Result of FASTA (ccds) for
pF1KB4495
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4495, 963 aa
1>>>pF1KB4495 963 - 963 aa - 963 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8445+/-0.00108; mu= 13.4338+/- 0.064
mean_var=109.7923+/-22.319, 0's: 0 Z-trim(105.7): 84 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.122402
statistics sampled from 8497 (8562) to 8497 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.628), E-opt: 0.2 (0.263), width: 16
Scan time: 4.080
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2513.1 SH3BP4 gene_id:23677|Hs108|chr2 ( 963) 6417 1145.1 0
CCDS5369.1 MACC1 gene_id:346389|Hs108|chr7 ( 852) 2152 391.9 2.8e-108
>>CCDS2513.1 SH3BP4 gene_id:23677|Hs108|chr2 (963 aa)
initn: 6417 init1: 6417 opt: 6417 Z-score: 6126.9 bits: 1145.1 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6417; 100.0% identity (100.0% similar) in 963 aa overlap (1-963:1-963)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MAAQRIRAANSNGLPRCKSEGTLIDLSEGFSETSFNDIKVPSPSALLVDNPTPFGNAKEV
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CCDS25 MAAQRIRAANSNGLPRCKSEGTLIDLSEGFSETSFNDIKVPSPSALLVDNPTPFGNAKEV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 IAIKDYCPTNFTTLKFSKGDHLYVLDTSGGEWWYAHNTTEMGYIPSSYVQPLNYRNSTLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 IAIKDYCPTNFTTLKFSKGDHLYVLDTSGGEWWYAHNTTEMGYIPSSYVQPLNYRNSTLS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 DSGMIDNLPDSPDEVAKELELLGGWTDDKKVPGRMYSNNPFWNGVQTNPFLNGNVPVMPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 DSGMIDNLPDSPDEVAKELELLGGWTDDKKVPGRMYSNNPFWNGVQTNPFLNGNVPVMPS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 LDELNPKSTVDLLLFDAGTSSFTESSSATTNSTGNIFDELPVTNGLHAEPPVRRDNPFFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 LDELNPKSTVDLLLFDAGTSSFTESSSATTNSTGNIFDELPVTNGLHAEPPVRRDNPFFR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 SKRSYSLSELSVLQAKSDAPTSSSFFTGLKSPAPEQFQSREDFRTAWLNHRKLARSCHDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 SKRSYSLSELSVLQAKSDAPTSSSFFTGLKSPAPEQFQSREDFRTAWLNHRKLARSCHDL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 DLLGQSPGWGQTQAVETNIVCKLDSSGGAVQLPDTSISIHVPEGHVAPGETQQISMKALL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 DLLGQSPGWGQTQAVETNIVCKLDSSGGAVQLPDTSISIHVPEGHVAPGETQQISMKALL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 DPPLELNSDRSCSISPVLEVKLSNLEVKTSIILEMKVSAEIKNDLFSKSTVGLQCLRSDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 DPPLELNSDRSCSISPVLEVKLSNLEVKTSIILEMKVSAEIKNDLFSKSTVGLQCLRSDS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 KEGPYVSVPLNCSCGDTVQAQLHNLEPCMYVAVVAHGPSILYPSTVWDFINKKVTVGLYG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 KEGPYVSVPLNCSCGDTVQAQLHNLEPCMYVAVVAHGPSILYPSTVWDFINKKVTVGLYG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 PKHIHPSFKTVVTIFGHDCAPKTLLVSEVTRQAPNPAPVALQLWGKHQFVLSRPQDLKVC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 PKHIHPSFKTVVTIFGHDCAPKTLLVSEVTRQAPNPAPVALQLWGKHQFVLSRPQDLKVC
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 MFSNMTNYEVKASEQAKVVRGFQLKLGKVSRLIFPITSQNPNELSDFTLRVQVKDDQEAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 MFSNMTNYEVKASEQAKVVRGFQLKLGKVSRLIFPITSQNPNELSDFTLRVQVKDDQEAI
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 LTQFCVQTPQPPPKSAIKPSGQRRFLKKNEVGKIILSPFATTTKYPTFQDRPVSSLKFGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 LTQFCVQTPQPPPKSAIKPSGQRRFLKKNEVGKIILSPFATTTKYPTFQDRPVSSLKFGK
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 LLKTVVRQNKNHYLLEYKKGDGIALLSEERVRLRGQLWTKEWYIGYYQGRVGLVHTKNVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 LLKTVVRQNKNHYLLEYKKGDGIALLSEERVRLRGQLWTKEWYIGYYQGRVGLVHTKNVL
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 VVGRARPSLCSGPELSTSVLLEQILRPCKFLTYIYASVRTLLMENISSWRSFADALGYVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 VVGRARPSLCSGPELSTSVLLEQILRPCKFLTYIYASVRTLLMENISSWRSFADALGYVN
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB4 LPLTFFCRAELDSEPERVASVLEKLKEDCNNTENKERKSFQKELVMALLKMDCQGLVVRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 LPLTFFCRAELDSEPERVASVLEKLKEDCNNTENKERKSFQKELVMALLKMDCQGLVVRL
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB4 IQDFVLLTTAVEVAQRWRELAEKLAKVSKQQMDAYESPHRDRNGVVDSEAMWKPAYDFLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 IQDFVLLTTAVEVAQRWRELAEKLAKVSKQQMDAYESPHRDRNGVVDSEAMWKPAYDFLL
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB4 TWSHQIGDSYRDVIQELHLGLDKMKNPITKRWKHLTGTLILVNSLDVLRAAAFSPADQDD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 TWSHQIGDSYRDVIQELHLGLDKMKNPITKRWKHLTGTLILVNSLDVLRAAAFSPADQDD
910 920 930 940 950 960
pF1KB4 FVI
:::
CCDS25 FVI
>>CCDS5369.1 MACC1 gene_id:346389|Hs108|chr7 (852 aa)
initn: 1987 init1: 961 opt: 2152 Z-score: 2057.3 bits: 391.9 E(32554): 2.8e-108
Smith-Waterman score: 2199; 42.8% identity (70.3% similar) in 866 aa overlap (102-958:12-851)
80 90 100 110 120
pF1KB4 TTLKFSKGDHLYVLDTSGGEWWYAHNTTEMGYIPSSYVQP--LNYRNSTLSDSGMIDNLP
: : .:. . .... . :: : : .
CCDS53 MLITERKHFRSGRIAQSMSEANLIDMEAGKLSKSCNITECQ
10 20 30 40
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 DSPDEVAKELELLGGWTDDKKVPGRMYSN--NPFWNGVQ-TNPFLNGNVPVMPSLDELNP
: :: :: .: : . : :. ::::: .. .::::. . .: .
CCDS53 D-PD-------LLHNWPDAFTLRGNNASKVANPFWNQLSASNPFLDD----ITQLRNNRK
50 60 70 80
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 KSTVDLLLFDAGTSSFTESSSATTNSTGNIFDELPVTNGLHAEPPVRRDNPFFRSKRSYS
......: : .. . .:.: ::: : . : :.. : :: :
CCDS53 RNNISILKEDPFLFCREIENGNSFDSSG---DELDVHQLL-------RQTSSRNSGRSKS
90 100 110 120 130
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 LSEL-SVLQAKSDAPTSSSFFTGLKSPAPEQFQS-REDFRTAWLNHRKLARSCHDLDLLG
.::: ..:. . : : . : ... :: .. :::..:.::::: ::. ..
CCDS53 VSELLDILDDTAHAHQSIHNSDQILLHDLEWLKNDREAYKMAWLSQRQLARSCLDLNTIS
140 150 160 170 180 190
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 QSPGWGQTQAVETNIVCKLDSSGGAVQLPDTSISIHVPEGHVAPGETQQISMKALLDPPL
:::::.::: .:..:.::.. .::.::::...:..:::.:::: :: :..:..:.::::
CCDS53 QSPGWAQTQLAEVTIACKVNHQGGSVQLPESDITVHVPQGHVAVGEFQEVSLRAFLDPPH
200 210 220 230 240 250
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 ELNSDRSCSISPVLEVKLSNLEVKTSIILEMKVSAEIKNDLFSKSTVGLQCLRSDSKEGP
:: : ::..::.::. :.::.. ...::::..::...: ::. . . ::.: .::::
CCDS53 MLNHDLSCTVSPLLEIMLGNLNTMEALLLEMKIGAEVRKDPFSQVMTEMVCLHSLGKEGP
260 270 280 290 300 310
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 YVSVPLNCSC-GDTVQAQLHNLEPCMYVAVVAHGPSILYPS-TVWDFINKKVTVGLYGPK
. .: :: ::.:..: .: ::..:.:.. .. :. :.::.:.: ...:.::::
CCDS53 F-KVLSNCYIYKDTIQVKLIDLSQVMYLVVAAQAKALPSPAATIWDYIHKTTSIGIYGPK
320 330 340 350 360 370
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 HIHPSFKTVVTIFGHDCAPKTLLVSEVTRQAPNPAPVALQLWGKHQFVLSRPQDLKVCMF
.::::: .:.:. ::. : : .:.. . . : .::..:::::..:.:..::::.. .:
CCDS53 YIHPSFTVVLTVCGHNYMPGQLTISDIKKGGKNISPVVFQLWGKQSFLLDKPQDLSISIF
380 390 400 410 420 430
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 SNMTNYEVKASEQAKVVRGFQLKLGKVSRLIFPITSQNPNELSDFTLRVQVKDDQEAILT
: ..:::. . : .. ::. :.: . : .. . :. : . :::. . ..
CCDS53 SCDPDFEVKTEGERKEIKQKQLEAGEVVHQQFLFSLVEHREMHLFDFCVQVEPPNGEPVA
440 450 460 470 480 490
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 QFCVQTPQPPPKSAIKPSGQRRFLKKNEVGKIILSPFATTTKYPTFQDRPVSSLKFGKLL
:: . ::.: :. . . ::.:. . ::: .:::::::. .. ..: :
CCDS53 QFSITTPDPTPNLKRLSNLPGYLQKKEEIKSAPLSP-KILVKYPTFQDKTLNFSNYGVTL
500 510 520 530 540 550
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 KTVVRQNKNHYLLEYKKGDGIALLSEERVRLRGQLWTKEWYIGYYQGRVGLVHTKNVLVV
:.:.::.: :.::: ::: ::::.: .:. :: .::::.: .:..:::: ::: :.
CCDS53 KAVLRQSKIDYFLEYFKGDTIALLGEGKVKAIGQSKVKEWYVGVLRGKIGLVHCKNVKVI
560 570 580 590 600 610
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 GRARPSLCSGPELSTSVLLEQILRPCKFLTYIYASVRTLLMENISSWRSFADALGYVNLP
.. . . : ..: :::::. : : :::::. : ::. :.. .:. .::.::: .:
CCDS53 SKEQVMFMSDSVFTTRNLLEQIVLPLKKLTYIYSVVLTLVSEKVYDWKVLADVLGYSHLS
620 630 640 650 660 670
790 800 810 820 830 840
pF1KB4 LTFFCRAELDSEPERVASVLEKLKEDCNNTENKERKSFQKELVMALLKMDCQGLVVRLIQ
: : . . :.: :.:. :..::::::. :: . :: : ::..:::::::: ::.::::
CCDS53 LEDFDQIQADKESEKVSYVIKKLKEDCH-TERNTRK-FLYELIVALLKMDCQELVARLIQ
680 690 700 710 720 730
850 860 870 880 890 900
pF1KB4 DFVLLTTAVEVAQRWRELAEKLAKVSKQQMDAYESPHRDRNGVVDSEAMWKPAYDFLLTW
. ..::.::.... ::::::::....::::.::: ::: .: : : ::::::::: ::
CCDS53 EAAVLTSAVKLGKGWRELAEKLVRLTKQQMEAYEIPHRGNTGDVAVEMMWKPAYDFLYTW
740 750 760 770 780 790
910 920 930 940 950 960
pF1KB4 SHQIGDSYRDVIQELHLGLDKMKNPITKRWKHLTGTLILVNSLDVLRAAAFSPADQDDFV
: . :..::::.:.:. .::.::::.::.:..:::.:::::::.:::..::: ...
CCDS53 SAHYGNNYRDVLQDLQSALDRMKNPVTKHWRELTGVLILVNSLEVLRVTAFSTSEEV
800 810 820 830 840 850
pF1KB4 I
963 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 15:05:54 2016 done: Thu Nov 3 15:05:54 2016
Total Scan time: 4.080 Total Display time: 0.050
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]