seq1 = pF1KSDF0380.tfa, 2316 bp
seq2 = pF1KSDF0380/gi568815581f_47951119.tfa (gi568815581f:47951119_48159638), 208520 bp

>pF1KSDF0380 2316
>gi568815581f:47951119_48159638 (Chr17)

1-510  (100001-100510)   100% ->
511-723  (105268-105480)   100% ->
724-813  (105914-106003)   100% ->
814-972  (106226-106384)   100% ->
973-2316  (107177-108520)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTTTCTCTGAAGAAATACTTAACGGAAGGACTTCTCCAGTTCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTTTCTCTGAAGAAATACTTAACGGAAGGACTTCTCCAGTTCACCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTGCTGAGTTTGATTGGGGTACGGGTGGACGTGGATACTTACCTGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTGCTGAGTTTGATTGGGGTACGGGTGGACGTGGATACTTACCTGACCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CACAGCTTCCCCCACTCCGGGAGATCATCCTGGGGCCCAGTTCTGCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CACAGCTTCCCCCACTCCGGGAGATCATCCTGGGGCCCAGTTCTGCCTAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACTCAGACCCAGTTCCACAACCTGAGGAATACCTTGGATGGCTATGGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACTCAGACCCAGTTCCACAACCTGAGGAATACCTTGGATGGCTATGGTAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCACCCCAAGAGCATAGACCTGGACAATTACTTCACTGCCCGGCGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCACCCCAAGAGCATAGACCTGGACAATTACTTCACTGCCCGGCGGCTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCAGTCAGGTGAGGGCCCTGGACAGGTTCCAGGTGCCAACCACTGAGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCAGTCAGGTGAGGGCCCTGGACAGGTTCCAGGTGCCAACCACTGAGGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AATGCCTGGCTGGTTCACCGAGACCCAGAGGGGTCTGTCTCTGGCAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AATGCCTGGCTGGTTCACCGAGACCCAGAGGGGTCTGTCTCTGGCAGTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCCCAACTCAGGCCTCGCCCTCGAGAGTTCCAGTGGCCTCCAAGATGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCCCAACTCAGGCCTCGCCCTCGAGAGTTCCAGTGGCCTCCAAGATGTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CAGGCCCAGACAACGGGGTGCGAGAAAGCGAAACGGAGCAGGGATTCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CAGGCCCAGACAACGGGGTGCGAGAAAGCGAAACGGAGCAGGGATTCGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GAAGATTTGGAGGATTTGGGGGCTGTAGCCCCCCCAGTCAGTGGAGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GAAGATTTGGAGGATTTGGGGGCTGTAGCCCCCCCAGTCAGTGGAGACTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AACCAAAGAG         GACATAGATCTGATTGACATCCTTTGGCGAC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AACCAAAGAGGTT...CAGGACATAGATCTGATTGACATCCTTTGGCGAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGGATATTGATCTGGGGGCTGGGCGTGAGGTTTTTGACTATAGTCACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105299 AGGATATTGATCTGGGGGCTGGGCGTGAGGTTTTTGACTATAGTCACCGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CAGAAGGAGCAGGATGTGGAGAAGGAGCTGCGAGATGGAGGCGAGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105349 CAGAAGGAGCAGGATGTGGAGAAGGAGCTGCGAGATGGAGGCGAGCAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CACCTGGGCAGGCGAGGGCGCGGAAGCTCTGGCACGGAACCTGCTAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105399 CACCTGGGCAGGCGAGGGCGCGGAAGCTCTGGCACGGAACCTGCTAGTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 ATGGAGAGACTGGGGAGAGCTTCCCTGCACAG         GTGCCTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 105449 ATGGAGAGACTGGGGAGAGCTTCCCTGCACAGGTA...CAGGTGCCTAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GGGGAGGACCAGACGGCCCTGTCCCTGGAAGAGTGCCTTAGGCTGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105923 GGGGAGGACCAGACGGCCCTGTCCCTGGAAGAGTGCCTTAGGCTGCTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 AGCCACCTGCCCCTTTGGGGAGAATGCTGAG         TTTCCAGCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 105973 AGCCACCTGCCCCTTTGGGGAGAATGCTGAGGTG...TAGTTTCCAGCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 ACATTTCCAGCATAACAGAAGCAGTGCCTAGTGAGAGTGAGCCCCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106236 ACATTTCCAGCATAACAGAAGCAGTGCCTAGTGAGAGTGAGCCCCCTGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CTTCAAAACAACCTCTTGTCTCCTCTTCTGACCGGGACAGAGTCACCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106286 CTTCAAAACAACCTCTTGTCTCCTCTTCTGACCGGGACAGAGTCACCATT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 TGATTTGGAACAGCAGTGGCAAGATCTCATGTCCATCATGGAAATGCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 106336 TGATTTGGAACAGCAGTGGCAAGATCTCATGTCCATCATGGAAATGCAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    973         GCCATGGAAGTGAACACATCAGCAAGTGAAATCCTGTACAGT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106386 TA...CAGGCCATGGAAGTGAACACATCAGCAAGTGAAATCCTGTACAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GCCCCTCCTGGAGACCCACTGAGCACCAACTACAGCCTTGCCCCCAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107219 GCCCCTCCTGGAGACCCACTGAGCACCAACTACAGCCTTGCCCCCAACAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 TCCCATCAATCAGAATGTCAGCCTGCATCAGGCGTCCCTGGGGGGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107269 TCCCATCAATCAGAATGTCAGCCTGCATCAGGCGTCCCTGGGGGGCTGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 GCCAGGACTTCTTACTCTTCAGCCCCGAGGTGGAAAGCCTGCCTGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107319 GCCAGGACTTCTTACTCTTCAGCCCCGAGGTGGAAAGCCTGCCTGTGGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 AGTAGCTCCACGCTGCTCCCGTTGGCCCCCAGCAATTCTACCAGCCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107369 AGTAGCTCCACGCTGCTCCCGTTGGCCCCCAGCAATTCTACCAGCCTCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 CTCCACCTTCGGCTCCACCAACCTGACAGGGCTCTTCTTTCCACCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107419 CTCCACCTTCGGCTCCACCAACCTGACAGGGCTCTTCTTTCCACCCCAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 TCAATGGCACAGCCAATGACACAGCAGGCCCAGAGCTGCCTGACCCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107469 TCAATGGCACAGCCAATGACACAGCAGGCCCAGAGCTGCCTGACCCTTTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 GGGGGTCTGTTAGATGAAGCTATGTTGGATGAGATCAGCCTTATGGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107519 GGGGGTCTGTTAGATGAAGCTATGTTGGATGAGATCAGCCTTATGGACCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 GGCCATTGAAGAAGGCTTTAACCCTGTGCAGGCCTCCCAGCTGGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107569 GGCCATTGAAGAAGGCTTTAACCCTGTGCAGGCCTCCCAGCTGGAGGAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 AATTTGACTCTGACTCAGGCCTTTCCTTAGACTCCAGCCATAGCCCTTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 107619 AATTTGACTCTGACTCAGGCCTTTCCTTAGACTCGAGCCATAGCCCTTCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 TCCCTAAGCAGCTCTGAAGGCAGTTCTTCCTCTTCTTCCTCCTCCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107669 TCCCTAAGCAGCTCTGAAGGCAGTTCTTCCTCTTCTTCCTCCTCCTCTTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 CTCTTCTTCCTCTGCTTCTTCCTCTGCCTCTTCCTCCTTTTCTGAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107719 CTCTTCTTCCTCTGCTTCTTCCTCTGCCTCTTCCTCCTTTTCTGAGGAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 GTGCGGTTGGCTACAGCTCTGACTCTGAGACCCTGGATCTGGAAGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107769 GTGCGGTTGGCTACAGCTCTGACTCTGAGACCCTGGATCTGGAAGAGGCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 GAGGGTGCTGTGGGCTACCAGCCTGAGTATTCCAAGTTCTGCCGCATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107819 GAGGGTGCTGTGGGCTACCAGCCTGAGTATTCCAAGTTCTGCCGCATGAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 CTACCAGGATCCAGCTCAGCTCTCATGCCTGCCCTACCTGGAGCACGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107869 CTACCAGGATCCAGCTCAGCTCTCATGCCTGCCCTACCTGGAGCACGTGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1715 GCCACAACCACACATACAACATGGCACCCAGTGCCCTGGACTCAGCCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107919 GCCACAACCACACATACAACATGGCACCCAGTGCCCTGGACTCAGCCGAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1765 CTGCCACCACCCAGTGCCCTCAAGAAAGGCAGCAAGGAGAAGCAGGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107969 CTGCCACCACCCAGTGCCCTCAAGAAAGGCAGCAAGGAGAAGCAGGCTGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1815 CTTCCTGGACAAGCAGATGAGCCGGGATGAGCACCGAGCCCGAGCCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108019 CTTCCTGGACAAGCAGATGAGCCGGGATGAGCACCGAGCCCGAGCCATGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1865 AGATCCCTTTCACCAATGACAAAATCATCAACCTGCCTGTGGAGGAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108069 AGATCCCTTTCACCAATGACAAAATCATCAACCTGCCTGTGGAGGAGTTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1915 AATGAACTGCTGTCCAAATACCAGTTGAGTGAAGCCCAGCTGAGCCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108119 AATGAACTGCTGTCCAAATACCAGTTGAGTGAAGCCCAGCTGAGCCTCAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1965 CCGAGACATCCGGCGCCGGGGCAAGAACAAGATGGCGGCGCAGAACTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108169 CCGAGACATCCGGCGCCGGGGCAAGAACAAGATGGCGGCGCAGAACTGCC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2015 GCAAGCGCAAGCTGGACACCATCCTGAATCTGGAGCGTGATGTGGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108219 GCAAGCGCAAGCTGGACACCATCCTGAATCTGGAGCGTGATGTGGAGGAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2065 CTGCAGCGTGACAAAGCCCGGCTGCTGCGGGAGAAAGTGGAGTTCCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108269 CTGCAGCGTGACAAAGCCCGGCTGCTGCGGGAGAAAGTGGAGTTCCTGCG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2115 CTCCCTGCGACAGATGAAGCAGAAGGTCCAGAGCCTGTACCAGGAGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108319 CTCCCTGCGACAGATGAAGCAGAAGGTCCAGAGCCTGTACCAGGAGGTGT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2165 TTGGGCGGCTGCGAGATGAGAACGGACGACCCTACTCGCCCAGTCAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108369 TTGGGCGGCTGCGAGATGAGAACGGACGACCCTACTCGCCCAGTCAGTAT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2215 GCGCTCCAGTACGCCGGGGACGGCAGTGTCCTCCTCATCCCCCGCACGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108419 GCGCTCCAGTACGCCGGGGACGGCAGTGTCCTCCTCATCCCCCGCACGAT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2265 GGCCGACCAGCAGGCCCGGCGGCAGGAGAGGAAGCCAAAGGACCGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108469 GGCCGACCAGCAGGCCCGGCGGCAGGAGAGGAAGCCAAAGGACCGGAGAA

   2350 
   2315 AG
        ||
 108519 AG