Result of FASTA (omim) for
pF1KB3118
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3118, 848 aa
1>>>pF1KB3118 848 - 848 aa - 848 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.2023+/-0.000477; mu= 11.5148+/- 0.029
mean_var=126.7907+/-26.336, 0's: 0 Z-trim(113.6): 202 B-trim: 1051 in 1/51
Lambda= 0.113902
statistics sampled from 22792 (23029) to 22792 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.633), E-opt: 0.2 (0.27), width: 16
Scan time: 12.850
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001612 (OMIM: 600253) aryl hydrocarbon receptor ( 848) 5770 960.5 0
NP_001229341 (OMIM: 606517) aryl hydrocarbon recep ( 701) 1006 177.6 1.8e-43
NP_065782 (OMIM: 606517) aryl hydrocarbon receptor ( 719) 838 150.0 3.7e-35
XP_011525299 (OMIM: 603346) PREDICTED: neuronal PA ( 591) 410 79.6 4.7e-14
NP_002508 (OMIM: 603346) neuronal PAS domain-conta ( 590) 406 78.9 7.4e-14
XP_011525308 (OMIM: 603346) PREDICTED: neuronal PA ( 411) 358 70.9 1.3e-11
XP_011525309 (OMIM: 603346) PREDICTED: neuronal PA ( 411) 358 70.9 1.3e-11
XP_011525304 (OMIM: 603346) PREDICTED: neuronal PA ( 454) 358 71.0 1.4e-11
XP_011525301 (OMIM: 603346) PREDICTED: neuronal PA ( 580) 358 71.0 1.7e-11
XP_016882332 (OMIM: 603346) PREDICTED: neuronal PA ( 582) 358 71.0 1.7e-11
XP_016882330 (OMIM: 603346) PREDICTED: neuronal PA ( 651) 358 71.1 1.9e-11
XP_006723294 (OMIM: 603346) PREDICTED: neuronal PA ( 410) 354 70.3 2.1e-11
XP_016882331 (OMIM: 603346) PREDICTED: neuronal PA ( 650) 354 70.4 3e-11
XP_016864344 (OMIM: 601851) PREDICTED: circadian l ( 787) 336 67.5 2.7e-10
XP_011532712 (OMIM: 601851) PREDICTED: circadian l ( 846) 336 67.5 2.9e-10
XP_011532711 (OMIM: 601851) PREDICTED: circadian l ( 846) 336 67.5 2.9e-10
XP_016864343 (OMIM: 601851) PREDICTED: circadian l ( 846) 336 67.5 2.9e-10
XP_011532713 (OMIM: 601851) PREDICTED: circadian l ( 846) 336 67.5 2.9e-10
NP_001254772 (OMIM: 601851) circadian locomoter ou ( 846) 336 67.5 2.9e-10
NP_004889 (OMIM: 601851) circadian locomoter outpu ( 846) 336 67.5 2.9e-10
XP_005265844 (OMIM: 601851) PREDICTED: circadian l ( 846) 336 67.5 2.9e-10
XP_016859703 (OMIM: 603347) PREDICTED: neuronal PA ( 843) 303 62.1 1.2e-08
NP_002509 (OMIM: 603347) neuronal PAS domain-conta ( 824) 296 60.9 2.7e-08
XP_005264010 (OMIM: 603347) PREDICTED: neuronal PA ( 889) 296 61.0 2.9e-08
XP_011509545 (OMIM: 603347) PREDICTED: neuronal PA ( 637) 291 60.0 3.9e-08
XP_016883931 (OMIM: 600892) PREDICTED: single-mind ( 327) 285 58.9 4.4e-08
XP_016859705 (OMIM: 603347) PREDICTED: neuronal PA ( 789) 291 60.1 4.6e-08
XP_005264016 (OMIM: 603347) PREDICTED: neuronal PA ( 835) 291 60.1 4.8e-08
XP_016859704 (OMIM: 603347) PREDICTED: neuronal PA ( 838) 291 60.1 4.8e-08
NP_033664 (OMIM: 600892) single-minded homolog 2 s ( 570) 285 59.0 7e-08
NP_005060 (OMIM: 600892) single-minded homolog 2 l ( 667) 285 59.1 7.9e-08
XP_011534374 (OMIM: 601665,603128) PREDICTED: sing ( 481) 262 55.2 8.3e-07
XP_005267157 (OMIM: 601665,603128) PREDICTED: sing ( 766) 262 55.3 1.2e-06
XP_016866686 (OMIM: 601665,603128) PREDICTED: sing ( 766) 262 55.3 1.2e-06
NP_005059 (OMIM: 601665,603128) single-minded homo ( 766) 262 55.3 1.2e-06
XP_011525303 (OMIM: 603346) PREDICTED: neuronal PA ( 483) 258 54.6 1.3e-06
XP_016873237 (OMIM: 602550) PREDICTED: aryl hydroc ( 582) 240 51.6 1.2e-05
NP_001025444 (OMIM: 602550) aryl hydrocarbon recep ( 582) 240 51.6 1.2e-05
XP_011518415 (OMIM: 602550) PREDICTED: aryl hydroc ( 582) 240 51.6 1.2e-05
XP_016873234 (OMIM: 602550) PREDICTED: aryl hydroc ( 587) 240 51.6 1.2e-05
XP_016873233 (OMIM: 602550) PREDICTED: aryl hydroc ( 587) 240 51.6 1.2e-05
NP_001025443 (OMIM: 602550) aryl hydrocarbon recep ( 625) 240 51.7 1.3e-05
XP_016873232 (OMIM: 602550) PREDICTED: aryl hydroc ( 625) 240 51.7 1.3e-05
NP_001169 (OMIM: 602550) aryl hydrocarbon receptor ( 625) 240 51.7 1.3e-05
XP_016873229 (OMIM: 602550) PREDICTED: aryl hydroc ( 630) 240 51.7 1.3e-05
XP_016873230 (OMIM: 602550) PREDICTED: aryl hydroc ( 630) 240 51.7 1.3e-05
XP_011518409 (OMIM: 602550) PREDICTED: aryl hydroc ( 668) 240 51.7 1.3e-05
XP_011518407 (OMIM: 602550) PREDICTED: aryl hydroc ( 673) 240 51.7 1.3e-05
NP_001167559 (OMIM: 601937) nuclear receptor coact (1415) 236 51.2 3.9e-05
NP_006525 (OMIM: 601937) nuclear receptor coactiva (1420) 236 51.2 3.9e-05
>>NP_001612 (OMIM: 600253) aryl hydrocarbon receptor [Ho (848 aa)
initn: 5770 init1: 5770 opt: 5770 Z-score: 5131.1 bits: 960.5 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5770; 100.0% identity (100.0% similar) in 848 aa overlap (1-848:1-848)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MNSSSANITYASRKRRKPVQKTVKPIPAEGIKSNPSKRHRDRLNTELDRLASLLPFPQDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MNSSSANITYASRKRRKPVQKTVKPIPAEGIKSNPSKRHRDRLNTELDRLASLLPFPQDV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 INKLDKLSVLRLSVSYLRAKSFFDVALKSSPTERNGGQDNCRAANFREGLNLQEGEFLLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 INKLDKLSVLRLSVSYLRAKSFFDVALKSSPTERNGGQDNCRAANFREGLNLQEGEFLLQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 ALNGFVLVVTTDALVFYASSTIQDYLGFQQSDVIHQSVYELIHTEDRAEFQRQLHWALNP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ALNGFVLVVTTDALVFYASSTIQDYLGFQQSDVIHQSVYELIHTEDRAEFQRQLHWALNP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 SQCTESGQGIEEATGLPQTVVCYNPDQIPPENSPLMERCFICRLRCLLDNSSGFLAMNFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SQCTESGQGIEEATGLPQTVVCYNPDQIPPENSPLMERCFICRLRCLLDNSSGFLAMNFQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 GKLKYLHGQKKKGKDGSILPPQLALFAIATPLQPPSILEIRTKNFIFRTKHKLDFTPIGC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GKLKYLHGQKKKGKDGSILPPQLALFAIATPLQPPSILEIRTKNFIFRTKHKLDFTPIGC
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 DAKGRIVLGYTEAELCTRGSGYQFIHAADMLYCAESHIRMIKTGESGMIVFRLLTKNNRW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DAKGRIVLGYTEAELCTRGSGYQFIHAADMLYCAESHIRMIKTGESGMIVFRLLTKNNRW
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 TWVQSNARLLYKNGRPDYIIVTQRPLTDEEGTEHLRKRNTKLPFMFTTGEAVLYEATNPF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TWVQSNARLLYKNGRPDYIIVTQRPLTDEEGTEHLRKRNTKLPFMFTTGEAVLYEATNPF
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 PAIMDPLPLRTKNGTSGKDSATTSTLSKDSLNPSSLLAAMMQQDESIYLYPASSTSSTAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PAIMDPLPLRTKNGTSGKDSATTSTLSKDSLNPSSLLAAMMQQDESIYLYPASSTSSTAP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 FENNFFNESMNECRNWQDNTAPMGNDTILKHEQIDQPQDVNSFAGGHPGLFQDSKNSDLY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FENNFFNESMNECRNWQDNTAPMGNDTILKHEQIDQPQDVNSFAGGHPGLFQDSKNSDLY
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 SIMKNLGIDFEDIRHMQNEKFFRNDFSGEVDFRDIDLTDEILTYVQDSLSKSPFIPSDYQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SIMKNLGIDFEDIRHMQNEKFFRNDFSGEVDFRDIDLTDEILTYVQDSLSKSPFIPSDYQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 QQQSLALNSSCMVQEHLHLEQQQQHHQKQVVVEPQQQLCQKMKHMQVNGMFENWNSNQFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QQQSLALNSSCMVQEHLHLEQQQQHHQKQVVVEPQQQLCQKMKHMQVNGMFENWNSNQFV
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 PFNCPQQDPQQYNVFTDLHGISQEFPYKSEMDSMPYTQNFISCNQPVLPQHSKCTELDYP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PFNCPQQDPQQYNVFTDLHGISQEFPYKSEMDSMPYTQNFISCNQPVLPQHSKCTELDYP
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 MGSFEPSPYPTTSSLEDFVTCLQLPENQKHGLNPQSAIITPQTCYAGAVSMYQCQPEPQH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MGSFEPSPYPTTSSLEDFVTCLQLPENQKHGLNPQSAIITPQTCYAGAVSMYQCQPEPQH
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 THVGQMQYNPVLPGQQAFLNKFQNGVLNETYPAELNNINNTQTTTHLQPLHHPSEARPFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 THVGQMQYNPVLPGQQAFLNKFQNGVLNETYPAELNNINNTQTTTHLQPLHHPSEARPFP
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 DLTSSGFL
::::::::
NP_001 DLTSSGFL
>>NP_001229341 (OMIM: 606517) aryl hydrocarbon receptor (701 aa)
initn: 1085 init1: 608 opt: 1006 Z-score: 901.5 bits: 177.6 E(85289): 1.8e-43
Smith-Waterman score: 1065; 43.5% identity (65.2% similar) in 457 aa overlap (9-456:12-430)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MNSSSANITYASRKRRKPVQKTVKPIPAEGIKSNPSKRHRDRLNTELDRLASLLPFP
:::.::::.:.:: . :: :::::::::::::.:::.::::::::
NP_001 MPRTMIPPGECTYAGRKRRRPLQKQRPAVGAE--KSNPSKRHRDRLNAELDHLASLLPFP
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 QDVINKLDKLSVLRLSVSYLRAKSFFDVALKSSPTERNGGQ----DNCRAANFREGLNLQ
:.:.::::::::::::::::.::::.:. ..: . .: :.: : : .
NP_001 PDIISKLDKLSVLRLSVSYLRVKSFFQVVQEQSSRQPAAGAPSPGDSCPLA----GSAVL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 EGEFLLQALNGFVLVVTTDALVFYASSTIQDYLGFQQSDVIHQSVYELIHTEDRAEFQRQ
::..::..::::.:::.... .::::.:: :::::.:.::.::..:. ::..:: .: ::
NP_001 EGRLLLESLNGFALVVSAEGTIFYASATIVDYLGFHQTDVMHQNIYDYIHVDDRQDFCRQ
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KB3 LHWALNPSQCTESGQGIEEATG----LPQTVVCYN-PDQIPPENSPLMERCFICRLRCLL
::::..: : . :: :: : . . . : : : .. ::::::.::::
NP_001 LHWAMDPPQVVF-GQPPPLETGDDAILGRLLRAQEWGTGTPTEYSAFLTRCFICRVRCLL
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 DNSSGFLAMNFQGKLKYLHGQKKKGKDGSILPPQLALFAIATPLQPPSILEIRTKNFIFR
:..::::.:.::::::.: :::::. .:..:::.:.:: ::.:. :: :.. .. ..:
NP_001 DSTSGFLTMQFQGKLKFLFGQKKKAPSGAMLPPRLSLFCIAAPVLLPSAAEMKMRSALLR
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 TKHKLDFTPIGCDAKGRIVLGYTEAELCTRGSGYQFIHAADMLYCAESHIRMIKTGESGM
.: . : : ::: . . . :.:: . . : : : :::.
NP_001 AKPRAD-TAATADAKVKATTSLCESELHGKPN-----------YSAGRSSR-----ESGV
300 310 320 330
350 360 370 380 390 400
pF1KB3 IVFRLLTKNNRWTWVQSNARLLYKNGRPDYIIVTQRPLTDEEGTEHLRKRNTKLPFMFTT
.:.: : .::. : . : : : :: .. . :.: .: :..
NP_001 LVLREQTDAGRWAQVPARAPCLCLRGGPDLVLDPKGGSGDREEEQHR---------MLSR
340 350 360 370 380
410 420 430 440 450 460
pF1KB3 GEAVLYEATNPFPAIMDPLPLRTKNGTSGKDSATTSTLSKDSLNPSSLLAAMMQQDESIY
. .: . .: :. ::: . : ..:.: :. .. .: ::
NP_001 ASGVTGRRETPGPT--KPLPWTA--GKHSEDGARPR-LQPSKNDPPSLRPMPRGSCLPCP
390 400 410 420 430 440
470 480 490 500 510 520
pF1KB3 LYPASSTSSTAPFENNFFNESMNECRNWQDNTAPMGNDTILKHEQIDQPQDVNSFAGGHP
NP_001 CVQGTFRNSPISHPPSPSPSAYSSRTSRPMRDVGEDQVHPPLCHFPQRSLQHQLPQPGAQ
450 460 470 480 490 500
>>NP_065782 (OMIM: 606517) aryl hydrocarbon receptor rep (719 aa)
initn: 1089 init1: 608 opt: 838 Z-score: 752.1 bits: 150.0 E(85289): 3.7e-35
Smith-Waterman score: 1024; 42.1% identity (62.7% similar) in 475 aa overlap (9-456:12-448)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MNSSSANITYASRKRRKPVQKTVKPIPAEGIKSNPSKRHRDRLNTELDRLASLLPFP
:::.::::.:.:: . :: :::::::::::::.:::.::::::::
NP_065 MPRTMIPPGECTYAGRKRRRPLQKQRPAVGAE--KSNPSKRHRDRLNAELDHLASLLPFP
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 QDVINKLDKLSVLRLSVSYLRAKSFFDVALKSSPTERNGGQ----DNCRAANFREGLNLQ
:.:.::::::::::::::::.::::.:. ..: . .: :.: : : .
NP_065 PDIISKLDKLSVLRLSVSYLRVKSFFQVVQEQSSRQPAAGAPSPGDSCPLA----GSAVL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 EGEFLLQALNGFVLVVTTDALVFYASSTIQDYLGFQQSDVIHQSVYELIHTEDRAEFQRQ
::..::..::::.:::.... .::::.:: :::::.:.::.::..:. ::..:: .: ::
NP_065 EGRLLLESLNGFALVVSAEGTIFYASATIVDYLGFHQTDVMHQNIYDYIHVDDRQDFCRQ
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KB3 LHWALNPSQCTESGQGIEEATG----LPQTVVCYN-PDQIPPENSPLMERCFICRLRCLL
::::..: : . :: :: : . . . : : : .. ::::::.::::
NP_065 LHWAMDPPQVVF-GQPPPLETGDDAILGRLLRAQEWGTGTPTEYSAFLTRCFICRVRCLL
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270
pF1KB3 DNSSGFLA------------------MNFQGKLKYLHGQKKKGKDGSILPPQLALFAIAT
:..::::: :.::::::.: :::::. .:..:::.:.:: ::.
NP_065 DSTSGFLARGSQAWQLRLCCPEPLMTMQFQGKLKFLFGQKKKAPSGAMLPPRLSLFCIAA
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB3 PLQPPSILEIRTKNFIFRTKHKLDFTPIGCDAKGRIVLGYTEAELCTRGSGYQFIHAADM
:. :: :.. .. ..:.: . : : ::: . . . :.:: . .
NP_065 PVLLPSAAEMKMRSALLRAKPRAD-TAATADAKVKATTSLCESELHGKPN----------
300 310 320 330 340
340 350 360 370 380 390
pF1KB3 LYCAESHIRMIKTGESGMIVFRLLTKNNRWTWVQSNARLLYKNGRPDYIIVTQRPLTDEE
: : : :::..:.: : .::. : . : : : :: .. . :.:
NP_065 -YSAGRSSR-----ESGVLVLREQTDAGRWAQVPARAPCLCLRGGPDLVLDPKGGSGDRE
350 360 370 380 390
400 410 420 430 440 450
pF1KB3 GTEHLRKRNTKLPFMFTTGEAVLYEATNPFPAIMDPLPLRTKNGTSGKDSATTSTLSKDS
.: :.. . .: . .: :. ::: . : ..:.: :. ..
NP_065 EEQHR---------MLSRASGVTGRRETPGPT--KPLPWTA--GKHSEDGARPR-LQPSK
400 410 420 430 440
460 470 480 490 500 510
pF1KB3 LNPSSLLAAMMQQDESIYLYPASSTSSTAPFENNFFNESMNECRNWQDNTAPMGNDTILK
.: ::
NP_065 NDPPSLRPMPRGSCLPCPCVQGTFRNSPISHPPSPSPSAYSSRTSRPMRDVGEDQVHPPL
450 460 470 480 490 500
>>XP_011525299 (OMIM: 603346) PREDICTED: neuronal PAS do (591 aa)
initn: 364 init1: 143 opt: 410 Z-score: 373.3 bits: 79.6 E(85289): 4.7e-14
Smith-Waterman score: 429; 24.0% identity (54.3% similar) in 492 aa overlap (34-505:52-519)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 SSANITYASRKRRKPVQKTVKPIPAEGIKSNPSKRHRDRLNTELDRLASLLPFPQDVINK
: .. .: . : :. .::.:::.: . ..
XP_011 ASVPWDFLPGLMVKAPSGPCLQAQRKEKSRNAARSRRGKENLEFFELAKLLPLPGAISSQ
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pF1KB3 SSANITYASRKRRKPVQKTVKPIPAEGIKSNPSKRHRDRLNTELDRLASLLPFPQDVINK
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XP_011 LDKASIVRLSVTYLRLRRF--AALGAPPWGLRAAGPPAGLAPGRRGPAALVSEVFEQHLG
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120 130 140 150 160 170
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XP_011 LRTPTPGPPTPPSVSSSSSSSSSLADTPE--IEASLTKVPP-SSLVQERSFFVRMKSTLT
200 210 220 230 240 250
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XP_011 KRG--LHVKASGYKQVIH------VTGRLRAHALGLVALGHTLPPAPLAELPLHGHMIVF
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XP_011 RLSLGLTILACESRVSDHMDLGPSELVGR-SCYQFVHGQDATRIRQSHVDSKPRVAKLLW
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>>XP_016882332 (OMIM: 603346) PREDICTED: neuronal PAS do (582 aa)
initn: 321 init1: 143 opt: 358 Z-score: 327.2 bits: 71.0 E(85289): 1.7e-11
Smith-Waterman score: 358; 27.3% identity (56.4% similar) in 319 aa overlap (34-338:52-356)
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XP_016 GHILQSLDGFVFALNQEGKFLYISETVSIYLGLSQVEMTGSSVFDYIHPGDHSEVLEQLG
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