Result of FASTA (omim) for
pF1KB3849
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3849, 923 aa
1>>>pF1KB3849 923 - 923 aa - 923 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1470+/-0.00041; mu= 17.2564+/- 0.025
mean_var=89.1975+/-18.530, 0's: 0 Z-trim(113.2): 414 B-trim: 0 in 0/49
Lambda= 0.135799
statistics sampled from 21971 (22399) to 21971 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.628), E-opt: 0.2 (0.263), width: 16
Scan time: 13.720
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_061748 (OMIM: 606302) protocadherin gamma-B5 is ( 923) 6043 1194.8 0
NP_115270 (OMIM: 606302) protocadherin gamma-B5 is ( 818) 5201 1029.8 0
NP_003727 (OMIM: 603058) protocadherin gamma-B4 is ( 923) 5195 1028.6 0
NP_061749 (OMIM: 606303) protocadherin gamma-B6 is ( 930) 4563 904.8 0
NP_061745 (OMIM: 606299) protocadherin gamma-B1 is ( 927) 4414 875.6 0
NP_061746 (OMIM: 606300) protocadherin gamma-B2 is ( 931) 4388 870.5 0
NP_115269 (OMIM: 603058) protocadherin gamma-B4 is ( 803) 4368 866.6 0
NP_061750 (OMIM: 606304) protocadherin gamma-B7 is ( 929) 4357 864.5 0
NP_061747 (OMIM: 606301) protocadherin gamma-B3 is ( 929) 4288 851.0 0
NP_115271 (OMIM: 606303) protocadherin gamma-B6 is ( 820) 3738 743.2 1.2e-213
NP_115266 (OMIM: 606299) protocadherin gamma-B1 is ( 810) 3593 714.8 4.4e-205
NP_115267 (OMIM: 606300) protocadherin gamma-B2 is ( 811) 3586 713.4 1.1e-204
NP_115272 (OMIM: 606304) protocadherin gamma-B7 is ( 808) 3536 703.6 1e-201
NP_115268 (OMIM: 606301) protocadherin gamma-B3 is ( 814) 3468 690.3 1e-197
NP_061741 (OMIM: 606292) protocadherin gamma-A5 is ( 931) 3138 625.6 3.4e-178
NP_061735 (OMIM: 606288) protocadherin gamma-A1 is ( 931) 3113 620.8 1e-176
NP_061737 (OMIM: 606298) protocadherin gamma-A11 i ( 935) 3106 619.4 2.6e-176
NP_061744 (OMIM: 606296) protocadherin gamma-A9 is ( 932) 3092 616.6 1.7e-175
NP_003726 (OMIM: 603059) protocadherin gamma-A12 i ( 932) 3088 615.9 3e-175
NP_061742 (OMIM: 606293) protocadherin gamma-A6 is ( 932) 3075 613.3 1.7e-174
NP_061739 (OMIM: 606290) protocadherin gamma-A3 is ( 932) 3043 607.0 1.3e-172
NP_061740 (OMIM: 606291) protocadherin gamma-A4 is ( 962) 3020 602.5 3.1e-171
NP_061738 (OMIM: 606289) protocadherin gamma-A2 is ( 932) 2995 597.6 9.1e-170
NP_061736 (OMIM: 606297) protocadherin gamma-A10 i ( 936) 2992 597.0 1.4e-169
NP_114477 (OMIM: 606295) protocadherin gamma-A8 is ( 932) 2986 595.9 3.1e-169
NP_061743 (OMIM: 606294) protocadherin gamma-A7 is ( 932) 2982 595.1 5.3e-169
NP_114443 (OMIM: 606292) protocadherin gamma-A5 is ( 813) 2333 467.9 9e-131
NP_114382 (OMIM: 606288) protocadherin gamma-A1 is ( 823) 2308 463.0 2.7e-129
NP_114480 (OMIM: 606298) protocadherin gamma-A11 i ( 837) 2292 459.9 2.4e-128
NP_115265 (OMIM: 603059) protocadherin gamma-A12 i ( 820) 2283 458.1 8e-128
NP_114478 (OMIM: 606296) protocadherin gamma-A9 is ( 828) 2276 456.7 2.1e-127
NP_114475 (OMIM: 606293) protocadherin gamma-A6 is ( 818) 2271 455.8 4.1e-127
NP_114400 (OMIM: 606290) protocadherin gamma-A3 is ( 829) 2239 449.5 3.2e-125
NP_114442 (OMIM: 606291) protocadherin gamma-A4 is ( 851) 2210 443.8 1.7e-123
NP_114398 (OMIM: 606289) protocadherin gamma-A2 is ( 823) 2200 441.8 6.3e-123
NP_114479 (OMIM: 606297) protocadherin gamma-A10 i ( 850) 2191 440.1 2.2e-122
NP_054723 (OMIM: 606295) protocadherin gamma-A8 is ( 820) 2187 439.3 3.7e-122
NP_114476 (OMIM: 606294) protocadherin gamma-A7 is ( 817) 2166 435.2 6.4e-121
NP_056484 (OMIM: 606331) protocadherin beta-5 prec ( 795) 2130 428.1 8.3e-119
NP_061759 (OMIM: 606328) protocadherin beta-2 prec ( 798) 2130 428.1 8.3e-119
NP_061993 (OMIM: 606334) protocadherin beta-8 prec ( 801) 2127 427.5 1.3e-118
NP_061756 (OMIM: 606339) protocadherin beta-13 pre ( 798) 2120 426.2 3.2e-118
NP_061992 (OMIM: 606335) protocadherin beta-9 prec ( 797) 2116 425.4 5.5e-118
NP_066008 (OMIM: 606345) protocadherin beta-16 pre ( 776) 2115 425.2 6.2e-118
NP_061757 (OMIM: 606340) protocadherin beta-14 pre ( 798) 2113 424.8 8.3e-118
NP_061758 (OMIM: 606341) protocadherin beta-15 pre ( 787) 2110 424.2 1.2e-117
NP_061762 (OMIM: 606332) protocadherin beta-6 isof ( 794) 2107 423.6 1.9e-117
NP_061763 (OMIM: 606333) protocadherin beta-7 prec ( 793) 2104 423.0 2.8e-117
NP_061760 (OMIM: 606329) protocadherin beta-3 prec ( 796) 2100 422.2 4.9e-117
NP_061761 (OMIM: 606330) protocadherin beta-4 prec ( 795) 2091 420.5 1.7e-116
>>NP_061748 (OMIM: 606302) protocadherin gamma-B5 isofor (923 aa)
initn: 6043 init1: 6043 opt: 6043 Z-score: 6396.2 bits: 1194.8 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6043; 100.0% identity (100.0% similar) in 923 aa overlap (1-923:1-923)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MGSGAGELGRAERLPVLFLFLLSLFCPALCEQIRYRIPEEMPKGSVVGNLATDLGFSVQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 MGSGAGELGRAERLPVLFLFLLSLFCPALCEQIRYRIPEEMPKGSVVGNLATDLGFSVQE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 LPTRKLRVSSEKPYFTVSAESGELLVSSRLDREEICGKKPACALEFEAVAENPLNFYHVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 LPTRKLRVSSEKPYFTVSAESGELLVSSRLDREEICGKKPACALEFEAVAENPLNFYHVN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 VEIEDINDHTPKFTQNSFELQISESAQPGTRFILEVAEDADIGLNSLQKYKLSLNPSFSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 VEIEDINDHTPKFTQNSFELQISESAQPGTRFILEVAEDADIGLNSLQKYKLSLNPSFSL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 IIKEKQDGSKYPELALEKTLDREQQSYHRLVLTALDGGHPPLSGTTELRIQVTDANDNPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 IIKEKQDGSKYPELALEKTLDREQQSYHRLVLTALDGGHPPLSGTTELRIQVTDANDNPP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 VFNRDVYRVSLRENVPPGTTVLQVSATDQDEGINSEITYSFYRTGQIFSLNSKSGEITTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 VFNRDVYRVSLRENVPPGTTVLQVSATDQDEGINSEITYSFYRTGQIFSLNSKSGEITTQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 KKLDFEETKEYSMVVEGRDGGGLVAQCTVEINIQDENDNSPEVTFHSLLEMILENAVPGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 KKLDFEETKEYSMVVEGRDGGGLVAQCTVEINIQDENDNSPEVTFHSLLEMILENAVPGT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 LIALIKIHDQDSGENGEVNCQLQGEVPFKIISSSKNSYKLVTDGTLDREQTPEYNVTITA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 LIALIKIHDQDSGENGEVNCQLQGEVPFKIISSSKNSYKLVTDGTLDREQTPEYNVTITA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 TDRGKPPLSSSISVILHIRDVNDNAPVFHQASYLVSVPENNPPGASIAQVCASDLDLGLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 TDRGKPPLSSSISVILHIRDVNDNAPVFHQASYLVSVPENNPPGASIAQVCASDLDLGLN
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 GQVSYSIMASDLEPLALASYVSMSAQSGVVFAQRAFDYEQLRTFELTLQARDQGSPALSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 GQVSYSIMASDLEPLALASYVSMSAQSGVVFAQRAFDYEQLRTFELTLQARDQGSPALSA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 NVSLRVLVGDRNDNAPRVLYPALGPDGSALFDMVPRAAEPGYLVTKVVAVDADSGHNAWL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 NVSLRVLVGDRNDNAPRVLYPALGPDGSALFDMVPRAAEPGYLVTKVVAVDADSGHNAWL
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 SYHVLQASEPGLFSLGLRTGEVRTARALGDRDAARQRLLVAVRDGGQPPLSATATLHLVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SYHVLQASEPGLFSLGLRTGEVRTARALGDRDAARQRLLVAVRDGGQPPLSATATLHLVF
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 ADSLQEVLPDITDRPVPSDPQAELQFYLVVALALISVLFLLAVILAVALRLRRSSSPAAW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 ADSLQEVLPDITDRPVPSDPQAELQFYLVVALALISVLFLLAVILAVALRLRRSSSPAAW
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 SCFQPGLCVKSGPVVPPNYSQGTLPYSYNLCVAHTGKTEFNFLKCSEQLSSGQDILCGDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SCFQPGLCVKSGPVVPPNYSQGTLPYSYNLCVAHTGKTEFNFLKCSEQLSSGQDILCGDS
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 SGALFPLCNSSESTSHPELQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SGALFPLCNSSESTSHPELQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQ
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB3 AMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGSNATLTNAAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 AMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGSNATLTNAAG
850 860 870 880 890 900
910 920
pF1KB3 KRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
:::::::::::::::::::::::
NP_061 KRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
910 920
>>NP_115270 (OMIM: 606302) protocadherin gamma-B5 isofor (818 aa)
initn: 5201 init1: 5201 opt: 5201 Z-score: 5505.4 bits: 1029.8 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5201; 100.0% identity (100.0% similar) in 799 aa overlap (1-799:1-799)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MGSGAGELGRAERLPVLFLFLLSLFCPALCEQIRYRIPEEMPKGSVVGNLATDLGFSVQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 MGSGAGELGRAERLPVLFLFLLSLFCPALCEQIRYRIPEEMPKGSVVGNLATDLGFSVQE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 LPTRKLRVSSEKPYFTVSAESGELLVSSRLDREEICGKKPACALEFEAVAENPLNFYHVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 LPTRKLRVSSEKPYFTVSAESGELLVSSRLDREEICGKKPACALEFEAVAENPLNFYHVN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 VEIEDINDHTPKFTQNSFELQISESAQPGTRFILEVAEDADIGLNSLQKYKLSLNPSFSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 VEIEDINDHTPKFTQNSFELQISESAQPGTRFILEVAEDADIGLNSLQKYKLSLNPSFSL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 IIKEKQDGSKYPELALEKTLDREQQSYHRLVLTALDGGHPPLSGTTELRIQVTDANDNPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 IIKEKQDGSKYPELALEKTLDREQQSYHRLVLTALDGGHPPLSGTTELRIQVTDANDNPP
190 200 210 220 230 240
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pF1KB3 VFNRDVYRVSLRENVPPGTTVLQVSATDQDEGINSEITYSFYRTGQIFSLNSKSGEITTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 VFNRDVYRVSLRENVPPGTTVLQVSATDQDEGINSEITYSFYRTGQIFSLNSKSGEITTQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 KKLDFEETKEYSMVVEGRDGGGLVAQCTVEINIQDENDNSPEVTFHSLLEMILENAVPGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 KKLDFEETKEYSMVVEGRDGGGLVAQCTVEINIQDENDNSPEVTFHSLLEMILENAVPGT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 LIALIKIHDQDSGENGEVNCQLQGEVPFKIISSSKNSYKLVTDGTLDREQTPEYNVTITA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 LIALIKIHDQDSGENGEVNCQLQGEVPFKIISSSKNSYKLVTDGTLDREQTPEYNVTITA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 TDRGKPPLSSSISVILHIRDVNDNAPVFHQASYLVSVPENNPPGASIAQVCASDLDLGLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 TDRGKPPLSSSISVILHIRDVNDNAPVFHQASYLVSVPENNPPGASIAQVCASDLDLGLN
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490 500 510 520 530 540
pF1KB3 GQVSYSIMASDLEPLALASYVSMSAQSGVVFAQRAFDYEQLRTFELTLQARDQGSPALSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 GQVSYSIMASDLEPLALASYVSMSAQSGVVFAQRAFDYEQLRTFELTLQARDQGSPALSA
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550 560 570 580 590 600
pF1KB3 NVSLRVLVGDRNDNAPRVLYPALGPDGSALFDMVPRAAEPGYLVTKVVAVDADSGHNAWL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 NVSLRVLVGDRNDNAPRVLYPALGPDGSALFDMVPRAAEPGYLVTKVVAVDADSGHNAWL
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 SYHVLQASEPGLFSLGLRTGEVRTARALGDRDAARQRLLVAVRDGGQPPLSATATLHLVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 SYHVLQASEPGLFSLGLRTGEVRTARALGDRDAARQRLLVAVRDGGQPPLSATATLHLVF
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 ADSLQEVLPDITDRPVPSDPQAELQFYLVVALALISVLFLLAVILAVALRLRRSSSPAAW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 ADSLQEVLPDITDRPVPSDPQAELQFYLVVALALISVLFLLAVILAVALRLRRSSSPAAW
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 SCFQPGLCVKSGPVVPPNYSQGTLPYSYNLCVAHTGKTEFNFLKCSEQLSSGQDILCGDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 SCFQPGLCVKSGPVVPPNYSQGTLPYSYNLCVAHTGKTEFNFLKCSEQLSSGQDILCGDS
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 SGALFPLCNSSESTSHPELQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEMLQ
:::::::::::::::::::
NP_115 SGALFPLCNSSESTSHPELVSFIYVYSFSLPTQFSVFT
790 800 810
>>NP_003727 (OMIM: 603058) protocadherin gamma-B4 isofor (923 aa)
initn: 2818 init1: 2818 opt: 5195 Z-score: 5498.3 bits: 1028.6 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5195; 85.6% identity (94.6% similar) in 925 aa overlap (1-923:1-923)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MGSGAGELGRAERLPVLFLFLLSLFCPALCEQIRYRIPEEMPKGSVVGNLATDLGFSVQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MGSGAGELGRAERLPVLFLFLLSLFCPALCEQIRYRIPEEMPKGSVVGNLATDLGFSVQE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 LPTRKLRVSSEKPYFTVSAESGELLVSSRLDREEICGKKPACALEFEAVAENPLNFYHVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LPTRKLRVSSEKPYFTVSAESGELLVSSRLDREEICGKKPACALEFEAVAENPLNFYHVN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 VEIEDINDHTPKFTQNSFELQISESAQPGTRFILEVAEDADIGLNSLQKYKLSLNPSFSL
:::::::::::::::::::::::::::::::::: :.::::: :.::.:.:: . :::
NP_003 VEIEDINDHTPKFTQNSFELQISESAQPGTRFILGSAHDADIGSNTLQNYQLSPSDHFSL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 IIKEKQDGSKYPELALEKTLDREQQSYHRLVLTALDGGHPPLSGTTELRIQVTDANDNPP
: :::.:::::::..:. ::::.:. ..:.::::: : ::::.:..... ::::::: :
NP_003 INKEKSDGSKYPEMVLKTPLDREKQKSYHLTLTALDFGAPPLSSTAQIHVLVTDANDNAP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290
pF1KB3 VFNRDVYRVSLRENVPPGTTVLQVSATDQDEGINSEITYSFYRTGQI--FSLNSKSGEIT
::..::::::: ::: ::::::::.:::::::.:.:::.:: ...:: :.:::..::::
NP_003 VFSQDVYRVSLSENVYPGTTVLQVTATDQDEGVNAEITFSFSEASQITQFDLNSNTGEIT
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 TQKKLDFEETKEYSMVVEGRDGGGLVAQCTVEINIQDENDNSPEVTFHSLLEMILENAVP
. . :::::.::::.:.:.:::::..::::::... :::::.::: :.:: ..:.:.:
NP_003 VLNTLDFEEVKEYSIVLEARDGGGMIAQCTVEVEVIDENDNAPEVIFQSLPNLIMEDAEL
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pF1KB3 GTLIALIKIHDQDSGENGEVNCQLQGEVPFKIISSSKNSYKLVTDGTLDREQTPEYNVTI
:: :::.:..:.:: .::::.:.:.:.:::::..::.:.::::::..:::::.::::.:.
NP_003 GTHIALLKVRDKDSRHNGEVTCKLEGDVPFKILTSSRNTYKLVTDAVLDREQNPEYNITV
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::::::::::::: :. ::: ::::::::: :.::.: : :::::::::.:: ::: :::
NP_003 TATDRGKPPLSSSSSITLHIGDVNDNAPVFSQSSYIVHVAENNPPGASISQVRASDPDLG
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:::::: ::::::: :.::::.::.:::::::::::.::::.:::::::::::::::
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:::::::::: ::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::: ::: ::::::::::::::::::::.:.:::.:::::::::::
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.:::::::::::: :::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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:::::::::::::: ::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 DSSGALFPLCNSSELTSHQ--QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEM
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGSNATLTNA
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NP_003 AGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
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. .::::::.:: .:.:.::::.:::..:.:::.:: .. : :..:::.:::::..::
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... ..::.:::::.::: ::::.: : :.::::::: :: :.:....:.: :.:::::
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: .....:::....:.: ::..::::: .:: : :.: ::::::::. . :: ..::::.
NP_061 IKNNQSFDFEDVERYTMEVEAKDGGGLSTQCKVIIEILDENDNSPEIIITSLSDQILENS
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pF1KB3 VPGTLIALIKIHDQDSGENGEVNCQLQGEVPFKIISSSKNSYKLVTDGTLDREQTPEYNV
:: ..::.: .: : : :::: :... ..:::: :::.: :::::::.:::::::::::
NP_061 PPGMVVALFKTRDLDFGGNGEVRCNIETDIPFKIYSSSNNYYKLVTDGALDREQTPEYNV
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::.:::::::::::: :. :.. :.::::::: :.::.: : :::::::::::: ::: :
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:::::..::::.::::::::..::::.::::::::::::::.::::.: :::::::.:::
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.::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::.:::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 NAWLSYHVLQASEPGLFSLGLRTGEVRTARALGDRDAARQRLLVAVRDGGQPPLSATATL
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::::::.:::.:::..:::: :::::::::::::::::::::::::::::.::::::: :
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pF1KB3 PAAWSCFQPGLCVKSGPVVPPNYSQGTLPYSYNLCVAHTGKTEFNFLKCSEQLSSGQDIL
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NP_061 PATWDCFHPGLCVKSGPVVPPNYSEGTLPYSYNLCIAHTGTKEFNFLKCSVPLHSNEDMV
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:. : :::.: .. . ::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 FDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGSNA
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NP_061 TLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
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NP_061 VVIQDINDNAPRFVAKGIDLEICESALPGVKFSLDSAQDADVEGNSLKLYTINPNQYFSL
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pF1KB3 IIKEKQDGSKYPELALEKTLDREQQSYHRLVLTALDGGHPPLSGTTELRIQVTDANDNPP
::. :::::: : ::: ::::.:: :::.:::.::: :::::::.. :.::::::: :
NP_061 STKESPDGSKYPVLLLEKPLDREHQSSHRLILTAMDGGDPPLSGTTHIWIRVTDANDNAP
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pF1KB3 VFNRDVYRVSLRENVPPGTTVLQVSATDQDEGINSEITYSFYRTG---QIFSLNSKSGEI
::...::::::.:::: ::.::.: :::::::::.::::.: . ..:.:: ..:.:
NP_061 VFSQEVYRVSLQENVPWGTSVLRVMATDQDEGINAEITYAFLNSPISTSLFNLNPNTGDI
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pF1KB3 TTQKKLDFEETKEYSMVVEGRDGGGLVAQCTVEINIQDENDNSPEVTFHSLLEMILENAV
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NP_061 TTNGTLDFEETSRYVLSVEAKDGGVHTAHCNVQIEIVDENDNAPEVTFMSFSNQIPEDSD
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pF1KB3 PGTLIALIKIHDQDSGENGEVNCQLQGEVPFKIISSSKNSYKLVTDGTLDREQTPEYNVT
::.:::::..:.:::.:: :.: : :::::. :.::: :::: :.:.:::: .::::
NP_061 LGTVIALIKVRDKDSGQNGMVTCYTQEEVPFKLESTSKNYYKLVIAGALNREQTADYNVT
360 370 380 390 400 410
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pF1KB3 ITATDRGKPPLSSSISVILHIRDVNDNAPVFHQASYLVSVPENNPPGASIAQVCASDLDL
: :::.::: ::: :. ::: :.::::::::::::.: : :::::::::::: ::: ::
NP_061 IIATDKGKPALSSRTSITLHISDINDNAPVFHQASYVVHVSENNPPGASIAQVSASDPDL
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pF1KB3 GLNGQVSYSIMASDLEPLALASYVSMSAQSGVVFAQRAFDYEQLRTFELTLQARDQGSPA
: ::.:::::.:::::: : ::::.: ::::::::::::.::::.::::::::::::::
NP_061 GPNGRVSYSILASDLEPRELLSYVSVSPQSGVVFAQRAFDHEQLRAFELTLQARDQGSPA
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pF1KB3 LSANVSLRVLVGDRNDNAPRVLYPALGPDGSALFDMVPRAAEPGYLVTKVVAVDADSGHN
::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 LSANVSLRVLVGDLNDNAPRVLYPALGPDGSALFDMVPRAAEPGYLVTKVVAVDADSGHN
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pF1KB3 AWLSYHVLQASEPGLFSLGLRTGEVRTARALGDRDAARQRLLVAVRDGGQPPLSATATLH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 AWLSYHVLQASEPGLFSLGLRTGEVRTARALGDRDAARQRLLVAVRDGGQPPLSATATLH
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pF1KB3 LVFADSLQEVLPDITDRPVPSDPQAELQFYLVVALALISVLFLLAVILAVALRLRRSSSP
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NP_061 LIFADSLQEVLPDLSDRPEPSDPQTELQFYLVVALALISVLFLLAVILAIALRLRRSSSL
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pF1KB3 AAWSCFQPGLCVKSGPVVPPNYSQGTLPYSYNLCVA-HTGKTEFNFLKCSEQLSSGQDIL
. .::: ::: :::: ::::.:.::::::::::.: :..::::: :. . ... ::.:
NP_061 DTEGCFQTGLCSKSGPGVPPNHSEGTLPYSYNLCIASHSAKTEFNSLNLTPEMAPPQDLL
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pF1KB3 CGDSSGALFPLCNSSESTS---HPEL---QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWP
: : : .. : :.:. . : : :::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 CDDPSMVV---CASNEDHKIAYDPSLSSHQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWP
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pF1KB3 NNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 NNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPG
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900 910 920
pF1KB3 SNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
:::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
900 910 920
>>NP_061746 (OMIM: 606300) protocadherin gamma-B2 isofor (931 aa)
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pF1KB3 MGSGAGELGRAERLPVLFLFLLSLFCPALCEQIRYRIPEEMPKGSVVGNLATDLGFSVQE
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NP_061 MKASSGRCGLVRWLQVLLPFLLSLFPGALPVQIRYSIPEELAKNSVVGNLAKDLGLSVRD
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pF1KB3 LPTRKLRVSSEKPYFTVSAESGELLVSSRLDREEICGKKPACALEFEAVAENPLNFYHVN
::.::::::.:: ::::. :::.::::.:.:::.::::.: :.:.:..:::::::....
NP_061 LPARKLRVSAEKEYFTVNPESGDLLVSDRIDREQICGKQPLCVLDFDTVAENPLNIFYIA
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pF1KB3 VEIEDINDHTPKFTQNSFELQISESAQPGTRFILEVAEDADIGLNSLQKYKLSLNPSFSL
: ..::::.:: : :....:.:.::..::: : :. : :.:.: ::::.:.:. : :.:
NP_061 VIVQDINDNTPLFKQTKINLKIGESTKPGTTFPLDPALDSDVGPNSLQRYHLNDNEYFDL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 IIKEKQDGSKYPELALEKTLDREQQSYHRLVLTALDGGHPPLSGTTELRIQVTDANDNPP
:. :: ::::: :...::::..: :.:::::.::: :: ::::..::.:::::::::
NP_061 AEKQTPDGRKYPELILKHSLDREEHSLHQLVLTAVDGGDPPQSGTTQIRIKVTDANDNPP
190 200 210 220 230 240
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pF1KB3 VFNRDVYRVSLRENVPPGTTVLQVSATDQDEGINSEITYSFYRTGQ----IFSLNSKSGE
::..:::::.:::.:::: ::::.:::.:::::.::::::. . . .:.:: :.::
NP_061 VFSQDVYRVTLREDVPPGFFVLQVTATDRDEGINAEITYSFHNVDEQVKHFFNLNEKTGE
250 260 270 280 290 300
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pF1KB3 ITTQKKLDFEETKEYSMVVEGRDGGGLVAQCTVEINIQDENDNSPEVTFHSLLEMILENA
:::. :::: .. :.. .:..: : :.:.:.....: :.:: .::: :. . :..
NP_061 ITTKDDLDFEIASSYTLSIEAKDPGDLAAHCSIQVEILDDNDCAPEVIVTSVSTPLPEDS
310 320 330 340 350 360
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pF1KB3 VPGTLIALIKIHDQDSGENGEVNCQLQGEVPFKIISSSKNSYKLVTDGTLDREQTPEYNV
:::.::::: .:.:::::::: ::. :.. : . ::::: :::::::.::::. ::::.
NP_061 PPGTVIALIKTRDRDSGENGEVYCQVLGNAKFILKSSSKNYYKLVTDGALDREEIPEYNL
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pF1KB3 TITATDRGKPPLSSSISVILHIRDVNDNAPVFHQASYLVSVPENNPPGASIAQVCASDLD
:::::: ::::::::: : ::: :::::::::.:.::.: : :::::::::::. ::: :
NP_061 TITATDGGKPPLSSSIIVTLHISDVNDNAPVFQQTSYMVHVAENNPPGASIAQISASDPD
430 440 450 460 470 480
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pF1KB3 LGLNGQVSYSIMASDLEPLALASYVSMSAQSGVVFAQRAFDYEQLRTFELTLQARDQGSP
:: .:::::::.::::.: . ::::.::::::::::::::.::::.:::::::::::::
NP_061 LGPSGQVSYSIVASDLKPREILSYVSVSAQSGVVFAQRAFDHEQLRAFELTLQARDQGSP
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:::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 ALSANVSLRVLVGDLNDNAPRVLYPALGPDGSALFDMVPRAAEPGYLVTKVVAVDADSGH
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pF1KB3 NAWLSYHVLQASEPGLFSLGLRTGEVRTARALGDRDAARQRLLVAVRDGGQPPLSATATL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 NAWLSYHVLQASEPGLFSLGLRTGEVRTARALGDRDAARQRLLVAVRDGGQPPLSATATL
610 620 630 640 650 660
660 670 680 690 700 710
pF1KB3 HLVFADSLQEVLPDITDRPVPSDPQAELQFYLVVALALISVLFLLAVILAVALRLRRSSS
::.:::::::::::..:: ::::::.::::::::::::::::.::::::..:::: ::
NP_061 HLIFADSLQEVLPDLSDRREPSDPQAKLQFYLVVALALISVLFFLAVILAISLRLRLSSR
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720 730 740 750 760 770
pF1KB3 PAAWSCFQPGLCVKSGPVVPPNYSQGTLPYSYNLCVA-HTGKTEFNFLKCSEQLSSGQDI
::.:::::: : :: : ::::.:::::::::::: ...:::::::. . .: .::.
NP_061 SDAWDCFQPGLSSKPGPGVLPNYSEGTLPYSYNLCVASQSAKTEFNFLNITPELVPAQDL
730 740 750 760 770 780
780 790 800 810 820
pF1KB3 LCGDSS-------GAL-FPLCNSSESTSHPELQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTG
.: ..: :: :. .:.. . ::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 VCDNASWEQNTNHGAAGVPF--ASDTILK---QAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTG
790 800 810 820 830
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pF1KB3 TWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 TWPNNQFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVY
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 IPGSNATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 LPTRKLRVSSEKPYFTVSAESGELLVSSRLDREEICGKKPACALEFEAVAENPLNFYHVN
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:::::::::::::::::::::::::::::::::: :.::::: :.::.:.:: . :::
NP_115 VEIEDINDHTPKFTQNSFELQISESAQPGTRFILGSAHDADIGSNTLQNYQLSPSDHFSL
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: :::.:::::::..:. ::::.:. ..:.::::: : ::::.:..... ::::::: :
NP_115 INKEKSDGSKYPEMVLKTPLDREKQKSYHLTLTALDFGAPPLSSTAQIHVLVTDANDNAP
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::..::::::: ::: ::::::::.:::::::.:.:::.:: ...:: :.:::..::::
NP_115 VFSQDVYRVSLSENVYPGTTVLQVTATDQDEGVNAEITFSFSEASQITQFDLNSNTGEIT
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pF1KB3 TQKKLDFEETKEYSMVVEGRDGGGLVAQCTVEINIQDENDNSPEVTFHSLLEMILENAVP
. . :::::.::::.:.:.:::::..::::::... :::::.::: :.:: ..:.:.:
NP_115 VLNTLDFEEVKEYSIVLEARDGGGMIAQCTVEVEVIDENDNAPEVIFQSLPNLIMEDAEL
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360 370 380 390 400 410
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:: :::.:..:.:: .::::.:.:.:.:::::..::.:.::::::..:::::.::::.:.
NP_115 GTHIALLKVRDKDSRHNGEVTCKLEGDVPFKILTSSRNTYKLVTDAVLDREQNPEYNITV
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pF1KB3 TATDRGKPPLSSSISVILHIRDVNDNAPVFHQASYLVSVPENNPPGASIAQVCASDLDLG
::::::::::::: :. ::: ::::::::: :.::.: : :::::::::.:: ::: :::
NP_115 TATDRGKPPLSSSSSITLHIGDVNDNAPVFSQSSYIVHVAENNPPGASISQVRASDPDLG
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pF1KB3 LNGQVSYSIMASDLEPLALASYVSMSAQSGVVFAQRAFDYEQLRTFELTLQARDQGSPAL
:::::: ::::::: :.::::.::.:::::::::::.::::.:::::::::::::::
NP_115 PNGQVSYCIMASDLEQRELSSYVSISAESGVVFAQRAFDHEQLRAFELTLQARDQGSPAL
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pF1KB3 SANVSLRVLVGDRNDNAPRVLYPALGPDGSALFDMVPRAAEPGYLVTKVVAVDADSGHNA
:::::::::: ::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::
NP_115 SANVSLRVLVDDRNDNAPRVLYPALGPDGSALFDMVPHAAEPGYLVTKVVAVDADSGHNA
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pF1KB3 WLSYHVLQASEPGLFSLGLRTGEVRTARALGDRDAARQRLLVAVRDGGQPPLSATATLHL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::
NP_115 WLSYHVLQASEPGLFSLGLRTGEVRTARALGDRDAVRQRLLVAVRDGGQPPLSATATLHL
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pF1KB3 VFADSLQEVLPDITDRPVPSDPQAELQFYLVVALALISVLFLLAVILAVALRLRRSSSPA
::::::::::::::::: ::: ::::::::::::::::::::.:.:::.:::::::::::
NP_115 VFADSLQEVLPDITDRPDPSDLQAELQFYLVVALALISVLFLVAMILAIALRLRRSSSPA
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pF1KB3 AWSCFQPGLCVKSGPVVPPNYSQGTLPYSYNLCVAHTGKTEFNFLKCSEQLSSGQDILCG
.:::::::::::: :::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 SWSCFQPGLCVKSESVVPPNYSEGTLPYSYNLCVAHTGKTEFNFLKCSEQLSSGQDILCG
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pF1KB3 DSSGALFPLCNSSESTSHPELQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQFDTEM
:::::::::::::: :::
NP_115 DSSGALFPLCNSSELTSHQVSFL
790 800
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pF1KB3 MGSGAGELGRAERLPVLFLFLLSLFCPALCEQIRYRIPEEMPKGSVVGNLATDLGFSVQE
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pF1KB3 LPTRKLRVSSEKPYFTVSAESGELLVSSRLDREEICGKKPACALEFEAVAENPLNFYHVN
. .:.::::.:: .:.:.:.::.:::..:.:::.:: .. : :..:::.:::::..::
NP_061 VSARELRVSAEKLHFSVDAQSGDLLVKDRIDREQICKERRRCELQLEAVVENPLNIFHVI
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pF1KB3 VEIEDINDHTPKFTQNSFELQISESAQPGTRFILEVAEDADIGLNSLQKYKLSLNPSFSL
: :::.:::.:.: .. ..:.::::.. : ::: ::: ::..:::.::.:: : :::
NP_061 VVIEDVNDHAPQFRKDEINLEISESVSLGMGTILESAEDPDISMNSLSKYQLSPNEYFSL
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pF1KB3 IIKEKQDGSKYPELALEKTLDREQQSYHRLVLTALDGGHPPLSGTTELRIQVTDANDNPP
. :.. ::.:::::.:.:::::: :: :.::::::::: :: :::...:: : :::::::
NP_061 VEKDNPDGGKYPELVLQKTLDRETQSAHHLVLTALDGGDPPRSGTAQIRILVIDANDNPP
190 200 210 220 230 240
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pF1KB3 VFNRDVYRVSLRENVPPGTTVLQVSATDQDEGINSEITYSFY----RTGQIFSLNSKSGE
::..:::::::::.:::::..:.:.::::::::::::::::. .. ..:::. .:.
NP_061 VFSQDVYRVSLREDVPPGTSILRVKATDQDEGINSEITYSFFGVADKAQHVFSLDYTTGN
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pF1KB3 ITTQKKLDFEETKEYSMVVEGRDGGGLVAQCTVEINIQDENDNSPEVTFHSLLEMILENA
: ::. :::::...:.. .:..: :.: ..: : ... ::::::::. . :: ..:.:..
NP_061 ILTQQPLDFEEVERYTINIEAKDRGSLSTRCKVIVEVVDENDNSPEIIITSLSDQIMEDS
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 VPGTLIALIKIHDQDSGENGEVNCQLQGEVPFKIISSSKNSYKLVTDGTLDREQTPEYNV
::...::.: .:::::::::: :.:. ::::: :::.: :::::: .:::::::::::
NP_061 PPGVVVALFKTRDQDSGENGEVRCSLSRGVPFKIHSSSNNYYKLVTDEALDREQTPEYNV
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pF1KB3 TITATDRGKPPLSSSISVILHIRDVNDNAPVFHQASYLVSVPENNPPGASIAQVCASDLD
::.:::::::::::: .. ::: ::::::::: :..::: ::::: :::::::: ::: :
NP_061 TIAATDRGKPPLSSSKTITLHITDVNDNAPVFGQSAYLVHVPENNQPGASIAQVSASDPD
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pF1KB3 LGLNGQVSYSIMASDLEPLALASYVSMSAQSGVVFAQRAFDYEQLRTFELTLQARDQGSP
.::::.::::..::::: .:.::::.::::::::::::::.::::::::::::::::::
NP_061 FGLNGRVSYSLIASDLESRTLSSYVSVSAQSGVVFAQRAFDHEQLRTFELTLQARDQGSP
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pF1KB3 ALSANVSLRVLVGDRNDNAPRVLYPALGPDGSALFDMVPRAAEPGYLVTKVVAVDADSGH
:::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::.:::::::::::::::::
NP_061 ALSANVSLRVLVGDRNDNAPRVLYPALGPDGSALFDTVPRAAQPGYLVTKVVAVDADSGH
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pF1KB3 NAWLSYHVLQASEPGLFSLGLRTGEVRTARALGDRDAARQRLLVAVRDGGQPPLSATATL
::::::::.:::::::::::::::::: .:::::.:..::::::::::::::::::::::
NP_061 NAWLSYHVVQASEPGLFSLGLRTGEVRMVRALGDKDSVRQRLLVAVRDGGQPPLSATATL
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pF1KB3 HLVFADSLQEVLPDITDRPVPSDPQAELQFYLVVALALISVLFLLAVILAVALRLRRSSS
::::::::::::::..:.:.::: :::.::::::::::::::::::::::.:::::.: :
NP_061 HLVFADSLQEVLPDFSDHPTPSDSQAEMQFYLVVALALISVLFLLAVILAIALRLRQSFS
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NP_061 PTAGDCFESVLCSKSGPVGPPNYSEGTLPYAYNFCVPGDQMNPEFNFFTSVDHCPATQDN
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pF1KB3 LCGDSSGALFPLCNSSESTSHP-ELQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQF
: :: : : :. .. . :::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 LNKDSMLLASILTPSVEADKKILKQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNNQF
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pF1KB3 DTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGSNAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 DTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGSNAT
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900 910 920
pF1KB3 LTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
:::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 LTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
910 920
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pF1KB3 MGSGAGELGRAERLPVLFLFLLSLFCPALCEQIRYRIPEEMPKGSVVGNLATDLGFSVQE
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NP_061 MGNSSGWRGPAGQRRMLFLFLLSLLDQALSEPIRYAIPEELDRGSLVGNLAKDLGFGVGD
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pF1KB3 LPTRKLRVSSEKPYFTVSAESGELLVSSRLDREEICGKKPACALEFEAVAENPLNFYHVN
::::.::: .:: .:::: :.:.::::.:.::::::::: .:.:::: :::.::::.::.
NP_061 LPTRNLRVIAEKKFFTVSPENGNLLVSDRIDREEICGKKSTCVLEFEMVAEKPLNFFHVT
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pF1KB3 VEIEDINDHTPKFTQNSFELQISESAQPGTRFILEVAEDADIGLNSLQKYKLSLNPSFSL
: :.::::. : :.:: ::.::: : :. : :: :.: :.:.::::.: :: .: :::
NP_061 VLIQDINDNPPTFSQNITELEISELALTGATFALESAQDPDVGVNSLQQYYLSPDPHFSL
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pF1KB3 IIKEKQDGSKYPELALEKTLDREQQSYHRLVLTALDGGHPPLSGTTELRIQVTDANDNPP
: ::. :::.::::.:. ::::.: .:.:::::.:::.: : ::..:. :.:::::::
NP_061 IQKENLDGSRYPELVLKAPLDREEQPHHHLVLTAVDGGEPSRSCTTQIRVIVADANDNPP
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pF1KB3 VFNRDVYRVSLRENVPPGTTVLQVSATDQDEGINSEITYSFYRTG----QIFSLNSKSGE
::..:.:::.. ::.: :..::.: : :.:::::.:: :.: : :.:.:.::.::
NP_061 VFTQDMYRVNVAENLPAGSSVLKVMAIDMDEGINAEIIYAFINIGKEVRQLFKLDSKTGE
250 260 270 280 290 300
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pF1KB3 ITTQKKLDFEETKEYSMVVEGRDGGGLVAQCTVEINIQDENDNSPEVTFHSLLEMILENA
.:: .::::: :.. ::..::: .: : :.:.:.:::::.::.:. : . : :.:
NP_061 LTTIGELDFEERDSYTIGVEAKDGGHHTAYCKVQIDISDENDNAPEITLASESQHIQEDA
310 320 330 340 350 360
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pF1KB3 VPGTLIALIKIHDQDSGENGEVNCQLQGEVPFKIISSSKNSYKLVTDGTLDREQTPEYNV
:: .:::: :: ::: :::. :::.:. ::::....::.:.:::::.::::: :::::
NP_061 ELGTAVALIKTHDLDSGFNGEILCQLKGNFPFKIVQDTKNTYRLVTDGALDREQIPEYNV
370 380 390 400 410 420
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pF1KB3 TITATDRGKPPLSSSISVILHIRDVNDNAPVFHQASYLVSVPENNPPGASIAQVCASDLD
::::::.:.:::::: .. ::: :::::.:::::::: : : ::::::::::.: ::: :
NP_061 TITATDKGNPPLSSSKTITLHILDVNDNVPVFHQASYTVHVAENNPPGASIAHVRASDPD
430 440 450 460 470 480
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pF1KB3 LGLNGQVSYSIMASDLEPLALASYVSMSAQSGVVFAQRAFDYEQLRTFELTLQARDQGSP
:: :: ::: :.:::::: :.::::.::.:::::::::::.::::.:::::::::::::
NP_061 LGPNGLVSYYIVASDLEPRELSSYVSVSARSGVVFAQRAFDHEQLRAFELTLQARDQGSP
490 500 510 520 530 540
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pF1KB3 ALSANVSLRVLVGDRNDNAPRVLYPALGPDGSALFDMVPRAAEPGYLVTKVVAVDADSGH
.::::::::::: ::::::: ::::::::.::::::::::.::::::::::::::::::.
NP_061 TLSANVSLRVLVDDRNDNAPLVLYPALGPEGSALFDMVPRSAEPGYLVTKVVAVDADSGY
550 560 570 580 590 600
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pF1KB3 NAWLSYHVLQASEPGLFSLGLRTGEVRTARALGDRDAARQRLLVAVRDGGQPPLSATATL
:::::::..:::::::::::::::::::::.::::.::::::::.:::::: :::::. :
NP_061 NAWLSYHIVQASEPGLFSLGLRTGEVRTARTLGDREAARQRLLVTVRDGGQQPLSATVML
610 620 630 640 650 660
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pF1KB3 HLVFADSLQEVLPDITDRPVPSDPQAELQFYLVVALALISVLFLLAVILAVALRLRRSSS
::.:::::::. ::..:::.::::::::::.:::::::::::::::::::..:::: ::
NP_061 HLIFADSLQEIQPDLSDRPTPSDPQAELQFHLVVALALISVLFLLAVILAISLRLRCSSR
670 680 690 700 710 720
720 730 740 750 760 770
pF1KB3 PAAWSCFQPGLCVKSGPVVPPNYSQGTLPYSYNLCVA-HTGKTEFNFLKCSEQLSSGQDI
::. . ::::.: :. : : :.::. ::::::: :.: :...:::.::. . . .. ::.
NP_061 PATEGYFQPGVCFKTVPGVLPTYSERTLPYSYNPCAASHSSNTEFKFLNIKAENAAPQDL
730 740 750 760 770 780
780 790 800 810 820 830
pF1KB3 LCGDSSGALFPLCNSSESTSHP---ELQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNN
:: ..: : .. : :. . :::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 LCDEAS--WFESNDNPEMPSNSGNLQKQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPNN
790 800 810 820 830
840 850 860 870 880 890
pF1KB3 QFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 QFDTEMLQAMILASASEAADGSSTLGGGAGTMGLSARYGPQFTLQHVPDYRQNVYIPGSN
840 850 860 870 880 890
900 910 920
pF1KB3 ATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
:::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 ATLTNAAGKRDGKAPAGGNGNKKKSGKKEKK
900 910 920
>>NP_115271 (OMIM: 606303) protocadherin gamma-B6 isofor (820 aa)
initn: 2653 init1: 2653 opt: 3738 Z-score: 3956.4 bits: 743.2 E(85289): 1.2e-213
Smith-Waterman score: 3738; 70.6% identity (88.0% similar) in 802 aa overlap (1-798:1-802)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MGSGAGELGRAERLPVLFLFLLSLFCPALCEQIRYRIPEEMPKGSVVGNLATDLGFSVQE
::.. .. :: ::: .:: :: :.: : ::: ::::. ::::::::: :::.:: .
NP_115 MGGSCAQRRRAGPRQVLFPLLLPLFYPTLSEPIRYSIPEELAKGSVVGNLAKDLGLSVLD
10 20 30 40 50 60
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pF1KB3 LPTRKLRVSSEKPYFTVSAESGELLVSSRLDREEICGKKPACALEFEAVAENPLNFYHVN
. .::::::.:: .:.:.::::.:::..:.:::.:: .. : :..:::.:::::..::
NP_115 VSARKLRVSAEKLHFSVDAESGDLLVKNRIDREQICKERRRCELQLEAVVENPLNIFHVI
70 80 90 100 110 120
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pF1KB3 VEIEDINDHTPKFTQNSFELQISESAQPGTRFILEVAEDADIGLNSLQKYKLSLNPSFSL
: :::.:::.:.: .. ..:.: :::. :::. :. : : ::..::.. ::.. :: :::
NP_115 VVIEDVNDHAPQFDKKEIHLEIFESASAGTRLSLDPATDPDININSIKDYKINSNPYFSL
130 140 150 160 170 180
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pF1KB3 IIKEKQDGSKYPELALEKTLDREQQSYHRLVLTALDGGHPPLSGTTELRIQVTDANDNPP
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NP_115 CSVSPGALIPPHGGEDLTSHPETLTSVSFSFLCVIYLIVY
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]