Result of FASTA (ccds) for
pF1KA1885
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1885, 1063 aa
1>>>pF1KA1885 1063 - 1063 aa - 1063 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0695+/-0.000794; mu= 19.6243+/- 0.048
mean_var=101.3642+/-19.915, 0's: 0 Z-trim(111.2): 10 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.127389
statistics sampled from 12202 (12211) to 12202 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.719), E-opt: 0.2 (0.375), width: 16
Scan time: 4.200
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS34387.1 VARS2 gene_id:57176|Hs108|chr6 (1063) 7357 1363.1 0
CCDS54980.1 VARS2 gene_id:57176|Hs108|chr6 (1093) 7357 1363.1 0
CCDS54981.1 VARS2 gene_id:57176|Hs108|chr6 ( 923) 6373 1182.2 0
CCDS34412.1 VARS gene_id:7407|Hs108|chr6 (1264) 3283 614.4 4.9e-175
>>CCDS34387.1 VARS2 gene_id:57176|Hs108|chr6 (1063 aa)
initn: 7357 init1: 7357 opt: 7357 Z-score: 7303.5 bits: 1363.1 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 7357; 99.9% identity (100.0% similar) in 1063 aa overlap (1-1063:1-1063)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MPHLPLASFRPPFWGLRHSRGLPRFHSVSTQSEPHGSPISRRNREAKQKRLREKQATLEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MPHLPLASFRPPFWGLRHSRGLPRFHSVSTQSEPHGSPISRRNREAKQKRLREKQATLEA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 EIAGESKSPAESIKAWRPKELVLYEIPTKPGEKKDVSGPLPPAYSPRYVEAAWYPWWVRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 EIAGESKSPAESIKAWRPKELVLYEIPTKPGEKKDVSGPLPPAYSPRYVEAAWYPWWVRE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 GFFKPEYQARLPQATGETFSMCIPPPNVTGSLHIGHALTVAIQDALVRWHRMRGDQVLWV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 GFFKPEYQARLPQATGETFSMCIPPPNVTGSLHIGHALTVAIQDALVRWHRMRGDQVLWV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 PGSDHAGIATQAVVEKQLWKERGVRRHELSREAFLREVWQWKEAKGGEICEQLRALGASL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 PGSDHAGIATQAVVEKQLWKERGVRRHELSREAFLREVWQWKEAKGGEICEQLRALGASL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 DWDRECFTMDVGSSVAVTEAFVRLYKAGLLYRNHQLVNWSCALRSAISDIEVENRPLPGH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 DWDRECFTMDVGSSVAVTEAFVRLYKAGLLYRNHQLVNWSCALRSAISDIEVENRPLPGH
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 TQLRLPGCPTPVSFGLLFSVAFPVDGEPDAEVVVGTTRPETLPGDVAVAVHPDDSRYTHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 TQLRLPGCPTPVSFGLLFSVAFPVDGEPDAEVVVGTTRPETLPGDVAVAVHPDDSRYTHL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 HGRQLRHPLMGQPLPLITDYAVQPHVGTGAVKVTPAHSPADAEMGARHGLSPLNVIAEDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 HGRQLRHPLMGQPLPLITDYAVQPHVGTGAVKVTPAHSPADAEMGARHGLSPLNVIAEDG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 TMTSLCGDWLQGLHRFVAREKIMSVLSEWGLFRGLQNHPMVLPICSRSGDVIEYLLKNQW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 TMTSLCGDWLQGLHRFVAREKIMSVLSEWGLFRGLQNHPMVLPICSRSGDVIEYLLKNQW
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 FVRCQEMGARAAKAVESGALELSPSFHQKNWQHWFSHIGDWCVSRQLWWGHQIPAYLVVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 FVRCQEMGARAAKAVESGALELSPSFHQKNWQHWFSHIGDWCVSRQLWWGHQIPAYLVVE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 DHAQGEEDCWVVGRSEAEAREVAAELTGRPGAELTLERDPDVLDTWFSSALFPFSALGWP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 DHAQGEEDCWVVGRSEAEAREVAAELTGRPGAELTLERDPDVLDTWFSSALFPFSALGWP
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 QETPDLARFYPLSLLETGSDLLLFWVGRMVMLGTQLTGQLPFSKVLLHPMVRDRQGRKMS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 QETPDLARFYPLSLLETGSDLLLFWVGRMVMLGTQLTGQLPFSKVLLHPMVRDRQGRKMS
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA1 KSLGNVLDPRDIISGVEMQVLQEKLRSGNLDPAELAIVAAAQKKDFPHGIPECGTDALRF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 KSLGNVLDPRDIISGVEMQVLQEKLRSGNLDPAELAIVAAAQKKDFPHGIPECGTDALRF
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA1 TLCSHGVQAGDLHLSVSEVQSCRHFCNKIWNALRFILNALGEKFVPQPAEELSPSSPMDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 TLCSHGVQAGDLHLSVSEVQSCRHFCNKIWNALRFILNALGEKFVPQPAEELSPSSPMDA
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KA1 WILSRLALAAQECERGFLTRELSLVTHALHHFWLHNLCDVYLEAVKPVLWHSPRPLGPPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 WILSRLALAAQECERGFLTRELSLVTHALHHFWLHNLCDVYLEAVKPVLWHSPRPLGPPQ
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA1 VLFSCADLGLRLLAPLMPFLAEELWQRLPPRPGCPPAPSISVAPYPSACSLEHWRQPELE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 VLFSCADLGLRLLAPLMPFLAEELWQRLPPRPGCPPAPSISVAPYPSACSLEHWRQPELE
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KA1 RRFSRVQEVVQVLRALRATYQLTKARPRVLLQSSEPGDQGLFEAFLEPLGTLGYCGAVGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 RRFSRVQEVVQVLRALRATYQLTKARPRVLLQSSEPGDQGLFEAFLEPLGTLGYCGAVGL
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KA1 LPPGAAAPSGWAQAPLSDTAQVYMELQGLVDPQIQLPLLAARRYKLQKQLDSLTARTPSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LPPGAAAPSGWAQAPLSDTAQVYMELQGLVDPQIQLPLLAARRYKLQKQLDSLTARTPSE
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060
pF1KA1 GEAGTQRQQKLSSLQLELSKLDKAASHLQQLMDEPPAPGSPEL
::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::
CCDS34 GEAGTQRQQKLSSLQLELSKLDKAASHLRQLMDEPPAPGSPEL
1030 1040 1050 1060
>>CCDS54980.1 VARS2 gene_id:57176|Hs108|chr6 (1093 aa)
initn: 7357 init1: 7357 opt: 7357 Z-score: 7303.3 bits: 1363.1 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 7357; 99.9% identity (100.0% similar) in 1063 aa overlap (1-1063:31-1093)
10 20 30
pF1KA1 MPHLPLASFRPPFWGLRHSRGLPRFHSVST
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MGGKAWPRRAVGTAGGPCAEQISAPFQTLLMPHLPLASFRPPFWGLRHSRGLPRFHSVST
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KA1 QSEPHGSPISRRNREAKQKRLREKQATLEAEIAGESKSPAESIKAWRPKELVLYEIPTKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QSEPHGSPISRRNREAKQKRLREKQATLEAEIAGESKSPAESIKAWRPKELVLYEIPTKP
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KA1 GEKKDVSGPLPPAYSPRYVEAAWYPWWVREGFFKPEYQARLPQATGETFSMCIPPPNVTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 GEKKDVSGPLPPAYSPRYVEAAWYPWWVREGFFKPEYQARLPQATGETFSMCIPPPNVTG
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KA1 SLHIGHALTVAIQDALVRWHRMRGDQVLWVPGSDHAGIATQAVVEKQLWKERGVRRHELS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SLHIGHALTVAIQDALVRWHRMRGDQVLWVPGSDHAGIATQAVVEKQLWKERGVRRHELS
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KA1 REAFLREVWQWKEAKGGEICEQLRALGASLDWDRECFTMDVGSSVAVTEAFVRLYKAGLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 REAFLREVWQWKEAKGGEICEQLRALGASLDWDRECFTMDVGSSVAVTEAFVRLYKAGLL
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KA1 YRNHQLVNWSCALRSAISDIEVENRPLPGHTQLRLPGCPTPVSFGLLFSVAFPVDGEPDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 YRNHQLVNWSCALRSAISDIEVENRPLPGHTQLRLPGCPTPVSFGLLFSVAFPVDGEPDA
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KA1 EVVVGTTRPETLPGDVAVAVHPDDSRYTHLHGRQLRHPLMGQPLPLITDYAVQPHVGTGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 EVVVGTTRPETLPGDVAVAVHPDDSRYTHLHGRQLRHPLMGQPLPLITDYAVQPHVGTGA
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KA1 VKVTPAHSPADAEMGARHGLSPLNVIAEDGTMTSLCGDWLQGLHRFVAREKIMSVLSEWG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 VKVTPAHSPADAEMGARHGLSPLNVIAEDGTMTSLCGDWLQGLHRFVAREKIMSVLSEWG
430 440 450 460 470 480
460 470 480 490 500 510
pF1KA1 LFRGLQNHPMVLPICSRSGDVIEYLLKNQWFVRCQEMGARAAKAVESGALELSPSFHQKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LFRGLQNHPMVLPICSRSGDVIEYLLKNQWFVRCQEMGARAAKAVESGALELSPSFHQKN
490 500 510 520 530 540
520 530 540 550 560 570
pF1KA1 WQHWFSHIGDWCVSRQLWWGHQIPAYLVVEDHAQGEEDCWVVGRSEAEAREVAAELTGRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 WQHWFSHIGDWCVSRQLWWGHQIPAYLVVEDHAQGEEDCWVVGRSEAEAREVAAELTGRP
550 560 570 580 590 600
580 590 600 610 620 630
pF1KA1 GAELTLERDPDVLDTWFSSALFPFSALGWPQETPDLARFYPLSLLETGSDLLLFWVGRMV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 GAELTLERDPDVLDTWFSSALFPFSALGWPQETPDLARFYPLSLLETGSDLLLFWVGRMV
610 620 630 640 650 660
640 650 660 670 680 690
pF1KA1 MLGTQLTGQLPFSKVLLHPMVRDRQGRKMSKSLGNVLDPRDIISGVEMQVLQEKLRSGNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MLGTQLTGQLPFSKVLLHPMVRDRQGRKMSKSLGNVLDPRDIISGVEMQVLQEKLRSGNL
670 680 690 700 710 720
700 710 720 730 740 750
pF1KA1 DPAELAIVAAAQKKDFPHGIPECGTDALRFTLCSHGVQAGDLHLSVSEVQSCRHFCNKIW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 DPAELAIVAAAQKKDFPHGIPECGTDALRFTLCSHGVQAGDLHLSVSEVQSCRHFCNKIW
730 740 750 760 770 780
760 770 780 790 800 810
pF1KA1 NALRFILNALGEKFVPQPAEELSPSSPMDAWILSRLALAAQECERGFLTRELSLVTHALH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 NALRFILNALGEKFVPQPAEELSPSSPMDAWILSRLALAAQECERGFLTRELSLVTHALH
790 800 810 820 830 840
820 830 840 850 860 870
pF1KA1 HFWLHNLCDVYLEAVKPVLWHSPRPLGPPQVLFSCADLGLRLLAPLMPFLAEELWQRLPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 HFWLHNLCDVYLEAVKPVLWHSPRPLGPPQVLFSCADLGLRLLAPLMPFLAEELWQRLPP
850 860 870 880 890 900
880 890 900 910 920 930
pF1KA1 RPGCPPAPSISVAPYPSACSLEHWRQPELERRFSRVQEVVQVLRALRATYQLTKARPRVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 RPGCPPAPSISVAPYPSACSLEHWRQPELERRFSRVQEVVQVLRALRATYQLTKARPRVL
910 920 930 940 950 960
940 950 960 970 980 990
pF1KA1 LQSSEPGDQGLFEAFLEPLGTLGYCGAVGLLPPGAAAPSGWAQAPLSDTAQVYMELQGLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LQSSEPGDQGLFEAFLEPLGTLGYCGAVGLLPPGAAAPSGWAQAPLSDTAQVYMELQGLV
970 980 990 1000 1010 1020
1000 1010 1020 1030 1040 1050
pF1KA1 DPQIQLPLLAARRYKLQKQLDSLTARTPSEGEAGTQRQQKLSSLQLELSKLDKAASHLQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:
CCDS54 DPQIQLPLLAARRYKLQKQLDSLTARTPSEGEAGTQRQQKLSSLQLELSKLDKAASHLRQ
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1060
pF1KA1 LMDEPPAPGSPEL
:::::::::::::
CCDS54 LMDEPPAPGSPEL
1090
>>CCDS54981.1 VARS2 gene_id:57176|Hs108|chr6 (923 aa)
initn: 6373 init1: 6373 opt: 6373 Z-score: 6327.0 bits: 1182.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6373; 99.9% identity (100.0% similar) in 923 aa overlap (141-1063:1-923)
120 130 140 150 160 170
pF1KA1 AAWYPWWVREGFFKPEYQARLPQATGETFSMCIPPPNVTGSLHIGHALTVAIQDALVRWH
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MCIPPPNVTGSLHIGHALTVAIQDALVRWH
10 20 30
180 190 200 210 220 230
pF1KA1 RMRGDQVLWVPGSDHAGIATQAVVEKQLWKERGVRRHELSREAFLREVWQWKEAKGGEIC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 RMRGDQVLWVPGSDHAGIATQAVVEKQLWKERGVRRHELSREAFLREVWQWKEAKGGEIC
40 50 60 70 80 90
240 250 260 270 280 290
pF1KA1 EQLRALGASLDWDRECFTMDVGSSVAVTEAFVRLYKAGLLYRNHQLVNWSCALRSAISDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 EQLRALGASLDWDRECFTMDVGSSVAVTEAFVRLYKAGLLYRNHQLVNWSCALRSAISDI
100 110 120 130 140 150
300 310 320 330 340 350
pF1KA1 EVENRPLPGHTQLRLPGCPTPVSFGLLFSVAFPVDGEPDAEVVVGTTRPETLPGDVAVAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 EVENRPLPGHTQLRLPGCPTPVSFGLLFSVAFPVDGEPDAEVVVGTTRPETLPGDVAVAV
160 170 180 190 200 210
360 370 380 390 400 410
pF1KA1 HPDDSRYTHLHGRQLRHPLMGQPLPLITDYAVQPHVGTGAVKVTPAHSPADAEMGARHGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 HPDDSRYTHLHGRQLRHPLMGQPLPLITDYAVQPHVGTGAVKVTPAHSPADAEMGARHGL
220 230 240 250 260 270
420 430 440 450 460 470
pF1KA1 SPLNVIAEDGTMTSLCGDWLQGLHRFVAREKIMSVLSEWGLFRGLQNHPMVLPICSRSGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SPLNVIAEDGTMTSLCGDWLQGLHRFVAREKIMSVLSEWGLFRGLQNHPMVLPICSRSGD
280 290 300 310 320 330
480 490 500 510 520 530
pF1KA1 VIEYLLKNQWFVRCQEMGARAAKAVESGALELSPSFHQKNWQHWFSHIGDWCVSRQLWWG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 VIEYLLKNQWFVRCQEMGARAAKAVESGALELSPSFHQKNWQHWFSHIGDWCVSRQLWWG
340 350 360 370 380 390
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 HQIPAYLVVEDHAQGEEDCWVVGRSEAEAREVAAELTGRPGAELTLERDPDVLDTWFSSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 HQIPAYLVVEDHAQGEEDCWVVGRSEAEAREVAAELTGRPGAELTLERDPDVLDTWFSSA
400 410 420 430 440 450
600 610 620 630 640 650
pF1KA1 LFPFSALGWPQETPDLARFYPLSLLETGSDLLLFWVGRMVMLGTQLTGQLPFSKVLLHPM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LFPFSALGWPQETPDLARFYPLSLLETGSDLLLFWVGRMVMLGTQLTGQLPFSKVLLHPM
460 470 480 490 500 510
660 670 680 690 700 710
pF1KA1 VRDRQGRKMSKSLGNVLDPRDIISGVEMQVLQEKLRSGNLDPAELAIVAAAQKKDFPHGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 VRDRQGRKMSKSLGNVLDPRDIISGVEMQVLQEKLRSGNLDPAELAIVAAAQKKDFPHGI
520 530 540 550 560 570
720 730 740 750 760 770
pF1KA1 PECGTDALRFTLCSHGVQAGDLHLSVSEVQSCRHFCNKIWNALRFILNALGEKFVPQPAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 PECGTDALRFTLCSHGVQAGDLHLSVSEVQSCRHFCNKIWNALRFILNALGEKFVPQPAE
580 590 600 610 620 630
780 790 800 810 820 830
pF1KA1 ELSPSSPMDAWILSRLALAAQECERGFLTRELSLVTHALHHFWLHNLCDVYLEAVKPVLW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 ELSPSSPMDAWILSRLALAAQECERGFLTRELSLVTHALHHFWLHNLCDVYLEAVKPVLW
640 650 660 670 680 690
840 850 860 870 880 890
pF1KA1 HSPRPLGPPQVLFSCADLGLRLLAPLMPFLAEELWQRLPPRPGCPPAPSISVAPYPSACS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 HSPRPLGPPQVLFSCADLGLRLLAPLMPFLAEELWQRLPPRPGCPPAPSISVAPYPSACS
700 710 720 730 740 750
900 910 920 930 940 950
pF1KA1 LEHWRQPELERRFSRVQEVVQVLRALRATYQLTKARPRVLLQSSEPGDQGLFEAFLEPLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LEHWRQPELERRFSRVQEVVQVLRALRATYQLTKARPRVLLQSSEPGDQGLFEAFLEPLG
760 770 780 790 800 810
960 970 980 990 1000 1010
pF1KA1 TLGYCGAVGLLPPGAAAPSGWAQAPLSDTAQVYMELQGLVDPQIQLPLLAARRYKLQKQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 TLGYCGAVGLLPPGAAAPSGWAQAPLSDTAQVYMELQGLVDPQIQLPLLAARRYKLQKQL
820 830 840 850 860 870
1020 1030 1040 1050 1060
pF1KA1 DSLTARTPSEGEAGTQRQQKLSSLQLELSKLDKAASHLQQLMDEPPAPGSPEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::
CCDS54 DSLTARTPSEGEAGTQRQQKLSSLQLELSKLDKAASHLRQLMDEPPAPGSPEL
880 890 900 910 920
>>CCDS34412.1 VARS gene_id:7407|Hs108|chr6 (1264 aa)
initn: 2658 init1: 1200 opt: 3283 Z-score: 3255.9 bits: 614.4 E(32554): 4.9e-175
Smith-Waterman score: 3458; 49.5% identity (73.4% similar) in 1059 aa overlap (18-1052:210-1264)
10 20 30 40
pF1KA1 MPHLPLASFRPPFWGLRHSRGLPRFHSVSTQSEPHGSPISRRNREAK
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CCDS34 KREKLEKFQQKQKIQQQQPPPGEKKPKPEKREKRDPGVITYDLPTPPGEKKDVSGPMPDS
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CCDS34 VEKAKEGQKADFPAGIPECGTDALRFGLCAYMSQGRDINLDVNRILGYRHFCNKLWNATK
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CCDS34 LYELCDVYLECLKPVLNGVDQVAAECARQTLYTCLDVGLRLLSPFMPFVTEELFQRLPRR
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pF1KA1 -PGCPPAPSISVAPYPSACSLEHWRQPELERRFSRVQEVVQVLRALRATYQLTKARPRVL
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CCDS34 AIALFQKML
1260
1063 residues in 1 query sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]