Result of FASTA (omim) for
pF1KB4274
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4274, 647 aa
1>>>pF1KB4274 647 - 647 aa - 647 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6027+/-0.000937; mu= 16.2187+/- 0.058
mean_var=344.3559+/-68.049, 0's: 0 Z-trim(110.0): 2120 B-trim: 50 in 1/50
Lambda= 0.069115
statistics sampled from 15960 (18316) to 15960 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.511), E-opt: 0.2 (0.215), width: 16
Scan time: 10.080
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_006723426 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1935 208.8 5.1e-53
XP_006723425 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1935 208.8 5.1e-53
NP_003427 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 670) 1935 208.8 5.1e-53
NP_009065 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 682) 1935 208.8 5.1e-53
NP_001269130 (OMIM: 300819) zinc finger protein 63 ( 657) 1890 204.3 1.1e-51
NP_001032824 (OMIM: 300819) zinc finger protein 63 ( 657) 1890 204.3 1.1e-51
NP_001007089 (OMIM: 314993) zinc finger protein 18 ( 620) 1863 201.6 7.1e-51
NP_001171570 (OMIM: 314993) zinc finger protein 18 ( 639) 1863 201.6 7.2e-51
NP_008893 (OMIM: 314993) zinc finger protein 182 i ( 639) 1863 201.6 7.2e-51
NP_001291964 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 1853 200.6 1.5e-50
NP_001291965 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 1853 200.6 1.5e-50
NP_001291967 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 1853 200.6 1.5e-50
NP_001291966 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 1853 200.6 1.5e-50
NP_001291968 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 1853 200.6 1.5e-50
NP_001291969 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 1853 200.6 1.5e-50
NP_008886 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33B i ( 778) 1853 200.8 1.6e-50
NP_001291962 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 785) 1853 200.8 1.6e-50
NP_001311068 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1838 199.2 4.2e-50
NP_001311070 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1838 199.2 4.2e-50
NP_001311072 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1838 199.2 4.2e-50
NP_001311074 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1838 199.2 4.2e-50
NP_001311081 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1838 199.2 4.2e-50
NP_001311078 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1838 199.2 4.2e-50
NP_001311086 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 743) 1838 199.2 4.4e-50
NP_001311085 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 745) 1838 199.2 4.4e-50
NP_700359 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 is ( 779) 1838 199.3 4.5e-50
NP_001311069 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 1838 199.3 4.5e-50
XP_016885306 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 779) 1838 199.3 4.5e-50
NP_001311073 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 1838 199.3 4.5e-50
NP_001311076 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 1838 199.3 4.5e-50
NP_009061 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 is ( 779) 1838 199.3 4.5e-50
NP_001311079 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 1838 199.3 4.5e-50
NP_001311071 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 781) 1838 199.3 4.5e-50
NP_001311077 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 781) 1838 199.3 4.5e-50
XP_006724618 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 789) 1838 199.3 4.5e-50
NP_001311082 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 789) 1838 199.3 4.5e-50
NP_001311080 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 789) 1838 199.3 4.5e-50
XP_016885305 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 789) 1838 199.3 4.5e-50
XP_016885300 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 1838 199.3 4.5e-50
XP_016885301 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 1838 199.3 4.5e-50
XP_006724613 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 1838 199.3 4.5e-50
NP_001311083 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 813) 1838 199.3 4.5e-50
XP_016885304 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 1838 199.3 4.5e-50
XP_016885303 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 1838 199.3 4.5e-50
XP_016885302 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 1838 199.3 4.5e-50
XP_016885299 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 813) 1838 199.3 4.5e-50
NP_001311084 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 821) 1838 199.3 4.6e-50
NP_001177184 (OMIM: 300819) zinc finger protein 63 ( 643) 1834 198.7 5.4e-50
XP_016881867 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 650) 1821 197.4 1.3e-49
XP_011524841 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1821 197.5 1.4e-49
>>XP_006723426 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger pro (670 aa)
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Smith-Waterman score: 2035; 47.1% identity (71.1% similar) in 648 aa overlap (6-642:14-643)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MAQGSVSFNDVTVDFTQEEWQHLDHAQKTLYMDVMLENYCHLISVGCHMTKP
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pF1KB4 DVILKLERGEEPWT--SFAGHTCLEENWKAEDFLVKFK-EHQEKYSRSVVSINHKKLVKE
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110 120 130 140 150 160
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... : . . : :: .: :. ..:. .. : ::: . . . ..: :.: .
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pF1KB4 ENIEMQ
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pF1KB4 ENIEMQ
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pF1KB4 MAQGSVSFNDVTVDFTQEEWQHLDHAQKTLYMDVMLENYCHLISVGCHMTKP
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:
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. ...
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pF1KB4 QRTHTGEKPYKCSECGKCFRQKTNLIVHQRTHTGEKPYVCNECGKSFSYKRNLIVHQRTH
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NP_001 QKTHPREKTPECAESGMTFFWKSQMITYQRRHTGEKPSRCSDCGKAFCQHVYFTGHQNPY
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pF1KB4 KGENIEMQ
. ...
NP_001 RKDTLYIC
650
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pF1KB4 TLGKNPVNSKNLPPEYDTH--GRILKNVSELIISNLNPARKRLSEYNGYGKSLLSTKQ--
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NP_001 S-DKKTIITKS---ARDCHEFGNILHLSTNLVASIQRPDK-----HESFGNNMVDNLDLF
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pF1KB4 ETTHPEVKSHNQSARAFSHNEVLMQYQKTETPAQSFGYNDCEKSFLQRGGLITHSRPYKG
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NP_001 SRSSAENKYDNGCAKLFFHTE----YEKTNPGMKPYGYKECGKGLRRKKGLSLHQRIKNG
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pF1KB4 ENPSVYNKKRRATNIEKKHTCNECGKSFCRKSVLILHQGIHSEEKPYQCHQCGNAFRRKS
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NP_001 EKP---------------FECTACRKTFSKKSHLIVHWRTHTGEKPFGCTECGKAFSQKS
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NP_001 QLIIHLRTHTGERPFECPECGKAFREKSTVIIHYRTHTGEKPYECNECGKAFTQKSNLIV
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NP_001 HQKTHTGEKTYECTKCGESFIQKLDLIIHHSTHTGKKPHECNECKKTFSDKSTLIIHQRT
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pF1KB4 HTGEKPYICNECGKSFSQKTTLALHEKTHNEEKPYICSECGKSFRQKTTLVAHQRTHTGE
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NP_001 HTGEKPHKCTECGKSFNEKSTLIVHQRTHTGEKPYECDVCGKTFTQKSNLGVHQRTHSGE
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pF1KB4 KSYECPHCGKAFRMKSYLIDHHRTHTGEKPYECNECGKSFSQKTNLNLHQRIHTGEKPYV
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pF1KB4 MAQGSVSFNDVTVDFTQEEWQHLDHAQKTLYMDVMLENY
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....:...... . . : : : :. : :.: :.::. . .::..:
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pF1KB4 RLSEYNGYGKSLLSTKQ--ETTHPEVKSHNQSARAFSHNEVLMQYQKTETPAQSFGYNDC
....:...... . . : : : :. : :.: :.::. . .::..:
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pF1KB4 QRTHKGENIEMQ
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>>NP_001291964 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33B is (666 aa)
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pF1KB4 ENWKAEDFLVKFKEHQEKYSRSVVSINHKKLVKEKSKIYEKTFTLGKNPVNSKNLPPEYD
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pF1KB4 THGRILKNVSELIISNLNPARKRLSEYNGYGKSLLSTKQETTHPEVKSHNQSAR-AFSHN
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647 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 14:42:37 2016 done: Thu Nov 3 14:42:39 2016
Total Scan time: 10.080 Total Display time: 0.200
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]