Result of FASTA (omim) for
pF1KA0868
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0868, 1331 aa
1>>>pF1KA0868 1331 - 1331 aa - 1331 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3624+/-0.00058; mu= 17.6076+/- 0.036
mean_var=114.2572+/-21.915, 0's: 0 Z-trim(109.5): 309 B-trim: 51 in 1/48
Lambda= 0.119987
statistics sampled from 17323 (17671) to 17323 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.542), E-opt: 0.2 (0.207), width: 16
Scan time: 12.020
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_054860 (OMIM: 604569,610042,612100) contactin-a (1331) 9171 1600.4 0
XP_016867439 (OMIM: 604569,610042,612100) PREDICTE ( 714) 4818 846.7 0
XP_006712321 (OMIM: 610519) PREDICTED: contactin-a (1307) 4438 781.1 0
NP_570129 (OMIM: 610519) contactin-associated prot (1306) 4421 778.2 0
NP_207837 (OMIM: 610518) contactin-associated prot (1308) 4253 749.1 4.7e-215
XP_011521705 (OMIM: 610518) PREDICTED: contactin-a (1283) 4247 748.0 9.5e-215
NP_001309110 (OMIM: 610518) contactin-associated p (1307) 4233 745.6 5.2e-214
NP_001309117 (OMIM: 610518) contactin-associated p (1273) 4113 724.9 9.1e-208
NP_387504 (OMIM: 610517) contactin-associated prot (1288) 4107 723.8 1.9e-207
NP_001309118 (OMIM: 610518) contactin-associated p (1220) 3966 699.4 4e-200
NP_001309109 (OMIM: 610518) contactin-associated p (1179) 3783 667.7 1.3e-190
XP_016858805 (OMIM: 610519) PREDICTED: contactin-a (1227) 3570 630.8 1.7e-179
NP_001309108 (OMIM: 610518) contactin-associated p (1228) 3376 597.3 2.2e-169
NP_003623 (OMIM: 602346,616286) contactin-associat (1384) 3322 588.0 1.6e-166
XP_016880727 (OMIM: 602346,616286) PREDICTED: cont (1384) 3322 588.0 1.6e-166
XP_005257805 (OMIM: 602346,616286) PREDICTED: cont (1308) 3198 566.5 4.4e-160
XP_016879294 (OMIM: 610518) PREDICTED: contactin-a ( 999) 3144 557.0 2.4e-157
NP_001309120 (OMIM: 610518) contactin-associated p ( 999) 3144 557.0 2.4e-157
NP_620481 (OMIM: 610518) contactin-associated prot (1235) 2988 530.1 3.7e-149
NP_001309119 (OMIM: 610518) contactin-associated p (1260) 2988 530.1 3.8e-149
NP_001309116 (OMIM: 610518) contactin-associated p ( 836) 2692 478.7 7.3e-134
NP_001309107 (OMIM: 610518) contactin-associated p (1258) 1473 267.9 3.3e-70
XP_016877291 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1541) 557 109.4 2.1e-22
XP_016860816 (OMIM: 600565,614325,614332) PREDICTE (1466) 542 106.7 1.2e-21
XP_016877294 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1464) 540 106.4 1.6e-21
XP_016877292 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1468) 540 106.4 1.6e-21
NP_001317124 (OMIM: 600567) neurexin 3 isoform 5 [ (1571) 540 106.4 1.6e-21
XP_011535672 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1575) 540 106.4 1.6e-21
XP_016877284 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1675) 540 106.4 1.7e-21
XP_016877283 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1675) 540 106.4 1.7e-21
XP_011535668 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1679) 540 106.4 1.7e-21
NP_001317011 (OMIM: 600565,614325,614332) neurexin (1496) 519 102.8 2e-20
NP_001317006 (OMIM: 600565,614325,614332) neurexin (1499) 519 102.8 2e-20
XP_011531477 (OMIM: 600565,614325,614332) PREDICTE (1495) 517 102.4 2.5e-20
XP_016860800 (OMIM: 600565,614325,614332) PREDICTE (1508) 517 102.4 2.5e-20
XP_016860805 (OMIM: 600565,614325,614332) PREDICTE (1502) 513 101.7 4e-20
NP_001317025 (OMIM: 600565,614325,614332) neurexin (1437) 449 90.6 8.5e-17
NP_001317016 (OMIM: 600565,614325,614332) neurexin (1440) 449 90.6 8.5e-17
NP_001317024 (OMIM: 600565,614325,614332) neurexin (1460) 448 90.5 9.7e-17
XP_005274459 (OMIM: 600566) PREDICTED: neurexin-2- (1503) 446 90.1 1.3e-16
NP_001317017 (OMIM: 600565,614325,614332) neurexin (1447) 444 89.8 1.5e-16
XP_016877295 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1462) 429 87.2 9.4e-16
XP_016877287 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1666) 429 87.2 1e-15
XP_016877285 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1667) 429 87.2 1e-15
XP_016860807 (OMIM: 600565,614325,614332) PREDICTE (1499) 423 86.2 2e-15
XP_011531485 (OMIM: 600565,614325,614332) PREDICTE (1225) 421 85.7 2.2e-15
XP_011531480 (OMIM: 600565,614325,614332) PREDICTE (1484) 421 85.8 2.5e-15
XP_016877290 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1544) 420 85.6 2.9e-15
XP_016877293 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1467) 403 82.7 2.1e-14
XP_016877282 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1678) 403 82.7 2.4e-14
>>NP_054860 (OMIM: 604569,610042,612100) contactin-assoc (1331 aa)
initn: 9171 init1: 9171 opt: 9171 Z-score: 8582.7 bits: 1600.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 9171; 100.0% identity (100.0% similar) in 1331 aa overlap (1-1331:1-1331)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MQAAPRAGCGAALLLWIVSSCLCRAWTAPSTSQKCDEPLVSGLPHVAFSSSSSISGSYSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 MQAAPRAGCGAALLLWIVSSCLCRAWTAPSTSQKCDEPLVSGLPHVAFSSSSSISGSYSP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 GYAKINKRGGAGGWSPSDSDHYQWLQVDFGNRKQISAIATQGRYSSSDWVTQYRMLYSDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 GYAKINKRGGAGGWSPSDSDHYQWLQVDFGNRKQISAIATQGRYSSSDWVTQYRMLYSDT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 GRNWKPYHQDGNIWAFPGNINSDGVVRHELQHPIIARYVRIVPLDWNGEGRIGLRIEVYG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 GRNWKPYHQDGNIWAFPGNINSDGVVRHELQHPIIARYVRIVPLDWNGEGRIGLRIEVYG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 CSYWADVINFDGHVVLPYRFRNKKMKTLKDVIALNFKTSESEGVILHGEGQQGDYITLEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 CSYWADVINFDGHVVLPYRFRNKKMKTLKDVIALNFKTSESEGVILHGEGQQGDYITLEL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 KKAKLVLSLNLGSNQLGPIYGHTSVMTGSLLDDHHWHSVVIERQGRSINLTLDRSMQHFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 KKAKLVLSLNLGSNQLGPIYGHTSVMTGSLLDDHHWHSVVIERQGRSINLTLDRSMQHFR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 TNGEFDYLDLDYEITFGGIPFSGKPSSSSRKNFKGCMESINYNGVNITDLARRKKLEPSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 TNGEFDYLDLDYEITFGGIPFSGKPSSSSRKNFKGCMESINYNGVNITDLARRKKLEPSN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 VGNLSFSCVEPYTVPVFFNATSYLEVPGRLNQDLFSVSFQFRTWNPNGLLVFSHFADNLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 VGNLSFSCVEPYTVPVFFNATSYLEVPGRLNQDLFSVSFQFRTWNPNGLLVFSHFADNLG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 NVEIDLTESKVGVHINITQTKMSQIDISSGSGLNDGQWHEVRFLAKENFAILTIDGDEAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 NVEIDLTESKVGVHINITQTKMSQIDISSGSGLNDGQWHEVRFLAKENFAILTIDGDEAS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 AVRTNSPLQVKTGEKYFFGGFLNQMNNSSHSVLQPSFQGCMQLIQVDDQLVNLYEVAQRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 AVRTNSPLQVKTGEKYFFGGFLNQMNNSSHSVLQPSFQGCMQLIQVDDQLVNLYEVAQRK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 PGSFANVSIDMCAIIDRCVPNHCEHGGKCSQTWDSFKCTCDETGYSGATCHNSIYEPSCE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 PGSFANVSIDMCAIIDRCVPNHCEHGGKCSQTWDSFKCTCDETGYSGATCHNSIYEPSCE
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA0 AYKHLGQTSNYYWIDPDGSGPLGPLKVYCNMTEDKVWTIVSHDLQMQTPVVGYNPEKYSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 AYKHLGQTSNYYWIDPDGSGPLGPLKVYCNMTEDKVWTIVSHDLQMQTPVVGYNPEKYSV
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA0 TQLVYSASMDQISAITDSAEYCEQYVSYFCKMSRLLNTPDGSPYTWWVGKANEKHYYWGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 TQLVYSASMDQISAITDSAEYCEQYVSYFCKMSRLLNTPDGSPYTWWVGKANEKHYYWGG
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA0 SGPGIQKCACGIERNCTDPKYYCNCDADYKQWRKDAGFLSYKDHLPVSQVVVGDTDRQGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 SGPGIQKCACGIERNCTDPKYYCNCDADYKQWRKDAGFLSYKDHLPVSQVVVGDTDRQGS
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KA0 EAKLSVGPLRCQGDRNYWNAASFPNPSSYLHFSTFQGETSADISFYFKTLTPWGVFLENM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 EAKLSVGPLRCQGDRNYWNAASFPNPSSYLHFSTFQGETSADISFYFKTLTPWGVFLENM
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA0 GKEDFIKLELKSATEVSFSFDVGNGPVEIVVRSPTPLNDDQWHRVTAERNVKQASLQVDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 GKEDFIKLELKSATEVSFSFDVGNGPVEIVVRSPTPLNDDQWHRVTAERNVKQASLQVDR
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pF1KA0 LPQQIRKAPTEGHTRLELYSQLFVGGAGGQQGFLGCIRSLRMNGVTLDLEERAKVTSGFI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 LPQQIRKAPTEGHTRLELYSQLFVGGAGGQQGFLGCIRSLRMNGVTLDLEERAKVTSGFI
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KA0 SGCSGHCTSYGTNCENGGKCLERYHGYSCDCSNTAYDGTFCNKDVGAFFEEGMWLRYNFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 SGCSGHCTSYGTNCENGGKCLERYHGYSCDCSNTAYDGTFCNKDVGAFFEEGMWLRYNFQ
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KA0 APATNARDSSSRVDNAPDQQNSHPDLAQEEIRFSFSTTKAPCILLYISSFTTDFLAVLVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 APATNARDSSSRVDNAPDQQNSHPDLAQEEIRFSFSTTKAPCILLYISSFTTDFLAVLVK
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KA0 PTGSLQIRYNLGGTREPYNIDVDHRNMANGQPHSVNITRHEKTIFLKLDHYPSVSYHLPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 PTGSLQIRYNLGGTREPYNIDVDHRNMANGQPHSVNITRHEKTIFLKLDHYPSVSYHLPS
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KA0 SSDTLFNSPKSLFLGKVIETGKIDQEIHKYNTPGFTGCLSRVQFNQIAPLKAALRQTNAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 SSDTLFNSPKSLFLGKVIETGKIDQEIHKYNTPGFTGCLSRVQFNQIAPLKAALRQTNAS
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KA0 AHVHIQGELVESNCGASPLTLSPMSSATDPWHLDHLDSASADFPYNPGQGQAIRNGVNRN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 AHVHIQGELVESNCGASPLTLSPMSSATDPWHLDHLDSASADFPYNPGQGQAIRNGVNRN
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pF1KA0 SAIIGGVIAVVIFTILCTLVFLIRYMFRHKGTYHTNEAKGAESAESADAAIMNNDPNFTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 SAIIGGVIAVVIFTILCTLVFLIRYMFRHKGTYHTNEAKGAESAESADAAIMNNDPNFTE
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330
pF1KA0 TIDESKKEWLI
:::::::::::
NP_054 TIDESKKEWLI
1330
>>XP_016867439 (OMIM: 604569,610042,612100) PREDICTED: c (714 aa)
initn: 4818 init1: 4818 opt: 4818 Z-score: 4514.1 bits: 846.7 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4818; 100.0% identity (100.0% similar) in 699 aa overlap (1-699:1-699)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MQAAPRAGCGAALLLWIVSSCLCRAWTAPSTSQKCDEPLVSGLPHVAFSSSSSISGSYSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MQAAPRAGCGAALLLWIVSSCLCRAWTAPSTSQKCDEPLVSGLPHVAFSSSSSISGSYSP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 GYAKINKRGGAGGWSPSDSDHYQWLQVDFGNRKQISAIATQGRYSSSDWVTQYRMLYSDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GYAKINKRGGAGGWSPSDSDHYQWLQVDFGNRKQISAIATQGRYSSSDWVTQYRMLYSDT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 GRNWKPYHQDGNIWAFPGNINSDGVVRHELQHPIIARYVRIVPLDWNGEGRIGLRIEVYG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GRNWKPYHQDGNIWAFPGNINSDGVVRHELQHPIIARYVRIVPLDWNGEGRIGLRIEVYG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 CSYWADVINFDGHVVLPYRFRNKKMKTLKDVIALNFKTSESEGVILHGEGQQGDYITLEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 CSYWADVINFDGHVVLPYRFRNKKMKTLKDVIALNFKTSESEGVILHGEGQQGDYITLEL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 KKAKLVLSLNLGSNQLGPIYGHTSVMTGSLLDDHHWHSVVIERQGRSINLTLDRSMQHFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KKAKLVLSLNLGSNQLGPIYGHTSVMTGSLLDDHHWHSVVIERQGRSINLTLDRSMQHFR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 TNGEFDYLDLDYEITFGGIPFSGKPSSSSRKNFKGCMESINYNGVNITDLARRKKLEPSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TNGEFDYLDLDYEITFGGIPFSGKPSSSSRKNFKGCMESINYNGVNITDLARRKKLEPSN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 VGNLSFSCVEPYTVPVFFNATSYLEVPGRLNQDLFSVSFQFRTWNPNGLLVFSHFADNLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VGNLSFSCVEPYTVPVFFNATSYLEVPGRLNQDLFSVSFQFRTWNPNGLLVFSHFADNLG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 NVEIDLTESKVGVHINITQTKMSQIDISSGSGLNDGQWHEVRFLAKENFAILTIDGDEAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NVEIDLTESKVGVHINITQTKMSQIDISSGSGLNDGQWHEVRFLAKENFAILTIDGDEAS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 AVRTNSPLQVKTGEKYFFGGFLNQMNNSSHSVLQPSFQGCMQLIQVDDQLVNLYEVAQRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 AVRTNSPLQVKTGEKYFFGGFLNQMNNSSHSVLQPSFQGCMQLIQVDDQLVNLYEVAQRK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 PGSFANVSIDMCAIIDRCVPNHCEHGGKCSQTWDSFKCTCDETGYSGATCHNSIYEPSCE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PGSFANVSIDMCAIIDRCVPNHCEHGGKCSQTWDSFKCTCDETGYSGATCHNSIYEPSCE
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA0 AYKHLGQTSNYYWIDPDGSGPLGPLKVYCNMTEDKVWTIVSHDLQMQTPVVGYNPEKYSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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