seq1 = pF1KSDF0201.tfa, 2109 bp
seq2 = pF1KSDF0201/gi568815597r_35997572.tfa (gi568815597r:35997572_36200131), 202560 bp

>pF1KSDF0201 2109
>gi568815597r:35997572_36200131 (Chr1)

(complement)

1-193  (99890-100082)   100% ->
194-2109  (100645-102560)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGGGGACTCTGACACCCCTGTCTTCGCTGCTGCTGCTGCTACTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99890 ATGCTGGGGACTCTGACACCCCTGTCTTCGCTGCTGCTGCTGCTACTGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGGTGCTGGGGTGTGGGCCGCGGGCGTCCTCTGGTGGCGGGGCCGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99940 GCTGGTGCTGGGGTGTGGGCCGCGGGCGTCCTCTGGTGGCGGGGCCGGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGCGGCGGGCTATGCCCCAGTGAAGTACATCCAGCCCATGCAGAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99990 GGGCGGCGGGCTATGCCCCAGTGAAGTACATCCAGCCCATGCAGAAAGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCTGTGGGACCGCCCTTCCGTGAGGGCAAAGGCCAGTACCTGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100040 CCTGTGGGACCGCCCTTCCGTGAGGGCAAAGGCCAGTACCTGGGTG...C

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    194   AAATGCCTCTACCGCTGCTGCCGATGGACCTGAAGGGAGAGCCCGGCC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100643 AGAAATGCCTCTACCGCTGCTGCCGATGGACCTGAAGGGAGAGCCCGGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCCCTGGGAAGCCCGGGCCTCGGGGTCCCCCTGGCCCCCCTGGCTTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100693 CCCCTGGGAAGCCCGGGCCTCGGGGTCCCCCTGGCCCCCCTGGCTTCCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGAAAACCAGGCATGGGAAAGCCAGGACTCCATGGGCAGCCTGGCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100743 GGAAAACCAGGCATGGGAAAGCCAGGACTCCATGGGCAGCCTGGCCCTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGGGCCCCCTGGCTTCTCCCGGATGGGCAAGGCTGGTCCCCCAGGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100793 TGGGCCCCCTGGCTTCTCCCGGATGGGCAAGGCTGGTCCCCCAGGGCTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CTGGCAAGGTCGGGCCACCAGGGCAGCCGGGGCTTCGGGGGGAGCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100843 CTGGCAAGGTCGGGCCACCAGGGCAGCCGGGGCTTCGGGGGGAGCCAGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ATACGAGGGGACCAGGGCCTCCGGGGACCCCCAGGACCCCCTGGCCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100893 ATACGAGGGGACCAGGGCCTCCGGGGACCCCCAGGACCCCCTGGCCTCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGGCCCCTCAGGCATTACTATCCCTGGAAAACCAGGTGCCCAAGGGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100943 GGGCCCCTCAGGCATTACTATCCCTGGAAAACCAGGTGCCCAAGGGGTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CAGGGCCCCCAGGATTCCAGGGGGAACCAGGGCCCCAGGGGGAGCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100993 CAGGGCCCCCAGGATTCCAGGGGGAACCAGGGCCCCAGGGGGAGCCTGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CCCCCAGGTGATCGAGGCCTCAAGGGGGATAATGGAGTGGGCCAGCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101043 CCCCCAGGTGATCGAGGCCTCAAGGGGGATAATGGAGTGGGCCAGCCCGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GCTGCCTGGGGCCCCAGGGCAGGGGGGTGCCCCCGGCCCCCCCGGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101093 GCTGCCTGGGGCCCCAGGGCAGGGGGGTGCCCCCGGCCCCCCCGGCCTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CTGGTCCAGCTGGCTTAGGCAAACCTGGTTTGGATGGGCTTCCTGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101143 CTGGTCCAGCTGGCTTAGGCAAACCTGGTTTGGATGGGCTTCCTGGGGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CCAGGAGACAAGGGTGAGTCTGGGCCTCCTGGAGTTCCAGGCCCCAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101193 CCAGGAGACAAGGGTGAGTCTGGGCCTCCTGGAGTTCCAGGCCCCAGGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GGAGCCAGGAGCTGTGGGCCCAAAAGGACCTCCTGGAGTAGACGGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101243 GGAGCCAGGAGCTGTGGGCCCAAAAGGACCTCCTGGAGTAGACGGTGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GAGTCCCAGGGGCAGCAGGGTTGCCAGGACCACAGGGCCCATCAGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101293 GAGTCCCAGGGGCAGCAGGGTTGCCAGGACCACAGGGCCCATCAGGGGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 AAAGGGGAGCCAGGGACCCGGGGCCCCCCTGGGCTGATAGGCCCCACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101343 AAAGGGGAGCCAGGGACCCGGGGCCCCCCTGGGCTGATAGGCCCCACTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CTATGGGATGCCAGGACTGCCAGGCCCCAAGGGGGACAGGGGCCCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101393 CTATGGGATGCCAGGACTGCCAGGCCCCAAGGGGGACAGGGGCCCAGCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GGGTCCCAGGACTCTTGGGGGACAGGGGTGAGCCAGGGGAGGATGGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101443 GGGTCCCAGGACTCTTGGGGGACAGGGGTGAGCCAGGGGAGGATGGGGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CCAGGGGAGCAGGGCCCACAGGGTCTTGGGGGTCCCCCTGGACTTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101493 CCAGGGGAGCAGGGCCCACAGGGTCTTGGGGGTCCCCCTGGACTTCCTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 GTCTGCAGGGCTTCCTGGCAGACGTGGGCCCCCTGGGCCTAAGGGTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101543 GTCTGCAGGGCTTCCTGGCAGACGTGGGCCCCCTGGGCCTAAGGGTGAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 CAGGGCCTGGAGGACCCCCAGGAGTGCCTGGCATTCGAGGTGACCAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101593 CAGGGCCTGGAGGACCCCCAGGAGTGCCTGGCATTCGAGGTGACCAGGGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 CCTAGTGGCCTGGCTGGGAAACCAGGGGTCCCAGGTGAGAGGGGACTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101643 CCTAGTGGCCTGGCTGGGAAACCAGGGGTCCCAGGTGAGAGGGGACTTCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 TGGGGCCCATGGACCCCCTGGACCAACTGGGCCCAAGGGTGAGCCGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101693 TGGGGCCCATGGACCCCCTGGACCAACTGGGCCCAAGGGTGAGCCGGGTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 TCACGGGTCGCCCTGGAGGACCAGGGGTGGCAGGAGCCCTGGGGCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101743 TCACGGGTCGCCCTGGAGGACCAGGGGTGGCAGGAGCCCTGGGGCAGAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 GGTGACTTGGGGCTCCCTGGGCAGCCTGGCCTGAGGGGTCCCTCAGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101793 GGTGACTTGGGGCTCCCTGGGCAGCCTGGCCTGAGGGGTCCCTCAGGAAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 CCCAGGACTCCAGGGTCCAGCTGGCCCTATTGGGCCCCAAGGCCTGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101843 CCCAGGACTCCAGGGTCCAGCTGGCCCTATTGGGCCCCAAGGCCTGCCGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 GCCTGAAGGGGGAACCAGGCCTGCCAGGGCCCCCTGGAGAGGGGAGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101893 GCCTGAAGGGGGAACCAGGCCTGCCAGGGCCCCCTGGAGAGGGGAGAGCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 GGGGAACCTGGCACGGCTGGGCCCACGGGGCCCCCAGGGGTCCCTGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101943 GGGGAACCTGGCACGGCTGGGCCCACGGGGCCCCCAGGGGTCCCTGGCTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 CCCTGGAATCACGGGCCCTCCGGGGCCTCCCGGGCCCCCGGGACCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101993 CCCTGGAATCACGGGCCCTCCGGGGCCTCCCGGGCCCCCGGGACCCCCTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 GTGCCCCTGGGGCCTTCGATGAGACTGGCATCGCAGGCTTGCACCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102043 GTGCCCCTGGGGCCTTCGATGAGACTGGCATCGCAGGCTTGCACCTGCCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1642 AACGGCGGTGTGGAGGGTGCCGTGCTGGGCAAGGGGGGCAAGCCACAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102093 AACGGCGGTGTGGAGGGTGCCGTGCTGGGCAAGGGGGGCAAGCCACAGTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1692 TGGGCTGGGCGAGCTGTCTGCCCATGCCACACCGGCCTTCACTGCGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102143 TGGGCTGGGCGAGCTGTCTGCCCATGCCACACCGGCCTTCACTGCGGTGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1742 TCACCTCGCCCTTCCCCGCCTCGGGCATGCCCGTGAAATTTGACCGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102193 TCACCTCGCCCTTCCCCGCCTCGGGCATGCCCGTGAAATTTGACCGGACT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1792 CTCTACAATGGCCACAGCGGCTACAACCCAGCCACTGGCATCTTCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102243 CTCTACAATGGCCACAGCGGCTACAACCCAGCCACTGGCATCTTCACCTG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1842 CCCTGTGGGCGGCGTCTACTACTTTGCTTACCATGTGCACGTCAAGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102293 CCCTGTGGGCGGCGTCTACTACTTTGCTTACCATGTGCACGTCAAGGGCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1892 CCAACGTGTGGGTGGCCCTGTACAAGAACAACGTGCCGGCCACCTATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102343 CCAACGTGTGGGTGGCCCTGTACAAGAACAACGTGCCGGCCACCTATACC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1942 TACGATGAGTACAAGAAGGGCTACCTGGACCAGGCATCTGGTGGGGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102393 TACGATGAGTACAAGAAGGGCTACCTGGACCAGGCATCTGGTGGGGCCGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1992 GCTCCAGCTGCGGCCCAACGACCAGGTCTGGGTGCAGATGCCGTCGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102443 GCTCCAGCTGCGGCCCAACGACCAGGTCTGGGTGCAGATGCCGTCGGACC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2042 AGGCCAACGGCCTCTACTCCACGGAGTACATCCACTCCTCCTTTTCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102493 AGGCCAACGGCCTCTACTCCACGGAGTACATCCACTCCTCCTTTTCAGGA

   2100     .    :    .
   2092 TTCTTGCTCTGCCCCACA
        ||||||||||||||||||
 102543 TTCTTGCTCTGCCCCACA