Result of FASTA (ccds) for
pF1KB4722
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4722, 330 aa
1>>>pF1KB4722 330 - 330 aa - 330 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.6096+/-0.00132; mu= 3.3370+/- 0.076
mean_var=176.9841+/-38.042, 0's: 0 Z-trim(104.7): 241 B-trim: 2 in 1/50
Lambda= 0.096407
statistics sampled from 7742 (8038) to 7742 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.605), E-opt: 0.2 (0.247), width: 16
Scan time: 2.420
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS3012.1 WDR5B gene_id:54554|Hs108|chr3 ( 330) 2225 322.4 3e-88
CCDS6981.1 WDR5 gene_id:11091|Hs108|chr9 ( 334) 1919 279.9 2e-75
CCDS54592.1 POC1A gene_id:25886|Hs108|chr3 ( 359) 537 87.7 1.5e-17
CCDS54591.1 POC1A gene_id:25886|Hs108|chr3 ( 369) 537 87.7 1.6e-17
CCDS2846.1 POC1A gene_id:25886|Hs108|chr3 ( 407) 537 87.8 1.7e-17
CCDS12275.1 WDR83 gene_id:84292|Hs108|chr19 ( 315) 532 87.0 2.3e-17
CCDS2470.1 DAW1 gene_id:164781|Hs108|chr2 ( 415) 489 81.1 1.7e-15
CCDS56341.1 PLRG1 gene_id:5356|Hs108|chr4 ( 505) 486 80.7 2.7e-15
CCDS34083.1 PLRG1 gene_id:5356|Hs108|chr4 ( 514) 486 80.7 2.7e-15
CCDS2396.1 SPAG16 gene_id:79582|Hs108|chr2 ( 631) 476 79.4 8.3e-15
CCDS43876.1 WDR38 gene_id:401551|Hs108|chr9 ( 314) 458 76.7 2.8e-14
CCDS75898.1 WDR38 gene_id:401551|Hs108|chr9 ( 315) 451 75.7 5.5e-14
CCDS32528.1 PAFAH1B1 gene_id:5048|Hs108|chr17 ( 410) 444 74.8 1.3e-13
CCDS34078.1 FBXW7 gene_id:55294|Hs108|chr4 ( 589) 441 74.5 2.3e-13
CCDS3778.1 FBXW7 gene_id:55294|Hs108|chr4 ( 627) 441 74.6 2.4e-13
CCDS3777.1 FBXW7 gene_id:55294|Hs108|chr4 ( 707) 441 74.6 2.6e-13
CCDS34324.1 RACK1 gene_id:10399|Hs108|chr5 ( 317) 425 72.1 6.8e-13
CCDS59142.1 PRPF4 gene_id:9128|Hs108|chr9 ( 521) 427 72.5 8.1e-13
CCDS6791.1 PRPF4 gene_id:9128|Hs108|chr9 ( 522) 427 72.5 8.1e-13
CCDS55859.1 POC1B gene_id:282809|Hs108|chr12 ( 436) 425 72.2 8.6e-13
CCDS31869.1 POC1B gene_id:282809|Hs108|chr12 ( 478) 425 72.2 9.2e-13
CCDS340.1 SNRNP40 gene_id:9410|Hs108|chr1 ( 357) 416 70.9 1.8e-12
CCDS7547.1 TAF5 gene_id:6877|Hs108|chr10 ( 800) 421 71.9 2e-12
CCDS34.1 GNB1 gene_id:2782|Hs108|chr1 ( 340) 407 69.6 4.1e-12
CCDS72685.1 GNB1 gene_id:2782|Hs108|chr1 ( 240) 404 69.0 4.2e-12
CCDS10788.1 KATNB1 gene_id:10300|Hs108|chr16 ( 655) 405 69.6 8e-12
CCDS2851.2 WDR82 gene_id:80335|Hs108|chr3 ( 313) 396 68.0 1.1e-11
CCDS31634.1 ATG16L2 gene_id:89849|Hs108|chr11 ( 619) 400 68.9 1.2e-11
CCDS3230.1 GNB4 gene_id:59345|Hs108|chr3 ( 340) 395 67.9 1.3e-11
CCDS5703.1 GNB2 gene_id:2783|Hs108|chr7 ( 340) 382 66.1 4.5e-11
CCDS8564.1 GNB3 gene_id:2784|Hs108|chr12 ( 340) 378 65.6 6.7e-11
>>CCDS3012.1 WDR5B gene_id:54554|Hs108|chr3 (330 aa)
initn: 2225 init1: 2225 opt: 2225 Z-score: 1697.7 bits: 322.4 E(32554): 3e-88
Smith-Waterman score: 2225; 100.0% identity (100.0% similar) in 330 aa overlap (1-330:1-330)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MATKESRDAKAQLALSSSANQSKEVPENPNYALKCTLVGHTEAVSSVKFSPNGEWLASSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 MATKESRDAKAQLALSSSANQSKEVPENPNYALKCTLVGHTEAVSSVKFSPNGEWLASSS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 ADRLIIIWGAYDGKYEKTLYGHNLEISDVAWSSDSSRLVSASDDKTLKLWDVRSGKCLKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 ADRLIIIWGAYDGKYEKTLYGHNLEISDVAWSSDSSRLVSASDDKTLKLWDVRSGKCLKT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 LKGHSNYVFCCNFNPPSNLIISGSFDETVKIWEVKTGKCLKTLSAHSDPVSAVHFNCSGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 LKGHSNYVFCCNFNPPSNLIISGSFDETVKIWEVKTGKCLKTLSAHSDPVSAVHFNCSGS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 LIVSGSYDGLCRIWDAASGQCLKTLVDDDNPPVSFVKFSPNGKYILTATLDNTLKLWDYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 LIVSGSYDGLCRIWDAASGQCLKTLVDDDNPPVSFVKFSPNGKYILTATLDNTLKLWDYS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 RGRCLKTYTGHKNEKYCIFANFSVTGGKWIVSGSEDNLVYIWNLQTKEIVQKLQGHTDVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 RGRCLKTYTGHKNEKYCIFANFSVTGGKWIVSGSEDNLVYIWNLQTKEIVQKLQGHTDVV
250 260 270 280 290 300
310 320 330
pF1KB4 ISAACHPTENLIASAALENDKTIKLWMSNH
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 ISAACHPTENLIASAALENDKTIKLWMSNH
310 320 330
>>CCDS6981.1 WDR5 gene_id:11091|Hs108|chr9 (334 aa)
initn: 2379 init1: 1903 opt: 1919 Z-score: 1467.6 bits: 279.9 E(32554): 2e-75
Smith-Waterman score: 1919; 85.3% identity (94.3% similar) in 333 aa overlap (1-329:1-333)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MATKESRD----AKAQLALSSSANQSKEVPENPNYALKCTLVGHTEAVSSVKFSPNGEWL
:::.:.. :.:: . ::::.::: .: .:::::: ::.:::.::::::::::::::
CCDS69 MATEEKKPETEAARAQPTPSSSATQSKPTPVKPNYALKFTLAGHTKAVSSVKFSPNGEWL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 ASSSADRLIIIWGAYDGKYEKTLYGHNLEISDVAWSSDSSRLVSASDDKTLKLWDVRSGK
::::::.:: ::::::::.:::. ::.: ::::::::::. :::::::::::.::: :::
CCDS69 ASSSADKLIKIWGAYDGKFEKTISGHKLGISDVAWSSDSNLLVSASDDKTLKIWDVSSGK
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 CLKTLKGHSNYVFCCNFNPPSNLIISGSFDETVKIWEVKTGKCLKTLSAHSDPVSAVHFN
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CCDS69 CLKTLKGHSNYVFCCNFNPQSNLIVSGSFDESVRIWDVKTGKCLKTLPAHSDPVSAVHFN
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 CSGSLIVSGSYDGLCRIWDAASGQCLKTLVDDDNPPVSFVKFSPNGKYILTATLDNTLKL
.::::::.::::::::::.:::::::::.::::::::::::::::::::.:::::::::
CCDS69 RDGSLIVSSSYDGLCRIWDTASGQCLKTLIDDDNPPVSFVKFSPNGKYILAATLDNTLKL
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 WDYSRGRCLKTYTGHKNEKYCIFANFSVTGGKWIVSGSEDNLVYIWNLQTKEIVQKLQGH
::::.:.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 WDYSKGKCLKTYTGHKNEKYCIFANFSVTGGKWIVSGSEDNLVYIWNLQTKEIVQKLQGH
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330
pF1KB4 TDVVISAACHPTENLIASAALENDKTIKLWMSNH
::::::.:::::::.::::::::::::::: :.
CCDS69 TDVVISTACHPTENIIASAALENDKTIKLWKSDC
310 320 330
>>CCDS54592.1 POC1A gene_id:25886|Hs108|chr3 (359 aa)
initn: 918 init1: 390 opt: 537 Z-score: 428.4 bits: 87.7 E(32554): 1.5e-17
Smith-Waterman score: 537; 36.0% identity (70.4% similar) in 247 aa overlap (37-282:57-298)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 RDAKAQLALSSSANQSKEVPENPNYALKCTLVGHTEAVSSVKFSPNGEWLASSSADRLII
..:: .::. :.:::.:. :::.: :. .
CCDS54 FSINTKQLASGSMDSCLMVWHMKPQSRAYRFTGHKDAVTCVNFSPSGHLLASGSRDKTVR
30 40 50 60 70 80
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 IWGAYDGKYEKTLY-GHNLEISDVAWSSDSSRLVSASDDKTLKLWDVRSGKCLKTLKGHS
:: . . : :.:.. .:. . .: . ::.. .:.::::::.:.: .. : : .:. :
CCDS54 IW-VPNVKGESTVFRAHTATVRSVHFCSDGQSFVTASDDKTVKVWATHRQKFLFSLSQHI
90 100 110 120 130 140
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 NYVFCCNFNPPSNLIISGSFDETVKIWEVKTGKCLKTLSAHSDPVSAVHFNCSGSLIVSG
:.: : .:.: . ::.:.: :.:::.:. .. .:... :. :. : :. ::. :...
CCDS54 NWVRCAKFSPDGRLIVSASDDKTVKLWDKSSRECVHSYCEHGGFVTYVDFHPSGTCIAAA
150 160 170 180 190 200
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 SYDGLCRIWDAASGQCLKTLVDDDNPPVSFVKFSPNGKYILTATLDNTLKLWDYSRGRCL
..:. ..::. . . :. . . :. ..: :.:.:..::. :.:::. : .:: :
CCDS54 GMDNTVKVWDVRTHRLLQHY-QLHSAAVNGLSFHPSGNYLITASSDSTLKILDLMEGRLL
210 220 230 240 250 260
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 KTYTGHKNEKYCIFANFSVTGGKWIVSGSEDNLVYIWNLQTKEIVQKLQGHTDVVISAAC
: ::.. . :: :: ....::. :. :..:
CCDS54 YTLHGHQGPATTV--AFSRTG-EYFASGGSDEQVMVWKSNFDIVDHGEVTKVPRPPATLA
270 280 290 300 310 320
310 320 330
pF1KB4 HPTENLIASAALENDKTIKLWMSNH
CCDS54 SSMGNLTVSILEQRLTLTEDKLKQCLENQQLIMQRATP
330 340 350
>>CCDS54591.1 POC1A gene_id:25886|Hs108|chr3 (369 aa)
initn: 752 init1: 390 opt: 537 Z-score: 428.2 bits: 87.7 E(32554): 1.6e-17
Smith-Waterman score: 537; 36.0% identity (70.4% similar) in 247 aa overlap (37-282:19-260)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 RDAKAQLALSSSANQSKEVPENPNYALKCTLVGHTEAVSSVKFSPNGEWLASSSADRLII
..:: .::. :.:::.:. :::.: :. .
CCDS54 MDSCLMVWHMKPQSRAYRFTGHKDAVTCVNFSPSGHLLASGSRDKTVR
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 IWGAYDGKYEKTLY-GHNLEISDVAWSSDSSRLVSASDDKTLKLWDVRSGKCLKTLKGHS
:: . . : :.:.. .:. . .: . ::.. .:.::::::.:.: .. : : .:. :
CCDS54 IW-VPNVKGESTVFRAHTATVRSVHFCSDGQSFVTASDDKTVKVWATHRQKFLFSLSQHI
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 NYVFCCNFNPPSNLIISGSFDETVKIWEVKTGKCLKTLSAHSDPVSAVHFNCSGSLIVSG
:.: : .:.: . ::.:.: :.:::.:. .. .:... :. :. : :. ::. :...
CCDS54 NWVRCAKFSPDGRLIVSASDDKTVKLWDKSSRECVHSYCEHGGFVTYVDFHPSGTCIAAA
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 SYDGLCRIWDAASGQCLKTLVDDDNPPVSFVKFSPNGKYILTATLDNTLKLWDYSRGRCL
..:. ..::. . . :. . . :. ..: :.:.:..::. :.:::. : .:: :
CCDS54 GMDNTVKVWDVRTHRLLQHY-QLHSAAVNGLSFHPSGNYLITASSDSTLKILDLMEGRLL
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 KTYTGHKNEKYCIFANFSVTGGKWIVSGSEDNLVYIWNLQTKEIVQKLQGHTDVVISAAC
: ::.. . :: :: ....::. :. :..:
CCDS54 YTLHGHQGPATTV--AFSRTG-EYFASGGSDEQVMVWKSNFDIVDHGEVTKVPRPPATLA
230 240 250 260 270 280
310 320 330
pF1KB4 HPTENLIASAALENDKTIKLWMSNH
CCDS54 SSMGNLPEVDFPVPPGRGRSVESVQSQPQEPVSVPQTLTSTLEHIVGQLDVLTQTVSILE
290 300 310 320 330 340
>>CCDS2846.1 POC1A gene_id:25886|Hs108|chr3 (407 aa)
initn: 918 init1: 390 opt: 537 Z-score: 427.7 bits: 87.8 E(32554): 1.7e-17
Smith-Waterman score: 537; 36.0% identity (70.4% similar) in 247 aa overlap (37-282:57-298)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 RDAKAQLALSSSANQSKEVPENPNYALKCTLVGHTEAVSSVKFSPNGEWLASSSADRLII
..:: .::. :.:::.:. :::.: :. .
CCDS28 FSINTKQLASGSMDSCLMVWHMKPQSRAYRFTGHKDAVTCVNFSPSGHLLASGSRDKTVR
30 40 50 60 70 80
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 IWGAYDGKYEKTLY-GHNLEISDVAWSSDSSRLVSASDDKTLKLWDVRSGKCLKTLKGHS
:: . . : :.:.. .:. . .: . ::.. .:.::::::.:.: .. : : .:. :
CCDS28 IW-VPNVKGESTVFRAHTATVRSVHFCSDGQSFVTASDDKTVKVWATHRQKFLFSLSQHI
90 100 110 120 130 140
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 NYVFCCNFNPPSNLIISGSFDETVKIWEVKTGKCLKTLSAHSDPVSAVHFNCSGSLIVSG
:.: : .:.: . ::.:.: :.:::.:. .. .:... :. :. : :. ::. :...
CCDS28 NWVRCAKFSPDGRLIVSASDDKTVKLWDKSSRECVHSYCEHGGFVTYVDFHPSGTCIAAA
150 160 170 180 190 200
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 SYDGLCRIWDAASGQCLKTLVDDDNPPVSFVKFSPNGKYILTATLDNTLKLWDYSRGRCL
..:. ..::. . . :. . . :. ..: :.:.:..::. :.:::. : .:: :
CCDS28 GMDNTVKVWDVRTHRLLQHY-QLHSAAVNGLSFHPSGNYLITASSDSTLKILDLMEGRLL
210 220 230 240 250 260
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 KTYTGHKNEKYCIFANFSVTGGKWIVSGSEDNLVYIWNLQTKEIVQKLQGHTDVVISAAC
: ::.. . :: :: ....::. :. :..:
CCDS28 YTLHGHQGPATTV--AFSRTG-EYFASGGSDEQVMVWKSNFDIVDHGEVTKVPRPPATLA
270 280 290 300 310 320
310 320 330
pF1KB4 HPTENLIASAALENDKTIKLWMSNH
CCDS28 SSMGNLPEVDFPVPPGRGRSVESVQSQPQEPVSVPQTLTSTLEHIVGQLDVLTQTVSILE
330 340 350 360 370 380
>>CCDS12275.1 WDR83 gene_id:84292|Hs108|chr19 (315 aa)
initn: 638 init1: 241 opt: 532 Z-score: 425.4 bits: 87.0 E(32554): 2.3e-17
Smith-Waterman score: 532; 33.0% identity (61.1% similar) in 303 aa overlap (26-326:11-303)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MATKESRDAKAQLALSSSANQSKEVPENPNYALKCTLVGHTEAVSSVKFSPNGEWLASSS
:: :. :: :. :: .:.:. .:.. . .
CCDS12 MAFPEPKPRPPELPQKRLKTLDCGQG-AVRAVRFNVDGNYCLTCG
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 ADRLIIIWGAYDGKYEKTLYGHNLEISDVAWSSDSSRLVSASDDKTLKLWDVRSGKCLKT
.:. . .:. : .: ::. :. :.: : :.: : :.. ::.. :::: ::. ..
CCDS12 SDKTLKLWNPLRGTLLRTYSGHGYEVLDAAGSFDNSSLCSGGGDKAVVLWDVASGQVVRK
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170
pF1KB4 LKGHSNYVFCCNFNPPSNLIISGSFDETVKIWEVKTGKC--LKTLSAHSDPVSAVHFNCS
..::.. : .:: ...:.:::.: ... :. .. . ..::. : ::.:. :
CCDS12 FRGHAGKVNTVQFNEEATVILSGSIDSSIRCWDCRSRRPEPVQTLDEARDGVSSVKV--S
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 GSLIVSGSYDGLCRIWDAASGQCLKTLVDDDNPPVSFVKFSPNGKYILTATLDNTLKLWD
:..:: :: : .: :: .. : . :.. . :: .:. :...::.::.: :
CCDS12 DHEILAGSVDGRVRRYDLRMGQLFSDYVGS---PITCTCFSRDGQCTLVSSLDSTLRLLD
170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 YSRGRCLKTYTGHKNEKYCIFANFSVTGGKWIVSGSEDNLVYIWNLQTKEIVQKLQGHTD
. :. : : ::::..: . .: . .:: :::. :..:.: .. : .
CCDS12 KDTGELLGEYKGHKNQEYKLDCCLSERDTH-VVSCSEDGKVFFWDLVEGALALALPVGSG
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330
pF1KB4 VVISAACHPTENLIASAALENDKTIKLWMSNH
:: : : :::: . .: ... :
CCDS12 VVQSLAYHPTEPCLLTAM---GGSVQCWREEAYEAEDGAG
280 290 300 310
>>CCDS2470.1 DAW1 gene_id:164781|Hs108|chr2 (415 aa)
initn: 1433 init1: 440 opt: 489 Z-score: 391.5 bits: 81.1 E(32554): 1.7e-15
Smith-Waterman score: 592; 33.9% identity (69.0% similar) in 274 aa overlap (53-326:147-414)
30 40 50 60 70 80
pF1KB4 KEVPENPNYALKCTLVGHTEAVSSVKFSPNGEWLASSSADRLIIIWGAYDGKYEKTLYGH
:. .:..: :. .:.. :: .:. ::
CCDS24 KLWDTASGEELNTLEGHRNVVYAIAFNNPYGDKIATGSFDKTCKLWSVETGKCYHTFRGH
120 130 140 150 160 170
90 100 110 120 130 140
pF1KB4 NLEISDVAWSSDSSRLVSASDDKTLKLWDVRSGKCLKTLKGHSNYVFCCNFNPPSNLIIS
. :: .... .:. ....: : : ::::...:. . ::.::: .. .:: .. ::.
CCDS24 TAEIVCLSFNPQSTLVATGSMDTTAKLWDIQNGEEVYTLRGHSAEIISLSFNTSGDRIIT
180 190 200 210 220 230
150 160 170 180 190 200
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]