Result of FASTA (omim) for
pF1KB4085
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4085, 973 aa
1>>>pF1KB4085 973 - 973 aa - 973 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.7184+/-0.000404; mu= 10.3054+/- 0.025
mean_var=141.4046+/-28.401, 0's: 0 Z-trim(116.0): 407 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.107856
statistics sampled from 26427 (26852) to 26427 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.655), E-opt: 0.2 (0.315), width: 16
Scan time: 12.880
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_061726 (OMIM: 606318) protocadherin alpha-12 is ( 941) 6146 968.8 0
NP_114070 (OMIM: 606318) protocadherin alpha-12 is ( 792) 5101 806.2 0
NP_061724 (OMIM: 606316) protocadherin alpha-10 is ( 948) 4989 788.8 0
NP_061730 (OMIM: 606310) protocadherin alpha-4 iso ( 947) 4925 778.8 0
NP_061728 (OMIM: 606308) protocadherin alpha-2 iso ( 948) 4903 775.4 0
NP_061733 (OMIM: 606313) protocadherin alpha-7 iso ( 937) 4884 772.4 0
NP_061731 (OMIM: 606311) protocadherin alpha-5 iso ( 936) 4836 765.0 0
NP_114065 (OMIM: 606316) protocadherin alpha-10 is ( 844) 3977 631.3 6.5e-180
NP_061725 (OMIM: 606317) protocadherin alpha-11 is ( 949) 3968 629.9 1.9e-179
NP_061734 (OMIM: 606314) protocadherin alpha-8 iso ( 950) 3960 628.7 4.5e-179
NP_061727 (OMIM: 606319) protocadherin alpha-13 is ( 950) 3952 627.4 1.1e-178
NP_114067 (OMIM: 606317) protocadherin alpha-11 is ( 810) 3939 625.4 3.8e-178
NP_114062 (OMIM: 606314) protocadherin alpha-8 iso ( 814) 3936 624.9 5.2e-178
NP_114071 (OMIM: 606319) protocadherin alpha-13 is ( 807) 3928 623.6 1.2e-177
NP_061732 (OMIM: 606312) protocadherin alpha-6 iso ( 950) 3928 623.7 1.4e-177
NP_114036 (OMIM: 606312) protocadherin alpha-6 iso ( 803) 3904 619.9 1.6e-176
NP_113688 (OMIM: 606310) protocadherin alpha-4 iso ( 798) 3898 619.0 3.1e-176
NP_113684 (OMIM: 606308) protocadherin alpha-2 iso ( 808) 3883 616.6 1.6e-175
NP_113683 (OMIM: 606308) protocadherin alpha-2 iso ( 824) 3883 616.7 1.6e-175
NP_061729 (OMIM: 606309) protocadherin alpha-3 iso ( 950) 3879 616.1 2.8e-175
NP_061723 (OMIM: 606307) protocadherin alpha-1 iso ( 950) 3867 614.2 1e-174
NP_114040 (OMIM: 606313) protocadherin alpha-7 iso ( 789) 3862 613.4 1.5e-174
NP_113685 (OMIM: 606309) protocadherin alpha-3 iso ( 824) 3861 613.2 1.7e-174
NP_113598 (OMIM: 606307) protocadherin alpha-1 iso ( 807) 3845 610.7 9.5e-174
NP_114063 (OMIM: 606315) protocadherin alpha-9 iso ( 950) 3823 607.3 1.2e-172
NP_113689 (OMIM: 606311) protocadherin alpha-5 iso ( 816) 3814 605.9 2.7e-172
NP_054724 (OMIM: 606315) protocadherin alpha-9 iso ( 842) 3806 604.7 6.6e-172
NP_114066 (OMIM: 606316) protocadherin alpha-10 is ( 685) 2654 425.4 5.1e-118
NP_114037 (OMIM: 606312) protocadherin alpha-6 iso ( 686) 2539 407.5 1.2e-112
NP_113599 (OMIM: 606307) protocadherin alpha-1 iso ( 686) 2500 401.4 8.3e-111
NP_114476 (OMIM: 606294) protocadherin gamma-A7 is ( 817) 1944 314.9 1.1e-84
NP_061743 (OMIM: 606294) protocadherin gamma-A7 is ( 932) 1944 315.0 1.2e-84
NP_115265 (OMIM: 603059) protocadherin gamma-A12 i ( 820) 1940 314.3 1.6e-84
NP_003726 (OMIM: 603059) protocadherin gamma-A12 i ( 932) 1940 314.3 1.8e-84
NP_115783 (OMIM: 606306) protocadherin gamma-C5 is ( 878) 1933 313.2 3.7e-84
NP_061752 (OMIM: 606306) protocadherin gamma-C5 is ( 944) 1933 313.3 3.9e-84
NP_002579 (OMIM: 603627) protocadherin gamma-C3 is ( 934) 1925 312.0 9.2e-84
NP_115778 (OMIM: 603627) protocadherin gamma-C3 is ( 863) 1923 311.7 1.1e-83
NP_114442 (OMIM: 606291) protocadherin gamma-A4 is ( 851) 1910 309.7 4.3e-83
NP_061740 (OMIM: 606291) protocadherin gamma-A4 is ( 962) 1910 309.7 4.8e-83
NP_114443 (OMIM: 606292) protocadherin gamma-A5 is ( 813) 1908 309.3 5.1e-83
NP_114480 (OMIM: 606298) protocadherin gamma-A11 i ( 837) 1908 309.3 5.3e-83
NP_061741 (OMIM: 606292) protocadherin gamma-A5 is ( 931) 1908 309.4 5.8e-83
NP_061737 (OMIM: 606298) protocadherin gamma-A11 i ( 935) 1908 309.4 5.8e-83
NP_054723 (OMIM: 606295) protocadherin gamma-A8 is ( 820) 1904 308.7 8e-83
NP_114479 (OMIM: 606297) protocadherin gamma-A10 i ( 850) 1904 308.7 8.2e-83
NP_114477 (OMIM: 606295) protocadherin gamma-A8 is ( 932) 1904 308.7 8.9e-83
NP_061736 (OMIM: 606297) protocadherin gamma-A10 i ( 936) 1904 308.7 8.9e-83
NP_115266 (OMIM: 606299) protocadherin gamma-B1 is ( 810) 1890 306.5 3.6e-82
NP_061745 (OMIM: 606299) protocadherin gamma-B1 is ( 927) 1890 306.6 4e-82
>>NP_061726 (OMIM: 606318) protocadherin alpha-12 isofor (941 aa)
initn: 6146 init1: 6146 opt: 6146 Z-score: 5174.4 bits: 968.8 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6146; 100.0% identity (100.0% similar) in 941 aa overlap (33-973:1-941)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 LQKRVTAHKIPQASDPLKLIVPTQRPSFSAMVIIGPRGPGSQRLLLSLLLLAAWEVGSGQ
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 MVIIGPRGPGSQRLLLSLLLLAAWEVGSGQ
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 LHYSVYEEAKHGTFVGRIAQDLGLELAELVPRLFRVASKRHGDLLEVNLQNGILFVNSRI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 LHYSVYEEAKHGTFVGRIAQDLGLELAELVPRLFRVASKRHGDLLEVNLQNGILFVNSRI
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 DREKLCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVDVEVKDINDNPPVFREREQKVPVSESAPLDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 DREKLCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVDVEVKDINDNPPVFREREQKVPVSESAPLDS
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 HFPLEGASDADIGVNSLLTYALSLNENFELKIKTKKDKSILPELVLRKLLDREQTPKLNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 HFPLEGASDADIGVNSLLTYALSLNENFELKIKTKKDKSILPELVLRKLLDREQTPKLNL
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 LLMVIDGGKPELTGSVQIQITVLDVNDNGPAFDKPSYKVVLSENVQNDTRVIQLNASDPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 LLMVIDGGKPELTGSVQIQITVLDVNDNGPAFDKPSYKVVLSENVQNDTRVIQLNASDPD
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 EGLNGEISYGIKMILPVSEKCMFSINPDTGEIRIYGELDFEENNAYEIQVNAIDKGIPSM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 EGLNGEISYGIKMILPVSEKCMFSINPDTGEIRIYGELDFEENNAYEIQVNAIDKGIPSM
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 AGHSMVLVEVLDVNDNVPEVMVTSLSLPVQEDAQVGTVIALISVSDRDSGANGQVICSLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 AGHSMVLVEVLDVNDNVPEVMVTSLSLPVQEDAQVGTVIALISVSDRDSGANGQVICSLT
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 PHVPFKLVSTYKNYYSLVLDSALDRESVSAYELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVND
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PHVPFKLVSTYKNYYSLVLDSALDRESVSAYELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVND
400 410 420 430 440 450
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 NAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAWDADAQKNALVSYSLVERRVGEHALSSYVSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 NAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAWDADAQKNALVSYSLVERRVGEHALSSYVSV
460 470 480 490 500 510
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 HAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDAGVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLATPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 HAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDAGVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLATPA
520 530 540 550 560 570
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 GSAGGAVSELVPRSVGAGHVVAKVRAVDADSGYNAWLSYELQPAAVGAHIPFHVGLYTGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 GSAGGAVSELVPRSVGAGHVVAKVRAVDADSGYNAWLSYELQPAAVGAHIPFHVGLYTGE
580 590 600 610 620 630
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 ISTTRILDEADAPRHRLLVLVKDHGEPALTSTATVLVSLVENGQAPKTSSRASVGAVDPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 ISTTRILDEADAPRHRLLVLVKDHGEPALTSTATVLVSLVENGQAPKTSSRASVGAVDPE
640 650 660 670 680 690
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 AALVDINVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTALRCSAPPTVSRCAPGKPTLVCSSAVGSWSY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 AALVDINVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTALRCSAPPTVSRCAPGKPTLVCSSAVGSWSY
700 710 720 730 740 750
790 800 810 820 830 840
pF1KB4 SQQRRQRVCSAESPPKTDLMAFSPSLQLSREDCLNPPSEPRQPNPDWRYSASLRAGMHSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SQQRRQRVCSAESPPKTDLMAFSPSLQLSREDCLNPPSEPRQPNPDWRYSASLRAGMHSS
760 770 780 790 800 810
850 860 870 880 890 900
pF1KB4 VHLEEAGILRAGPGGPDQQWPTVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 VHLEEAGILRAGPGGPDQQWPTVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQS
820 830 840 850 860 870
910 920 930 940 950 960
pF1KB4 GPGELPDKFIIPGSPAIISIRQEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 GPGELPDKFIIPGSPAIISIRQEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKE
880 890 900 910 920 930
970
pF1KB4 KGNSTTDNSDQ
:::::::::::
NP_061 KGNSTTDNSDQ
940
>>NP_114070 (OMIM: 606318) protocadherin alpha-12 isofor (792 aa)
initn: 5101 init1: 5101 opt: 5101 Z-score: 4296.7 bits: 806.2 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5101; 100.0% identity (100.0% similar) in 789 aa overlap (33-821:1-789)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 LQKRVTAHKIPQASDPLKLIVPTQRPSFSAMVIIGPRGPGSQRLLLSLLLLAAWEVGSGQ
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 MVIIGPRGPGSQRLLLSLLLLAAWEVGSGQ
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 LHYSVYEEAKHGTFVGRIAQDLGLELAELVPRLFRVASKRHGDLLEVNLQNGILFVNSRI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 LHYSVYEEAKHGTFVGRIAQDLGLELAELVPRLFRVASKRHGDLLEVNLQNGILFVNSRI
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 DREKLCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVDVEVKDINDNPPVFREREQKVPVSESAPLDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 DREKLCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVDVEVKDINDNPPVFREREQKVPVSESAPLDS
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 HFPLEGASDADIGVNSLLTYALSLNENFELKIKTKKDKSILPELVLRKLLDREQTPKLNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 HFPLEGASDADIGVNSLLTYALSLNENFELKIKTKKDKSILPELVLRKLLDREQTPKLNL
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 LLMVIDGGKPELTGSVQIQITVLDVNDNGPAFDKPSYKVVLSENVQNDTRVIQLNASDPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 LLMVIDGGKPELTGSVQIQITVLDVNDNGPAFDKPSYKVVLSENVQNDTRVIQLNASDPD
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 EGLNGEISYGIKMILPVSEKCMFSINPDTGEIRIYGELDFEENNAYEIQVNAIDKGIPSM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 EGLNGEISYGIKMILPVSEKCMFSINPDTGEIRIYGELDFEENNAYEIQVNAIDKGIPSM
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 AGHSMVLVEVLDVNDNVPEVMVTSLSLPVQEDAQVGTVIALISVSDRDSGANGQVICSLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 AGHSMVLVEVLDVNDNVPEVMVTSLSLPVQEDAQVGTVIALISVSDRDSGANGQVICSLT
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 PHVPFKLVSTYKNYYSLVLDSALDRESVSAYELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVND
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 PHVPFKLVSTYKNYYSLVLDSALDRESVSAYELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVND
400 410 420 430 440 450
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 NAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAWDADAQKNALVSYSLVERRVGEHALSSYVSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 NAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAWDADAQKNALVSYSLVERRVGEHALSSYVSV
460 470 480 490 500 510
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 HAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDAGVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLATPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 HAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDAGVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLATPA
520 530 540 550 560 570
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 GSAGGAVSELVPRSVGAGHVVAKVRAVDADSGYNAWLSYELQPAAVGAHIPFHVGLYTGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 GSAGGAVSELVPRSVGAGHVVAKVRAVDADSGYNAWLSYELQPAAVGAHIPFHVGLYTGE
580 590 600 610 620 630
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 ISTTRILDEADAPRHRLLVLVKDHGEPALTSTATVLVSLVENGQAPKTSSRASVGAVDPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 ISTTRILDEADAPRHRLLVLVKDHGEPALTSTATVLVSLVENGQAPKTSSRASVGAVDPE
640 650 660 670 680 690
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 AALVDINVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTALRCSAPPTVSRCAPGKPTLVCSSAVGSWSY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 AALVDINVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTALRCSAPPTVSRCAPGKPTLVCSSAVGSWSY
700 710 720 730 740 750
790 800 810 820 830 840
pF1KB4 SQQRRQRVCSAESPPKTDLMAFSPSLQLSREDCLNPPSEPRQPNPDWRYSASLRAGMHSS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 SQQRRQRVCSAESPPKTDLMAFSPSLQLSREDCLNPPSEVSY
760 770 780 790
850 860 870 880 890 900
pF1KB4 VHLEEAGILRAGPGGPDQQWPTVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQS
>>NP_061724 (OMIM: 606316) protocadherin alpha-10 isofor (948 aa)
initn: 4528 init1: 3496 opt: 4989 Z-score: 4201.3 bits: 788.8 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4989; 82.9% identity (91.2% similar) in 941 aa overlap (42-973:9-948)
20 30 40 50 60 70
pF1KB4 IPQASDPLKLIVPTQRPSFSAMVIIGPRGPGSQRLLLSLLLLAAWEVGSGQLHYSVYEEA
: : ::::::::::::::::::::::::::
NP_061 MVSRCSCLGVQCLLLSLLLLAAWEVGSGQLHYSVYEEA
10 20 30
80 90 100 110 120 130
pF1KB4 KHGTFVGRIAQDLGLELAELVPRLFRVASKRHGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREKLCGRS
.:::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::
NP_061 RHGTFVGRIAQDLGLELAELVQRLFRVASKRHGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRS
40 50 60 70 80 90
140 150 160 170 180 190
pF1KB4 AECSIHLEVIVDRPLQVFHVDVEVKDINDNPPVFREREQKVPVSESAPLDSHFPLEGASD
.::::::::::::::::::::::::::::::: : :::. . :: :::.::::::::
NP_061 VECSIHLEVIVDRPLQVFHVDVEVKDINDNPPRFSVTEQKLSIPESRLLDSRFPLEGASD
100 110 120 130 140 150
200 210 220 230 240 250
pF1KB4 ADIGVNSLLTYALSLNENFELKIKTKKDKSILPELVLRKLLDREQTPKLNLLLMVIDGGK
::.: :.:::: :: :: : : : .::::. .: ::::::::::..:.:.::: . ::::
NP_061 ADVGENALLTYKLSPNEYFVLDIINKKDKDKFPVLVLRKLLDREENPQLKLLLTATDGGK
160 170 180 190 200 210
260 270 280 290 300 310
pF1KB4 PELTGSVQIQITVLDVNDNGPAFDKPSYKVVLSENVQNDTRVIQLNASDPDEGLNGEISY
::.::::.. : :::.:::.: ::.: :.: . :: :.: ::.::::: :::.: :. :
NP_061 PEFTGSVSLLILVLDANDNAPIFDRPVYEVKMYENQVNQTLVIRLNASDSDEGINKEMMY
220 230 240 250 260 270
320 330 340 350 360 370
pF1KB4 GIKMILPVSEKCMFSINPDTGEIRIYGELDFEENNAYEIQVNAIDKGIPSMAGHSMVLVE
... ..: . . : :: ::::.. .:::..:.:::.:.. ::: : :.:: ::::
NP_061 SFSSLVPPTIRRKFWINERTGEIKVNDAIDFEDSNTYEIHVDVTDKGNPPMVGHCTVLVE
280 290 300 310 320 330
380 390 400 410 420 430
pF1KB4 VLDVNDNVPEVMVTSLSLPVQEDAQVGTVIALISVSDRDSGANGQVICSLTPHVPFKLVS
.:: ::: :::.::::::::.::::::::::::::::.:::::::: :::::::::::::
NP_061 LLDENDNSPEVIVTSLSLPVKEDAQVGTVIALISVSDHDSGANGQVTCSLTPHVPFKLVS
340 350 360 370 380 390
440 450 460 470 480 490
pF1KB4 TYKNYYSLVLDSALDRESVSAYELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQPE
::::::::::::::::: :::::::::::::::: ::::: ::::::::::::::::: :
NP_061 TYKNYYSLVLDSALDRERVSAYELVVTARDGGSPPLWATASVSVEVADVNDNAPAFAQSE
400 410 420 430 440 450
500 510 520 530 540 550
pF1KB4 YTVFVKENNPPGCHIFTVSAWDADAQKNALVSYSLVERRVGEHALSSYVSVHAESGKVYA
::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::.::..::::::::::::::::
NP_061 YTVFVKENNPPGCHIFTVSAWDADAQENALVSYSLVERRLGERSLSSYVSVHAESGKVYA
460 470 480 490 500 510
560 570 580 590 600 610
pF1KB4 LQPLDHEELELLQFQVSARDAGVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLATPAGSAGGAVSE
::::::::::::::::::::.::::::::.::::::::::::::::::.:::::::::::
NP_061 LQPLDHEELELLQFQVSARDGGVPPLGSNLTLQVFVLDENDNAPALLASPAGSAGGAVSE
520 530 540 550 560 570
620 630 640 650 660 670
pF1KB4 LVPRSVGAGHVVAKVRAVDADSGYNAWLSYELQPAAVGAHIPFHVGLYTGEISTTRILDE
:: ::: :::::::::::::::::::::::::: :::::.:::.:::::::::::: :::
NP_061 LVLRSVVAGHVVAKVRAVDADSGYNAWLSYELQSAAVGARIPFRVGLYTGEISTTRALDE
580 590 600 610 620 630
680 690 700 710 720 730
pF1KB4 ADAPRHRLLVLVKDHGEPALTSTATVLVSLVENGQAPKTSSRASVGAVDPEAALVDINVY
.:.::.::::::::::::.::.::::::::::..::::.::::::: : ::.::::.:::
NP_061 TDSPRQRLLVLVKDHGEPSLTATATVLVSLVEGSQAPKASSRASVG-VAPEVALVDVNVY
640 650 660 670 680 690
740 750 760 770 780 790
pF1KB4 LIIAICAVSSLLVLTLLLYTALRCSAPPTVSRCAPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQRVC
:::::::::::::::::::::::::: :: . :.: ::::::::::::::::::::::::
NP_061 LIIAICAVSSLLVLTLLLYTALRCSAAPTEGACGPVKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQRVC
700 710 720 730 740 750
800 810 820 830 840
pF1KB4 SAESPPKTDLMAFSPSL------QLSREDCL---NPPSEPRQPNPDWRYSASLRAGMHSS
:.:. ::.::::::::: ... :: . .:::::::::::::::::::::
NP_061 SGEGLPKADLMAFSPSLPPCPMVDVDGEDQSIGGDHSRKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSS
760 770 780 790 800 810
850 860 870 880 890 900
pF1KB4 VHLEEAGILRAGPGGPDQQWPTVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 VHLEEAGILRAGPGGPDQQWPTVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQS
820 830 840 850 860 870
910 920 930 940 950 960
pF1KB4 GPGELPDKFIIPGSPAIISIRQEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 GPGELPDKFIIPGSPAIISIRQEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKE
880 890 900 910 920 930
970
pF1KB4 KGNSTTDNSDQ
:::::::::::
NP_061 KGNSTTDNSDQ
940
>>NP_061730 (OMIM: 606310) protocadherin alpha-4 isoform (947 aa)
initn: 4923 init1: 3890 opt: 4925 Z-score: 4147.5 bits: 778.8 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4925; 82.1% identity (90.2% similar) in 941 aa overlap (40-973:8-947)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 HKIPQASDPLKLIVPTQRPSFSAMVIIGPRGPGSQRLLLSLLLLAAWEVGSGQLHYSVYE
: :.:::: ::::::::.:.::::::: :
NP_061 MEFSWGSGQESRRLLLLLLLLAAWEAGNGQLHYSVSE
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 EAKHGTFVGRIAQDLGLELAELVPRLFRVASKRHGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREKLCG
:::::::::::::::::::::::::::::::: .: ::::::::::::::::::::.::
NP_061 EAKHGTFVGRIAQDLGLELAELVPRLFRVASKGRGGLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCR
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 RSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVDVEVKDINDNPPVFREREQKVPVSESAPLDSHFPLEGA
::::::::::::::::::::::::::.::::::::: .... ..:: ::::.::::::
NP_061 RSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVDVEVRDINDNPPVFPATQKNLSIAESRPLDSRFPLEGA
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 SDADIGVNSLLTYALSLNENFELKIKTKKDKSILPE-LVLRKLLDREQTPKLNLLLMVID
:::::: :.:::: :: :: : :. : :. . :.::: ::::..:.. :.: . :
NP_061 SDADIGENALLTYRLSPNEYFSLE-KPPDDELVKGLGLILRKSLDREEAPEIFLVLTATD
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 GGKPELTGSVQIQITVLDVNDNGPAFDKPSYKVVLSENVQNDTRVIQLNASDPDEGLNGE
::::::::.::. :::::.:::.::::. ::: : ::: : : ::.::::: ::::::.
NP_061 GGKPELTGTVQLLITVLDANDNAPAFDRTIYKVRLLENVPNGTLVIKLNASDLDEGLNGD
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 ISYGIKMILPVSEKCMFSINPDTGEIRIYGELDFEENNAYEIQVNAIDKGIPSMAGHSMV
: :... . . : : :.: ::.: . : .::::...::: :..:::: ..:: :
NP_061 IVYSFSNDISPNVKSKFHIDPITGQIIVKGYIDFEESKSYEIIVEGIDKGQLPLSGHCRV
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 LVEVLDVNDNVPEVMVTSLSLPVQEDAQVGTVIALISVSDRDSGANGQVICSLTPHVPFK
.::: : :::::.. :::::..::: .:::::::::::.: :.:: : :::: :::::
NP_061 IVEVEDNNDNVPDLEFKSLSLPIREDAPLGTVIALISVSDKDMGVNGLVTCSLTSHVPFK
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 LVSTYKNYYSLVLDSALDRESVSAYELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFA
::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::
NP_061 LVSTFKNYYSLVLDSALDRESVSAYELVVTARDGGSPSLWATASVSVEVADVNDNAPAFA
400 410 420 430 440 450
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 QPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAWDADAQKNALVSYSLVERRVGEHALSSYVSVHAESGK
:::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::.::::::::::::::
NP_061 QPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAWDADAQENALVSYSLVERRVGERALSSYVSVHAESGK
460 470 480 490 500 510
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 VYALQPLDHEELELLQFQVSARDAGVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLATPAGSAGGA
:::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::: ::..:::
NP_061 VYALQPLDHEELELLQFQVTARDAGVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLAPRAGGTGGA
520 530 540 550 560 570
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 VSELVPRSVGAGHVVAKVRAVDADSGYNAWLSYELQPAAVGAHIPFHVGLYTGEISTTRI
:::::: :::.::::::::::::::::::::::::::.. ::.:::.::::::::::::
NP_061 VSELVPWSVGVGHVVAKVRAVDADSGYNAWLSYELQPGTGGARIPFRVGLYTGEISTTRA
580 590 600 610 620 630
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 LDEADAPRHRLLVLVKDHGEPALTSTATVLVSLVENGQAPKTSSRASVGAVDPEAALVDI
:::.::::::::::::::::::::.::::::::::.:::::.:::: :::: :.:::::.
NP_061 LDETDAPRHRLLVLVKDHGEPALTATATVLVSLVESGQAPKASSRALVGAVGPDAALVDV
640 650 660 670 680 690
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 NVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTALRCSAPPTVSRCAPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQ
::::::::::::::::::::::::::::: :: . ::::::::::::::::::::::::
NP_061 NVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTALRCSALPTEGACAPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRP
700 710 720 730 740 750
790 800 810 820 830 840
pF1KB4 RVCSAESPPKTDLMAFSPSLQLSR--EDCLNPPSE----PRQPNPDWRYSASLRAGMHSS
::::.:.::::::::::::: :: :: :. : :::::::::::::::::::::
NP_061 RVCSGEGPPKTDLMAFSPSLPDSRDREDQLQTTEESFAKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSS
760 770 780 790 800 810
850 860 870 880 890 900
pF1KB4 VHLEEAGILRAGPGGPDQQWPTVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 VHLEEAGILRAGPGGPDQQWPTVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQS
820 830 840 850 860 870
910 920 930 940 950 960
pF1KB4 GPGELPDKFIIPGSPAIISIRQEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 GPGELPDKFIIPGSPAIISIRQEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKE
880 890 900 910 920 930
970
pF1KB4 KGNSTTDNSDQ
:::::::::::
NP_061 KGNSTTDNSDQ
940
>>NP_061728 (OMIM: 606308) protocadherin alpha-2 isoform (948 aa)
initn: 4915 init1: 3883 opt: 4903 Z-score: 4129.0 bits: 775.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4903; 81.3% identity (90.3% similar) in 942 aa overlap (39-973:7-948)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 AHKIPQASDPLKLIVPTQRPSFSAMVIIGPRGPGSQRLLLSLLLLAAWEVGSGQLHYSVY
:: :. :::::::::::::::::.:::
NP_061 MASSIRRGRGAWTRLLSLLLLAAWEVGSGQLRYSVP
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 EEAKHGTFVGRIAQDLGLELAELVPRLFRVASKRHGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREKLC
:::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::
NP_061 EEAKHGTFVGRIAQDLGLELEELVPRLFRVASKRHGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELC
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 GRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVDVEVKDINDNPPVFREREQKVPVSESAPLDSHFPLEG
:::::::::.:::::::::::::.:::::::::::.: . . :: :::.:::::
NP_061 GRSAECSIHVEVIVDRPLQVFHVEVEVKDINDNPPIFPMTVKTIRFPESRLLDSRFPLEG
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 ASDADIGVNSLLTYALSLNENFELKIKTKKDKSILPELVLRKLLDREQTPKLNLLLMVID
:::::::::.::.: :: .: : : :... . : ::: : ::::.: ..::::.. :
NP_061 ASDADIGVNALLSYKLSSSEFFFLDIQANDELSESLSLVLGKSLDREETAEVNLLLVATD
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 GGKPELTGSVQIQITVLDVNDNGPAFDKPSYKVVLSENVQNDTRVIQLNASDPDEGLNGE
::::::::.::: : ::::::: :.: . ::: : ::. : : :..::::: ::: :.:
NP_061 GGKPELTGTVQILIKVLDVNDNEPTFAQSVYKVKLLENTANGTLVVKLNASDADEGPNSE
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 ISYGIKMILPVSEKCMFSINPDTGEIRIYGELDFEENNAYEIQVNAIDKGIPSMAGHSMV
: :.. . . . :.:.: .:::: :.::.:: ..:::::.: ::: :::.:: .
NP_061 IVYSLGSDVSSTIQTKFTIDPISGEIRTKGKLDYEEAKSYEIQVTATDKGTPSMSGHCKI
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 LVEVLDVNDNVPEVMVTSLSLPVQEDAQVGTVIALISVSDRDSGANGQVICSLTPHVPFK
....:.:::.::: .::::::..:.:..:::::::.:::::::.::.: ::::::::::
NP_061 SLKLVDINDNTPEVSITSLSLPISENASLGTVIALITVSDRDSGTNGHVTCSLTPHVPFK
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 LVSTYKNYYSLVLDSALDRESVSAYELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFA
::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::. ::.:::::::::::::
NP_061 LVSTFKNYYSLVLDSALDRESVSAYELVVTARDGGSPSLWATTSVSIEVADVNDNAPAFA
400 410 420 430 440 450
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 QPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAWDADAQKNALVSYSLVERRVGEHALSSYVSVHAESGK
:::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::.::::::::::::::
NP_061 QPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAWDADAQENALVSYSLVERRVGERALSSYVSVHAESGK
460 470 480 490 500 510
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 VYALQPLDHEELELLQFQVSARDAGVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLATPAGSAGGA
:::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::.:.::
NP_061 VYALQPLDHEEVELLQFQVSARDAGVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLAPRAGTAAGA
520 530 540 550 560 570
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 VSELVPRSVGAGHVVAKVRAVDADSGYNAWLSYELQPAAVGAHIPFHVGLYTGEISTTRI
:::::: ::::::::::::::::::::::::::::: .. .:.:::.::::::::::::
NP_061 VSELVPWSVGAGHVVAKVRAVDADSGYNAWLSYELQLGTGSARIPFRVGLYTGEISTTRA
580 590 600 610 620 630
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 LDEADAPRHRLLVLVKDHGEPALTSTATVLVSLVENGQAPKTSSRASVGAVDPEAALVDI
:::::.::::::::::::::::::.::::::::::.:::::.:::: :::. ::.:::.
NP_061 LDEADSPRHRLLVLVKDHGEPALTATATVLVSLVESGQAPKASSRAWVGAAGSEATLVDV
640 650 660 670 680 690
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 NVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTALRCSAPPTVSRCAPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQ
::::::::::::::::::.:::::::::.::: . ::::::::::::::::::::::::
NP_061 NVYLIIAICAVSSLLVLTVLLYTALRCSVPPTEGARAPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQ
700 710 720 730 740 750
790 800 810 820 830 840
pF1KB4 RVCSAESPPKTDLMAFSPSLQL---SREDCLNPPSE----PRQPNPDWRYSASLRAGMHS
::::.:.:::::::::::::. : :. :: ::::::::::::::::::::
NP_061 RVCSGEDPPKTDLMAFSPSLSQGPDSAEEKQLSESEYVGKPRQPNPDWRYSASLRAGMHS
760 770 780 790 800 810
850 860 870 880 890 900
pF1KB4 SVHLEEAGILRAGPGGPDQQWPTVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SVHLEEAGILRAGPGGPDQQWPTVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQ
820 830 840 850 860 870
910 920 930 940 950 960
pF1KB4 SGPGELPDKFIIPGSPAIISIRQEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SGPGELPDKFIIPGSPAIISIRQEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKK
880 890 900 910 920 930
970
pF1KB4 EKGNSTTDNSDQ
::::::::::::
NP_061 EKGNSTTDNSDQ
940
>>NP_061733 (OMIM: 606313) protocadherin alpha-7 isoform (937 aa)
initn: 3862 init1: 3862 opt: 4884 Z-score: 4113.1 bits: 772.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4884; 80.7% identity (90.6% similar) in 942 aa overlap (35-973:1-937)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 KRVTAHKIPQASDPLKLIVPTQRPSFSAMVIIGPRG--PGSQRLLLSLLLLAAWEVGSGQ
.. : : ::...::: ...:::::.: ::
NP_061 MVCPNGYDPGGRHLLLFIIILAAWEAGRGQ
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 LHYSVYEEAKHGTFVGRIAQDLGLELAELVPRLFRVASKRHGDLLEVNLQNGILFVNSRI
::::: ::::::.::::::::::::::::::::::.. : .:::::::::::::::::::
NP_061 LHYSVPEEAKHGNFVGRIAQDLGLELAELVPRLFRAVCKFRGDLLEVNLQNGILFVNSRI
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 DREKLCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVDVEVKDINDNPPVFREREQKVPVSESAPLDS
:::.::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::: .... ..:: ::::
NP_061 DREELCGRSAECSIHLEVIVERPLQVFHVDVEVKDINDNPPVFPATQRNLFIAESRPLDS
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 HFPLEGASDADIGVNSLLTYALSLNENFELKIKTKKDKSILPE-LVLRKLLDREQTPKLN
.:::::::::::: :.:::: :: :: : : . :. .... : ::::::::::.::.:.
NP_061 RFPLEGASDADIGENALLTYRLSPNEYFFLDVPTS-NQQVKPLGLVLRKLLDREETPELH
160 170 180 190 200
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 LLLMVIDGGKPELTGSVQIQITVLDVNDNGPAFDKPSYKVVLSENVQNDTRVIQLNASDP
::: . :::::::::.::. ::::: :::.:.::. : : : :::. : ::. ::::
NP_061 LLLTATDGGKPELTGTVQLLITVLDNNDNAPVFDRTLYTVKLPENVSIGTLVIHPNASDL
210 220 230 240 250 260
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 DEGLNGEISYGIKMILPVSEKCMFSINPDTGEIRIYGELDFEENNAYEIQVNAIDKGIPS
::::::.: :... . . : : ..: .: : . :..::::. :..: :.:.:::.:
NP_061 DEGLNGDIIYSFSSDVSPDIKSKFHMDPLSGAITVIGHMDFEESRAHKIPVEAVDKGFPP
270 280 290 300 310 320
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 MAGHSMVLVEVLDVNDNVPEVMVTSLSLPVQEDAQVGTVIALISVSDRDSGANGQVICSL
.::: :::::.:::::.:.. .::::::. :::: ::::.:::: ::: :.:::: :::
NP_061 LAGHCTVLVEVVDVNDNAPQLTLTSLSLPIPEDAQPGTVITLISVFDRDFGVNGQVTCSL
330 340 350 360 370 380
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 TPHVPFKLVSTYKNYYSLVLDSALDRESVSAYELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVN
::.::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::
NP_061 TPRVPFKLVSTFKNYYSLVLDSALDRESVSAYELVVTARDGGSPSLWATASVSVEVADVN
390 400 410 420 430 440
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 DNAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAWDADAQKNALVSYSLVERRVGEHALSSYVS
:::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::: ::::.:::::::
NP_061 DNAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAGDADAQKNALVSYSLVELRVGERALSSYVS
450 460 470 480 490 500
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 VHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDAGVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLATP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 VHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDAGVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLAPR
510 520 530 540 550 560
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 AGSAGGAVSELVPRSVGAGHVVAKVRAVDADSGYNAWLSYELQPAAVGAHIPFHVGLYTG
.:..:::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.:: :::.::::::
NP_061 VGGTGGAVRELVPRSVGAGHVVAKVRAVDADSGYNAWLSYELQPVAAGASIPFRVGLYTG
570 580 590 600 610 620
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 EISTTRILDEADAPRHRLLVLVKDHGEPALTSTATVLVSLVENGQAPKTSSRASVGAVDP
:::::: :::.:::::::::::::::::.::.::::::::::.:::::.:::::.: . :
NP_061 EISTTRALDETDAPRHRLLVLVKDHGEPSLTATATVLVSLVESGQAPKASSRASLGIAGP
630 640 650 660 670 680
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 EAALVDINVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTALRCSAPPTVSRCAPGKPTLVCSSAVGSWS
:. :::.:::::::::::::::::::::::::::::: . . :. ::::::::::::::
NP_061 ETELVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTALRCSAPSSEGACSLVKPTLVCSSAVGSWS
690 700 710 720 730 740
790 800 810 820 830 840
pF1KB4 YSQQRRQRVCSAESPPKTDLMAFSPSLQLSREDCLNPPSEPRQPNPDWRYSASLRAGMHS
.::::::::::.:.::::::::::::: . . : ::::::::::::::::::::
NP_061 FSQQRRQRVCSGEGPPKTDLMAFSPSLPQGPSSTDN----PRQPNPDWRYSASLRAGMHS
750 760 770 780 790 800
850 860 870 880 890 900
pF1KB4 SVHLEEAGILRAGPGGPDQQWPTVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SVHLEEAGILRAGPGGPDQQWPTVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQ
810 820 830 840 850 860
910 920 930 940 950 960
pF1KB4 SGPGELPDKFIIPGSPAIISIRQEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SGPGELPDKFIIPGSPAIISIRQEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKK
870 880 890 900 910 920
970
pF1KB4 EKGNSTTDNSDQ
::::::::::::
NP_061 EKGNSTTDNSDQ
930
>>NP_061731 (OMIM: 606311) protocadherin alpha-5 isoform (936 aa)
initn: 3819 init1: 3819 opt: 4836 Z-score: 4072.8 bits: 765.0 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4836; 79.9% identity (90.3% similar) in 940 aa overlap (34-973:1-936)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 QKRVTAHKIPQASDPLKLIVPTQRPSFSAMVIIGPRGPGSQRLLLSLLLLAAWEVGSGQL
.. . :: ..:::: :::: :..:::::
NP_061 MVYSRRGSLGSRLLLLWLLLAYWKAGSGQL
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 HYSVYEEAKHGTFVGRIAQDLGLELAELVPRLFRVASKRHGDLLEVNLQNGILFVNSRID
:::. ::::::::::::::::::::::::::::::::: .::::::::::::::::::::
NP_061 HYSIPEEAKHGTFVGRIAQDLGLELAELVPRLFRVASKGRGDLLEVNLQNGILFVNSRID
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 REKLCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVDVEVKDINDNPPVFREREQKVPVSESAPLDSH
::.:: : ::::::::::::::::::::.: ::::::::: : ..::.. . :: ::.
NP_061 REELCRRRAECSIHLEVIVDRPLQVFHVEVAVKDINDNPPRFSRQEQRLFILESRMPDSR
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 FPLEGASDADIGVNSLLTYALSLNENFELKIKTKKDKSILPELVLRKLLDREQTPKLNLL
:::::::: :::.:. : : :. :: :.: .::..... . :::::: ::::.: . ::
NP_061 FPLEGASDLDIGANAQLRYRLNPNEYFDLDVKTNEEETNFLELVLRKSLDREETQEHRLL
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 LMVIDGGKPELTGSVQIQITVLDVNDNGPAFDKPSYKVVLSENVQNDTRVIQLNASDPDE
... :::::::::.::. :.:::.:::.: ::: :.: : ::. . : ::.::::: ::
NP_061 VIATDGGKPELTGTVQLLINVLDANDNAPEFDKSIYNVRLLENAPSGTLVIKLNASDADE
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 GLNGEISYGIKMILPVSEKCMFSINPDTGEIRIYGELDFEENNAYEIQVNAIDKGIPSMA
:.: :: : .. .. . : : :: .::::.. ::::.:. :.:::...:.::. ..
NP_061 GINKEIVYFFSNLVLDDVKSKFIINSNTGEIKVNGELDYEDYNSYEINIDAMDKSTFPLS
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 GHSMVLVEVLDVNDNVPEVMVTSLSLPVQEDAQVGTVIALISVSDRDSGANGQVICSLTP
:: :.:..::::::.::. .:.: :::.::: ..::::::::::::::::::: ::: :
NP_061 GHCKVVVKLLDVNDNTPEMAITTLFLPVKEDAPLSTVIALISVSDRDSGANGQVTCSLMP
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 HVPFKLVSTYKNYYSLVLDSALDRESVSAYELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDN
:::::::::.::::::::::::::::::.::::::::::::::::::: :::::::::::
NP_061 HVPFKLVSTFKNYYSLVLDSALDRESVSVYELVVTARDGGSPSLWATASVSVEVADVNDN
400 410 420 430 440 450
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 APAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAWDADAQKNALVSYSLVERRVGEHALSSYVSVH
:::::::.:::::::::::::::::::: :::::.:::::::::::::::. ::::::::
NP_061 APAFAQPQYTVFVKENNPPGCHIFTVSARDADAQENALVSYSLVERRVGERPLSSYVSVH
460 470 480 490 500 510
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 AESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDAGVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLATPAG
::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::. .:
NP_061 AESGKVYALQPLDHEEVELLQFQVSARDAGVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLVPRVG
520 530 540 550 560 570
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 SAGGAVSELVPRSVGAGHVVAKVRAVDADSGYNAWLSYELQPAAVGAHIPFHVGLYTGEI
..::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::: .:.:::.::::::::
NP_061 GTGGAVSELVPRSVGAGHVVAKVRAVDPDSGYNAWLSYELQPAPGSARIPFRVGLYTGEI
580 590 600 610 620 630
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 STTRILDEADAPRHRLLVLVKDHGEPALTSTATVLVSLVENGQAPKTSSRASVGAVDPEA
:::: :::..:::::::::::::::: ::.::::::::::.:::::.:::::.::: :::
NP_061 STTRSLDETEAPRHRLLVLVKDHGEPPLTATATVLVSLVESGQAPKASSRASAGAVGPEA
640 650 660 670 680 690
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 ALVDINVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTALRCSAPPTVSRCAPGKPTLVCSSAVGSWSYS
::::.::::::::::::::::::::::::::::: :: . :. :::::.:::::::::::
NP_061 ALVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTALRCSAQPTEAVCTRGKPTLLCSSAVGSWSYS
700 710 720 730 740 750
790 800 810 820 830 840
pF1KB4 QQRRQRVCSAESPPKTDLMAFSPSLQLSREDCLNPPSEPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSV
:::::::::.:.::::::::::::: . . : ::::::::::::::::::::::
NP_061 QQRRQRVCSGEAPPKTDLMAFSPSLPQGPTSTDN----PRQPNPDWRYSASLRAGMHSSV
760 770 780 790 800
850 860 870 880 890 900
pF1KB4 HLEEAGILRAGPGGPDQQWPTVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 HLEEAGILRAGPGGPDQQWPTVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSG
810 820 830 840 850 860
910 920 930 940 950 960
pF1KB4 PGELPDKFIIPGSPAIISIRQEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PGELPDKFIIPGSPAIISIRQEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEK
870 880 890 900 910 920
970
pF1KB4 GNSTTDNSDQ
::::::::::
NP_061 GNSTTDNSDQ
930
>>NP_114065 (OMIM: 606316) protocadherin alpha-10 isofor (844 aa)
initn: 3496 init1: 3496 opt: 3977 Z-score: 3351.1 bits: 631.3 E(85289): 6.5e-180
Smith-Waterman score: 3977; 81.6% identity (91.1% similar) in 767 aa overlap (42-808:9-774)
20 30 40 50 60 70
pF1KB4 IPQASDPLKLIVPTQRPSFSAMVIIGPRGPGSQRLLLSLLLLAAWEVGSGQLHYSVYEEA
: : ::::::::::::::::::::::::::
NP_114 MVSRCSCLGVQCLLLSLLLLAAWEVGSGQLHYSVYEEA
10 20 30
80 90 100 110 120 130
pF1KB4 KHGTFVGRIAQDLGLELAELVPRLFRVASKRHGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREKLCGRS
.:::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::
NP_114 RHGTFVGRIAQDLGLELAELVQRLFRVASKRHGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRS
40 50 60 70 80 90
140 150 160 170 180 190
pF1KB4 AECSIHLEVIVDRPLQVFHVDVEVKDINDNPPVFREREQKVPVSESAPLDSHFPLEGASD
.::::::::::::::::::::::::::::::: : :::. . :: :::.::::::::
NP_114 VECSIHLEVIVDRPLQVFHVDVEVKDINDNPPRFSVTEQKLSIPESRLLDSRFPLEGASD
100 110 120 130 140 150
200 210 220 230 240 250
pF1KB4 ADIGVNSLLTYALSLNENFELKIKTKKDKSILPELVLRKLLDREQTPKLNLLLMVIDGGK
::.: :.:::: :: :: : : : .::::. .: ::::::::::..:.:.::: . ::::
NP_114 ADVGENALLTYKLSPNEYFVLDIINKKDKDKFPVLVLRKLLDREENPQLKLLLTATDGGK
160 170 180 190 200 210
260 270 280 290 300 310
pF1KB4 PELTGSVQIQITVLDVNDNGPAFDKPSYKVVLSENVQNDTRVIQLNASDPDEGLNGEISY
::.::::.. : :::.:::.: ::.: :.: . :: :.: ::.::::: :::.: :. :
NP_114 PEFTGSVSLLILVLDANDNAPIFDRPVYEVKMYENQVNQTLVIRLNASDSDEGINKEMMY
220 230 240 250 260 270
320 330 340 350 360 370
pF1KB4 GIKMILPVSEKCMFSINPDTGEIRIYGELDFEENNAYEIQVNAIDKGIPSMAGHSMVLVE
... ..: . . : :: ::::.. .:::..:.:::.:.. ::: : :.:: ::::
NP_114 SFSSLVPPTIRRKFWINERTGEIKVNDAIDFEDSNTYEIHVDVTDKGNPPMVGHCTVLVE
280 290 300 310 320 330
380 390 400 410 420 430
pF1KB4 VLDVNDNVPEVMVTSLSLPVQEDAQVGTVIALISVSDRDSGANGQVICSLTPHVPFKLVS
.:: ::: :::.::::::::.::::::::::::::::.:::::::: :::::::::::::
NP_114 LLDENDNSPEVIVTSLSLPVKEDAQVGTVIALISVSDHDSGANGQVTCSLTPHVPFKLVS
340 350 360 370 380 390
440 450 460 470 480 490
pF1KB4 TYKNYYSLVLDSALDRESVSAYELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQPE
::::::::::::::::: :::::::::::::::: ::::: ::::::::::::::::: :
NP_114 TYKNYYSLVLDSALDRERVSAYELVVTARDGGSPPLWATASVSVEVADVNDNAPAFAQSE
400 410 420 430 440 450
500 510 520 530 540 550
pF1KB4 YTVFVKENNPPGCHIFTVSAWDADAQKNALVSYSLVERRVGEHALSSYVSVHAESGKVYA
::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::.::..::::::::::::::::
NP_114 YTVFVKENNPPGCHIFTVSAWDADAQENALVSYSLVERRLGERSLSSYVSVHAESGKVYA
460 470 480 490 500 510
560 570 580 590 600 610
pF1KB4 LQPLDHEELELLQFQVSARDAGVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLATPAGSAGGAVSE
::::::::::::::::::::.::::::::.::::::::::::::::::.:::::::::::
NP_114 LQPLDHEELELLQFQVSARDGGVPPLGSNLTLQVFVLDENDNAPALLASPAGSAGGAVSE
520 530 540 550 560 570
620 630 640 650 660 670
pF1KB4 LVPRSVGAGHVVAKVRAVDADSGYNAWLSYELQPAAVGAHIPFHVGLYTGEISTTRILDE
:: ::: :::::::::::::::::::::::::: :::::.:::.:::::::::::: :::
NP_114 LVLRSVVAGHVVAKVRAVDADSGYNAWLSYELQSAAVGARIPFRVGLYTGEISTTRALDE
580 590 600 610 620 630
680 690 700 710 720 730
pF1KB4 ADAPRHRLLVLVKDHGEPALTSTATVLVSLVENGQAPKTSSRASVGAVDPEAALVDINVY
.:.::.::::::::::::.::.::::::::::..::::.::::::: : ::.::::.:::
NP_114 TDSPRQRLLVLVKDHGEPSLTATATVLVSLVEGSQAPKASSRASVG-VAPEVALVDVNVY
640 650 660 670 680 690
740 750 760 770 780 790
pF1KB4 LIIAICAVSSLLVLTLLLYTALRCSAPPTVSRCAPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQRVC
:::::::::::::::::::::::::: :: . :.: ::::::::::::::::::::::::
NP_114 LIIAICAVSSLLVLTLLLYTALRCSAAPTEGACGPVKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQRVC
700 710 720 730 740 750
800 810 820 830 840 850
pF1KB4 SAESPPKTDLMAFSPSLQLSREDCLNPPSEPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGIL
:.:. ::.:::::::::
NP_114 SGEGLPKADLMAFSPSLPPCPMVDVDGEDQSIGGDHSRKVGYYVFIFLLCFMNNIFSYRI
760 770 780 790 800 810
>>NP_061725 (OMIM: 606317) protocadherin alpha-11 isofor (949 aa)
initn: 4982 init1: 2684 opt: 3968 Z-score: 3342.7 bits: 629.9 E(85289): 1.9e-179
Smith-Waterman score: 4968; 81.9% identity (90.3% similar) in 944 aa overlap (39-973:7-949)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 AHKIPQASDPLKLIVPTQRPSFSAMVIIGPRGPGSQRLLLSLLLLAAWEVGSGQLHYSVY
:: :. :: : :::: ::::::::::::
NP_061 MFGFQRRGLGTPRLQLWLLLLEFWEVGSGQLHYSVS
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 EEAKHGTFVGRIAQDLGLELAELVPRLFRVASKRHGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREKLC
:::::::::::::::::::::::: :::::::: :::::::::::::::::::::::.::
NP_061 EEAKHGTFVGRIAQDLGLELAELVQRLFRVASKTHGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELC
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 GRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVDVEVKDINDNPPVFREREQKVPVSESAPLDSHFPLEG
:.:::::::::::::::::::::.::::::::::::: ::::. ..:: ::.:::::
NP_061 GQSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVNVEVKDINDNPPVFSLREQKLLIAESKQSDSRFPLEG
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 ASDADIGVNSLLTYALSLNENFELKIKTKKDKSILPELVLRKLLDREQTPKLNLLLMVID
:::::: :.:::: :: :: : : :. . :.:.: ::::.::.::::: . :
NP_061 ASDADIEENALLTYRLSKNEYFSLDSPTNGKQIKRLSLILKKSLDREKTPELNLLLTATD
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 GGKPELTGSVQIQITVLDVNDNGPAFDKPSYKVVLSENVQNDTRVIQLNASDPDEGLNGE
::::::::.:.. . ::::::: : ::: ::: : ::. ..: :..:::.: :::.:::
NP_061 GGKPELTGTVRLLVQVLDVNDNDPEFDKSEYKVSLMENAAKETLVLKLNATDRDEGVNGE
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 ISYGIKMILPVSEKCMFSINPDTGEIRIYGELDFEENNAYEIQVNAIDKGIPSMAGHSMV
..:.. : : . . .:... ..::.:. : ::.:::. :.:.:.: ::: : :::: :
NP_061 VTYSLMSIKP-NGRHLFTLDQNNGEVRVNGTLDYEENKFYKIEVQATDKGTPPMAGHCTV
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 LVEVLDVNDNVPEVMVTSLSLPVQEDAQVGTVIALISVSDRDSGANGQVICSLTPHVPFK
::.::.::: ::: ::::::::.:::: .::::::::::::::.:::: ::::::::::
NP_061 WVEILDTNDNSPEVAVTSLSLPVREDAQPSTVIALISVSDRDSGVNGQVTCSLTPHVPFK
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 LVSTYKNYYSLVLDSALDRESVSAYELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFA
::::.:::::::::::::::.: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 LVSTFKNYYSLVLDSALDRENVWAYELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFA
400 410 420 430 440 450
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 QPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAWDADAQKNALVSYSLVERRVGEHALSSYVSVHAESGK
::::::::::::::::::::::: :::::.::::::::::::.:..::::::::::::::
NP_061 QPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSARDADAQENALVSYSLVERRLGDRALSSYVSVHAESGK
460 470 480 490 500 510
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 VYALQPLDHEELELLQFQVSARDAGVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLATPAGSAGGA
:::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::: :::::::
NP_061 VYALQPLDHEELELLQFQVSARDAGVPPLSSNVTLQVFVLDENDNAPALLATQAGSAGGA
520 530 540 550 560 570
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 VSELVPRSVGAGHVVAKVRAVDADSGYNAWLSYELQPAAVGAHIPFHVGLYTGEISTTRI
:..:::::::::::::::::::::::::::::::::::: :..:::.::::::::::::
NP_061 VNKLVPRSVGAGHVVAKVRAVDADSGYNAWLSYELQPAAGGSRIPFRVGLYTGEISTTRA
580 590 600 610 620 630
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 LDEADAPRHRLLVLVKDHGEPALTSTATVLVSLVENGQAPKTSSRASVGAVDPEAALVDI
:::::.::::::::::::::::::.::::::::::.:::::.:::. .::..:::::::.
NP_061 LDEADSPRHRLLVLVKDHGEPALTATATVLVSLVESGQAPKASSRTLAGAASPEAALVDV
640 650 660 670 680 690
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 NVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTALRCSAPPTVSRCAPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQ
:::::::::.::::::::::::::: :: :: . ::::::::::: :::::::::::::
NP_061 NVYLIIAICVVSSLLVLTLLLYTALWWSATPTEGACAPGKPTLVCSRAVGSWSYSQQRRQ
700 710 720 730 740 750
790 800 810 820 830
pF1KB4 RVCSAESPPKTDLMAFSPSLQLS---------REDCLNPPSEPRQPNPDWRYSASLRAGM
:::: :.::::::::::::: :. .: : :..::::::::::::::::::
NP_061 RVCSEEGPPKTDLMAFSPSLPLGLNKEEEGERQEPGSNHPGQPRQPNPDWRYSASLRAGM
760 770 780 790 800 810
840 850 860 870 880 890
pF1KB4 HSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWPTVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 HSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWPTVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNP
820 830 840 850 860 870
900 910 920 930 940 950
pF1KB4 KQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIRQEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 KQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIRQEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQE
880 890 900 910 920 930
960 970
pF1KB4 KKEKGNSTTDNSDQ
::::::::::::::
NP_061 KKEKGNSTTDNSDQ
940
>>NP_061734 (OMIM: 606314) protocadherin alpha-8 isoform (950 aa)
initn: 4966 init1: 3934 opt: 3960 Z-score: 3336.0 bits: 628.7 E(85289): 4.5e-179
Smith-Waterman score: 4956; 81.5% identity (91.1% similar) in 945 aa overlap (39-973:6-950)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 AHKIPQASDPLKLIVPTQRPSFSAMVIIGPRGP-GSQRLLLSLLLLAAWEVGSGQLHYSV
:: :: :::: :::::::.::::::::::
NP_061 MDYHWRGELGSWRLLLLLLLLAAWKVGSGQLHYSV
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 YEEAKHGTFVGRIAQDLGLELAELVPRLFRVASKRHGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::.:::::::::::::::.:
NP_061 PEEAKHGTFVGRIAQDLGLELAELVPRLFRVASKRHRDLLEVSLQNGILFVNSRIDREEL
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 CGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVDVEVKDINDNPPVFREREQKVPVSESAPLDSHFPLE
::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::: ..::. :::: ::.::::
NP_061 CGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVDVEVKDVNDNPPVFRVKDQKLFVSESRMPDSRFPLE
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 GASDADIGVNSLLTYALSLNENFELKIKTKKDKSILPELVLRKLLDREQTPKLNLLLMVI
::::::.:.::.::: :: .. : : ...:.:.. : :::::: ::::..: .:.: .
NP_061 GASDADVGANSVLTYRLSSHDYFMLDVNSKNDENKLVELVLRKSLDREDAPAHHLFLTAT
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 DGGKPELTGSVQIQITVLDVNDNGPAFDKPSYKVVLSENVQNDTRVIQLNASDPDEGLNG
:::::::::.::. .::::::::.:.:.. :.: . ::..: : ::.::::::::: ::
NP_061 DGGKPELTGTVQLLVTVLDVNDNAPTFEQSEYEVRIFENADNGTTVIKLNASDPDEGANG
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 EISYGIKMILPVSEKCMFSINPDTGEIRIYGELDFEENNAYEIQVNAIDKGIPSMAGHSM
:::... .. . :::. .:::: : :.::::..: :.: ..: ::: : ::::
NP_061 AISYSFNSLVETMVIDHFSIDRNTGEIVIRGNLDFEQENLYKILIDATDKGHPPMAGHCT
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 VLVEVLDVNDNVPEVMVTSLSLPVQEDAQVGTVIALISVSDRDSGANGQVICSLTPHVPF
:::..:: ::::::. .:::::::.:::: :::::::::.: :::::::: ::: :::::
NP_061 VLVRILDKNDNVPEIALTSLSLPVREDAQFGTVIALISVNDLDSGANGQVTCSLMPHVPF
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 KLVSTYKNYYSLVLDSALDRESVSAYELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAF
:::::.::::::::::::::: :::::::::::::::::::::: .::::::::::::::
NP_061 KLVSTFKNYYSLVLDSALDRERVSAYELVVTARDGGSPSLWATASLSVEVADVNDNAPAF
400 410 420 430 440 450
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 AQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAWDADAQKNALVSYSLVERRVGEHALSSYVSVHAESG
:::::::::::::::::::::::: :::::.:::::::::::::::..::::.:::.:::
NP_061 AQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSARDADAQENALVSYSLVERRVGERSLSSYISVHTESG
460 470 480 490 500 510
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 KVYALQPLDHEELELLQFQVSARDAGVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLATPAGSAGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: .:..::
NP_061 KVYALQPLDHEELELLQFQVSARDAGVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLEPRVGGTGG
520 530 540 550 560 570
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 AVSELVPRSVGAGHVVAKVRAVDADSGYNAWLSYELQPAAVGAHIPFHVGLYTGEISTTR
:.:.:::::::::::::::::::::::::::::::::::: . .:::.::::::::::::
NP_061 AASKLVPRSVGAGHVVAKVRAVDADSGYNAWLSYELQPAASSPRIPFRVGLYTGEISTTR
580 590 600 610 620 630
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 ILDEADAPRHRLLVLVKDHGEPALTSTATVLVSLVENGQAPKTSSRASVGAVDPEAALVD
.:::::.::::::::::::::::::.::::::::::.:::::.::: :.:.. :::::::
NP_061 VLDEADSPRHRLLVLVKDHGEPALTATATVLVSLVESGQAPKASSRQSAGVLGPEAALVD
640 650 660 670 680 690
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 INVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTALRCSAPPTVSRCAPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRR
.::::::::::::::::::::::::::::: :: . : :::::::::::::::::::.
NP_061 VNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTALRCSALPTEGGCRAGKPTLVCSSAVGSWSYSQQQP
700 710 720 730 740 750
790 800 810 820 830
pF1KB4 QRVCSAESPPKTDLMAFSP-------SLQLSREDCLNPPS--EPRQPNPDWRYSASLRAG
:::::.:.::::::::::: :.....:. :: .:::::::::::::::::
NP_061 QRVCSGEGPPKTDLMAFSPCLPPDLGSVDVGEEQDLNVDHGLKPRQPNPDWRYSASLRAG
760 770 780 790 800 810
840 850 860 870 880 890
pF1KB4 MHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWPTVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 MHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWPTVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGN
820 830 840 850 860 870
900 910 920 930 940 950
pF1KB4 PKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIRQEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIRQEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQ
880 890 900 910 920 930
960 970
pF1KB4 EKKEKGNSTTDNSDQ
:::::::::::::::
NP_061 EKKEKGNSTTDNSDQ
940 950
973 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 14:22:15 2016 done: Thu Nov 3 14:22:16 2016
Total Scan time: 12.880 Total Display time: 0.340
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]