Result of FASTA (omim) for
pF1KA1489
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1489, 623 aa
1>>>pF1KA1489 623 - 623 aa - 623 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0759+/-0.000478; mu= 20.7418+/- 0.029
mean_var=89.3399+/-19.963, 0's: 0 Z-trim(109.1): 344 B-trim: 422 in 1/53
Lambda= 0.135691
statistics sampled from 16829 (17274) to 16829 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.556), E-opt: 0.2 (0.203), width: 16
Scan time: 8.240
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_115894 (OMIM: 616607) kelch repeat and BTB doma ( 601) 860 179.6 2.8e-44
XP_005264828 (OMIM: 616607) PREDICTED: kelch repea ( 524) 722 152.5 3.4e-36
NP_003624 (OMIM: 605173) ectoderm-neural cortex pr ( 589) 600 128.7 5.7e-29
XP_011541999 (OMIM: 605173) PREDICTED: ectoderm-ne ( 589) 600 128.7 5.7e-29
XP_011541998 (OMIM: 605173) PREDICTED: ectoderm-ne ( 589) 600 128.7 5.7e-29
NP_001243503 (OMIM: 605173) ectoderm-neural cortex ( 589) 600 128.7 5.7e-29
NP_001243504 (OMIM: 605173) ectoderm-neural cortex ( 589) 600 128.7 5.7e-29
NP_061335 (OMIM: 611201) kelch-like protein 9 [Hom ( 617) 572 123.2 2.6e-27
NP_689680 (OMIM: 608778,615081) kelch-like protein ( 608) 570 122.8 3.4e-27
NP_001316524 (OMIM: 608778,615081) kelch-like prot ( 608) 570 122.8 3.4e-27
NP_067646 (OMIM: 614522) kelch-like protein 12 iso ( 568) 569 122.6 3.8e-27
NP_001289980 (OMIM: 614522) kelch-like protein 12 ( 606) 569 122.6 3.9e-27
XP_011508137 (OMIM: 614522) PREDICTED: kelch-like ( 623) 569 122.6 4e-27
XP_011529874 (OMIM: 605774) PREDICTED: kelch-like ( 633) 564 121.7 8e-27
XP_016863163 (OMIM: 605774) PREDICTED: kelch-like ( 555) 558 120.4 1.6e-26
NP_009177 (OMIM: 605774) kelch-like protein 2 isof ( 593) 558 120.5 1.7e-26
NP_001154993 (OMIM: 605774) kelch-like protein 2 i ( 597) 558 120.5 1.7e-26
NP_001161775 (OMIM: 300655) kelch-like protein 13 ( 613) 558 120.5 1.8e-26
XP_016885439 (OMIM: 300655) PREDICTED: kelch-like ( 639) 558 120.5 1.8e-26
NP_001161773 (OMIM: 300655) kelch-like protein 13 ( 639) 558 120.5 1.8e-26
NP_001161774 (OMIM: 300655) kelch-like protein 13 ( 639) 558 120.5 1.8e-26
NP_001161772 (OMIM: 300655) kelch-like protein 13 ( 649) 558 120.5 1.8e-26
NP_277030 (OMIM: 300655) kelch-like protein 13 iso ( 655) 558 120.5 1.8e-26
XP_011529713 (OMIM: 300655) PREDICTED: kelch-like ( 655) 558 120.5 1.8e-26
NP_001161771 (OMIM: 300655) kelch-like protein 13 ( 658) 558 120.5 1.9e-26
XP_011529711 (OMIM: 300655) PREDICTED: kelch-like ( 661) 558 120.5 1.9e-26
XP_011529712 (OMIM: 300655) PREDICTED: kelch-like ( 661) 558 120.5 1.9e-26
NP_059111 (OMIM: 605775,614495) kelch-like protein ( 587) 554 119.7 2.9e-26
NP_001244123 (OMIM: 605775,614495) kelch-like prot ( 555) 553 119.5 3.2e-26
XP_005249164 (OMIM: 610749) PREDICTED: kelch-like ( 634) 542 117.4 1.6e-25
XP_016866347 (OMIM: 610749) PREDICTED: kelch-like ( 634) 542 117.4 1.6e-25
NP_001003760 (OMIM: 610749) kelch-like protein 31 ( 634) 542 117.4 1.6e-25
XP_016857484 (OMIM: 614522) PREDICTED: kelch-like ( 471) 525 113.9 1.3e-24
XP_011508138 (OMIM: 614522) PREDICTED: kelch-like ( 526) 525 113.9 1.4e-24
NP_006054 (OMIM: 607701,615731) kelch-like protein ( 606) 517 112.4 4.6e-24
XP_016863164 (OMIM: 605774) PREDICTED: kelch-like ( 415) 512 111.3 6.9e-24
NP_001278932 (OMIM: 611967) kelch-like protein 8 i ( 620) 512 111.5 9.1e-24
NP_065854 (OMIM: 611967) kelch-like protein 8 isof ( 620) 512 111.5 9.1e-24
NP_569713 (OMIM: 614214) kelch-like protein 6 [Hom ( 621) 506 110.3 2.1e-23
NP_001165125 (OMIM: 608064) kelch-like protein 5 i ( 568) 500 109.1 4.4e-23
NP_001138821 (OMIM: 147485) actin-binding protein ( 582) 499 108.9 5.1e-23
NP_001007076 (OMIM: 608064) kelch-like protein 5 i ( 709) 500 109.2 5.1e-23
NP_005888 (OMIM: 147485) actin-binding protein IPP ( 584) 499 108.9 5.1e-23
NP_057074 (OMIM: 608064) kelch-like protein 5 isof ( 755) 500 109.2 5.3e-23
XP_016863764 (OMIM: 608064) PREDICTED: kelch-like ( 788) 500 109.2 5.5e-23
XP_011512003 (OMIM: 608064) PREDICTED: kelch-like ( 788) 500 109.2 5.5e-23
XP_016863765 (OMIM: 608064) PREDICTED: kelch-like ( 788) 500 109.2 5.5e-23
XP_011512002 (OMIM: 608064) PREDICTED: kelch-like ( 788) 500 109.2 5.5e-23
XP_005262712 (OMIM: 608064) PREDICTED: kelch-like ( 789) 500 109.2 5.5e-23
XP_011512001 (OMIM: 608064) PREDICTED: kelch-like ( 804) 500 109.2 5.6e-23
>>NP_115894 (OMIM: 616607) kelch repeat and BTB domain-c (601 aa)
initn: 1055 init1: 629 opt: 860 Z-score: 916.0 bits: 179.6 E(85289): 2.8e-44
Smith-Waterman score: 1151; 33.3% identity (65.9% similar) in 595 aa overlap (13-593:31-599)
10 20 30 40
pF1KA1 MSTQDERQINTEYAVSLLEQLKLFYEQQLFTDIVLIVE-GTE
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NP_115 MAASADLSKSSPTPNGIPSSDPASDAMDPFHACSILKQLKTMYDEGQLTDIVVEVDHGKT
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KA1 FPCHKMVLATCSSYFRAMFMSGLSESKQTHVHLRNVDAATLQIIITYAYTGNLAMNDSTV
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NP_115 FSCHRNVLAAISPYFRSMFTSGLTESTQKEVRIVGVEAESMDLVLNYAYTSRVILTEANV
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KA1 EQLYETACFLQVEDVLQRCREYLIKKINAENCVRLLSFADLFSCEELKQSAKRMVEHKFT
. :. .: ..:. .. ..: .:.:.... .: . .. ::: .. .:: . .:.....::
NP_115 QALFTAASIFQIPSIQDQCAKYMISHLDPQNSIGVFIFADHYGHQELGDRSKEYIRKKFL
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KA1 AVYHQDAFMQLSHDLLIDILSSDNLNVEKEETVREAAMLWLEYNTESRSQYLSSVLSQ-I
: ... :.::..: ::.::.::.:::..:: : :. . :.:.. . : .: .... :
NP_115 CVTKEQEFLQLTKDQLISILDSDDLNVDREEHVYESIIRWFEHEQNEREVHLPEIFAKCI
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270
pF1KA1 RIDALSEVTQRAWFQGLPPNDKSVVVQGLYKSMPKFFK---PRLGMTKEEMMIFIEASSE
:. . .. ... .::. ...... .. :. . ::::: ::.: ..:. .
NP_115 RFPLMEDT----FIEKIPPQFAQAIAKSCVEKGPSNTNGCTQRLGMTASEMIICFDAAHK
250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KA1 NPCSLYSSVCYSPQAEKVYKLCSPPADLHKVGTVVTPDNDIYIAGGQVPLKNTKTNHSKT
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NP_115 HSGKKQTVPCLDIVTGRVFKLCKPPNDLREVGILVSPDNDIYIAGGYRP---------SS
300 310 320 330 340
340 350 360 370 380 390
pF1KA1 SKLQTAFRTVNCFYWFDAQQNTWFPKTPMLFVRIKPSLVCCEGYIYAIGGDSVGGELNR-
:... .. : :. .: . : :. : .: .:: .:: : : .::::: :.
NP_115 SEVSIDHKAENDFWMYDHSTNRWLSKPSLLRARIGCKLVYCCGKMYAIGGRVYEGDGRNS
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430 440 450
pF1KA1 -RTVERYDTEKDEWTMVSPLPCAWQWSAAVVVHDCIYVMTLNLMYCYFPRSDSWVEMAMR
..:: ::.... :: : .: : .. :: .. :::. ... : :..: : ..
NP_115 LKSVECYDSRENCWTTVCAMPVAMEFHNAVEYKEKIYVLQGEFFLFYEPQKDYWGFLTPM
410 420 430 440 450 460
460 470 480 490 500 510
pF1KA1 QTSRSFASAAAFGDKIFYIGGLHIATNSGIRLPSGTVDGSSVTVEIYDVNKNEWKMAANI
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NP_115 TVPRIQGLAAVYKDSIYYIAG---TCGNHQRM---------FTVEAYDIELNKWTRKKDF
470 480 490 500 510
520 530 540 550 560
pF1KA1 PAKRYSDPCVRAVVISNSLCVFMRETHLNERA-------KYVTYQYDLELDRWSLRQHIS
: . .: .. :...:.: .:.: :... . : :::: :.: .
NP_115 PCDQSINPYLKLVLFQNKLHLFVRATQVTVEEHVFRTSRKNSLYQYDDIADQWMKVYETP
520 530 540 550 560 570
570 580 590 600 610 620
pF1KA1 ERVLWDLGRDFRCTVGKLYPSCLEESPWKPPTYLFSTDGTEEFELDGEMVALPPV
.: :::::: :.:.:.::::.::..
NP_115 DR-LWDLGRHFECAVAKLYPQCLQKVL
580 590 600
>>XP_005264828 (OMIM: 616607) PREDICTED: kelch repeat an (524 aa)
initn: 966 init1: 540 opt: 722 Z-score: 770.7 bits: 152.5 E(85289): 3.4e-36
Smith-Waterman score: 1013; 32.1% identity (65.5% similar) in 548 aa overlap (59-593:1-522)
30 40 50 60 70 80
pF1KA1 LFTDIVLIVEGTEFPCHKMVLATCSSYFRAMFMSGLSESKQTHVHLRNVDAATLQIIITY
:: :::.:: : .:.. .:.: .......:
XP_005 MFTSGLTESTQKEVRIVGVEAESMDLVLNY
10 20 30
90 100 110 120 130 140
pF1KA1 AYTGNLAMNDSTVEQLYETACFLQVEDVLQRCREYLIKKINAENCVRLLSFADLFSCEEL
:::. . .....:. :. .: ..:. .. ..: .:.:.... .: . .. ::: .. .::
XP_005 AYTSRVILTEANVQALFTAASIFQIPSIQDQCAKYMISHLDPQNSIGVFIFADHYGHQEL
40 50 60 70 80 90
150 160 170 180 190 200
pF1KA1 KQSAKRMVEHKFTAVYHQDAFMQLSHDLLIDILSSDNLNVEKEETVREAAMLWLEYNTES
. .:.....:: : ... :.::..: ::.::.::.:::..:: : :. . :.:.. .
XP_005 GDRSKEYIRKKFLCVTKEQEFLQLTKDQLISILDSDDLNVDREEHVYESIIRWFEHEQNE
100 110 120 130 140 150
210 220 230 240 250 260
pF1KA1 RSQYLSSVLSQ-IRIDALSEVTQRAWFQGLPPNDKSVVVQGLYKSMPKFFK---PRLGMT
: .: .... ::. . .. ... .::. ...... .. :. . :::::
XP_005 REVHLPEIFAKCIRFPLMEDT----FIEKIPPQFAQAIAKSCVEKGPSNTNGCTQRLGMT
160 170 180 190 200
270 280 290 300 310 320
pF1KA1 KEEMMIFIEASSENPCSLYSSVCYSPQAEKVYKLCSPPADLHKVGTVVTPDNDIYIAGGQ
::.: ..:. .. . . : . . .:.:::.:: ::..:: .:.::::::::::
XP_005 ASEMIICFDAAHKHSGKKQTVPCLDIVTGRVFKLCKPPNDLREVGILVSPDNDIYIAGGY
210 220 230 240 250 260
330 340 350 360 370 380
pF1KA1 VPLKNTKTNHSKTSKLQTAFRTVNCFYWFDAQQNTWFPKTPMLFVRIKPSLVCCEGYIYA
: ..:... .. : :. .: . : :. : .: .:: .:: : : .::
XP_005 RP---------SSSEVSIDHKAENDFWMYDHSTNRWLSKPSLLRARIGCKLVYCCGKMYA
270 280 290 300 310
390 400 410 420 430 440
pF1KA1 IGGDSVGGELNR--RTVERYDTEKDEWTMVSPLPCAWQWSAAVVVHDCIYVMTLNLMYCY
::: :. ..:: ::.... :: : .: : .. :: .. :::. ... :
XP_005 IGGRVYEGDGRNSLKSVECYDSRENCWTTVCAMPVAMEFHNAVEYKEKIYVLQGEFFLFY
320 330 340 350 360 370
450 460 470 480 490 500
pF1KA1 FPRSDSWVEMAMRQTSRSFASAAAFGDKIFYIGGLHIATNSGIRLPSGTVDGSSVTVEIY
:..: : .. . : . ::.. :.:.::.: . .. :. ::: :
XP_005 EPQKDYWGFLTPMTVPRIQGLAAVYKDSIYYIAG---TCGNHQRM---------FTVEAY
380 390 400 410 420
510 520 530 540 550
pF1KA1 DVNKNEWKMAANIPAKRYSDPCVRAVVISNSLCVFMRETHLN-ERAKYVT------YQYD
:.. :.: ..: . .: .. :...:.: .:.: :... :. . : ::::
XP_005 DIELNKWTRKKDFPCDQSINPYLKLVLFQNKLHLFVRATQVTVEEHVFRTSRKNSLYQYD
430 440 450 460 470 480
560 570 580 590 600 610
pF1KA1 LELDRWSLRQHISERVLWDLGRDFRCTVGKLYPSCLEESPWKPPTYLFSTDGTEEFELDG
:.: . .: :::::: :.:.:.::::.::..
XP_005 DIADQWMKVYETPDR-LWDLGRHFECAVAKLYPQCLQKVL
490 500 510 520
620
pF1KA1 EMVALPPV
>>NP_003624 (OMIM: 605173) ectoderm-neural cortex protei (589 aa)
initn: 633 init1: 297 opt: 600 Z-score: 641.0 bits: 128.7 E(85289): 5.7e-29
Smith-Waterman score: 625; 26.1% identity (57.6% similar) in 583 aa overlap (11-562:26-566)
10 20 30 40
pF1KA1 MSTQDERQINTEYAVSLLEQLKLFYEQQLFTDIVLIVEGTEFPCH
. :: :.: .:.:. .:.::::..: . . ::::
NP_003 MSVSVHENRKSRASSGSINIYLFHKSSYADSVLTHLNLLRQQRLFTDVLLHAGNRTFPCH
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KA1 KMVLATCSSYFRAMFMSGLSESKQTHVHLRN-VDAATLQIIITYAYTGNLAMNDSTVEQL
. :::.:: ::.::: .::.::....:.. : . .:.... :::.. . .:. ..:.:
NP_003 RAVLAACSRYFEAMFSGGLKESQDSEVNFDNSIHPEVLELLLDYAYSSRVIINEENAESL
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KA1 YETACFLQVEDVLQRCREYLIKKINAENCVRLLSFADLFSCEELKQSAKRMVEHKFTAVY
:.. .:. .:. . : :.: :... ::. .: ..: .: .: . . :: .: ..
NP_003 LEAGDMLEFQDIRDACAEFLEKNLHPTNCLGMLLLSDAHQCTKLYELSWRMCLSNFQTIR
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KA1 HQDAFMQLSHDLLIDILSSDNLNVEKEETVREAAMLWLEYNTESRSQYLSSVLSQIRIDA
... :.:: .:.....:::..:..: :. : :.:. :. :. ..: :: .:. .:.
NP_003 KNEDFLQLPQDMVVQLLSSEELETEDERLVYESAINWISYDLKKRYCYLPELLQTVRLAL
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270
pF1KA1 LSEV---TQRAWFQGLPPNDKSV-VVQGLYKSMPKFFKPRLGMT-------KEEMMIFIE
: . . : . . . :: .:. . :... .: : .:.
NP_003 LPAIYLMENVAMEELITKQRKSKEIVEEAIRCKLKILQNDGVVTSLCARPRKTGHALFLL
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KA1 ASSENPCSLYSSVCYSPQAEKVYKLCSPPADL---HKVGTVVTPDNDIYIAGGQVPLKNT
... :. : . .:... : ::. .: .. . .::.:: ...
NP_003 GGQTFMCDKLYLV--DQKAKEII----PKADIPSPRKEFSACAIGCKVYITGG----RGS
310 320 330 340 350
340 350 360 370 380
pF1KA1 KTNHSKTSKLQTAFRTVNCFYW-FDAQQNTWFPKTPMLFVRIKPSLVCCEGYIYAIGGDS
... :: : .:. .. : .::: .:. . . . .:..:: .
NP_003 ENGVSKD-------------VWVYDTLHEEWSKAAPMLVARFGHGSAELKHCLYVVGGHT
360 370 380 390
390 400 410 420 430
pF1KA1 VG-GEL------NRRTVERYDTEKDEWTMVSPLPCAWQWSAAVVVHDCIYVM--------
.. : : . . ::.:: ..::::.:: . . .:.: .. ....
NP_003 AATGCLPASPSVSLKQVEHYDPTINKWTMVAPLREGVSNAAVVSAKLKLFAFGGTSVSHD
400 410 420 430 440 450
440 450 460 470 480 490
pF1KA1 TLNLMYCYFPRSDSWVEMAMRQTSRSFASAAAFGDKIFYIGGLHIATNSGIRLPSGTVDG
: . :: . :. : ...::..:..:: .:: ..
NP_003 KLPKVQCYDQCENRWTVPATCPQPWRYTAAAVLGNQIFIMGG--------------DTEF
460 470 480 490 500
500 510 520 530 540 550
pF1KA1 SSVTVEIYDVNKNEWKMAANIPAKRYSDPCVRAVVISNSLCVFMRETHLNERAKYVTYQY
:. .. .. . .: .... :::.: : .::. .:.: : . .: : . :
NP_003 SACSAYKFNSETYQWTKVGDVTAKRMS--C-HAVASGNKLYVVGGYFGI-QRCKTLDC-Y
510 520 530 540 550
560 570 580 590 600 610
pF1KA1 DLELDRWSLRQHISERVLWDLGRDFRCTVGKLYPSCLEESPWKPPTYLFSTDGTEEFELD
: :: :.
NP_003 DPTLDVWNSITTVPYSLIPTAFVSTWKHLPS
560 570 580
>>XP_011541999 (OMIM: 605173) PREDICTED: ectoderm-neural (589 aa)
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XP_011 DPTLDVWNSITTVPYSLIPTAFVSTWKHLPS
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>>NP_001243503 (OMIM: 605173) ectoderm-neural cortex pro (589 aa)
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10 20 30 40
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NP_001 MSVSVHENRKSRASSGSINIYLFHKSSYADSVLTHLNLLRQQRLFTDVLLHAGNRTFPCH
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>>NP_001243504 (OMIM: 605173) ectoderm-neural cortex pro (589 aa)
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pF1KA1 MSTQDERQINTEYAVSLLEQLKLFYEQQLFTDIVLIVEGTEFPCH
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NP_001 MSVSVHENRKSRASSGSINIYLFHKSSYADSVLTHLNLLRQQRLFTDVLLHAGNRTFPCH
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NP_001 RAVLAACSRYFEAMFSGGLKESQDSEVNFDNSIHPEVLELLLDYAYSSRVIINEENAESL
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pF1KA1 YETACFLQVEDVLQRCREYLIKKINAENCVRLLSFADLFSCEELKQSAKRMVEHKFTAVY
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NP_001 LEAGDMLEFQDIRDACAEFLEKNLHPTNCLGMLLLSDAHQCTKLYELSWRMCLSNFQTIR
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pF1KA1 HQDAFMQLSHDLLIDILSSDNLNVEKEETVREAAMLWLEYNTESRSQYLSSVLSQIRIDA
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pF1KA1 SSVTVEIYDVNKNEWKMAANIPAKRYSDPCVRAVVISNSLCVFMRETHLNERAKYVTYQY
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pF1KA1 DLELDRWSLRQHISERVLWDLGRDFRCTVGKLYPSCLEESPWKPPTYLFSTDGTEEFELD
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NP_001 DPTLDVWNSITTVPYSLIPTAFVSTWKHLPS
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>>NP_061335 (OMIM: 611201) kelch-like protein 9 [Homo sa (617 aa)
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pF1KA1 MSTQDERQINTEYAVSL--LEQLKLFYEQQLFTDIVLIV-
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pF1KA1 EGTE-FPCHKMVLATCSSYFRAMFMSGLSESKQTHVHLRNVDAATLQIIITYAYTGNLAM
.: : :: :. ..:. :.::.::: .:..:. ..:..:. . :. :: . ::..:..
NP_061 DGDEIFPVHRAMMASASDYFKAMFTGGMKEQDLMCIKLHGVNKVGLKKIIDFIYTAKLSL
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NP_061 NMDNLQDTLEAASFLQILPVLDFCKVFLISGVSLDNCVEVGRIANTYNLIEVDKYVNNFI
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pF1KA1 EHKFTAVYHQDAFMQLSHDLLIDILSSDNLNVEKEETVREAAMLWLEYNTESRSQYLSSV
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NP_061 LKNFPALLSTGEFLKLPFERLAFVLSSNSLKHCTELELFKAACRWLRLE-DPRMDYAAKL
180 190 200 210 220 230
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...::. .. . : . .:.. : : :. :: ...: : .. .
NP_061 MKNIRFPLMTPQDLINYVQTVDFMRTDNTCVNLLLEASNYQMMP-YMQPVMQSDRTAIRS
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pF1KA1 EEMMIFIEASSENPCSLYSSVC--YSPQAEKVYKLCSPPADLHKVGTVVTPDNDIYIAGG
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NP_061 DSTHLVTLGGVLRQQLVVSKELRMYDERAQEWRSLAPMDAPRYQHGIAVI-GNFLYVVGG
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: .:.. .: .:: :: . :: . : :. . . : : .:..:
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]