
initn: 730 init1: 377 opt: 421 Z-score: 399.7 bits: 83.3 E(32554): 6.1e-16
Smith-Waterman score: 767; 33.5% identity (56.4% similar) in 454 aa overlap (23-446:16-457)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MNLEGGGRGGEFGMSAVSCGNGKLRQWLIDQIDSGKYPGLVWENEEKSIFRIPWKHAGKQ
.:. ::. :..: .:::: : : ::..: :::.:: ..
CCDS58 MNQSIPVAPTPPRRVRLKPWLVAQVNSCQYPGLQWVNGEKKLFCIPWRHATRH
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB4 DYNREEDAALFKAWALFKGKFREGIDKPDPPTWKTRLRCALNKSNDFEELVERSQLDIS-
... : ..::::: ::. ::.:. :: ::. :::::::: ::. :. . :.
CCDS58 GPSQDGDNTIFKAWAKETGKYTEGVDEADPAKWKANLRCALNKSRDFR-LIYDGPRDMPP
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160
pF1KB4 DPYKVYRIV-----------PEGAKKGAKQLTLEDPQMSMSHPYTMTTPYPSLPAQQVHN
.:::.:.. :: . :: . :. ... : : . :
CCDS58 QPYKIYEVCSNGPAPTDSQPPEDYSFGAGEEEEEEEELQRMLPSLSLTEDVKWPPTLQPP
120 130 140 150 160 170
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pF1KB4 YMMPPLDRSWRDYVPDQPHPEIPYQCPMTFGPRGHHWQGPACENGCQVTGTFYACAPP--
. :: . : : : :.. : :. . : . : ::
CCDS58 TLRPPTLQPPTLQPPVVLGPPAPDPSPLA-PPPGNPAGFRELLSEVLEPGPLPASLPPAG
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB4 ESQAPGVPTEPSIRSAEALAFSDCRLHICLYYREILVKELTTSSPEGCRISHGHT-----
:. : . : . : ..: :.: . :: . :: :.:.:::. ...
CCDS58 EQLLPDLLISPHM-----LPLTD--LEIKFQYRGRPPRALTISNPHGCRLFYSQLEATQE
240 250 260 270 280
290 300 310 320 330
pF1KB4 ----YDASNLDQVLFPYPED---NGQRKNIEKLLSHLERGVVLWMAPDGLYAKRLCQSRI
. .:.:: :: ::: . :: ..::. :.::..: . . ::: :::: ..
CCDS58 QVELFGPISLEQVRFPSPEDIPSDKQRFYTNQLLDVLDRGLILQLQGQDLYAIRLCQCKV
290 300 310 320 330 340
340 350 360 370 380 390
pF1KB4 YWDGPLALCNDR-PNKLERDQTCKLFDTQQFLSELQAFAH-HGRSLPRFQVTLCFGEEFP
.:.:: : .: :: ..:. :::. ..::.:: : . . . : :.. .:::::.:
CCDS58 FWSGPCASAHDSCPNPIQREVKTKLFSLEHFLNELILFQKGQTNTPPPFEIFFCFGEEWP
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430 440 450
pF1KB4 DPQ-RQRKLITAHVEPLLARQLYYFAQQNSGHFLRGYD-LPEHISNPEDYHRSIRHSSIQ
: . :..::::..: :. :: : .. ::.. . : . .::::. : ...
CCDS58 DRKPREKKLITVQVVPVAARLLL---EMFSGELSWSADSIRLQISNPDLKDRMVEQFKEL
410 420 430 440 450 460
pF1KB4 E
CCDS58 HHIWQSQQRLQPVAQAPPGAGLGVGQGPWPMHPAGMQ
470 480 490
>>CCDS3835.1 IRF2 gene_id:3660|Hs108|chr4 (349 aa)
initn: 398 init1: 398 opt: 406 Z-score: 387.7 bits: 80.6 E(32554): 2.8e-15
Smith-Waterman score: 406; 43.3% identity (73.2% similar) in 127 aa overlap (23-146:7-133)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MNLEGGGRGGEFGMSAVSCGNGKLRQWLIDQIDSGKYPGLVWENEEKSIFRIPWKHAGKQ
..: :: .::.:. ::: : :.::.::.::: ::...
CCDS38 MPVERMRMRPWLEEQINSNTIPGLKWLNKEKKIFQIPWMHAARH
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 DYNREEDAALFKAWALFKGKFREGIDKPDPPTWKTRLRCALNKSNDFEELVERSQLDISD
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CCDS38 GWDVEKDAPLFRNWAIHTGKHQPGVDKPDPKTWKANFRCAMNSLPDIEEVKDKSIKKGNN
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170
pF1KB4 PYKVYRIVP---EGAKKGAKQLTLEDPQMSMSHPYTMTTPYPSLPAQQVHNYMMPPLDRS
..:::..: . .::: : : .. ..
CCDS38 AFRVYRMLPLSERPSKKGKKPKTEKEDKVKHIKQEPVESSLGLSNGVSDLSPEYAVLTST
110 120 130 140 150 160
>>CCDS4155.1 IRF1 gene_id:3659|Hs108|chr5 (325 aa)
initn: 406 init1: 382 opt: 382 Z-score: 365.8 bits: 76.4 E(32554): 4.7e-14
Smith-Waterman score: 382; 43.1% identity (75.9% similar) in 116 aa overlap (23-138:7-122)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MNLEGGGRGGEFGMSAVSCGNGKLRQWLIDQIDSGKYPGLVWENEEKSIFRIPWKHAGKQ
..: :: ::.:.. :::.: :.:. ::.::::::.:.
CCDS41 MPITRMRMRPWLEMQINSNQIPGLIWINKEEMIFQIPWKHAAKH
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 DYNREEDAALFKAWALFKGKFREGIDKPDPPTWKTRLRCALNKSNDFEELVERSQLDISD
.. ..:: ::..::. :... : .::: :::. .:::.:. :.::. ..:. :.
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CCDS43 FEIFFCFGEEWPDRKPREKKLITVQVVPVAARLLL---EMFSGELSWSADSIRLQISNPD
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pF1KB4 DYHRSIRHSSIQE
: ...
CCDS43 LKDRMVEQFKELHHIWQSQQRLQPVAQAPPGAGLGVGQGPWPMHPAGMQ
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]