Result of FASTA (omim) for
pF1KB4697
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4697, 327 aa
1>>>pF1KB4697 327 - 327 aa - 327 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5332+/-0.000357; mu= 15.2196+/- 0.022
mean_var=84.0732+/-16.651, 0's: 0 Z-trim(114.7): 33 B-trim: 37 in 3/51
Lambda= 0.139877
statistics sampled from 24663 (24695) to 24663 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.672), E-opt: 0.2 (0.29), width: 16
Scan time: 7.550
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_055220 (OMIM: 606404) voltage-dependent calcium ( 327) 2171 447.9 1.3e-125
NP_006069 (OMIM: 602911,614256) voltage-dependent ( 323) 1271 266.3 6.3e-71
NP_006530 (OMIM: 606403) voltage-dependent calcium ( 315) 1061 223.9 3.5e-58
NP_114101 (OMIM: 606900) voltage-dependent calcium ( 425) 900 191.5 2.7e-48
XP_016884020 (OMIM: 602911,614256) PREDICTED: volt ( 237) 869 185.0 1.3e-46
NP_665810 (OMIM: 606405) voltage-dependent calcium ( 275) 450 100.5 4.1e-21
XP_016882582 (OMIM: 606899) PREDICTED: voltage-dep ( 275) 409 92.3 1.3e-18
NP_114102 (OMIM: 606899) voltage-dependent calcium ( 275) 409 92.3 1.3e-18
XP_005259181 (OMIM: 606899) PREDICTED: voltage-dep ( 305) 246 59.4 1.1e-08
NP_001139808 (OMIM: 611579) transmembrane protein ( 223) 216 53.3 5.8e-07
>>NP_055220 (OMIM: 606404) voltage-dependent calcium cha (327 aa)
initn: 2171 init1: 2171 opt: 2171 Z-score: 2375.8 bits: 447.9 E(85289): 1.3e-125
Smith-Waterman score: 2171; 100.0% identity (100.0% similar) in 327 aa overlap (1-327:1-327)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MVRCDRGLQMLLTTAGAFAAFSLMAIAIGTDYWLYSSAHICNGTNLTMDDGPPPRRARGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 MVRCDRGLQMLLTTAGAFAAFSLMAIAIGTDYWLYSSAHICNGTNLTMDDGPPPRRARGD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 LTHSGLWRVCCIEGIYKGHCFRINHFPEDNDYDHDSSEYLLRIVRASSVFPILSTILLLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 LTHSGLWRVCCIEGIYKGHCFRINHFPEDNDYDHDSSEYLLRIVRASSVFPILSTILLLL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 GGLCIGAGRIYSRKNNIVLSAGILFVAAGLSNIIGIIVYISSNTGDPSDKRDEDKKNHYN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 GGLCIGAGRIYSRKNNIVLSAGILFVAAGLSNIIGIIVYISSNTGDPSDKRDEDKKNHYN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 YGWSFYFGALSFIVAETVGVLAVNIYIEKNKELRFKTKREFLKASSSSPYARMPSYRYRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 YGWSFYFGALSFIVAETVGVLAVNIYIEKNKELRFKTKREFLKASSSSPYARMPSYRYRR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 RRSRSSSRSTEASPSRDVSPMGLKITGAIPMGELSMYTLSREPLKVTTAASYSPDQEASF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 RRSRSSSRSTEASPSRDVSPMGLKITGAIPMGELSMYTLSREPLKVTTAASYSPDQEASF
250 260 270 280 290 300
310 320
pF1KB4 LQVHDFFQQDLKEGFHVSMLNRRTTPV
:::::::::::::::::::::::::::
NP_055 LQVHDFFQQDLKEGFHVSMLNRRTTPV
310 320
>>NP_006069 (OMIM: 602911,614256) voltage-dependent calc (323 aa)
initn: 971 init1: 551 opt: 1271 Z-score: 1394.4 bits: 266.3 E(85289): 6.3e-71
Smith-Waterman score: 1271; 59.3% identity (85.6% similar) in 327 aa overlap (5-327:5-323)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MVRCDRGLQMLLTTAGAFAAFSLMAIAIGTDYWLYSSAHICNGTNLTMDDGPPPRRARGD
:::.::::::.:::::::::.::.:::::::: . .:. ... .. .. .
NP_006 MGLFDRGVQMLLTTVGAFAAFSLMTIAVGTDYWLYSRG-VCKTKSVSENE--TSKKNEEV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 LTHSGLWRVCCIEGIYKGHCFRINHFPEDNDYDHDSSEYLLRIVRASSVFPILSTILLLL
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NP_006 MTHSGLWRTCCLEGNFKGLCKQIDHFPEDADYEADTAEYFLRAVRASSIFPILSVILLFM
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 GGLCIGAGRIYSRKNNIVLSAGILFVAAGLSNIIGIIVYISSNTGDPSDKRDEDKKNHYN
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NP_006 GGLCIAASEFYKTRHNIILSAGIFFVSAGLSNIIGIIVYISANAGDPS--KSDSKKNSYS
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KB4 YGWSFYFGALSFIVAETVGVLAVNIYIEKNKELRFKTK-REFLKASSSSPYARMPSYRYR
:::::::::::::.:: ::::::...:...:.:: .. ..:.::. .:.::::::
NP_006 YGWSFYFGALSFIIAEMVGVLAVHMFIDRHKQLRATARATDYLQASA---ITRIPSYRYR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 -RRRSRSSSRSTEASPSRDVSPMGLKITGAIPMGELSMYTLSREPLKVTTA--ASYSPDQ
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NP_006 YQRRSRSSSRSTEPSHSRDASPVGIKGFNTLPSTEISMYTLSRDPLKAATTPTATYNSDR
240 250 260 270 280 290
300 310 320
pF1KB4 EASFLQVHDFFQQDLKEGFHVSMLNRRTTPV
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NP_006 DNSFLQVHNCIQKENKDSLHSNTANRRTTPV
300 310 320
>>NP_006530 (OMIM: 606403) voltage-dependent calcium cha (315 aa)
initn: 1222 init1: 529 opt: 1061 Z-score: 1165.5 bits: 223.9 E(85289): 3.5e-58
Smith-Waterman score: 1221; 57.2% identity (81.7% similar) in 327 aa overlap (1-327:1-315)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MVRCDRGLQMLLTTAGAFAAFSLMAIAIGTDYWLYSSAHICNGTNLTMDDGPPPRRARGD
: ::::.:::.::.:::::::::.::.:::::::: . .: . . :. :. .
NP_006 MRMCDRGIQMLITTVGAFAAFSLMTIAVGTDYWLYSRG-VCRTKSTS--DNETSRKNEEV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 LTHSGLWRVCCIEGIYKGHCFRINHFPEDNDYDHDSSEYLLRIVRASSVFPILSTILLLL
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NP_006 MTHSGLWRTCCLEGAFRGVCKKIDHFPEDADYEQDTAEYLLRAVRASSVFPILSVTLLFF
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 GGLCIGAGRIYSRKNNIVLSAGILFVAAGLSNIIGIIVYISSNTGDPSDKRDEDKKNHYN
::::..:.... ..:..:::::.::.::::::::::::::.:.:::... :.:. :.
NP_006 GGLCVAASEFHRSRHNVILSAGIFFVSAGLSNIIGIIVYISANAGDPGQR---DSKKSYS
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 YGWSFYFGALSFIVAETVGVLAVNIYIEKNKELRFKTKREFLKASSSSPYARMPSYRYRR
:::::::::.:::.:: :::.::.:::::...:: :.. :::: :. .::.: ::::
NP_006 YGWSFYFGAFSFIIAEIVGVVAVHIYIEKHQQLRAKSHSEFLKKST---FARLPPYRYRF
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 RRSRSSSRSTEASPSRDVSPMGLKITGAIPMGELSMYTLSREPLKVTTAASYSPDQEASF
:: :::::::: :::.::.. : .:: ..::.::::.: :.: .. . :.. .:
NP_006 RR-RSSSRSTEPR-SRDLSPIS-KGFHTIPSTDISMFTLSRDPSKITMGTLLNSDRDHAF
240 250 260 270 280
310 320
pF1KB4 LQVHDFFQQDLKEGFHVSMLNRRTTPV
:: :. ...::..: . :::::::
NP_006 LQFHNSTPKEFKESLHNNPANRRTTPV
290 300 310
>>NP_114101 (OMIM: 606900) voltage-dependent calcium cha (425 aa)
initn: 1246 init1: 868 opt: 900 Z-score: 988.1 bits: 191.5 E(85289): 2.7e-48
Smith-Waterman score: 1262; 63.5% identity (83.4% similar) in 307 aa overlap (4-290:15-320)
10 20 30 40
pF1KB4 MVRCDRGLQMLLTTAGAFAAFSLMAIAIGTDYWLYSSAHICNGTNLTM-
:..:.:.::::.::::::.::.:::.::::::. : ::: ::::
NP_114 MESLKRWNEERGLWCEKGVQVLLTTVGAFAAFGLMTIAISTDYWLYTRALICNTTNLTAG
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90
pF1KB4 -DDGPPPR--------RARGDLTHSGLWRVCCIEGIYKGHCFRINHFPEDNDYDHDSSEY
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NP_114 GDDGTPHRGGGGASEKKDPGGLTHSGLWRICCLEGLKRGVCVKINHFPEDTDYDHDSAEY
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB4 LLRIVRASSVFPILSTILLLLGGLCIGAGRIYSRKNNIVLSAGILFVAAGLSNIIGIIVY
:::.:::::.:::::.:::::::.:..:.:.:. : ::.:.:::::::::::::::.:::
NP_114 LLRVVRASSIFPILSAILLLLGGVCVAASRVYKSKRNIILGAGILFVAAGLSNIIGVIVY
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KB4 ISSNTGDPSDKRDEDKKNHYNYGWSFYFGALSFIVAETVGVLAVNIYIEKNKELRFKTKR
::.:.:.:. ::::.:::::.::::::::.::::.::..::::::::::...: . ...
NP_114 ISANAGEPGPKRDEEKKNHYSYGWSFYFGGLSFILAEVIGVLAVNIYIERSREAHCQSRS
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260
pF1KB4 EFLKASS-------SSPYA--RMPSYRYR-RRRSRSSSRSTEASPSRDVSPMGLKITGAI
..:::.. :.: : :.::::.: ::::::::::.: :::::.:: : : .
NP_114 DLLKAGGGAGGSGGSGPSAILRLPSYRFRYRRRSRSSSRSSEPSPSRDASPGGPGGPG-F
250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
pF1KB4 PMGELSMYTLSREPLKVTTAASYSPDQEASFLQVHDFFQQDLKEGFHVSMLNRRTTPV
..:::::::.: : ..::
NP_114 ASTDISMYTLSRDPSKGSVAAGLAGAGGGGGGAVGAFGGAAGGAGGGGGGGGGAGAERDR
300 310 320 330 340 350
>>XP_016884020 (OMIM: 602911,614256) PREDICTED: voltage- (237 aa)
initn: 572 init1: 328 opt: 869 Z-score: 957.8 bits: 185.0 E(85289): 1.3e-46
Smith-Waterman score: 869; 60.5% identity (87.3% similar) in 228 aa overlap (104-327:15-237)
80 90 100 110 120 130
pF1KB4 GIYKGHCFRINHFPEDNDYDHDSSEYLLRIVRASSVFPILSTILLLLGGLCIGAGRIYSR
:::::.:::::.:::..:::::.:...:.
XP_016 MGLNWKNQALGCWAVRASSIFPILSVILLFMGGLCIAASEFYKT
10 20 30 40
140 150 160 170 180 190
pF1KB4 KNNIVLSAGILFVAAGLSNIIGIIVYISSNTGDPSDKRDEDKKNHYNYGWSFYFGALSFI
..::.:::::.::.::::::::::::::.:.:::: ....::: :.:::::::::::::
XP_016 RHNIILSAGIFFVSAGLSNIIGIIVYISANAGDPS--KSDSKKNSYSYGWSFYFGALSFI
50 60 70 80 90 100
200 210 220 230 240 250
pF1KB4 VAETVGVLAVNIYIEKNKELRFKTK-REFLKASSSSPYARMPSYRYR-RRRSRSSSRSTE
.:: ::::::...:...:.:: .. ..:.::. .:.:::::: .:::::::::::
XP_016 IAEMVGVLAVHMFIDRHKQLRATARATDYLQASA---ITRIPSYRYRYQRRSRSSSRSTE
110 120 130 140 150
260 270 280 290 300
pF1KB4 ASPSRDVSPMGLKITGAIPMGELSMYTLSREPLKVTTA--ASYSPDQEASFLQVHDFFQQ
: :::.::.:.: ...: :.:::::::.:::..:. :.:. :.. ::::::. .:.
XP_016 PSHSRDASPVGIKGFNTLPSTEISMYTLSRDPLKAATTPTATYNSDRDNSFLQVHNCIQK
160 170 180 190 200 210
310 320
pF1KB4 DLKEGFHVSMLNRRTTPV
. :...: . :::::::
XP_016 ENKDSLHSNTANRRTTPV
220 230
>>NP_665810 (OMIM: 606405) voltage-dependent calcium cha (275 aa)
initn: 435 init1: 153 opt: 450 Z-score: 499.9 bits: 100.5 E(85289): 4.1e-21
Smith-Waterman score: 450; 30.8% identity (67.3% similar) in 260 aa overlap (1-253:1-251)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MVRCDRGLQMLLTTAGAFAAFSLMAIAIGTDYWLYSSAHICNGTNLTMDDGPPPRRARGD
: : : ::... : ...:..::..:::::: . .:. . .... . .
NP_665 MSACGRKALTLLSSVFAVCGLGLLGIAVSTDYWLY----LEEGVIVPQNQSTEIKMS---
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB4 LTHSGLWRVCCIEGIYKGHCFRINH-FPEDNDYDHDSSEYLLRIVRASSVFPILSTILLL
:::::::: . : .:.:: :.. .: ... .:. .:...:... ::..: ....
NP_665 -LHSGLWRVCFLAGEERGRCFTIEYVMPMNTQLTSESTVNVLKMIRSATPFPLVSLFFMF
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 LGGLCIGAGRIYSRKNNIVLSAGILFVAAGLSNIIGIIVYISSNTGDPSDKRDEDKKNHY
.: . . :.: ... ... .::.:. .::: ..:...:::: .: .: .: ....
NP_665 IGFILNNIGHIRPHRTILAFVSGIFFILSGLSLVVGLVLYISS-INDEMLNRTKDAETYF
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 NY--GWSFYFGALSFIVAETVGVLAVNIYIEK-NKELRFKTKREFLKA--SSSSPYARMP
:: :::: :.:.::...:..::..: ..... . : .. . : . :. : :. .
NP_665 NYKYGWSFAFAAISFLLTESAGVMSVYLFMKRYTAEDMYRPHPGFYRPRLSNCSDYSGQF
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 SYRYRRRRSRSSSR-STEASPSRDVSPMGLKITGAIPMGELSMYTLSREPLKVTTAASYS
. :.:: : :.:::
NP_665 LHPDAWVRGRSPSDISSEASLQMNSNYPALLKCPDYDQMSSSPC
240 250 260 270
>>XP_016882582 (OMIM: 606899) PREDICTED: voltage-depende (275 aa)
initn: 381 init1: 151 opt: 409 Z-score: 455.2 bits: 92.3 E(85289): 1.3e-18
Smith-Waterman score: 409; 31.9% identity (64.2% similar) in 254 aa overlap (1-247:1-244)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MVRCD-RGLQMLLTTAGAFAAFSLMAIAIGTDYWLYSSAHICNGTNLTMDDGPPPRRARG
: .:. :.: .: .. :: .. :..::..:::::: . .:: : ... . :
XP_016 MSHCSSRALTLLSSVFGA-CGLLLVGIAVSTDYWLY----MEEGTVLPQNQTTEVKMA--
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 DLTHSGLWRVCCIEGIYKGHCFRINHF--PEDNDYDHDSSEYLLRIVRASSVFPILSTIL
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XP_016 --LHAGLWRVCFFAGREKGRCVASEYFLEPEINLVT-ENTENILKTVRTATPFPMVSLFL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 LLLGGLCIGAGRIYSRKNNIVLSAGILFVAAGLSNIIGIIVYISSNTGDPSDKRDEDKKN
.. . . . :.: ... ... .::.:. .::: ..:...:::: . . .. . ...
XP_016 VFTAFVISNIGHIRPQRTILAFVSGIFFILSGLSLVVGLVLYISSINDEVMNRPSSSEQY
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 -HYNYGWSFYFGALSFIVAETVGVLAVNIYIEK-NKELRFKTKREFLKA--SSSSPYARM
:: ::::: :.: ::.. : .::..: .. .. .: .. . : . :. : :. .
XP_016 FHYRYGWSFAFAASSFLLKEGAGVMSVYLFTKRYAEEEMYRPHPAFYRPRLSDCSDYSGQ
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 PSYRYRRRRSRSSSRSTEASPSRDVSPMGLKITGAIPMGELSMYTLSREPLKVTTAASYS
::.:: :
XP_016 FLQPEAWRRGRSPSDISSDVSIQMTQNYPPAIKYPDHLHISTSPC
240 250 260 270
>>NP_114102 (OMIM: 606899) voltage-dependent calcium cha (275 aa)
initn: 381 init1: 151 opt: 409 Z-score: 455.2 bits: 92.3 E(85289): 1.3e-18
Smith-Waterman score: 409; 31.9% identity (64.2% similar) in 254 aa overlap (1-247:1-244)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MVRCD-RGLQMLLTTAGAFAAFSLMAIAIGTDYWLYSSAHICNGTNLTMDDGPPPRRARG
: .:. :.: .: .. :: .. :..::..:::::: . .:: : ... . :
NP_114 MSHCSSRALTLLSSVFGA-CGLLLVGIAVSTDYWLY----MEEGTVLPQNQTTEVKMA--
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 DLTHSGLWRVCCIEGIYKGHCFRINHF--PEDNDYDHDSSEYLLRIVRASSVFPILSTIL
:.:::::: . : ::.: ..: :: : ...: .:. ::... ::..: .:
NP_114 --LHAGLWRVCFFAGREKGRCVASEYFLEPEINLVT-ENTENILKTVRTATPFPMVSLFL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 LLLGGLCIGAGRIYSRKNNIVLSAGILFVAAGLSNIIGIIVYISSNTGDPSDKRDEDKKN
.. . . . :.: ... ... .::.:. .::: ..:...:::: . . .. . ...
NP_114 VFTAFVISNIGHIRPQRTILAFVSGIFFILSGLSLVVGLVLYISSINDEVMNRPSSSEQY
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 -HYNYGWSFYFGALSFIVAETVGVLAVNIYIEK-NKELRFKTKREFLKA--SSSSPYARM
:: ::::: :.: ::.. : .::..: .. .. .: .. . : . :. : :. .
NP_114 FHYRYGWSFAFAASSFLLKEGAGVMSVYLFTKRYAEEEMYRPHPAFYRPRLSDCSDYSGQ
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 PSYRYRRRRSRSSSRSTEASPSRDVSPMGLKITGAIPMGELSMYTLSREPLKVTTAASYS
::.:: :
NP_114 FLQPEAWRRGRSPSDISSDVSIQMTQNYPPAIKYPDHLHISTSPC
240 250 260 270
>>XP_005259181 (OMIM: 606899) PREDICTED: voltage-depende (305 aa)
initn: 205 init1: 81 opt: 246 Z-score: 276.8 bits: 59.4 E(85289): 1.1e-08
Smith-Waterman score: 246; 31.2% identity (63.0% similar) in 173 aa overlap (1-168:1-163)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MVRCD-RGLQMLLTTAGAFAAFSLMAIAIGTDYWLYSSAHICNGTNLTMDDGPPPRRARG
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