FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB0465, 478 aa
1>>>pF1KB0465 478 - 478 aa - 478 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9701+/-0.000766; mu= 15.6370+/- 0.047
mean_var=86.2726+/-17.123, 0's: 0 Z-trim(110.5): 78 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.138082
statistics sampled from 11553 (11631) to 11553 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.706), E-opt: 0.2 (0.357), width: 16
Scan time: 3.120
The best scores are: opt bits E(32554)
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CCDS8366.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 516) 2043 416.7 3e-116
CCDS8364.1 HTR3B gene_id:9177|Hs108|chr11 ( 441) 1135 235.8 7.4e-62
CCDS58868.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 456) 957 200.3 3.6e-51
CCDS3251.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 471) 957 200.3 3.7e-51
CCDS3250.1 HTR3C gene_id:170572|Hs108|chr3 ( 447) 929 194.7 1.7e-49
CCDS58869.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 441) 856 180.2 4e-45
CCDS58870.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 456) 856 180.2 4.1e-45
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CCDS6134.1 CHRNB3 gene_id:1142|Hs108|chr8 ( 458) 734 155.9 8.5e-38
CCDS3459.1 CHRNA9 gene_id:55584|Hs108|chr4 ( 479) 730 155.1 1.5e-37
CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 494) 724 153.9 3.6e-37
CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 ( 529) 715 152.1 1.3e-36
CCDS10027.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 ( 502) 714 151.9 1.5e-36
CCDS53924.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 ( 531) 714 151.9 1.5e-36
CCDS58871.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 482) 712 151.5 1.8e-36
CCDS10304.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15 ( 468) 698 148.7 1.2e-35
CCDS2261.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 ( 457) 686 146.3 6.4e-35
CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 ( 489) 683 145.7 1e-34
CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 ( 505) 683 145.7 1.1e-34
CCDS1070.1 CHRNB2 gene_id:1141|Hs108|chr1 ( 502) 682 145.5 1.2e-34
CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15 ( 498) 671 143.3 5.5e-34
CCDS64856.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 ( 514) 670 143.2 6.4e-34
CCDS56536.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 479) 586 126.4 6.6e-29
CCDS33331.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 ( 482) 559 121.0 2.8e-27
CCDS33400.1 CHRNG gene_id:1146|Hs108|chr2 ( 517) 525 114.3 3.2e-25
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CCDS11058.1 CHRNE gene_id:1145|Hs108|chr17 ( 493) 449 99.1 1.1e-20
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CCDS11106.1 CHRNB1 gene_id:1140|Hs108|chr17 ( 501) 366 82.6 1.1e-15
CCDS54685.1 HTR3D gene_id:200909|Hs108|chr3 ( 454) 349 79.2 1e-14
CCDS4354.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 ( 474) 342 77.8 2.8e-14
CCDS4355.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 ( 512) 342 77.8 3e-14
CCDS10018.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 473) 337 76.8 5.6e-14
CCDS54617.1 GABRR3 gene_id:200959|Hs108|chr3 ( 467) 333 76.0 9.6e-14
CCDS4375.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5 ( 440) 328 75.0 1.8e-13
CCDS4357.1 GABRA1 gene_id:2554|Hs108|chr5 ( 456) 327 74.8 2.2e-13
CCDS10019.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 473) 321 73.6 5.1e-13
CCDS59029.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 462) 320 73.4 5.7e-13
CCDS5019.2 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 479) 320 73.4 5.9e-13
CCDS3796.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4 ( 497) 319 73.2 7e-13
CCDS46966.1 HTR3D gene_id:200909|Hs108|chr3 ( 404) 317 72.8 7.8e-13
CCDS58754.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2 ( 502) 318 73.0 8.1e-13
CCDS2494.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2 ( 517) 318 73.0 8.3e-13
CCDS5020.3 GABRR2 gene_id:2570|Hs108|chr6 ( 465) 315 72.4 1.2e-12
CCDS45195.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15 ( 467) 314 72.2 1.3e-12
CCDS3471.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 ( 451) 312 71.8 1.7e-12
CCDS82921.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 ( 511) 312 71.8 1.9e-12
>>CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 (484 aa)
initn: 3217 init1: 3217 opt: 3217 Z-score: 3464.9 bits: 650.5 E(32554): 1.1e-186
Smith-Waterman score: 3217; 100.0% identity (100.0% similar) in 478 aa overlap (1-478:7-484)
10 20 30 40 50
pF1KB0 MLLWVQQALLALLLPTLLAQGEARRSRNTTRPALLRLSDYLLTNYRKGVRPVRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 MLGKLAMLLWVQQALLALLLPTLLAQGEARRSRNTTRPALLRLSDYLLTNYRKGVRPVRD
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB0 WRKPTTVSIDVIVYAILNVDEKNQVLTTYIWYRQYWTDEFLQWNPEDFDNITKLSIPTDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 WRKPTTVSIDVIVYAILNVDEKNQVLTTYIWYRQYWTDEFLQWNPEDFDNITKLSIPTDS
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB0 IWVPDILINEFVDVGKSPNIPYVYIRHQGEVQNYKPLQVVTACSLDIYNFPFDVQNCSLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 IWVPDILINEFVDVGKSPNIPYVYIRHQGEVQNYKPLQVVTACSLDIYNFPFDVQNCSLT
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 FTSWLHTIQDINISLWRLPEKVKSDRSVFMNQGEWELLGVLPYFREFSMESSNYYAEMKF
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB0 YVVIRRRPLFYVVSLLLPSIFLMVMDIVGFYLPPNSGERVSFKITLLLGYSVFLIIVSDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 YVVIRRRPLFYVVSLLLPSIFLMVMDIVGFYLPPNSGERVSFKITLLLGYSVFLIIVSDT
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB0 LPATAIGTPLIGVYFVVCMALLVISLAETIFIVRLVHKQDLQQPVPAWLRHLVLERIAWL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 LPATAIGTPLIGVYFVVCMALLVISLAETIFIVRLVHKQDLQQPVPAWLRHLVLERIAWL
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB0 LCLREQSTSQRPPATSQATKTDDCSAMGNHCSHMGGPQDFEKSPRDRCSPPPPPREASLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 LCLREQSTSQRPPATSQATKTDDCSAMGNHCSHMGGPQDFEKSPRDRCSPPPPPREASLA
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KB0 VCGLLQELSSIRQFLEKRDEIREVARDWLRVGSVLDKLLFHIYLLAVLAYSITLVMLWSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 VCGLLQELSSIRQFLEKRDEIREVARDWLRVGSVLDKLLFHIYLLAVLAYSITLVMLWSI
430 440 450 460 470 480
pF1KB0 WQYA
::::
CCDS83 WQYA
>>CCDS53710.1 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 (463 aa)
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Smith-Waterman score: 3082; 99.8% identity (100.0% similar) in 457 aa overlap (22-478:7-463)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MLLWVQQALLALLLPTLLAQGEARRSRNTTRPALLRLSDYLLTNYRKGVRPVRDWRKPTT
.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 MHRSFLQARRSRNTTRPALLRLSDYLLTNYRKGVRPVRDWRKPTT
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 VSIDVIVYAILNVDEKNQVLTTYIWYRQYWTDEFLQWNPEDFDNITKLSIPTDSIWVPDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 VSIDVIVYAILNVDEKNQVLTTYIWYRQYWTDEFLQWNPEDFDNITKLSIPTDSIWVPDI
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 LINEFVDVGKSPNIPYVYIRHQGEVQNYKPLQVVTACSLDIYNFPFDVQNCSLTFTSWLH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 LINEFVDVGKSPNIPYVYIRHQGEVQNYKPLQVVTACSLDIYNFPFDVQNCSLTFTSWLH
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190 200 210 220 230 240
pF1KB0 TIQDINISLWRLPEKVKSDRSVFMNQGEWELLGVLPYFREFSMESSNYYAEMKFYVVIRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 TIQDINISLWRLPEKVKSDRSVFMNQGEWELLGVLPYFREFSMESSNYYAEMKFYVVIRR
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250 260 270 280 290 300
pF1KB0 RPLFYVVSLLLPSIFLMVMDIVGFYLPPNSGERVSFKITLLLGYSVFLIIVSDTLPATAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 RPLFYVVSLLLPSIFLMVMDIVGFYLPPNSGERVSFKITLLLGYSVFLIIVSDTLPATAI
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KB0 GTPLIGVYFVVCMALLVISLAETIFIVRLVHKQDLQQPVPAWLRHLVLERIAWLLCLREQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 GTPLIGVYFVVCMALLVISLAETIFIVRLVHKQDLQQPVPAWLRHLVLERIAWLLCLREQ
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370 380 390 400 410 420
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 STSQRPPATSQATKTDDCSAMGNHCSHMGGPQDFEKSPRDRCSPPPPPREASLAVCGLLQ
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430 440 450 460 470
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 ELSSIRQFLEKRDEIREVARDWLRVGSVLDKLLFHIYLLAVLAYSITLVMLWSIWQYA
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>>CCDS8366.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 (516 aa)
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10 20 30 40 50
pF1KB0 MLLWVQQALLALLLPTLLAQGEARRSRNTTRPALLRLSDYLLTNYRKGVRPVRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 MLGKLAMLLWVQQALLALLLPTLLAQGEARRSRNTTRPALLRLSDYLLTNYRKGVRPVRD
10 20 30 40 50 60
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pF1KB0 WRKPTTVSIDVIVYAILNVDEKNQVLTTYIWYRQYWTDEFLQWNPEDFDNITKLSIPTDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 WRKPTTVSIDVIVYAILNVDEKNQVLTTYIWYRQYWTDEFLQWNPEDFDNITKLSIPTDS
70 80 90 100 110 120
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pF1KB0 IWVPDILINEFVDVGKSPNIPYVYIRHQGEVQNYKPLQVVTACSLDIYNFPFDVQNCSLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 IWVPDILINEFVDVGKSPNIPYVYIRHQGEVQNYKPLQVVTACSLDIYNFPFDVQNCSLT
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 FTSWLHTIQDINISLWRLPEKVKSDRSVFMNQGEWELLGVLPYFREFSMESSNYYAEMKF
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pF1KB0 YVVIRRRPLFYVVSLLLPSIFLMVMDIVGFYLPPNSGERVSFKITLLLGYSVFLIIVSDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 YVVIRRRPLFYVVSLLLPSIFLMVMDIVGFYLPPNSGERVSFKITLLLGYSVFLIIVSDT
250 260 270 280 290 300
300 310 320
pF1KB0 LPATAIGTPLIG--------------------------------VYFVVCMALLVISLAE
:::::::::::: ::::::::::::::::
CCDS83 LPATAIGTPLIGKAPPGSRAQSGEKPAPSHLLHVSLASALGCTGVYFVVCMALLVISLAE
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330 340 350 360 370 380
pF1KB0 TIFIVRLVHKQDLQQPVPAWLRHLVLERIAWLLCLREQSTSQRPPATSQATKTDDCSAMG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 TIFIVRLVHKQDLQQPVPAWLRHLVLERIAWLLCLREQSTSQRPPATSQATKTDDCSAMG
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390 400 410 420 430 440
pF1KB0 NHCSHMGGPQDFEKSPRDRCSPPPPPREASLAVCGLLQELSSIRQFLEKRDEIREVARDW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 NHCSHMGGPQDFEKSPRDRCSPPPPPREASLAVCGLLQELSSIRQFLEKRDEIREVARDW
430 440 450 460 470 480
450 460 470
pF1KB0 LRVGSVLDKLLFHIYLLAVLAYSITLVMLWSIWQYA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 LRVGSVLDKLLFHIYLLAVLAYSITLVMLWSIWQYA
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>>CCDS8364.1 HTR3B gene_id:9177|Hs108|chr11 (441 aa)
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Smith-Waterman score: 1245; 42.2% identity (70.7% similar) in 464 aa overlap (17-475:14-438)
10 20 30 40 50
pF1KB0 MLLWVQQALLALLLPTLLAQG-EARRSRNTTRPALLRLSDYLLTNYRKGVRPVRDWRKPT
:.: : : ... :: .:: :: .:.: :::: .: : :
CCDS83 MLSSVMAPLWACILVAAGILATDTHHPQDSALYHLSKQLLQKYHKEVRPVYNWTKAT
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB0 TVSIDVIVYAILNVDEKNQVLTTYIWYRQYWTDEFLQWNPEDFDNITKLSIPTDSIWVPD
:: .:..:.:::.:: .::.: : .::.. :.::::.:: ::.: ..:.: ..::.::
CCDS83 TVYLDLFVHAILDVDAENQILKTSVWYQEVWNDEFLSWNSSMFDEIREISLPLSAIWAPD
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB0 ILINEFVDVGKSPNIPYVYIRHQGEVQNYKPLQVVTACSLDIYNFPFDVQNCSLTFTSWL
:.::::::. . :..::::. .: ..::::.:::.::::. : :::::::::::: : :
CCDS83 IIINEFVDIERYPDLPYVYVNSSGTIENYKPIQVVSACSLETYAFPFDVQNCSLTFKSIL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB0 HTIQDINISLWRLPEKVKSDRSVFMNQGEWELLGVLPYFREFSMESSNYYAEMKFYVVIR
::..:..... : :: .. :...:.:..:::::.: . .. :.. .:...: ::.:
CCDS83 HTVEDVDLAFLRSPEDIQHDKKAFLNDSEWELLSVSSTYSILQ-SSAGGFAQIQFNVVMR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB0 RRPLFYVVSLLLPSIFLMVMDIVGFYLPPNSGERVSFKITLLLGYSVFLIIVSDTLPATA
:.:: ::::::.::::::..:. .:::::: :. :: ..:.::.:: . .:. .: ..
CCDS83 RHPLVYVVSLLIPSIFLMLVDLGSFYLPPNCRARIVFKTSVLVGYTVFRVNMSNQVPRSV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB0 IGTPLIGVYFVVCMALLVISLAETIFIVRLVH-KQDLQQPVPAWLRHLVLERIAWLLCLR
.::::: .:..:::.::.:::..: .:...: .: : : .::::
CCDS83 GSTPLIGHFFTICMAFLVLSLAKSIVLVKFLHDEQRGGQEQP-------------FLCLR
300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB0 EQSTSQRP---PATSQATKTDDCSAMGNHCSHMGGPQDFEKSPRDRCSPPPPPREASLAV
.. ..:: : ...:. :.. : .:.: .. : ..
CCDS83 GDTDADRPRVEPRAQRAVVTES-SLYGEHLAQPGTLKE----------------------
350 360 370 380
420 430 440 450 460 470
pF1KB0 CGLLQELSSIRQFLEKRDEIREVARDWLRVGSVLDKLLFHIYLLAVLAYSITLVMLWSIW
. ..:.:: ..:. .:. . .:: . : .:.:::. ::. . :.::: ::..:
CCDS83 --VWSQLQSISNYLQTQDQTDQQEAEWLVLLSRFDRLLFQSYLFMLGIYTITLCSLWALW
390 400 410 420 430
pF1KB0 QYA
CCDS83 GGV
440
>>CCDS58868.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 (456 aa)
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20 30 40 50 60 70
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>>CCDS3251.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 (471 aa)
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20 30 40 50 60 70
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440 450 460 470
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CCDS58 QKQHSVEL---WLQFSHAMDAMLFRLYLLFMASSIITVICLWNT
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>>CCDS7745.1 CHRNA10 gene_id:57053|Hs108|chr11 (450 aa)
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CCDS77 MGLRSHHLSLGLLLLFLLPAECLGAEGRLA--------LKLFRDLFANYTSALRPVADTD
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CCDS77 QTLNVTLEVTLSQIIDMDERNQVLTLYLWIRQEWTDAYLRWDPNAYGGLDAIRIPSSLVW
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CCDS77 RPDIVLYNKADA-QPPGSASTNVVLRHDGAVRWDAPAITRSSCRVDVAAFPFDAQHCGLT
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CCDS77 FGSWTHGGHQLDVR----PRGAAASLADFVENVEWRVLGMPARRRVLTYGCCSEPYPDVT
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CCDS77 FTLLLRRRAAAYVCNLLLPCVLISLLAPLAFHLPADSGEKVSLGVTVLLALTVFQLLLAE
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CCDS77 SMPP-AESVPLIGKYYMATMTMVTFSTALTILIMNLHYCGPSVRPVPAWARALLLGHLAR
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::.::.. ..::: : . :: ::. .:: : .
CCDS77 GLCVRERGEPCGQSRPPELSPS------------------PQ----SPEGGAGPPAGPCH
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.: .::.....: . .... .. .:: :.. :.:.... :.. .:..:.
CCDS77 EPRCLCRQEALLHHVATIANTFRSHRAAQRCHEDWKRLARVMDRFFLAIFFSMALVMSL-
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::.. ..
CCDS77 LVLVQAL
450
478 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 20:34:55 2016 done: Sat Nov 5 20:34:56 2016
Total Scan time: 3.120 Total Display time: 0.080
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]