Result of FASTA (omim) for
pF1KB3124
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3124, 556 aa
1>>>pF1KB3124 556 - 556 aa - 556 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8450+/-0.000365; mu= 16.2630+/- 0.023
mean_var=75.7812+/-15.258, 0's: 0 Z-trim(113.8): 28 B-trim: 382 in 1/54
Lambda= 0.147331
statistics sampled from 23348 (23376) to 23348 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.641), E-opt: 0.2 (0.274), width: 16
Scan time: 8.900
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001439 (OMIM: 194070,300168,312870) glypican-4 ( 556) 3749 806.5 0
NP_005699 (OMIM: 258315,604404) glypican-6 precurs ( 555) 2422 524.4 3.6e-148
XP_016875787 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glyp ( 485) 2219 481.3 3.1e-135
XP_016875789 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glyp ( 485) 2219 481.3 3.1e-135
XP_011519346 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glyp ( 485) 2219 481.3 3.1e-135
XP_016875788 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glyp ( 485) 2219 481.3 3.1e-135
XP_016875790 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glyp ( 433) 2013 437.4 4.2e-122
NP_002072 (OMIM: 600395) glypican-1 precursor [Hom ( 558) 1158 255.8 2.7e-67
XP_016875791 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glyp ( 324) 1100 243.3 8.7e-64
XP_011509278 (OMIM: 600395) PREDICTED: glypican-1 ( 486) 932 207.7 6.9e-53
XP_016875924 (OMIM: 602446) PREDICTED: glypican-5 ( 565) 712 161.0 9.4e-39
NP_004457 (OMIM: 602446) glypican-5 precursor [Hom ( 572) 712 161.0 9.5e-39
XP_011519356 (OMIM: 602446) PREDICTED: glypican-5 ( 480) 705 159.4 2.3e-38
XP_011519362 (OMIM: 602446) PREDICTED: glypican-5 ( 443) 658 149.4 2.2e-35
XP_016875925 (OMIM: 602446) PREDICTED: glypican-5 ( 444) 658 149.4 2.2e-35
XP_011519359 (OMIM: 602446) PREDICTED: glypican-5 ( 444) 658 149.4 2.2e-35
XP_011519360 (OMIM: 602446) PREDICTED: glypican-5 ( 444) 658 149.4 2.2e-35
XP_016875926 (OMIM: 602446) PREDICTED: glypican-5 ( 444) 658 149.4 2.2e-35
XP_011519361 (OMIM: 602446) PREDICTED: glypican-5 ( 444) 658 149.4 2.2e-35
XP_011519358 (OMIM: 602446) PREDICTED: glypican-5 ( 444) 658 149.4 2.2e-35
XP_011519357 (OMIM: 602446) PREDICTED: glypican-5 ( 444) 658 149.4 2.2e-35
NP_004475 (OMIM: 194070,300037,312870) glypican-3 ( 580) 591 135.3 5.3e-31
XP_016884902 (OMIM: 194070,300037,312870) PREDICTE ( 486) 560 128.6 4.4e-29
NP_001158089 (OMIM: 194070,300037,312870) glypican ( 603) 523 120.8 1.2e-26
NP_001158091 (OMIM: 194070,300037,312870) glypican ( 526) 456 106.5 2.1e-22
NP_001158090 (OMIM: 194070,300037,312870) glypican ( 564) 453 105.9 3.5e-22
>>NP_001439 (OMIM: 194070,300168,312870) glypican-4 prec (556 aa)
initn: 3749 init1: 3749 opt: 3749 Z-score: 4305.6 bits: 806.5 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 3749; 100.0% identity (100.0% similar) in 556 aa overlap (1-556:1-556)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MARFGLPALLCTLAVLSAALLAAELKSKSCSEVRRLYVSKGFNKNDAPLHEINGDHLKIC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MARFGLPALLCTLAVLSAALLAAELKSKSCSEVRRLYVSKGFNKNDAPLHEINGDHLKIC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 PQGSTCCSQEMEEKYSLQSKDDFKSVVSEQCNHLQAVFASRYKKFDEFFKELLENAEKSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PQGSTCCSQEMEEKYSLQSKDDFKSVVSEQCNHLQAVFASRYKKFDEFFKELLENAEKSL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 NDMFVKTYGHLYMQNSELFKDLFVELKRYYVVGNVNLEEMLNDFWARLLERMFRLVNSQY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NDMFVKTYGHLYMQNSELFKDLFVELKRYYVVGNVNLEEMLNDFWARLLERMFRLVNSQY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 HFTDEYLECVSKYTEQLKPFGDVPRKLKLQVTRAFVAARTFAQGLAVAGDVVSKVSVVNP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HFTDEYLECVSKYTEQLKPFGDVPRKLKLQVTRAFVAARTFAQGLAVAGDVVSKVSVVNP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 TAQCTHALLKMIYCSHCRGLVTVKPCYNYCSNIMRGCLANQGDLDFEWNNFIDAMLMVAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TAQCTHALLKMIYCSHCRGLVTVKPCYNYCSNIMRGCLANQGDLDFEWNNFIDAMLMVAE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 RLEGPFNIESVMDPIDVKISDAIMNMQDNSVQVSQKVFQGCGPPKPLPAGRISRSISESA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RLEGPFNIESVMDPIDVKISDAIMNMQDNSVQVSQKVFQGCGPPKPLPAGRISRSISESA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 FSARFRPHHPEERPTTAAGTSLDRLVTDVKEKLKQAKKFWSSLPSNVCNDERMAAGNGNE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FSARFRPHHPEERPTTAAGTSLDRLVTDVKEKLKQAKKFWSSLPSNVCNDERMAAGNGNE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 DDCWNGKGKSRYLFAVTGNGLANQGNNPEVQVDTSKPDILILRQIMALRVMTSKMKNAYN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DDCWNGKGKSRYLFAVTGNGLANQGNNPEVQVDTSKPDILILRQIMALRVMTSKMKNAYN
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 GNDVDFFDISDESSGEGSGSGCEYQQCPSEFDYNATDHAGKSANEKADSAGVRPGAQAYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GNDVDFFDISDESSGEGSGSGCEYQQCPSEFDYNATDHAGKSANEKADSAGVRPGAQAYL
490 500 510 520 530 540
550
pF1KB3 LTVFCILFLVMQREWR
::::::::::::::::
NP_001 LTVFCILFLVMQREWR
550
>>NP_005699 (OMIM: 258315,604404) glypican-6 precursor [ (555 aa)
initn: 2398 init1: 1676 opt: 2422 Z-score: 2781.2 bits: 524.4 E(85289): 3.6e-148
Smith-Waterman score: 2422; 64.8% identity (85.6% similar) in 549 aa overlap (6-553:10-552)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MARFGLPALLCTLAVLSAALLAAELKSKSCSEVRRLYVSKGFNKNDAPLHEINGDH
:: :: : : :. :..:..::.:::. : .:::. : : .:: :.:
NP_005 MPSWIGAVILP-LLGLLLSLPAG---ADVKARSCGEVRQAYGAKGFSLADIPYQEIAGEH
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 LKICPQGSTCCSQEMEEKYSLQSKDDFKSVVSEQCNHLQAVFASRYKKFDEFFKELLENA
:.:::: :::. :::.: : ::: .:...: : . ....:.::.:::::::.::::::
NP_005 LRICPQEYTCCTTEMEDKLSQQSKLEFENLVEETSHFVRTTFVSRHKKFDEFFRELLENA
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 EKSLNDMFVKTYGHLYMQNSELFKDLFVELKRYYVVGNVNLEEMLNDFWARLLERMFRLV
:::::::::.::: :::::::.:.:::.::::::. :::::::::::::::::::::.:.
NP_005 EKSLNDMFVRTYGMLYMQNSEVFQDLFTELKRYYTGGNVNLEEMLNDFWARLLERMFQLI
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 NSQYHFTDEYLECVSKYTEQLKPFGDVPRKLKLQVTRAFVAARTFAQGLAVAGDVVSKVS
: ::::...:::::::::.:::::::::::::.::::::.:::::.:::.:. .:...::
NP_005 NPQYHFSEDYLECVSKYTDQLKPFGDVPRKLKIQVTRAFIAARTFVQGLTVGREVANRVS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 VVNPTAQCTHALLKMIYCSHCRGLVTVKPCYNYCSNIMRGCLANQGDLDFEWNNFIDAML
:.:: : .::.::.:: .:::: ::.:: ::: :.:.::::::.::: ::: ::::::
NP_005 KVSPTPGCIRALMKMLYCPYCRGLPTVRPCNNYCLNVMKGCLANQADLDTEWNLFIDAML
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 MVAERLEGPFNIESVMDPIDVKISDAIMNMQDNSVQVSQKVFQGCGPPKPLPAGRISRSI
.:::::::::::::::::::::::.::::::.::.::: ::::::: ::: :: : .::
NP_005 LVAERLEGPFNIESVMDPIDVKISEAIMNMQENSMQVSAKVFQGCGQPKPAPALRSARSA
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 SESAFSARFRPHHPEERPTTAAGTSLDRLVTDVKEKLKQAKKFWSSLPSNVCNDERMAAG
:. :..::::..:::::::::::::::::::.::::: .:: ::.:: ..:.:: ..::
NP_005 PEN-FNTRFRPYNPEERPTTAAGTSLDRLVTDIKEKLKLSKKVWSALPYTICKDESVTAG
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 NGNEDDCWNGKGKSRYLFAVTGNGLANQGNNPEVQVDTSKPDILILRQIMALRVMTSKMK
..::..::::..:.::: . ..::.:: :::::.:: ..:: .: .:::::::::.:.:
NP_005 TSNEEECWNGHSKARYLPEIMNDGLTNQINNPEVDVDITRPDTFIRQQIMALRVMTNKLK
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 NAYNGNDVDFFDISDESSGEGSGSGCEYQQCPSEFDYNATDHAGKSANEK-ADSAGVRPG
::::::::.: : :::::: :::::: . ::.::.. .:. . . ... .::.... :
NP_005 NAYNGNDVNFQDTSDESSGSGSGSGCMDDVCPTEFEFVTTEAPAVDPDRREVDSSAAQRG
480 490 500 510 520 530
540 550
pF1KB3 AQAYLLTVFCILFLVMQREWR
. .. ::. :..::
NP_005 HSLLSWSLTCIV-LALQRLCR
540 550
>>XP_016875787 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glypican (485 aa)
initn: 2198 init1: 1476 opt: 2219 Z-score: 2548.9 bits: 481.3 E(85289): 3.1e-135
Smith-Waterman score: 2219; 66.7% identity (87.6% similar) in 484 aa overlap (71-553:1-482)
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 GFNKNDAPLHEINGDHLKICPQGSTCCSQEMEEKYSLQSKDDFKSVVSEQCNHLQAVFAS
::.: : ::: .:...: : . ....:.:
XP_016 MEDKLSQQSKLEFENLVEETSHFVRTTFVS
10 20 30
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 RYKKFDEFFKELLENAEKSLNDMFVKTYGHLYMQNSELFKDLFVELKRYYVVGNVNLEEM
:.:::::::.:::::::::::::::.::: :::::::.:.:::.::::::. ::::::::
XP_016 RHKKFDEFFRELLENAEKSLNDMFVRTYGMLYMQNSEVFQDLFTELKRYYTGGNVNLEEM
40 50 60 70 80 90
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 LNDFWARLLERMFRLVNSQYHFTDEYLECVSKYTEQLKPFGDVPRKLKLQVTRAFVAART
:::::::::::::.:.: ::::...:::::::::.:::::::::::::.::::::.::::
XP_016 LNDFWARLLERMFQLINPQYHFSEDYLECVSKYTDQLKPFGDVPRKLKIQVTRAFIAART
100 110 120 130 140 150
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 FAQGLAVAGDVVSKVSVVNPTAQCTHALLKMIYCSHCRGLVTVKPCYNYCSNIMRGCLAN
:.:::.:. .:...:: :.:: : .::.::.:: .:::: ::.:: ::: :.:.:::::
XP_016 FVQGLTVGREVANRVSKVSPTPGCIRALMKMLYCPYCRGLPTVRPCNNYCLNVMKGCLAN
160 170 180 190 200 210
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 QGDLDFEWNNFIDAMLMVAERLEGPFNIESVMDPIDVKISDAIMNMQDNSVQVSQKVFQG
:.::: ::: ::::::.:::::::::::::::::::::::.::::::.::.::: :::::
XP_016 QADLDTEWNLFIDAMLLVAERLEGPFNIESVMDPIDVKISEAIMNMQENSMQVSAKVFQG
220 230 240 250 260 270
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 CGPPKPLPAGRISRSISESAFSARFRPHHPEERPTTAAGTSLDRLVTDVKEKLKQAKKFW
:: ::: :: : .:: :. :..::::..:::::::::::::::::::.::::: .:: :
XP_016 CGQPKPAPALRSARSAPEN-FNTRFRPYNPEERPTTAAGTSLDRLVTDIKEKLKLSKKVW
280 290 300 310 320
410 420 430 440 450 460
pF1KB3 SSLPSNVCNDERMAAGNGNEDDCWNGKGKSRYLFAVTGNGLANQGNNPEVQVDTSKPDIL
:.:: ..:.:: ..::..::..::::..:.::: . ..::.:: :::::.:: ..:: .
XP_016 SALPYTICKDESVTAGTSNEEECWNGHSKARYLPEIMNDGLTNQINNPEVDVDITRPDTF
330 340 350 360 370 380
470 480 490 500 510 520
pF1KB3 ILRQIMALRVMTSKMKNAYNGNDVDFFDISDESSGEGSGSGCEYQQCPSEFDYNATDHAG
: .:::::::::.:.:::::::::.: : :::::: :::::: . ::.::.. .:. .
XP_016 IRQQIMALRVMTNKLKNAYNGNDVNFQDTSDESSGSGSGSGCMDDVCPTEFEFVTTEAPA
390 400 410 420 430 440
530 540 550
pF1KB3 KSANEK-ADSAGVRPGAQAYLLTVFCILFLVMQREWR
. ... .::.... : . .. ::. :..::
XP_016 VDPDRREVDSSAAQRGHSLLSWSLTCIV-LALQRLCR
450 460 470 480
>>XP_016875789 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glypican (485 aa)
initn: 2198 init1: 1476 opt: 2219 Z-score: 2548.9 bits: 481.3 E(85289): 3.1e-135
Smith-Waterman score: 2219; 66.7% identity (87.6% similar) in 484 aa overlap (71-553:1-482)
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 GFNKNDAPLHEINGDHLKICPQGSTCCSQEMEEKYSLQSKDDFKSVVSEQCNHLQAVFAS
::.: : ::: .:...: : . ....:.:
XP_016 MEDKLSQQSKLEFENLVEETSHFVRTTFVS
10 20 30
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 RYKKFDEFFKELLENAEKSLNDMFVKTYGHLYMQNSELFKDLFVELKRYYVVGNVNLEEM
:.:::::::.:::::::::::::::.::: :::::::.:.:::.::::::. ::::::::
XP_016 RHKKFDEFFRELLENAEKSLNDMFVRTYGMLYMQNSEVFQDLFTELKRYYTGGNVNLEEM
40 50 60 70 80 90
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 LNDFWARLLERMFRLVNSQYHFTDEYLECVSKYTEQLKPFGDVPRKLKLQVTRAFVAART
:::::::::::::.:.: ::::...:::::::::.:::::::::::::.::::::.::::
XP_016 LNDFWARLLERMFQLINPQYHFSEDYLECVSKYTDQLKPFGDVPRKLKIQVTRAFIAART
100 110 120 130 140 150
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 FAQGLAVAGDVVSKVSVVNPTAQCTHALLKMIYCSHCRGLVTVKPCYNYCSNIMRGCLAN
:.:::.:. .:...:: :.:: : .::.::.:: .:::: ::.:: ::: :.:.:::::
XP_016 FVQGLTVGREVANRVSKVSPTPGCIRALMKMLYCPYCRGLPTVRPCNNYCLNVMKGCLAN
160 170 180 190 200 210
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 QGDLDFEWNNFIDAMLMVAERLEGPFNIESVMDPIDVKISDAIMNMQDNSVQVSQKVFQG
:.::: ::: ::::::.:::::::::::::::::::::::.::::::.::.::: :::::
XP_016 QADLDTEWNLFIDAMLLVAERLEGPFNIESVMDPIDVKISEAIMNMQENSMQVSAKVFQG
220 230 240 250 260 270
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 CGPPKPLPAGRISRSISESAFSARFRPHHPEERPTTAAGTSLDRLVTDVKEKLKQAKKFW
:: ::: :: : .:: :. :..::::..:::::::::::::::::::.::::: .:: :
XP_016 CGQPKPAPALRSARSAPEN-FNTRFRPYNPEERPTTAAGTSLDRLVTDIKEKLKLSKKVW
280 290 300 310 320
410 420 430 440 450 460
pF1KB3 SSLPSNVCNDERMAAGNGNEDDCWNGKGKSRYLFAVTGNGLANQGNNPEVQVDTSKPDIL
:.:: ..:.:: ..::..::..::::..:.::: . ..::.:: :::::.:: ..:: .
XP_016 SALPYTICKDESVTAGTSNEEECWNGHSKARYLPEIMNDGLTNQINNPEVDVDITRPDTF
330 340 350 360 370 380
470 480 490 500 510 520
pF1KB3 ILRQIMALRVMTSKMKNAYNGNDVDFFDISDESSGEGSGSGCEYQQCPSEFDYNATDHAG
: .:::::::::.:.:::::::::.: : :::::: :::::: . ::.::.. .:. .
XP_016 IRQQIMALRVMTNKLKNAYNGNDVNFQDTSDESSGSGSGSGCMDDVCPTEFEFVTTEAPA
390 400 410 420 430 440
530 540 550
pF1KB3 KSANEK-ADSAGVRPGAQAYLLTVFCILFLVMQREWR
. ... .::.... : . .. ::. :..::
XP_016 VDPDRREVDSSAAQRGHSLLSWSLTCIV-LALQRLCR
450 460 470 480
>>XP_011519346 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glypican (485 aa)
initn: 2198 init1: 1476 opt: 2219 Z-score: 2548.9 bits: 481.3 E(85289): 3.1e-135
Smith-Waterman score: 2219; 66.7% identity (87.6% similar) in 484 aa overlap (71-553:1-482)
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 GFNKNDAPLHEINGDHLKICPQGSTCCSQEMEEKYSLQSKDDFKSVVSEQCNHLQAVFAS
::.: : ::: .:...: : . ....:.:
XP_011 MEDKLSQQSKLEFENLVEETSHFVRTTFVS
10 20 30
110 120 130 140 150 160
pF1KB3 RYKKFDEFFKELLENAEKSLNDMFVKTYGHLYMQNSELFKDLFVELKRYYVVGNVNLEEM
:.:::::::.:::::::::::::::.::: :::::::.:.:::.::::::. ::::::::
XP_011 RHKKFDEFFRELLENAEKSLNDMFVRTYGMLYMQNSEVFQDLFTELKRYYTGGNVNLEEM
40 50 60 70 80 90
170 180 190 200 210 220
pF1KB3 LNDFWARLLERMFRLVNSQYHFTDEYLECVSKYTEQLKPFGDVPRKLKLQVTRAFVAART
:::::::::::::.:.: ::::...:::::::::.:::::::::::::.::::::.::::
XP_011 LNDFWARLLERMFQLINPQYHFSEDYLECVSKYTDQLKPFGDVPRKLKIQVTRAFIAART
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230 240 250 260 270 280
pF1KB3 FAQGLAVAGDVVSKVSVVNPTAQCTHALLKMIYCSHCRGLVTVKPCYNYCSNIMRGCLAN
:.:::.:. .:...:: :.:: : .::.::.:: .:::: ::.:: ::: :.:.:::::
XP_011 FVQGLTVGREVANRVSKVSPTPGCIRALMKMLYCPYCRGLPTVRPCNNYCLNVMKGCLAN
160 170 180 190 200 210
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 QGDLDFEWNNFIDAMLMVAERLEGPFNIESVMDPIDVKISDAIMNMQDNSVQVSQKVFQG
:.::: ::: ::::::.:::::::::::::::::::::::.::::::.::.::: :::::
XP_011 QADLDTEWNLFIDAMLLVAERLEGPFNIESVMDPIDVKISEAIMNMQENSMQVSAKVFQG
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:: ::: :: : .:: :. :..::::..:::::::::::::::::::.::::: .:: :
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:.:: ..:.:: ..::..::..::::..:.::: . ..::.:: :::::.:: ..:: .
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: .:::::::::.:.:::::::::.: : :::::: :::::: . ::.::.. .:. .
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390 400 410 420 430 440
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. ... .::.... : . .. ::. :..::
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>>XP_016875788 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glypican (485 aa)
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Smith-Waterman score: 2219; 66.7% identity (87.6% similar) in 484 aa overlap (71-553:1-482)
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pF1KB3 GFNKNDAPLHEINGDHLKICPQGSTCCSQEMEEKYSLQSKDDFKSVVSEQCNHLQAVFAS
::.: : ::: .:...: : . ....:.:
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:::::::::::::.:.: ::::...:::::::::.:::::::::::::.::::::.::::
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:.::: ::: ::::::.:::::::::::::::::::::::.::::::.::.::: :::::
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:: ::: :: : .:: :. :..::::..:::::::::::::::::::.::::: .:: :
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:.:: ..:.:: ..::..::..::::..:.::: . ..::.:: :::::.:: ..:: .
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pF1KB3 ILRQIMALRVMTSKMKNAYNGNDVDFFDISDESSGEGSGSGCEYQQCPSEFDYNATDHAG
: .:::::::::.:.:::::::::.: : :::::: :::::: . ::.::.. .:. .
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. ... .::.... : . .. ::. :..::
XP_016 VDPDRREVDSSAAQRGHSLLSWSLTCIV-LALQRLCR
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>>XP_016875790 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glypican (433 aa)
initn: 1992 init1: 1270 opt: 2013 Z-score: 2313.0 bits: 437.4 E(85289): 4.2e-122
Smith-Waterman score: 2013; 67.4% identity (87.7% similar) in 432 aa overlap (123-553:1-430)
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:::.::: :::::::.:.:::.::::::.
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:::::::::::::::::::::.:.: ::::...:::::::::.:::::::::::::.:::
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:::.:::::.:::.:. .:...:: :.:: : .::.::.:: .:::: ::.:: ::: :
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.:.::::::.::: ::: ::::::.:::::::::::::::::::::::.::::::.::.:
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:: ::::::: ::: :: : .:: :. :..::::..:::::::::::::::::::.:::
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pF1KB3 LKQAKKFWSSLPSNVCNDERMAAGNGNEDDCWNGKGKSRYLFAVTGNGLANQGNNPEVQV
:: .:: ::.:: ..:.:: ..::..::..::::..:.::: . ..::.:: :::::.:
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pF1KB3 DTSKPDILILRQIMALRVMTSKMKNAYNGNDVDFFDISDESSGEGSGSGCEYQQCPSEFD
: ..:: .: .:::::::::.:.:::::::::.: : :::::: :::::: . ::.::.
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pF1KB3 YNATDHAGKSANEK-ADSAGVRPGAQAYLLTVFCILFLVMQREWR
. .:. . . ... .::.... : . .. ::. :..::
XP_016 FVTTEAPAVDPDRREVDSSAAQRGHSLLSWSLTCIV-LALQRLCR
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>>NP_002072 (OMIM: 600395) glypican-1 precursor [Homo sa (558 aa)
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Smith-Waterman score: 1640; 43.9% identity (75.0% similar) in 560 aa overlap (9-556:10-558)
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::::: :::..::::. . .:. ...... .. :::..:.. ..::. :..::...:.
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.:. : ..:.:: ::.. :.::. ::. :: .:..::: : .::::::::.:. ..
NP_002 TLQATFPGAFGELYTQNARAFRDLYSELRLYYRGANLHLEETLAEFWARLLERLFKQLHP
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: . :.::.:..: .: :.:::..::.:.:..::::::::.:.:::.::.::: ::. :
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.... : ..:::. . . ...:: .::: .. ::.:::: :: : :
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. : : . :.::: . :: :..::...: .:.... :: :::...:. :.:: ..
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::::::::: : ::..:: :::.:: . : . . .... :: : : .: .
NP_002 AYNGNDVDFQDASDDGSGSGSGDGCLDDLCSRKVSRKSSSSRTPLTHALPGLSEQEGQKT
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pF1KB3 SAGVRPGAQAYLLTVFCILFLVMQR-EWR
::. : ..:: .. .: :.. : .::
NP_002 SAASCPQPPTFLLPLLLFLALTVARPRWR
530 540 550
>>XP_016875791 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glypican (324 aa)
initn: 1079 init1: 736 opt: 1100 Z-score: 1266.2 bits: 243.3 E(85289): 8.7e-64
Smith-Waterman score: 1100; 62.6% identity (85.1% similar) in 262 aa overlap (293-553:62-321)
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XP_016 IMNMQENSMQVSAKVFQGCGQPKPAPALRSARSAPEN-FNTRFRPYNPEERPTTAAGTSL
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pF1KB3 DRLVTDVKEKLKQAKKFWSSLPSNVCNDERMAAGNGNEDDCWNGKGKSRYLFAVTGNGLA
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XP_016 DRLVTDIKEKLKLSKKVWSALPYTICKDESVTAGTSNEEECWNGHSKARYLPEIMNDGLT
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:: :::::.:: ..:: .: .:::::::::.:.:::::::::.: : :::::: ::::::
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pF1KB3 EYQQCPSEFDYNATDHAGKSANEK-ADSAGVRPGAQAYLLTVFCILFLVMQREWR
. ::.::.. .:. . . ... .::.... : . .. ::. :..::
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Smith-Waterman score: 1414; 42.7% identity (74.6% similar) in 497 aa overlap (71-556:1-486)
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pF1KB3 GFNKNDAPLHEINGDHLKICPQGSTCCSQEMEEKYSLQSKDDFKSVVSEQCNHLQAVFAS
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XP_011 MEENLANRSHAELETALRDSSRVLQAMLAT
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110 120 130 140 150 160
pF1KB3 RYKKFDEFFKELLENAEKSLNDMFVKTYGHLYMQNSELFKDLFVELKRYYVVGNVNLEEM
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pF1KB3 LNDFWARLLERMFRLVNSQYHFTDEYLECVSKYTEQLKPFGDVPRKLKLQVTRAFVAART
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XP_011 LAEFWARLLERLFKQLHPQLLLPDDYLDCLGKQAEALRPFGEAPRELRLRATRAFVAARS
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pF1KB3 FAQGLAVAGDVVSKVSVVNPTAQCTHALLKMIYCSHCRGLVTVKPCYNYCSNIMRGCLAN
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XP_011 FVQGLGVASDVVRKVAQVPLGPECSRAVMKLVYCAHCLGVPGARPCPDYCRNVLKGCLAN
160 170 180 190 200 210
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pF1KB3 QGDLDFEWNNFIDAMLMVAERLEGPFNIESVMDPIDVKISDAIMNMQDNSVQVSQKVFQG
:.::: :: :..:.:....... : ..:::. . . ...:: .::: .. ::.::
XP_011 QADLDAEWRNLLDSMVLITDKFWGTSGVESVIGSVHTWLAEAINALQDNRDTLTAKVIQG
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:: :: : : . : : . :.::: . :: :..::...: .:.... :
XP_011 CGNPKVNPQG-------PGPEEKRRRGKLAPRERPPS--GT-LEKLVSEAKAQLRDVQDF
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pF1KB3 WSSLPSNVCNDERMAAGNGNEDDCWNGKGKSRYLFAVTGNGLANQGNNPEVQVDTSKPDI
: :::...:. :.:: .....: :::: ...::: : :.::::: :::::.:: .:::.
XP_011 WISLPGTLCS-EKMALSTASDDRCWNGMARGRYLPEVMGDGLANQINNPEVEVDITKPDM
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pF1KB3 LILRQIMALRVMTSKMKNAYNGNDVDFFDISDESSGEGSGSGCEYQQCPSEFDYNATD--
: .::: :..::.....::::::::: : ::..:: :::.:: . : . . ....
XP_011 TIRQQIMQLKIMTNRLRSAYNGNDVDFQDASDDGSGSGSGDGCLDDLCSRKVSRKSSSSR
380 390 400 410 420 430
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pF1KB3 ----HA--GKSANE-KADSAGVRPGAQAYLLTVFCILFLVMQR-EWR
:: : : .: . ::. : ..:: .. .: :.. : .::
XP_011 TPLTHALPGLSEQEGQKTSAASCPQPPTFLLPLLLFLALTVARPRWR
440 450 460 470 480
556 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 04:52:21 2016 done: Sat Nov 5 04:52:22 2016
Total Scan time: 8.900 Total Display time: 0.090
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]