Result of FASTA (ccds) for
pF1KB0476
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB0476, 1019 aa
1>>>pF1KB0476 1019 - 1019 aa - 1019 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8645+/-0.00113; mu= 18.4243+/- 0.068
mean_var=69.7079+/-13.464, 0's: 0 Z-trim(102.0): 34 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.153615
statistics sampled from 6765 (6777) to 6765 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.565), E-opt: 0.2 (0.208), width: 16
Scan time: 4.380
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7421.1 IDE gene_id:3416|Hs108|chr10 (1019) 6844 1526.8 0
CCDS53554.1 IDE gene_id:3416|Hs108|chr10 ( 464) 3097 696.2 4e-200
CCDS55599.1 NRDC gene_id:4898|Hs108|chr1 (1087) 1883 427.3 8.4e-119
CCDS559.1 NRDC gene_id:4898|Hs108|chr1 (1219) 1883 427.3 9.3e-119
CCDS41335.1 NRDC gene_id:4898|Hs108|chr1 (1151) 1878 426.2 1.9e-118
>>CCDS7421.1 IDE gene_id:3416|Hs108|chr10 (1019 aa)
initn: 6844 init1: 6844 opt: 6844 Z-score: 8188.8 bits: 1526.8 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6844; 100.0% identity (100.0% similar) in 1019 aa overlap (1-1019:1-1019)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MRYRLAWLLHPALPSTFRSVLGARLPPPERLCGFQKKTYSKMNNPAIKRIGNHITKSPED
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CCDS74 MRYRLAWLLHPALPSTFRSVLGARLPPPERLCGFQKKTYSKMNNPAIKRIGNHITKSPED
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 KREYRGLELANGIKVLLISDPTTDKSSAALDVHIGSLSDPPNIAGLSHFCEHMLFLGTKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 KREYRGLELANGIKVLLISDPTTDKSSAALDVHIGSLSDPPNIAGLSHFCEHMLFLGTKK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 YPKENEYSQFLSEHAGSSNAFTSGEHTNYYFDVSHEHLEGALDRFAQFFLCPLFDESCKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 YPKENEYSQFLSEHAGSSNAFTSGEHTNYYFDVSHEHLEGALDRFAQFFLCPLFDESCKD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB0 REVNAVDSEHEKNVMNDAWRLFQLEKATGNPKHPFSKFGTGNKYTLETRPNQEGIDVRQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 REVNAVDSEHEKNVMNDAWRLFQLEKATGNPKHPFSKFGTGNKYTLETRPNQEGIDVRQE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB0 LLKFHSAYYSSNLMAVCVLGRESLDDLTNLVVKLFSEVENKNVPLPEFPEHPFQEEHLKQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 LLKFHSAYYSSNLMAVCVLGRESLDDLTNLVVKLFSEVENKNVPLPEFPEHPFQEEHLKQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB0 LYKIVPIKDIRNLYVTFPIPDLQKYYKSNPGHYLGHLIGHEGPGSLLSELKSKGWVNTLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 LYKIVPIKDIRNLYVTFPIPDLQKYYKSNPGHYLGHLIGHEGPGSLLSELKSKGWVNTLV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB0 GGQKEGARGFMFFIINVDLTEEGLLHVEDIILHMFQYIQKLRAEGPQEWVFQECKDLNAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 GGQKEGARGFMFFIINVDLTEEGLLHVEDIILHMFQYIQKLRAEGPQEWVFQECKDLNAV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB0 AFRFKDKERPRGYTSKIAGILHYYPLEEVLTAEYLLEEFRPDLIEMVLDKLRPENVRVAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 AFRFKDKERPRGYTSKIAGILHYYPLEEVLTAEYLLEEFRPDLIEMVLDKLRPENVRVAI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB0 VSKSFEGKTDRTEEWYGTQYKQEAIPDEVIKKWQNADLNGKFKLPTKNEFIPTNFEILPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 VSKSFEGKTDRTEEWYGTQYKQEAIPDEVIKKWQNADLNGKFKLPTKNEFIPTNFEILPL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB0 EKEATPYPALIKDTAMSKLWFKQDDKFFLPKACLNFEFFSPFAYVDPLHCNMAYLYLELL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 EKEATPYPALIKDTAMSKLWFKQDDKFFLPKACLNFEFFSPFAYVDPLHCNMAYLYLELL
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB0 KDSLNEYAYAAELAGLSYDLQNTIYGMYLSVKGYNDKQPILLKKIIEKMATFEIDEKRFE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 KDSLNEYAYAAELAGLSYDLQNTIYGMYLSVKGYNDKQPILLKKIIEKMATFEIDEKRFE
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB0 IIKEAYMRSLNNFRAEQPHQHAMYYLRLLMTEVAWTKDELKEALDDVTLPRLKAFIPQLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 IIKEAYMRSLNNFRAEQPHQHAMYYLRLLMTEVAWTKDELKEALDDVTLPRLKAFIPQLL
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB0 SRLHIEALLHGNITKQAALGIMQMVEDTLIEHAHTKPLLPSQLVRYREVQLPDRGWFVYQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 SRLHIEALLHGNITKQAALGIMQMVEDTLIEHAHTKPLLPSQLVRYREVQLPDRGWFVYQ
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB0 QRNEVHNNCGIEIYYQTDMQSTSENMFLELFCQIISEPCFNTLRTKEQLGYIVFSGPRRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 QRNEVHNNCGIEIYYQTDMQSTSENMFLELFCQIISEPCFNTLRTKEQLGYIVFSGPRRA
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB0 NGIQGLRFIIQSEKPPHYLESRVEAFLITMEKSIEDMTEEAFQKHIQALAIRRLDKPKKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 NGIQGLRFIIQSEKPPHYLESRVEAFLITMEKSIEDMTEEAFQKHIQALAIRRLDKPKKL
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB0 SAECAKYWGEIISQQYNFDRDNTEVAYLKTLTKEDIIKFYKEMLAVDAPRRHKVSVHVLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 SAECAKYWGEIISQQYNFDRDNTEVAYLKTLTKEDIIKFYKEMLAVDAPRRHKVSVHVLA
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010
pF1KB0 REMDSCPVVGEFPCQNDINLSQAPALPQPEVIQNMTEFKRGLPLFPLVKPHINFMAAKL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 REMDSCPVVGEFPCQNDINLSQAPALPQPEVIQNMTEFKRGLPLFPLVKPHINFMAAKL
970 980 990 1000 1010
>>CCDS53554.1 IDE gene_id:3416|Hs108|chr10 (464 aa)
initn: 3097 init1: 3097 opt: 3097 Z-score: 3706.4 bits: 696.2 E(32554): 4e-200
Smith-Waterman score: 3097; 100.0% identity (100.0% similar) in 464 aa overlap (556-1019:1-464)
530 540 550 560 570 580
pF1KB0 TKNEFIPTNFEILPLEKEATPYPALIKDTAMSKLWFKQDDKFFLPKACLNFEFFSPFAYV
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 MSKLWFKQDDKFFLPKACLNFEFFSPFAYV
10 20 30
590 600 610 620 630 640
pF1KB0 DPLHCNMAYLYLELLKDSLNEYAYAAELAGLSYDLQNTIYGMYLSVKGYNDKQPILLKKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 DPLHCNMAYLYLELLKDSLNEYAYAAELAGLSYDLQNTIYGMYLSVKGYNDKQPILLKKI
40 50 60 70 80 90
650 660 670 680 690 700
pF1KB0 IEKMATFEIDEKRFEIIKEAYMRSLNNFRAEQPHQHAMYYLRLLMTEVAWTKDELKEALD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 IEKMATFEIDEKRFEIIKEAYMRSLNNFRAEQPHQHAMYYLRLLMTEVAWTKDELKEALD
100 110 120 130 140 150
710 720 730 740 750 760
pF1KB0 DVTLPRLKAFIPQLLSRLHIEALLHGNITKQAALGIMQMVEDTLIEHAHTKPLLPSQLVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 DVTLPRLKAFIPQLLSRLHIEALLHGNITKQAALGIMQMVEDTLIEHAHTKPLLPSQLVR
160 170 180 190 200 210
770 780 790 800 810 820
pF1KB0 YREVQLPDRGWFVYQQRNEVHNNCGIEIYYQTDMQSTSENMFLELFCQIISEPCFNTLRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 YREVQLPDRGWFVYQQRNEVHNNCGIEIYYQTDMQSTSENMFLELFCQIISEPCFNTLRT
220 230 240 250 260 270
830 840 850 860 870 880
pF1KB0 KEQLGYIVFSGPRRANGIQGLRFIIQSEKPPHYLESRVEAFLITMEKSIEDMTEEAFQKH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 KEQLGYIVFSGPRRANGIQGLRFIIQSEKPPHYLESRVEAFLITMEKSIEDMTEEAFQKH
280 290 300 310 320 330
890 900 910 920 930 940
pF1KB0 IQALAIRRLDKPKKLSAECAKYWGEIISQQYNFDRDNTEVAYLKTLTKEDIIKFYKEMLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 IQALAIRRLDKPKKLSAECAKYWGEIISQQYNFDRDNTEVAYLKTLTKEDIIKFYKEMLA
340 350 360 370 380 390
950 960 970 980 990 1000
pF1KB0 VDAPRRHKVSVHVLAREMDSCPVVGEFPCQNDINLSQAPALPQPEVIQNMTEFKRGLPLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 VDAPRRHKVSVHVLAREMDSCPVVGEFPCQNDINLSQAPALPQPEVIQNMTEFKRGLPLF
400 410 420 430 440 450
1010
pF1KB0 PLVKPHINFMAAKL
::::::::::::::
CCDS53 PLVKPHINFMAAKL
460
>>CCDS55599.1 NRDC gene_id:4898|Hs108|chr1 (1087 aa)
initn: 1277 init1: 582 opt: 1883 Z-score: 2246.4 bits: 427.3 E(32554): 8.4e-119
Smith-Waterman score: 1888; 33.6% identity (64.3% similar) in 1000 aa overlap (36-1009:97-1084)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 AWLLHPALPSTFRSVLGARLPPPERLCGFQKKTYSKMNNPAIKRIGNHITKSPEDKREYR
:.:::::.. . . : ..:
CCDS55 RAEARKKTTEKQQLQSLFLLWSKLTDRLWFKSTYSKMSSTLLVETRNLYGVVGAESRSAP
70 80 90 100 110 120
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 GLELANGIKVLLISDPTTDKSSAALDVHIGSLSDPPNIAGLSHFCEHMLFLGTKKYPKEN
.::. .. : :.::: : .::..:: .. ::.:: :::.:.:. ::: ::
CCDS55 VQHLAGWQAEEQQGETDTVLSAAALCVGVGSFADPDDLPGLAHFLEHMVFMGSLKYPDEN
130 140 150 160 170 180
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 EYSQFLSEHAGSSNAFTSGEHTNYYFDVSHEHLEGALDRFAQFFLCPLFDESCKDREVNA
.. ::..:.::.:: :. :.: . :::...... ::::.::::. ::. .. ::::.:
CCDS55 GFDAFLKKHGGSDNASTDCERTVFQFDVQRKYFKEALDRWAQFFIHPLMIRDAIDREVEA
190 200 210 220 230 240
190 200 210 220 230 240
pF1KB0 VDSEHEKNVMNDAWRLFQLEKATGNPKHPFSKFGTGNKYTLETRPNQEGIDVRQELLKFH
::::.. .:: : .: . . : ::..:: :: ::. .: ...::.. .: .:
CCDS55 VDSEYQLARPSDANRKEMLFGSLARPGHPMGKFFWGNAETLKHEPRKNNIDTHARLREFW
250 260 270 280 290 300
250 260 270 280 290 300
pF1KB0 SAYYSSNLMAVCVLGRESLDDLTNLVVKLFSEVENKNVPLPEFPE--HPFQEEHLKQLYK
::::. :.. : ..:.:: : . :...::.. :...: :.: . ::. ...::.
CCDS55 MRYYSSHYMTLVVQSKETLDTLEKWVTEIFSQIPNNGLPRPNFGHLTDPFDTPAFNKLYR
310 320 330 340 350 360
310 320 330 340 350 360
pF1KB0 IVPIKDIRNLYVTFPIPDLQKYYKSNPGHYLGHLIGHEGPGSLLSELKSKGWVNTLVGGQ
.:::. :. : .:. .: :..:. .: ::.. :.:::: ::.:: :..: :. .: ::.
CCDS55 VVPIRKIHALTITWALPPQQQHYRVKPLHYISWLVGHEGKGSILSFLRKKCWALALFGGN
370 380 390 400 410 420
370 380 390 400 410
pF1KB0 KEGARGFM------FFIINVDLTEEGLLHVEDIILHMFQYIQKLRAEGPQEWVFQECKDL
: :: : :.. ::.:: : .. .:::.. :. ::.. .:.: . .
CCDS55 --GETGFEQNSTYSVFSISITLTDEGYEHFYEVAYTVFQYLKMLQKLGPEKRIFEEIRKI
430 440 450 460 470 480
420 430 440 450 460 470
pF1KB0 NAVAFRFKDKERPRGYTSKIAGILHYYPLEEVLTAEYLLEEFRPDLIEMVLDKLRPENVR
. :..... : :. .. .. :::...::.. :: :..:..: .:..: :...
CCDS55 EDNEFHYQEQTDPVEYVENMCENMQLYPLQDILTGDQLLFEYKPEVIGEALNQLVPQKAN
490 500 510 520 530 540
480 490 500 510 520 530
pF1KB0 VAIVSKSFEGKTDRTEEWYGTQYKQEAIPDEVIKKWQ-NADLNGKFKLPTKNEFIPTNFE
....: . ::: : :.:.::::. : : . . :. : .:: ..::..:..: :.:
CCDS55 LVLLSGANEGKCDLKEKWFGTQYSIEDIENSWAELWNSNFELNPDLHLPAENKYIATDFT
550 560 570 580 590 600
540 550 560 570 580 590
pF1KB0 ILPLEKEATPYPALIKDTAMSKLWFKQDDKFFLPKACLNFEFFSPFAYVDPLHCNMAYLY
. .. : ::. : .: .. ::.:.:.:: .::: . :...::. . . . ..
CCDS55 LKAFDCPETEYPVKIVNTPQGCLWYKKDNKFKIPKAYIRFHLISPLIQKSAANVVLFDIF
610 620 630 640 650 660
600 610 620 630 640 650
pF1KB0 LELLKDSLNEYAYAAELAGLSYDLQNTIYGMYLSVKGYNDKQPILLKKIIEKMATFEIDE
...: .: : :: :..: : : : .:. . :::.: : :.:.. ::. .: :.
CCDS55 VNILTHNLAEPAYEADVAQLEYKLVAGEHGLIIRVKGFNHKLPLLFQLIIDYLAEFNSTP
670 680 690 700 710 720
660 670 680 690 700 710
pF1KB0 KRFEIIKEAYMRSLNNFRAEQPHQHAMYYLRLLMTEVA-WTK-DELKEALDDVTLPRLKA
: .: : .. :. .:. : .:::. : : :. :. . .: ..: : .
CCDS55 AVFTMITEQLKKTYFNILI-KPETLAKD-VRLLILEYARWSMIDKYQALMDGLSLESLLS
730 740 750 760 770 780
720 730 740 750 760 770
pF1KB0 FIPQLLSRLHIEALLHGNITKQAALGIMQMVEDTLIEHAHTKPLLPSQLVRYREVQLPDR
:. .. :.: .:.:..::.:. .. ....: : : . ::: . :... :.::.
CCDS55 FVKEFKSQLFVEGLVQGNVTSTESMDFLKYVVDKL----NFKPLEQEMPVQFQVVELPS-
790 800 810 820 830
780 790 800 810 820 830
pF1KB0 GWFVYQQR--NEVHNNCGIEIYYQTDMQSTSENMFLELFCQIISEPCFNTLRTKEQLGYI
: . . . :. : . .:::. .: : ..::. . . ::::. ::::. :::
CCDS55 GHHLCKVKALNKGDANSEVTVYYQSGTRSLREYTLMELLVMHMEEPCFDFLRTKQTLGYH
840 850 860 870 880 890
840 850 860 870 880
pF1KB0 VFSGPRRANGIQGLRFIIQSEKPPH---YLESRVEAFLITMEKSIEDMTEEAFQKHIQAL
:. : ..:: :. . .. . .....: :: ..:..::..:::::. .. ::
CCDS55 VYPTCRNTSGILGFSVTVGTQATKYNSEVVDKKIEEFLSSFEEKIENLTEEAFNTQVTAL
900 910 920 930 940 950
890 900 910 920 930 940
pF1KB0 AIRRLDKPKKLSAECAKYWGEIISQQYNFDRDNTEVAYLKTLTKEDIIKFYKEMLAVDAP
. . .:. : . :.:...::: ::: :. ::...: :.....: : .:
CCDS55 IKLKECEDTHLGEEVDRNWNEVVTQQYLFDRLAHEIEALKSFSKSDLVNWFK---AHRGP
960 970 980 990 1000 1010
950 960 970 980 990
pF1KB0 RRHKVSVHVLAR-----EMDSCPVVGEFPCQNDI-NLSQAPALPQ-PEVIQNMTE---FK
. .::::.. : :. : . . .. .:. :. : . : .:. :
CCDS55 GSKMLSVHVVGYGKYELEEDGTPSSEDSNSSCEVMQLTYLPTSPLLADCIIPITDIRAFT
1020 1030 1040 1050 1060 1070
1000 1010
pF1KB0 RGLPLFPLVKPHINFMAAKL
: :.: :
CCDS55 TTLNLLPYHKIVK
1080
>>CCDS559.1 NRDC gene_id:4898|Hs108|chr1 (1219 aa)
initn: 1277 init1: 582 opt: 1883 Z-score: 2245.6 bits: 427.3 E(32554): 9.3e-119
Smith-Waterman score: 1888; 33.6% identity (64.3% similar) in 1000 aa overlap (36-1009:229-1216)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 AWLLHPALPSTFRSVLGARLPPPERLCGFQKKTYSKMNNPAIKRIGNHITKSPEDKREYR
:.:::::.. . . : ..:
CCDS55 RAEARKKTTEKQQLQSLFLLWSKLTDRLWFKSTYSKMSSTLLVETRNLYGVVGAESRSAP
200 210 220 230 240 250
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 GLELANGIKVLLISDPTTDKSSAALDVHIGSLSDPPNIAGLSHFCEHMLFLGTKKYPKEN
.::. .. : :.::: : .::..:: .. ::.:: :::.:.:. ::: ::
CCDS55 VQHLAGWQAEEQQGETDTVLSAAALCVGVGSFADPDDLPGLAHFLEHMVFMGSLKYPDEN
260 270 280 290 300 310
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 EYSQFLSEHAGSSNAFTSGEHTNYYFDVSHEHLEGALDRFAQFFLCPLFDESCKDREVNA
.. ::..:.::.:: :. :.: . :::...... ::::.::::. ::. .. ::::.:
CCDS55 GFDAFLKKHGGSDNASTDCERTVFQFDVQRKYFKEALDRWAQFFIHPLMIRDAIDREVEA
320 330 340 350 360 370
190 200 210 220 230 240
pF1KB0 VDSEHEKNVMNDAWRLFQLEKATGNPKHPFSKFGTGNKYTLETRPNQEGIDVRQELLKFH
::::.. .:: : .: . . : ::..:: :: ::. .: ...::.. .: .:
CCDS55 VDSEYQLARPSDANRKEMLFGSLARPGHPMGKFFWGNAETLKHEPRKNNIDTHARLREFW
380 390 400 410 420 430
250 260 270 280 290 300
pF1KB0 SAYYSSNLMAVCVLGRESLDDLTNLVVKLFSEVENKNVPLPEFPE--HPFQEEHLKQLYK
::::. :.. : ..:.:: : . :...::.. :...: :.: . ::. ...::.
CCDS55 MRYYSSHYMTLVVQSKETLDTLEKWVTEIFSQIPNNGLPRPNFGHLTDPFDTPAFNKLYR
440 450 460 470 480 490
310 320 330 340 350 360
pF1KB0 IVPIKDIRNLYVTFPIPDLQKYYKSNPGHYLGHLIGHEGPGSLLSELKSKGWVNTLVGGQ
.:::. :. : .:. .: :..:. .: ::.. :.:::: ::.:: :..: :. .: ::.
CCDS55 VVPIRKIHALTITWALPPQQQHYRVKPLHYISWLVGHEGKGSILSFLRKKCWALALFGGN
500 510 520 530 540 550
370 380 390 400 410
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