Result of FASTA (ccds) for
pF1KB4571
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4571, 615 aa
1>>>pF1KB4571 615 - 615 aa - 615 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6588+/-0.000979; mu= 13.0735+/- 0.059
mean_var=115.5567+/-22.854, 0's: 0 Z-trim(108.6): 24 B-trim: 5 in 1/50
Lambda= 0.119310
statistics sampled from 10312 (10321) to 10312 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.676), E-opt: 0.2 (0.317), width: 16
Scan time: 3.520
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1545.1 LBR gene_id:3930|Hs108|chr1 ( 615) 4128 722.0 5.8e-208
CCDS41669.1 TM7SF2 gene_id:7108|Hs108|chr11 ( 418) 1676 299.8 4.8e-81
CCDS60846.1 TM7SF2 gene_id:7108|Hs108|chr11 ( 391) 551 106.1 8.9e-23
CCDS8200.1 DHCR7 gene_id:1717|Hs108|chr11 ( 475) 425 84.5 3.5e-16
>>CCDS1545.1 LBR gene_id:3930|Hs108|chr1 (615 aa)
initn: 4128 init1: 4128 opt: 4128 Z-score: 3847.1 bits: 722.0 E(32554): 5.8e-208
Smith-Waterman score: 4128; 99.8% identity (100.0% similar) in 615 aa overlap (1-615:1-615)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MPSRKFADGEVVRGRWPGSSLYYEVEILSHDSTSQLYTVKYKDGTELELKENDIKPLTSF
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CCDS15 MPSRKFADGEVVRGRWPGSSLYYEVEILSHDSTSQLYTVKYKDGTELELKENDIKPLTSF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 RQRKGGSTSSSPSRRRGSRSRSRSRSPGRPPKSARRSASASHQADIKEARREVEVKLTPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 RQRKGGSTSSSPSRRRGSRSRSRSRSPGRPPKSARRSASASHQADIKEARREVEVKLTPL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 ILKPFGNSISRYNGEPEHIERNDAPHKNTQEKFNLSQESSYIATQYSLRPRREEVKLKEI
:::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 ILKPFGNSISRYNGEPEHIERNDAPHKNTQEKFSLSQESSYIATQYSLRPRREEVKLKEI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 DSKEEKYVAKELAVRTFEVTPIRAKDLEFGGVPGVFLIMFGLPVFLFLLLLMCKQKDPSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 DSKEEKYVAKELAVRTFEVTPIRAKDLEFGGVPGVFLIMFGLPVFLFLLLLMCKQKDPSL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 LNFPPPLPALYELWETRVFGVYLLWFLIQVLFYLLPIGKVVEGTPLIDGRRLKYRLNGFY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 LNFPPPLPALYELWETRVFGVYLLWFLIQVLFYLLPIGKVVEGTPLIDGRRLKYRLNGFY
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 AFILTSAVIGTSLFQGVEFHYVYSHFLQFALAATVFCVVLSVYLYMRSLKAPRNDLSPAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 AFILTSAVIGTSLFQGVEFHYVYSHFLQFALAATVFCVVLSVYLYMRSLKAPRNDLSPAS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 SGNAVYDFFIGRELNPRIGTFDLKYFCELRPGLIGWVVINLVMLLAEMKIQDRAVPSLAM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 SGNAVYDFFIGRELNPRIGTFDLKYFCELRPGLIGWVVINLVMLLAEMKIQDRAVPSLAM
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 ILVNSFQLLYVVDALWNEEALLTTMDIIHDGFGFMLAFGDLVWVPFIYSFQAFYLVSHPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 ILVNSFQLLYVVDALWNEEALLTTMDIIHDGFGFMLAFGDLVWVPFIYSFQAFYLVSHPN
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 EVSWPMASLIIVLKLCGYVIFRGANSQKNAFRKNPSDPKLAHLKTIHTSTGKNLLVSGWW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 EVSWPMASLIIVLKLCGYVIFRGANSQKNAFRKNPSDPKLAHLKTIHTSTGKNLLVSGWW
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 GFVRHPNYLGDLIMALAWSLPCGFNHILPYFYIIYFTMLLVHREARDEYHCKKKYGVAWE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS15 GFVRHPNYLGDLIMALAWSLPCGFNHILPYFYIIYFTMLLVHREARDEYHCKKKYGVAWE
550 560 570 580 590 600
610
pF1KB4 KYCQRVPYRIFPYIY
:::::::::::::::
CCDS15 KYCQRVPYRIFPYIY
610
>>CCDS41669.1 TM7SF2 gene_id:7108|Hs108|chr11 (418 aa)
initn: 1419 init1: 1081 opt: 1676 Z-score: 1568.5 bits: 299.8 E(32554): 4.8e-81
Smith-Waterman score: 1676; 59.0% identity (81.0% similar) in 410 aa overlap (207-615:11-418)
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 LKEIDSKEEKYVAKELAVRTFEVTPIRAKDLEFGGVPGVFLIMFGLPVFLFLLLLMCKQK
::::: :. ... ::. .: ::: ..
CCDS41 MAPTQGPRAPLEFGGPLGAAALLLLLPATMFHLLLAARSG
10 20 30 40
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 DPSLLNFPPPLPALYELWETRVFGVYLLWFLIQVLFYLLPIGKVVEGTPLIDGRRLKYRL
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CCDS41 PARLLGPPASLPGLEVLWSPRALLLWLAWLGLQAALYLLPARKVAEGQELKDKSRLRYPI
50 60 70 80 90 100
300 310 320 330 340 350
pF1KB4 NGFYAFILTSAVIGTSLFQGVEFHYVYSHFLQFALAATVFCVVLSVYLYMRSLKAPRNDL
::: :..::. ..: .. :. . . .: .:..::. ..:..:::.. :: . :
CCDS41 NGFQALVLTALLVGLGMSAGLPLGALPEMLLPLAFVATLTAFIFSLFLYMKAQVAPVSAL
110 120 130 140 150 160
360 370 380 390 400 410
pF1KB4 SPA-SSGNAVYDFFIGRELNPRIGTFDLKYFCELRPGLIGWVVINLVMLLAEMKIQDRAV
.:. .::: .::::.:::::::: ::.::::::::::::::.:::..:. : .. :.
CCDS41 APGGNSGNPIYDFFLGRELNPRICFFDFKYFCELRPGLIGWVLINLALLMKEAEL--RGS
170 180 190 200 210
420 430 440 450 460 470
pF1KB4 PSLAMILVNSFQLLYVVDALWNEEALLTTMDIIHDGFGFMLAFGDLVWVPFIYSFQAFYL
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CCDS41 PSLAMWLVNGFQLLYVGDALWHEEAVLTTMDITHDGFGFMLAFGDMAWVPFTYSLQAQFL
220 230 240 250 260 270
480 490 500 510 520 530
pF1KB4 VSHPNEVSWPMASLIIVLKLCGYVIFRGANSQKNAFRKNPSDPKLAHLKTIHTSTGKNLL
. ::. .. ::::.: ... :: ::::::::::.::::::::..: :.:: :.::..::
CCDS41 LHHPQPLGLPMASVICLINATGYYIFRGANSQKNTFRKNPSDPRVAGLETISTATGRKLL
280 290 300 310 320 330
540 550 560 570 580 590
pF1KB4 VSGWWGFVRHPNYLGDLIMALAWSLPCGFNHILPYFYIIYFTMLLVHREARDEYHCKKKY
::::::.::::::::::::::::::::: .:.:::::..::: :::::::::: .: .::
CCDS41 VSGWWGMVRHPNYLGDLIMALAWSLPCGVSHLLPYFYLLYFTALLVHREARDERQCLQKY
340 350 360 370 380 390
600 610
pF1KB4 GVAWEKYCQRVPYRIFPYIY
:.::..::.::::::.::::
CCDS41 GLAWQEYCRRVPYRIMPYIY
400 410
>>CCDS60846.1 TM7SF2 gene_id:7108|Hs108|chr11 (391 aa)
initn: 1255 init1: 551 opt: 551 Z-score: 522.4 bits: 106.1 E(32554): 8.9e-23
Smith-Waterman score: 1468; 54.4% identity (75.4% similar) in 410 aa overlap (207-615:11-391)
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 LKEIDSKEEKYVAKELAVRTFEVTPIRAKDLEFGGVPGVFLIMFGLPVFLFLLLLMCKQK
::::: :. ... ::. .: ::: ..
CCDS60 MAPTQGPRAPLEFGGPLGAAALLLLLPATMFHLLLAARSG
10 20 30 40
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 DPSLLNFPPPLPALYELWETRVFGVYLLWFLIQVLFYLLPIGKVVEGTPLIDGRRLKYRL
::. : ::.: :: :.. ..: :. .:. .:::: ::.:: : : ::.: .
CCDS60 PARLLGPPASLPGLEVLWSPRALLLWLAWLGLQAALYLLPARKVAEGQELKDKSRLRYPI
50 60 70 80 90 100
300 310 320 330 340 350
pF1KB4 NGFYAFILTSAVIGTSLFQGVEFHYVYSHFLQFALAATVFCVVLSVYLYMRSLKAPRNDL
::: :..::. ..: .. :. . . .: .:..::. ..:..:::.. :: . :
CCDS60 NGFQALVLTALLVGLGMSAGLPLGALPEMLLPLAFVATLTAFIFSLFLYMKAQVAPVSAL
110 120 130 140 150 160
360 370 380 390 400 410
pF1KB4 SPA-SSGNAVYDFFIGRELNPRIGTFDLKYFCELRPGLIGWVVINLVMLLAEMKIQDRAV
.:. .::: .::::.:::::::: ::.::::::::::::::.:::..:. : .. :.
CCDS60 APGGNSGNPIYDFFLGRELNPRICFFDFKYFCELRPGLIGWVLINLALLMKEAEL--RGS
170 180 190 200 210
420 430 440 450 460 470
pF1KB4 PSLAMILVNSFQLLYVVDALWNEEALLTTMDIIHDGFGFMLAFGDLVWVPFIYSFQAFYL
::::: :::.:::::: ::::.:::.:::::: ::::::::::::..:::: ::.:: .:
CCDS60 PSLAMWLVNGFQLLYVGDALWHEEAVLTTMDITHDGFGFMLAFGDMAWVPFTYSLQAQFL
220 230 240 250 260 270
480 490 500 510 520 530
pF1KB4 VSHPNEVSWPMASLIIVLKLCGYVIFRGANSQKNAFRKNPSDPKLAHLKTIHTSTGKNLL
. ::. .. ::::.: : .. : :.:: :.::..::
CCDS60 LHHPQPLGLPMASVI-----C---LING-------------------LETISTATGRKLL
280 290 300 310
540 550 560 570 580 590
pF1KB4 VSGWWGFVRHPNYLGDLIMALAWSLPCGFNHILPYFYIIYFTMLLVHREARDEYHCKKKY
::::::.::::::::::::::::::::: .:.:::::..::: :::::::::: .: .::
CCDS60 VSGWWGMVRHPNYLGDLIMALAWSLPCGVSHLLPYFYLLYFTALLVHREARDERQCLQKY
320 330 340 350 360 370
600 610
pF1KB4 GVAWEKYCQRVPYRIFPYIY
:.::..::.::::::.::::
CCDS60 GLAWQEYCRRVPYRIMPYIY
380 390
>>CCDS8200.1 DHCR7 gene_id:1717|Hs108|chr11 (475 aa)
initn: 881 init1: 355 opt: 425 Z-score: 404.0 bits: 84.5 E(32554): 3.5e-16
Smith-Waterman score: 911; 35.0% identity (65.0% similar) in 449 aa overlap (203-615:31-475)
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 EEVKLKEIDSKEEKYVAKELAVRTFEVTPIRAKDLE-FGGVPGVFLIMFGLPVFLFLLLL
:: ... :. . .::..:. : ... ...
CCDS82 MAAKSQPNIPKAKSLDGVTNDRTASQGQWGRAWEVDWFSLASVIFLLLFA-PFIVYYFIM
10 20 30 40 50
240 250 260 270
pF1KB4 MCKQKDPSL----LNFPPPLPALYELWET------RVFGVYLLWFLIQVLFY--------
: : . .: ... : ..: .. .: :: .:::.:
CCDS82 ACDQYSCALTGPVVDIVTGHARLSDIWAKTPPITRKAAQLYTLWVTFQVLLYTSLPDFCH
60 70 80 90 100 110
280 290 300 310 320
pF1KB4 -LLP--IGKVVEGTPLIDGRRLKYRLNGFYAFILTSAV--IGTSLFQGVEFHYVYSHFLQ
.:: .: . ::. : ::..::. :..:: . .. :.. ......
CCDS82 KFLPGYVGGIQEGAVTPAGVVNKYQINGLQAWLLTHLLWFANAHLLSWFSPTIIFDNWIP
120 130 140 150 160 170
330 340 350 360 370 380
pF1KB4 FALAATVFCVVLSVYLYMRSLKAPRNDLSPASSGNAVYDFFIGRELNPRIGT-FDLKYFC
. :... ..:.. .... : . . .:: :....: :.::::: ::.: :
CCDS82 LLWCANILGYAVSTFAMVKGYFFPTSARDCKFTGNFFYNYMMGIEFNPRIGKWFDFKLFF
180 190 200 210 220 230
390 400 410 420 430 440
pF1KB4 ELRPGLIGWVVINLVMLLAEMKIQDRAVPSLAMILVNSFQLLYVVDALWNEEALLTTMDI
. :::...:..::: . . ...... . ::.::: .: .::.: .::: : :.::
CCDS82 NGRPGIVAWTLINLSFAAKQRELHSHV--TNAMVLVNVLQAIYVIDFFWNETWYLKTIDI
240 250 260 270 280 290
450 460 470 480 490 500
pF1KB4 IHDGFGFMLAFGDLVWVPFIYSFQAFYLVSHPNEVSWPMASLIIVLKLCGYVIFRGANSQ
:: ::..:..:: ::.:..:..:..::: :: ..: : : ...: : :: ::: :: :
CCDS82 CHDHFGWYLGWGDCVWLPYLYTLQGLYLVYHPVQLSTPHAVGVLLLGLVGYYIFRVANHQ
300 310 320 330 340 350
510 520 530 540 550
pF1KB4 KNAFRKNPS-------DPKLAHLKTIHTSTGK----NLLVSGWWGFVRHPNYLGDLIMAL
:. ::.. . ::. . . .. :. .:::::.:: .:: ::.:::. .:
CCDS82 KDLFRRTDGRCLIWGRKPKVIEC-SYTSADGQRHHSKLLVSGFWGVARHFNYVGDLMGSL
360 370 380 390 400 410
560 570 580 590 600 610
pF1KB4 AWSLPCGFNHILPYFYIIYFTMLLVHREARDEYHCKKKYGVAWEKYCQRVPYRIFPYIY
:. : :: .:.::::::::...::.:: :::..: .::: ::.: ::::..: :.
CCDS82 AYCLACGGGHLLPYFYIIYMAILLTHRCLRDEHRCASKYGRDWERYTAAVPYRLLPGIF
420 430 440 450 460 470
615 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 15:09:42 2016 done: Thu Nov 3 15:09:42 2016
Total Scan time: 3.520 Total Display time: 0.030
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]