FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4115, 938 aa
1>>>pF1KB4115 938 - 938 aa - 938 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.6398+/-0.00103; mu= 11.3821+/- 0.062
mean_var=179.2705+/-36.458, 0's: 0 Z-trim(109.6): 80 B-trim: 9 in 1/49
Lambda= 0.095790
statistics sampled from 10947 (11025) to 10947 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.678), E-opt: 0.2 (0.339), width: 16
Scan time: 3.860
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS32704.1 DDX42 gene_id:11325|Hs108|chr17 ( 938) 6322 887.0 0
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CCDS75306.1 DDX46 gene_id:9879|Hs108|chr5 (1032) 1363 201.7 5.9e-51
CCDS46706.1 DDX17 gene_id:10521|Hs108|chr22 ( 731) 1253 186.4 1.7e-46
CCDS33646.1 DDX17 gene_id:10521|Hs108|chr22 ( 729) 1245 185.3 3.7e-46
CCDS82190.1 DDX5 gene_id:1655|Hs108|chr17 ( 614) 1231 183.3 1.2e-45
CCDS11659.1 DDX5 gene_id:1655|Hs108|chr17 ( 614) 1231 183.3 1.2e-45
CCDS4977.1 DDX43 gene_id:55510|Hs108|chr6 ( 648) 1008 152.5 2.4e-36
CCDS35214.1 DDX53 gene_id:168400|Hs108|chrX ( 631) 978 148.3 4.3e-35
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CCDS54854.1 DDX4 gene_id:54514|Hs108|chr5 ( 704) 874 134.0 9.8e-31
CCDS3969.1 DDX4 gene_id:54514|Hs108|chr5 ( 724) 874 134.0 1e-30
CCDS30964.1 DDX59 gene_id:83479|Hs108|chr1 ( 619) 823 126.9 1.2e-28
CCDS14782.1 DDX3Y gene_id:8653|Hs108|chrY ( 660) 770 119.6 2e-26
CCDS55404.1 DDX3X gene_id:1654|Hs108|chrX ( 646) 767 119.2 2.6e-26
CCDS43931.1 DDX3X gene_id:1654|Hs108|chrX ( 662) 767 119.2 2.6e-26
CCDS8655.1 DDX47 gene_id:51202|Hs108|chr12 ( 455) 759 118.0 4.3e-26
CCDS4427.1 DDX41 gene_id:51428|Hs108|chr5 ( 622) 737 115.0 4.5e-25
CCDS13416.1 DDX27 gene_id:55661|Hs108|chr20 ( 796) 720 112.8 2.7e-24
CCDS12390.1 DDX49 gene_id:54555|Hs108|chr19 ( 483) 687 108.0 4.5e-23
CCDS31907.1 DDX54 gene_id:79039|Hs108|chr12 ( 881) 690 108.7 5.2e-23
CCDS44984.1 DDX54 gene_id:79039|Hs108|chr12 ( 882) 690 108.7 5.2e-23
CCDS7283.1 DDX50 gene_id:79009|Hs108|chr10 ( 737) 667 105.4 4.1e-22
CCDS11767.1 EIF4A3 gene_id:9775|Hs108|chr17 ( 411) 662 104.5 4.3e-22
CCDS11323.1 DDX52 gene_id:11056|Hs108|chr17 ( 599) 634 100.8 8.4e-21
CCDS8342.1 DDX10 gene_id:1662|Hs108|chr11 ( 875) 636 101.2 9.1e-21
CCDS31211.1 DDX21 gene_id:9188|Hs108|chr10 ( 783) 629 100.2 1.6e-20
CCDS73144.1 DDX21 gene_id:9188|Hs108|chr10 ( 715) 626 99.7 2.1e-20
CCDS11113.1 EIF4A1 gene_id:1973|Hs108|chr17 ( 406) 621 98.8 2.2e-20
CCDS44751.1 DDX6 gene_id:1656|Hs108|chr11 ( 483) 621 98.9 2.5e-20
CCDS3282.1 EIF4A2 gene_id:1974|Hs108|chr3 ( 407) 609 97.2 6.9e-20
CCDS12308.1 DDX39A gene_id:10212|Hs108|chr19 ( 427) 579 93.1 1.3e-18
CCDS2120.1 DDX18 gene_id:8886|Hs108|chr2 ( 670) 582 93.6 1.3e-18
CCDS4697.1 DDX39B gene_id:7919|Hs108|chr6 ( 428) 578 92.9 1.4e-18
CCDS10889.1 DDX19A gene_id:55308|Hs108|chr16 ( 478) 553 89.5 1.7e-17
CCDS10888.1 DDX19B gene_id:11269|Hs108|chr16 ( 479) 550 89.1 2.2e-17
CCDS8770.1 DDX23 gene_id:9416|Hs108|chr12 ( 820) 554 89.9 2.2e-17
CCDS42187.1 DDX19B gene_id:11269|Hs108|chr16 ( 370) 521 85.0 3e-16
CCDS44766.1 DDX25 gene_id:29118|Hs108|chr11 ( 483) 519 84.8 4.3e-16
CCDS59053.1 DDX56 gene_id:54606|Hs108|chr7 ( 507) 514 84.1 7.3e-16
CCDS82009.1 DDX19A gene_id:55308|Hs108|chr16 ( 447) 498 81.9 3.1e-15
CCDS32475.1 DDX19B gene_id:11269|Hs108|chr16 ( 448) 495 81.5 4.1e-15
CCDS58478.1 DDX19B gene_id:11269|Hs108|chr16 ( 453) 495 81.5 4.1e-15
CCDS81646.1 DDX25 gene_id:29118|Hs108|chr11 ( 369) 477 78.9 2e-14
CCDS842.1 DDX20 gene_id:11218|Hs108|chr1 ( 824) 480 79.6 2.7e-14
CCDS58511.1 EIF4A1 gene_id:1973|Hs108|chr17 ( 347) 458 76.3 1.2e-13
CCDS5492.1 DDX56 gene_id:54606|Hs108|chr7 ( 547) 452 75.6 2.9e-13
CCDS6952.1 DDX31 gene_id:64794|Hs108|chr9 ( 585) 426 72.0 3.7e-12
>>CCDS32704.1 DDX42 gene_id:11325|Hs108|chr17 (938 aa)
initn: 6322 init1: 6322 opt: 6322 Z-score: 4732.6 bits: 887.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6322; 100.0% identity (100.0% similar) in 938 aa overlap (1-938:1-938)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MNWNKGGPGTKRGFGFGGFAISAGKKEEPKLPQQSHSAFGATSSSSGFGKSAPPQLPSFY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MNWNKGGPGTKRGFGFGGFAISAGKKEEPKLPQQSHSAFGATSSSSGFGKSAPPQLPSFY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 KIGSKRANFDEENAYFEDEEEDSSNVDLPYIPAENSPTRQQFHSKPVDSDSDDDPLEAFM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 KIGSKRANFDEENAYFEDEEEDSSNVDLPYIPAENSPTRQQFHSKPVDSDSDDDPLEAFM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 AEVEDQAARDMKRLEEKDKERKNVKGIRDDIEEEDDQEAYFRYMAENPTAGVVQEEEEDN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 AEVEDQAARDMKRLEEKDKERKNVKGIRDDIEEEDDQEAYFRYMAENPTAGVVQEEEEDN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 LEYDSDGNPIAPTKKIIDPLPPIDHSEIDYPPFEKNFYNEHEEITNLTPQQLIDLRHKLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LEYDSDGNPIAPTKKIIDPLPPIDHSEIDYPPFEKNFYNEHEEITNLTPQQLIDLRHKLN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LRVSGAAPPRPGSSFAHFGFDEQLMHQIRKSEYTQPTPIQCQGVPVALSGRDMIGIAKTG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SGKTAAFIWPMLIHIMDQKELEPGDGPIAVIVCPTRELCQQIHAECKRFGKAYNLRSVAV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 YGGGSMWEQAKALQEGAEIVVCTPGRLIDHVKKKATNLQRVSYLVFDEADRMFDMGFEYQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 YGGGSMWEQAKALQEGAEIVVCTPGRLIDHVKKKATNLQRVSYLVFDEADRMFDMGFEYQ
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 VRSIASHVRPDRQTLLFSATFRKKIEKLARDILIDPIRVVQGDIGEANEDVTQIVEILHS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 VRSIASHVRPDRQTLLFSATFRKKIEKLARDILIDPIRVVQGDIGEANEDVTQIVEILHS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 GPSKWNWLTRRLVEFTSSGSVLLFVTKKANAEELANNLKQEGHNLGLLHGDMDQSERNKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 GPSKWNWLTRRLVEFTSSGSVLLFVTKKANAEELANNLKQEGHNLGLLHGDMDQSERNKV
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550 560 570 580 590 600
pF1KB4 ISDFKKKDIPVLVATDVAARGLDIPSIKTVINYDVARDIDTHTHRIGRTGRAGEKGVAYT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 ISDFKKKDIPVLVATDVAARGLDIPSIKTVINYDVARDIDTHTHRIGRTGRAGEKGVAYT
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 LLTPKDSNFAGDLVRNLEGANQHVSKELLDLAMQNAWFRKSRFKGGKGKKLNIGGGGLGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LLTPKDSNFAGDLVRNLEGANQHVSKELLDLAMQNAWFRKSRFKGGKGKKLNIGGGGLGY
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670 680 690 700 710 720
pF1KB4 RERPGLGSENMDRGNNNVMSNYEAYKPSTGAMGDRLTAMKAAFQSQYKSHFVAASLSNQK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 RERPGLGSENMDRGNNNVMSNYEAYKPSTGAMGDRLTAMKAAFQSQYKSHFVAASLSNQK
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730 740 750 760 770 780
pF1KB4 AGSSAAGASGWTSAGSLNSVPTNSAQQGHNSPDSPVTSAAKGIPGFGNTGNISGAPVTYP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 AGSSAAGASGWTSAGSLNSVPTNSAQQGHNSPDSPVTSAAKGIPGFGNTGNISGAPVTYP
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB4 SAGAQGVNNTASGNNSREGTGGSNGKRERYTENRGSSRHSHGETGNRHSDSPRHGDGGRH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SAGAQGVNNTASGNNSREGTGGSNGKRERYTENRGSSRHSHGETGNRHSDSPRHGDGGRH
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB4 GDGYRHPESSSRHTDGHRHGENRHGGSAGRHGENRGANDGRNGESRKEAFNRESKMEPKM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 GDGYRHPESSSRHTDGHRHGENRHGGSAGRHGENRGANDGRNGESRKEAFNRESKMEPKM
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910 920 930
pF1KB4 EPKVDSSKMDKVDSKTDKTADGFAVPEPPKRKKSRWDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 EPKVDSSKMDKVDSKTDKTADGFAVPEPPKRKKSRWDS
910 920 930
>>CCDS34240.1 DDX46 gene_id:9879|Hs108|chr5 (1031 aa)
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Smith-Waterman score: 1363; 40.3% identity (69.1% similar) in 583 aa overlap (94-661:207-779)
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pF1KB4 SKRANFDEENAYFEDEEEDSSNVDLPYIPAENSPTRQQFHSKPVDSDSDDDPLEAFMAEV
:..:.. . ... .... . :::.:.: ::
CCDS34 KAMENIGELKKEIEEMKQGKKWSLEDDDDDEDDPAEAEKEGNEMEGE-ELDPLDAYMEEV
180 190 200 210 220 230
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 EDQAAR-DMKRLEEKD-KERKNVKGIRDDIEEEDDQEAYFRYMAENPTAGVVQEEEEDNL
.... . .:. .. .:.:. . . ..: . . : ..:...: .
CCDS34 KEEVKKFNMRSVKGGGGNEKKSGPTVTKVVTVVTTKKAV---VDSDKKKGELMENDQDAM
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190 200 210 220 230
pF1KB4 EYDSDGNPI----APT---KKIIDPLPPIDHSEIDYPPFEKNFYNEHEEITNLTPQQLID
::.:. . . : : : : :.::..:.: ::.:::: : :..... ...
CCDS34 EYSSEEEEVDLQTALTGYQTKQRKLLEPVDHGKIEYEPFRKNFYVEVPELAKMSQEEVNV
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240 250 260 270 280 290
pF1KB4 LRHKLN-LRVSGAAPPRPGSSFAHFGFDEQLMHQIRKSEYTQPTPIQCQGVPVALSGRDM
.: ... . :.: . :.: .:... :.. .......: : .::::: :..:. .::::.
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300 310 320 330 340 350
pF1KB4 IGIAKTGSGKTAAFIWPMLIHIMDQKELEPGDGPIAVIVCPTRELCQQIHAECKRFGKAY
::::::::::: ::. ::. :::::. :: :.::::::. ::::: :: :::.:.:.
CCDS34 IGIAKTGSGKTIAFLLPMFRHIMDQRSLEEGEGPIAVIMTPTRELALQITKECKKFSKTL
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360 370 380 390 400 410
pF1KB4 NLRSVAVYGGGSMWEQAKALQEGAEIVVCTPGRLIDHVKK---KATNLQRVSYLVFDEAD
.:: : :::: .. :: :..::::.::::::.:: . ..:::.::.:.:.::::
CCDS34 GLRVVCVYGGTGISEQIAELKRGAEIIVCTPGRMIDMLAANSGRVTNLRRVTYVVLDEAD
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pF1KB4 RMFDMGFEYQVRSIASHVRPDRQTLLFSATFRKKIEKLARDILIDPIRVVQGDIGEANED
:::::::: :: :...:::::::..::::: . .: ::: :: ::.: : . . :
CCDS34 RMFDMGFEPQVMRIVDNVRPDRQTVMFSATFPRAMEALARRILSKPIEVQVGGRSVVCSD
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pF1KB4 VTQIVEILHSGPSKWNWLTRRLVEFTSSGSVLLFVTKKANAEELANNLKQEGHNLGLLHG
: : : ... .:. : . : .. ::::..:: :. .:. : ..: . .. :::
CCDS34 VEQQVIVIEE-EKKFLKLLELLGHYQESGSVIIFVDKQEHADGLLKDLMRASYPCMSLHG
600 610 620 630 640 650
540 550 560 570 580 590
pF1KB4 DMDQSERNKVISDFKKKDIPVLVATDVAARGLDIPSIKTVINYDVARDIDTHTHRIGRTG
.:: .:...:.:::. .::::.:::::::. . :.::. . ..:: ::::
CCDS34 GIDQYDRDSIINDFKNGTCKLLVATSVAARGLDVKHLILVVNYSCPNHYEDYVHRAGRTG
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600 610 620 630 640
pF1KB4 RAGEKGVAYTLLTPKDSNFAGDLVRNLEGANQHVSKELLDLAMQNAW--FRKSRFKGGKG
:::.:: :::..: .. .:::... :: .. : .: : : :. .. ::
CCDS34 RAGNKGYAYTFITEDQARYAGDIIKALELSGTAVPPDLEKL-----WSDFKDQQKAEGKI
720 730 740 750 760
650 660 670 680 690 700
pF1KB4 KKLNIGGGGLGYRERPGLGSENMDRGNNNVMSNYEAYKPSTGAMGDRLTAMKAAFQSQYK
: . : .: :..
CCDS34 IKKSSGFSGKGFKFDETEQALANERKKLQKAALGLQDSDDEDAAVDIDEQIESMFNSKKR
770 780 790 800 810 820
>>CCDS75306.1 DDX46 gene_id:9879|Hs108|chr5 (1032 aa)
initn: 1294 init1: 561 opt: 1363 Z-score: 1028.3 bits: 201.7 E(32554): 5.9e-51
Smith-Waterman score: 1363; 40.3% identity (69.1% similar) in 583 aa overlap (94-661:207-779)
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 SKRANFDEENAYFEDEEEDSSNVDLPYIPAENSPTRQQFHSKPVDSDSDDDPLEAFMAEV
:..:.. . ... .... . :::.:.: ::
CCDS75 KAMENIGELKKEIEEMKQGKKWSLEDDDDDEDDPAEAEKEGNEMEGE-ELDPLDAYMEEV
180 190 200 210 220 230
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 EDQAAR-DMKRLEEKD-KERKNVKGIRDDIEEEDDQEAYFRYMAENPTAGVVQEEEEDNL
.... . .:. .. .:.:. . . ..: . . : ..:...: .
CCDS75 KEEVKKFNMRSVKGGGGNEKKSGPTVTKVVTVVTTKKAV---VDSDKKKGELMENDQDAM
240 250 260 270 280 290
190 200 210 220 230
pF1KB4 EYDSDGNPI----APT---KKIIDPLPPIDHSEIDYPPFEKNFYNEHEEITNLTPQQLID
::.:. . . : : : : :.::..:.: ::.:::: : :..... ...
CCDS75 EYSSEEEEVDLQTALTGYQTKQRKLLEPVDHGKIEYEPFRKNFYVEVPELAKMSQEEVNV
300 310 320 330 340 350
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pF1KB4 LRHKLN-LRVSGAAPPRPGSSFAHFGFDEQLMHQIRKSEYTQPTPIQCQGVPVALSGRDM
.: ... . :.: . :.: .:... :.. .......: : .::::: :..:. .::::.
CCDS75 FRLEMEGITVKGKGCPKPIKSWVQCGISMKILNSLKKHGYEKPTPIQTQAIPAIMSGRDL
360 370 380 390 400 410
300 310 320 330 340 350
pF1KB4 IGIAKTGSGKTAAFIWPMLIHIMDQKELEPGDGPIAVIVCPTRELCQQIHAECKRFGKAY
::::::::::: ::. ::. :::::. :: :.::::::. ::::: :: :::.:.:.
CCDS75 IGIAKTGSGKTIAFLLPMFRHIMDQRSLEEGEGPIAVIMTPTRELALQITKECKKFSKTL
420 430 440 450 460 470
360 370 380 390 400 410
pF1KB4 NLRSVAVYGGGSMWEQAKALQEGAEIVVCTPGRLIDHVKK---KATNLQRVSYLVFDEAD
.:: : :::: .. :: :..::::.::::::.:: . ..:::.::.:.:.::::
CCDS75 GLRVVCVYGGTGISEQIAELKRGAEIIVCTPGRMIDMLAANSGRVTNLRRVTYVVLDEAD
480 490 500 510 520 530
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pF1KB4 RMFDMGFEYQVRSIASHVRPDRQTLLFSATFRKKIEKLARDILIDPIRVVQGDIGEANED
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: : : ... .:. : . : .. ::::..:: :. .:. : ..: . .. :::
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540 550 560 570 580 590
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.:: .:...:.:::. .::::.:::::::. . :.::. . ..:: ::::
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600 610 620 630 640
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. . . .. . ..... :: . .:.. : : .: : : . .. :..
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CCDS33 KENKTIIFVETKRRCDDLTRRMRRDGWPAMCIHGDKSQPERDWVLNEFRSGKAPILIATD
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CCDS33 ECDRRLRGVKDGGRRDSASYRDRSETDRAGYANGSGYGSPNSAFGAQAGQYTYGQGTYGA
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pF1KB4 KQEGHNLGLLHGDMDQSERNKVISDFKKKDIPVLVATDVAARGLDIPSIKTVINYDVARD
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pF1KB4 IDTHTHRIGRTGRAGEKGVAYTLLTPKDSNFAGDLVRNLEGANQHVSKELLDLAMQNAWF
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CCDS82 SAA-NYTNGSFGSNFVSAGIQTSFRTGNPTGTYQNGYDSTQQYGS--NVPNMHNGMNQQA
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CCDS82 YAYPATAAAPMIGYPMPTGYSQ
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pF1KB4 RYMAENPTAGVVQEEEEDNLEYDSDGNPIAPTKKIIDPLPPIDHSEIDYPPFEKNFYNEH
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CCDS11 DRDRGRDRGFGAPRFGGSRAGPLSGKKFGNPGEKLVKKKWNLD----ELPKFEKNFYQEH
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CCDS11 PDLARRTAQEVETYRRSKEITVRGHNCPKPVLNFYEANFPANVMDVIARQNFTEPTAIQA
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pF1KB4 QGVPVALSGRDMIGIAKTGSGKTAAFIWPMLIHIMDQKELEPGDGPIAVIVCPTRELCQQ
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CCDS11 QGWPVALSGLDMVGVAQTGSGKTLSYLLPAIVHINHQPFLERGDGPICLVLAPTRELAQQ
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pF1KB4 IHAECKRFGKAYNLRSVAVYGGGSMWEQAKALQEGAEIVVCTPGRLIDHVKKKATNLQRV
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CCDS11 VQQVAAEYCRACRLKSTCIYGGAPKGPQIRDLERGVEICIATPGRLIDFLECGKTNLRRT
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CCDS11 TYLVLDEADRMLDMGFEPQIRKIVDQIRPDRQTLMWSATWPKEVRQLAEDFLKDYIHINI
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CCDS11 GALELSANHNILQIVDVCHD-VEKDEKLIRLMEEIMSEKENKTIVFVETKRRCDELTRKM
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pF1KB4 KQEGHNLGLLHGDMDQSERNKVISDFKKKDIPVLVATDVAARGLDIPSIKTVINYDVARD
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CCDS11 RRDGWPAMGIHGDKSQQERDWVLNEFKHGKAPILIATDVASRGLDVEDVKFVINYDYPNS
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CCDS11 SEDYIHRIGRTARSTKTGTAYTFFTPNNIKQVSDLISVLREANQAINPKLLQL-VEDRGS
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CCDS11 GRSRGRGGMKDDRRDRYSAGKRGGFNTFRDR-----ENYDRGYSSLLKRDFGAKTQNGVY
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CCDS11 SAA-NYTNGSFGSNFVSAGIQTSFRTGNPTGTYQNGYDSTQQYGS--NVPNMHNGMNQQA
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CCDS11 YAYPATAAAPMIGYPMPTGYSQ
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