Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3382
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3382, 421 aa
1>>>pF1KB3382 421 - 421 aa - 421 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0116+/-0.0009; mu= 13.1726+/- 0.054
mean_var=66.8451+/-13.752, 0's: 0 Z-trim(105.8): 38 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.156870
statistics sampled from 8596 (8630) to 8596 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.647), E-opt: 0.2 (0.265), width: 16
Scan time: 2.790
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS323.1 RCC1 gene_id:1104|Hs108|chr1 ( 421) 2822 647.6 6.3e-186
CCDS41295.1 RCC1 gene_id:1104|Hs108|chr1 ( 452) 2676 614.6 6e-176
CCDS181.1 RCC2 gene_id:55920|Hs108|chr1 ( 522) 394 98.2 2e-20
CCDS82939.1 HERC3 gene_id:8916|Hs108|chr4 ( 368) 310 79.1 7.6e-15
CCDS60541.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10 ( 979) 311 79.4 1.6e-14
CCDS7274.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10 (1049) 311 79.4 1.8e-14
CCDS41533.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10 (1057) 311 79.4 1.8e-14
CCDS34028.1 HERC3 gene_id:8916|Hs108|chr4 (1050) 310 79.2 2.1e-14
CCDS7828.1 SERGEF gene_id:26297|Hs108|chr11 ( 458) 295 75.8 9.9e-14
CCDS45277.1 HERC1 gene_id:8925|Hs108|chr15 (4861) 298 76.6 5.7e-13
CCDS32597.1 NEK8 gene_id:284086|Hs108|chr17 ( 692) 273 70.8 4.6e-12
CCDS10021.1 HERC2 gene_id:8924|Hs108|chr15 (4834) 271 70.5 3.9e-11
CCDS54777.1 HERC6 gene_id:55008|Hs108|chr4 ( 986) 261 68.1 4.2e-11
CCDS47098.1 HERC6 gene_id:55008|Hs108|chr4 (1022) 261 68.1 4.4e-11
>>CCDS323.1 RCC1 gene_id:1104|Hs108|chr1 (421 aa)
initn: 2822 init1: 2822 opt: 2822 Z-score: 3451.4 bits: 647.6 E(32554): 6.3e-186
Smith-Waterman score: 2822; 100.0% identity (100.0% similar) in 421 aa overlap (1-421:1-421)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MSPKRIAKRRSPPADAIPKSKKVKVSHRSHSTEPGLVLTLGQGDVGQLGLGENVMERKKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MSPKRIAKRRSPPADAIPKSKKVKVSHRSHSTEPGLVLTLGQGDVGQLGLGENVMERKKP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 ALVSIPEDVVQAEAGGMHTVCLSKSGQVYSFGCNDEGALGRDTSVEGSEMVPGKVELQEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 ALVSIPEDVVQAEAGGMHTVCLSKSGQVYSFGCNDEGALGRDTSVEGSEMVPGKVELQEK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 VVQVSAGDSHTAALTDDGRVFLWGSFRDNNGVIGLLEPMKKSMVPVQVQLDVPVVKVASG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 VVQVSAGDSHTAALTDDGRVFLWGSFRDNNGVIGLLEPMKKSMVPVQVQLDVPVVKVASG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 NDHLVMLTADGDLYTLGCGEQGQLGRVPELFANRGGRQGLERLLVPKCVMLKSRGSRGHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 NDHLVMLTADGDLYTLGCGEQGQLGRVPELFANRGGRQGLERLLVPKCVMLKSRGSRGHV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 RFQDAFCGAYFTFAISHEGHVYGFGLSNYHQLGTPGTESCFIPQNLTSFKNSTKSWVGFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 RFQDAFCGAYFTFAISHEGHVYGFGLSNYHQLGTPGTESCFIPQNLTSFKNSTKSWVGFS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 GGQHHTVCMDSEGKAYSLGRAEYGRLGLGEGAEEKSIPTLISRLPAVSSVACGASVGYAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 GGQHHTVCMDSEGKAYSLGRAEYGRLGLGEGAEEKSIPTLISRLPAVSSVACGASVGYAV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 TKDGRVFAWGMGTNYQLGTGQDEDAWSPVEMMGKQLENRVVLSVSSGGQHTVLLVKDKEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 TKDGRVFAWGMGTNYQLGTGQDEDAWSPVEMMGKQLENRVVLSVSSGGQHTVLLVKDKEQ
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 S
:
CCDS32 S
>>CCDS41295.1 RCC1 gene_id:1104|Hs108|chr1 (452 aa)
initn: 2808 init1: 2665 opt: 2676 Z-score: 3272.3 bits: 614.6 E(32554): 6e-176
Smith-Waterman score: 2750; 93.1% identity (93.1% similar) in 452 aa overlap (1-421:1-452)
10 20
pF1KB3 MSPKRIAKRRSPPADAIPKSKKVK-------------------------------VSHRS
:::::::::::::::::::::::: :::::
CCDS41 MSPKRIAKRRSPPADAIPKSKKVKDTRAAASRRVPGARSCQGACGPSPPDQKTRPVSHRS
10 20 30 40 50 60
30 40 50 60 70 80
pF1KB3 HSTEPGLVLTLGQGDVGQLGLGENVMERKKPALVSIPEDVVQAEAGGMHTVCLSKSGQVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 HSTEPGLVLTLGQGDVGQLGLGENVMERKKPALVSIPEDVVQAEAGGMHTVCLSKSGQVY
70 80 90 100 110 120
90 100 110 120 130 140
pF1KB3 SFGCNDEGALGRDTSVEGSEMVPGKVELQEKVVQVSAGDSHTAALTDDGRVFLWGSFRDN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 SFGCNDEGALGRDTSVEGSEMVPGKVELQEKVVQVSAGDSHTAALTDDGRVFLWGSFRDN
130 140 150 160 170 180
150 160 170 180 190 200
pF1KB3 NGVIGLLEPMKKSMVPVQVQLDVPVVKVASGNDHLVMLTADGDLYTLGCGEQGQLGRVPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 NGVIGLLEPMKKSMVPVQVQLDVPVVKVASGNDHLVMLTADGDLYTLGCGEQGQLGRVPE
190 200 210 220 230 240
210 220 230 240 250 260
pF1KB3 LFANRGGRQGLERLLVPKCVMLKSRGSRGHVRFQDAFCGAYFTFAISHEGHVYGFGLSNY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LFANRGGRQGLERLLVPKCVMLKSRGSRGHVRFQDAFCGAYFTFAISHEGHVYGFGLSNY
250 260 270 280 290 300
270 280 290 300 310 320
pF1KB3 HQLGTPGTESCFIPQNLTSFKNSTKSWVGFSGGQHHTVCMDSEGKAYSLGRAEYGRLGLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 HQLGTPGTESCFIPQNLTSFKNSTKSWVGFSGGQHHTVCMDSEGKAYSLGRAEYGRLGLG
310 320 330 340 350 360
330 340 350 360 370 380
pF1KB3 EGAEEKSIPTLISRLPAVSSVACGASVGYAVTKDGRVFAWGMGTNYQLGTGQDEDAWSPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 EGAEEKSIPTLISRLPAVSSVACGASVGYAVTKDGRVFAWGMGTNYQLGTGQDEDAWSPV
370 380 390 400 410 420
390 400 410 420
pF1KB3 EMMGKQLENRVVLSVSSGGQHTVLLVKDKEQS
::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 EMMGKQLENRVVLSVSSGGQHTVLLVKDKEQS
430 440 450
>>CCDS181.1 RCC2 gene_id:55920|Hs108|chr1 (522 aa)
initn: 272 init1: 111 opt: 394 Z-score: 480.1 bits: 98.2 E(32554): 2e-20
Smith-Waterman score: 394; 24.8% identity (58.1% similar) in 387 aa overlap (50-421:132-506)
20 30 40 50 60 70
pF1KB3 SKKVKVSHRSHSTEPGLVLTLGQGDVGQLGLGENVM-ERKKPALVSIPEDVVQAEAGGMH
::.:. .. :... .: . . . :
CCDS18 CKGQLLIFGATNWDLIGRKEVPKQQAAYRNLGQNLWGPHRYGCLAGVRVRTVVSGSCAAH
110 120 130 140 150 160
80 90 100 110 120 130
pF1KB3 TVCLSKSGQVYSFGCNDEGALGR-DTS-VEGSEMVPGKVELQEKVVQVSAGDSHTAALTD
.. .. :...:.: :..: ::. ::. ::. ... : .: .:... : .:: :::.
CCDS18 SLLITTEGKLWSWGRNEKGQLGHGDTKRVEAPRLIEGLS--HEVIVSAACGRNHTLALTE
170 180 190 200 210
140 150 160 170 180 190
pF1KB3 DGRVFLWGSFRDNNGVIGLLEPMKKSMVPVQVQLD-VPVVKVASGNDHLVMLTADGDLYT
: :: .: ... : .:: . :.:.. . :..:.: : . ... :.::.
CCDS18 TGSVFAFG--ENKMGQLGLGNQTDAVPSPAQIMYNGQPITKMACGAEFSMIMDCKGNLYS
220 230 240 250 260 270
200 210 220 230 240
pF1KB3 LGCGEQGQLGRVPE-LFANRGGRQGLERLLVPKCVML---KSRGSR----GHVRFQDAFC
.:: : ::::. . : :. : . :::. : . :.. .. .: .:. :
CCDS18 FGCPEYGQLGHNSDGKFIARAQRIEYDCELVPRRVAIFIEKTKDGQILPVPNVVVRDVAC
280 290 300 310 320 330
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 GAYFTFAISHEGHVYGFGLSNYHQLGTPGTESCFIPQNLTSFKNSTKSWVGFSGGQHHTV
:: :.... . .:...:...: .:: .. ..:. . : .. . .: .
CCDS18 GANHTLVLDSQKRVFSWGFGGYGRLGHAEQKDEMVPRLVKLFDFPGRGASQIYAGYTCSF
340 350 360 370 380 390
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 CMDSEGKAYSLGRAEYGRLGLGEGAEEKSIPTLISRLPA--VSSVACGASVGYAVTKDGR
.. : . : .. .: : : .. : . . :.::: : . :. :
CCDS18 AVSEVGGLFFWGATNTSR-------ESTMYPKAVQDLCGWRIRSLACGKS-SIIVAADES
400 410 420 430 440
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 VFAWGMGTNY-QLGTGQDEDAWSPVEMMGKQLENRVVLSVSSGGQHTVLLVKDKEQS
...:: . .. .:: :. . : . . : :.. .:. : .:......:. ..
CCDS18 TISWGPSPTFGELGYGDHKPKSSTAAQEVKTLDGIFSEQVAMGYSHSLVIARDESETEKE
450 460 470 480 490 500
CCDS18 KIKKLPEYNPRTL
510 520
>>CCDS82939.1 HERC3 gene_id:8916|Hs108|chr4 (368 aa)
initn: 268 init1: 191 opt: 310 Z-score: 380.0 bits: 79.1 E(32554): 7.6e-15
Smith-Waterman score: 362; 30.4% identity (57.3% similar) in 286 aa overlap (127-407:92-357)
100 110 120 130 140 150
pF1KB3 GALGRDTSVEGSEMVPGKVELQEKVVQVSAGDSHTAALTDDGRVFLWGSFRDNNGVIGLL
:.::. ::.: :..: ::. : : .::.
CCDS82 TKGQLGHEREGNKPEQIGALADQHIIHVACGESHSLALSDRGQLFSWGAGSD--GQLGLM
70 80 90 100 110
160 170 180 190 200 210
pF1KB3 EPMKKSMVPVQVQ-LDVP-VVKVASGNDHLVMLTADGDLYTLGCGEQGQLGRVPELFANR
. :: .: :. ...:. :: : . :.:::...: : . .:::: : : ..
CCDS82 TTEDSVAVPRLIQKLNQQTILQVSCGNWHCLALAADGQFFTWGKNSHGQLGLGKE-FPSQ
120 130 140 150 160 170
220 230 240 250 260 270
pF1KB3 GGRQGLERLLVPKCVMLKSRGSRGHVRFQDAFCGAYFTFAISHEGHVYGFGLSNYHQLGT
.. : . :. .: : : ::. .::.: : :.:.:..: :::
CCDS82 ASPQ-------------RVRSLEGIPLAQVAAGGAH-SFALSLSGAVFGWGMNNAGQLGL
180 190 200 210 220
280 290 300 310 320 330
pF1KB3 PGTESCFIPQNLTSFKNSTKSWVGFSGGQHHTVCMDSEGKAYSLGRAEYGRLGLGEGAEE
.. : .. .. :.. : .: :..::. . . : ....: . :.:: .:
CCDS82 SDEKDRESPCHVKLLR--TQKVVYISCGEEHTAVLTKSGGVFTFGAGSCGQLGHDSMNDE
230 240 250 260 270 280
340 350 360 370 380 390
pF1KB3 KSIPTLISRL--PAVSSVACGASVGYA-VTKDGRVFAWGMGTNYQLGTGQDEDAWSPVEM
. : . .: :...::: . : : ..: ..:.: :. :::::. .. : .
CCDS82 VN-PRRVLELMGSEVTQIACGRQHTLAFVPSSGLIYAFGCGARGQLGTGHTCNVKCPSPV
290 300 310 320 330 340
400 410 420
pF1KB3 MGKQLENRVVLSVSSGGQHTVLLVKDKEQS
: . ::. .:
CCDS82 KGYWAAHSGQLSARAGKNDCLWNLKVF
350 360
>>CCDS60541.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10 (979 aa)
initn: 308 init1: 155 opt: 311 Z-score: 374.0 bits: 79.4 E(32554): 1.6e-14
Smith-Waterman score: 515; 31.1% identity (60.2% similar) in 367 aa overlap (37-393:1-343)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 AKRRSPPADAIPKSKKVKVSHRSHSTEPGLVLTLGQGDVGQLGLG----ENVMERKKPAL
.: :... :::::: : :.: .: .
CCDS60 MLCWGNASFGQLGLGGIDEEIVLEPRKSDF
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 VSIPEDVVQAEAGGMHTVCLSKSGQVYSFGCNDEGALGRDTSVEGSEMVPGKVELQ-EKV
: . : .. : ::: . .: ::. :::: : ::.. : . :.: : :. ...
CCDS60 F-INKRVRDVGCGLRHTVFVLDDGTVYTCGCNDLGQLGHEKSRKKPEQV---VALDAQNI
40 50 60 70 80
130 140 150 160 170
pF1KB3 VQVSAGDSHTAALTDDGRVFLWGSFRDNNGVIGLLEPMKKSMVPVQVQL--DVPVVKVAS
: :: :..:: ::.: :.:. :: :..: .::. . :: ... :. .:.::
CCDS60 VAVSCGEAHTLALNDKGQVYAWGL--DSDGQLGLVGSEECIRVPRNIKSLSDIQIVQVAC
90 100 110 120 130 140
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 GNDHLVMLTADGDLYTLGCGEQGQLGRVPELFANRGGRQGLERLLVPKCVMLKSRGSRGH
: : . :. .... : .. :::: ... .: .:: : .. :
CCDS60 GYYHSLALSKASEVFCWGQNKYGQLG-----LGTDCKKQTSPQLL--KSLL----G----
150 160 170 180
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 VRFQDAFCGAYFTFAISHEGHVYGFGLSNYHQLGTPGTESCFIPQNLTSFKNSTKSWVGF
. :... :. .:... : ..:.: ... ::: .. ..:. : :.. ... : .
CCDS60 IPFMQVAAGGAHSFVLTLSGAIFGWGRNKFGQLGLNDENDRYVPNLLKSLR--SQKIVYI
190 200 210 220 230 240
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 SGGQHHTVCMDSEGKAYSLGRAEYGRLGLGEGAEEKSIPTLISRL--PAVSSVACGASVG
:. ::. . .:: ....: . ::.:: . ..: . : . .: :. .::: .
CCDS60 CCGEDHTAALTKEGGVFTFGAGGYGQLGHNSTSHEIN-PRKVFELMGSIVTEIACGRQHT
250 260 270 280 290 300
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 YA-VTKDGRVFAWGMGTNYQLGTGQDEDAWSPVEMMGKQLENRVVLSVSSGGQHTVLLVK
: : ..::....:.: : :::::. . :: . :
CCDS60 SAFVPSSGRIYSFGLGGNGQLGTGSTSNRKSPFTVKGNWYPYNGQCLPDIDSEEYFCVKR
310 320 330 340 350 360
420
pF1KB3 DKEQS
CCDS60 IFSGGDQSFSHYSSPQNCGPPDDFRCPNPTKQIWTVNEALIQKWLSYPSGRFPVEIANEI
370 380 390 400 410 420
>>CCDS7274.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10 (1049 aa)
initn: 308 init1: 155 opt: 311 Z-score: 373.5 bits: 79.4 E(32554): 1.8e-14
Smith-Waterman score: 515; 31.1% identity (60.2% similar) in 367 aa overlap (37-393:1-343)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 AKRRSPPADAIPKSKKVKVSHRSHSTEPGLVLTLGQGDVGQLGLG----ENVMERKKPAL
.: :... :::::: : :.: .: .
CCDS72 MLCWGNASFGQLGLGGIDEEIVLEPRKSDF
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 VSIPEDVVQAEAGGMHTVCLSKSGQVYSFGCNDEGALGRDTSVEGSEMVPGKVELQ-EKV
: . : .. : ::: . .: ::. :::: : ::.. : . :.: : :. ...
CCDS72 F-INKRVRDVGCGLRHTVFVLDDGTVYTCGCNDLGQLGHEKSRKKPEQV---VALDAQNI
40 50 60 70 80
130 140 150 160 170
pF1KB3 VQVSAGDSHTAALTDDGRVFLWGSFRDNNGVIGLLEPMKKSMVPVQVQL--DVPVVKVAS
: :: :..:: ::.: :.:. :: :..: .::. . :: ... :. .:.::
CCDS72 VAVSCGEAHTLALNDKGQVYAWGL--DSDGQLGLVGSEECIRVPRNIKSLSDIQIVQVAC
90 100 110 120 130 140
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 GNDHLVMLTADGDLYTLGCGEQGQLGRVPELFANRGGRQGLERLLVPKCVMLKSRGSRGH
: : . :. .... : .. :::: ... .: .:: : .. :
CCDS72 GYYHSLALSKASEVFCWGQNKYGQLG-----LGTDCKKQTSPQLL--KSLL----G----
150 160 170 180
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 VRFQDAFCGAYFTFAISHEGHVYGFGLSNYHQLGTPGTESCFIPQNLTSFKNSTKSWVGF
. :... :. .:... : ..:.: ... ::: .. ..:. : :.. ... : .
CCDS72 IPFMQVAAGGAHSFVLTLSGAIFGWGRNKFGQLGLNDENDRYVPNLLKSLR--SQKIVYI
190 200 210 220 230 240
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 SGGQHHTVCMDSEGKAYSLGRAEYGRLGLGEGAEEKSIPTLISRL--PAVSSVACGASVG
:. ::. . .:: ....: . ::.:: . ..: . : . .: :. .::: .
CCDS72 CCGEDHTAALTKEGGVFTFGAGGYGQLGHNSTSHEIN-PRKVFELMGSIVTEIACGRQHT
250 260 270 280 290 300
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 YA-VTKDGRVFAWGMGTNYQLGTGQDEDAWSPVEMMGKQLENRVVLSVSSGGQHTVLLVK
: : ..::....:.: : :::::. . :: . :
CCDS72 SAFVPSSGRIYSFGLGGNGQLGTGSTSNRKSPFTVKGNWYPYNGQCLPDIDSEEYFCVKR
310 320 330 340 350 360
420
pF1KB3 DKEQS
CCDS72 IFSGGDQSFSHYSSPQNCGPPDDFRCPNPTKQIWTVNEALIQKWLSYPSGRFPVEIANEI
370 380 390 400 410 420
>>CCDS41533.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10 (1057 aa)
initn: 308 init1: 155 opt: 311 Z-score: 373.4 bits: 79.4 E(32554): 1.8e-14
Smith-Waterman score: 515; 31.1% identity (60.2% similar) in 367 aa overlap (37-393:1-343)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 AKRRSPPADAIPKSKKVKVSHRSHSTEPGLVLTLGQGDVGQLGLG----ENVMERKKPAL
.: :... :::::: : :.: .: .
CCDS41 MLCWGNASFGQLGLGGIDEEIVLEPRKSDF
10 20 30
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]