Result of FASTA (omim) for
pF1KA1824
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1824, 942 aa
1>>>pF1KA1824 942 - 942 aa - 942 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.3970+/-0.000379; mu= 2.4676+/- 0.024
mean_var=232.7768+/-48.629, 0's: 0 Z-trim(120.0): 75 B-trim: 0 in 0/57
Lambda= 0.084063
statistics sampled from 34720 (34805) to 34720 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.729), E-opt: 0.2 (0.408), width: 16
Scan time: 16.540
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_003852 (OMIM: 603812) DDB1- and CUL4-associated ( 942) 6387 788.4 0
NP_001271135 (OMIM: 603812) DDB1- and CUL4-associa ( 941) 6370 786.3 0
XP_016877224 (OMIM: 603812) PREDICTED: DDB1- and C ( 860) 5806 717.9 5.4e-206
NP_001271136 (OMIM: 603812) DDB1- and CUL4-associa ( 860) 5806 717.9 5.4e-206
XP_016877223 (OMIM: 603812) PREDICTED: DDB1- and C ( 860) 5806 717.9 5.4e-206
XP_016877225 (OMIM: 603812) PREDICTED: DDB1- and C ( 859) 5789 715.8 2.3e-205
XP_016877226 (OMIM: 603812) PREDICTED: DDB1- and C ( 725) 4857 602.7 2.1e-171
XP_016877227 (OMIM: 603812) PREDICTED: DDB1- and C ( 663) 4368 543.4 1.4e-153
XP_016877228 (OMIM: 603812) PREDICTED: DDB1- and C ( 663) 4368 543.4 1.4e-153
XP_011535582 (OMIM: 603812) PREDICTED: DDB1- and C ( 760) 4368 543.5 1.5e-153
XP_006720363 (OMIM: 603812) PREDICTED: DDB1- and C ( 894) 4368 543.5 1.8e-153
XP_011535581 (OMIM: 603812) PREDICTED: DDB1- and C ( 895) 4368 543.5 1.8e-153
XP_016877222 (OMIM: 603812) PREDICTED: DDB1- and C ( 895) 4368 543.5 1.8e-153
XP_011535580 (OMIM: 603812) PREDICTED: DDB1- and C ( 895) 4368 543.5 1.8e-153
XP_006720362 (OMIM: 603812) PREDICTED: DDB1- and C ( 895) 4368 543.5 1.8e-153
XP_006720361 (OMIM: 603812) PREDICTED: DDB1- and C ( 976) 4368 543.5 1.9e-153
XP_006720360 (OMIM: 603812) PREDICTED: DDB1- and C ( 977) 4368 543.5 1.9e-153
NP_001271137 (OMIM: 603812) DDB1- and CUL4-associa ( 326) 2022 258.7 3.5e-68
NP_001188493 (OMIM: 605961) pleiotropic regulator ( 505) 241 42.8 0.0052
NP_002660 (OMIM: 605961) pleiotropic regulator 1 i ( 514) 241 42.8 0.0053
>>NP_003852 (OMIM: 603812) DDB1- and CUL4-associated fac (942 aa)
initn: 6387 init1: 6387 opt: 6387 Z-score: 4199.5 bits: 788.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6387; 100.0% identity (100.0% similar) in 942 aa overlap (1-942:1-942)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MKRRAGLGGSMRSVVGFLSQRGLHGDPLLTQDFQRRRLRGCRNLYKKDLLGHFGCVNAIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MKRRAGLGGSMRSVVGFLSQRGLHGDPLLTQDFQRRRLRGCRNLYKKDLLGHFGCVNAIE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 FSNNGGQWLVSGGDDRRVLLWHMEQAIHSRVKPIQLKGEHHSNIFCLAFNSGNTKVFSGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 FSNNGGQWLVSGGDDRRVLLWHMEQAIHSRVKPIQLKGEHHSNIFCLAFNSGNTKVFSGG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 NDEQVILHDVESSETLDVFAHEDAVYGLSVSPVNDNIFASSSDDGRVLIWDIRESPHGEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 NDEQVILHDVESSETLDVFAHEDAVYGLSVSPVNDNIFASSSDDGRVLIWDIRESPHGEP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 FCLANYPSAFHSVMFNPVEPRLLATANSKEGVGLWDIRKPQSSLLRYGGNLSLQSAMSVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 FCLANYPSAFHSVMFNPVEPRLLATANSKEGVGLWDIRKPQSSLLRYGGNLSLQSAMSVR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 FNSNGTQLLALRRRLPPVLYDIHSRLPVFQFDNQGYFNSCTMKSCCFAGDRDQYILSGSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 FNSNGTQLLALRRRLPPVLYDIHSRLPVFQFDNQGYFNSCTMKSCCFAGDRDQYILSGSD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 DFNLYMWRIPADPEAGGIGRVVNGAFMVLKGHRSIVNQVRFNPHTYMICSSGVEKIIKIW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 DFNLYMWRIPADPEAGGIGRVVNGAFMVLKGHRSIVNQVRFNPHTYMICSSGVEKIIKIW
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 SPYKQPGCTGDLDGRIEDDSRCLYTHEEYISLVLNSGSGLSHDYANQSVQEDPRMMAFFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 SPYKQPGCTGDLDGRIEDDSRCLYTHEEYISLVLNSGSGLSHDYANQSVQEDPRMMAFFD
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 SLVRREIEGWSSDSDSDLSESTILQLHAGVSERSGYTDSESSASLPRSPPPTVDESADNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 SLVRREIEGWSSDSDSDLSESTILQLHAGVSERSGYTDSESSASLPRSPPPTVDESADNA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 FHLGPLRVTTTNTVASTPPTPTCEDAASRQQRLSALRRYQDKRLLALSNESDSEENVCEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 FHLGPLRVTTTNTVASTPPTPTCEDAASRQQRLSALRRYQDKRLLALSNESDSEENVCEV
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 ELDTDLFPRPRSPSPEDESSSSSSSSSSEDEEELNERRASTWQRNAMRRRQKTTREDKPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 ELDTDLFPRPRSPSPEDESSSSSSSSSSEDEEELNERRASTWQRNAMRRRQKTTREDKPS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 APIKPTNTYIGEDNYDYPQIKVDDLSSSPTSSPERSTSTLEIQPSRASPTSDIESVERKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 APIKPTNTYIGEDNYDYPQIKVDDLSSSPTSSPERSTSTLEIQPSRASPTSDIESVERKI
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA1 YKAYKWLRYSYISYSNNKDGETSLVTGEADEGRAGTSHKDNPAPSSSKEACLNIAMAQRN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 YKAYKWLRYSYISYSNNKDGETSLVTGEADEGRAGTSHKDNPAPSSSKEACLNIAMAQRN
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA1 QDLPPEGCSKDTFKEETPRTPSNGPGHEHSSHAWAEVPEGTSQDTGNSGSVEHPFETKKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 QDLPPEGCSKDTFKEETPRTPSNGPGHEHSSHAWAEVPEGTSQDTGNSGSVEHPFETKKL
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KA1 NGKALSSRAEEPPSPPVPKASGSTLNSGSGNCPRTQSDDSEERSLETICANHNNGRLHPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 NGKALSSRAEEPPSPPVPKASGSTLNSGSGNCPRTQSDDSEERSLETICANHNNGRLHPR
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA1 PPHPHNNGQNLGELEVVAYSSPGHSDTDRDNSSLTGTLLHKDCCGSEMACETPNAGTRED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 PPHPHNNGQNLGELEVVAYSSPGHSDTDRDNSSLTGTLLHKDCCGSEMACETPNAGTRED
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940
pF1KA1 PTDTPATDSSRAVHGHSGLKRQRIELEDTDSENSSSEKKLKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 PTDTPATDSSRAVHGHSGLKRQRIELEDTDSENSSSEKKLKT
910 920 930 940
>>NP_001271135 (OMIM: 603812) DDB1- and CUL4-associated (941 aa)
initn: 5471 init1: 5471 opt: 6370 Z-score: 4188.3 bits: 786.3 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6370; 99.9% identity (99.9% similar) in 942 aa overlap (1-942:1-941)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MKRRAGLGGSMRSVVGFLSQRGLHGDPLLTQDFQRRRLRGCRNLYKKDLLGHFGCVNAIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MKRRAGLGGSMRSVVGFLSQRGLHGDPLLTQDFQRRRLRGCRNLYKKDLLGHFGCVNAIE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 FSNNGGQWLVSGGDDRRVLLWHMEQAIHSRVKPIQLKGEHHSNIFCLAFNSGNTKVFSGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FSNNGGQWLVSGGDDRRVLLWHMEQAIHSRVKPIQLKGEHHSNIFCLAFNSGNTKVFSGG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 NDEQVILHDVESSETLDVFAHEDAVYGLSVSPVNDNIFASSSDDGRVLIWDIRESPHGEP
:::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NDEQVILHDVES-ETLDVFAHEDAVYGLSVSPVNDNIFASSSDDGRVLIWDIRESPHGEP
130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 FCLANYPSAFHSVMFNPVEPRLLATANSKEGVGLWDIRKPQSSLLRYGGNLSLQSAMSVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FCLANYPSAFHSVMFNPVEPRLLATANSKEGVGLWDIRKPQSSLLRYGGNLSLQSAMSVR
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 FNSNGTQLLALRRRLPPVLYDIHSRLPVFQFDNQGYFNSCTMKSCCFAGDRDQYILSGSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FNSNGTQLLALRRRLPPVLYDIHSRLPVFQFDNQGYFNSCTMKSCCFAGDRDQYILSGSD
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 DFNLYMWRIPADPEAGGIGRVVNGAFMVLKGHRSIVNQVRFNPHTYMICSSGVEKIIKIW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DFNLYMWRIPADPEAGGIGRVVNGAFMVLKGHRSIVNQVRFNPHTYMICSSGVEKIIKIW
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 SPYKQPGCTGDLDGRIEDDSRCLYTHEEYISLVLNSGSGLSHDYANQSVQEDPRMMAFFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SPYKQPGCTGDLDGRIEDDSRCLYTHEEYISLVLNSGSGLSHDYANQSVQEDPRMMAFFD
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 SLVRREIEGWSSDSDSDLSESTILQLHAGVSERSGYTDSESSASLPRSPPPTVDESADNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SLVRREIEGWSSDSDSDLSESTILQLHAGVSERSGYTDSESSASLPRSPPPTVDESADNA
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 FHLGPLRVTTTNTVASTPPTPTCEDAASRQQRLSALRRYQDKRLLALSNESDSEENVCEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FHLGPLRVTTTNTVASTPPTPTCEDAASRQQRLSALRRYQDKRLLALSNESDSEENVCEV
480 490 500 510 520 530
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 ELDTDLFPRPRSPSPEDESSSSSSSSSSEDEEELNERRASTWQRNAMRRRQKTTREDKPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ELDTDLFPRPRSPSPEDESSSSSSSSSSEDEEELNERRASTWQRNAMRRRQKTTREDKPS
540 550 560 570 580 590
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 APIKPTNTYIGEDNYDYPQIKVDDLSSSPTSSPERSTSTLEIQPSRASPTSDIESVERKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 APIKPTNTYIGEDNYDYPQIKVDDLSSSPTSSPERSTSTLEIQPSRASPTSDIESVERKI
600 610 620 630 640 650
670 680 690 700 710 720
pF1KA1 YKAYKWLRYSYISYSNNKDGETSLVTGEADEGRAGTSHKDNPAPSSSKEACLNIAMAQRN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YKAYKWLRYSYISYSNNKDGETSLVTGEADEGRAGTSHKDNPAPSSSKEACLNIAMAQRN
660 670 680 690 700 710
730 740 750 760 770 780
pF1KA1 QDLPPEGCSKDTFKEETPRTPSNGPGHEHSSHAWAEVPEGTSQDTGNSGSVEHPFETKKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QDLPPEGCSKDTFKEETPRTPSNGPGHEHSSHAWAEVPEGTSQDTGNSGSVEHPFETKKL
720 730 740 750 760 770
790 800 810 820 830 840
pF1KA1 NGKALSSRAEEPPSPPVPKASGSTLNSGSGNCPRTQSDDSEERSLETICANHNNGRLHPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NGKALSSRAEEPPSPPVPKASGSTLNSGSGNCPRTQSDDSEERSLETICANHNNGRLHPR
780 790 800 810 820 830
850 860 870 880 890 900
pF1KA1 PPHPHNNGQNLGELEVVAYSSPGHSDTDRDNSSLTGTLLHKDCCGSEMACETPNAGTRED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PPHPHNNGQNLGELEVVAYSSPGHSDTDRDNSSLTGTLLHKDCCGSEMACETPNAGTRED
840 850 860 870 880 890
910 920 930 940
pF1KA1 PTDTPATDSSRAVHGHSGLKRQRIELEDTDSENSSSEKKLKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PTDTPATDSSRAVHGHSGLKRQRIELEDTDSENSSSEKKLKT
900 910 920 930 940
>>XP_016877224 (OMIM: 603812) PREDICTED: DDB1- and CUL4- (860 aa)
initn: 5806 init1: 5806 opt: 5806 Z-score: 3819.2 bits: 717.9 E(85289): 5.4e-206
Smith-Waterman score: 5806; 100.0% identity (100.0% similar) in 860 aa overlap (83-942:1-860)
60 70 80 90 100 110
pF1KA1 FGCVNAIEFSNNGGQWLVSGGDDRRVLLWHMEQAIHSRVKPIQLKGEHHSNIFCLAFNSG
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MEQAIHSRVKPIQLKGEHHSNIFCLAFNSG
10 20 30
120 130 140 150 160 170
pF1KA1 NTKVFSGGNDEQVILHDVESSETLDVFAHEDAVYGLSVSPVNDNIFASSSDDGRVLIWDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NTKVFSGGNDEQVILHDVESSETLDVFAHEDAVYGLSVSPVNDNIFASSSDDGRVLIWDI
40 50 60 70 80 90
180 190 200 210 220 230
pF1KA1 RESPHGEPFCLANYPSAFHSVMFNPVEPRLLATANSKEGVGLWDIRKPQSSLLRYGGNLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RESPHGEPFCLANYPSAFHSVMFNPVEPRLLATANSKEGVGLWDIRKPQSSLLRYGGNLS
100 110 120 130 140 150
240 250 260 270 280 290
pF1KA1 LQSAMSVRFNSNGTQLLALRRRLPPVLYDIHSRLPVFQFDNQGYFNSCTMKSCCFAGDRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LQSAMSVRFNSNGTQLLALRRRLPPVLYDIHSRLPVFQFDNQGYFNSCTMKSCCFAGDRD
160 170 180 190 200 210
300 310 320 330 340 350
pF1KA1 QYILSGSDDFNLYMWRIPADPEAGGIGRVVNGAFMVLKGHRSIVNQVRFNPHTYMICSSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QYILSGSDDFNLYMWRIPADPEAGGIGRVVNGAFMVLKGHRSIVNQVRFNPHTYMICSSG
220 230 240 250 260 270
360 370 380 390 400 410
pF1KA1 VEKIIKIWSPYKQPGCTGDLDGRIEDDSRCLYTHEEYISLVLNSGSGLSHDYANQSVQED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VEKIIKIWSPYKQPGCTGDLDGRIEDDSRCLYTHEEYISLVLNSGSGLSHDYANQSVQED
280 290 300 310 320 330
420 430 440 450 460 470
pF1KA1 PRMMAFFDSLVRREIEGWSSDSDSDLSESTILQLHAGVSERSGYTDSESSASLPRSPPPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PRMMAFFDSLVRREIEGWSSDSDSDLSESTILQLHAGVSERSGYTDSESSASLPRSPPPT
340 350 360 370 380 390
480 490 500 510 520 530
pF1KA1 VDESADNAFHLGPLRVTTTNTVASTPPTPTCEDAASRQQRLSALRRYQDKRLLALSNESD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VDESADNAFHLGPLRVTTTNTVASTPPTPTCEDAASRQQRLSALRRYQDKRLLALSNESD
400 410 420 430 440 450
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 SEENVCEVELDTDLFPRPRSPSPEDESSSSSSSSSSEDEEELNERRASTWQRNAMRRRQK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SEENVCEVELDTDLFPRPRSPSPEDESSSSSSSSSSEDEEELNERRASTWQRNAMRRRQK
460 470 480 490 500 510
600 610 620 630 640 650
pF1KA1 TTREDKPSAPIKPTNTYIGEDNYDYPQIKVDDLSSSPTSSPERSTSTLEIQPSRASPTSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TTREDKPSAPIKPTNTYIGEDNYDYPQIKVDDLSSSPTSSPERSTSTLEIQPSRASPTSD
520 530 540 550 560 570
660 670 680 690 700 710
pF1KA1 IESVERKIYKAYKWLRYSYISYSNNKDGETSLVTGEADEGRAGTSHKDNPAPSSSKEACL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 IESVERKIYKAYKWLRYSYISYSNNKDGETSLVTGEADEGRAGTSHKDNPAPSSSKEACL
580 590 600 610 620 630
720 730 740 750 760 770
pF1KA1 NIAMAQRNQDLPPEGCSKDTFKEETPRTPSNGPGHEHSSHAWAEVPEGTSQDTGNSGSVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NIAMAQRNQDLPPEGCSKDTFKEETPRTPSNGPGHEHSSHAWAEVPEGTSQDTGNSGSVE
640 650 660 670 680 690
780 790 800 810 820 830
pF1KA1 HPFETKKLNGKALSSRAEEPPSPPVPKASGSTLNSGSGNCPRTQSDDSEERSLETICANH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 HPFETKKLNGKALSSRAEEPPSPPVPKASGSTLNSGSGNCPRTQSDDSEERSLETICANH
700 710 720 730 740 750
840 850 860 870 880 890
pF1KA1 NNGRLHPRPPHPHNNGQNLGELEVVAYSSPGHSDTDRDNSSLTGTLLHKDCCGSEMACET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NNGRLHPRPPHPHNNGQNLGELEVVAYSSPGHSDTDRDNSSLTGTLLHKDCCGSEMACET
760 770 780 790 800 810
900 910 920 930 940
pF1KA1 PNAGTREDPTDTPATDSSRAVHGHSGLKRQRIELEDTDSENSSSEKKLKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PNAGTREDPTDTPATDSSRAVHGHSGLKRQRIELEDTDSENSSSEKKLKT
820 830 840 850 860
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NNGRLHPRPPHPHNNGQNLGELEVVAYSSPGHSDTDRDNSSLTGTLLHKDCCGSEMACET
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pF1KA1 PNAGTREDPTDTPATDSSRAVHGHSGLKRQRIELEDTDSENSSSEKKLKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PNAGTREDPTDTPATDSSRAVHGHSGLKRQRIELEDTDSENSSSEKKLKT
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>>XP_016877223 (OMIM: 603812) PREDICTED: DDB1- and CUL4- (860 aa)
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60 70 80 90 100 110
pF1KA1 FGCVNAIEFSNNGGQWLVSGGDDRRVLLWHMEQAIHSRVKPIQLKGEHHSNIFCLAFNSG
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MEQAIHSRVKPIQLKGEHHSNIFCLAFNSG
10 20 30
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pF1KA1 NTKVFSGGNDEQVILHDVESSETLDVFAHEDAVYGLSVSPVNDNIFASSSDDGRVLIWDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NTKVFSGGNDEQVILHDVESSETLDVFAHEDAVYGLSVSPVNDNIFASSSDDGRVLIWDI
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pF1KA1 RESPHGEPFCLANYPSAFHSVMFNPVEPRLLATANSKEGVGLWDIRKPQSSLLRYGGNLS
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pF1KA1 VEKIIKIWSPYKQPGCTGDLDGRIEDDSRCLYTHEEYISLVLNSGSGLSHDYANQSVQED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KA1 PNAGTREDPTDTPATDSSRAVHGHSGLKRQRIELEDTDSENSSSEKKLKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PNAGTREDPTDTPATDSSRAVHGHSGLKRQRIELEDTDSENSSSEKKLKT
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>>XP_016877225 (OMIM: 603812) PREDICTED: DDB1- and CUL4- (859 aa)
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pF1KA1 FGCVNAIEFSNNGGQWLVSGGDDRRVLLWHMEQAIHSRVKPIQLKGEHHSNIFCLAFNSG
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MEQAIHSRVKPIQLKGEHHSNIFCLAFNSG
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120 130 140 150 160 170
pF1KA1 NTKVFSGGNDEQVILHDVESSETLDVFAHEDAVYGLSVSPVNDNIFASSSDDGRVLIWDI
:::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NTKVFSGGNDEQVILHDVES-ETLDVFAHEDAVYGLSVSPVNDNIFASSSDDGRVLIWDI
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pF1KA1 RESPHGEPFCLANYPSAFHSVMFNPVEPRLLATANSKEGVGLWDIRKPQSSLLRYGGNLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RESPHGEPFCLANYPSAFHSVMFNPVEPRLLATANSKEGVGLWDIRKPQSSLLRYGGNLS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KA1 VEKIIKIWSPYKQPGCTGDLDGRIEDDSRCLYTHEEYISLVLNSGSGLSHDYANQSVQED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 IESVERKIYKAYKWLRYSYISYSNNKDGETSLVTGEADEGRAGTSHKDNPAPSSSKEACL
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pF1KA1 NIAMAQRNQDLPPEGCSKDTFKEETPRTPSNGPGHEHSSHAWAEVPEGTSQDTGNSGSVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NIAMAQRNQDLPPEGCSKDTFKEETPRTPSNGPGHEHSSHAWAEVPEGTSQDTGNSGSVE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NNGRLHPRPPHPHNNGQNLGELEVVAYSSPGHSDTDRDNSSLTGTLLHKDCCGSEMACET
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pF1KA1 PNAGTREDPTDTPATDSSRAVHGHSGLKRQRIELEDTDSENSSSEKKLKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PNAGTREDPTDTPATDSSRAVHGHSGLKRQRIELEDTDSENSSSEKKLKT
810 820 830 840 850
>>XP_016877226 (OMIM: 603812) PREDICTED: DDB1- and CUL4- (725 aa)
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pF1KA1 ANYPSAFHSVMFNPVEPRLLATANSKEGVGLWDIRKPQSSLLRYGGNLSLQSAMSVRFNS
.:. .:::::::::::::::::::::
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pF1KA1 NGTQLLALRRRLPPVLYDIHSRLPVFQFDNQGYFNSCTMKSCCFAGDRDQYILSGSDDFN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NGTQLLALRRRLPPVLYDIHSRLPVFQFDNQGYFNSCTMKSCCFAGDRDQYILSGSDDFN
30 40 50 60 70 80
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pF1KA1 LYMWRIPADPEAGGIGRVVNGAFMVLKGHRSIVNQVRFNPHTYMICSSGVEKIIKIWSPY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LYMWRIPADPEAGGIGRVVNGAFMVLKGHRSIVNQVRFNPHTYMICSSGVEKIIKIWSPY
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pF1KA1 KQPGCTGDLDGRIEDDSRCLYTHEEYISLVLNSGSGLSHDYANQSVQEDPRMMAFFDSLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KQPGCTGDLDGRIEDDSRCLYTHEEYISLVLNSGSGLSHDYANQSVQEDPRMMAFFDSLV
150 160 170 180 190 200
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 RREIEGWSSDSDSDLSESTILQLHAGVSERSGYTDSESSASLPRSPPPTVDESADNAFHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RREIEGWSSDSDSDLSESTILQLHAGVSERSGYTDSESSASLPRSPPPTVDESADNAFHL
210 220 230 240 250 260
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pF1KA1 GPLRVTTTNTVASTPPTPTCEDAASRQQRLSALRRYQDKRLLALSNESDSEENVCEVELD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GPLRVTTTNTVASTPPTPTCEDAASRQQRLSALRRYQDKRLLALSNESDSEENVCEVELD
270 280 290 300 310 320
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pF1KA1 TDLFPRPRSPSPEDESSSSSSSSSSEDEEELNERRASTWQRNAMRRRQKTTREDKPSAPI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TDLFPRPRSPSPEDESSSSSSSSSSEDEEELNERRASTWQRNAMRRRQKTTREDKPSAPI
330 340 350 360 370 380
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 KPTNTYIGEDNYDYPQIKVDDLSSSPTSSPERSTSTLEIQPSRASPTSDIESVERKIYKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KPTNTYIGEDNYDYPQIKVDDLSSSPTSSPERSTSTLEIQPSRASPTSDIESVERKIYKA
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pF1KA1 YKWLRYSYISYSNNKDGETSLVTGEADEGRAGTSHKDNPAPSSSKEACLNIAMAQRNQDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 YKWLRYSYISYSNNKDGETSLVTGEADEGRAGTSHKDNPAPSSSKEACLNIAMAQRNQDL
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pF1KA1 PPEGCSKDTFKEETPRTPSNGPGHEHSSHAWAEVPEGTSQDTGNSGSVEHPFETKKLNGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PPEGCSKDTFKEETPRTPSNGPGHEHSSHAWAEVPEGTSQDTGNSGSVEHPFETKKLNGK
510 520 530 540 550 560
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pF1KA1 ALSSRAEEPPSPPVPKASGSTLNSGSGNCPRTQSDDSEERSLETICANHNNGRLHPRPPH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ALSSRAEEPPSPPVPKASGSTLNSGSGNCPRTQSDDSEERSLETICANHNNGRLHPRPPH
570 580 590 600 610 620
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pF1KA1 PHNNGQNLGELEVVAYSSPGHSDTDRDNSSLTGTLLHKDCCGSEMACETPNAGTREDPTD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PHNNGQNLGELEVVAYSSPGHSDTDRDNSSLTGTLLHKDCCGSEMACETPNAGTREDPTD
630 640 650 660 670 680
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pF1KA1 TPATDSSRAVHGHSGLKRQRIELEDTDSENSSSEKKLKT
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TPATDSSRAVHGHSGLKRQRIELEDTDSENSSSEKKLKT
690 700 710 720
>>XP_016877227 (OMIM: 603812) PREDICTED: DDB1- and CUL4- (663 aa)
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Smith-Waterman score: 4368; 99.8% identity (100.0% similar) in 650 aa overlap (293-942:14-663)
270 280 290 300 310 320
pF1KA1 HSRLPVFQFDNQGYFNSCTMKSCCFAGDRDQYILSGSDDFNLYMWRIPADPEAGGIGRVV
.:::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MDLRRPRTKTSSQHYILSGSDDFNLYMWRIPADPEAGGIGRVV
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330 340 350 360 370 380
pF1KA1 NGAFMVLKGHRSIVNQVRFNPHTYMICSSGVEKIIKIWSPYKQPGCTGDLDGRIEDDSRC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NGAFMVLKGHRSIVNQVRFNPHTYMICSSGVEKIIKIWSPYKQPGCTGDLDGRIEDDSRC
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LYTHEEYISLVLNSGSGLSHDYANQSVQEDPRMMAFFDSLVRREIEGWSSDSDSDLSEST
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ILQLHAGVSERSGYTDSESSASLPRSPPPTVDESADNAFHLGPLRVTTTNTVASTPPTPT
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 CEDAASRQQRLSALRRYQDKRLLALSNESDSEENVCEVELDTDLFPRPRSPSPEDESSSS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SLVTGEADEGRAGTSHKDNPAPSSSKEACLNIAMAQRNQDLPPEGCSKDTFKEETPRTPS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NGPGHEHSSHAWAEVPEGTSQDTGNSGSVEHPFETKKLNGKALSSRAEEPPSPPVPKASG
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 STLNSGSGNCPRTQSDDSEERSLETICANHNNGRLHPRPPHPHNNGQNLGELEVVAYSSP
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GHSDTDRDNSSLTGTLLHKDCCGSEMACETPNAGTREDPTDTPATDSSRAVHGHSGLKRQ
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pF1KA1 RIELEDTDSENSSSEKKLKT
::::::::::::::::::::
XP_016 RIELEDTDSENSSSEKKLKT
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>>XP_016877228 (OMIM: 603812) PREDICTED: DDB1- and CUL4- (663 aa)
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Smith-Waterman score: 4368; 99.8% identity (100.0% similar) in 650 aa overlap (293-942:14-663)
270 280 290 300 310 320
pF1KA1 HSRLPVFQFDNQGYFNSCTMKSCCFAGDRDQYILSGSDDFNLYMWRIPADPEAGGIGRVV
.:::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MDLRRPRTKTSSQHYILSGSDDFNLYMWRIPADPEAGGIGRVV
10 20 30 40
330 340 350 360 370 380
pF1KA1 NGAFMVLKGHRSIVNQVRFNPHTYMICSSGVEKIIKIWSPYKQPGCTGDLDGRIEDDSRC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NGAFMVLKGHRSIVNQVRFNPHTYMICSSGVEKIIKIWSPYKQPGCTGDLDGRIEDDSRC
50 60 70 80 90 100
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pF1KA1 LYTHEEYISLVLNSGSGLSHDYANQSVQEDPRMMAFFDSLVRREIEGWSSDSDSDLSEST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LYTHEEYISLVLNSGSGLSHDYANQSVQEDPRMMAFFDSLVRREIEGWSSDSDSDLSEST
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pF1KA1 ILQLHAGVSERSGYTDSESSASLPRSPPPTVDESADNAFHLGPLRVTTTNTVASTPPTPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 CEDAASRQQRLSALRRYQDKRLLALSNESDSEENVCEVELDTDLFPRPRSPSPEDESSSS
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pF1KA1 SSSSSSEDEEELNERRASTWQRNAMRRRQKTTREDKPSAPIKPTNTYIGEDNYDYPQIKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SSSSSSEDEEELNERRASTWQRNAMRRRQKTTREDKPSAPIKPTNTYIGEDNYDYPQIKV
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DDLSSSPTSSPERSTSTLEIQPSRASPTSDIESVERKIYKAYKWLRYSYISYSNNKDGET
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pF1KA1 SLVTGEADEGRAGTSHKDNPAPSSSKEACLNIAMAQRNQDLPPEGCSKDTFKEETPRTPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SLVTGEADEGRAGTSHKDNPAPSSSKEACLNIAMAQRNQDLPPEGCSKDTFKEETPRTPS
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pF1KA1 NGPGHEHSSHAWAEVPEGTSQDTGNSGSVEHPFETKKLNGKALSSRAEEPPSPPVPKASG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NGPGHEHSSHAWAEVPEGTSQDTGNSGSVEHPFETKKLNGKALSSRAEEPPSPPVPKASG
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pF1KA1 STLNSGSGNCPRTQSDDSEERSLETICANHNNGRLHPRPPHPHNNGQNLGELEVVAYSSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 STLNSGSGNCPRTQSDDSEERSLETICANHNNGRLHPRPPHPHNNGQNLGELEVVAYSSP
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pF1KA1 GHSDTDRDNSSLTGTLLHKDCCGSEMACETPNAGTREDPTDTPATDSSRAVHGHSGLKRQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GHSDTDRDNSSLTGTLLHKDCCGSEMACETPNAGTREDPTDTPATDSSRAVHGHSGLKRQ
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pF1KA1 RIELEDTDSENSSSEKKLKT
::::::::::::::::::::
XP_016 RIELEDTDSENSSSEKKLKT
650 660
>>XP_011535582 (OMIM: 603812) PREDICTED: DDB1- and CUL4- (760 aa)
initn: 4368 init1: 4368 opt: 4368 Z-score: 2877.5 bits: 543.5 E(85289): 1.5e-153
Smith-Waterman score: 4777; 94.4% identity (94.8% similar) in 764 aa overlap (214-942:1-760)
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 ANYPSAFHSVMFNPVEPRLLATANSKEGVGLWDIRKPQSSLLRYGGNLSLQSAMSVRFNS
.:. .:::::::::::::::::::::
XP_011 MWE----WGSLLRYGGNLSLQSAMSVRFNS
10 20
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pF1KA1 NGTQLLALRRRLPPVLYDIHSRLPVFQFDNQGYFNSCTMKSCCFAGDRDQ----------
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NGTQLLALRRRLPPVLYDIHSRLPVFQFDNQGYFNSCTMKSCCFAGDRDQKPEAEGKVIF
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pF1KA1 -------------------------YILSGSDDFNLYMWRIPADPEAGGIGRVVNGAFMV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FRLCLATKPIFMDLRRPRTKTSSQHYILSGSDDFNLYMWRIPADPEAGGIGRVVNGAFMV
90 100 110 120 130 140
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pF1KA1 LKGHRSIVNQVRFNPHTYMICSSGVEKIIKIWSPYKQPGCTGDLDGRIEDDSRCLYTHEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LKGHRSIVNQVRFNPHTYMICSSGVEKIIKIWSPYKQPGCTGDLDGRIEDDSRCLYTHEE
150 160 170 180 190 200
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pF1KA1 YISLVLNSGSGLSHDYANQSVQEDPRMMAFFDSLVRREIEGWSSDSDSDLSESTILQLHA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YISLVLNSGSGLSHDYANQSVQEDPRMMAFFDSLVRREIEGWSSDSDSDLSESTILQLHA
210 220 230 240 250 260
450 460 470 480 490 500
pF1KA1 GVSERSGYTDSESSASLPRSPPPTVDESADNAFHLGPLRVTTTNTVASTPPTPTCEDAAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GVSERSGYTDSESSASLPRSPPPTVDESADNAFHLGPLRVTTTNTVASTPPTPTCEDAAS
270 280 290 300 310 320
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pF1KA1 RQQRLSALRRYQDKRLLALSNESDSEENVCEVELDTDLFPRPRSPSPEDESSSSSSSSSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RQQRLSALRRYQDKRLLALSNESDSEENVCEVELDTDLFPRPRSPSPEDESSSSSSSSSS
330 340 350 360 370 380
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pF1KA1 EDEEELNERRASTWQRNAMRRRQKTTREDKPSAPIKPTNTYIGEDNYDYPQIKVDDLSSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EDEEELNERRASTWQRNAMRRRQKTTREDKPSAPIKPTNTYIGEDNYDYPQIKVDDLSSS
390 400 410 420 430 440
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pF1KA1 PTSSPERSTSTLEIQPSRASPTSDIESVERKIYKAYKWLRYSYISYSNNKDGETSLVTGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PTSSPERSTSTLEIQPSRASPTSDIESVERKIYKAYKWLRYSYISYSNNKDGETSLVTGE
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pF1KA1 ADEGRAGTSHKDNPAPSSSKEACLNIAMAQRNQDLPPEGCSKDTFKEETPRTPSNGPGHE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ADEGRAGTSHKDNPAPSSSKEACLNIAMAQRNQDLPPEGCSKDTFKEETPRTPSNGPGHE
510 520 530 540 550 560
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pF1KA1 HSSHAWAEVPEGTSQDTGNSGSVEHPFETKKLNGKALSSRAEEPPSPPVPKASGSTLNSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 HSSHAWAEVPEGTSQDTGNSGSVEHPFETKKLNGKALSSRAEEPPSPPVPKASGSTLNSG
570 580 590 600 610 620
810 820 830 840 850 860
pF1KA1 SGNCPRTQSDDSEERSLETICANHNNGRLHPRPPHPHNNGQNLGELEVVAYSSPGHSDTD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SGNCPRTQSDDSEERSLETICANHNNGRLHPRPPHPHNNGQNLGELEVVAYSSPGHSDTD
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pF1KA1 RDNSSLTGTLLHKDCCGSEMACETPNAGTREDPTDTPATDSSRAVHGHSGLKRQRIELED
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XP_011 RDNSSLTGTLLHKDCCGSEMACETPNAGTREDPTDTPATDSSRAVHGHSGLKRQRIELED
690 700 710 720 730 740
930 940
pF1KA1 TDSENSSSEKKLKT
::::::::::::::
XP_011 TDSENSSSEKKLKT
750 760
942 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 01:52:06 2016 done: Fri Nov 4 01:52:08 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]