Result of FASTA (ccds) for
pF1KB4251
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4251, 973 aa
1>>>pF1KB4251 973 - 973 aa - 973 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.7185+/-0.00103; mu= 10.4360+/- 0.062
mean_var=125.7459+/-25.037, 0's: 0 Z-trim(108.3): 21 B-trim: 0 in 0/49
Lambda= 0.114374
statistics sampled from 10107 (10124) to 10107 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.656), E-opt: 0.2 (0.311), width: 16
Scan time: 4.350
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS6029.1 PIWIL2 gene_id:55124|Hs108|chr8 ( 973) 6629 1105.7 0
CCDS83261.1 PIWIL2 gene_id:55124|Hs108|chr8 ( 937) 5996 1001.3 0
CCDS9268.1 PIWIL1 gene_id:9271|Hs108|chr12 ( 861) 2324 395.3 2.7e-109
CCDS31656.1 PIWIL4 gene_id:143689|Hs108|chr11 ( 852) 1952 334.0 7.9e-91
CCDS33623.1 PIWIL3 gene_id:440822|Hs108|chr22 ( 882) 1791 307.4 8.1e-83
CCDS400.1 AGO3 gene_id:192669|Hs108|chr1 ( 626) 421 81.3 6.8e-15
CCDS399.1 AGO3 gene_id:192669|Hs108|chr1 ( 860) 421 81.3 8.9e-15
CCDS81300.1 AGO1 gene_id:26523|Hs108|chr1 ( 782) 419 81.0 1e-14
CCDS398.1 AGO1 gene_id:26523|Hs108|chr1 ( 857) 419 81.0 1.1e-14
CCDS6380.1 AGO2 gene_id:27161|Hs108|chr8 ( 859) 412 79.8 2.5e-14
CCDS397.1 AGO4 gene_id:192670|Hs108|chr1 ( 861) 356 70.6 1.5e-11
>>CCDS6029.1 PIWIL2 gene_id:55124|Hs108|chr8 (973 aa)
initn: 6629 init1: 6629 opt: 6629 Z-score: 5914.0 bits: 1105.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6629; 100.0% identity (100.0% similar) in 973 aa overlap (1-973:1-973)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MDPFRPSFRGQSPIHPSQCQAVRMPGCWPQASKPLDPALGRGAPAGRGHVFGKPEEPSTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 MDPFRPSFRGQSPIHPSQCQAVRMPGCWPQASKPLDPALGRGAPAGRGHVFGKPEEPSTQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 RGPAQRESVGLVSMFRGLGIETVSKTPLKREMLPSGRGILGRGLSANLVRKDREELSPTF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 RGPAQRESVGLVSMFRGLGIETVSKTPLKREMLPSGRGILGRGLSANLVRKDREELSPTF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 WDPKVLAAGDSKMAETSVGWSRTLGRGSSDASLLPLGRAAGGISREVDKPPCTFSTPSRG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 PPQLSSPPALPQSPLHSPDRPLVLTVEHKEKELIVKQGSKGTPQSLGLNLVKIQCHNEAV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 YQYHVTFSPNVECKSMRFGMLKDHQAVTGNVTAFDGSILYLPVKLQQVLELKSQRKTDSA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 EISIKIQMTKILEPCSDLCIPFYNVVFRRVMKLLDMKLVGRNFYDPTSAMVLQQHRLQIW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 EISIKIQMTKILEPCSDLCIPFYNVVFRRVMKLLDMKLVGRNFYDPTSAMVLQQHRLQIW
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 PGYAASIRRTDGGLFLLADVSHKVIRNDCVLDVMHAIYQQNKEHFQDECTKLLVGNIVIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 PGYAASIRRTDGGLFLLADVSHKVIRNDCVLDVMHAIYQQNKEHFQDECTKLLVGNIVIT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 RYNNRTYRIDDVDWNKTPKDSFTMSDGKEITFLEYYSKNYGITVKEEDQPLLIHRPSERQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 RYNNRTYRIDDVDWNKTPKDSFTMSDGKEITFLEYYSKNYGITVKEEDQPLLIHRPSERQ
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 DNHGMLLKGEILLLPELSFMTGIPEKMKKDFRAMKDLAQQINLSPKQHHSALECLLQRIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 DNHGMLLKGEILLLPELSFMTGIPEKMKKDFRAMKDLAQQINLSPKQHHSALECLLQRIA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 KNEAATNELMRWGLRLQKDVHKIEGRVLPMERINLKNTSFITSQELNWVKEVTRDPSILT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 KNEAATNELMRWGLRLQKDVHKIEGRVLPMERINLKNTSFITSQELNWVKEVTRDPSILT
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 IPMHFWALFYPKRAMDQARELVNMLEKIAGPIGMRMSPPAWVELKDDRIETYVRTIQSTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 IPMHFWALFYPKRAMDQARELVNMLEKIAGPIGMRMSPPAWVELKDDRIETYVRTIQSTL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 GAEGKIQMVVCIIMGPRDDLYGAIKKLCCVQSPVPSQVVNVRTIGQPTRLRSVAQKILLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 GAEGKIQMVVCIIMGPRDDLYGAIKKLCCVQSPVPSQVVNVRTIGQPTRLRSVAQKILLQ
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 INCKLGGELWGVDIPLKQLMVIGMDVYHDPSRGMRSVVGFVASINLTLTKWYSRVVFQMP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 INCKLGGELWGVDIPLKQLMVIGMDVYHDPSRGMRSVVGFVASINLTLTKWYSRVVFQMP
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB4 HQEIVDSLKLCLVGSLKKFYEVNHCLPEKIVVYRDGVSDGQLKTVANYEIPQLQKCFEAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 HQEIVDSLKLCLVGSLKKFYEVNHCLPEKIVVYRDGVSDGQLKTVANYEIPQLQKCFEAF
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB4 ENYQPKMVVFVVQKKISTNLYLAAPQNFVTPTPGTVVDHTITSCEWVDFYLLAHHVRQGC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 ENYQPKMVVFVVQKKISTNLYLAAPQNFVTPTPGTVVDHTITSCEWVDFYLLAHHVRQGC
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB4 GIPTHYVCVLNTANLSPDHMQRLTFKLCHMYWNWPGTIRVPAPCKYAHKLAFLSGHILHH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 GIPTHYVCVLNTANLSPDHMQRLTFKLCHMYWNWPGTIRVPAPCKYAHKLAFLSGHILHH
910 920 930 940 950 960
970
pF1KB4 EPAIQLCENLFFL
:::::::::::::
CCDS60 EPAIQLCENLFFL
970
>>CCDS83261.1 PIWIL2 gene_id:55124|Hs108|chr8 (937 aa)
initn: 5996 init1: 5996 opt: 5996 Z-score: 5349.8 bits: 1001.3 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6286; 96.3% identity (96.3% similar) in 973 aa overlap (1-973:1-937)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MDPFRPSFRGQSPIHPSQCQAVRMPGCWPQASKPLDPALGRGAPAGRGHVFGKPEEPSTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 MDPFRPSFRGQSPIHPSQCQAVRMPGCWPQASKPLDPALGRGAPAGRGHVFGKPEEPSTQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 RGPAQRESVGLVSMFRGLGIETVSKTPLKREMLPSGRGILGRGLSANLVRKDREELSPTF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 RGPAQRESVGLVSMFRGLGIETVSKTPLKREMLPSGRGILGRGLSANLVRKDREELSPTF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 WDPKVLAAGDSKMAETSVGWSRTLGRGSSDASLLPLGRAAGGISREVDKPPCTFSTPSRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 WDPKVLAAGDSKMAETSVGWSRTLGRGSSDASLLPLGRAAGGISREVDKPPCTFSTPSRG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 PPQLSSPPALPQSPLHSPDRPLVLTVEHKEKELIVKQGSKGTPQSLGLNLVKIQCHNEAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 PPQLSSPPALPQSPLHSPDRPLVLTVEHKEKELIVKQGSKGTPQSLGLNLVKIQCHNEAV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 YQYHVTFSPNVECKSMRFGMLKDHQAVTGNVTAFDGSILYLPVKLQQVLELKSQRKTDSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 YQYHVTFSPNVECKSMRFGMLKDHQAVTGNVTAFDGSILYLPVKLQQVLELKSQRKTDSA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 EISIKIQMTKILEPCSDLCIPFYNVVFRRVMKLLDMKLVGRNFYDPTSAMVLQQHRLQIW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 EISIKIQMTKILEPCSDLCIPFYNVVFRRVMKLLDMKLVGRNFYDPTSAMVLQQHRLQIW
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 PGYAASIRRTDGGLFLLADVSHKVIRNDCVLDVMHAIYQQNKEHFQDECTKLLVGNIVIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 PGYAASIRRTDGGLFLLADVSHKVIRNDCVLDVMHAIYQQNKEHFQDECTKLLVGNIVIT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 RYNNRTYRIDDVDWNKTPKDSFTMSDGKEITFLEYYSKNYGITVKEEDQPLLIHRPSERQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 RYNNRTYRIDDVDWNKTPKDSFTMSDGKEITFLEYYSKNYGITVKEEDQPLLIHRPSERQ
430 440 450 460 470 480
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pF1KB4 DNHGMLLKGEILLLPELSFMTGIPEKMKKDFRAMKDLAQQINLSPKQHHSALECLLQRIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 DNHGMLLKGEILLLPELSFMTGIPEKMKKDFRAMKDLAQQINLSPKQHHSALECLLQRIA
490 500 510 520 530 540
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pF1KB4 KNEAATNELMRWGLRLQKDVHKIEGRVLPMERINLKNTSFITSQELNWVKEVTRDPSILT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 KNEAATNELMRWGLRLQKDVHKIEGRVLPMERINLKNTSFITSQELNWVKEVTRDPSILT
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 IPMHFWALFYPKRAMDQARELVNMLEKIAGPIGMRMSPPAWVELKDDRIETYVRTIQSTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 IPMHFWALFYPKRAMDQARELVNMLEKIAGPIGMRMSPPAWVELKDDRIETYVRTIQSTL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 GAEGKIQMVVCIIMGPRDDLYGAIKKLCCVQSPVPSQVVNVRTIGQPTRLRSVAQKILLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 GAEGKIQMVVCIIMGPRDDLYGAIKKLCCVQSPVPSQVVNVRTIGQPTRLRSVAQKILLQ
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 INCKLGGELWGVDIPLKQLMVIGMDVYHDPSRGMRSVVGFVASINLTLTKWYSRVVFQMP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 INCKLGGELWGVDIPLKQLMVIGMDVYHDPSRGMRSVVGFVASINLTLTKWYSRVVFQMP
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB4 HQEIVDSLKLCLVGSLKKFYEVNHCLPEKIVVYRDGVSDGQLKTVANYEIPQLQKCFEAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 HQEIVDSLKLCLVGSLKKFYEVNHCLPEKIVVYRDGVSDGQLKTVANYEIPQLQKCFEAF
790 800 810 820 830 840
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pF1KB4 ENYQPKMVVFVVQKKISTNLYLAAPQNFVTPTPGTVVDHTITSCEWVDFYLLAHHVRQGC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 ENYQPKMVVFVVQKKISTNLYLAAPQNFVTPTPGTVVDHTITSCEW--------------
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910 920 930 940 950 960
pF1KB4 GIPTHYVCVLNTANLSPDHMQRLTFKLCHMYWNWPGTIRVPAPCKYAHKLAFLSGHILHH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 ----------------------LTFKLCHMYWNWPGTIRVPAPCKYAHKLAFLSGHILHH
890 900 910 920
970
pF1KB4 EPAIQLCENLFFL
:::::::::::::
CCDS83 EPAIQLCENLFFL
930
>>CCDS9268.1 PIWIL1 gene_id:9271|Hs108|chr12 (861 aa)
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Smith-Waterman score: 2324; 43.0% identity (74.6% similar) in 763 aa overlap (216-973:104-861)
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 SPPALPQSPLHSPDRPLVLTVEHKEKELIVKQGSKGTPQSLGLNLVKIQCHNE-AVYQYH
: ::.: :. : .. . . :.::::
CCDS92 LSLAERGGRRRDFHDLGVNTRQNLDHVKESKTGSSGIIVRLSTNHFRLTSRPQWALYQYH
80 90 100 110 120 130
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 VTFSPNVECKSMRFGMLKDHQAVTGNVTAFDGSILYLPVKLQQ-VLELKSQRKTDSAEIS
. ..: .: . .: ..: .:. . :. ::::.::.:: .::: : :. :. . .. ..
CCDS92 IDYNPLMEARRLRSALLFQHEDLIGKCHAFDGTILFLPKRLQQKVTEVFSKTR-NGEDVR
140 150 160 170 180 190
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 IKIQMTKILEPCSDLCIPFYNVVFRRVMKLLDMKLVGRNFYDPTSAMVLQQHRLQIWPGY
: : .:. : : : :. :::..:::..:..... .:::.:.:.. . . .::: ::::.
CCDS92 ITITLTNELPPTSPTCLQFYNIIFRRLLKIMNLQQIGRNYYNPNDPIDIPSHRLVIWPGF
200 210 220 230 240 250
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 AASIRRTDGGLFLLADVSHKVIRNDCVLDVMHAIYQQNKEH-FQDECTKLLVGNIVITRY
..:: . .....: .::::::.:.. ::: : .:.:..:: ::.. .: :.: .:.:.:
CCDS92 TTSILQYENSIMLCTDVSHKVLRSETVLDFMFNFYHQTEEHKFQEQVSKELIGLVVLTKY
260 270 280 290 300 310
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 NNRTYRIDDVDWNKTPKDSFTMSDGKEITFLEYYSKNYGITVKEEDQPLLIHRPSERQDN
::.:::.::.::...::..: .::.:..::::: :.:. . . ::.:. .:..:. .
CCDS92 NNKTYRVDDIDWDQNPKSTFKKADGSEVSFLEYYRKQYNQEITDLKQPVLVSQPKRRR-G
320 330 340 350 360 370
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 HGMLLKGEILLLPELSFMTGIPEKMKKDFRAMKDLAQQINLSPKQHHSALECLLQRIAKN
: : : .:.::: ..::. .::..:: .::::: . :.:.:.. . :.. : ::
CCDS92 PGGTLPGPAMLIPELCYLTGLTDKMRNDFNVMKDLAVHTRLTPEQRQREVGRLIDYIHKN
380 390 400 410 420 430
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 EAATNELMRWGLRLQKDVHKIEGRVLPMERINLKNTSF-ITSQELNWVKEVTRDPSILTI
. . :: ::: ..... .. ::.: :.:. . .: . : .: ::. : : .
CCDS92 DNVQRELRDWGLSFDSNLLSFSGRILQTEKIHQGGKTFDYNPQFADWSKETRGAPLISVK
440 450 460 470 480 490
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 PMHFWALFYPKRAMDQARELVNMLEKIAGPIGMRMSPPAWVELKDDRIETYVRTIQSTLG
:. : :.: .: .. : :.. : :.. .::.: .:. ::: :.:.:..:. .
CCDS92 PLDNWLLIYTRRNYEAANSLIQNLFKVTPAMGMQMRKAIMIEV-DDRTEAYLRVLQQKVT
500 510 520 530 540 550
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 AEGKIQMVVCIIMGPRDDLYGAIKKLCCVQSPVPSQVVNVRTIGQPTRLRSVAQKILLQI
:. :.:::.. . : : : :::: :.. :.::: : .::.:. . ..: :: ::.
CCDS92 AD--TQIVVCLLSSNRKDKYDAIKKYLCTDCPTPSQCVVARTLGKQQTVMAIATKIALQM
560 570 580 590 600
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 NCKLGGELWGVDIPLKQLMVIGMDVYHDPSRGMRSVVGFVASINLTLTKWYSRVVFQMPH
:::.::::: :::::: .:..:.: ::: . : ::..::::::: .:.:.:: .::
CCDS92 NCKMGGELWRVDIPLKLVMIVGIDCYHDMTAGRRSIAGFVASINEGMTRWFSRCIFQDRG
610 620 630 640 650 660
790 800 810 820 830 840
pF1KB4 QEIVDSLKLCLVGSLKKFYEVNHCLPEKIVVYRDGVSDGQLKTVANYEIPQLQKCFEAF-
::.::.::.:: ..:. . :. .: .:.::::::.::::::..:::.::. :....
CCDS92 QELVDGLKVCLQAALRAWNSCNEYMPSRIIVYRDGVGDGQLKTLVNYEVPQFLDCLKSIG
670 680 690 700 710 720
850 860 870 880 890 900
pF1KB4 ENYQPKMVVFVVQKKISTNLYLAAPQNFVTPTPGTVVDHTITSCEWVDFYLLAHHVRQGC
..:.:...:.::.:...: .. . . .: ::::.: .: :: ::..... ::.:
CCDS92 RGYNPRLTVIVVKKRVNTRFFAQSGGRLQNPLPGTVIDVEVTRPEWYDFFIVSQAVRSGS
730 740 750 760 770 780
910 920 930 940 950 960
pF1KB4 GIPTHYVCVLNTANLSPDHMQRLTFKLCHMYWNWPGTIRVPAPCKYAHKLAFLSGHILHH
:::: . ....:.:::.::::.::::.:.::::.:::::::.:::::::: :. .:.
CCDS92 VSPTHYNVIYDNSGLKPDHIQRLTYKLCHIYYNWPGVIRVPAPCQYAHKLAFLVGQSIHR
790 800 810 820 830 840
970
pF1KB4 EPAIQLCENLFFL
:: ..: . :..:
CCDS92 EPNLSLSNRLYYL
850 860
>>CCDS31656.1 PIWIL4 gene_id:143689|Hs108|chr11 (852 aa)
initn: 1749 init1: 554 opt: 1952 Z-score: 1744.1 bits: 334.0 E(32554): 7.9e-91
Smith-Waterman score: 1952; 39.4% identity (68.9% similar) in 779 aa overlap (204-973:83-852)
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 FSTPSRGPPQLSSPPALPQSPLHSPDRPLVLTVEHKEKELIV---KQGSKGTPQSLGLNL
:.. .:: : : ::.: : .: ::
CCDS31 STNDKYGISSGDAGSTFMERGVKNKQDFMDLSICTREKLAHVRNCKTGSSGIPVKLVTNL
60 70 80 90 100 110
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pF1KB4 VKIQCHNE-AVYQYHVTFSPNVECKSMRFGMLKDHQAVTGNVTAFDGSILYLPVKLQQ-V
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CCDS81 ALAKAVQVHQDTLRTMYFA
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CCDS39 ADELQILTYQLCHTYVRCTRSVSIPAPAYYARLVAFRARYHLVDKEHDSGEGSHISGQSN
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CCDS39 GRDPQALAKAVQVHQDTLRTMYFA
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CCDS63 RLFCTDKNERVGKSGNIPAGTTVDTKITHPTEFDFYLCSHAGIQGTSRPSHYHVLWDDNR
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]