Result of FASTA (ccds) for
pF1KB4098
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4098, 411 aa
1>>>pF1KB4098 411 - 411 aa - 411 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7397+/-0.000948; mu= 14.2985+/- 0.057
mean_var=60.5498+/-12.233, 0's: 0 Z-trim(103.1): 21 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.164823
statistics sampled from 7238 (7253) to 7238 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.594), E-opt: 0.2 (0.223), width: 16
Scan time: 2.740
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS5643.1 PDK4 gene_id:5166|Hs108|chr7 ( 411) 2722 656.0 1.8e-188
CCDS2250.1 PDK1 gene_id:5163|Hs108|chr2 ( 436) 1863 451.8 5.9e-127
CCDS11559.1 PDK2 gene_id:5164|Hs108|chr17 ( 407) 1850 448.7 4.7e-126
CCDS14212.1 PDK3 gene_id:5165|Hs108|chrX ( 406) 1759 427.0 1.5e-119
CCDS48088.1 PDK3 gene_id:5165|Hs108|chrX ( 415) 1759 427.0 1.6e-119
CCDS56039.1 PDK2 gene_id:5164|Hs108|chr17 ( 343) 1561 379.9 2e-105
CCDS63059.1 PDK1 gene_id:5163|Hs108|chr2 ( 456) 1417 345.7 5.2e-95
CCDS45467.1 BCKDK gene_id:10295|Hs108|chr16 ( 365) 281 75.6 8.8e-14
CCDS10705.1 BCKDK gene_id:10295|Hs108|chr16 ( 412) 279 75.1 1.4e-13
>>CCDS5643.1 PDK4 gene_id:5166|Hs108|chr7 (411 aa)
initn: 2722 init1: 2722 opt: 2722 Z-score: 3497.0 bits: 656.0 E(32554): 1.8e-188
Smith-Waterman score: 2722; 100.0% identity (100.0% similar) in 411 aa overlap (1-411:1-411)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MKAARFVLRSAGSLNGAGLVPREVEHFSRYSPSPLSMKQLLDFGSENACERTSFAFLRQE
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CCDS56 MKAARFVLRSAGSLNGAGLVPREVEHFSRYSPSPLSMKQLLDFGSENACERTSFAFLRQE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 LPVRLANILKEIDILPTQLVNTSSVQLVKSWYIQSLMDLVEFHEKSPDDQKALSDFVDTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 LPVRLANILKEIDILPTQLVNTSSVQLVKSWYIQSLMDLVEFHEKSPDDQKALSDFVDTL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 IKVRNRHHNVVPTMAQGIIEYKDACTVDPVTNQNLQYFLDRFYMNRISTRMLMNQHILIF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 IKVRNRHHNVVPTMAQGIIEYKDACTVDPVTNQNLQYFLDRFYMNRISTRMLMNQHILIF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 SDSQTGNPSHIGSIDPNCDVVAVVQDAFECSRMLCDQYYLSSPELKLTQVNGKFPDQPIH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 SDSQTGNPSHIGSIDPNCDVVAVVQDAFECSRMLCDQYYLSSPELKLTQVNGKFPDQPIH
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 IVYVPSHLHHMLFELFKNAMRATVEHQENQPSLTPIEVIVVLGKEDLTIKISDRGGGVPL
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CCDS56 IVYVPSHLHHMLFELFKNAMRATVEHQENQPSLTPIEVIVVLGKEDLTIKISDRGGGVPL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 RIIDRLFSYTYSTAPTPVMDNSRNAPLAGFGYGLPISRLYAKYFQGDLNLYSLSGYGTDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 RIIDRLFSYTYSTAPTPVMDNSRNAPLAGFGYGLPISRLYAKYFQGDLNLYSLSGYGTDA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KB4 IIYLKALSSESIEKLPVFNKSAFKHYQMSSEADDWCIPSREPKNLAKEVAM
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 IIYLKALSSESIEKLPVFNKSAFKHYQMSSEADDWCIPSREPKNLAKEVAM
370 380 390 400 410
>>CCDS2250.1 PDK1 gene_id:5163|Hs108|chr2 (436 aa)
initn: 1872 init1: 1076 opt: 1863 Z-score: 2392.7 bits: 451.8 E(32554): 5.9e-127
Smith-Waterman score: 1863; 65.4% identity (87.4% similar) in 413 aa overlap (1-405:19-430)
10 20 30
pF1KB4 MKAARFVLRSAGSLNGAGL-----VPREVEHFSRYSPSPLSM
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CCDS22 MRLARLLRGAALAGPGPGLRAAGFS-RSFSSDSGSSPASERGVPGQVDFYARFSPSPLSM
10 20 30 40 50
40 50 60 70 80 90
pF1KB4 KQLLDFGSENACERTSFAFLRQELPVRLANILKEIDILPTQLVNTSSVQLVKSWYIQSLM
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CCDS22 KQFLDFGSVNACEKTSFMFLRQELPVRLANIMKEISLLPDNLLRTPSVQLVQSWYIQSLQ
60 70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KB4 DLVEFHEKSPDDQKALSDFVDTLIKVRNRHHNVVPTMAQGIIEYKDACTVDPVTNQNLQY
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CCDS22 ELLDFKDKSAEDAKAIYDFTDTVIRIRNRHNDVIPTMAQGVIEYKESFGVDPVTSQNVQY
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB4 FLDRFYMNRISTRMLMNQHILIFSDSQTGNPSH---IGSIDPNCDVVAVVQDAFECSRML
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CCDS22 FLDRFYMSRISIRMLLNQHSLLFGGKGKGSPSHRKHIGSINPNCNVLEVIKDGYENARRL
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KB4 CDQYYLSSPELKLTQVNGKFPDQPIHIVYVPSHLHHMLFELFKNAMRATVEHQENQPSLT
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CCDS22 CDLYYINSPELELEELNAKSPGQPIQVVYVPSHLYHMVFELFKNAMRATMEHHANRGVYP
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB4 PIEVIVVLGKEDLTIKISDRGGGVPLRIIDRLFSYTYSTAPTPVMDNSRNAPLAGFGYGL
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CCDS22 PIQVHVTLGNEDLTVKMSDRGGGVPLRKIDRLFNYMYSTAPRPRVETSRAVPLAGFGYGL
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KB4 PISRLYAKYFQGDLNLYSLSGYGTDAIIYLKALSSESIEKLPVFNKSAFKHYQMSSEADD
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CCDS22 PISRLYAQYFQGDLKLYSLEGYGTDAVIYIKALSTDSIERLPVYNKAAWKHYNTNHEADD
360 370 380 390 400 410
400 410
pF1KB4 WCIPSREPKNLAKEVAM
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CCDS22 WCVPSREPKDMTTFRSA
420 430
>>CCDS11559.1 PDK2 gene_id:5164|Hs108|chr17 (407 aa)
initn: 1109 init1: 1109 opt: 1850 Z-score: 2376.5 bits: 448.7 E(32554): 4.7e-126
Smith-Waterman score: 1850; 65.2% identity (89.1% similar) in 405 aa overlap (1-404:1-400)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MKAARFVLRSAGSLNGAGLVPREVEHFSRYSPSPLSMKQLLDFGSENACERTSFAFLRQE
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CCDS11 MRWVWALLKNA-SLAGA---PKYIEHFSKFSPSPLSMKQFLDFGSSNACEKTSFTFLRQE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 LPVRLANILKEIDILPTQLVNTSSVQLVKSWYIQSLMDLVEFHEKSPDDQKALSDFVDTL
::::::::.:::..:: ....: :::::.:::.:::.:..:: .:.:.:...::.:.:.:
CCDS11 LPVRLANIMKEINLLPDRVLSTPSVQLVQSWYVQSLLDIMEFLDKDPEDHRTLSQFTDAL
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 IKVRNRHHNVVPTMAQGIIEYKDACTVDPVTNQNLQYFLDRFYMNRISTRMLMNQHILIF
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CCDS11 VTIRNRHNDVVPTMAQGVLEYKDTYGDDPVSNQNIQYFLDRFYLSRISIRMLINQHTLIF
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KB4 SDSQT-GNPSHIGSIDPNCDVVAVVQDAFECSRMLCDQYYLSSPELKLTQVNGKFPDQPI
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CCDS11 DGSTNPAHPKHIGSIDPNCNVSEVVKDAYDMAKLLCDKYYMASPDLEIQEINAANSKQPI
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 HIVYVPSHLHHMLFELFKNAMRATVEHQENQPSLTPIEVIVVLGKEDLTIKISDRGGGVP
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CCDS11 HMVYVPSHLYHMLFELFKNAMRATVESHESSLILPPIKVMVALGEEDLSIKMSDRGGGVP
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB4 LRIIDRLFSYTYSTAPTPVMDNSRNAPLAGFGYGLPISRLYAKYFQGDLNLYSLSGYGTD
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CCDS11 LRKIERLFSYMYSTAPTP-QPGTGGTPLAGFGYGLPISRLYAKYFQGDLQLFSMEGFGTD
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB4 AIIYLKALSSESIEKLPVFNKSAFKHYQMSSEADDWCIPSREPKNLAKEVAM
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CCDS11 AVIYLKALSTDSVERLPVYNKSAWRHYQTIQEAGDWCVPSTEPKNTSTYRVS
360 370 380 390 400
>>CCDS14212.1 PDK3 gene_id:5165|Hs108|chrX (406 aa)
initn: 1738 init1: 727 opt: 1759 Z-score: 2259.6 bits: 427.0 E(32554): 1.5e-119
Smith-Waterman score: 1759; 63.8% identity (87.2% similar) in 390 aa overlap (20-407:12-401)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MKAARFVLRSAGSLNGAGLVPREVEHFSRYSPSPLSMKQLLDFGSENACERTSFAFLRQE
::...:..::.::::::.::.:::: .::::.::. :::.:
CCDS14 MRLFRWLLKQPVPKQIERYSRFSPSPLSIKQFLDFGRDNACEKTSYMFLRKE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 LPVRLANILKEIDILPTQLVNTSSVQLVKSWYIQSLMDLVEFHEKSPDDQKALSDFVDTL
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CCDS14 LPVRLANTMREVNLLPDNLLNRPSVGLVQSWYMQSFLELLEYENKSPEDPQVLDNFLQVL
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 IKVRNRHHNVVPTMAQGIIEYKDACTVDPVTNQNLQYFLDRFYMNRISTRMLMNQHILIF
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CCDS14 IKVRNRHNDVVPTMAQGVIEYKEKFGFDPFISTNIQYFLDRFYTNRISFRMLINQHTLLF
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KB4 S-DSQTGNPSHIGSIDPNCDVVAVVQDAFECSRMLCDQYYLSSPELKLTQVNGKFPDQPI
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CCDS14 GGDTNPVHPKHIGSIDPTCNVADVVKDAYETAKMLCEQYYLVAPELEVEEFNAKAPDKPI
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 HIVYVPSHLHHMLFELFKNAMRATVEHQENQPSLTP-IEVIVVLGKEDLTIKISDRGGGV
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CCDS14 QVVYVPSHLFHMLFELFKNSMRATVELYEDRKEGYPAVKTLVTLGKEDLSIKISDLGGGV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB4 PLRIIDRLFSYTYSTAPTPVMDNSRNAPLAGFGYGLPISRLYAKYFQGDLNLYSLSGYGT
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CCDS14 PLRKIDRLFNYMYSTAPRPSLEPTRAAPLAGFGYGLPISRLYARYFQGDLKLYSMEGVGT
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB4 DAIIYLKALSSESIEKLPVFNKSAFKHYQMSSEADDWCIPSREPKNLAKEVAM
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CCDS14 DAVIYLKALSSESFERLPVFNKSAWRHYKTTPEADDWSNPSSEPRDASKYKAKQ
360 370 380 390 400
>>CCDS48088.1 PDK3 gene_id:5165|Hs108|chrX (415 aa)
initn: 1738 init1: 727 opt: 1759 Z-score: 2259.4 bits: 427.0 E(32554): 1.6e-119
Smith-Waterman score: 1759; 63.8% identity (87.2% similar) in 390 aa overlap (20-407:12-401)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MKAARFVLRSAGSLNGAGLVPREVEHFSRYSPSPLSMKQLLDFGSENACERTSFAFLRQE
::...:..::.::::::.::.:::: .::::.::. :::.:
CCDS48 MRLFRWLLKQPVPKQIERYSRFSPSPLSIKQFLDFGRDNACEKTSYMFLRKE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 LPVRLANILKEIDILPTQLVNTSSVQLVKSWYIQSLMDLVEFHEKSPDDQKALSDFVDTL
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CCDS48 LPVRLANTMREVNLLPDNLLNRPSVGLVQSWYMQSFLELLEYENKSPEDPQVLDNFLQVL
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 IKVRNRHHNVVPTMAQGIIEYKDACTVDPVTNQNLQYFLDRFYMNRISTRMLMNQHILIF
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CCDS48 IKVRNRHNDVVPTMAQGVIEYKEKFGFDPFISTNIQYFLDRFYTNRISFRMLINQHTLLF
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KB4 S-DSQTGNPSHIGSIDPNCDVVAVVQDAFECSRMLCDQYYLSSPELKLTQVNGKFPDQPI
. :.. .:.:::::::.:.:. ::.::.: ..:::.:::: .:::.. . :.: ::.::
CCDS48 GGDTNPVHPKHIGSIDPTCNVADVVKDAYETAKMLCEQYYLVAPELEVEEFNAKAPDKPI
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 HIVYVPSHLHHMLFELFKNAMRATVEHQENQPSLTP-IEVIVVLGKEDLTIKISDRGGGV
..::::::: :::::::::.:::::: :.. : ....:.::::::.::::: ::::
CCDS48 QVVYVPSHLFHMLFELFKNSMRATVELYEDRKEGYPAVKTLVTLGKEDLSIKISDLGGGV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB4 PLRIIDRLFSYTYSTAPTPVMDNSRNAPLAGFGYGLPISRLYAKYFQGDLNLYSLSGYGT
::: :::::.: ::::: : .. .: :::::::::::::::::.::::::.:::. : ::
CCDS48 PLRKIDRLFNYMYSTAPRPSLEPTRAAPLAGFGYGLPISRLYARYFQGDLKLYSMEGVGT
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB4 DAIIYLKALSSESIEKLPVFNKSAFKHYQMSSEADDWCIPSREPKNLAKEVAM
::.::::::::::.:.::::::::..::. . ::::: :: ::.. .:
CCDS48 DAVIYLKALSSESFERLPVFNKSAWRHYKTTPEADDWSNPSSEPRDASKYKAKQDKIKTN
360 370 380 390 400 410
CCDS48 RTF
>>CCDS56039.1 PDK2 gene_id:5164|Hs108|chr17 (343 aa)
initn: 830 init1: 830 opt: 1561 Z-score: 2006.3 bits: 379.9 E(32554): 2e-105
Smith-Waterman score: 1561; 64.7% identity (89.9% similar) in 337 aa overlap (69-404:1-336)
40 50 60 70 80 90
pF1KB4 QLLDFGSENACERTSFAFLRQELPVRLANILKEIDILPTQLVNTSSVQLVKSWYIQSLMD
.:::..:: ....: :::::.:::.:::.:
CCDS56 MKEINLLPDRVLSTPSVQLVQSWYVQSLLD
10 20 30
100 110 120 130 140 150
pF1KB4 LVEFHEKSPDDQKALSDFVDTLIKVRNRHHNVVPTMAQGIIEYKDACTVDPVTNQNLQYF
..:: .:.:.:...::.:.:.:. .::::..::::::::..::::. :::.:::.:::
CCDS56 IMEFLDKDPEDHRTLSQFTDALVTIRNRHNDVVPTMAQGVLEYKDTYGDDPVSNQNIQYF
40 50 60 70 80 90
160 170 180 190 200 210
pF1KB4 LDRFYMNRISTRMLMNQHILIFSDSQT-GNPSHIGSIDPNCDVVAVVQDAFECSRMLCDQ
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CCDS56 LDRFYLSRISIRMLINQHTLIFDGSTNPAHPKHIGSIDPNCNVSEVVKDAYDMAKLLCDK
100 110 120 130 140 150
220 230 240 250 260 270
pF1KB4 YYLSSPELKLTQVNGKFPDQPIHIVYVPSHLHHMLFELFKNAMRATVEHQENQPSLTPIE
::..::.:.. ..:. ::::.:::::::.:::::::::::::::: .:.. : ::.
CCDS56 YYMASPDLEIQEINAANSKQPIHMVYVPSHLYHMLFELFKNAMRATVESHESSLILPPIK
160 170 180 190 200 210
280 290 300 310 320 330
pF1KB4 VIVVLGKEDLTIKISDRGGGVPLRIIDRLFSYTYSTAPTPVMDNSRNAPLAGFGYGLPIS
:.:.::.:::.::.:::::::::: :.::::: ::::::: . .. ..::::::::::::
CCDS56 VMVALGEEDLSIKMSDRGGGVPLRKIERLFSYMYSTAPTP-QPGTGGTPLAGFGYGLPIS
220 230 240 250 260
340 350 360 370 380 390
pF1KB4 RLYAKYFQGDLNLYSLSGYGTDAIIYLKALSSESIEKLPVFNKSAFKHYQMSSEADDWCI
:::::::::::.:.:. :.::::.:::::::..:.:.:::.::::..::: .:: :::.
CCDS56 RLYAKYFQGDLQLFSMEGFGTDAVIYLKALSTDSVERLPVYNKSAWRHYQTIQEAGDWCV
270 280 290 300 310 320
400 410
pF1KB4 PSREPKNLAKEVAM
:: ::::
CCDS56 PSTEPKNTSTYRVS
330 340
>>CCDS63059.1 PDK1 gene_id:5163|Hs108|chr2 (456 aa)
initn: 1852 init1: 1076 opt: 1417 Z-score: 1819.2 bits: 345.7 E(32554): 5.2e-95
Smith-Waterman score: 1807; 62.1% identity (83.4% similar) in 433 aa overlap (1-405:19-450)
10 20 30
pF1KB4 MKAARFVLRSAGSLNGAGL-----VPREVEHFSRYSPSPLSM
..:: : :: .: .:.. :: .:. ..:.:::::::
CCDS63 MRLARLLRGAALAGPGPGLRAAGFS-RSFSSDSGSSPASERGVPGQVDFYARFSPSPLSM
10 20 30 40 50
40 50 60 70 80 90
pF1KB4 KQLLDFGSENACERTSFAFLRQELPVRLANILKEIDILPTQLVNTSSVQLVKSWYIQSLM
::.::::: ::::.::: :::::::::::::.:::..:: .:. : :::::.:::::::.
CCDS63 KQFLDFGSVNACEKTSFMFLRQELPVRLANIMKEISLLPDNLLRTPSVQLVQSWYIQSLQ
60 70 80 90 100 110
100 110 120 130
pF1KB4 DLVEFHEKSPDDQKALSD--------------------FVDTLIKVRNRHHNVVPTMAQG
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