Result of FASTA (ccds) for
pF1KB4401
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4401, 203 aa
1>>>pF1KB4401 203 - 203 aa - 203 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1255+/-0.000864; mu= 13.9113+/- 0.052
mean_var=79.9079+/-15.450, 0's: 0 Z-trim(107.8): 219 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.143476
statistics sampled from 9561 (9808) to 9561 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.691), E-opt: 0.2 (0.301), width: 16
Scan time: 2.050
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 1328 284.3 3.6e-77
CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 651 144.1 5.7e-35
CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 603 134.2 5.7e-32
CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 592 131.9 2.6e-31
CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 584 130.3 8.3e-31
CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 580 129.4 1.4e-30
CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 567 126.7 9.6e-30
CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 562 125.7 1.9e-29
CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 554 124.1 7e-29
CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 549 123.0 1.3e-28
CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 543 121.8 2.9e-28
CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 542 121.6 3.4e-28
CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 541 121.4 4.1e-28
CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 536 120.4 8.5e-28
CCDS14621.1 RAB33A gene_id:9363|Hs108|chrX ( 237) 534 120.0 1.2e-27
CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 528 118.7 2.6e-27
CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 256) 526 118.3 4e-27
CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 520 117.0 8.3e-27
CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 517 116.4 1.2e-26
CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 212) 517 116.4 1.3e-26
CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX ( 213) 517 116.4 1.3e-26
CCDS3747.1 RAB33B gene_id:83452|Hs108|chr4 ( 229) 514 115.8 2.1e-26
CCDS56275.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 155) 511 115.0 2.4e-26
CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 512 115.4 2.7e-26
CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 511 115.2 3e-26
CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 511 115.2 3.1e-26
CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 505 113.9 7.1e-26
CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 ( 217) 505 113.9 7.2e-26
CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 505 114.0 7.5e-26
CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 504 113.7 8.3e-26
CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 503 113.5 9.7e-26
CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 500 112.9 1.4e-25
CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 500 112.9 1.5e-25
CCDS76806.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 190) 495 111.8 2.8e-25
CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 491 111.0 5.3e-25
CCDS44803.1 CRACR2A gene_id:84766|Hs108|chr12 ( 731) 497 112.7 5.6e-25
CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 489 110.6 7.2e-25
CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 ( 219) 489 110.6 7.2e-25
CCDS9003.1 RAB21 gene_id:23011|Hs108|chr12 ( 225) 485 109.8 1.3e-24
CCDS8900.1 RAB5B gene_id:5869|Hs108|chr12 ( 215) 472 107.1 8.2e-24
CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 216) 472 107.1 8.2e-24
CCDS58551.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 249) 472 107.2 9.1e-24
CCDS33497.1 RAB22A gene_id:57403|Hs108|chr20 ( 194) 467 106.0 1.6e-23
CCDS6662.1 RASEF gene_id:158158|Hs108|chr9 ( 740) 454 103.8 2.7e-22
CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 445 101.5 3.8e-22
CCDS58373.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 155) 442 100.8 4.8e-22
CCDS8224.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 442 100.9 5.9e-22
CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3 ( 208) 439 100.3 9.1e-22
CCDS45826.1 RAB31 gene_id:11031|Hs108|chr18 ( 195) 438 100.0 1e-21
CCDS14156.1 RAB9A gene_id:9367|Hs108|chrX ( 201) 432 98.8 2.4e-21
>>CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 (203 aa)
initn: 1328 init1: 1328 opt: 1328 Z-score: 1498.9 bits: 284.3 E(32554): 3.6e-77
Smith-Waterman score: 1328; 100.0% identity (100.0% similar) in 203 aa overlap (1-203:1-203)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MSMEDYDFLFKIVLIGNAGVGKTCLVRRFTQGLFPPGQGATIGVDFMIKTVEINGEKVKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 MSMEDYDFLFKIVLIGNAGVGKTCLVRRFTQGLFPPGQGATIGVDFMIKTVEINGEKVKL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 QIWDTAGQERFRSITQSYYRSANALILTYDITCEESFRCLPEWLREIEQYASNKVITVLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 QIWDTAGQERFRSITQSYYRSANALILTYDITCEESFRCLPEWLREIEQYASNKVITVLV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 GNKIDLAERREVSQQRAEEFSEAQDMYYLETSAKESDNVEKLFLDLACRLISEARQNTLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 GNKIDLAERREVSQQRAEEFSEAQDMYYLETSAKESDNVEKLFLDLACRLISEARQNTLV
130 140 150 160 170 180
190 200
pF1KB4 NNVSSPLPGEGKSISYLTCCNFN
:::::::::::::::::::::::
CCDS82 NNVSSPLPGEGKSISYLTCCNFN
190 200
>>CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 (212 aa)
initn: 671 init1: 581 opt: 651 Z-score: 741.3 bits: 144.1 E(32554): 5.7e-35
Smith-Waterman score: 651; 58.6% identity (84.6% similar) in 169 aa overlap (4-171:13-181)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MSMEDYDFLFKIVLIGNAGVGKTCLVRRFTQGLFPPGQGATIGVDFMIKTV
:.::::::.::.:.:.:::::.:.:: : : ::.:::::: .::.
CCDS33 MAGPGPGPGDPDEQYDFLFKLVLVGDASVGKTCVVQRFKTGAFSERQGSTIGVDFTMKTL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 EINGEKVKLQIWDTAGQERFRSITQSYYRSANALILTYDITCEESFRCLPEWLREIEQYA
::.:..:::::::::::::::.::::::::::. ::.:::: . :: .:.:......::
CCDS33 EIQGKRVKLQIWDTAGQERFRTITQSYYRSANGAILAYDITKRSSFLSVPHWIEDVRKYA
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 SNKVITVLVGNKIDLAERREVSQQRAEEFSEAQDMY-YLETSAKESDNVEKLFLDLACRL
..... .:.::: ::.: :::: .:. ..: :. .:::::.:.:::. :: .: .:
CCDS33 GSNIVQLLIGNKSDLSELREVSLAEAQSLAEHYDILCAIETSAKDSSNVEEAFLRVATEL
130 140 150 160 170 180
180 190 200
pF1KB4 ISEARQNTLVNNVSSPLPGEGKSISYLTCCNFN
:
CCDS33 IMRHGGPLFSEKSPDHIQLNSKDIGEGWGCGC
190 200 210
>>CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 (217 aa)
initn: 594 init1: 505 opt: 603 Z-score: 687.5 bits: 134.2 E(32554): 5.7e-32
Smith-Waterman score: 603; 46.4% identity (79.7% similar) in 192 aa overlap (4-194:12-203)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MSMEDYDFLFKIVLIGNAGVGKTCLVRRFTQGLFPPGQGATIGVDFMIKTVE
:..:.::::.:::...:::::.:..: .:.. : :::::: .....
CCDS34 MHFSSSARAADENFDYLFKIILIGDSNVGKTCVVQHFKSGVYTETQQNTIGVDFTVRSLD
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 INGEKVKLQIWDTAGQERFRSITQSYYRSANALILTYDITCEESFRCLPEWLREIEQYAS
:.:.:::.:.::::::::::.:::::::::.: :..::.: . .:. .:.:..:::.:..
CCDS34 IDGKKVKMQVWDTAGQERFRTITQSYYRSAHAAIIAYDLTRRSTFESIPHWIHEIEKYGA
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 NKVITVLVGNKIDLAERREVSQQRAEEFSEAQDMY-YLETSAKESDNVEKLFLDLACRLI
.:. .:.::: :: :.:.: . : ..: . :::::::: :.:..:. .: .::
CCDS34 ANVVIMLIGNKCDLWEKRHVLFEDACTLAEKYGLLAVLETSAKESKNIEEVFVLMAKELI
130 140 150 160 170 180
180 190 200
pF1KB4 SEARQNTLVNNVSSPLPGEGKSISYLTCCNFN
.. . ... . :: ... .
CCDS34 ARNSLHLYGESALNGLPLDSSPVLMAQGPSEKTHCTC
190 200 210
>>CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 (207 aa)
initn: 583 init1: 583 opt: 592 Z-score: 675.5 bits: 131.9 E(32554): 2.6e-31
Smith-Waterman score: 592; 45.5% identity (77.5% similar) in 200 aa overlap (6-199:5-204)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MSMEDYDFLFKIVLIGNAGVGKTCLVRRFTQGLFPPGQGATIGVDFMIKTVEINGEKVKL
::.:::..:::..:::::::. ::.. : .:::.:: :.:.:..:.:.::
CCDS10 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCLLFRFSEDAFNTTFISTIGIDFKIRTIELDGKKIKL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 QIWDTAGQERFRSITQSYYRSANALILTYDITCEESFRCLPEWLREIEQYASNKVITVLV
::::::::::::.:: .:::.: ...:.:::: :.:: . .:.:.::..::. : ...
CCDS10 QIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIKNWIRNIEEHASSDVERMIL
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KB4 GNKIDLAERREVSQQRAEEFSEAQDMYYLETSAKESDNVEKLFLDLACRLISE-ARQNTL
::: :. ..:.::..:.:... . .:::::: : :::. :. :: .... :. .
CCDS10 GNKCDMNDKRQVSKERGEKLAIDYGIKFLETSAKSSANVEEAFFTLARDIMTKLNRKMND
120 130 140 150 160 170
180 190 200
pF1KB4 VNNVSSPLP-----GEGKSISYLTCCNFN
:.... : ...:. :.. :
CCDS10 SNSAGAGGPVKITENRSKKTSFFRCSLL
180 190 200
>>CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 (205 aa)
initn: 582 init1: 582 opt: 584 Z-score: 666.6 bits: 130.3 E(32554): 8.3e-31
Smith-Waterman score: 584; 50.6% identity (83.1% similar) in 166 aa overlap (5-170:7-172)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MSMEDYDFLFKIVLIGNAGVGKTCLVRRFTQGLFPPGQGATIGVDFMIKTVEINGEKV
.::.:::..:::..::::.::. ::.. . . .:::::: :.:.:..:. .
CCDS46 MSSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTI
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 KLQIWDTAGQERFRSITQSYYRSANALILTYDITCEESFRCLPEWLREIEQYASNKVITV
::::::::::::::.::.::::.:...:..::.: .::: . .::.::..:::..: .
CCDS46 KLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLQEIDRYASENVNKL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 LVGNKIDLAERREVSQQRAEEFSEAQDMYYLETSAKESDNVEKLFLDLACRLISEARQNT
::::: ::. .. :. :.::... . .::::::.. :::. :. .: ..
CCDS46 LVGNKCDLTTKKVVDYTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQSFMTMAAEIKKRMGPGA
130 140 150 160 170 180
180 190 200
pF1KB4 LVNNVSSPLPGEGKSISYLTCCNFN
CCDS46 TAGGAEKSNVKIQSTPVKQSGGGCC
190 200
>>CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 (201 aa)
initn: 578 init1: 578 opt: 580 Z-score: 662.2 bits: 129.4 E(32554): 1.4e-30
Smith-Waterman score: 580; 50.0% identity (83.7% similar) in 166 aa overlap (5-170:4-169)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MSMEDYDFLFKIVLIGNAGVGKTCLVRRFTQGLFPPGQGATIGVDFMIKTVEINGEKVKL
.::.:::..:::..::::.::. ::.. . . .:::::: :.:.:..:. .::
CCDS31 MNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTIKL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 QIWDTAGQERFRSITQSYYRSANALILTYDITCEESFRCLPEWLREIEQYASNKVITVLV
::::::::::::.::.::::.:...:..::.: .::. . .::.::..:::..: .::
CCDS31 QIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESYANVKQWLQEIDRYASENVNKLLV
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 GNKIDLAERREVSQQRAEEFSEAQDMYYLETSAKESDNVEKLFLDLACRLISEARQNTLV
::: ::. .. :.. :.::... . .::::::.. :::. :. .: ..
CCDS31 GNKSDLTTKKVVDNTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQAFMTMAAEIKKRMGPGAAS
120 130 140 150 160 170
190 200
pF1KB4 NNVSSPLPGEGKSISYLTCCNFN
CCDS31 GGERPNLKIDSTPVKPAGGGCC
180 190 200
>>CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 (207 aa)
initn: 562 init1: 562 opt: 567 Z-score: 647.5 bits: 126.7 E(32554): 9.6e-30
Smith-Waterman score: 567; 44.8% identity (73.4% similar) in 203 aa overlap (6-199:5-204)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MSMEDYDFLFKIVLIGNAGVGKTCLVRRFTQGLFPPGQGATIGVDFMIKTVEINGEKVKL
::.:::..:::..::::::.. ::.. : .:::.:: :.:.:..:...::
CCDS12 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTFISTIGIDFKIRTIELDGKRIKL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 QIWDTAGQERFRSITQSYYRSANALILTYDITCEESFRCLPEWLREIEQYASNKVITVLV
::::::::::::.:: .:::.: ...:.:::: :.:: . .:.:.::..:: : ...
CCDS12 QIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIRNWIRNIEEHASADVEKMIL
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 GNKIDLAERREVSQQRAEEFSEAQDMYYLETSAKESDNVEKLFLDLACRLISEARQNTLV
::: :. ..:.::..:.:... . ..::::: . :::. :. :: : :. .. :
CCDS12 GNKCDVNDKRQVSKERGEKLALDYGIKFMETSAKANINVENAFFTLA-RDIKAKMDKKLE
120 130 140 150 160 170
190 200
pF1KB4 NNVSSP---------LPGEGKSISYLTCCNFN
.: :: : . : :.. :
CCDS12 GN--SPQGSNQGVKITPDQQKRSSFFRCVLL
180 190 200
>>CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 (200 aa)
initn: 556 init1: 556 opt: 562 Z-score: 642.1 bits: 125.7 E(32554): 1.9e-29
Smith-Waterman score: 562; 44.3% identity (74.4% similar) in 203 aa overlap (1-200:1-200)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MSMEDYDFLFKIVLIGNAGVGKTCLVRRFTQGLFPPGQGATIGVDFMIKTVEINGEKVKL
:. . ::.:::..:::..::::::.. ::.. : .:::.:: :::::..:.:.::
CCDS17 MAKKTYDLLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSDDAFNTTFISTIGIDFKIKTVELQGKKIKL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 QIWDTAGQERFRSITQSYYRSANALILTYDITCEESFRCLPEWLREIEQYASNKVITVLV
:::::::::::..:: ::::.: ...:.:::: .::. . .:::.:...:.. : .:.
CCDS17 QIWDTAGQERFHTITTSYYRGAMGIMLVYDITNGKSFENISKWLRNIDEHANEDVERMLL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KB4 GNKIDLAERREVSQQRAEEFSEAQDMYYLETSAKESDNVEKLFLDLACRLISEA---RQN
::: :. ..: : . ..:.... . . ..::::: . :.:: :: :: .. .. . :
CCDS17 GNKCDMDDKRVVPKGKGEQIAREHGIRFFETSAKANINIEKAFLTLAEDILRKTPVKEPN
130 140 150 160 170 180
180 190 200
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. ..:: : : . ::
CCDS17 SENVDISS---GGGVTGWKSKCC
190 200
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10 20 30
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:: .....::. ::::: :..:::. :
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40 50 60 70 80 90
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. .:.:::: :::::. :.:..:::::::::::: :::..:::::...::.:::: .:.
CCDS42 ACKSTVGVDFKIKTVELRGKKIRLQIWDTAGQERFNSITSAYYRSAKGIILVYDITKKET
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100 110 120 130 140 150
pF1KB4 FRCLPEWLREIEQYASNKVITVLVGNKIDLAERREVSQQRAEEFSEA-QDMYYLETSAKE
: ::.:.. :..:::. . .:::::.: ::...:..:.:.. : . :.:::.
CCDS42 FDDLPKWMKMIDKYASEDAELLLVGNKLDCETDREITRQQGEKFAQQITGMRFCEASAKD
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200
pF1KB4 SDNVEKLFLDLACRLISEARQNTLVNNVSSPLPGEGKSISYLTCCNFN
. ::...:: :. .... . : :..:. .
CCDS42 NFNVDEIFLKLVDDILKKMPLDILRNELSNSILSLQPEPEIPPELPPPRPHVRCC
190 200 210 220 230 240
>>CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 (216 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MSMEDYDFLFKIVLIGNAGVGKTCLVRRFTQGLFPPGQGATIGVDFMIKTVEINGEKVKL
: .::: ..::..::::.::. .::. : : . ::::.: . :.:.:...::
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::::::::: :::::.::::.: . .:.:::: .:.: : ::.. .:..:.... .:.
CCDS95 QIWDTAGQESFRSITRSYYRGAAGALLVYDITRRETFNHLTSWLEDARQHSSSNMVIMLI
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::: :: ::.:.....: :.. . . ..::::: . :::. :.. : .. . .:. .
CCDS95 GNKSDLESRRDVKREEGEAFAREHGLIFMETSAKTACNVEEAFINTAKEIYRKIQQGLFD
120 130 140 150 160 170
180 190 200
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:.: .. . : .:::
CCDS95 VHNEANGIKIGPQQSISTSVGPSASQRNSRDIGSNSGCC
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]