Result of FASTA (ccds) for
pF1KB4688
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4688, 577 aa
1>>>pF1KB4688 577 - 577 aa - 577 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8579+/-0.000888; mu= 12.5644+/- 0.054
mean_var=110.9192+/-22.251, 0's: 0 Z-trim(108.8): 32 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.121779
statistics sampled from 10435 (10460) to 10435 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.686), E-opt: 0.2 (0.321), width: 16
Scan time: 3.750
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS13414.1 STAU1 gene_id:6780|Hs108|chr20 ( 577) 3786 676.1 3.2e-194
CCDS13415.1 STAU1 gene_id:6780|Hs108|chr20 ( 496) 3294 589.6 3e-168
CCDS33481.1 STAU1 gene_id:6780|Hs108|chr20 ( 502) 3272 585.8 4.4e-167
CCDS6214.1 STAU2 gene_id:27067|Hs108|chr8 ( 479) 1203 222.3 1.1e-57
CCDS55248.1 STAU2 gene_id:27067|Hs108|chr8 ( 538) 1203 222.3 1.2e-57
CCDS55247.1 STAU2 gene_id:27067|Hs108|chr8 ( 570) 1203 222.3 1.3e-57
CCDS55246.1 STAU2 gene_id:27067|Hs108|chr8 ( 473) 1200 221.7 1.6e-57
CCDS55245.1 STAU2 gene_id:27067|Hs108|chr8 ( 504) 1130 209.4 8.5e-54
CCDS55244.1 STAU2 gene_id:27067|Hs108|chr8 ( 398) 926 173.5 4.3e-43
>>CCDS13414.1 STAU1 gene_id:6780|Hs108|chr20 (577 aa)
initn: 3786 init1: 3786 opt: 3786 Z-score: 3600.3 bits: 676.1 E(32554): 3.2e-194
Smith-Waterman score: 3786; 100.0% identity (100.0% similar) in 577 aa overlap (1-577:1-577)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MSQVQVQVQNPSAALSGSQILNKNQSLLSQPLMSIPSTTSSLPSENAGRPIQNSALPSAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MSQVQVQVQNPSAALSGSQILNKNQSLLSQPLMSIPSTTSSLPSENAGRPIQNSALPSAS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 ITSTSAAAESITPTVELNALCMKLGKKPMYKPVDPYSRMQSTYNYNMRGGAYPPRYFYPF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ITSTSAAAESITPTVELNALCMKLGKKPMYKPVDPYSRMQSTYNYNMRGGAYPPRYFYPF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 PVPPLLYQVELSVGGQQFNGKGKTRQAAKHDAAAKALRILQNEPLPERLEVNGRESEEEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 PVPPLLYQVELSVGGQQFNGKGKTRQAAKHDAAAKALRILQNEPLPERLEVNGRESEEEN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 LNKSEISQVFEIALKRNLPVNFEVARESGPPHMKNFVTKVSVGEFVGEGEGKSKKISKKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LNKSEISQVFEIALKRNLPVNFEVARESGPPHMKNFVTKVSVGEFVGEGEGKSKKISKKN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 AAIAVLEELKKLPPLPAVERVKPRIKKKTKPIVKPQTSPEYGQGINPISRLAQIQQAKKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 AAIAVLEELKKLPPLPAVERVKPRIKKKTKPIVKPQTSPEYGQGINPISRLAQIQQAKKE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 KEPEYTLLTERGLPRRREFVMQVKVGNHTAEGTGTNKKVAKRNAAENMLEILGFKVPQAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 KEPEYTLLTERGLPRRREFVMQVKVGNHTAEGTGTNKKVAKRNAAENMLEILGFKVPQAQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 PTKPALKSEEKTPIKKPGDGRKVTFFEPGSGDENGTSNKEDEFRMPYLSHQQLPAGILPM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 PTKPALKSEEKTPIKKPGDGRKVTFFEPGSGDENGTSNKEDEFRMPYLSHQQLPAGILPM
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 VPEVAQAVGVSQGHHTKDFTRAAPNPAKATVTAMIARELLYGGTSPTAETILKNNISSGH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 VPEVAQAVGVSQGHHTKDFTRAAPNPAKATVTAMIARELLYGGTSPTAETILKNNISSGH
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 VPHGPLTRPSEQLDYLSRVQGFQVEYKDFPKNNKNEFVSLINCSSQPPLISHGIGKDVES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 VPHGPLTRPSEQLDYLSRVQGFQVEYKDFPKNNKNEFVSLINCSSQPPLISHGIGKDVES
490 500 510 520 530 540
550 560 570
pF1KB4 CHDMAALNILKLLSELDQQSTEMPRTGNGPMSVCGRC
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 CHDMAALNILKLLSELDQQSTEMPRTGNGPMSVCGRC
550 560 570
>>CCDS13415.1 STAU1 gene_id:6780|Hs108|chr20 (496 aa)
initn: 3294 init1: 3294 opt: 3294 Z-score: 3134.2 bits: 589.6 E(32554): 3e-168
Smith-Waterman score: 3294; 100.0% identity (100.0% similar) in 496 aa overlap (82-577:1-496)
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 QNSALPSASITSTSAAAESITPTVELNALCMKLGKKPMYKPVDPYSRMQSTYNYNMRGGA
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MKLGKKPMYKPVDPYSRMQSTYNYNMRGGA
10 20 30
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 YPPRYFYPFPVPPLLYQVELSVGGQQFNGKGKTRQAAKHDAAAKALRILQNEPLPERLEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 YPPRYFYPFPVPPLLYQVELSVGGQQFNGKGKTRQAAKHDAAAKALRILQNEPLPERLEV
40 50 60 70 80 90
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 NGRESEEENLNKSEISQVFEIALKRNLPVNFEVARESGPPHMKNFVTKVSVGEFVGEGEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 NGRESEEENLNKSEISQVFEIALKRNLPVNFEVARESGPPHMKNFVTKVSVGEFVGEGEG
100 110 120 130 140 150
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 KSKKISKKNAAIAVLEELKKLPPLPAVERVKPRIKKKTKPIVKPQTSPEYGQGINPISRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 KSKKISKKNAAIAVLEELKKLPPLPAVERVKPRIKKKTKPIVKPQTSPEYGQGINPISRL
160 170 180 190 200 210
300 310 320 330 340 350
pF1KB4 AQIQQAKKEKEPEYTLLTERGLPRRREFVMQVKVGNHTAEGTGTNKKVAKRNAAENMLEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 AQIQQAKKEKEPEYTLLTERGLPRRREFVMQVKVGNHTAEGTGTNKKVAKRNAAENMLEI
220 230 240 250 260 270
360 370 380 390 400 410
pF1KB4 LGFKVPQAQPTKPALKSEEKTPIKKPGDGRKVTFFEPGSGDENGTSNKEDEFRMPYLSHQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LGFKVPQAQPTKPALKSEEKTPIKKPGDGRKVTFFEPGSGDENGTSNKEDEFRMPYLSHQ
280 290 300 310 320 330
420 430 440 450 460 470
pF1KB4 QLPAGILPMVPEVAQAVGVSQGHHTKDFTRAAPNPAKATVTAMIARELLYGGTSPTAETI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 QLPAGILPMVPEVAQAVGVSQGHHTKDFTRAAPNPAKATVTAMIARELLYGGTSPTAETI
340 350 360 370 380 390
480 490 500 510 520 530
pF1KB4 LKNNISSGHVPHGPLTRPSEQLDYLSRVQGFQVEYKDFPKNNKNEFVSLINCSSQPPLIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LKNNISSGHVPHGPLTRPSEQLDYLSRVQGFQVEYKDFPKNNKNEFVSLINCSSQPPLIS
400 410 420 430 440 450
540 550 560 570
pF1KB4 HGIGKDVESCHDMAALNILKLLSELDQQSTEMPRTGNGPMSVCGRC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 HGIGKDVESCHDMAALNILKLLSELDQQSTEMPRTGNGPMSVCGRC
460 470 480 490
>>CCDS33481.1 STAU1 gene_id:6780|Hs108|chr20 (502 aa)
initn: 2475 init1: 2475 opt: 3272 Z-score: 3113.2 bits: 585.8 E(32554): 4.4e-167
Smith-Waterman score: 3272; 98.8% identity (98.8% similar) in 502 aa overlap (82-577:1-502)
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 QNSALPSASITSTSAAAESITPTVELNALCMKLGKKPMYKPVDPYSRMQSTYNYNMRGGA
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 MKLGKKPMYKPVDPYSRMQSTYNYNMRGGA
10 20 30
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 YPPRYFYPFPVPPLLYQVELSVGGQQFNGKGKTRQAAKHDAAAKALRILQNEPLPERLEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 YPPRYFYPFPVPPLLYQVELSVGGQQFNGKGKTRQAAKHDAAAKALRILQNEPLPERLEV
40 50 60 70 80 90
180 190 200 210 220
pF1KB4 NGRESEEENLNKSEISQVFEIALKRNLPVNFE------VARESGPPHMKNFVTKVSVGEF
:::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::
CCDS33 NGRESEEENLNKSEISQVFEIALKRNLPVNFESFPLKQVARESGPPHMKNFVTKVSVGEF
100 110 120 130 140 150
230 240 250 260 270 280
pF1KB4 VGEGEGKSKKISKKNAAIAVLEELKKLPPLPAVERVKPRIKKKTKPIVKPQTSPEYGQGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 VGEGEGKSKKISKKNAAIAVLEELKKLPPLPAVERVKPRIKKKTKPIVKPQTSPEYGQGI
160 170 180 190 200 210
290 300 310 320 330 340
pF1KB4 NPISRLAQIQQAKKEKEPEYTLLTERGLPRRREFVMQVKVGNHTAEGTGTNKKVAKRNAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 NPISRLAQIQQAKKEKEPEYTLLTERGLPRRREFVMQVKVGNHTAEGTGTNKKVAKRNAA
220 230 240 250 260 270
350 360 370 380 390 400
pF1KB4 ENMLEILGFKVPQAQPTKPALKSEEKTPIKKPGDGRKVTFFEPGSGDENGTSNKEDEFRM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 ENMLEILGFKVPQAQPTKPALKSEEKTPIKKPGDGRKVTFFEPGSGDENGTSNKEDEFRM
280 290 300 310 320 330
410 420 430 440 450 460
pF1KB4 PYLSHQQLPAGILPMVPEVAQAVGVSQGHHTKDFTRAAPNPAKATVTAMIARELLYGGTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 PYLSHQQLPAGILPMVPEVAQAVGVSQGHHTKDFTRAAPNPAKATVTAMIARELLYGGTS
340 350 360 370 380 390
470 480 490 500 510 520
pF1KB4 PTAETILKNNISSGHVPHGPLTRPSEQLDYLSRVQGFQVEYKDFPKNNKNEFVSLINCSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 PTAETILKNNISSGHVPHGPLTRPSEQLDYLSRVQGFQVEYKDFPKNNKNEFVSLINCSS
400 410 420 430 440 450
530 540 550 560 570
pF1KB4 QPPLISHGIGKDVESCHDMAALNILKLLSELDQQSTEMPRTGNGPMSVCGRC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 QPPLISHGIGKDVESCHDMAALNILKLLSELDQQSTEMPRTGNGPMSVCGRC
460 470 480 490 500
>>CCDS6214.1 STAU2 gene_id:27067|Hs108|chr8 (479 aa)
initn: 664 init1: 530 opt: 1203 Z-score: 1149.0 bits: 222.3 E(32554): 1.1e-57
Smith-Waterman score: 1349; 49.3% identity (72.8% similar) in 511 aa overlap (1-504:7-479)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MSQVQVQVQNPSAALSGSQILNKNQSLLSQPLMSIPSTTSSLPSENAGRPIQNS
: .::... . . ::.: . .:.. .. : : :.:: .:.:.
CCDS62 MLQINQMFSVQLSLGEQTWESEGSSIKKAQQAVANKAL-----TESTLP-----KPVQKP
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 ALPSASITSTSAAAESITPTVELNALCMKLGKKPMYKPVDPYSRMQSTYNYNMRGGAYPP
:....... . :::::::::.: :: :. .:.:.:: . :::.:: :
CCDS62 --PKSNVNNNPG---SITPTVELNGLAMKRGEPAIYRPLDPKPFPNYRANYNFRG-MYNQ
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 RYFYPFPVPPLLYQVELSVGGQQFNGKGKTRQAAKHDAAAKALRILQNEPLPERLEVNGR
:: ::: ..: :.:.::...: :.:::::::.:.:: :::. :::::.::: ::.
CCDS62 RYH--CPVPKIFY-VQLTVGNNEFFGEGKTRQAARHNAAMKALQALQNEPIPERSPQNGE
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 ES----EEENLNKSEISQVFEIALKRNLPVNFEVARESGPPHMKNFVTKVSVGEFVGEGE
. .... :::::: :::::::::.::.::: .::::::::.:::.:::::: .:::
CCDS62 SGKDVDDDKDANKSEISLVFEIALKRNMPVSFEVIKESGPPHMKSFVTRVSVGEFSAEGE
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 GKSKKISKKNAAIAVLEELKKLPPLPAVERVKPRIKKKTKPIVKPQTSPEYGQGINPISR
:.:::.::: :: .::.:::::::::.::. : .::. : ::: ..::::::.:::::
CCDS62 GNSKKLSKKRAATTVLQELKKLPPLPVVEKPKLFFKKRPKTIVK--AGPEYGQGMNPISR
230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB4 LAQIQQAKKEKEPEYTLLTERGLPRRREFVMQVKVGNHTAEGTGTNKKVAKRNAAENMLE
:::::::::::::.:.::.:::.::::::::::::::..: ::: :::.::.:::: ::
CCDS62 LAQIQQAKKEKEPDYVLLSERGMPRRREFVMQVKVGNEVATGTGPNKKIAKKNAAEAMLL
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400
pF1KB4 ILGFKVPQAQPTKPALKSE-EKTPIKKPGDGRKVTFFEPGSGDENGTSN-KEDEFRMPYL
::.:. . :... ::: .: .: : : :: .. .: . . : ..
CCDS62 QLGYKA------STNLQDQLEKTGENKGWSGPKPGFPEPTNNTPKGILHLSPDVYQEMEA
340 350 360 370 380 390
410 420 430 440 450 460
pF1KB4 SHQQLPAGILPMVPEVAQAVGVSQGHHTKDFTRAAPNPAKATVTAMIARELLYGGTSPTA
:.... .: .. .... ...: .:. .. .: ::::::..::: ::
CCDS62 SRHKVISGTT-----LGYLSPKDMNQPSSSFFSISPT---SNSSATIARELLMNGTSSTA
400 410 420 430 440
470 480 490 500 510 520
pF1KB4 ETI-LKNNISSGHVPHGPLTRPSEQLDYLSRVQGFQVEYKDFPKNNKNEFVSLINCSSQP
:.: ::. :: : .:. .::.::.::.:.:::::
CCDS62 EAIGLKG--SSPTPPCSPV-QPSKQLEYLARIQGFQV
450 460 470
530 540 550 560 570
pF1KB4 PLISHGIGKDVESCHDMAALNILKLLSELDQQSTEMPRTGNGPMSVCGRC
>>CCDS55248.1 STAU2 gene_id:27067|Hs108|chr8 (538 aa)
initn: 659 init1: 530 opt: 1203 Z-score: 1148.2 bits: 222.3 E(32554): 1.2e-57
Smith-Waterman score: 1344; 49.2% identity (72.7% similar) in 510 aa overlap (1-503:7-478)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MSQVQVQVQNPSAALSGSQILNKNQSLLSQPLMSIPSTTSSLPSENAGRPIQNS
: .::... . . ::.: . .:.. .. : : :.:: .:.:.
CCDS55 MLQINQMFSVQLSLGEQTWESEGSSIKKAQQAVANKAL-----TESTLP-----KPVQKP
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 ALPSASITSTSAAAESITPTVELNALCMKLGKKPMYKPVDPYSRMQSTYNYNMRGGAYPP
:....... . :::::::::.: :: :. .:.:.:: . :::.:: :
CCDS55 --PKSNVNNNPG---SITPTVELNGLAMKRGEPAIYRPLDPKPFPNYRANYNFRG-MYNQ
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 RYFYPFPVPPLLYQVELSVGGQQFNGKGKTRQAAKHDAAAKALRILQNEPLPERLEVNGR
:: ::: ..: :.:.::...: :.:::::::.:.:: :::. :::::.::: ::.
CCDS55 RYH--CPVPKIFY-VQLTVGNNEFFGEGKTRQAARHNAAMKALQALQNEPIPERSPQNGE
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 ES----EEENLNKSEISQVFEIALKRNLPVNFEVARESGPPHMKNFVTKVSVGEFVGEGE
. .... :::::: :::::::::.::.::: .::::::::.:::.:::::: .:::
CCDS55 SGKDVDDDKDANKSEISLVFEIALKRNMPVSFEVIKESGPPHMKSFVTRVSVGEFSAEGE
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 GKSKKISKKNAAIAVLEELKKLPPLPAVERVKPRIKKKTKPIVKPQTSPEYGQGINPISR
:.:::.::: :: .::.:::::::::.::. : .::. : ::: ..::::::.:::::
CCDS55 GNSKKLSKKRAATTVLQELKKLPPLPVVEKPKLFFKKRPKTIVK--AGPEYGQGMNPISR
230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB4 LAQIQQAKKEKEPEYTLLTERGLPRRREFVMQVKVGNHTAEGTGTNKKVAKRNAAENMLE
:::::::::::::.:.::.:::.::::::::::::::..: ::: :::.::.:::: ::
CCDS55 LAQIQQAKKEKEPDYVLLSERGMPRRREFVMQVKVGNEVATGTGPNKKIAKKNAAEAMLL
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400
pF1KB4 ILGFKVPQAQPTKPALKSE-EKTPIKKPGDGRKVTFFEPGSGDENGTSN-KEDEFRMPYL
::.: .. :... ::: .: .: : : :: .. .: . . : ..
CCDS55 QLGYK------ASTNLQDQLEKTGENKGWSGPKPGFPEPTNNTPKGILHLSPDVYQEMEA
340 350 360 370 380 390
410 420 430 440 450 460
pF1KB4 SHQQLPAGILPMVPEVAQAVGVSQGHHTKDFTRAAPNPAKATVTAMIARELLYGGTSPTA
:.... .: .. .... ...: .:. .. .: ::::::..::: ::
CCDS55 SRHKVISGTT-----LGYLSPKDMNQPSSSFFSISPT---SNSSATIARELLMNGTSSTA
400 410 420 430 440
470 480 490 500 510 520
pF1KB4 ETI-LKNNISSGHVPHGPLTRPSEQLDYLSRVQGFQVEYKDFPKNNKNEFVSLINCSSQP
:.: ::. :: : .:. .::.::.::.:.::::
CCDS55 EAIGLKG--SSPTPPCSPV-QPSKQLEYLARIQGFQAALSALKQFSEQGLDPIDGAMNIE
450 460 470 480 490 500
530 540 550 560 570
pF1KB4 PLISHGIGKDVESCHDMAALNILKLLSELDQQSTEMPRTGNGPMSVCGRC
CCDS55 KGSLEKQAKHLREKADNNQAPPGSIAQDCKKSNSAV
510 520 530
>>CCDS55247.1 STAU2 gene_id:27067|Hs108|chr8 (570 aa)
initn: 659 init1: 530 opt: 1203 Z-score: 1147.9 bits: 222.3 E(32554): 1.3e-57
Smith-Waterman score: 1344; 49.2% identity (72.7% similar) in 510 aa overlap (1-503:39-510)
10 20 30
pF1KB4 MSQVQVQVQNPSAALSGSQILNKNQSLLSQ
: .::... . . ::.: . .:.. ..
CCDS55 AMCLVNELARFNRVQPQYKLLNERGPAHSKMFSVQLSLGEQTWESEGSSIKKAQQAVANK
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB4 PLMSIPSTTSSLPSENAGRPIQNSALPSASITSTSAAAESITPTVELNALCMKLGKKPMY
: : :.:: .:.:. :....... . :::::::::.: :: :. .:
CCDS55 AL-----TESTLP-----KPVQKP--PKSNVNNNPG---SITPTVELNGLAMKRGEPAIY
70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KB4 KPVDPYSRMQSTYNYNMRGGAYPPRYFYPFPVPPLLYQVELSVGGQQFNGKGKTRQAAKH
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CCDS55 RPLDPKPFPNYRANYNFRG-MYNQRYH--CPVPKIFY-VQLTVGNNEFFGEGKTRQAARH
120 130 140 150 160
160 170 180 190 200
pF1KB4 DAAAKALRILQNEPLPERLEVNGRES----EEENLNKSEISQVFEIALKRNLPVNFEVAR
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CCDS55 NAAMKALQALQNEPIPERSPQNGESGKDVDDDKDANKSEISLVFEIALKRNMPVSFEVIK
170 180 190 200 210 220
210 220 230 240 250 260
pF1KB4 ESGPPHMKNFVTKVSVGEFVGEGEGKSKKISKKNAAIAVLEELKKLPPLPAVERVKPRIK
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CCDS55 ESGPPHMKSFVTRVSVGEFSAEGEGNSKKLSKKRAATTVLQELKKLPPLPVVEKPKLFFK
230 240 250 260 270 280
270 280 290 300 310 320
pF1KB4 KKTKPIVKPQTSPEYGQGINPISRLAQIQQAKKEKEPEYTLLTERGLPRRREFVMQVKVG
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CCDS55 KRPKTIVK--AGPEYGQGMNPISRLAQIQQAKKEKEPDYVLLSERGMPRRREFVMQVKVG
290 300 310 320 330 340
330 340 350 360 370 380
pF1KB4 NHTAEGTGTNKKVAKRNAAENMLEILGFKVPQAQPTKPALKSE-EKTPIKKPGDGRKVTF
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CCDS55 NEVATGTGPNKKIAKKNAAEAMLLQLGYK------ASTNLQDQLEKTGENKGWSGPKPGF
350 360 370 380 390 400
390 400 410 420 430 440
pF1KB4 FEPGSGDENGTSN-KEDEFRMPYLSHQQLPAGILPMVPEVAQAVGVSQGHHTKDFTRAAP
:: .. .: . . : .. :.... .: .. .... ...: .:
CCDS55 PEPTNNTPKGILHLSPDVYQEMEASRHKVISGTT-----LGYLSPKDMNQPSSSFFSISP
410 420 430 440 450
450 460 470 480 490 500
pF1KB4 NPAKATVTAMIARELLYGGTSPTAETI-LKNNISSGHVPHGPLTRPSEQLDYLSRVQGFQ
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CCDS55 T---SNSSATIARELLMNGTSSTAEAIGLKG--SSPTPPCSPV-QPSKQLEYLARIQGFQ
460 470 480 490 500 510
510 520 530 540 550 560
pF1KB4 VEYKDFPKNNKNEFVSLINCSSQPPLISHGIGKDVESCHDMAALNILKLLSELDQQSTEM
CCDS55 AALSALKQFSEQGLDPIDGAMNIEKGSLEKQAKHLREKADNNQAPPGSIAQDCKKSNSAV
520 530 540 550 560 570
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10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MSQVQVQVQNPSAALSGSQILNKNQSLLSQPLMSIPSTTSSLPSENAGRPIQNSALPSAS
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CCDS55 MFSVQLSLGEQTWESEGSSIKKAQQAVANKAL-----TESTLP-----KPVQKP--PKSN
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 ITSTSAAAESITPTVELNALCMKLGKKPMYKPVDPYSRMQSTYNYNMRGGAYPPRYFYPF
.... . :::::::::.: :: :. .:.:.:: . :::.:: : ::
CCDS55 VNNNPG---SITPTVELNGLAMKRGEPAIYRPLDPKPFPNYRANYNFRG-MYNQRYH--C
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170
pF1KB4 PVPPLLYQVELSVGGQQFNGKGKTRQAAKHDAAAKALRILQNEPLPERLEVNGRES----
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CCDS55 PVPKIFY-VQLTVGNNEFFGEGKTRQAARHNAAMKALQALQNEPIPERSPQNGESGKDVD
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 EEENLNKSEISQVFEIALKRNLPVNFEVARESGPPHMKNFVTKVSVGEFVGEGEGKSKKI
.... :::::: :::::::::.::.::: .::::::::.:::.:::::: .::::.:::.
CCDS55 DDKDANKSEISLVFEIALKRNMPVSFEVIKESGPPHMKSFVTRVSVGEFSAEGEGNSKKL
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 SKKNAAIAVLEELKKLPPLPAVERVKPRIKKKTKPIVKPQTSPEYGQGINPISRLAQIQQ
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CCDS55 SKKRAATTVLQELKKLPPLPVVEKPKLFFKKRPKTIVK--AGPEYGQGMNPISRLAQIQQ
230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB4 AKKEKEPEYTLLTERGLPRRREFVMQVKVGNHTAEGTGTNKKVAKRNAAENMLEILGFKV
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CCDS55 AKKEKEPDYVLLSERGMPRRREFVMQVKVGNEVATGTGPNKKIAKKNAAEAMLLQLGYKA
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KB4 PQAQPTKPALKSE-EKTPIKKPGDGRKVTFFEPGSGDENGTSN-KEDEFRMPYLSHQQLP
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CCDS55 ------STNLQDQLEKTGENKGWSGPKPGFPEPTNNTPKGILHLSPDVYQEMEASRHKVI
340 350 360 370 380 390
420 430 440 450 460 470
pF1KB4 AGILPMVPEVAQAVGVSQGHHTKDFTRAAPNPAKATVTAMIARELLYGGTSPTAETI-LK
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CCDS55 SGTT-----LGYLSPKDMNQPSSSFFSISPT---SNSSATIARELLMNGTSSTAEAIGLK
400 410 420 430 440
480 490 500 510 520 530
pF1KB4 NNISSGHVPHGPLTRPSEQLDYLSRVQGFQVEYKDFPKNNKNEFVSLINCSSQPPLISHG
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CCDS55 G--SSPTPPCSPV-QPSKQLEYLARIQGFQV
450 460 470
540 550 560 570
pF1KB4 IGKDVESCHDMAALNILKLLSELDQQSTEMPRTGNGPMSVCGRC
>>CCDS55245.1 STAU2 gene_id:27067|Hs108|chr8 (504 aa)
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Smith-Waterman score: 1347; 50.9% identity (73.7% similar) in 483 aa overlap (82-555:1-455)
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 QNSALPSASITSTSAAAESITPTVELNALCMKLGKKPMYKPVDPYSRMQSTYNYNMRGGA
:: :. .:.:.:: . :::.::
CCDS55 MKRGEPAIYRPLDPKPFPNYRANYNFRG-M
10 20
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 YPPRYFYPFPVPPLLYQVELSVGGQQFNGKGKTRQAAKHDAAAKALRILQNEPLPERLEV
: :: ::: ..: :.:.::...: :.:::::::.:.:: :::. :::::.:::
CCDS55 YNQRYH--CPVPKIFY-VQLTVGNNEFFGEGKTRQAARHNAAMKALQALQNEPIPERSPQ
30 40 50 60 70 80
180 190 200 210 220
pF1KB4 NGRES----EEENLNKSEISQVFEIALKRNLPVNFEVARESGPPHMKNFVTKVSVGEFVG
::. . .... :::::: :::::::::.::.::: .::::::::.:::.:::::: .
CCDS55 NGESGKDVDDDKDANKSEISLVFEIALKRNMPVSFEVIKESGPPHMKSFVTRVSVGEFSA
90 100 110 120 130 140
230 240 250 260 270 280
pF1KB4 EGEGKSKKISKKNAAIAVLEELKKLPPLPAVERVKPRIKKKTKPIVKPQTSPEYGQGINP
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CCDS55 EGEGNSKKLSKKRAATTVLQELKKLPPLPVVEKPKLFFKKRPKTIVK--AGPEYGQGMNP
150 160 170 180 190 200
290 300 310 320 330 340
pF1KB4 ISRLAQIQQAKKEKEPEYTLLTERGLPRRREFVMQVKVGNHTAEGTGTNKKVAKRNAAEN
::::::::::::::::.:.::.:::.::::::::::::::..: ::: :::.::.::::
CCDS55 ISRLAQIQQAKKEKEPDYVLLSERGMPRRREFVMQVKVGNEVATGTGPNKKIAKKNAAEA
210 220 230 240 250 260
350 360 370 380 390 400
pF1KB4 MLEILGFKVPQAQPTKPALKSE-EKTPIKKPGDGRKVTFFEPGSGDENGTSN-KEDEFRM
:: ::.:. . :... ::: .: .: : : :: .. .: . . : ..
CCDS55 MLLQLGYKA------STNLQDQLEKTGENKGWSGPKPGFPEPTNNTPKGILHLSPDVYQE
270 280 290 300 310
410 420 430 440 450 460
pF1KB4 PYLSHQQLPAGILPMVPEVAQAVGVSQGHHTKDFTRAAPNPAKATVTAMIARELLYGGTS
:.... .: .. .... ...: .:. .. .: ::::::..:::
CCDS55 MEASRHKVISG-----TTLGYLSPKDMNQPSSSFFSISPT---SNSSATIARELLMNGTS
320 330 340 350 360 370
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pF1KB4 PTAETI-LKNNISSGHVPHGPLTRPSEQLDYLSRVQGFQVEYKDFPKNNKNEFVSLINCS
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CCDS55 STAEAIGLKG--SSPTPPCSPV-QPSKQLEYLARIQGFQVHYCD--RQSGKECVT---CL
380 390 400 410 420
530 540 550 560 570
pF1KB4 SQPP--LISHGIGKDVESCHDMAALNILKLLSELDQQSTEMPRTGNGPMSVCGRC
. : . :.::...:. ::.:::. :: .::
CCDS55 TLAPVQMTFHAIGSSIEASHDQAALSALKQFSEQGLDPIDGAMNIEKGSLEKQAKHLREK
430 440 450 460 470 480
CCDS55 ADNNQAPPGSIAQDCKKSNSAV
490 500
>>CCDS55244.1 STAU2 gene_id:27067|Hs108|chr8 (398 aa)
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130 140 150 160 170 180
pF1KB4 LLYQVELSVGGQQFNGKGKTRQAAKHDAAAKALRILQNEPLPERLEVNGRES----EEEN
:::. :::::.::: ::. . ....
CCDS55 MKALQALQNEPIPERSPQNGESGKDVDDDKD
10 20 30
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 LNKSEISQVFEIALKRNLPVNFEVARESGPPHMKNFVTKVSVGEFVGEGEGKSKKISKKN
:::::: :::::::::.::.::: .::::::::.:::.:::::: .::::.:::.:::
CCDS55 ANKSEISLVFEIALKRNMPVSFEVIKESGPPHMKSFVTRVSVGEFSAEGEGNSKKLSKKR
40 50 60 70 80 90
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 AAIAVLEELKKLPPLPAVERVKPRIKKKTKPIVKPQTSPEYGQGINPISRLAQIQQAKKE
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CCDS55 AATTVLQELKKLPPLPVVEKPKLFFKKRPKTIVK--AGPEYGQGMNPISRLAQIQQAKKE
100 110 120 130 140
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 KEPEYTLLTERGLPRRREFVMQVKVGNHTAEGTGTNKKVAKRNAAENMLEILGFKVPQAQ
:::.:.::.:::.::::::::::::::..: ::: :::.::.:::: :: ::.:.
CCDS55 KEPDYVLLSERGMPRRREFVMQVKVGNEVATGTGPNKKIAKKNAAEAMLLQLGYKA----
150 160 170 180 190 200
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pF1KB4 PTKPALKSE-EKTPIKKPGDGRKVTFFEPGSGDENGTSN-KEDEFRMPYLSHQQLPAGIL
. :... ::: .: .: : : :: .. .: . . : .. :.... .:
CCDS55 --STNLQDQLEKTGENKGWSGPKPGFPEPTNNTPKGILHLSPDVYQEMEASRHKVISGTT
210 220 230 240 250 260
420 430 440 450 460 470
pF1KB4 PMVPEVAQAVGVSQGHHTKDFTRAAPNPAKATVTAMIARELLYGGTSPTAETI-LKNNIS
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CCDS55 -----LGYLSPKDMNQPSSSFFSISPT---SNSSATIARELLMNGTSSTAEAIGLKG--S
270 280 290 300 310
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pF1KB4 SGHVPHGPLTRPSEQLDYLSRVQGFQVEYKDFPKNNKNEFVSLINCSSQPPLISHGIGKD
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CCDS55 SPTPPCSPV-QPSKQLEYLARIQGFQAALSALKQFSEQGLDPIDGAMNIEKGSLEKQAKH
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]