Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3523
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3523, 858 aa
1>>>pF1KB3523 858 - 858 aa - 858 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3926+/-0.000809; mu= 16.1086+/- 0.049
mean_var=91.0705+/-18.323, 0's: 0 Z-trim(109.5): 81 B-trim: 3 in 1/50
Lambda= 0.134396
statistics sampled from 10851 (10932) to 10851 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.703), E-opt: 0.2 (0.336), width: 16
Scan time: 4.530
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS41743.1 USP5 gene_id:8078|Hs108|chr12 ( 858) 5821 1139.0 0
CCDS31733.1 USP5 gene_id:8078|Hs108|chr12 ( 835) 4236 831.7 0
CCDS3235.1 USP13 gene_id:8975|Hs108|chr3 ( 863) 3301 650.4 3.8e-186
>>CCDS41743.1 USP5 gene_id:8078|Hs108|chr12 (858 aa)
initn: 5821 init1: 5821 opt: 5821 Z-score: 6096.1 bits: 1139.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5821; 100.0% identity (100.0% similar) in 858 aa overlap (1-858:1-858)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MAELSEEALLSVLPTIRVPKAGDRVHKDECAFSFDTPESEGGLYICMNTFLGFGKQYVER
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CCDS41 MAELSEEALLSVLPTIRVPKAGDRVHKDECAFSFDTPESEGGLYICMNTFLGFGKQYVER
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 HFNKTGQRVYLHLRRTRRPKEEDPATGTGDPPRKKPTRLAIGVEGGFDLSEEKFELDEDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 HFNKTGQRVYLHLRRTRRPKEEDPATGTGDPPRKKPTRLAIGVEGGFDLSEEKFELDEDV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 KIVILPDYLEIARDGLGGLPDIVRDRVTSAVEALLSADSASRKQEVQAWDGEVRQVSKHA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 KIVILPDYLEIARDGLGGLPDIVRDRVTSAVEALLSADSASRKQEVQAWDGEVRQVSKHA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 FSLKQLDNPARIPPCGWKCSKCDMRENLWLNLTDGSILCGRRYFDGSGGNNHAVEHYRET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 FSLKQLDNPARIPPCGWKCSKCDMRENLWLNLTDGSILCGRRYFDGSGGNNHAVEHYRET
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 GYPLAVKLGTITPDGADVYSYDEDDMVLDPSLAEHLSHFGIDMLKMQKTDKTMTELEIDM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 GYPLAVKLGTITPDGADVYSYDEDDMVLDPSLAEHLSHFGIDMLKMQKTDKTMTELEIDM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 NQRIGEWELIQESGVPLKPLFGPGYTGIRNLGNSCYLNSVVQVLFSIPDFQRKYVDKLEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 NQRIGEWELIQESGVPLKPLFGPGYTGIRNLGNSCYLNSVVQVLFSIPDFQRKYVDKLEK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 IFQNAPTDPTQDFSTQVAKLGHGLLSGEYSKPVPESGDGERVPEQKEVQDGIAPRMFKAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 IFQNAPTDPTQDFSTQVAKLGHGLLSGEYSKPVPESGDGERVPEQKEVQDGIAPRMFKAL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 IGKGHPEFSTNRQQDAQEFFLHLINMVERNCRSSENPNEVFRFLVEEKIKCLATEKVKYT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 IGKGHPEFSTNRQQDAQEFFLHLINMVERNCRSSENPNEVFRFLVEEKIKCLATEKVKYT
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 QRVDYIMQLPVPMDAALNKEELLEYEEKKRQAEEEKMALPELVRAQVPFSSCLEAYGAPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 QRVDYIMQLPVPMDAALNKEELLEYEEKKRQAEEEKMALPELVRAQVPFSSCLEAYGAPE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 QVDDFWSTALQAKSVAVKTTRFASFPDYLVIQIKKFTFGLDWVPKKLDVSIEMPEELDIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 QVDDFWSTALQAKSVAVKTTRFASFPDYLVIQIKKFTFGLDWVPKKLDVSIEMPEELDIS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 QLRGTGLQPGEEELPDIAPPLVTPDEPKGSLGFYGNEDEDSFCSPHFSSPTSPMLDESVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 QLRGTGLQPGEEELPDIAPPLVTPDEPKGSLGFYGNEDEDSFCSPHFSSPTSPMLDESVI
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 IQLVEMGFPMDACRKAVYYTGNSGAEAAMNWVMSHMDDPDFANPLILPGSSGPGSTSAAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 IQLVEMGFPMDACRKAVYYTGNSGAEAAMNWVMSHMDDPDFANPLILPGSSGPGSTSAAA
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 DPPPEDCVTTIVSMGFSRDQALKALRATNNSLERAVDWIFSHIDDLDAEAAMDISEGRSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 DPPPEDCVTTIVSMGFSRDQALKALRATNNSLERAVDWIFSHIDDLDAEAAMDISEGRSA
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 ADSISESVPVGPKVRDGPGKYQLFAFISHMGTSTMCGHYVCHIKKEGRWVIYNDQKVCAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 ADSISESVPVGPKVRDGPGKYQLFAFISHMGTSTMCGHYVCHIKKEGRWVIYNDQKVCAS
790 800 810 820 830 840
850
pF1KB3 EKPPKDLGYIYFYQRVAS
::::::::::::::::::
CCDS41 EKPPKDLGYIYFYQRVAS
850
>>CCDS31733.1 USP5 gene_id:8078|Hs108|chr12 (835 aa)
initn: 4284 init1: 4236 opt: 4236 Z-score: 4435.4 bits: 831.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5592; 97.2% identity (97.3% similar) in 858 aa overlap (1-858:1-835)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MAELSEEALLSVLPTIRVPKAGDRVHKDECAFSFDTPESEGGLYICMNTFLGFGKQYVER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 MAELSEEALLSVLPTIRVPKAGDRVHKDECAFSFDTPESEGGLYICMNTFLGFGKQYVER
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 HFNKTGQRVYLHLRRTRRPKEEDPATGTGDPPRKKPTRLAIGVEGGFDLSEEKFELDEDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 HFNKTGQRVYLHLRRTRRPKEEDPATGTGDPPRKKPTRLAIGVEGGFDLSEEKFELDEDV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 KIVILPDYLEIARDGLGGLPDIVRDRVTSAVEALLSADSASRKQEVQAWDGEVRQVSKHA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 KIVILPDYLEIARDGLGGLPDIVRDRVTSAVEALLSADSASRKQEVQAWDGEVRQVSKHA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 FSLKQLDNPARIPPCGWKCSKCDMRENLWLNLTDGSILCGRRYFDGSGGNNHAVEHYRET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 FSLKQLDNPARIPPCGWKCSKCDMRENLWLNLTDGSILCGRRYFDGSGGNNHAVEHYRET
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 GYPLAVKLGTITPDGADVYSYDEDDMVLDPSLAEHLSHFGIDMLKMQKTDKTMTELEIDM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 GYPLAVKLGTITPDGADVYSYDEDDMVLDPSLAEHLSHFGIDMLKMQKTDKTMTELEIDM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 NQRIGEWELIQESGVPLKPLFGPGYTGIRNLGNSCYLNSVVQVLFSIPDFQRKYVDKLEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 NQRIGEWELIQESGVPLKPLFGPGYTGIRNLGNSCYLNSVVQVLFSIPDFQRKYVDKLEK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 IFQNAPTDPTQDFSTQVAKLGHGLLSGEYSKPVPESGDGERVPEQKEVQDGIAPRMFKAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 IFQNAPTDPTQDFSTQVAKLGHGLLSGEYSKPVPESGDGERVPEQKEVQDGIAPRMFKAL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 IGKGHPEFSTNRQQDAQEFFLHLINMVERNCRSSENPNEVFRFLVEEKIKCLATEKVKYT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 IGKGHPEFSTNRQQDAQEFFLHLINMVERNCRSSENPNEVFRFLVEEKIKCLATEKVKYT
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 QRVDYIMQLPVPMDAALNKEELLEYEEKKRQAEEEKMALPELVRAQVPFSSCLEAYGAPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 QRVDYIMQLPVPMDAALNKEELLEYEEKKRQAEEEKMALPELVRAQVPFSSCLEAYGAPE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 QVDDFWSTALQAKSVAVKTTRFASFPDYLVIQIKKFTFGLDWVPKKLDVSIEMPEELDIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 QVDDFWSTALQAKSVAVKTTRFASFPDYLVIQIKKFTFGLDWVPKKLDVSIEMPEELDIS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 QLRGTGLQPGEEELPDIAPPLVTPDEPKGSLGFYGNEDEDSFCSPHFSSPTSPMLDESVI
:::::::::::::::::::::::::::: .::::::::
CCDS31 QLRGTGLQPGEEELPDIAPPLVTPDEPK-----------------------APMLDESVI
610 620 630
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 IQLVEMGFPMDACRKAVYYTGNSGAEAAMNWVMSHMDDPDFANPLILPGSSGPGSTSAAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 IQLVEMGFPMDACRKAVYYTGNSGAEAAMNWVMSHMDDPDFANPLILPGSSGPGSTSAAA
640 650 660 670 680 690
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 DPPPEDCVTTIVSMGFSRDQALKALRATNNSLERAVDWIFSHIDDLDAEAAMDISEGRSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 DPPPEDCVTTIVSMGFSRDQALKALRATNNSLERAVDWIFSHIDDLDAEAAMDISEGRSA
700 710 720 730 740 750
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 ADSISESVPVGPKVRDGPGKYQLFAFISHMGTSTMCGHYVCHIKKEGRWVIYNDQKVCAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 ADSISESVPVGPKVRDGPGKYQLFAFISHMGTSTMCGHYVCHIKKEGRWVIYNDQKVCAS
760 770 780 790 800 810
850
pF1KB3 EKPPKDLGYIYFYQRVAS
::::::::::::::::::
CCDS31 EKPPKDLGYIYFYQRVAS
820 830
>>CCDS3235.1 USP13 gene_id:8975|Hs108|chr3 (863 aa)
initn: 3463 init1: 1583 opt: 3301 Z-score: 3455.4 bits: 650.4 E(32554): 3.8e-186
Smith-Waterman score: 3598; 60.6% identity (84.0% similar) in 862 aa overlap (7-858:26-863)
10 20 30 40
pF1KB3 MAELSEEALLSVLPTIRVPKAGDRVHKDECAFSFDTPESEG
: :. .::::::..::::.:.:::::.:.:.:::
CCDS32 MQRRGALFGMPGGSGGRKMAAGDIGELLVPHMPTIRVPRSGDRVYKNECAFSYDSPNSEG
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 GLYICMNTFLGFGKQYVERHFNKTGQRVYLHLRRTRRPKEEDPATGTGDPPRKKPTRLAI
:::.::::::.::...::::: :::: ::.::.: : : . :.: : :... ... .
CCDS32 GLYVCMNTFLAFGREHVERHFRKTGQSVYMHLKRHVREKVRG-ASG-GALPKRRNSKIFL
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 GVEGGFDLSEEKFELDEDVKIVILPDYLEIARDGLGGLPDIVRDRVTSAVEALLSADSAS
.. ::. . .: ....:.::.::. ::: .. :: .: : : .:.::. :
CCDS32 DLDTDDDLNSDDYEYEDEAKLVIFPDHYEIALPNIEELPALV----TIACDAVLSSKSPY
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 RKQEVQAWDGEVRQVSKHAFSLKQLDNPARIPPCGWKCSKCDMRENLWLNLTDGSILCGR
:::. ..:..:. :::.: .: :::: .:::: ::::..::.::::::::::::.:::.
CCDS32 RKQDPDTWENEL-PVSKYANNLTQLDNGVRIPPSGWKCARCDLRENLWLNLTDGSVLCGK
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 RYFDGSGGNNHAVEHYRETGYPLAVKLGTITPDGADVYSYDEDDMVLDPSLAEHLSHFGI
.::.::::.::.::::. ::::::::::::::::::::..:.. :::: ::.::.::::
CCDS32 WFFDSSGGNGHALEHYRDMGYPLAVKLGTITPDGADVYSFQEEEPVLDPHLAKHLAHFGI
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 DMLKMQKTDKTMTELEIDMNQRIGEWELIQESGVPLKPLFGPGYTGIRNLGNSCYLNSVV
:::.:. :.. . . :.. :..:::.:::::. :::..::::::..::::::::.::.
CCDS32 DMLHMHGTENGLQ--DNDIKLRVSEWEVIQESGTKLKPMYGPGYTGLKNLGNSCYLSSVM
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 QVLFSIPDFQRKYVDKLEKIFQNAPTDPTQDFSTQVAKLGHGLLSGEYSKPVPESGDGER
:..::::.::: :: .: .::. .: ::::::.::..:::::::::.:::: .: :.
CCDS32 QAIFSIPEFQRAYVGNLPRIFDYSPLDPTQDFNTQMTKLGHGLLSGQYSKPPVKSELIEQ
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450
pF1KB3 V--PEQKEVQDGIAPRMFKALIGKGHPEFSTNRQQDAQEFFLHLINMVERNCRSSENPNE
: :.: :.::.::::::...:.:::::.:::::::::::::.:.:::: .::::..
CCDS32 VMKEEHKPQQNGISPRMFKAFVSKSHPEFSSNRQQDAQEFFLHLVNLVERNRIGSENPSD
420 430 440 450 460 470
460 470 480 490 500 510
pF1KB3 VFRFLVEEKIKCLATEKVKYTQRVDYIMQLPVPMDAALNKEELLEYEEKKRQAEEEKMAL
::::::::.:.: :.::.::.::::.::::: :.:: ::.::. :: .:.:: .. :
CCDS32 VFRFLVEERIQCCQTRKVRYTERVDYLMQLPVAMEAATNKDELIAYELTRREAEANRRPL
480 490 500 510 520 530
520 530 540 550 560 570
pF1KB3 PELVRAQVPFSSCLEAYGAPEQVDDFWSTALQAKSVAVKTTRFASFPDYLVIQIKKFTFG
::::::..:::.::.:.. ::.::::::.::::::..:::.::::::.:::.::::::::
CCDS32 PELVRAKIPFSACLQAFSEPENVDDFWSSALQAKSAGVKTSRFASFPEYLVVQIKKFTFG
540 550 560 570 580 590
580 590 600 610 620 630
pF1KB3 LDWVPKKLDVSIEMPEELDISQLRGTGLQPGEEELPDIAPPLVTPDEPKGSLGFYGNEDE
:::::::.::::.::. :::..::. ::::::::::::.::.: ::. : : :.
CCDS32 LDWVPKKFDVSIDMPDLLDINHLRARGLQPGEEELPDISPPIVIPDDSKDRLM---NQLI
600 610 620 630 640
640 650 660 670 680 690
pF1KB3 DSFCSPHFSSPTSPMLDESVIIQLVEMGFPMDACRKAVYYTGNSGAEAAMNWVMSHMDDP
: :.. .::: ..::.:::::..:::::::.::: :::.:.::.. ::..:
CCDS32 D---------PSD--IDESSVMQLAEMGFPLEACRKAVYFTGNMGAEVAFNWIIVHMEEP
650 660 670 680 690
700 710 720 730 740 750
pF1KB3 DFANPLILPGSSGPGSTSAAA-------DPPPEDCVTTIVSMGFSRDQALKALRATNNSL
:::.:: .:: .: .:..:.. . :::. :. :.::::.:.::..:::::::.:
CCDS32 DFAEPLTMPGYGGAASAGASVFGASGLDNQPPEEIVAIITSMGFQRNQAIQALRATNNNL
700 710 720 730 740 750
760 770 780 790 800 810
pF1KB3 ERAVDWIFSHID-DLDAEAAMDISEGRSAADSISESVPVGPKVRDGPGKYQLFAFISHMG
:::.:::::: . . :.. .... :. . :. :::. : ::.:.:: : :.:::::::::
CCDS32 ERALDWIFSHPEFEEDSDFVIEM-ENNANANIISEAKPEGPRVKDGSGTYELFAFISHMG
760 770 780 790 800 810
820 830 840 850
pF1KB3 TSTMCGHYVCHIKKEGRWVIYNDQKVCASEKPPKDLGYIYFYQRVAS
:::: :::.::::::::::::::.::::::.:::::::.:::.:. :
CCDS32 TSTMSGHYICHIKKEGRWVIYNDHKVCASERPPKDLGYMYFYRRIPS
820 830 840 850 860
858 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 13:29:47 2016 done: Thu Nov 3 13:29:47 2016
Total Scan time: 4.530 Total Display time: 0.080
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]