Result of FASTA (ccds) for
pF1KB4518
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4518, 338 aa
1>>>pF1KB4518 338 - 338 aa - 338 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.3020+/-0.00148; mu= 6.0619+/- 0.086
mean_var=188.5519+/-38.622, 0's: 0 Z-trim(103.6): 173 B-trim: 3 in 1/50
Lambda= 0.093403
statistics sampled from 7309 (7501) to 7309 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.596), E-opt: 0.2 (0.23), width: 16
Scan time: 2.460
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS31722.1 OPCML gene_id:4978|Hs108|chr11 ( 338) 2241 315.2 4.9e-86
CCDS8492.1 OPCML gene_id:4978|Hs108|chr11 ( 345) 2115 298.2 6.4e-81
CCDS81649.1 OPCML gene_id:4978|Hs108|chr11 ( 304) 2007 283.6 1.4e-76
CCDS41733.1 NTM gene_id:50863|Hs108|chr11 ( 344) 1658 236.6 2.2e-62
CCDS8491.1 NTM gene_id:50863|Hs108|chr11 ( 344) 1629 232.7 3.3e-61
CCDS44778.1 NTM gene_id:50863|Hs108|chr11 ( 316) 1533 219.7 2.5e-57
CCDS44777.1 NTM gene_id:50863|Hs108|chr11 ( 355) 1525 218.7 5.6e-57
CCDS2982.1 LSAMP gene_id:4045|Hs108|chr3 ( 338) 1174 171.4 9.4e-43
CCDS661.1 NEGR1 gene_id:257194|Hs108|chr1 ( 354) 1062 156.3 3.4e-38
CCDS46158.1 IGLON5 gene_id:402665|Hs108|chr19 ( 336) 1042 153.6 2.1e-37
>>CCDS31722.1 OPCML gene_id:4978|Hs108|chr11 (338 aa)
initn: 2241 init1: 2241 opt: 2241 Z-score: 1658.1 bits: 315.2 E(32554): 4.9e-86
Smith-Waterman score: 2241; 100.0% identity (100.0% similar) in 338 aa overlap (1-338:1-338)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MYHPAYWVVFSATTALLFIPGVPVRSGDATFPKAMDNVTVRQGESATLRCTIDDRVTRVA
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CCDS31 MYHPAYWVVFSATTALLFIPGVPVRSGDATFPKAMDNVTVRQGESATLRCTIDDRVTRVA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 WLNRSTILYAGNDKWSIDPRVIILVNTPTQYSIMIQNVDVYDEGPYTCSVQTDNHPKTSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 WLNRSTILYAGNDKWSIDPRVIILVNTPTQYSIMIQNVDVYDEGPYTCSVQTDNHPKTSR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 VHLIVQVPPQIMNISSDITVNEGSSVTLLCLAIGRPEPTVTWRHLSVKEGQGFVSEDEYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 VHLIVQVPPQIMNISSDITVNEGSSVTLLCLAIGRPEPTVTWRHLSVKEGQGFVSEDEYL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 EISDIKRDQSGEYECSALNDVAAPDVRKVKITVNYPPYISKAKNTGVSVGQKGILSCEAS
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CCDS31 EISDIKRDQSGEYECSALNDVAAPDVRKVKITVNYPPYISKAKNTGVSVGQKGILSCEAS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 AVPMAEFQWFKEETRLATGLDGMRIENKGRMSTLTFFNVSEKDYGNYTCVATNKLGNTNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 AVPMAEFQWFKEETRLATGLDGMRIENKGRMSTLTFFNVSEKDYGNYTCVATNKLGNTNA
250 260 270 280 290 300
310 320 330
pF1KB4 SITLYGPGAVIDGVNSASRALACLWLSGTLLAHFFIKF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 SITLYGPGAVIDGVNSASRALACLWLSGTLLAHFFIKF
310 320 330
>>CCDS8492.1 OPCML gene_id:4978|Hs108|chr11 (345 aa)
initn: 2111 init1: 2111 opt: 2115 Z-score: 1566.2 bits: 298.2 E(32554): 6.4e-81
Smith-Waterman score: 2115; 95.0% identity (97.1% similar) in 339 aa overlap (1-338:7-345)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MYHPAYWVVFSATTALLFIP-GVPVRSGDATFPKAMDNVTVRQGESATLRCTID
.. : .: . :...: :::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 MGVCGYLFLPWKCLVVVSLRLLFLVPTGVPVRSGDATFPKAMDNVTVRQGESATLRCTID
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 DRVTRVAWLNRSTILYAGNDKWSIDPRVIILVNTPTQYSIMIQNVDVYDEGPYTCSVQTD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 DRVTRVAWLNRSTILYAGNDKWSIDPRVIILVNTPTQYSIMIQNVDVYDEGPYTCSVQTD
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 NHPKTSRVHLIVQVPPQIMNISSDITVNEGSSVTLLCLAIGRPEPTVTWRHLSVKEGQGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 NHPKTSRVHLIVQVPPQIMNISSDITVNEGSSVTLLCLAIGRPEPTVTWRHLSVKEGQGF
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 VSEDEYLEISDIKRDQSGEYECSALNDVAAPDVRKVKITVNYPPYISKAKNTGVSVGQKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 VSEDEYLEISDIKRDQSGEYECSALNDVAAPDVRKVKITVNYPPYISKAKNTGVSVGQKG
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 ILSCEASAVPMAEFQWFKEETRLATGLDGMRIENKGRMSTLTFFNVSEKDYGNYTCVATN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 ILSCEASAVPMAEFQWFKEETRLATGLDGMRIENKGRMSTLTFFNVSEKDYGNYTCVATN
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330
pF1KB4 KLGNTNASITLYGPGAVIDGVNSASRALACLWLSGTLLAHFFIKF
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 KLGNTNASITLYGPGAVIDGVNSASRALACLWLSGTLLAHFFIKF
310 320 330 340
>>CCDS81649.1 OPCML gene_id:4978|Hs108|chr11 (304 aa)
initn: 2007 init1: 2007 opt: 2007 Z-score: 1488.2 bits: 283.6 E(32554): 1.4e-76
Smith-Waterman score: 2007; 100.0% identity (100.0% similar) in 304 aa overlap (35-338:1-304)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 AYWVVFSATTALLFIPGVPVRSGDATFPKAMDNVTVRQGESATLRCTIDDRVTRVAWLNR
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 MDNVTVRQGESATLRCTIDDRVTRVAWLNR
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 STILYAGNDKWSIDPRVIILVNTPTQYSIMIQNVDVYDEGPYTCSVQTDNHPKTSRVHLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 STILYAGNDKWSIDPRVIILVNTPTQYSIMIQNVDVYDEGPYTCSVQTDNHPKTSRVHLI
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 VQVPPQIMNISSDITVNEGSSVTLLCLAIGRPEPTVTWRHLSVKEGQGFVSEDEYLEISD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 VQVPPQIMNISSDITVNEGSSVTLLCLAIGRPEPTVTWRHLSVKEGQGFVSEDEYLEISD
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 IKRDQSGEYECSALNDVAAPDVRKVKITVNYPPYISKAKNTGVSVGQKGILSCEASAVPM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 IKRDQSGEYECSALNDVAAPDVRKVKITVNYPPYISKAKNTGVSVGQKGILSCEASAVPM
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 AEFQWFKEETRLATGLDGMRIENKGRMSTLTFFNVSEKDYGNYTCVATNKLGNTNASITL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 AEFQWFKEETRLATGLDGMRIENKGRMSTLTFFNVSEKDYGNYTCVATNKLGNTNASITL
220 230 240 250 260 270
310 320 330
pF1KB4 YGPGAVIDGVNSASRALACLWLSGTLLAHFFIKF
::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 YGPGAVIDGVNSASRALACLWLSGTLLAHFFIKF
280 290 300
>>CCDS41733.1 NTM gene_id:50863|Hs108|chr11 (344 aa)
initn: 1659 init1: 912 opt: 1658 Z-score: 1233.4 bits: 236.6 E(32554): 2.2e-62
Smith-Waterman score: 1658; 71.6% identity (87.6% similar) in 338 aa overlap (1-338:8-344)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MYHPAYWVVFSATTALLFIPGVPVRSGDATFPKAMDNVTVRQGESATLRCTID
:.. :..:.. .:: .. :::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 MKTIQPKMHNSISWAIFTGLAALCLFQGVPVRSGDATFPKAMDNVTVRQGESATLRCTID
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 DRVTRVAWLNRSTILYAGNDKWSIDPRVIILVNTPTQYSIMIQNVDVYDEGPYTCSVQTD
.::::::::::::::::::::: .::::..: :: ::::: :::::::::::::::::::
CCDS41 NRVTRVAWLNRSTILYAGNDKWCLDPRVVLLSNTQTQYSIEIQNVDVYDEGPYTCSVQTD
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 NHPKTSRVHLIVQVPPQIMNISSDITVNEGSSVTLLCLAIGRPEPTVTWRHLSVKEGQGF
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CCDS41 NHPKTSRVHLIVQVSPKIVEISSDISINEGNNISLTCIATGRPEPTVTWRHISPK-AVGF
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 VSEDEYLEISDIKRDQSGEYECSALNDVAAPDVRKVKITVNYPPYISKAKNTGVSVGQKG
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CCDS41 VSEDEYLEIQGITREQSGDYECSASNDVAAPVVRRVKVTVNYPPYISEAKGTGVPVGQKG
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 ILSCEASAVPMAEFQWFKEETRLATGLDGMRIENKGRMSTLTFFNVSEKDYGNYTCVATN
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CCDS41 TLQCEASAVPSAEFQWYKDDKRLIEGKKGVKVENRPFLSKLIFFNVSEHDYGNYTCVASN
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330
pF1KB4 KLGNTNASITLYGPGAVIDGVNSASRALACLWLSGTLLAHFFIKF
:::.::::: :.::::: . :..:: .:.:: :. :...::
CCDS41 KLGHTNASIMLFGPGAVSEVSNGTSRRAGCVWLLPLLVLHLLLKF
300 310 320 330 340
>>CCDS8491.1 NTM gene_id:50863|Hs108|chr11 (344 aa)
initn: 1626 init1: 879 opt: 1629 Z-score: 1212.3 bits: 232.7 E(32554): 3.3e-61
Smith-Waterman score: 1629; 71.1% identity (86.4% similar) in 339 aa overlap (1-338:7-344)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MYHPAYWVVFSATTALLFIP-GVPVRSGDATFPKAMDNVTVRQGESATLRCTID
.. : .: . :...: :::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 MGVCGYLFLPWKCLVVVSLRLLFLVPTGVPVRSGDATFPKAMDNVTVRQGESATLRCTID
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 DRVTRVAWLNRSTILYAGNDKWSIDPRVIILVNTPTQYSIMIQNVDVYDEGPYTCSVQTD
.::::::::::::::::::::: .::::..: :: ::::: :::::::::::::::::::
CCDS84 NRVTRVAWLNRSTILYAGNDKWCLDPRVVLLSNTQTQYSIEIQNVDVYDEGPYTCSVQTD
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 NHPKTSRVHLIVQVPPQIMNISSDITVNEGSSVTLLCLAIGRPEPTVTWRHLSVKEGQGF
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CCDS84 NHPKTSRVHLIVQVSPKIVEISSDISINEGNNISLTCIATGRPEPTVTWRHISPK-AVGF
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 VSEDEYLEISDIKRDQSGEYECSALNDVAAPDVRKVKITVNYPPYISKAKNTGVSVGQKG
:::::::::. : :.:::.::::: :::::: ::.::.:::::::::.::.::: :::::
CCDS84 VSEDEYLEIQGITREQSGDYECSASNDVAAPVVRRVKVTVNYPPYISEAKGTGVPVGQKG
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 ILSCEASAVPMAEFQWFKEETRLATGLDGMRIENKGRMSTLTFFNVSEKDYGNYTCVATN
:.::::::: :::::.:.. :: : :...::. .: : ::::::.:::::::::.:
CCDS84 TLQCEASAVPSAEFQWYKDDKRLIEGKKGVKVENRPFLSKLIFFNVSEHDYGNYTCVASN
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330
pF1KB4 KLGNTNASITLYGPGAVIDGVNSASRALACLWLSGTLLAHFFIKF
:::.::::: :.::::: . :..:: .:.:: :. :...::
CCDS84 KLGHTNASIMLFGPGAVSEVSNGTSRRAGCVWLLPLLVLHLLLKF
300 310 320 330 340
>>CCDS44778.1 NTM gene_id:50863|Hs108|chr11 (316 aa)
initn: 1530 init1: 879 opt: 1533 Z-score: 1142.8 bits: 219.7 E(32554): 2.5e-57
Smith-Waterman score: 1533; 73.9% identity (87.9% similar) in 307 aa overlap (1-306:7-312)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MYHPAYWVVFSATTALLFIP-GVPVRSGDATFPKAMDNVTVRQGESATLRCTID
.. : .: . :...: :::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MGVCGYLFLPWKCLVVVSLRLLFLVPTGVPVRSGDATFPKAMDNVTVRQGESATLRCTID
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 DRVTRVAWLNRSTILYAGNDKWSIDPRVIILVNTPTQYSIMIQNVDVYDEGPYTCSVQTD
.::::::::::::::::::::: .::::..: :: ::::: :::::::::::::::::::
CCDS44 NRVTRVAWLNRSTILYAGNDKWCLDPRVVLLSNTQTQYSIEIQNVDVYDEGPYTCSVQTD
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 NHPKTSRVHLIVQVPPQIMNISSDITVNEGSSVTLLCLAIGRPEPTVTWRHLSVKEGQGF
:::::::::::::: :.:..:::::..:::....: :.: :::::::::::.: : . ::
CCDS44 NHPKTSRVHLIVQVSPKIVEISSDISINEGNNISLTCIATGRPEPTVTWRHISPK-AVGF
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 VSEDEYLEISDIKRDQSGEYECSALNDVAAPDVRKVKITVNYPPYISKAKNTGVSVGQKG
:::::::::. : :.:::.::::: :::::: ::.::.:::::::::.::.::: :::::
CCDS44 VSEDEYLEIQGITREQSGDYECSASNDVAAPVVRRVKVTVNYPPYISEAKGTGVPVGQKG
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 ILSCEASAVPMAEFQWFKEETRLATGLDGMRIENKGRMSTLTFFNVSEKDYGNYTCVATN
:.::::::: :::::.:.. :: : :...::. .: : ::::::.:::::::::.:
CCDS44 TLQCEASAVPSAEFQWYKDDKRLIEGKKGVKVENRPFLSKLIFFNVSEHDYGNYTCVASN
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330
pF1KB4 KLGNTNASITLYGPGAVIDGVNSASRALACLWLSGTLLAHFFIKF
:::.::::: :.:
CCDS44 KLGHTNASIMLFGETVL
300 310
>>CCDS44777.1 NTM gene_id:50863|Hs108|chr11 (355 aa)
initn: 1612 init1: 879 opt: 1525 Z-score: 1136.4 bits: 218.7 E(32554): 5.6e-57
Smith-Waterman score: 1597; 68.9% identity (83.7% similar) in 350 aa overlap (1-338:7-355)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MYHPAYWVVFSATTALLFIP-GVPVRSGDATFPKAMDNVTVRQGESATLRCTID
.. : .: . :...: :::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MGVCGYLFLPWKCLVVVSLRLLFLVPTGVPVRSGDATFPKAMDNVTVRQGESATLRCTID
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 DRVTRVAWLNRSTILYAGNDKWSIDPRVIILVNTPTQYSIMIQNVDVYDEGPYTCSVQTD
.::::::::::::::::::::: .::::..: :: ::::: :::::::::::::::::::
CCDS44 NRVTRVAWLNRSTILYAGNDKWCLDPRVVLLSNTQTQYSIEIQNVDVYDEGPYTCSVQTD
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 NHPKTSRVHLIVQVPPQIMNISSDITVNEGSSVTLLCLAIGRPEPTVTWRHLSVKEGQGF
:::::::::::::: :.:..:::::..:::....: :.: :::::::::::.: : . ::
CCDS44 NHPKTSRVHLIVQVSPKIVEISSDISINEGNNISLTCIATGRPEPTVTWRHISPK-AVGF
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 VSEDEYLEISDIKRDQSGEYECSALNDVAAPDVRKVKITVNYPPYISKAKNTGVSVGQKG
:::::::::. : :.:::.::::: :::::: ::.::.:::::::::.::.::: :::::
CCDS44 VSEDEYLEIQGITREQSGDYECSASNDVAAPVVRRVKVTVNYPPYISEAKGTGVPVGQKG
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 ILSCEASAVPMAEFQWFKEETRLATGLDGMRIENKGRMSTLTFFNVSEKDYGNYTCVATN
:.::::::: :::::.:.. :: : :...::. .: : ::::::.:::::::::.:
CCDS44 TLQCEASAVPSAEFQWYKDDKRLIEGKKGVKVENRPFLSKLIFFNVSEHDYGNYTCVASN
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330
pF1KB4 KLGNTNASITLY-----------GPGAVIDGVNSASRALACLWLSGTLLAHFFIKF
:::.::::: :. ::::: . :..:: .:.:: :. :...::
CCDS44 KLGHTNASIMLFEVKTTALTPWKGPGAVSEVSNGTSRRAGCVWLLPLLVLHLLLKF
300 310 320 330 340 350
>>CCDS2982.1 LSAMP gene_id:4045|Hs108|chr3 (338 aa)
initn: 1101 init1: 639 opt: 1174 Z-score: 881.0 bits: 171.4 E(32554): 9.4e-43
Smith-Waterman score: 1174; 55.0% identity (83.0% similar) in 318 aa overlap (16-331:20-332)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MYHPAYWVVFSATTALLFIP-GVPVRSGDATFPKAMDNVTVRQGESATLRCTIDDR
: ..: :.:::: : : .. ::.:::::..: :::...:.
CCDS29 MVRRVQPDRKQLPLVLLRLLCLLPTGLPVRSVD--FNRGTDNITVRQGDTAILRCVVEDK
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 VTRVAWLNRSTILYAGNDKWSIDPRVIILVNTPTQYSIMIQNVDVYDEGPYTCSVQTDNH
..::::::: :..::.::::.:::: . .::. ::.::::::: :::::::...
CCDS29 NSKVAWLNRSGIIFAGHDKWSLDPRVELEKRHSLEYSLRIQKVDVYDEGSYTCSVQTQHE
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 PKTSRVHLIVQVPPQIMNISSDITVNEGSSVTLLCLAIGRPEPTVTWRHLSVKEGQGFVS
::::.:.:::::::.: :::::.::::::.:::.:.: :::::..:::::. :. : .
CCDS29 PKTSQVYLIVQVPPKISNISSDVTVNEGSNVTLVCMANGRPEPVITWRHLT-PTGREFEG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 EDEYLEISDIKRDQSGEYECSALNDVAAPDVRKVKITVNYPPYISKAKNTGVSVGQKGIL
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CCDS29 EEEYLEILGITREQSGKYECKAANEVSSADVKQVKVTVNYPPTITESKSNEATTGRQASL
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]