Result of FASTA (ccds) for
pF1KB4700
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4700, 906 aa
1>>>pF1KB4700 906 - 906 aa - 906 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0834+/-0.000986; mu= 17.5752+/- 0.060
mean_var=87.4716+/-17.251, 0's: 0 Z-trim(106.2): 196 B-trim: 89 in 1/50
Lambda= 0.137133
statistics sampled from 8625 (8823) to 8625 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.627), E-opt: 0.2 (0.271), width: 16
Scan time: 4.210
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS11891.1 CDH2 gene_id:1000|Hs108|chr18 ( 906) 6041 1205.8 0
CCDS77172.1 CDH2 gene_id:1000|Hs108|chr18 ( 875) 5686 1135.6 0
CCDS58784.1 CDH4 gene_id:1002|Hs108|chr20 ( 842) 3883 778.9 0
CCDS13488.1 CDH4 gene_id:1002|Hs108|chr20 ( 916) 3883 778.9 0
CCDS10976.1 CDH15 gene_id:1013|Hs108|chr16 ( 814) 2061 418.4 2.7e-116
CCDS10869.1 CDH1 gene_id:999|Hs108|chr16 ( 882) 1804 367.6 5.8e-101
CCDS58486.1 CDH13 gene_id:1012|Hs108|chr16 ( 713) 1685 344.0 5.9e-94
CCDS58485.1 CDH13 gene_id:1012|Hs108|chr16 ( 760) 1685 344.0 6.2e-94
CCDS58487.1 CDH13 gene_id:1012|Hs108|chr16 ( 674) 1588 324.8 3.4e-88
CCDS82004.1 CDH3 gene_id:1001|Hs108|chr16 ( 784) 1495 306.4 1.3e-82
CCDS10868.1 CDH3 gene_id:1001|Hs108|chr16 ( 829) 1495 306.4 1.4e-82
CCDS10803.1 CDH11 gene_id:1009|Hs108|chr16 ( 796) 1401 287.8 5.3e-77
CCDS11977.1 CDH20 gene_id:28316|Hs108|chr18 ( 801) 1344 276.6 1.3e-73
CCDS11893.1 DSC2 gene_id:1824|Hs108|chr18 ( 847) 1344 276.6 1.4e-73
CCDS11892.1 DSC2 gene_id:1824|Hs108|chr18 ( 901) 1344 276.6 1.5e-73
CCDS32810.1 DSC3 gene_id:1825|Hs108|chr18 ( 896) 1340 275.8 2.5e-73
CCDS81992.1 CDH11 gene_id:1009|Hs108|chr16 ( 670) 1322 272.2 2.3e-72
CCDS11895.1 DSC1 gene_id:1823|Hs108|chr18 ( 840) 1300 267.9 5.7e-71
CCDS11894.1 DSC1 gene_id:1823|Hs108|chr18 ( 894) 1300 267.9 6e-71
CCDS13485.1 CDH26 gene_id:60437|Hs108|chr20 ( 832) 1250 258.0 5.4e-68
CCDS42423.1 DSG2 gene_id:1829|Hs108|chr18 (1118) 1177 243.6 1.5e-63
CCDS11993.1 CDH7 gene_id:1005|Hs108|chr18 ( 785) 1169 241.9 3.4e-63
CCDS10802.1 CDH8 gene_id:1006|Hs108|chr16 ( 799) 1153 238.8 3.1e-62
CCDS3894.1 CDH6 gene_id:1004|Hs108|chr5 ( 790) 1123 232.8 1.9e-60
CCDS3890.1 CDH12 gene_id:1010|Hs108|chr5 ( 794) 1123 232.8 1.9e-60
CCDS3893.1 CDH9 gene_id:1007|Hs108|chr5 ( 789) 1108 229.9 1.5e-59
CCDS82991.1 CDH12 gene_id:1010|Hs108|chr5 ( 754) 1106 229.5 1.9e-59
CCDS11897.1 DSG4 gene_id:147409|Hs108|chr18 (1040) 1067 221.8 5.2e-57
CCDS45845.1 DSG4 gene_id:147409|Hs108|chr18 (1059) 1067 221.8 5.2e-57
CCDS82005.1 CDH1 gene_id:999|Hs108|chr16 ( 821) 1046 217.6 7.5e-56
CCDS11898.1 DSG3 gene_id:1830|Hs108|chr18 ( 999) 1045 217.5 1e-55
CCDS3889.1 CDH18 gene_id:1016|Hs108|chr5 ( 790) 1035 215.4 3.3e-55
CCDS10804.1 CDH5 gene_id:1003|Hs108|chr16 ( 784) 1013 211.1 6.7e-54
CCDS82259.1 CDH7 gene_id:1005|Hs108|chr18 ( 630) 995 207.5 6.6e-53
CCDS81993.1 CDH11 gene_id:1009|Hs108|chr16 ( 693) 994 207.3 8.2e-53
CCDS9586.1 CDH24 gene_id:64403|Hs108|chr14 ( 781) 969 202.4 2.8e-51
CCDS11896.1 DSG1 gene_id:1828|Hs108|chr18 (1049) 848 178.5 5.7e-44
CCDS3892.1 CDH10 gene_id:1008|Hs108|chr5 ( 788) 778 164.6 6.7e-40
CCDS54835.1 CDH18 gene_id:1016|Hs108|chr5 ( 574) 755 160.0 1.2e-38
CCDS75229.1 CDH18 gene_id:1016|Hs108|chr5 ( 575) 755 160.0 1.2e-38
CCDS58472.1 CDH16 gene_id:1014|Hs108|chr16 ( 732) 682 145.6 3.3e-34
CCDS9585.1 CDH24 gene_id:64403|Hs108|chr14 ( 819) 581 125.6 3.7e-28
CCDS11994.1 CDH19 gene_id:28513|Hs108|chr18 ( 772) 555 120.5 1.3e-26
CCDS59325.1 CDH19 gene_id:28513|Hs108|chr18 ( 490) 506 110.7 7.1e-24
CCDS31986.1 PCDH17 gene_id:27253|Hs108|chr13 (1159) 503 110.3 2.2e-23
CCDS47177.1 FAT1 gene_id:2195|Hs108|chr4 (4588) 437 97.5 5.9e-19
CCDS6260.1 CDH17 gene_id:1015|Hs108|chr8 ( 832) 382 86.2 2.7e-16
CCDS58471.1 CDH16 gene_id:1014|Hs108|chr16 ( 790) 371 84.1 1.2e-15
CCDS56002.1 CDH16 gene_id:1014|Hs108|chr16 ( 807) 371 84.1 1.2e-15
CCDS10823.1 CDH16 gene_id:1014|Hs108|chr16 ( 829) 371 84.1 1.2e-15
>>CCDS11891.1 CDH2 gene_id:1000|Hs108|chr18 (906 aa)
initn: 6041 init1: 6041 opt: 6041 Z-score: 6456.2 bits: 1205.8 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6041; 100.0% identity (100.0% similar) in 906 aa overlap (1-906:1-906)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MCRIAGALRTLLPLLAALLQASVEASGEIALCKTGFPEDVYSAVLSKDVHEGQPLLNVKF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MCRIAGALRTLLPLLAALLQASVEASGEIALCKTGFPEDVYSAVLSKDVHEGQPLLNVKF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 SNCNGKRKVQYESSEPADFKVDEDGMVYAVRSFPLSSEHAKFLIYAQDKETQEKWQVAVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 SNCNGKRKVQYESSEPADFKVDEDGMVYAVRSFPLSSEHAKFLIYAQDKETQEKWQVAVK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 LSLKPTLTEESVKESAEVEEIVFPRQFSKHSGHLQRQKRDWVIPPINLPENSRGPFPQEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LSLKPTLTEESVKESAEVEEIVFPRQFSKHSGHLQRQKRDWVIPPINLPENSRGPFPQEL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 VRIRSDRDKNLSLRYSVTGPGADQPPTGIFIINPISGQLSVTKPLDREQIARFHLRAHAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 VRIRSDRDKNLSLRYSVTGPGADQPPTGIFIINPISGQLSVTKPLDREQIARFHLRAHAV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 DINGNQVENPIDIVINVIDMNDNRPEFLHQVWNGTVPEGSKPGTYVMTVTAIDADDPNAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 DINGNQVENPIDIVINVIDMNDNRPEFLHQVWNGTVPEGSKPGTYVMTVTAIDADDPNAL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 NGMLRYRIVSQAPSTPSPNMFTINNETGDIITVAAGLDREKVQQYTLIIQATDMEGNPTY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 NGMLRYRIVSQAPSTPSPNMFTINNETGDIITVAAGLDREKVQQYTLIIQATDMEGNPTY
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 GLSNTATAVITVTDVNDNPPEFTAMTFYGEVPENRVDIIVANLTVTDKDQPHTPAWNAVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 GLSNTATAVITVTDVNDNPPEFTAMTFYGEVPENRVDIIVANLTVTDKDQPHTPAWNAVY
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 RISGGDPTGRFAIQTDPNSNDGLVTVVKPIDFETNRMFVLTVAAENQVPLAKGIQHPPQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 RISGGDPTGRFAIQTDPNSNDGLVTVVKPIDFETNRMFVLTVAAENQVPLAKGIQHPPQS
430 440 450 460 470 480
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pF1KB4 TATVSVTVIDVNENPYFAPNPKIIRQEEGLHAGTMLTTFTAQDPDRYMQQNIRYTKLSDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 TATVSVTVIDVNENPYFAPNPKIIRQEEGLHAGTMLTTFTAQDPDRYMQQNIRYTKLSDP
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pF1KB4 ANWLKIDPVNGQITTIAVLDRESPNVKNNIYNATFLASDNGIPPMSGTGTLQIYLLDIND
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 ANWLKIDPVNGQITTIAVLDRESPNVKNNIYNATFLASDNGIPPMSGTGTLQIYLLDIND
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 NAPQVLPQEAETCETPDPNSINITALDYDIDPNAGPFAFDLPLSPVTIKRNWTITRLNGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 NAPQVLPQEAETCETPDPNSINITALDYDIDPNAGPFAFDLPLSPVTIKRNWTITRLNGD
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 FAQLNLKIKFLEAGIYEVPIIITDSGNPPKSNISILRVKVCQCDSNGDCTDVDRIVGAGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 FAQLNLKIKFLEAGIYEVPIIITDSGNPPKSNISILRVKVCQCDSNGDCTDVDRIVGAGL
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 GTGAIIAILLCIIILLILVLMFVVWMKRRDKERQAKQLLIDPEDDVRDNILKYDEEGGGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 GTGAIIAILLCIIILLILVLMFVVWMKRRDKERQAKQLLIDPEDDVRDNILKYDEEGGGE
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pF1KB4 EDQDYDLSQLQQPDTVEPDAIKPVGIRRMDERPIHAEPQYPVRSAAPHPGDIGDFINEGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 EDQDYDLSQLQQPDTVEPDAIKPVGIRRMDERPIHAEPQYPVRSAAPHPGDIGDFINEGL
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pF1KB4 KAADNDPTAPPYDSLLVFDYEGSGSTAGSLSSLNSSSSGGEQDYDYLNDWGPRFKKLADM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 KAADNDPTAPPYDSLLVFDYEGSGSTAGSLSSLNSSSSGGEQDYDYLNDWGPRFKKLADM
850 860 870 880 890 900
pF1KB4 YGGGDD
::::::
CCDS11 YGGGDD
>>CCDS77172.1 CDH2 gene_id:1000|Hs108|chr18 (875 aa)
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Smith-Waterman score: 5686; 99.1% identity (99.4% similar) in 860 aa overlap (47-906:16-875)
20 30 40 50 60 70
pF1KB4 ALLQASVEASGEIALCKTGFPEDVYSAVLSKDVHEGQPLLNVKFSNCNGKRKVQYESSEP
:. : .:.:::::::::::::::::::
CCDS77 MFLLRRYVCIFTEKLKNQAELYVFLSVKFSNCNGKRKVQYESSEP
10 20 30 40
80 90 100 110 120 130
pF1KB4 ADFKVDEDGMVYAVRSFPLSSEHAKFLIYAQDKETQEKWQVAVKLSLKPTLTEESVKESA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 ADFKVDEDGMVYAVRSFPLSSEHAKFLIYAQDKETQEKWQVAVKLSLKPTLTEESVKESA
50 60 70 80 90 100
140 150 160 170 180 190
pF1KB4 EVEEIVFPRQFSKHSGHLQRQKRDWVIPPINLPENSRGPFPQELVRIRSDRDKNLSLRYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 EVEEIVFPRQFSKHSGHLQRQKRDWVIPPINLPENSRGPFPQELVRIRSDRDKNLSLRYS
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200 210 220 230 240 250
pF1KB4 VTGPGADQPPTGIFIINPISGQLSVTKPLDREQIARFHLRAHAVDINGNQVENPIDIVIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 VTGPGADQPPTGIFIINPISGQLSVTKPLDREQIARFHLRAHAVDINGNQVENPIDIVIN
170 180 190 200 210 220
260 270 280 290 300 310
pF1KB4 VIDMNDNRPEFLHQVWNGTVPEGSKPGTYVMTVTAIDADDPNALNGMLRYRIVSQAPSTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 VIDMNDNRPEFLHQVWNGTVPEGSKPGTYVMTVTAIDADDPNALNGMLRYRIVSQAPSTP
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pF1KB4 SPNMFTINNETGDIITVAAGLDREKVQQYTLIIQATDMEGNPTYGLSNTATAVITVTDVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 SPNMFTINNETGDIITVAAGLDREKVQQYTLIIQATDMEGNPTYGLSNTATAVITVTDVN
290 300 310 320 330 340
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pF1KB4 DNPPEFTAMTFYGEVPENRVDIIVANLTVTDKDQPHTPAWNAVYRISGGDPTGRFAIQTD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 DNPPEFTAMTFYGEVPENRVDIIVANLTVTDKDQPHTPAWNAVYRISGGDPTGRFAIQTD
350 360 370 380 390 400
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pF1KB4 PNSNDGLVTVVKPIDFETNRMFVLTVAAENQVPLAKGIQHPPQSTATVSVTVIDVNENPY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 PNSNDGLVTVVKPIDFETNRMFVLTVAAENQVPLAKGIQHPPQSTATVSVTVIDVNENPY
410 420 430 440 450 460
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pF1KB4 FAPNPKIIRQEEGLHAGTMLTTFTAQDPDRYMQQNIRYTKLSDPANWLKIDPVNGQITTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 FAPNPKIIRQEEGLHAGTMLTTFTAQDPDRYMQQNIRYTKLSDPANWLKIDPVNGQITTI
470 480 490 500 510 520
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pF1KB4 AVLDRESPNVKNNIYNATFLASDNGIPPMSGTGTLQIYLLDINDNAPQVLPQEAETCETP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 AVLDRESPNVKNNIYNATFLASDNGIPPMSGTGTLQIYLLDINDNAPQVLPQEAETCETP
530 540 550 560 570 580
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pF1KB4 DPNSINITALDYDIDPNAGPFAFDLPLSPVTIKRNWTITRLNGDFAQLNLKIKFLEAGIY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 DPNSINITALDYDIDPNAGPFAFDLPLSPVTIKRNWTITRLNGDFAQLNLKIKFLEAGIY
590 600 610 620 630 640
680 690 700 710 720 730
pF1KB4 EVPIIITDSGNPPKSNISILRVKVCQCDSNGDCTDVDRIVGAGLGTGAIIAILLCIIILL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 EVPIIITDSGNPPKSNISILRVKVCQCDSNGDCTDVDRIVGAGLGTGAIIAILLCIIILL
650 660 670 680 690 700
740 750 760 770 780 790
pF1KB4 ILVLMFVVWMKRRDKERQAKQLLIDPEDDVRDNILKYDEEGGGEEDQDYDLSQLQQPDTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 ILVLMFVVWMKRRDKERQAKQLLIDPEDDVRDNILKYDEEGGGEEDQDYDLSQLQQPDTV
710 720 730 740 750 760
800 810 820 830 840 850
pF1KB4 EPDAIKPVGIRRMDERPIHAEPQYPVRSAAPHPGDIGDFINEGLKAADNDPTAPPYDSLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 EPDAIKPVGIRRMDERPIHAEPQYPVRSAAPHPGDIGDFINEGLKAADNDPTAPPYDSLL
770 780 790 800 810 820
860 870 880 890 900
pF1KB4 VFDYEGSGSTAGSLSSLNSSSSGGEQDYDYLNDWGPRFKKLADMYGGGDD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 VFDYEGSGSTAGSLSSLNSSSSGGEQDYDYLNDWGPRFKKLADMYGGGDD
830 840 850 860 870
>>CCDS58784.1 CDH4 gene_id:1002|Hs108|chr20 (842 aa)
initn: 4028 init1: 3709 opt: 3883 Z-score: 4149.3 bits: 778.9 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3991; 68.0% identity (86.9% similar) in 841 aa overlap (78-906:2-841)
50 60 70 80 90 100
pF1KB4 DVHEGQPLLNVKFSNCNGKRKVQYESSEPADFKVDEDGMVYAVRSFPLSSEHAKFLIYAQ
:::: :: :.:.: . . ::.. : . :
CCDS58 MDFKVGADGTVFATRELQVPSEQVAFTVTAW
10 20 30
110 120 130 140 150
pF1KB4 DKETQEKWQVAVKLSLKPTLTEESVKESAEVEEIV------------FPRQFSKHSGHLQ
:..: :::...:.: . : . .: .. . ...: .: .... :.
CCDS58 DSQTAEKWDAVVRLLVAQTSSPHSGHKPQKGKKVVALDPSPPPKDTLLPWPQHQNANGLR
40 50 60 70 80 90
160 170 180 190 200 210
pF1KB4 RQKRDWVIPPINLPENSRGPFPQELVRIRSDRDKNLSLRYSVTGPGADQPPTGIFIINPI
:.::::::::::.::::::::::.:::::::.:... .:::.:: :::::: .: :. .
CCDS58 RRKRDWVIPPINVPENSRGPFPQQLVRIRSDKDNDIPIRYSITGVGADQPPMEVFSIDSM
100 110 120 130 140 150
220 230 240 250 260 270
pF1KB4 SGQLSVTKPLDREQIARFHLRAHAVDINGNQVENPIDIVINVIDMNDNRPEFLHQVWNGT
::.. ::.:.:::. : .::::::::.:::.::::::. : :::::::::::..::.::.
CCDS58 SGRMYVTRPMDREEHASYHLRAHAVDMNGNKVENPIDLYIYVIDMNDNRPEFINQVYNGS
160 170 180 190 200 210
280 290 300 310 320 330
pF1KB4 VPEGSKPGTYVMTVTAIDADDPNALNGMLRYRIVSQAPSTPSPNMFTINNETGDIITVAA
: :::::::::::::: :::: .. :::.:::::.:.:..:: ::::::.:::::.::::
CCDS58 VDEGSKPGTYVMTVTANDADDSTTANGMVRYRIVTQTPQSPSQNMFTINSETGDIVTVAA
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CCDS13 PENSRGPFPQQLVRIRSDKDNDIPIRYSITGVGADQPPMEVFSIDSMSGRMYVTRPMDRE
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CCDS13 DWGPRFKKLADMYGGGEED
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CCDS10 TLNTVGHHHRPPPHQASVS-GIQAELLTFP----NSSPGLRRQKRDWVIPPISCPENEKG
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CCDS10 PFPKNLVQIKSNKDKEGKVFYSITGQGADTPPVGVFIIERETGWLKVTEPLDRERIATYT
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CCDS10 LFSHAVSSNGNAVEDPMEILITVTDQNDNKPEFTQEVFKGSVMEGALPGTSVMEVTATDA
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CCDS10 DDDVNTYNAAIAYTILSQDPELPDKNMFTINRNTGVISVVTTGLDRESFPTYTLVVQAAD
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CCDS10 LQGE---GLSTTATAVITVTDTNDNPPIFNPTTYKGQVPENEANVVITTLKVTDADAPNT
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CCDS10 PAWEAVYTILNDDG-GQFVVTTNPVNNDGILKTAKGLDFEAKQQYILHVAVTNVVPFEVS
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CCDS10 LT---TSTATVTVDVLDVNEAPIFVPPEKRVEVSEDFGVGQEITSYTAQEPDTFMEQKIT
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CCDS10 YRIWRDTANWLEINPDTGAISTRAELDREDFEHVKNSTYTALIIATDNGSPVATGTGTLL
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pF1KB4 IYLLDINDNAPQVLPQEAETCE-TPDPNSINITALDYDIDPNAGPFAFDLPLSPVTIKRN
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CCDS10 LILSDVNDNAPIPEPRTIFFCERNPKPQVINI--IDADLPPNTSPFTAELTHGASA---N
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CCDS10 WTIQYNDPTQESIILKPKMALEVGDYKINLKLMDNQN--KDQVTTLEVSVCDCEGAAGVC
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CCDS10 RKA-QPVEAGLQIPAILGILGGILALLILILLLLLFLRRRAV---VKEPLLPPEDDTRDN
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