Result of FASTA (omim) for
pF1KB4399
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4399, 2328 aa
1>>>pF1KB4399 2328 - 2328 aa - 2328 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.7553+/-0.000651; mu= 5.3369+/- 0.040
mean_var=290.1507+/-60.605, 0's: 0 Z-trim(113.4): 512 B-trim: 259 in 2/53
Lambda= 0.075294
statistics sampled from 22183 (22751) to 22183 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.585), E-opt: 0.2 (0.267), width: 16
Scan time: 21.340
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_016877101 (OMIM: 182870,616649) PREDICTED: spec (2328) 15343 1683.0 0
NP_001020029 (OMIM: 182870,616649) spectrin beta c (2328) 15343 1683.0 0
XP_005268080 (OMIM: 182870,616649) PREDICTED: spec (2328) 15343 1683.0 0
XP_016877102 (OMIM: 182870,616649) PREDICTED: spec (2287) 14988 1644.4 0
NP_000338 (OMIM: 182870,616649) spectrin beta chai (2137) 13881 1524.1 0
XP_016877103 (OMIM: 182870,616649) PREDICTED: spec (2137) 13881 1524.1 0
XP_011535407 (OMIM: 182870,616649) PREDICTED: spec (1554) 9995 1101.9 0
XP_006712150 (OMIM: 182790) PREDICTED: spectrin be (2364) 8817 974.1 0
NP_003119 (OMIM: 182790) spectrin beta chain, non- (2364) 8817 974.1 0
XP_005264574 (OMIM: 182790) PREDICTED: spectrin be (2364) 8817 974.1 0
XP_016860268 (OMIM: 182790) PREDICTED: spectrin be (2364) 8817 974.1 0
XP_016860269 (OMIM: 182790) PREDICTED: spectrin be (2364) 8817 974.1 0
XP_016860270 (OMIM: 182790) PREDICTED: spectrin be (2364) 8817 974.1 0
NP_842565 (OMIM: 182790) spectrin beta chain, non- (2155) 8647 955.6 0
XP_005264575 (OMIM: 182790) PREDICTED: spectrin be (2351) 8647 955.6 0
XP_016873665 (OMIM: 600224,604985,615386) PREDICTE (2390) 7756 858.8 0
XP_006718734 (OMIM: 600224,604985,615386) PREDICTE (2390) 7756 858.8 0
XP_005274250 (OMIM: 600224,604985,615386) PREDICTE (2390) 7756 858.8 0
XP_016873664 (OMIM: 600224,604985,615386) PREDICTE (2390) 7756 858.8 0
XP_016873663 (OMIM: 600224,604985,615386) PREDICTE (2390) 7756 858.8 0
XP_005274249 (OMIM: 600224,604985,615386) PREDICTE (2390) 7756 858.8 0
XP_016873666 (OMIM: 600224,604985,615386) PREDICTE (2390) 7756 858.8 0
XP_016873667 (OMIM: 600224,604985,615386) PREDICTE (2390) 7756 858.8 0
NP_008877 (OMIM: 600224,604985,615386) spectrin be (2390) 7755 858.7 0
XP_006718732 (OMIM: 600224,604985,615386) PREDICTE (2397) 7576 839.3 0
XP_011543519 (OMIM: 600224,604985,615386) PREDICTE (1432) 5137 574.1 4.2e-162
XP_011543518 (OMIM: 600224,604985,615386) PREDICTE (1452) 5137 574.1 4.2e-162
XP_016882540 (OMIM: 606214) PREDICTED: spectrin be (2129) 2908 332.2 4.3e-89
XP_011525475 (OMIM: 606214) PREDICTED: spectrin be (2351) 2908 332.2 4.6e-89
NP_066022 (OMIM: 606214) spectrin beta chain, non- (2564) 2908 332.2 4.9e-89
XP_016882538 (OMIM: 606214) PREDICTED: spectrin be (2564) 2908 332.2 4.9e-89
XP_016882541 (OMIM: 606214) PREDICTED: spectrin be (1309) 2892 330.2 1e-88
XP_016882539 (OMIM: 606214) PREDICTED: spectrin be (2450) 2506 288.6 6.7e-76
NP_079489 (OMIM: 606214) spectrin beta chain, non- ( 678) 1928 225.3 2.1e-57
NP_003118 (OMIM: 182810,613477) spectrin alpha cha (2472) 1695 200.5 2.2e-49
XP_006717312 (OMIM: 182810,613477) PREDICTED: spec (2484) 1695 200.5 2.2e-49
XP_016877794 (OMIM: 605916) PREDICTED: spectrin be (1856) 1677 198.4 7e-49
XP_016877793 (OMIM: 605916) PREDICTED: spectrin be (2369) 1677 198.5 8.4e-49
XP_016877792 (OMIM: 605916) PREDICTED: spectrin be (2580) 1677 198.5 8.9e-49
NP_057726 (OMIM: 605916) spectrin beta chain, non- (3674) 1677 198.7 1.2e-48
XP_016877789 (OMIM: 605916) PREDICTED: spectrin be (3694) 1677 198.7 1.2e-48
XP_016877788 (OMIM: 605916) PREDICTED: spectrin be (3734) 1677 198.7 1.2e-48
NP_001182461 (OMIM: 182810,613477) spectrin alpha (2452) 1602 190.4 2.4e-46
XP_006717316 (OMIM: 182810,613477) PREDICTED: spec (2464) 1602 190.4 2.4e-46
XP_016877790 (OMIM: 605916) PREDICTED: spectrin be (3442) 1512 180.7 2.7e-43
XP_005259338 (OMIM: 603278,604638) PREDICTED: alph ( 906) 1425 170.7 7.2e-41
NP_004915 (OMIM: 603278,604638) alpha-actinin-4 is ( 911) 1425 170.7 7.2e-41
XP_016882820 (OMIM: 603278,604638) PREDICTED: alph ( 933) 1425 170.8 7.3e-41
NP_001308962 (OMIM: 603278,604638) alpha-actinin-4 ( 906) 1421 170.3 9.7e-41
XP_006723469 (OMIM: 603278,604638) PREDICTED: alph ( 911) 1421 170.3 9.7e-41
>>XP_016877101 (OMIM: 182870,616649) PREDICTED: spectrin (2328 aa)
initn: 15343 init1: 15343 opt: 15343 Z-score: 9020.1 bits: 1683.0 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 15343; 100.0% identity (100.0% similar) in 2328 aa overlap (1-2328:1-2328)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MTSATEFENVGNQPPYSRINARWDAPDDELDNDNSSARLFERSRIKALADEREVVQKKTF
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XP_016 MTSATEFENVGNQPPYSRINARWDAPDDELDNDNSSARLFERSRIKALADEREVVQKKTF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 TKWVNSHLARVSCRITDLYKDLRDGRMLIKLLEVLSGEMLPKPTKGKMRIHCLENVDKAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TKWVNSHLARVSCRITDLYKDLRDGRMLIKLLEVLSGEMLPKPTKGKMRIHCLENVDKAL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 QFLKEQRVHLENMGSHDIVDGNHRLVLGLIWTIILRFQIQDIVVQTQEGRETRSAKDALL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QFLKEQRVHLENMGSHDIVDGNHRLVLGLIWTIILRFQIQDIVVQTQEGRETRSAKDALL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 LWCQMKTAGYPHVNVTNFTSSWKDGLAFNALIHKHRPDLIDFDKLKDSNARHNLEHAFNV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LWCQMKTAGYPHVNVTNFTSSWKDGLAFNALIHKHRPDLIDFDKLKDSNARHNLEHAFNV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 AERQLGIIPLLDPEDVFTENPDEKSIITYVVAFYHYFSKMKVLAVEGKRVGKVIDHAIET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 AERQLGIIPLLDPEDVFTENPDEKSIITYVVAFYHYFSKMKVLAVEGKRVGKVIDHAIET
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 EKMIEKYSGLASDLLTWIEQTITVLNSRKFANSLTGVQQQLQAFSTYRTVEKPPKFQEKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EKMIEKYSGLASDLLTWIEQTITVLNSRKFANSLTGVQQQLQAFSTYRTVEKPPKFQEKG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 NLEVLLFTIQSRMRANNQKVYTPHDGKLVSDINRAWESLEEAEYRRELALRNELIRQEKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NLEVLLFTIQSRMRANNQKVYTPHDGKLVSDINRAWESLEEAEYRRELALRNELIRQEKL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 EQLARRFDRKAAMRETWLSENQRLVAQDNFGYDLAAVEAAKKKHEAIETDTAAYEERVRA
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XP_016 EQLARRFDRKAAMRETWLSENQRLVAQDNFGYDLAAVEAAKKKHEAIETDTAAYEERVRA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 LEDLAQELEKENYHDQKRITARKDNILRLWSYLQELLQSRRQRLETTLALQKLFQDMLHS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LEDLAQELEKENYHDQKRITARKDNILRLWSYLQELLQSRRQRLETTLALQKLFQDMLHS
490 500 510 520 530 540
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 IDWMDEIKAHLLSAEFGKHLLEVEDLLQKHKLMEADIAIQGDKVKAITAATLKFTEGKGY
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 QPCDPQVIQDRISHLEQCFEELSNMAAGRKAQLEQSKRLWKFFWEMDEAESWIKEKEQIY
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XP_016 QPCDPQVIQDRISHLEQCFEELSNMAAGRKAQLEQSKRLWKFFWEMDEAESWIKEKEQIY
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 SSLDYGKDLTSVLILQRKHKAFEDELRGLDAHLEQIFQEAHGMVARKQFGHPQIEARIKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SSLDYGKDLTSVLILQRKHKAFEDELRGLDAHLEQIFQEAHGMVARKQFGHPQIEARIKE
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pF1KB4 VSAQWDQLKDLAAFCKKNLQDAENFFQFQGDADDLKAWLQDAHRLLSGEDVGQDEGATRA
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XP_016 VSAQWDQLKDLAAFCKKNLQDAENFFQFQGDADDLKAWLQDAHRLLSGEDVGQDEGATRA
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XP_016 LGKKHKDFLEELEESRGVMEHLEQQAQGFPEEFRDSPDVTHRLQALRELYQQVVAQADLR
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QQRLQEALDLYTVFGETDACELWMGEKEKWLAEMEMPDTLEDLEVVQHRFDILDQEMKTL
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XP_016 MTQIDGVNLAANSLVESGHPRSREVKQYQDHLNTRWQAFQTLVSERREAVDSALRVHNYC
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XP_016 VDCEETSKWITDKTKVVESTKDLGRDLAGIIAIQRKLSGLERDVAAIQARVDALERESQQ
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XP_016 LMDSHPEQKEDIGQRQKHLEELWQGLQQSLQGQEDLLGEVSQLQAFLQDLDDFQAWLSIT
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XP_016 QKAVASEDMPESLPEAEQLLQQHAGIKDEIDGHQDSYQRVKESGEKVIQGQTDPEYLLLG
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XP_016 EAAEAGIRKFEDFLGSMENNRDKVLSPVDSGNKLVAEGNLYSDKIKEKVQLIEDRHRKNN
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XP_016 EKAQEASVLLRDNLELQNFLQNCQELTLWINDKLLTSQDVSYDEARNLHNKWLKHQAFVA
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ELASHEGWLENIDAEGKQLMDEKPQFTALVSQKLEALHRLWDELQATTKEKTQHLSAARS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 HLQSSWDRLREAAAGRLQRLRDANEAQQYYLDADEAEAWIGEQELYVISDEIPKDEEGAI
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VMLKRHLRQQRAVEDYGRNIKQLASRAQGLLSAGHPEGEQIIRLQGQVDKHYAGLKDVAE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ERKRKLENMYHLFQLKRETDDLEQWISEKELVASSPEMGQDFDHVTLLRDKFRDFARETG
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 AIGQERVDNVNAFIERLIDAGHSEAATIAEWKDGLNEMWADLLELIDTRMQLLAASYDLH
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RYFYTGAEILGLIDEKHRELPEDVGLDASTAESFHRVHTAFERELHLLGVQVQQFQDVAT
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RLQTAYAGEKAEAIQNKEQEVSAAWQALLDACAGRRTQLVDTADKFRFFSMARDLLSWME
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pF1KB4 SIIRQIETQERPRDVSSVELLMKYHQGINAEIETRSKNFSACLELGESLLQRQHQASEEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SIIRQIETQERPRDVSSVELLMKYHQGINAEIETRSKNFSACLELGESLLQRQHQASEEI
1930 1940 1950 1960 1970 1980
1990 2000 2010 2020 2030 2040
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NP_001 REKLQQVMSRRKEMNEKWEARWERLRMLLEVCQFSRDASVAEAWLIAQEPYLASGDFGHT
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NP_001 AKNLALGMPYHGEEPLALRHAICEIAANYKKKKHVFKLRLSNGSEWLFHGKDEEEMLSWL
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XP_005 LWCQMKTAGYPHVNVTNFTSSWKDGLAFNALIHKHRPDLIDFDKLKDSNARHNLEHAFNV
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XP_005 AERQLGIIPLLDPEDVFTENPDEKSIITYVVAFYHYFSKMKVLAVEGKRVGKVIDHAIET
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XP_005 NLEVLLFTIQSRMRANNQKVYTPHDGKLVSDINRAWESLEEAEYRRELALRNELIRQEKL
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XP_005 EQLARRFDRKAAMRETWLSENQRLVAQDNFGYDLAAVEAAKKKHEAIETDTAAYEERVRA
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XP_005 QPCDPQVIQDRISHLEQCFEELSNMAAGRKAQLEQSKRLWKFFWEMDEAESWIKEKEQIY
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XP_011 TE
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